2XYFA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyfA00
1GNNA 4RCDA 5IVRA 3NWXA 4WY1A 3QVCA 2RSPA 3OAGB 4Z4XA 4K4PA 1MT8A 3O9IA 4DQCA 3OU4A 3QAAA 4B77A 3LZSA 4OBGA 1ZSFA 3PI5A 5P6UA 1QBUA 5P3IA 3QS1A 2PWCA 3OQKA 4ZSMA 2I4WA 5P70A 4GJ8A 1FQ5A 3DCRA 5P32A 2QMDA 1A8GA 1EPLE 4DJOA 5P39A 1B6MA 3KN0A 5ISJA 3VUCA 4B72A 1APTE 5P3BA 3TNEA 5P3HA 2ZHRA 2Q63A 1AJVA 4FRSA 5P4XA 4I0ZA 3VV7A 2QI6A 3TOHA 5P65A 1QBTA 2IL2A 1EBWA 5SXNA 5P5EA 1MTRA 4Y5AA 1IVPA 1PFZA 2JXRA 2F81A 2HB2A 5P3AA 4AZYA 5P0GA 5P7VA 4Y5LA 1EEDP 2FLEA 3URJA 5IS4A 5AH9A 3TPJA 5KQZA 3R2FA 1OEXA 4OBZB 1C6YA 1B11A 3OUCA 5P1DA 4Y56A 2OHKA 3KT5A 4L1AA 2FGVA 2OHTA 5P8IA 3S43B 5P8VA 2QD7A 5OZSA 4J1KA 2O4PA 5HDXA 2RKFA 3GGVA 4CP7A 5P6TA 5P2DA 3S7LA 2PC0A 2BBBA 5P7AA 2RMPA 1C6ZA 3L5FA 4QJ9A 5ER2E 1FQ4A 4F75A 1GVWA 5P1HA 5P22A 2FNTA 3O9FA 4L1AB 3S45A 5P5NA 5P3SA 5P10A 5OZWA 2ZJKA 4Y4TA 3WB5A 4EJ8A 1LF4A 2VJ6A 4U7QA 3O9GA 3OQFA 5UPJA 1G6LA 4DI2A 5C9BA 5DQ1A 1K2CA 4CPTA 1G0VA 2HPEA 3HAWA 3PMYA 5HDZA 1BWAA 3PWRA 5P4NA 3DV1A 4COEA 5P7ZA 1LYBB 4DQHA 4MC6A 2HB3A 3WZ6A 3MSJA 4RVXA 2R5PA 3VF7A 1BDRA 5P59A 3TH9A 2XFJA 5HCTA 5P6CA 2VA5A 2WKZA 5P1JA 1EPPE 5OZCA 5OZOA 3UDMA 4Y36A 9HVPA 3INDA 3ZKNA 4YBFA 5EZZA 4A4QA 2PSGA 4CPWA 3ZOVA 1HSIA 3JW2A 3KMYA 4Y4EA 4CPUA 2Q55A 2R5QA 4H3FA 2QI3A 5P04A 5KQYA 3K5CA 3MSKA 4XKXA 3INEA 3VSXA 5DPZA 2IGXA 4XX3A 4J55A 1K6VA 4OBKA 5P7GA 3C9XA 1EPME 3O9BA 3O9HA 5P5BA 2ASIA 1NPVA 5P7TA 5P6YA 1BIMA 3APRE 3DJKA 4JOOA 1T7JA 4B05A 4GMIA 3BUGA 5P6KA 5P6OA 1EPQE 3FKTA 2QMFA 3SKFA 2MIPA 2OHUA 3EKXA 4HDPA 4LP9A 3N4LA 4E43A 2Z4OA 4I0EA 4TVGA 4LXMA 1K6CA 5P6FA 1MIQA 4Y3LA 3K5GA 5OZUA 3EMYA 1HRNA 5HE4A 4Y3FA 5P82A 2ZJMA 3OTSA 4ZSRA 5OZGA 5P0MA 4RYGA 3ER3E 4KE1A 5P0VA 2WF3A 2VIEA 4Y5KA 5DQ4A 3B80A 2ZYEA 5P16A 4AMTA 3WZ7A 3UTLA 3EC0A 