2XXHA

Crystal structure of 1-(4-(2-oxo-2-(1-pyrrolidinyl)ethyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1h-indazole in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 1.5a resolution.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
b'GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA02
1A54A 4DCXA 3B6WA 4GFRA 5I2NB 2RC8A 4H6DA 3VVEA 3IK6B 2H9BA 3EF7A 2UVGA 2XXQA 2D21A 2A5SA 2Q2AA 4ISUA 3R6UA 3FJMA 3PMXA 4FORA 3KG2A 3MUQA 1FCKA 3BFTA 1EU8A 3L6GA 3K1NA 2B3FA 4EQ9A 4O3BA 1MQGA 3FJ7A 4RNSA 3FXUA 1IZ1A 1JVXA 2ESNA 4UACA 3D4GA 1YAEA 3OEKA 3PV0E 2XXXA 1ZKBA 3VFJA 2XXTA 1PB7A 3K02A 1PDAA 4IO2A 4ZEFA 1B3LA 4ONYA 5L9MA 4KYDA 1IQ7A 3RLFE 4F1UA 3LSXA 1URSA 1AMFA 1YTVA 3I3VA 3SEYA 5I59A 1UIUA 1ZTYA 4FAJA 4L17A 2XXPA 4G2ZA 1R6ZA 2Y7IA 5DEXB 5FTIA 2NXOA 4IGTA 4H0WA 4KHZE 1R1NA 2DOJA 1BLFA 1Y9UA 5I2KA 3FV1A 2VGQA 4C1UA 2QL3A 1B5JA 3CG1A 1MM7A 1A8EA 3MVXA 1LCFA 4LP2B 2ONSA 1PBPA 2F5XA 2O84X 3Q25A 3HN0A 1B1HA 3CI8A 4F29A 1JNFA 1LBCA 2P2AA 3S9NC 1NL5A 2O1MA 4PFUA 4NF6A 1MPDA 3TTNA 5AE4A 1LFHA 1QVSA 3C32A 2F35A 2V3TA 2ONRA 4HTGA 3EHSA 1GVCA 2QS2A 5A5XB 4LZ5A 3HCQA 1Z7ME 4OVJA 2W7YA 1FTLA 5J1DA 2R6GE 2YJPA 3IB2A 1UIVA 3O6IA 3IORA 3MVZA 4BDOA 3OO8A 1ZJLA 4F22A 3EHTA 2RC9A 1BKAA 2GFEA 4BLAA 4OHNA 1NH8A 2I48A 4ELPA 3RY3A 2QS3A 3S9LC 1LAFE 5H8SA 2HQ0A 3RN8A 2AL5A 4RJZA 4GXSB 5JTYA 3OSQA 2HZLA 1EZPA 3MC2A 3KGCA 1QULA 4FEDA 4OQOA 4I9DA 4NF8A 2H5YA 2OK2A 4Q30B 1US4A 4Z0IA 1N04A 5AA3A 1XOCA 3G3KA 1MY4A 1ZIUA 3K01A 1JETA 4ZZAA 1R9QA 4OERA 2QMWA 2F34A 1AOVA 4BDMA 1UTBA 4H65A 3N5LA 1IITA 1YCJA 1B3GA 2FNCA 4JXIA 5BWJA 4QF9A 4KI0E 5ICQA 3GBBA 2ANJA 1ATGA 1D9VA 4Q5TA 3LBSA 4JWYA 5ISUA 2ZMBA 5EHSA 1VFDA 4RPOA 3SETA 2ZNTA 1US5A 2HAVA 3Q28A 3ZSFA 3DP4A 3V8XB 5JEIA 5CMCA 5EYFA 3LSLA 5CBRA 4F2QA 1MPCA 2THIA 4ZEIA 3USDA 3K4UA 2G93A 4M1VA 1MXVA 5I59B 3CG3A 5AA2A 3T9XB 1FTMA 1Y4CA 2VOZA 4G4PA 3KN3A 2F78A 1SI1A 2I3VA 