The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
104
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structure length |
104
|
Chain Sequence |
ETDEEFDARWVTYFNKPDIDAWELRKGMNTLVGYDLVPEPKIIDAALRACRRLNDFASAVRILEVVKDKAGPHKEIYPYVIQELRPTLNELGISTPEELGLDKV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Combined Quantum Chemical and Crystallographic Study on the Oxidized Binuclear Center of Cytochrome C Oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT 1
|
| molecule tags |
Electron transport
|
| total genus |
41
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| chains with identical sequence |
R
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF02284 | COX5A | Cytochrome c oxidase subunit Va |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EIN E; 2Y69 E; 3ABK E; 5IY5 E; 3ABL E; 3AG1 E; 1OCC E; 2OCC E; 2DYS E; 2EIJ E; 2EIK E; 2EIL E; 3AG3 E; 3AG4 E; 1OCZ E; 5B1B E; 3X2Q E; 3ASO E; 2EIM E; 2DYR E; 3AG2 E; 3ABM E; 1OCR E; 1V54 E; 5B3S E; 1OCO E; 5B1A E; 2ZXW E; 3ASN E; 3WG7 E; 1V55 E; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I4R B; 2WXJ A; 3ISM C; 3SBS A; 1GW6 A; 1OXJ A; 1MX6 A; 4DI3 A; 1PY1 A; 3Q47 B; 1WDY A; 4QFV A; 1H19 A; 3G2T A; 4HQD A; 1HH8 A; 3V2O A; 2P9I G; 3UQ3 A; 3CSF A; 4HOS A; 5DBK A; 3AS8 A; 2VGX B; 3FTS A; 2AVP A; 4HVB A; 3LVR E; 3CVQ A; 4IYP A; 3FUL A; 4LNB A; 3QAQ A; 3U64 A; 2VYI A; 3G2S A; 3V30 A; 4NIK A; 2H6G A; 3DXM G; 3QOU A; 4PS7 A; 4U07 A; 4DX6 D; 1MX2 A; 3E32 A; 4N5Q A; 4C0E A; 2DYR E; 3DSW A; 3BUA A; 3Q9U C; 1Y8M A; 4BTA A; 4YDE A; 2AJA A; 3I3N A; 5AEN A; 3RKV A; 1BLX B; 3FU6 A; 4XEI G; 2MHK A; 3ZGQ A; 5LOZ A; 2Y4T A; 3CVL A; 5CRU A; 2AXZ A; 1E8Y A; 3ML9 A; 2MOW A; 2XHE A; 3QDN A; 4AP2 A; 3LY9 A; 4A63 B; 1SZA A; 3SFX A; 3RJV A; 3ASN E; 2WXR A; 2QZA A; 2BED A; 5M72 A; 1NZN A; 4O60 A; 5A23 A; 4XI0 A; 1EPU A; 