3HW1A 1LYAA 2ER9E 4RCEA 2AOHA 3CKPA 2IQGA 5P8FA 5P07A 4GYEA 5SZ9A 4PPHA 4GJDA 3SPKA 3SQFA 4A6BA 5P72A 1A30A 3UQRA 2QMPA 1YM2A 2QU2A 5P5SA 5P47A 4DQFA 1EBZA 3QVIA 3HAUA 5HTZA 4R95A 1E5OE 2I1AA 4CMSA 5P0QA 2G1OA 1GVTA 4LAPA 5DGUA 2WF2A 1C70A 2ZJHA 2BB9A 6APRE 1MUIA 5P29A 3GI4A 5HU1A 5P3QA 1META 1FIVA 4J0TA 4ZE6A 1W6IA 1FQXA 1A8KA 4GJAA 2IDWA 2AVSA 5P87A 1SDUA 5P85A 1GNOA 5P1PA 4BEKA 1MSNA 3UFNA 2OF0A 4Z2ZA 5P5UA 2VA7A 4DQBA 2QI0A 2I4VA 5P1NA 3UDRA 5P24A 1MEUA 3HD8A 5P3RA 1IZEA 3QRSA 3UQPA 2ER6E 3SO9A 2WEAA 5OYUA 5ENKA 1HXWA 3GI0A 3S53A 1SIVA 2Q64A 3IVHA 5AH6A 2R43A 3OU1A 4ACUA 1EC0A 1M0BA 5P8LA 5P4TA 3OHFA 5P4RA 5P2UA 3TOGA 1HSHA 5P3EA 5P8DA 3M9FA 3UCBA 2QHYA 2BJUA 2PQZA 1D4HA 2AZBA 1CZIE 3D91A 5OZ7A 4Y4BA 3OU1B 4R93A 2AOIA 1YTJA 1EPRE 2G22A 5P3JA 5KOSA 1RV7A 4DJYA 1IDBA 3BXRA 1K1UA 4Y3EA 5OZ6A 3UHLA 4B78A 3H5BA 2WL0A 5P7MA 2WJOA 4YD5A 3SFCA 5P0AA 3FSMA 3EM6A 4B0QA 1AM5A 4I1CA 4Y57A 2F8GA 5HDVA 3PWWA 4X2LA 1GKTA 1ODYA 1LEEA 4Y4AA 5P1UA 5P6PA 3KDDA 4A6CA 1YTIA 4R8YA 2BPWA 4GB2A 5P1AA 3S2OA 3OOTA 4DPFA 5DQ2A 4Y5MA 4TRYA 3TLHA 4YBIA 2AOGA 5P4OA 5P5FA 3URLA 1XDHA 1OEWA 3I7EA 1RNEA 3HVGA 4J1FA 5P57A 5HU0A 5BRYA 5P84A 2I0DA 5OZPA 6UPJA 2FMBA 1QRPE 5OZ4A 2V16C 3LZYA 3OGQA 4Y39A 2OHQA 3IN4A 5P44A 1MRWA 2NNKA 3Q5HA 1F7AA 5P5IA 4GJCA 5P2SA 5P8TA 5P5JA 4LBTA 3ZKSA 3GI5A 1UH8A 3A2OA 5OYVA 4BELA 5AHBA 3QRVA 5P8BA 5P8GA 5KQFA 4HDBA 5AHAA 3FNTA 2HS2A 1FB7A 4GJ5A 5P5KA 2EWYA 3EL4A 2ER0E 1B6LA 3SLZA 1IZDA 5P0OA 2B7FA 4Y38A 2PYNA 2P4JA 4K4QA 1E81E 3OK9A 3PBZA 5P8UA 3O9EA 5P15A 3VV8A 2BPYA 1EPNE 3UPJA 5P5CA 4Y53A 3ECGA 5P4UA 5P7OA 3TTPA 3PLDA 1UH9A 3NDTA 1W5YA 4OD9A 3EM3A 3NSHA 3ZKQA 4EYRA 4S1GA 5P30A 4CKUA 5P5GA 5OZYA 5P27A 1HPOA 1MT7A 1KJ7A 5OZFA 3NU6A 3O9CA 3VLAA 4NJVA 3S7MA 4Y35A 4FM6A 2PSUA 1B5FB 3S8IA 