2XX9A

Crystal structure of 1-((2-fluoro-4-(3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7- tetrahydro-1h-indazol-1-yl)phenyl)methyl)-2-pyrrolidinone in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 2.2a resolution.
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
total genus 85
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xx9A02
1JW4A 1DPEA 5K2XA 3MP8A 1JW1A 2RINA 1DTGA 2ABHA 3K01A 3MAMA 4U1OA 4ESWA 4C1TA 4EXKA 1PDAA 1IITA 1CB6A 1TXFA 3JV9A 3O28A 4YKJA 4F1YA 3CR9A 1LFGA 2ANJA 3CFZA 4GLIA 4R6YA 3IOVA 3QXMA 3PPNA 1GGGA 1N3XA 1OVBA 4N6PA 3FUZA 4JBZA 2GHBA 3TMGA 1PC3A 3HV1A 2XXRA 5AA4B 4ELPA 1WODA 3K4UA 3O9PA 3A3CA 3BFUA 4THIA 3KFMA 2XXVA 5FHMA 1FQFA 1P1WA 5KDTA 2Y84A 1H43A 4OEVA 5ICTA 3FJMA 3UN6A 2THIA 2HQ0A 1SQYA 1NNTA 1S50A 1MY2A 1Z7NE 4FE8A 4O3BA 1Y4CA 5DVIA 1SD3A 3U93A 1MDP1 3U1OA 4EXLA 3VV5A 4GL0A 3V83A 4G68C 3UP9A 4E0WA 2DS9A 5IAIA 1URDA 5KCJA 3CI8A 2UYFA 2NUVA 3T9UA 5DEXA 5AA2A 1IZ1A 3WAFA 1SYIA 4QSCA 2G93A 1ZTYA 3MVXA 1NMUA 3VXBA 1B0LA 1OLCA 3RT8A 2RC9A 3KN8A 3M3LA 3PV0E 2A5SA 2HAVA 5I57B 1XC1A 3SEYA 5H8FB 2E0SA 4F31B 5J1DA 3IB0A 5DT6A 1MXXA 1OIBA 1SDXA 2UYEA 4Q30B 1UQWA 5A5XB 2OLBA 2XXUA 3TQWA 4YICA 5ICQA 2V3UA 1I6AA 3SETA 2Z23A 3C32A 3Q26A 3RY3A 5FTHA 5K2YA 1BP5A 4KCDA 3PUYE 4OYVA 2HCAA 3RLFE 4F3GA 1ZBMA 3RPWA 1D9VA 3LSLA 3TQLA 4F1VA 3MZ9A 3ODBA 4NTLA 1WVJA 4RK9A 1RYXA 2DXYA 1UIVA 1UTBA 4X9TA 2X7PA 3GLBA 2FNCA 5ITOA 5L9SA 3K00A 4ISUA 4OETA 2F6GA 1I69A 1A99A 3G3HA 1SBPA 3C31A 3MP1A 3UK4A 3VVEA 2RC8A 3ILTB 4GL8A 4U21A 2HXWA 3DLNA 4N07A 2AYSA 2ZMBA 4EQBA 1I6BA 3THIA 5EHSA 4LZ7A 1B7HA 3OMBA 3UIFA 4H8JA 5H8FA 4BLAA 1HSEA 2QSXA 1AOVA 4G2ZA 3T9XB 4YU0A 5CMCA 3PUXE 3C9HA 1YPNA 2PT2A 4KQPA 1CE2A 2F8DA 2PVUA 2I49A 3CSBA 4POXA 2XXTA 3B7DA 5CC2A 1BLFA 3IORA 1YAEA 1N84A 4YB7A 1B5HA 3O2AA 1B3FA 1O64A 2X7QA 4OVJA 3R7XA 3TTKA 2DWHA 1DSNA 4QRZA 1MY0A 4NWCA 1EH3A 5TPAB 5I2KA 1AIVA 1MM7A 4U22A 