2XPZ A; 3CHM A; 2P9S G; 2BF0 X; 3GYZ A; 4CT0 A; 4RVB A; 1H2V C; 1Y6I A; 4MKT A; 4TUM A; 3L6A A; 3ZVV A; 3ENE A; 3KAE A; 5AQ7 A; 2C2L A; 2P9P G; 3AG3 E; 4GA2 A; 3L54 A; 4CRW A; 4BES A; 4J0U A; 5A7D B; 3PDN A; 4A3T A; 4JB8 P; 3UIO C; 2DZN A; 1H0A A; 4JHJ A; 1NA0 A; 5EYL A; 4GYW A; 2WQ6 A; 3L16 A; 2C0L A; 3SNX A; 1S63 A; 4JA7 A; 1KZP A; 5FWQ A; 3HXF A; 4TRQ A; 4G11 A; 1Z5S C; 3NQP A; 5AN8 A; 5ENQ D; 2AXV A; 5EN5 D; 4GZC A; 3ABM E; 1P5Q A; 2NYJ A; 4BET A; 3EUV A; 3Q75 A; 4EBA G; 1TN6 A; 2XZT G; 1QNF A; 3TWQ A; 1OCC E; 2VGY A; 4WWP A; 4BEP A; 1LF8 A; 2R05 A; 3CQG B; 4KVO A; 2HR2 A; 4BWR A; 5FTP A; 4TV3 A; 1V54 E; 3PZ4 A; 3R9A B; 2X38 A; 3N71 A; 4HOR A; 3JYS A; 3U3W A; 2EIK E; 3K9I A; 2KAT A; 2X6F A; 1E90 A; 4EBA A; 3FUD A; 3CLJ A; 3CHO A; 4HS2 A; 3KS2 A; 4ABN A; 5JHB A; 2KZT A; 4YDY A; 4FLB A; 3NBN B; 3MKR A; 5EX0 A; 5ENS D; 3TWW A; 4HRM B; 3DSU A; 3TWT A; 3SFY A; 2RD0 A; 2KCL A; 2Y3A A; 2WXL A; 4GZ3 A; 1LD8 A; 4LRZ A; 4F1S A; 3SO8 A; 3RIB A; 2OEW A; 1O1T A; 4AY5 A; 4J8F A; 4BFR A; 3LS8 A; 2DCP A; 1JPL A; 2R02 A; 3Q78 A; 1HXI A; 4C0M A; 5EDS A; 2LUH A; 1OCZ E; 1H6K A; 3SI5 A; 3CVW A; 4KVM A; 1OCR E; 3QWP A; 1JCS A; 2P9K G; 2HO1 A; 1N9A A; 3S7D A; 4EZJ A; 3UIN C; 5ENT D; 1TNO A; 2V8S E; 4RQI A; 3PS6 A; 1FVH A; 3ASH A; 4DX7 D; 2WQH A; 2WXF A; 2L9B A; 4U0S A; 5BUZ A; 3FWV A; 3PE4 A; 5LCW J; 1INZ A; 3FU0 A; 1V55 E; 3GZS A; 3NOC D; 1W3B A; 3D9P A; 1MHQ A; 3I4G A; 2LSV A; 3CVP A; 4RG9 A; 5JJ6 A; 3LXU X; 4L2Y A; 1G3N B; 3P1U A; 2J9Q A; 4WND A; 4HRL A; 2OVB A; 4U0Z A; 1NA3 A; 2YHC A; 2UY1 A; 3LKU A; 3D9N A; 4GML A; 4I1M A; 4K5A B; 2VTB A; 3DST A; 5KJL A; 2HYZ A; 5C2Y A; 4IUL A; 4ILI A; 2PZI A; 4JW1 A; 4JPS A; 4HNA D; 1S64 A; 4BY6 A; 3PEU B; 4IN3 B; 2M63 A; 5AJL A; 3PZ2 A; 1L5J A; 2A4Z A; 3UT7 A; 3ZXP A; 5CMW A; 4EPZ A; 4AJW A; 3PUK A; 3QNK A; 2VSO E; 3SGH A; 3FY4 A; 4JL0 A; 3FH8 