2BJJX 4G8HA 3FZVA 1IXCA 5H8NA 1N3WA 4N6PA 3JZJA 1TWYA 3O2AA 1S7YA 1I6QA 3G3HA 1OLCA 5I2KB 3VLVA 3VV5A 3UIFA 3N6TA 1EZOA 2DYXA 3MP1A 4RXLA 2UYFA 4Q0CA 1D9YA 4BDRA 4OESA 2DE2A 5AA2D 4HCWA 4XTCQ 1LFIA 4E0XA 4F3BA 5KDTA 3L6HA 2RF1A 4FIMA 3EQ1A 1QUJA 4GQOA 3EHUA 2XXIA 1Y1ZA 3H06B 3IAZA 1P1QA 3N26A 1NFTA 4KR5A 3LSFB 3QSLA 2UVIA 4R9FA 1MQDA 2DWJA 1SYHA 1MY1A 2FA7A 4OFJA 1MXUA 5ICTA 3OD7A 3MP8A 1MXYA 3EPEA 1A7LA 3M3KA 4ZE9A 3CFZA 4KYSA 3ILTB 3MPLA 3I6VA 5JTYB 4P0GA 1XT8A 2PMSA 1MQJA 3OMBA 1XVXA 2HFBA 3TFLA 3RT6B 2I3WA 1ZMGA 3M3LA 1B52A 1Y3PA 1B05A 1AIVA 5B7DA 5EHMA 4F3PA 5HM4B 2PBWA 1B7UA 1QKAA 3PD8A 3UORA 1UTBB 1M5EA 4ZECA 5CBSA 5I57A 4GF8A 3TCFA 5FHNA 3RT8A 3PPNA 4F18A 5CM6A 1Q1KA 1EZ9A 1Y3QA 2DVZA 4ESXA 2B65A 1MQIA 3TZAA 2O7UA 1BP5A 5TPAA 2OJTA 4PFWA 1D3KA 3IOUA 4FJPA 2AL4A 4YKJA 1CE2A 3HHFA 4PFYA 1O64A 3QUFA 4QFNA 3R26A 2QMXA 3C34A 2DS9A 4R75A 3MZBA 2ZYMA 1P1WA 4EXKA 5DVFA 2DWIA 2I0BA 5HPQA 1JEVA 3FJGA 3M3FA 4U1ZA 3TTKA 1XC1A 1P1UA 3BFUA 1S9TA 2PT1A 2NOOA 2Z22A 4OTEA 2QSXA 3MW0A 3FVNA 1LCTA 1FQAA 3G7WA 2B3BA 3PUXE 3T22A 3VXCA 2QJEA 4RY1A 1LB8A 1LAXA 1SYIA 3D4CA 4POXA 3FVGA 3Q26A 4PE5B 2DWHA 2RCBA 4O3CA 4Q8RA 1H44A 2R9JA 1O63A 2DE4A 5I58A 4MFIA 5H8HA 3JV9A 2I4CA 2GH9A 1SDXA 3S4UA 4EQBA 3QYTA 5KDTB 5AA1A 3T9VA 1N76A 4FECA 3RNNA 3UP9A 1TT1A 2A5TA 4XKNA 3C36A 1PB8A 1R9LA 3AXFA 3TKDA 3IOTA 1L5TA 4MLQA 3H03A 4DXCA 1B51A 3ECRA 5K2YA 5CRYA 3CIJA 2ZXTA 3FD3A 2Q89A 4I62A 4R6HA 2RC7A 4R6YA 3K1MA 3IB0A 2I4BA 4YAHX 3T9HB 3K6XA 3PPPA 4EF1A 3IL1B 1LAGE 1M5CA 3SEUA 3T93B 3GLBA 4QSDA 4JDFA 3LC8A 5FHMA 1GTKA 4LZ8A 3ODBA 4AB6A 1LBBA 2V93A 4F39A 4TQUQ 1SVXB 2WKYA 3TQLA 1HSLA 2E0SA 3KN8A 1B0HA 4JSDA 3C4MA 1B3EA 5KCJA 4N07A 3VXBA 2HEUA 4KD5A 1A8FA 4K3FA 3CFLA 4R72A 3E13X 4F19A 2HXWA 2I58A 3H6UA 5I57B 3TCGA 1LAHE 3PGFA 2XD3A 3VLUA 2QPQA 1MDQA 4JB7A 3H7MA 1LGBC 3IJXB 4GXAA 1GR2A 3N94A 1SQYA 3O97A 2NUVA 4LATA 1IUDA 3TYHA 4ZE8A 