3H3GA 3OSRA 1MQIA 4JSOA 4C0RA 5L9OA 1MS7A 4IY5A 2XXIA 2NWJA 3CRBA 3H6UA 3UA8A 1B05A 4EDPA 3RTFB 1ANFA 4IO2A 3BBRA 3H06B 2PT1A 4H1XA 4PP0A 1A55A 2O51A 5I2NB 4H8IA 1FTKA 1LB8A 4TLLB 3B6WA 3W9VA 1US4A 2F7AA 2DWIA 1Y1MA 4NMYA 3PUVE 3FVNA 4F3BA 3OSQA 3S2VA 1PB7A 4BDMA 3Q27A 2VOZA 3DP8A 2F35A 3AXFA 5L8DA 3K02A 4XKRA 2IA4A 1OLAA 3C33A 2DXRA 3MVWA 4FEBA 2Y7PA 2XXPA 1FTJA 4OZ9A 4RYAA 3U72A 4AB5A 1H44A 1B2HA 1D9YA 2I0CA 4R6KA 4WXJA 3P7IA 4NF8B 4K3FA 2V93A 4EF1A 2HZKA 3FXRA 4KPTA 3OO6A 5HPQA 1M5FA 4IO6A 1B4HA 4NF5B 2ZNSA 4ZEBA 3EHSA 1S9TA 4OQOA 4OFJA 4OEUA 2DE2A 2KLFA 3IK6B 3Q25A 4O3CA 4JB7A 4H5FA 3C35A 4LZ5A 4OHNA 4OESA 4BDQA 2ONSA 1B5JA 4WKMA 1JVYA 1AMFA 3H6WA 2PYYA 1LCTA 4KCCA 3FVKA 4C1UA 4QSDA 5H8HB 1LFHA 4WEDA 5HBCA 5ISUA 2OBGA 1VFDA 3KBRA 3N6UA 3V8XB 3VXCA 1NNPA 3MVYA 1MQGA 3PMWA 3QSLA 3TYHA 3K0VA 4FORA 3KJ7A 4EQ9A 1QULA 1Y3NA 4GVOA 1SW1A 1BIYA 4FEDA 3CVGA 4G8HA 4DIGA 2PBWA 1EZOA 5I58B 2F7BA 5H8QB 1QUIA 1Y20A 1XS5A 1JVXA 3GBAA 3OO7A 2OZZA 4RY1A 3PU5A 1TT1A 1LFIA 2ONRA 2R71A 2XX7A 3FASA 3IOUA 4FIMA 4P0IA 4R74A 3G3IA 1IEJA 1P99A 4MFIA 4NE4A 4DCXA 1MXUA 5LOMA 4H67A 4Q8RA 5AA2B 3KN3A 1A8FA 4HCWA 1POTA 1VR5A 1VSOA 3U94A 3IB2A 3DP6A 3S9EA 2RC7A 3LSWA 2B3FA 2XXXA 2QS2A 2D5WA 2YJPA 1JEVA 4KYEA 3ZKLA 3E3KA 1SW5A 3OXNA 1B5IA 4Q0CA 2QJEA 5H8NA 3K1MA 3N26A 1MQDA 2FA7A 3D4CA 3PGFA 2H25A 4R2FA 1FTLA 5TPAA 1EZPA 4BDOA 2UVHA 3VLWA 1H45A 3RGYA 3OO9A 3MZ1A 1QW0A 3GXAA 4NWDA 5I59B 4NF5A 1IXGA 5BUUA 2FYIA 3CFXA 4DZ1A 1PBQA 2DP8A 1SYHA 3SEVA 4QFLA 1QKBA 2DSFA 4IO7A 5CRYA 1D3KA 1M5EA 4ELRA 2QL3A 4LZ8A 2Y7WA 3MWBA 2V84A 1F9BA 1FQEA 1KWHA 1TWYA 2DQVA 2UVJA 2HFBA 4GF8A 4YB5A 2BJJX 3FVOA 4YZZA 5JTYB 3PD8A 4ZEDA 1DPPA 3IOWA 1EU8A 1FQCA 1QUKA 1B46A 2VP1A 3TFLA 2F78A 2Z8FA 1LAXA 2I4BA 1N7WA 1RYOA 2Q88A 3E9XA 1TFAA 3R26A 4R72A 1P1UA 4NF6A 3T22A 3TTLA 4IY6A 3T9HB 4ESXA 1MH3A 1O63A 1B9JA 2I0BA 3WAEA 4UACA 2Q2AA 3IX1A 3FV1A 3SEWA 4F39A 2ALUA 