A; 3JXJ A; 1N54 A; 3FTZ A; 2OND A; 4EZL A; 3ZHE A; 2BUG A; 4LG6 A; 4B8A A; 2QYJ A; 3DBS A; 4H7Y A; 5FT9 A; 3ZU7 B; 4F6R D; 4LUN U; 4HI9 A; 1ZU2 A; 1WY6 A; 2J07 A; 1AWC B; 3TGO A; 2YNQ A; 3QKY A; 1JWG A; 2WM9 A; 2GRO B; 2LXM A; 1A5E A; 4MS6 A; 4DLQ A; 1K1A A; 4FU3 A; 3FU3 A; 3GZ2 A; 3HXD A; 4Q96 A; 2OVF A; 3D9L A; 4XE0 A; 4I43 A; 4B8C B; 3MJW A; 4AOF A; 3FHE A; 2H6H A; 3EHQ A; 4I6G A; 2R5S A; 3ULQ A; 1FPP A; 4F7A A; 3UKU G; 3U66 A; 3D9K A; 5CHE E; 1TR4 A; 4E6H A; 1EF1 C; 3ZPJ A; 1HF8 A; 4FP7 A; 4L7T A; 4U95 D; 3MYV A; 3Q4A B; 3ZKJ A; 5CER B; 3B7S A; 2VGE A; 4IRU A; 3DPD A; 3D9H A; 4GZD A; 4EZK A; 2JLB A; 2J4B A; 4NUR A; 3WXX A; 4AXH A; 4GA1 A; 3KSL A; 4R7L A; 4HI8 A; 2L0I A; 4JHK A; 1TEZ A; 3CHS A; 2XRY A; 2WXP A; 3KEZ A; 4L2L A; 2ETC A; 3QAR A; 3ZEF A; 3LY8 A; 3IBE A; 3B95 A; 5CRV A; 3RAU A; 2P2C P; 4YVQ C; 2IY0 C; 3T8M A; 2XQ0 A; 4UWG A; 3TXN A; 1QZ2 A; 5CBO A; 3TXM A; 3Q7F A; 3CKB A; 1HFA A; 3NF1 A; 3TWR A; 4A1S A; 2F8Y A; 2XEV A; 3NAW A; 4GMR A; 3CHQ A; 2IJG X; 2RG8 A; 2ION A; 3KD7 A; 4B89 A; 1BD8 A; 2XGO A; 4GTQ A; 4UWF A; 3PRE A; 3ZW3 A; 3AS5 A; 2B0O E; 3C98 A; 4GTT A; 1JCQ A; 3NB2 A; 4UQX A; 4MLP A; 2DZO A; 3S2A A; 4M3O A; 4ATZ D; 4Y6W A; 5JJ7 A; 3CQC B; 3SFZ A; 2KZT B; 1KZO A; 1N4S A; 3UM0 A; 1IYG A; 3EDT B; 5G05 J; 3HDX A; 4AIF A; 4GTS A; 4DLO A; 2P9L G; 3PZ3 A; 2KCV A; 3ASO E; 3TWS A; 5KNG A; 1N94 A; 3AAA C; 4GCN A; 4A1G A; 3FUE A; 5ANL A; 4B0Z A; 3SHF A; 3C3Q A; 4EEC A; 3LEW A; 1TNB A; 1UW4 B; 2LSU A; 4BX8 A; 3ZNG A; 4HOT A; 2EIM E; 3NZS A; 4L9P A; 3APC A; 3ONK A; 1N0R A; 3MKQ A; 4DRX E; 4Z68 A; 3RRN B; 1WM5 A; 4F3V A; 3MV3 B; 2XEH A; 4O6F A; 2I6H A; 4JVS A; 1HX8 A; 4CDM A; 3DXK G; 4ANX A; 2DIW A; 3ULY A; 1K1B A; 5E76 A; 1OCO E; 2IFU A; 2RFA A; 5CBN A; 4KZ0 A; 1XGW A; 4ILH B; 2R17 C; 5J08 A; 4V3I A; 4XKC A; 2CHZ A; 4I9E A; 4GTR A; 3DSV A; 3FUK A; 4GA0 A; 