2Y7PA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. trigonal crystal form
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
source organism Burkholderia sp.
molecule tags Transcription regulator
total genus 67
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA02
1B58A 1FQAA 4LP2B 1Y20A 1OIBA 5F1QA 4MF3A 1SDXA 5AA4B 4EQ9A 3VFJA 5AA1A 2ZYMA 2AL4A 4GXSB 4KYSA 4ONYA 5H8NA 4F18A 3RLFE 3HV1A 1RKMA 1B0HA 1IXGA 5I56B 1NNFA 2O6AA 1URSA 5I2NB 1PBQA 1JW5A 1FW0A 5ISUA 2QSXA 3K2DA 4U23A 1MY1A 3GZGA 3ZS6A 3FIRA 1EZOA 2BJJX 1TXFA 4EXLA 3V83A 4F3GA 2NUVA 4ZZEA 1H76A 2GHBA 2UVHA 3JZJA 3MPLA 2XXHA 4HS7A 3FVKA 3M3LA 5A5XA 3T93B 1QW0A 3K01A 3MUQA 5ITPA 5DYHA 2DWJA 5LOMA 4EQBA 4GL8A 5TP9B 2V3QA 4MLQA 5CMMA 3IO6A 4BDMA 5B70A 2DVCA 3ILTB 2F6PA 3O6HA 2F6GA 4LQ2A 3ONMA 5F7VA 4MH5A 3S9EA 4ZZAA 1MG1A 2O1LA 4RNSA 4XKPA 2E1SA 3M3FA 5FHOA 2UYFA 4R72A 2OCUA 2O7IA 4IO2A 1LAHE 4DIGA 2REJA 3MC2A 4DXBA 1B4HA 3G3IA 3I5OA 2QRYA 1BTJA 1VE4A 4FAJA 4ND9A 4FORA 1SQYA 2DXYA 5DTBA 1OVBA 1MQIA 4F3SA 3V5AA 4NF8A 5L9OA 1XT8A 1ZJLA 4EQ7A 5B7DA 3SEWA 2V84A 2UVIA 2I6EA 4ZS9A 1IZ1A 4NF4A 2V93A 3VXCA 1MXXA 1MXWA 3I3VA 3OO6A 3KZGA 1MXYA 4ZEBA 3M3KA 4RXLA 3T96B 3QIMA 1DSNA 1FTJA 4R9FA 2VOZA 3CRBA 4YB7A 1JETA 2FA7A 4IO3A 1B4ZA 3IAZA 5I84A 2ESNA 3KOTA 3W9WA 4FJPA 1Z7ME 3MZ9A 1JVYA 1QUKA 4GVOA 3VXBA 3UP9A 2GH9A 3OO8A 4DZ1A 1POY1 2OZZA 1QUIA 3K1PA 2PBWA 1UQWA 5H8NB 4PFWA 1FQEA 3TPAA 1B7ZA 1MQHA 4ISUA 4PFYA 4QFKA 4YU0A 3SEVA 5EHSA 2P0SA 1SW5A 4YMBA 1LFGA 3LSLA 1B1XA 4K3FA 3BBRA 4KHZE 4H65A 2VHAA 2F36A 1QVSA 4OENA 1LAGE 4WEPA 3PMWA 3OSQA 4BDLA 1B5IA 3IORA 3CG3A 4OEVA 1EZPA 3PV0E 4Z7EA 2GHAA 5A5XB 2ZNTA 3W9VA 3KSXA 1OVTA 2G29A 1P1OA 5H8HA 2B3FA 4YKPA 1LAXA 1S50A 1IQ7A 4BDQA 1Q35A 1YAEA 3FJ7A 1UTHA 2R6GE 1IEJA 4N07A 2XXRA 2OK2A 1RYXA 1AH5A 2F7CA 2QL3A 5H8QA 2VD2A 3CFXA 4R6HA 4YKJA 2F35A 3EQ1A 4OFLA 2HQ0A 2PVUA 4GD5A 4OFJA 4Q30B 1AL3A 4OVJA 1LSTA 2DQVA 5DVFA 2DWAA 5L9MA 1QJMA 4R6YA 4IY5A 3I6VA 2B65A 5CMBA 4PETA 1D9YA 3PUZE 1MPBA 5FHMA 3GBBA 1US5A 1Y3NA 2HEUA 3SERA 4F3BA 4NF8B 3O6GA 2NWJA 2Y7PA 3SEYA 2F8DA 2XD3A 1S9TA 2H9BA 4IGRA 4DXCA 2OBGA 1A8FA 3RNNA 1P1UA 3OMBA 4OTEA 4ZE9A 1MH3A 4NF6A 4PFUA 4NF4B 3OOAA 1B32A 3IJOB 2ONKE 2GFEA 3KGCA 4GLIA 2A5SA 1HSEA 4F1VA 2CMOA 5DT6A 1GV8A 1VFDA 3C9HA 1IITA 2YJPA 1M5FA 1POTA 1O64A 1N3XA 3VDFA 3G3HA 3K00A 3IO4A 1ZIUA 4NEDA 3TCHA 1FTOA 2Q2CA 4KPTA 3Q27A 4GIZA 4RK2A 1I6AA 4HCYA 2ZYNA 4EXKA 3A3CA 4XKNA 1OQGA 