2XXHA

Crystal structure of 1-(4-(2-oxo-2-(1-pyrrolidinyl)ethyl)phenyl)-3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1h-indazole in complex with the ligand binding domain of the rat glua2 receptor and glutamate at 1.5a resolution.
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
publication title Integration of Lead Optimization with Crystallography for a Membrane-Bound Ion Channel Target: Discovery of a New Class of Ampa Receptor Positive Allosteric Modulators.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-11-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2xxhA02
3DP4A 2DXYA 5I59B 2I4CA 4RY1A 3MVZA 2OLBA 1LFIA 1Y4CA 2HZLA 1LB9A 1P1NA 4LZ7A 2Q2AA 4XIGQ 1SYIA 3RT8A 3PGFA 3TZAA 1MQIA 4YU0A 1Y3NA 2I4BA 4QFPA 2PMSA 3O9PA 3RPWA 2E0SA 3IX1A 3OSRA 2QL3A 4ESXA 1Y20A 4GFRA 4HCWA 3TTNA 4R6YA 2XXQA 3RUMA 2HZKA 2UYFA 3IJXB 2QMXA 4ZECA 1JW4A 2OK2A 4G2ZA 4K3FA 2UXAA 2W7YA 4ELRA 1XHYA 1XVYA 3RTFB 1H3DA 3OEMA 1MXVA 3N5LA 3QUFA 2NWJA 4GOTA 3K02A 1I69A 3VLWA 2A5SA 1B5IA 4BDRA 3UGWA 3WAFA 3A09A 5CMKA 5FHOA 3ILUB 3A3UA 2I58A 1OMPA 4DLDA 4ND9A 3QXMA 2ZNSA 3KN7A 2R9JA 3H6TA 5M2VA 3MWBA 3U1OA 2XXTA 1RKMA 4BLAA 1AL3A 1Z7NE 2NOOA 1FTLA 1SD3A 4EF1A 3IOWA 1BP5A 4R6HA 2V84A 4C1UA 4C1TA 1GVCA 3HPIA 1MM6A 2UYEA 4HTGA 4DDDA 5KCJA 1ZKBA 1A40A 4KYDA 3MZBA 1SDXA 3K4UA 5FTIA 5I84A 3M3FA 3PPOA 3TODA 3MPLA 1B4ZA 2F7BA 4X1BA 4PFUA 5CBRA 4F22A 1URDA 4DE8A 4I1DA 4XKNA 4R9GA 1MH3A 1Y4TA 1BKAA 5JTYB 3EHUA 2GH9A 2OZZA 1A99A 4MFIA 1LLSA 1XOCA 5H8FA 3K6WA 3R26A 4YICA 4H6DA 4GQOA 4ISUA 4MLVA 3G7WA 3IJOB 4F29A 1B7ZA 3FATA 4QSEA 1CE2A 4R74A 3VXCA 1EU8A 4OESA 3VFJA 4BDNA 3O66A 3H7MA 2Q2CA 2F35A 4XKPA 3FJMA 3K1NA 4KYSA 3QIMA 3KSJA 2I48A 3G3GA 2H25A 4POWA 3L6HA 5CMCA 3GXAA 