5CCM A; 3DEO A; 5T4Y A; 3UT4 A; 3LVQ E; 4PUC A; 2RFM A; 5G04 J; 2H6F A; 4BSZ B; 3DSX A; 1Z3Y A; 2IF4 A; 1BU9 A; 5AQB A; 2UY1 B; 4NAC A; 5T8I A; 3B7T A; 2DYS E; 2EIJ E; 1SA5 A; 2QFC A; 2AW6 A; 1OWM A; 3ZUV B; 5BXU A; 2VTB B; 1E96 B; 1NI1 A; 3HXB A; 5D2M C; 4GTP A; 1ZBP A; 4JEH A; 3HVE A; 3L17 A; 4HOU A; 2ETB A; 2WXH A; 1O5M A; 5EIL A; 1H6O A; 1N11 A; 1DCQ A; 1N52 A; 2NXP A; 3Q49 B; 3CST A; 3FUF A; 4FUL A; 5AAR A; 3EU5 A; 3JXI A; 5BV0 A; 2OEV A; 5FQ6 A; 4WAF A; 4UI9 C; 4O1P A; 3HRA A; 3ZHE B; 1ELW A; 3VTY A; 2XEN A; 4X8Q A; 2WMO A; 2IEJ A; 4DX5 D; 2V5Q C; 3HHM A; 3Q5M A; 4XX5 A; 2PM6 A; 2F8X K; 4J8E A; 4KMO A; 3V79 K; 4WNG A; 5ENO D; 3UIP C; 3E37 A; 3FH7 A; 1UOH A; 4O1O A; 3PZ1 A; 3EIQ C; 3FFL A; 4U8Y D; 2DVW A; 3UXG A; 5G05 C; 4GTO A; 2WQ7 A; 2GGF A; 2Y1L E; 3S7J A; 3C5R A; 4WWO A; 2WXK A; 4TXQ A; 2DWZ A; 5CED B; 2XCC A; 4KT6 B; 2I1K A; 1A17 A; 4G2V A; 3PH0 C; 2VSY A; 3MZL B; 1E7V A; 2V4L A; 4DI4 A; 1E7U A; 4LSZ E; 4U96 D; 3UM1 A; 4ACL A; 4CDN A; 1MX4 A; 2IOS A; 2R59 A; 2XEE A; 2B6C A; 3EU9 A; 3D3M A; 2RKK A; 2LO6 A; 4N3A A; 2GRL A; 3V31 A; 1OT8 A; 4P29 A; 4OAV B; 3TL5 A; 4WNF A; 4DX2 A; 5EKQ D; 5CEC B; 2IU1 A; 5A6C A; 5JMN D; 3LYA A; 5HKP A; 2A5E A; 5E75 A; 1N0Q A; 3Q15 A; 1EYH A; 1H2U A; 1U3C A; 3FTV A; 5BXO A; 3RSE G; 3KSQ A; 3CKC A; 4TUU A; 3UMV A; 3L9T A; 5KNH D; 3L22 A; 3IHY A; 3FP3 A; 3UUX A; 4DUI A; 1ZB1 A; 2KCK A; 3EIJ A; 2MRI A; 1KT1 A; 3CIA A; 1DC2 A; 3E33 A; 4UWK A; 1UN8 A; 4I6E A; 4I17 A; 3ASD A; 3IKO B; 3VLF A; 4KXK B; 4C48 B; 3UT8 A; 3ZYQ A; 5G04 C; 3AU5 A; 2VQ2 A; 1SW6 A; 4BT8 A; 1KLX A; 2EIL E; 3B13 A; 2Q7F A; 2VSX E; 1MZC A; 4UQZ A; 4LNG A; 5EIB E; 4U8H A; 2ZGD A; 3WG7 E; 2FO7 A; 4K5C A; 4GB9 A; 2BKG A; 3PEV B; 3UTM A; 5AIJ A; 3ZRH A; 3ABL E; 1NP7 A; 4FC8 A; 2PNN A; 5FIO A; 4HRN A; 4N3B A; 3FTX A; 3D9I A; 2CHW A; 2CG2 A; 2QC9 A; 3EHR A; 4Q94 A; 5ENP