2HC0A 3LIXA 1W51A 3G72A 1G2KA 4GJ7A 5P6WA 3SA3A 5P79A 3HDKA 5P41A 5P7NA 3NU9A 4RROA 3D20A 3BHEA 5P3LA 1XS7D 1HOSA 2QI1A 5P09A 5P1OA 1K6PA 3EL9A 3Q3TA 3HLOA 3SKGA 5COKA 3G70A 3EL0A 2CEMA 5OZ2A 4EJLA 2QHZA 3IAWA 4FAEA 1BILA 4I10A 5P0XA 2AZ9A 5OZMA 5P6IA 1G35A 3LINA 3IGBA 1HVLA 2ANLA 2FNSA 3PEPA 2P8HA 4RVJA 4Q1XA 5P6ZA 5P6HA 3JVWA 5P7IA 1JLDA 2PK6A 5P4YA 1IZHA 3IA9A 4J5JA 3UDNA 3Q6YA 5P1XA 3OAGA 4FL8A 4TVHA 3BVAA 2FS4A 5F01A 1HBVA 3R0WA 4DFGA 1T6GA 2AVMA 4KUPA 5HDUA 1TCXA 4UPJA 5P0WA 3INFA 4Y50A 3SA7A 2Q3KA 3CICA 2A1EA 2IGYA 4FGXA 2RENA 4D88A 3NUOA 4LL3A 4PEPA 5OYTA 2BKSA 2NXLA 2ZJIA 3KM4A 5P23A 1ER8E 1FMUA 3KFPA 2VJ7A 5P1TA 2PYMA 2NXMA 5AH8A 4CPSA 4DJVA 1FMBA 2FGUA 1HVCA 4Y3DA 1EC1A 3VG1A 3ZMGA 1YTHA 1FQ6A 5APRE 4RYCA 1KJHA 1BV7A 2AOCA 5P7CA 4DJRA 4Q5MA 4Z50A 4FS4A 4Y4UA 1BVEA 2AOJA 1W5WA 4IVTA 5P1SA 1ZJ7A 4OBZA 5DR3A 2WF4A 1NPWA 3S56A 1PSNA 2P3BB 4J1CA 5P7KA 5P7EA 5P2HA 2HB4A 3CKRA 3S43A 4YCYA 2QD6A 5P31A 3UDPA 4FIVA 4BFBA 4EXGA 5P7PA 5T4SA 2XFIA 1B6KA 2O40A 2VIJA 5P06A 3SACA 2Q5KA 2BKTA 4YHQA 3WZ8A 2VIYA 4OC6B 5P05A 3UDQA 3BXSA 4Y9WA 2P3DA 1M43A 3PLLA 5P6VA 1W50A 4RLDA 3T7PA 3CMSA 3L3AA 1RL8A 2AODA 5P2LA 2ZDZA 2QNNA 1XL5A 5P0NA 2H6SA 3VV6A 5P4QA 5DR7A 5P71A 5P2IA 3QI1A 1YX9A 3NXEA 1APWE 1LYBA 3B7VA 5P1LA 4D8CA 1EC2A 5DGWA 3VF5A 3OTYA 3PRSA 3VCMA 4YCTA 7UPJA 5P0KA 1D4SA 3OQAA 3ZKXA 4FRKA 2QI4A 3SA6A 4MC2A 3RU1A 3D1YA 1SGZA 5P89A 5P7HA 4I8ZA 3T6IA 3L5CA 5P4AA 5P88A 1HPXA 3T3CA 3PSGA 3LPIA 2J9JB 3EKQA 2WF0A 3EKTA 1E82E 3KFNA 2R8NA 4Q1YA 4H3IA 3ER5E 5P0PA 5OZKA 1LF2A 5OYYA 2G21A 2AOEA 2FIVA 1HXBA 5DR1A 1SGUA 3NU3A 1PSOE 4N00A 4FCOA 5OZ5A 3U71A 5I3XA 3UQXA 5P4VA 3D1ZA 4YD3A 2HAHA 3HZCA 1HTEA 5KR1A 4FM7A 3PHVA 5P5LA 5P8HA 3VFAA 3VYDA 5P77A 3KA2A 4WTUA 2VKMA 3LIZA 1QBSA 4DJPA 1HIIA 2FDEA 5P8OA 5P6RA 