2XXUA 3EN3A 1UTBB 1OIBA 1NFTA 5EHSA 1TFDA 4TLMB 2AL4A 1HSLA 1FTOA 1O63A 1S50A 3MC2A 1JEUA 3KSXA 2F78A 4HW8A 4EF2A 4M1VA 2HQ0A 4ELOA 4ZEFA 4EDPA 3CRBA 3UORA 2DP8A 3OEKA 2G93A 3PV0E 2FA7A 4LONB 2QMWA 2F7AA 2ONRA 3V83A 4LVQA 4HS7A 4UA8A 3SETA 1FQAA 1I6AA 1L5TA 4DIGA 2GRVA 2DVZA 2QRYA 3FXUA 1FQCA 1Y1ZA 4GF8A 4YMBA 3TEPA 1VFDA 1N04A 2OCUA 4IY6A 1LGBC 3E3KA 3P7IA 3QSLA 4KQPA 4R75A 3PMWA 1B3GA 1Q35A 1NNKA 3FUZA 3TTMA 2P1SA 2UVGA 3MP8A 5CM6A 4WXJA 1NKXA 4ELPA 2V3UA 4FATA 2Y7PA 3IAZA 1N7XA 3B6WA 4Q30B 1B32A 2V93A 1WVJA 3KOTA 5FTHA 2GFEA 3T9XB 4IO2A 1AH5A 4DCXA 3QAXA 4IGRA 1DTZA 5HBCA 1N7WA 1ATGA 1MH4A 3THIA 1URSA 3KJ7A 4QSCA 4BDMA 5I2NA 3SKPA 4NTLA 3VDFA 4LUBA 1JEVA 3H3GA 1IUDA 1MY3A 1B4HA 2DQVA 1XVXA 4JSOA 4JWOA 3M3LA 3SDFA 3T9HB 3V8XB 2XXRA 3C36A 3M8UA 4Q0CA 4ZZEA 4R2BA 3OO9A 2ZYOA 3KN3A 4OERA 4RYAA 3S4UA 1SW1A 1US4A 4GXSB 5H8NA 3MPKA 3ILTB 3N26A 5I2NB 1M5BA 4DZ1A 3G3IA 1B6HA 4DXUA 1MXUA 5I2KA 3MVXA 3FV1A 2QSXA 3B7DA 3TQWA 1A54A 1D9VA 1BLFA 1PDAA 1SW4A 1R9LA 1ELJA 5FHNA 3TTKA 2DWAA 5AE4A 4OWDA 2D21A 4U2RA 4OTEA 1PB8A 3MVYA 1JQFA 2I6EA 3UN6A 5I57A 2DE3A 3PMXA 3UK4A 4G8MA 2GHAA 1H76A 2IEEA 1USYH 3M3KA 3SEXA 4KFQA 2Z8FA 3GBAA 1B7UA 1GR2A 2O1MA 1SVXB 2THIA 5KZTA 1NL5A 2F6GA 2V25A 4DCYA 5BUUA 3U72A 5I58A 2ZYMA 5I59A 1B58A 3PUXE 3CG3A 4RA1A 3O97A 4I62A 4L17A 3HCQA 1QVSA 3EF7A 5DT6A 5DEXB 1ZMGA 2DYXA 1BTJA 4OFOA 1R9QA 1T0KA 2RCAA 3PD9A 1ZTYA 3EQ1A 3IR1A 3K00A 3EHTA 3IOVA 2XD3A 3V5AA 1IZ1A 5CRYA 4WKMA 1AIVA 5I58B 4O3AA 1MQGA 5DYHA 4ZEBA 4P11A 4ZEKA 3BFTA 1QUIA 1NH7A 3DP6A 3Q27A 3O6GA 3K1MA 3EPEA 1IXIA 3IL1B 5CBSA 2ZNTA 2E1SA 4NWCA 1O7TA 1OQGA 4FIMA 3S9LC 1IXCA 5CMBA 3HHFA 1YPNA 1S7YA 1QUJA 5KDTB 2Y84A 4ELQA 1R1NA 4YB7A 1SBPA 3C31A 1MDQA 2ONKE 2OWTA 1QULA 3OO8A 3C9HA 