D; 4JD2 G; 2I1J A; 3MX3 A; 1VDY A; 2ZIS A; 4GAA A; 2A5U A; 1OWO A; 2AWI A; 3QB2 A; 3PZD A; 1N4R A; 5DIZ A; 4OVU A; 3R9M A; 2VSN A; 1O1S A; 3DPY A; 1OWN A; 3CK8 A; 2GRM A; 1NFI E; 2F37 A; 3ESK A; 3APF A; 2P9U G; 5BNW A; 3BQO A; 4LEU A; 1SZ9 A; 3FEX A; 3EHM A; 3L13 A; 3CVY A; 4B93 B; 2LXL A; 4JZY A; 3LJN A; 5CEA A; 4RG6 A; 4I1O B; 4G23 A; 1YA0 A; 3MKQ B; 2DBA A; 4FAD A; 2WMN A; 4L23 A; 3PE3 A; 4W9R A; 2ZIR A; 1JWF A; 4BSX A; 3HXC A; 2E2E A; 2CFZ A; 1YCS B; 5EID A; 2XS1 A; 4GYY A; 2F0Y A; 1QBQ A; 4APF A; 4CT4 A; 3O48 A; 4LCT A; 4DX1 A; 5ENN A; 5CCL A; 3RU0 A; 5D66 A; 3MV2 B; 1JCR A; 1K3Z D; 4WWN A; 3HYM B; 3W9F A; 3SBT B; 5KCM A; 5KWD A; 3L08 A; 3GZ1 A; 3Q7A A; 1HE8 A; 3LDZ A; 2XPI A; 2EQX A; 2FUL A; 2E0I A; 1X5B A; 4MRU A; 1TYQ G; 4UUC A; 5IY5 E; 1O1R A; 4FHK A; 2YIN A; 4LER A; 4N3C A; 4FJY A; 3FTW A; 3BEE A; 3SQV A; 4DPR A; 1RZ4 A; 5JHA A; 1ELR A; 3ONL A; 3IXE A; 3HVE B; 2PQN A; 3D9O A; 3ABK E; 5G2N A; 2H6I A; 2ILR A; 3ZYL A; 4CGW A; 1MJ0 A; 5ITZ F; 4KZC A; 2NC9 A; 3BU8 A; 1RW2 A; 3AJI A; 2J08 A; 3V2X A; 1Q2Z A; 2LAH A; 2CFU A; 2I2O A; 3I5P A; 3IEG A; 3ZN3 A; 4WNE A; 2P58 C; 5CMY A; 3PRZ A; 1JUQ A; 3C72 A; 1BPO A; 5C1D A; 1HZ4 A; 4N2S A; 4UI9 J; 4JHR A; 3C3R A; 2WXG A; 3UKR G; 1SA4 A; 2HE0 A; 4BTB A; 4BER A; 3ASF A; 4J8Y A; 5LFA A; 2JAB A; 4ME2 A; 5J90 A; 2X6K A; 2CG3 A; 4GZ5 A; 1HG5 A; 2BTD A; 4FHJ A; 2J4D A; 3TJP A; 5KJK A; 2J09 A; 5FZR A; 4HLL A; 4G25 A; 3FUM A; 4XZ4 A; 5KJM A; 3FUH A; 4ANW A; 5HQ8 A; 1YYH A; 3PUJ A; 1UG3 A; 3MEK A; 3BG0 B; 2FF4 A; 3QJZ A; 5B3S E; 5AJD A; 4XKB A; 5D0O D; 5AAO A; 2YQ8 A; 3AU4 A; 5FQ4 A; 2Y69 E; 3FUN A; 3OAW A; 1FCH A; 4U0U A; 1TJC A; 1OY3 D; 2WXQ A; 4NRH B; 3TWX A; 3E34 A; 3SZ7 A; 2WPV A; 1DVP A; 2EIN E; 3L82 A; 1BI7 B; 3MCX A; 2XPY A; 2GRR B; 3TG4 A; 3MA5 A; 4GPK A; 3KEA A; 4UWH A; 3ESL A; 2JEK A; 4Q69 A; 3ML8 A; 3OXL A; 1XNF A; 