2Y7PA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. trigonal crystal form
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulator
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 67
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA02
4POWA 3UA8A 1PBPA 1MM6A 2QS2A 1O64A 1MQHA 2O51A 4QF9A 4QRZA 4NMYA 2PVUA 4R9GA 2I4BA 1QUJA 4G8HA 5L9SA 4FORA 4G2ZA 3FXUA 3SEYA 2NVUB 3V89B 4U22A 5DYHA 3VLVA 1QUIA 5B70A 4BDMA 1QKAA 2DXYA 4LQ2A 5I2KA 2UYEA 2O69A 4Q8RA 3TKDA 1ZMGA 1MXUA 3KZGA 4WEPA 5TU0A 3FVGA 1A54A 4XTCQ 3MVYA 3FATA 4RPNA 1N0TA 4XKPA 1CE2A 3MBPA 3QK6A 2P2AA 4I1DA 1POTA 3N6TA 4G4PA 3IOTA 2VGQA 2I48A 2P1SA 2PYYA 1DTZA 4NF5A 1OQHA 3MVXA 4NF6B 3THIA 3VV5A 1QVSA 3OEMA 2HZKA 3MW0A 3HSTA 5AA4B 5ITOA 1B4HA 1ZJLA 2H5YA 2V84A 1NH7A 4FIMA 2QMWA 2H99A 5CM6A 4IGRA 4TLMB 4ZEFA 1M5BA 3ILUB 3KOTA 4NF5B 1PBQA 2OWSA 5EHSA 1OVTA 4JBZA 3MVZA 4G8MA 2XXXA 1DSNA 2Z8EA 3DP4A 1WVJA 1B51A 3B7DA 4G8NA 5DVFA 3RNNA 3U94A 1NL5A 3O9PA 3VVFA 2Q2CA 4F31B 4MFIA 1XS5A 2HEUA 4NF4B 3T96B 1B5HA 1AMFA 1USYH 1MXVA 3F11A 1IEJA 1NNKA 2ESNA 2ZYKA 5TPAB 2DVCA 1FTMA 2F6PA 4ND9A 3GLBA 1N76A 4OYVA 4Q0CA 3MVWA 1MDP1 1MQDA 1GVCA 2H9BA 2VOZA 2Q2AA 3DP8A 2B65A 1DPEA 2UVJA 3G3IA 1P1QA 3MP6A 2OWTA 4LONB 1MXXA 4EQ9A 3UGWA 3CG3A 1DTGA 2R71A 3C31A 4OENA 3VXCA 5HM4B 3CI8A 4JXIA 4KPTA 1US4A 4LA9A 2Y7PA 1FQAA 3JV9A 2REJA 3D4GA 5FHMA 5K2YA 3TYHA 2V3UA 3H6TA 1QJMA 2E1SA 3LSFB 4I8CA 4I62A 5ITPA 2ZNUA 4OQOA 1B7ZA 2ZYNA 1URDA 3O66A 4BDLA 1EU8A 4JB7A 3BBRA 3K6VA 4EUOA 1KWHA 3K1NA 3OD7A 3MC2A 3RLFE 1ELJA 3U92A 1N7XA 4H1XA 3IOVA 2F7CA 1MQIA 1B0LA 4QFPA 5I58A 4LUBA 5CRYA 1B1XA 4GD5A 1M5FA 1IZ1A 1OLAA 2V3QA 4NEDA 5TPAA 1FQDA 3EN3A 1FQEA 2O6AA 3IOUA 4H8IA 2CMOA 1HSLA 4L17A 5I2KB 2B3FA 5H8HB 4DLDA 5HPQA 4R6KA 3K6UA 5CMKA 4DCYA 2Y7IA 1ZLQA 3RTWB 4ZE9A 2IA4A 2HZLA 3DP6A 1MXYA 1N84A 1LCTA 1SI0A 2XX7A 3IORA 4GFRA 2FNCA 1S7YA 3IOWA 4X1DA 4JWYA 2RKMA 1LBBA 4IO6A 5FTIA 2DE2A 2ZMBA 3VXBA 2XXWA 2Q9TA 1B4ZA 3W15C 1B32A 4H5FA 4GXSB 4KCCA 3OSRA 2I3WA 1IXGA 4FJPA 1NNFA 4QFKA 4R2FA 4F1UA 3E4RA 3TUSA 2I0BA 2Q89A 3IJOB 4DE8A 4DXBA 1FW0A 3B6QA 2ONSA 