5I2KB 5TU0A 5CBSA 1Q1KA 2QS3A 5B7DA 3FV2A 2A5TA 4HTGA 1R9QA 3RQTA 4L17A 3VE1B 3IB1A 3RN8A 4NF8A 1Y9UA 1LBCA 2M8CA 1ATGA 5F1QA 2F97A 3LUYA 4I62A 3VLUA 3MP6A 3IOTA 2UVGA 4KYSA 4PETA 2XXWA 4U1ZA 3U92A 3IO6A 5ITPA 2XXHA 2Z8EA 2ZNUA 4QSEA 2ZXTA 4G68B 5H8QA 3EQ1A 3G3JA 1POY1 4ZECA 1FW0A 1RKMA 4LP2B 1LB9A 2DE3A 2XX9A 5KCJB 4G8MA 3PMVA 4KR5A 1NKXA 1MQHA 2Q9TA 5M2VA 2AL5A 4RA1A 5H8SA 3C36A 1B1XA 3CIJA 4HW8A 3PUWE 1R9LA 2GH9A 3TCGA 2CZLA 3Q28A 3HN0A 2HZLA 4G77A 4NF4A 4I8CA 2OJTA 3EPEA 4QFOA 1US5A 3CG3A 4I9DA 2B65A 1PBPA 1MY1A 1B4ZA 4HCYA 3FJGA 2QRYA 1FQBA 2O68A 2DVCA 1A8EA 4U4XA 4Q5TA 3SEUA 4MBPA 2O6AA 3I3VA 4LQ2A 1AH5A 2O7IA 4XKQA 5I56A 1T0KA 3FGSA 2R9JA 5F7VA 3MW0A 3OD7A 1MXVA 1MY4A 4DCYA 1LSTA 3MVZA 4LVQA 2RCBA 3K6XA 2F34A 4H5GA 3LSFB 4DXCA 4GIZA 2RCAA 4GWOA 3TCFA 3UORA 1B52A 4ZEIA 1N76A 3IJXB 1B7UA 1N7XA 1UTHA 1YTVA 4RXLA 5JTYA 2OCUA 3KOSA 5I57A 4JSDA 5CMBA 3TAJA 4BDNA 4Z7EA 3TELA 1MY3A 2HEUA 3G3KA 1FCKA 4Z0IA 4QFPA 3HPIA 2DOJA 3HHFA 3JZJA 3E13X 2PMSA 1XOCA 4HS7A 4ZS9A 1N3WA 3W15C 3MBPA 2B3BA 3QAXA 3RTWB 5I2NA 4R2BA 2P1SA 3W9WA 1SVXB 2RKMA 5I59A 1IXIA 4OXVA 2GFEA 2V3TA 5DTBA 3H6VA 3L6GA 4OTEA 1URGA 1USYE 4OWDA 1GV8A 4GXSB 3S4UA 4ZDMA 3C34A 1B32A 4EQ7A 3Q29A 3G7WA 3E4RA 2VD2A 3KSXA 2H4IA 1NH8A 3FZVA 4U4SA 4ZEFA 3K2DA 5FHOA 4ND9A 1DTZA 2YLNA 3EHTA 1ZU0A 1MXWA 2DE4A 3A3UA 4OFOA 4R9FA 4RJZA 4X1BA 5A5XA 4GQOA 2P0SA 4OFLA 1OMPA 3VVFA 1H76A 3FD3A 3OENA 2QMWA 3DM0A 1B3EA 3FXQA 4NEDA 4EF2A 5CBRA 2O1MA 1FTOA 3SEXA 1MRPA 2H5YA 1M5DA 2OWTA 1PB8A 3IR1A 3N5LA 3A09A 3OOAA 4LONB 5DEXB 5HM4B 4G4PA 3MC2A 4ECFA 2O7UA 4WEPA 1R6ZA 5AA1A 3SKPA 4XKPA 4F2OA 1MDQA 3KJTA 3N94A 2I6EA 4LA9A 2Y7RA 4LUBA 1MXYA 2DVZA 3KSJA 4P0GA 2A5TB 1OQGA 3SDFA 5H8HA 4YB6A 2DYXA 3LR1A 1QVSA 4M1VA 2H99A 1FTMA 2ZYMA 3LSXA 3H6TA 3JYRA 1XT8A 1UTBB 2QS1A 3PUZE 1MPCA 2I3VA 4YKKA 4GRKA 2ZYKA 5EYFA 4G8NA 4P11A 3DP4A 4YMAA 1JETA 4DLDA 3G3FA 3MQ9A 3MPLA 1TFDA 4I1DA 1PEBA 