1P1NA 3HSTA 3P7IA 2O7IA 1BTJA 1P99A 3TTMA 2XX7A 1YPNA 2CMOA 1TXFA 1LSTA 3MJNA 3G3JA 5TP9B 1PEBA 2RCAA 3KEIA 1ZU0A 2KLFA 3O6GA 2QS4A 2HZKA 2Z8EA 4UA8A 3MZ9A 4MF3A 1MXXA 1POTA 1B46A 2V84A 1I6AA 3O9PA 3FVOA 2XXWA 1LB9A 2DSFA 3ONMA 3OELA 3MAMA 5CMMA 3ILUB 3PPRA 2OWTA 1KWHA 2OLBA 2ZYKA 1B58A 5DT6A 4KCDA 4IO4A 4QFPA 2G29A 1B9JA 3MP6A 5FTHA 2RINA 4ELQA 3SDFA 2X7QA 1N3XA 4ZEBA 2UYEA 4I1DA 1B3FA 1FQCA 2DQVA 1H76A 3F11A 2O51A 5ELVA 4THIA 3WAEA 1DPPA 3KN7A 2NVUB 4O3AA 4XIGQ 2F8DA 3IX1A 3K6UA 3MPKA 4E0WA 2DP8A 3TMGA 1QUKA 4MH5A 4FATA 1GGGA 2GRVA 3B6QA 3A3UA 4QFOA 1VE4A 3FASA 4EF2A 1B4ZA 4HS7A 3LUYA 1N0TA 4I8CA 5H8FA 1FQBA 3ZS6A 4F1VA 3E9XA 2YLNA 4NF5A 4WEDA 1URDA 1MH4A 2O68A 2P0SA 3TEPA 4G8MA 4LQ5A 5TU0A 3WAFA 1FTKA 1JW4A 3RGYA 3C33A 4GRKA 4AB5A 4GL8A 3B6TA 1QUIA 1SW1A 4IO3A 3SERA 4C1TA 3IOVA 2XXHA 4NEDA 4YB7A 3FGSA 1I69A 1RKMA 4RK9A 4LA9A 2VD2A 1QJMA 1IEJA 1WVJA 2UXAA 4OXVA 3QIMA 3RTFB 3H6VA 1MDP1 4NF4A 1OVTA 3Q29A 3HO7A 4ELOA 3U8QA 1QW0A 4NF6B 1SBPA 3MBPA 4EQ7A 1HSJA 1MQHA 5I2NA 3HHGA 1USYE 1SW2A 4YB6A 1B32A 3O28A 3VLWA 1XHYA 4OFLA 3SKPA 4YICA 5LOMA 1OQGA 3K1PA 1B1XA 2XX9A 5CI5A 1NNTA 1H43A 1MM6A 5L8DA 1DPEA 4NE4A 1DTZA 2E1SA 2D5WA 3QK6A 2DE3A 5F7VA 5B70A 5ITOA 4G68C 2ABHA 1IXIA 2H25A 4NF8B 1AL3A 2Y84A 1B40A 5FHOA 1JQFA 1FQEA 2CZLA 3EN3A 4Z7EA 1MG1A 4DLDA 1B5HA 3B7DA 4YKIA 5DTBA 3TCHA 5IKBA 4EUOA 1Y1MA 5I84A 5DEXA 4H5FA 1M5BA 2F7AA 4YZZA 3PMVA 4OMBA 3KJ7A 2HCAA 4M4GA 3V5AA 4PQJA 1SW4A 3RUMA 4G8NA 3GBAA 4H8JA 4OENA 1AH5A 3FXRA 1A40A 3FATA 3IO4A 5M2VA 3C31A 3RQTA 3CR9A 1OIBA 1JVYA 3VVDA 1B4HA 1PB9A 5H8FB 3OO7A 4U2RA 2F36A 1F9BA 3K6WA 2PT2A 4HCYA 1DSNA 1II5A 1M5FA 4H1XA 3CSBA 4U1OA 4DZ1A 5AA2B 3MQ9A 3Q27A 4OWDA 3U92A 1I6BA 1UTHA 4BDQA 4ZEKA 4BDLA 5H8NB 1TFDA 5DYHA 4G68A 3TELA 1N84A 3MZ1A 4R9GA 1SI0A 5JK4A 2VD3A 4U4SA 4P0IA 2LAOA 4ZS9A 5HBCA 4R2BA 3PUVE 1TFAA 3OOAA 4IY5A 3PUYE 3KSXA 2PVUA 3HPIA 2X7PA 3W9VA 5DVIA 