3MP8A 4GL8A 3O28A 4RA1A 1YTVA 2OBGA 4YKPA 1B5IA 2H98A 3TTNA 1S50A 1PB9A 3K1PA 3N5LA 2VHAA 3RTFB 3VE1B 3T9VA 5IAIA 1PC3A 5DT6A 4BDRA 4IO3A 1UTBB 5FHOA 1LAGE 5AA2D 3SEVA 4IY5A 3U8QA 1JW1A 2B3BA 3E9XA 3CRBA 1MM7A 5AA1A 1MY1A 2HCAA 3I3VA 3SEUA 1R9LA 4BDQA 3N94A 1ZTYA 1II5A 2PT1A 4ZE8A 5M2VA 2HFBA 2W7YA 3OMBA 1TT1A 2QS3A 4F1YA 4P0IA 4JWXA 1D4NA 2ABHA 4FE8A 5DEXA 2X7QA 3Q29A 4WEDA 4O3AA 3LC8A 1AIVA 4RK9A 1MY0A 3I6VA 3QAXA 4PQJA 4F2OA 4FECA 1PEBA 2R9JA 4R75A 4H67A 2PX1A 4QFOA 2O84X 3PD8A 1JW4A 2O7IA 1JEUA 2UVHA 3PUZE 4KYEA 1WODA 3GBBA 1VFEA 4N6PA 3OO6A 3PMVA 3L6GA 3OELA 3PGFA 4R72A 3T9XB 4Z7EA 5A5XA 3TTRA 5F7VA 2DWHA 3CIJA 3DELB 4IGTA 4LATA 5H8NA 3MJNA 2XHDA 4TQUQ 4ELPA 1PB7A 3CFXA 3KJTA 3K00A 1FTLA 2DS9A 1SI1A 2DSFA 2O1LA 3HHFA 1I6QA 2XXHA 4NF4A 4THIA 3PPQA 5KDTB 1H44A 4QSDA 1P1UA 2ONKE 4KI0E 3FJGA 5H8SA 1MQJA 1MQGA 1BLFA 2XX9A 1SW2A 3H06B 4BLAA 4UACA 5I56A 3DM0A 1JETA 1FQCA 3G3HA 3PMWA 3PPPA 3VDFA 4N13A 3RT8A 5LOMA 1Z7ME 3FVOA 3M3FA 3C33A 3IR1A 4LVQA 2HQ0A 1RYXA 3S9MC 5ICQA 1IXIA 2NUVA 4E0WA 4GL0A 2X26A 3UP9A 4G68A 1QULA 5I57B 2RC8A 3BFTA 3A09A 1LFIA 2NOOA 2P0SA 4JWOA 4LZ7A 4ZS9A 3K01A 4GF8A 4JDFA 4M1VA 4RXLA 1Y3QA 4WKMA 3WAEA 2XXUA 2Y7RA 5CC2A 3OSQA 5H8QA 5TP9A 4G77A 4YKJA 3LSXA 2GFEA 3MZ1A 4ELOA 1I6BA 3TDJA 1B40A 1GTKA 1JW5A 1SW1A 4PP0A 2QSXA 3CSBA 3CVGA 4QSCA 4FATA 2ZNTA 5CBSA 3C9HA 1SQYA 3RQTA 1VFDA 3CFZA 2FA7A 2CZLA 3EQ1A 4IO7A 4MH5A 3SESA 1ANFA 4C1TA 4FAJA 3PUYE 3PU5A 2F97A 3OO7A 3OO9A 2F8DA 4QFLA 2ZXTA 4LP2B 3TCHA 3KEIA 2Q88A 2REGA 2QMXA 5DTBA 3KG2A 3T22A 1R6ZA 1B3GA 4ESXA 3KFMA 4IO5A 2F34A 1XT8A 1FQFA 4ONYA 3H6UA 3QIMA 4XKQA 4F19A 5AA3A 1Y9UA 1EH3A 4EDPA 1OMPA 3IB2A 5I2NB 5I58B 3FJ7A 5I2NA 3D4CA 1UTHA 1VR5A 1H3DA 3H6VA 4YB5A 3TFLA 3TAJA 4XIGQ 2F36A 1LSTA 2H25A 3LR1A 3QXMA 4ISUA 5BUUA 1OIBA 1XVYA 5FHNA 3EF7A 5KCJB 1LLSA 3HPIA 2O68A 2QS4A 4RY1A 1SYHA 3FZVA 4KHZE 1M5DA 3RN8A 1B9JA 1O63A 2D5WA 2HAVA 4NWCA 3FD3A 5CBRA 2QRYA 3BKIB 1Y4TA 3PV0E 1DPPA 4WXJA 4GLIA 5EHMA 5JTYA 1PB8A 2GH9A 3S9LC 1B7HA 1UTBA 4R2BA 2QL3A 1OQGA 1EZ9A 3GBAA 1ZU0A 3SEWA 3IJXB 4F3BA 1QKBA 1Y3PA 1Q35A 3KJ7A 