4AQ4A 2XD2A 1OVTA 4H6DA 5ELVA 1B40A 3GBBA 5DYHA 3K1PA 2NVUB 4U23A 3T96B 4GD5A 3TCHA 5CMKA 2E1SA 4MLQA 4BDRA 4XXUA 5B70A 2I48A 1A7LA 4RNSA 1UIUA 3VDFA 1FQDA 1P1OA 3D4GA 3HO7A 1D4NA 3EHUA 1QKAA 4R6HA 2REGA 1ZLQA 2DWAA 3TUSA 3PD9A 2ZYOA 4KD5A 3IO4A 4YKPA 4O3AA 3K6WA 2F7CA 3FVGA 4R9GA 2Y7KA 4QHQA 2QPQA 1J1NA 3FJ7A 2F36A 1LAHE 3M3KA 3PPOA 4UA8A 4EUOA 1B3LA 2AIXA 3BFTA 1MH4A 1SI1A 3O97A 3ECRA 3MZBA 2W7YA 2YPNA 1IIWA 2RF1A 1Z7ME 3K6VA 3O66A 3FATA 4JWXA 4XIGQ 4YMBA 1B58A 3ONMA 4OENA 1ZIUA 4KYDA 3LBSA 2VHAA 3S9LC 1LBBA 3O6GA 1LAFE 3KEIA 4F19A 4F1UA 4PQJA 4PFYA 1XHYA 2Q2CA 4F18A 5JK4A 1N04A 4DE8A 1LAGE 2Z22A 3ZS6A 4OMBA 2R6GE 3QUJA 4H0WA 4RPOA 1L5TA 3S9MC 5IKBA 3M3FA 3T9VA 3DELB 2PX1A 2F5XA 1JQFA 2ZNTA 2Q8JA 1A54A 1NFTA 3GZGA 4G68A 1LCFA 2Y7IA 4E0XA 5FHNA 2F6PA 1SW2A 3VFJA 1GR2A 1MPDA 5TP9B 4ZE8A 3V89B 1USYH 2LAOA 1HSLA 4QF9A 3FIRA 5KZTA 2V3QA 2O69A 1A40A 1IXCA 3FXUA 5CMMA 3TDJA 3V5AA 1GVCA 4ELQA 2AL4A 4JXIA 1NL5A 5I84A 4ZZEA 3TTNA 3OEKA 3TTRA 3CG1A 5JEIA 4ZZAA 4F2QA 4LQ5A 3T66A 2ZYNA 3MJNA 4QFNA 1H3DA 3TZAA 4MH5A 1M5CA 3K1NA 4JWYA 4M4GA 4ONYA 4PFUA 4RPNA 1OQHA 1ZMGA 2NXOA 2VD3A 4ZEKA 2ONKE 1Y3QA 5DVJA 1EZ9A 3O6IA 2OK2A 3KGCA 1MG1A 4TQUQ 2OWSA 3OO8A 1B7ZA 3HSTA 4IB2A 4ELOA 3I5OA 4PE5B 2WKYA 1YCJA 3S9NC 2QMXA 3O29A 1JNFA 3EN3A 4DXBA 1NNFA 2XXYA 2O84X 5CI5A 3O6HA 4KHZE 4FAJA 3L6HA 2DWJA 1HSJA 4XTCQ 4GXAA 1B51A 1JEUA 1S7YA 1SW4A 3MPKA 3OEMA 1Q35A 4R75A 4XKNA 3ZKKA 4F3SA 3PPPA 1MXZA 1UTHB 4FJPA 2REJA 5DVFA 1Y1ZA 2D3IA 3BKIB 3RT6B 1ZKBA 1ELJA 1N0TA 1B3GA 1B3HA 2D21A 3TTMA 5BWJA 2NOOA 2H98A 1B1HA 1LLSA 1M5BA 4N13A 4TOZA 4TLMB 3TEPA 4YKIA 1VFEA 2GRVA 3PMXA 4JDFA 4JWOA 2XX8A 5I56B 1MPBA 3ILUB 1PB9A 3ZSFA 5AE4A 3QYTA 2O1LA 3CFLA 3MUQA 3B6QA 3SERA 5FTIA 1P1QA 1NH7A 1BTJA 5KDTB 3CSGA 4LATA 5H8NB 4NF4B 4DXUA 3H4ZA 4IO3A 1MM6A 4KFQA 4QFKA 3F11A 2XXQA 3TODA 2CMOA 4IO5A 5AA4A 1GTKA 4BDLA 3VVDA 1URSA 1B0HA 3B6TA 3G3GA 4AB6A 3UGWA 1NNKA 