1M5CA 3S2VA 4U1OA 3VLUA 4C0RA 4FJPA 2RC9A 2R71A 1PEBA 2HAUA 4EQBA 4IO5A 2Y7KA 3F11A 4ZEDA 1EZPA 4H8IA 1JVXA 1UQWA 3DLNA 1B9JA 2XXXA 3FJ7A 1CB6A 2H4IA 3OOAA 3L6GA 3V89B 5IAIA 1NNFA 4DXCA 1IQ7A 1JNFA 2Y7IA 2I0BA 1AOVA 3PPRA 4GRKA 4MBPA 4THIA 2QS1A 4N13A 4G68C 5K2XA 2DWHA 1OLAA 2PT2A 1QUKA 4ZZAA 2QPQA 4OFJA 2VD2A 3ZKLA 1SQYA 1N0TA 4F39A 4KD5A 2O69A 5HM4B 2VD3A 3HV1A 3TKDA 2XXIA 2ZXTA 1H43A 4M4GA 5JTYA 3KJTA 3KN8A 2XXPA 3W9WA 3U8QA 1ZBMA 4EXLA 1WODA 4PE5B 5ISUA 2Z8DA 3FIRA 3O2AA 3O6HA 5TU0A 4F1VA 3VVDA 4IGTA 3MZ1A 3W9VA 5DVIA 3SEUA 3JV9A 5F1QA 1VR5A 1EZOA 3FV2A 3FVNA 4F31B 5K2YA 1B0HA 1MQDA 2Q9TA 3TTLA 3Q28A 3KOSA 1MPCA 3CSGA 2PBWA 2Z22A 1P99A 4QRZA 3T66A 3CR9A 1UTBA 4LQ2A 4H5FA 4P0IA 3FD3A 3TAJA 3TUSA 2O7IA 5JEIA 4NE4A 5LOMA 3LSFB 3FVGA 4NF8B 3RY3A 3T96B 1FTKA 2DE4A 2P2AA 2X7QA 3MJNA 1PC3A 2XD2A 2R6GE 1OVBA 2CMOA 2KLFA 3ONMA 4RK9A 3T93B 1LFHA 4PFYA 4QSDA 5CMMA 4ZEIA 3KGCA 4G8NA 5TPAA 4OEVA 1N3WA 3VLVA 3OMBA 4X48A 1DOTA 5A5XA 2UVHA 2F7CA 2DE2A 3U94A 2DXRA 3H03A 2ZYKA 1IEJA 1RYXA 2X7PA 4GIZA 3FVKA 2RKMA 4EUOA 2B65A 2RCBA 3HO7A 1B0LA 1ZIUA 3RQTA 1TWYA 3HN0A 2A5TB 3GZGA 5TPAB 3IB1A 3PPQA 4KHZE 2PVUA 4QF9A 5IKBA 3O29A 5A5XB 1VE4A 2I3WA 4Q5TA 4G68A 1URGA 2XX9A 4QFNA 4X9TA 4ZDMA 3PMVA 2ANJA 3IO6A 4OHNA 3BFUA 3CFLA 3IB2A 5HPQA 4QFOA 1POY1 3PUZE 1N84A 3C34A 1EZ9A 3I5OA 3S9MC 3Q29A 4AB5A 2CZLA 2ZYNA 4JSDA 3O6IA 4I8CA 3E4RA 3ZKKA 1LAFE 1IITA 1B7HA 2XXYA 4LZ8A 4FAJA 1IXHA 3OELA 4FEBA 1BIYA 4G68B 3SEYA 3CG1A 1FQBA 3Q26A 4OFLA 1JW1A 1M5DA 1N3XA 4NF4B 2IA4A 4NWDA 1EH3A 1P1UA 5H8HA 1Y3PA 1JW5A 3LSXA 3D4GA 4P0GA 2DS9A 1MS7A 4FORA 2F6PA 3U93A 1MXWA 3A3CA 5ITOA 5AA4B 3CFZA 1SW5A 4ZE8A 3SESA 1MPBA 2Q88A 3G3KA 4YB6A 2DOJA 4EXKA 1YCJA 1QKBA 5ELVA 3K2DA 5ITPA 2B3FA 3VXBA 2RINA 