4NF8B 2KLFA 2O1MA 3TCGA 1D3KA 2ANJA 4GXAA 4TLLB 4BDNA 3Q27A 5EYFA 1UQWA 2D3IA 3H03A 4RK2A 5TP9B 3VLUA 4EQBA 4EQ7A 5FTHA 2PT2A 1I6AA 3FIRA 3IX1A 3MPLA 4X9TA 5AE4A 4ZEDA 1URSA 2RC9A 1N7WA 1MPCA 3QYTA 4OFOA 1HSJA 2UVIA 1N3WA 1BIYA 4PETA 4G68C 3KN7A 3ECRA 1I69A 3FUZA 3O6GA 4YKIA 5JEIA 1B3LA 1BTJA 3CSGA 1NKXA 3FV1A 1T0KA 4NTLA 3IK6B 2VD3A 4YAHX 1UIVA 2AL4A 4DIGA 2YJPA 2Z8FA 3ONMA 2XXYA 2Z23A 4DDDA 1NMUA 3H7MA 3LSLA 3OO8A 4U23A 1MPBA 3K0VA 2RF1A 1UIUA 3JZJA 2DXRA 3TQLA 2UYFA 4HCWA 1H76A 4PFWA 3MAMA 3LSWA 2GRVA 1MY3A 3HCQA 5HBCA 4ZEBA 3ZKLA 2XXVA 1LAXA 3FXRA 1JEVA 4O3CA 3VVEA 5JTYB 3QUFA 4YMBA 4Q5TA 1JQFA 1Y1ZA 1Y20A 1AOVA 1URGA 4OEUA 4FEBA 1FTOA 2RC7A 3O6HA 2F6GA 1FTJA 2DVZA 3HO7A 1A55A 4KCDA 5CMCA 4OTEA 1N04A 5A5XB 5J1DA 5AA2A 4AB5A 3U72A 1IIWA 4YMAA 3ZSFA 3ODBA 3O6IA 1MH3A 2AL5A 3K2DA 4P0GA 4PFTA 1B2HA 3TTLA 4KD5A 3TEPA 4LZ8A 3R26A 3S2VA 1P1WA 1VE4A 2O7UA 2DOJA 2YPNA 3E3KA 3LUYA 4MLVA 1RYOA 4OXVA 2WKYA 4YB6A 1MPDA 2XD2A 2XXQA 4F3PA 2V93A 4ZECA 3P7IA 3Q28A 1YAEA 3C32A 3DLNA 3EHSA 4H6DA 4KFQA 4MLQA 4XKRA 3IB1A 5JK4A 1LGBC 1SW5A 1ZBMA 3SKPA 1IXCA 3B6WA 5K2XA 3HHGA 4ZDMA 3LBSA 1M5EA 3FJMA 3M3LA 4GQOA 4OESA 4NWDA 1XHYA 1FCKA 3GXAA 2R6GE 1B52A 1LB8A 4GWOA 1FTKA 3KSXA 4OFJA 3FVKA 1B05A 3K6XA 3UK4A 1GV8A 4M4GA 4TOZA 2H4IA 4KR5A 5I84A 1B58A 2XXTA 2ZYOA 3EHTA 5L8DA 1AL3A 3IAZA 3S9NC 3W9WA 3M3KA 2V25A 4F22A 4DXCA 3CFLA 1MY4A 3MP1A 4U1ZA 3T93B 5I59B 3ILTB 3MZBA 5CI5A 3KOSA 2XD3A 1BKAA 2PBWA 3C35A 4ZEIA 3U1OA 1SDXA 1HSEA 4KYSA 2ONRA 1SVXB 1VSOA 1Y4CA 3AXFA 2OLBA 3FXQA 3TZAA 5AA4A 1NH8A 1A7LA 2F78A 3V5AA 4GOTA 4YKKA 3KN3A 3RPWA 1DOTA 3SERA 2F7AA 1F9BA 3R6UA 4NF6A 2BJJX 4Q30B 5DVJA 5KDTA 5H8FA 3TCFA 4RJZA 1IQ7A 1B46A 2XXPA 5I56B 4EF1A 1JVYA 3H4ZA 3B6TA 3RGYA 2A5TB 1SYIA 2I4CA 1USYE 2A5TA 3QUJA 1XOCA 3TMGA 3VFJA 4F39A 5F1QA 3CR9A 1YCJA 1LCFA 5H8FB 2I6EA 2QS1A 1O7TA 2XXRA 2AIXA 4ESWA 1M5CA 5H8QB 4C1UA 3S4UA 2RCBA 4IO2A 1B7UA 3UORA 2HAUA 3SDFA 2XX8A 3IO4A 4RNSA 3ZKKA 2I58A 3R7XA 3VLWA 2NWJA 3FASA 1R1NA 2ZYMA 1A8EA 1TFAA 3IL1B 4KYDA 2OZZA 3SEXA 4BDOA 4GIZA 1IXHA 3QSLA 2M8CA 4JSOA 4PFUA 4C0RA 4EXLA 1MRPA 