3TPPA 2QAKA 2AOFA 3I8WA 3NDWA 4MC9A 1HIHA 1AJXA 5P1YA 5P78A 1ODWA 4XX4A 5P2BA 5P8KA 1EAGA 1HTRB 5P17A 5P37A 5P3GA 4M8XA 5AH7A 4RRSA 5P81A 2G1NA 5P2KA 2G94A 2Q54A 2SAMA 4AA8A 2QZKA 1D4LA 5FIVA 5P4KA 1T7IA 2J9KA 1FGCC 5HVPA 3QPJA 2IKOA 3L58A 4DJWA 5P6LA 4YD7A 1IVQA 4L7JA 5E5KA 1E80E 5C9DA 2WF1A 5P8CA 2QI7A 1ZBGA 4NPUA 2ZE1A 5P1CA 4Y4WA 5P5ZA 4Y5CA 4FRJA 4Q1WA 5OZ0A 5P5RA 2AQUA 3S54A 1FF0C 5DQCA 2V0ZC 5P7JA 2B8VA 1ZPAA 3EBZA 4R5NA 2F80A 1FEJC 2B42A 3TKWA 1Z8CA 1W5XA 3PGIA 5P1MA 5P2WA 2A4FA 4JP9A 5P68A 3QRMA 3OUDB 3GI6A 2QI5A 4NJTA 4Y5NA 1B6JA 3I2LA 5P7UA 4OBJA 4HLAA 5P5DA 5J25A 1BBSA 5P3CA 3LZVA 5P1BA 3O9DA 5P5TA 2JJJA 5KOQA 4YD6A 5P2XA 5SY2A 5P35A 4TRZA 4J0ZA 5P6QA 5P2RA 4Y45A 1ENTE 2R38A 4Y48A 2G24A 5P13A 1ZP8A 5OZQA 5P18A 3OUAA 3ZPSA 3KYRA 2I4DA 4ZIPA 4RZ1A 1CMSA 2PWRA 5P6XA 5P1VA 4ER4E 4YA8A 3ZPTA 2UXZA 4D85A 5EZXA 4NJUA 5P0CA 5P6SA 1KJFA 3DK1A 3FNUA 3EKYA 5P28A 3ST5A 4Y5BA 1BAIA 4DQEA 5OZ9A 4FE6A 2PK5A 1AVFA 4ZPEA 4DH6A 6FIVA 1LZQA 5ENMA 1HTFA 4Y4DA 1DP5A 5KR8A 2QNQA 5P48A 5JG1A 1F34A 4H3JA 5COPA 5P2NA 2P3AA 4Y4GA 1T3RA 2I4QA 1Q9PA 2UPJA 5P8AA 4EJDA 2ZJJA 4RVIA 3T11A 1DMPA 3SA5A 5P0DA 4QJ2A 5KR0A 3DUYA 5HE5A 3R0YA 5P2VA 3CYXA 5P4ZA 1GNMA 3IVIA 5P33A 4FSLA 2UY0A 4EQJA 5I70A 4Y3NA 3T7QA 5P0BA 2QP8A 1YG9A 3ZKMA 8HVPA 5P2YA 4GJBA 1TZSA 2OAHA 5P4SA 2VA6A 1D4YA 3OXVA 5DR8A 4I0JA 2AZCA 1YT9A 2IEOA 1UH7A 4I12A 2OHSA 3OOZA 4Z22A 5P36A 4X7IA 4DJQA 1SDTA 2ZHSA 1MERA 1ODXA 3QROA 5P58A 5P4MA 4ZSPA 4RCFA 4Y3XA 3EKWA 2HIZA 3OWNA 5OZJA 1MPPA 4Y5GA 4EQ0A 2V00A 5P19A 4U8WA 3EM4A 1TQFA 2NTRA 1WKRA 3INHA 4JPEA 4YOAA 5P6JA 1TSQA 3HBOA 2WEBA 1HEFE 2NR6A 5OYXA 4YD4A 3TPLA 1DAZC 2P3CA 1WBKA 3RTHA 4HEGA 5P1RA 2VNMA 4NKKA 5P1QA 5P0YA 3KDBA 1GVVA 1EBYA 3SABA 5P49A 4I11A 1QS8A 5P8QA 5P50A 5P63A 3OADB 4J0PA 2O4LA 4HVPA 