3RO2 A; 3QWV A; 5JJT A; 1AP7 A; 3DWL G; 2L6B A; 3NZU A; 2NSZ A; 1S0P A; 5B1B E; 4NQ0 A; 3UX4 A; 4AM9 A; 5LP0 A; 2WB2 A; 4K03 A; 4JA9 A; 3TWV A; 2XGM A; 2HM8 A; 4HBD A; 4HLE A; 3CHP A; 2J49 A; 3RRU A; 3T9K A; 1N4Q A; 5HI7 A; 3T5X A; 2PL2 A; 3CR3 A; 4DK5 A; 4KYO B; 3GW4 A; 3ZYK A; 3JUE A; 5BPP A; 3UPV A; 3TAX A; 1D8D A; 1OWP A; 3E30 A; 2GRQ B; 1UJK A; 5AQA A; 3HXE A; 4A55 A; 2WXN A; 3FU5 A; 5ANR A; 1N95 A; 3LPZ A; 3DEP A; 3CVN A; 4RSY A; 4FJZ A; 1HS6 A; 2ZGG A; 4QQI A; 3PNL B; 3U4T A; 4UWL A; 3SD5 A; 1HO8 A; 3Q73 A; 2PQR A; 4GZ6 A; 4AVX A; 3B7B A; 4CEM A; 1S70 B; 5FQ8 A; 4M7C A; 3AG1 E; 1UN9 A; 2V5F A; 3AG4 E; 1E8Z A; 4DJA A; 4YDW A; 4GCO A; 4LNU D; 2FEZ A; 5AQ9 A; 4J7W A; 3DSS A; 3G2V A; 3OTN A; 4FLH A; 5BT1 A; 5KBA A; 4CCA A; 2UWJ G; 5FIN A; 3UM3 A; 1BI8 B; 4OYS A; 2FBN A; 4ATG A; 3VLD A; 2WXM A; 4N5C A; 4JEU A; 3C3O A; 4HFG A; 2XCB A; 1KPS B; 3S7F A; 3F6Q A; 1IKN D; 4GPM A; 5HS0 A; 3T5V A; 4UQY A; 5EX3 A; 4GU5 A; 2XS8 A; 5ENR D; 3R7R A; 4G1T A; 5KJN A; 3SY2 A; 4E85 A; 2LNI A; 1PAQ A; 3PNT B; 3ZIM A; 3J5P A; 3R7Q A; 1UJJ A; 1U2V G; 4EQF A; 5ARG A; 5FJY A; 2VGX A; 4U7E B; 2MYO A; 3ZFW A; 3BG1 B; 1TNY A; 2Y0B G; 2R03 A; 1TNZ A; 3APD A; 3U9W A; 2OOE A; 3RK6 A; 4I6J A; 1HG2 A; 4GTM A; 1B89 A; 2IO3 C; 4L1B A; 4APO A; 4OAU C; 1IQU A; 3OXF A; 3O4Z A; 5HRY A; 4HXI A; 5H7P A; 1OWL A; 2WVI A; 4G26 A; 3HIZ A; 1FVF A; 2AXU A; 4ZHB A; 4GMJ A; 1LTX A; 4K5B A; 4EHM A; 2VJ8 A; 2L6J A; 3CVV A; 1N4P A; 1MYO A; 1Z6T A; 3TG5 A; 4H7X A; 3NOG D; 4N39 A; 3EJN A; 4I2W A; 1IHG A; 3D9J A; 3UM2 A; 1PC2 A; 2CHX A; 3ZYM A; 4Y6C A; 4ANV A; 4U8V D; 1D8E A; 1IXV A; 1WAO 1; 1D9S A; 3Q79 A; 3RRM B; 3E4B A; 2ZXW E; 4G24 A; 2I9C A; 2OV8 A; 2Y4U A; 4N2Q A; 5FZQ A; 2IO2 C; 1DNP A; 3FTU A; 4CDR A; 2FO1 E; 4XI9 A; 1E8X A; 1LD7 A; 4A3V A; 3J5Q B; 3EHN A; 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