2H98A 3VE1B 4WEPA 1B3HA 5H8HB 4F2OA 1F9BA 4KI0E 3SEWA 4OZ9A 3CI8A 4RPOA 1B3EA 1B46A 4TOZA 1LCFA 4F1YA 3IB0A 1MY4A 3RGYA 1II5A 4IO4A 4JWYA 4POXA 1B2HA 3OENA 4IY5A 4XKRA 1RYOA 4NMYA 4JWXA 1POTA 4ESWA 2F5XA 4F3SA 3KFMA 4RK2A 4AQ4A 3RN8A 3ZSFA 2O6AA 5L9SA 3TMGA 4R9FA 1WDNA 3K6VA 5DEXA 3G3JA 4O3CA 3FZVA 1PB9A 3AXFA 3OSQA 2VP1A 4BDOA 2BJJX 3HSTA 2M8CA 3FXQA 1SYHA 2ZNUA 3LBSA 4U22A 3C32A 1P1OA 1USYE 3PUVE 4XXUA 4KYEA 3TFLA 3QYTA 3OO6A 3O28A 5DTBA 3QUJA 4YMAA 1B3FA 1OVTA 2AL5A 4ECFA 1Y9UA 1XS5A 4LATA 2XXVA 1TT1A 1FW0A 1LAGE 4WEDA 1B5JA 2Q8JA 2UVIA 3TDJA 3MP1A 2Z8EA 4G77A 5KDTA 2PYYA 3U92A 3LSLA 1UTHB 1H45A 4BDLA 1A8FA 5BWJA 4R6KA 1GTKA 5I56B 4F3BA 3MZ9A 4RXLA 3GLBA 3TQLA 4ZS9A 2F36A 2REJA 2LAOA 1US5A 4LQ5A 3R6UA 4YB5A 4JXIA 1H44A 3MAMA 3ZS6A 5EYFA 3OO7A 1LCTA 3OD7A 4X1DA 3K6UA 1MY0A 4N6PA 5CC2A 2V3QA 2O68A 1B05A 4JDFA 3H6WA 1B51A 3UP9A 1SI0A 1FQFA 4DXBA 4R2FA 2HXWA 2DSFA 1DPPA 2AYSA 4YKIA 4GLIA 3K1PA 1LBBA 3PPPA 4YZZA 1DSNA 1DPEA 5H8QA 3TCHA 2YJPA 2AIXA 4U23A 2HAVA 1MQHA 1I6BA 5H8SA 1B1XA 1MY1A 3FXRA 2YPNA 4YKKA 3I6VA 1OLCA 3IO4A 1I6QA 5TP9A 3TTRA 3CSBA 4G8HA 1NNPA 4G4PA 1B3LA 1O64A 2D3IA 4LA9A 5H8QB 4GL8A 4ONYA 3N6TA 3SERA 3R7XA 4GWOA 5ICTA 3SEVA 1B5HA 2VHAA 4EQ7A 1PB7A 4Z0IA 3C35A 4NF6A 3IOTA 2XX8A 5TP9B 2RC7A 3MBPA 5F7VA 1PBPA 2O51A 1P1QA 3MP6A 2XX7A 3D4CA 2O7UA 2GHBA 3H4ZA 4H67A 1MPDA 5ICQA 1OQHA 4NF8A 1DTGA 3H06B 2YLNA 4FECA 1HSJA 1UIUA 5L9OA 2FYIA 3T9VA 2NUVA 2QJEA 4F2QA 2Y7RA 4XTCQ 3PUYE 4FE8A 4RNSA 2QS3A 1JETA 2OBGA 3KBRA 2H99A 4H65A 4NF6B 3VVEA 1QKAA 2Y7WA 3UIFA 3MW0A 4OYVA 4OENA 4MH5A 3FASA 1MDP1 1SW2A 2REGA 5EHMA 4RJZA 1IXGA 4R72A 1XT8A 5KCJB 3BKIB 5CI5A 4OQOA 3DP8A 3LUYA 2WKYA 4NF5A 3TCFA 1MXZA 5L8DA 1B52A 3K6XA 4QFLA 1B1HA 1Y1MA 4TQUQ 1NNTA 2ABHA 