1Z1RA 1B5FA 5P01A 5P2JA 2ZJLA 2PMAA 4RGHA 1XE6A 4AA9A 4OBHA 3VEUA 2O4SA 1XN2A 2VIZA 5P4DA 2QU3A 3PJ6A 5P6AA 2AZ8A 5P0IA 5P14A 5JFUA 3SAAA 3KFRA 1UPJA 1ZSRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNN A;  4RCD A;  5IVR A;  3NWX A;  4WY1 A;  3QVC A;  2RSP A;  3OAG B;  4Z4X A;  4K4P A;  1MT8 A;  3O9I A;  4DQC A;  3OU4 A;  3QAA A;  4B77 A;  3LZS A;  4OBG A;  1ZSF A;  3PI5 A;  5P6U A;  1QBU A;  5P3I A;  3QS1 A;  2PWC A;  3OQK A;  4ZSM A;  2I4W A;  5P70 A;  4GJ8 A;  1FQ5 A;  3DCR A;  5P32 A;  2QMD A;  1A8G A;  1EPL E;  4DJO A;  5P39 A;  1B6M A;  3KN0 A;  5ISJ A;  3VUC A;  4B72 A;  1APT E;  5P3B A;  3TNE A;  5P3H A;  2ZHR A;  2Q63 A;  1AJV A;  4FRS A;  5P4X A;  4I0Z A;  3VV7 A;  2QI6 A;  3TOH A;  5P65 A;  1QBT A;  2IL2 A;  1EBW A;  5SXN A;  5P5E A;  1MTR A;  4Y5A A;  1IVP A;  1PFZ A;  2JXR A;  2F81 A;  2HB2 A;  5P3A A;  4AZY A;  5P0G A;  5P7V A;  4Y5L A;  1EED P;  2FLE A;  3URJ A;  5IS4 A;  5AH9 A;  3TPJ A;  5KQZ A;  3R2F A;  1OEX A;  4OBZ B;  1C6Y A;  1B11 A;  3OUC A;  5P1D A;  4Y56 A;  2OHK A;  3KT5 A;  4L1A A;  2FGV A;  2OHT A;  5P8I A;  3S43 B;  5P8V A;  2QD7 A;  5OZS A;  4J1K A;  2O4P A;  5HDX A;  2RKF A;  3GGV A;  4CP7 A;  5P6T A;  5P2D A;  3S7L A;  2PC0 A;  2BBB A;  5P7A A;  2RMP A; 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 3TLH A;  4YBI A;  2AOG A;  5P4O A;  5P5F A;  3URL A;  1XDH A;  1OEW A;  3I7E A;  1RNE A;  3HVG A;  4J1F A;  5P57 A;  5HU0 A;  5BRY A;  5P84 A;  2I0D A;  5OZP A;  6UPJ A;  2FMB A;  1QRP E;  5OZ4 A;  2V16 C;  3LZY A;  3OGQ A;  4Y39 A;  2OHQ A;  3IN4 A;  5P44 A;  1MRW A;  2NNK A;  3Q5H A;  1F7A A;  5P5I A;  4GJC A;  5P2S A;  5P8T A;  5P5J A;  4LBT A;  3ZKS A;  3GI5 A;  1UH8 A;  3A2O A;  5OYV A;  4BEL A;  5AHB A;  3QRV A;  5P8B A;  5P8G A;  5KQF A;  