1Y3PA 2V25A 3K6UA 3IAZA 3PPRA 4FECA 4GFRA 4IGRA 2X26A 1R1NA 1XVXA 5TP9A 3QUFA 4F22A 3IJOB 3R6UA 1O7TA 1MQJA 1QUJA 3I6VA 4U2RA 3LC8A 5I58A 2G29A 3TPAA 3EF7A 2I58A 2XD3A 1AL3A 4MF3A 1FQAA 3SESA 4DDDA 2UVIA 1LGBC 1SI0A 2Z8DA 4IGTA 5L9MA 5AA2D 3HCQA 1B6HA 1IUDA 1QJMA 2HAUA 3H03A 4IO4A 4OERA 3KN7A 3KG2A 4GOTA 3HHGA 3TKDA 4PFWA 2Q89A 3M8UA 5EHMA 3N6TA 3T93B 5AA3A 2I4CA 1BKAA 4R73A 4RK2A 4X1DA 2QS4A 3QIMA 3USDA 3VLVA 4FATA 2H9BA 1DOTA 4H65A 4KI0E 3IL1B 3KZGA 1VE4A 3H7MA 2I3WA 3RUMA 1DMBA 1ZJLA 5CM6A 4POWA 1IXHA 2IEEA 3KOTA 2ESNA 3PPQA 1I6QA 1Y4TA 4NF6B 1XVYA 1II5A 1P1NA 2GHAA 4PFTA 3RNNA 3U8QA 3OELA 4YAHX 4ZE9A 2VGQA 1JW5A 4F29A 1WDNA 4X48A 3QK6A 2XHDA 1IQ7A 4F3PA 3C4MA 2UXAA 2P2AA 4MLVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPEA 3MP8A 4U1OA 2OWZA 1CB6A 4YKJA 3O28A 4F1YA 3IOVA 1OVBA 4JBZA 1PC3A 1WODA 3O9PA 5KDTA 4OEVA 1NNTA 1S50A 1MY2A 5DVIA 4O3BA 3U93A 4EXLA 1MDP1 1IZ1A 3WAFA 5I3SA 1ZTYA 3VXBA 3PV0E 2E0SA 4F31B 2XXUA 5ICQA 4G61A 1XI6A 1I6AA 2XA5A 3Q26A 5FTHA 5I5PA 3TQLA 3MZ9A 1WVJA 5A5LA 4OETA 2F6GA 1FPIA 1A99A 3G3HA 3VVEA 3MP1A 3UK4A 3QMFA 2Q74A 2CEYA 3OMBA 4BLAA 3RPLB 3C9HA 2PT2A 4KQPA 1N84A 1B3FA 4GWXA 1MY0A 3H3GA 4IY5A 2XXIA 3H6UA 3UA8A 1ANFA 1A55A 4H8IA 4TLLB 1K9YA 4NMYA 3FVNA 4F3BA 3AXFA 3K02A 1INPA 4RYAA 2XXPA 3U72A 4NF8B 4XEQA 5I84A 4KPTA 3OO6A 1M5FA 4IO6A 2ZNSA 2XWVA 3EHSA 4OQOA 2KLFA 4O3CA 2R8TA 3H6WA 4C1UA 4KCCA 3FVKA 3KBRA 1FPDA 1NNPA 1RDZA 1MQGA 1LBXA 4GVOA 1BIYA 4FEDA 1EZOA 5I58B 5H8QB 1QUIA 1FBCA 1TT1A 1LFIA 2XX7A 3FASA 4DCXA 4MFIA 4PCDA 1VSOA 3U94A 3DP6A 3LSWA 2B3FA 2XXXA 3E3KA 5F24A 2FA7A 4LN5A 4BDOA 1LEVA 1FBHA 3GXAA 4NF5A 5LDZA 1PBQA 2DSFA 4PAIA 2Y7WA 2HFBA 4YB5A 3FVOA 4YZZA 5JTYB 4ZEDA 3PD8A 1DPPA 2F78A 2Z8FA 5EQ8A 1LAXA 3T1BA 4IY6A 1O63A 2I0BA 1VDWA 2Q2AA 4GWWA 5I2KB 2QS3A 2A5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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