1UTHB 3TODA 2E0SA 4QHQA 2F35A 2UXAA 3PUXE 4ZEKA 1JNFA 3FV2A 1LAFE 4FEDA 1H43A 2DQVA 2D21A 4LZ5A 1Z7NE 2THIA 4QFNA 3K4UA 1N3XA 1JVXA 3I5OA 1Y3NA 3O29A 3OXNA 4E0XA 4U21A 1A40A 2DP8A 3IB0A 2HXWA 1B1HA 3U93A 3PUWE 1MH4A 1H45A 3G3JA 3MZ9A 4RYAA 1XVXA 2OK2A 3Q26A 3C34A 2DWJA 1QUKA 4YB7A 1MG1A 4F29A 2G93A 4IO4A 2A5SA 3C36A 2ZNSA 1GGGA 2XXIA 4X48A 4H8JA 4OMBA 3RY3A 3O2AA 1ATGA 4H0WA 3KSJA 4UA8A 4XKNA 1S9TA 2Y7KA 3E13X 2GHBA 4O3BA 4Z0IA 2Q8JA 2RCAA 3TPAA 4DZ1A 2F7BA 2OJTA 5KZTA 1FQBA 2DE4A 1US5A 5KCJA 1GR2A 3WAFA 3K1MA 4U4SA 1L5TA 1MS7A 3TTMA 1B3FA 3JYRA 3KBRA 3MQ9A 1A99A 4IB2A 4F2QA 3N6UA 3OEKA 2FYIA 5L9OA 1P1NA 1LAHE 4MBPA 4OETA 2DE3A 4OZ9A 5ISUA 5I57A 5ICTA 4G68B 2GHAA 2DWIA 2Z22A 3BFUA 1Q1KA 4OERA 4OVJA 1TWYA 4PFYA 4RPOA 4YZZA 1MDQA 1A8FA 4ECFA 4HW8A 2X7PA 2DWAA 1B6HA 4DCXA 4ELRA 3T66A 4X1BA 2VD2A 3Q25A 1B3HA 4NE4A 1DMBA 1SD3A 4ZZAA 2QJEA 3FGSA 4IY6A 4EF2A 3HV1A 4K3FA 1LFHA 3CG1A 4DXUA 1YPNA 3H6WA 3PUVE 2Y84A 3H3GA 4LQ5A 5B7DA 3C4MA 3ZS6A 1J1NA 1MXZA 3GZGA 5H8HA 1B0HA 1P99A 1D9YA 3FVNA 3PD9A 1ZKBA 4R6YA 2NXOA 1LFGA 2UVGA 4ELQA 5CMBA 3TTKA 3EPEA 3TELA 4R6HA 1IUDA 4U2RA 1OLCA 3USDA 1B5JA 2Y7WA 3T9HB 4KQPA 2F5XA 3K02A 4YICA 1QW0A 1NNTA 2I0CA 5BWJA 3RT6B 3UN6A 2YLNA 4EXKA 2ALUA 4OFLA 2Z8DA 2V3TA 3PPOA 5I59A 5DVIA 1ZIUA 3S9EA 4F3SA 4PE5B 4XXUA 1XC1A 4R9FA 4R73A 3T9UA 3VVDA 1POY1 4HS7A 3KGCA 1B3EA 1PDAA 4I9DA 4OHNA 1D9VA 2OCUA 1MY2A 3HN0A 4GRKA 3V83A 2I3VA 4N07A 1NNPA 4R74A 4F3GA 3PMXA 5IKBA 4P11A 2AYSA 4GVOA 3MUQA 1AH5A 4NF8A 1OVBA 4QSEA 2DYXA 3M8UA 5ELVA 1BP5A 1LBCA 1TXFA 4JSDA 4AB6A 2G29A 4F1VA 1MXWA 1IITA 1WDNA 1TFDA 4U4XA 5CMMA 3OOAA 1SBPA 4ZZEA 4OEVA 2I49A 4OWDA 3G3FA 2RINA 3RUMA 4MF3A 3MWBA 1R9QA 2PMSA 4YU0A 5AA2B 3O97A 4HTGA 3SETA 5H8NB 1CB6A 1NFTA 3UIFA 3OENA 3A3CA 3TQWA 1EZPA 3PPRA 2QPQA 1Y1MA 3G7WA 4POXA 4U1OA 3MPKA 1P1OA 3K6WA 3EHUA 4HCYA 4AQ4A 5L9MA 1EZOA 1LB9A 3IO6A 3A3UA 2IEEA 2LAOA 3PPNA 3L6HA 1RKMA 4F18A 3G3KA 5DEXB 4H5GA 3KN8A 1SW4A 3V8XB 4H65A 3N26A 3G3GA 3W9VA 2VP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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