4Q8RA 2I0CA 1MXXA 3B6TA 3FGSA 2A5TA 3IORA 4XKQA 1FTMA 3ECRA 1MM7A 3S9EA 1PBQA 3RLFE 3GBBA 2NXOA 3KZGA 1YTVA 2F8DA 4HCYA 5H8FB 4NF5B 5AA2A 3CIJA 1Z7ME 2H5YA 1JVYA 4PFWA 2NVUB 3FVOA 1M5EA 2O1LA 3RNNA 4IO3A 3LSWA 4PFTA 5JK4A 1YAEA 2I49A 3C4MA 4OMBA 4BDQA 3RTWB 3VV5A 4F3PA 1GGGA 2XXWA 4I9DA 2F34A 3RT6B 1LB8A 1S9TA 1ZJLA 4U4XA 2PX1A 4H0WA 4PQJA 3TPAA 4PP0A 5AA2B 5B70A 1TXFA 3G3HA 1GV8A 4RPNA 5L9MA 3KEIA 4AB6A 3CFXA 1Y3QA 4NF4A 1FTJA 4MF3A 4E0XA 4PETA 4F18A 3W15C 2XHDA 3E13X 1IIWA 3ODBA 3PU5A 1MRPA 3DM0A 5AA4A 2XXHA 1R6ZA 1J1NA 3S9NC 3N94A 4GVOA 3JZJA 4GL0A 2OWSA 2QS4A 2P0SA 4H5GA 3N6UA 5B7DA 1P1WA 3G3FA 2DVCA 1MG1A 3E9XA 1QJMA 3I3VA 3PPNA 3BBRA 1NH8A 4GXAA 3IK6B 3PUWE 1B40A 1MXYA 1ZLQA 1LBCA 2Q89A 2QS2A 1XC1A 2DWIA 3KG2A 1D9YA 2HCAA 1TFAA 1FQDA 4U1ZA 2VOZA 3UA8A 5AA3A 4UACA 2B3BA 1HSEA 3MQ9A 1VFEA 3DELB 2X26A 5FHMA 1D4NA 1A55A 4F1UA 2Z23A 5DVJA 2D5WA 3TCGA 2HFBA 2PT1A 4FEDA 3CVGA 3JYRA 2ESNA 3H6UA 4QFKA 4YAHX 2G29A 2O84X 3B6QA 1DMBA 1MQJA 1AMFA 1VSOA 2ALUA 1LAXA 3FJGA 4JBZA 4LP2B 1M5FA 5DVFA 4YKPA 3LR1A 4E0WA 3H6VA 2V3TA 1D3KA 1ZU0A 4H8JA 3IOUA 4LZ5A 1A7LA 3LC8A 1UIVA 5AA1A 2HEUA 2DWJA 4QHQA 3OXNA 2OJTA 4ZE9A 4KCCA 1Q1KA 2ONSA 3TELA 3MUQA 2RC8A 1LFGA 3K01A 3USDA 3PD8A 5H8NB 4F19A 1UTHA 4JB7A 4KR5A 2FNCA 3QK6A 5J1DA 4N07A 4YKJA 2UVJA 4OEUA 4EQ9A 1FQEA 5I2KB 5I56A 3C33A 4IO7A 4KPTA 4GD5A 2H9BA 3MVWA 4Z7EA 2ZMBA 4R73A 1NMUA 4H1XA 1LSTA 4O3BA 4U21A 5AA2D 1KWHA 4IB2A 1ANFA 4IO6A 3K0VA 1FCKA 4F3GA 1MY2A 1QW0A 5I57B 1A8EA 3T9UA 2I3VA 4KCDA 4OXVA 4TLLB 4MLQA 1SI1A 4NEDA 3VVFA 4U4SA 2VGQA 4OETA 3T22A 3HHGA 3WAEA 3TYHA 3Q25A 3EHSA 1N76A 2RF1A 2F97A 4OVJA 1LAHE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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