1MS7A 3TAJA 1MY2A 1PBQA 1IIWA 4NF4B 2Y7KA 4R73A 3IO6A 3T66A 1B6HA 2HAUA 4DXBA 4POWA 5F1QA 5L9OA 4QHQA 4C0RA 3O29A 4GOTA 3G3GA 2I0CA 2Q8JA 3G3IA 4U23A 5H8QA 4GVOA 3TDJA 1SD3A 2V3UA 3IOWA 4YKKA 4DDDA 4GL0A 1MY0A 1QKBA 1NNKA 1CB6A 3SEVA 1NMUA 3GXAA 4NWCA 3SEXA 1B2HA 3OENA 4YB5A 1ZBMA 3MWBA 5CC2A 4LUBA 3OXNA 1FQDA 4JBZA 1VR5A 3BBRA 3K6VA 2DVCA 2DWAA 2PYYA 3OO9A 3CSGA 4RK2A 1P1OA 3PUWE 5DVJA 1ELJA 2REGA 2Z23A 2O6AA 1XS5A 4PETA 3T96B 4R2FA 4F3SA 3VE1B 3KBRA 1OLAA 2IA4A 4IO5A 2AIXA 1URGA 4BDNA 1H45A 4PP0A 4FEBA 4EXLA 2RKMA 3K2DA 3PD9A 3PUZE 3UA8A 4X1DA 3S9MC 3PPOA 3QXMA 1MPBA 3KOTA 4F3GA 5TPAB 4QSCA 4DIGA 3FV2A 1VSOA 1N7XA 1MRPA 2UVJA 5AA4A 4OYVA 1J1NA 3E3KA 4R6KA 3S9EA 4WXJA 3U72A 4P11A 1USYH 3U1OA 4GIZA 4U22A 3H4ZA 3T9UA 5I56A 5ITPA 1FTJA 3G3FA 2Y7RA 4LVQA 2OZZA 1T0KA 4X48A 2ZNUA 3IR1A 2DXYA 1UTHB 5KZTA 2ZYOA 5L9SA 3N6UA 3V89B 4RA1A 4GWOA 4YMAA 5CMKA 4G68B 2O69A 4PFTA 4XKPA 3BKIB 2M8CA 4XXUA 3ZKKA 1DTGA 1HSEA 4RPNA 1DOTA 1BIYA 4ZZEA 3OSRA 2FYIA 3HV1A 4FE8A 5I58B 1B7ZA 5H8HB 3FVKA 4XKQA 4JWXA 1JW1A 3DP8A 2QS1A 3CVGA 3U93A 4N13A 3KOSA 1NNPA 4QFKA 2A5TB 4DCYA 4LONB 1GV8A 5H8QB 2VHAA 4ECFA 3TPAA 3TUSA 4GD5A 2IEEA 1Y20A 2Z8DA 1B0LA 2GHAA 4OEUA 3CFXA 1POY1 1FW0A 4ELRA 3CRBA 3UGWA 3RPWA 1Q35A 2Q88A 3C35A 1B5IA 4ND9A 3VDFA 2ALUA 1MY3A 4TOZA 4OZ9A 2REJA 3QUJA 2OBGA 3MVYA 3TODA 3R7XA 4ESWA 2Q9TA 1RYOA 3GZGA 3K0VA 1XVYA 2F6GA 4OETA 5KCJB 2ZNSA 4U21A 3PMWA 3TTRA 3DM0A 4JWOA 4WKMA 1NNFA 4YU0A 1LLSA 2V25A 2R71A 2Z8FA 1PC3A 1ZLQA 3TQWA 4IO7A 3QAXA 4XKRA 2XXVA 4TLLB 4LZ7A 4OFOA 1MH3A 2XXUA 2X26A 4X9TA 3DELB 3TTLA 1SW5A 3KZGA 3THIA 3MVWA 2XX8A 4WEPA 5AA4B 4AQ4A 1Z7NE 3UN6A 4JSOA 3JYRA 4KFQA 3OEMA 1JW5A 3SESA 1RYXA 1D4NA 4ZEDA 3H6TA 2H98A 1VFEA 2DXRA 3I5OA 5I56B 2Y7PA 5IAIA 1S50A 1A99A 4NTLA 2OCUA 2Y7WA 4TLMB 2XXYA 1B7HA 2ONKE 2YPNA 3SEWA 4DXUA 1OMPA 1JEUA 4EDPA 2OWSA 2F7CA 1WODA 3IB1A 1B3HA 1OVBA 4KQPA 2H4IA 1OQHA 1M5DA 