4HDB A;  5AHA A;  3FNT A;  2HS2 A;  1FB7 A;  4GJ5 A;  5P5K A;  2EWY A;  3EL4 A;  2ER0 E;  1B6L A;  3SLZ A;  1IZD A;  5P0O A;  2B7F A;  4Y38 A;  2PYN A;  2P4J A;  4K4Q A;  1E81 E;  3OK9 A;  3PBZ A;  5P8U A;  3O9E A;  5P15 A;  3VV8 A;  2BPY A;  1EPN E;  3UPJ A;  5P5C A;  4Y53 A;  3ECG A;  5P4U A;  5P7O A;  3TTP A;  3PLD A;  1UH9 A;  3NDT A;  1W5Y A;  4OD9 A;  3EM3 A;  3NSH A;  3ZKQ A;  4EYR A;  4S1G A;  5P30 A;  4CKU A;  5P5G A;  5OZY A;  5P27 A;  1HPO A;  1MT7 A;  1KJ7 A;  5OZF A;  3NU6 A;  3O9C A;  3VLA A;  4NJV A;  3S7M A;  4Y35 A;  4FM6 A;  2PSU A; 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 1FMB A;  2FGU A;  1HVC A;  4Y3D A;  1EC1 A;  3VG1 A;  3ZMG A;  1YTH A;  1FQ6 A;  5APR E;  4RYC A;  1KJH A;  1BV7 A;  2AOC A;  5P7C A;  4DJR A;  4Q5M A;  4Z50 A;  4FS4 A;  4Y4U A;  1BVE A;  2AOJ A;  1W5W A;  4IVT A;  5P1S A;  1ZJ7 A;  4OBZ A;  5DR3 A;  2WF4 A;  1NPW A;  3S56 A;  1PSN A;  2P3B B;  4J1C A;  5P7K A;  5P7E A;  5P2H A;  2HB4 A;  3CKR A;  3S43 A;  4YCY A;  2QD6 A;  5P31 A;  3UDP A;  4FIV A;  4BFB A;  4EXG A;  5P7P A;  5T4S A;  2XFI A;  1B6K A;  2O40 A;  2VIJ A;  5P06 A;  3SAC A;  2Q5K A;  2BKT A;  4YHQ A;  3WZ8 A;  2VIY A;  4OC6 B;  5P05 A;  3UDQ A;  3BXS A;  4Y9W A;  2P3D A;  1M43 A;  3PLL A;  5P6V A;  1W50 A;  4RLD A;  3T7P A;  3CMS A;  3L3A A;  1RL8 A;  2AOD A;  5P2L A;  2ZDZ A;  2QNN A;  1XL5 A;  5P0N A;  2H6S A;  3VV6 A;  5P4Q A;  5DR7 A;  5P71 A;  5P2I A;  3QI1 A;  1YX9 A;  3NXE A;  1APW E;  1LYB A;  3B7V A;  5P1L A;  4D8C A;  1EC2 A;  5DGW A;  3VF5 A;  3OTY A;  3PRS A;  3VCM A;  4YCT A;  7UPJ A;  5P0K A;  1D4S A;  3OQA A;  3ZKX A;  4FRK A;  2QI4 A;  3SA6 A;  4MC2 A;  3RU1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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