2F97A 2NWJA 2D3IA 3W9WA 1IXHA 4IY6A 2XD2A 3RTWB 2P1SA 4F1YA 2XHDA 2I6EA 1NKXA 4ZDMA 1FTOA 4LQ2A 1IXGA 3M8UA 4G77A 2I49A 4U4XA 3K00A 2ZYNA 3C9HA 3S2VA 5CMBA 1EH3A 4YMBA 4H67A 3W15C 1MXWA 2V3QA 2O1LA 1WDNA 4NMYA 2VP1A 3KSJA 2PX1A 1ANFA 3H6WA 4MBPA 3O6HA 4X1BA 3H3GA 3A3CA 2QRYA 3DP6A 2GHBA 3E4RA 5K2XA 4R74A 4QFLA 4MLVA 4NF5B 3FUZA 3IJOB 4DE8A 4IB2A 3ZKLA 5A5XA 1UQWA 3OO6A 4H5GA 2AYSA 3KJTA 1H3DA 1Y3NA 4NWDA 1A55A 3FIRA 4HW8A 5TP9A 4F31B 4F2OA 3LR1A 4KCCA 2F6PA 1NH7A 2UVHA 2H99A 3VVFA 1MXZA 1Y4TA 3PPQA 3PU5A 4RYAA 4OEVA 2Q2CA 4KYEA 3LSWA 1FQFA 4KPTA 3DLNA 4H8IA 5BUUA 2F7BA 1N7WA 4QSEA 3O66A 4QRZA 3KFMA 1O7TA 4IGRA 3A09A 1DMBA 3U94A 3FXQA 4IO6A 3V83A 2XXRA 3UK4A 4GLIA 1LFGA 4YKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P47A 1A54A 4DCXA 3B6WA 1IMFA 4GFRA 4GX4A 5I2NB 2RC8A 4H6DA 3VVEA 3IK6B 2H9BA 3EF7A 2UVGA 2XXQA 2D21A 4GWSA 2A5SA 2Q2AA 4ISUA 3R6UA 3FJMA 3PMXA 4FORA 3KG2A 3MUQA 1FCKA 3BFTA 1EU8A 4H46A 5I3SA 4LN5A 3L6GA 3K1NA 2B3FA 4EQ9A 4RNSA 4O3BA 1MQGA 3FJ7A 3FXUA 1IZ1A 1JVXA 2ESNA 4PDHA 4UACA 4NF0A 1FBFA 3D4GA 4O8MA 1YAEA 3OEKA 3PV0E 2XXXA 1ZKBA 3VFJA 2XXTA 1PB7A 3K02A 1PDAA 4IO2A 4AS5A 4XF5A 4ZEFA 1B3LA 4ONYA 1IMBA 5L9MA 4KYDA 1IQ7A 3RLFE 5LTCA 4F1UA 3LSXA 1URSA 1AMFA 4G61A 1YTVA 3I3VA 3SEYA 5I59A 1UIUA 1G0IA 1ZTYA 4FAJA 4I40A 4XEQA 4L17A 1NV6A 2XXPA 4G2ZA 1FJ6A 1R6ZA 2Y7IA 5DEXB 5FTIA 2NXOA 1FBHA 4IGTA 4H0WA 4KHZE 1R1NA 2DOJA 1BLFA 1Y9UA 5I2KA 3FV1A 2VGQA 4C1UA 4QXDA 2QL3A 1B5JA 3CG1A 1MM7A 1A8EA 3MVXA 1VDWA 4OVRA 1LCFA 4LP2B 2ONSA 1PBPA 2F5XA 2O84X 3Q25A 3HN0A 1B1HA 3CI8A 1NV0A 4F29A 1JNFA 1LBCA 4I3EA 2P2AA 3S9NC 1NL5A 2O1MA 4PFUA 4NF6A 1MPDA 4MEVA 3TTNA 5AE4A 1LFHA 1QVSA 3C32A 2F35A 2V3TA 2ONRA 4HTGA 3EHSA 1GVCA 2QS2A 5A5XB 4LZ5A 3HCQA 1Z7ME 5EQ8A 4OVJA 2W7YA 1FTLA 5J1DA 3SZPA 2R6GE 2YJPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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