3L6GA 3MP6A 4F2OA 2XXUA 5AA2A 3K6UA 1FTKA 3TTKA 1R6ZA 2QS4A 2IEEA 3E13X 3K02A 4F1UA 1B40A 2P2AA 2V3TA 1RYOA 4G77A 4YZZA 2AL5A 4AB6A 3PD9A 4QFNA 3H7MA 5IKBA 5EHMA 1YCJA 1A99A 3OD7A 5BWJA 2G93A 2DWIA 3Q29A 1VR5A 5H8SA 3LSXA 4KR5A 4LA9A 1QUJA 5KDTA 4LVQA 3IOWA 5H8HB 3O29A 3VLVA 1MXVA 1UTHB 3O2AA 3TTMA 2F97A 2XXPA 4Q8RA 1MY0A 4C1UA 4R74A 4ZECA 1DOTA 3RTFB 5H8QB 3KFMA 3IK6B 1FCKA 1BP5A 4WEDA 3LR1A 3THIA 3TQLA 2W7YA 4X48A 1LFIA 1MY4A 4KD5A 1FQDA 1R9QA 1MY2A 2YLNA 1H3DA 3RQTA 4F22A 2QPQA 4TLLB 3TYHA 3T9VA 2O69A 3UN6A 2X7PA 3R6UA 5ICTA 5HPQA 3C32A 2O51A 3FXUA 5J1DA 2LAOA 4EF1A 3UK4A 4RPNA 3CVGA 4IY6A 5CM6A 4FIMA 3RT8A 3PPRA 1T0KA 2OJTA 3S9NC 1P1QA 1XVXA 1SBPA 4LATA 4OETA 4POWA 4EDPA 3TAJA 3K0VA 4NF6B 1F9BA 1SI1A 1JQFA 1MQJA 4I9DA 2OLBA 2ANJA 1SVXB 4F1YA 3E4RA 1GR2A 1IIWA 4KI0E 4L17A 2DS9A 1DTZA 3U92A 4H67A 4FECA 4YKKA 3B6TA 1Y3QA 3SESA 3GBAA 3CIJA 2M8CA 4POXA 3DP6A 4R75A 4YB5A 2XXXA 3N6UA 1MRPA 4F2QA 4DCYA 1OMPA 2THIA 3FASA 1M5BA 4U2RA 3TZAA 2D21A 5AA2B 2O1MA 3TEPA 1EU8A 1H45A 3C36A 1B51A 3CFLA 1NKXA 1TT1A 3T9HB 3KJTA 1XS5A 3O66A 2Y7WA 1M5DA 3H6UA 2D3IA 3H06B 1KWHA 1XHYA 1GTKA 3KN3A 4NWCA 4H0WA 4MBPA 1JNFA 4R6KA 2YPNA 3MQ9A 1B3GA 3MAMA 3O6IA 3Q28A 3UORA 3HN0A 2I4CA 1DMBA 3T22A 4G68C 1JW1A 4UACA 1USYE 3GXAA 2OWSA 1PB9A 5KDTB 3C35A 3PPQA 3FV2A 4YB6A 3PMXA 3IOVA 1MPCA 1B46A 2DE3A 2DWHA 5FTHA 3DP4A 4U4XA 4KFQA 3EN3A 4O3BA 2F78A 5BUUA 4ZEKA 3H4ZA 3HPIA 1A54A 4ELPA 1B52A 2XXWA 2WKYA 1LBCA 4ELQA 3M8UA 3CG1A 2H4IA 2Q2AA 2NVUB 3KG2A 3P7IA 1M5EA 1D9VA 4QFPA 3IOUA 1XVYA 3ZKKA 3VVEA 4ELRA 4DCXA 5IAIA 1Y3PA 3JV9A 4HTGA 3H03A 1N0TA 4GRKA 2XXYA 3EHSA 2PT1A 2REGA 3TQWA 1ATGA 4OQOA 3R26A 4H8JA 3LC8A 3S2VA 1LFHA 5H8FA 3IB0A 3OENA 4C0RA 3U93A 1B7HA 3IB2A 2H25A 1DPEA 4QSDA 3T9XB 4YKIA 1B3FA 2X7QA 4FATA 4Q5TA 2UYEA 4U1ZA 4M4GA 4TOZA 1B3HA 2XXIA 1YPNA 1SW2A 1PEBA 3BKIB 4XKQA 2R71A 3RT6B 2I58A 5JEIA 4OYVA 4NTLA 2KLFA 1ELJA 3SEUA 3SETA 3G3KA 2I48A 4KYDA 4R73A 3B7DA 2HZLA 4G8NA 4UA8A 4QFOA 3HO7A 3E9XA 1SI0A 3G3FA 1LAFE 3MVXA 1Q1KA 2A5TA 1LB8A 3RN8A 2Y7IA 1SYHA 3OSRA 3FVNA 4GWOA 4XTCQ 2I3WA 5ITOA 3FVGA 2ZNSA 1XC1A 3K6VA 4DE8A 4H5GA 4BDRA 3RPWA 3VLUA 4GFRA 1B0LA 4RA1A 1JW4A 2QJEA 2VGQA 4H5FA 3K1NA 3IB1A 3F11A 4XXUA 3CI8A 3DP8A 3ECRA 3LSFB 1DTGA 2RC8A 4THIA 3H6TA 1LBBA 1NH7A 3S4UA 1JEUA 2NOOA 4X1DA 1SW4A 1O7TA 2P1SA 5L9SA 4I8CA 1LLSA 1Y1MA 5CBSA 1NMUA 4MFIA 3FUZA 3U8QA 1DPPA 1P1NA 2ONSA 2XX8A 4FEBA 1B2HA 4GL0A 4GOTA 3A09A 4ZDMA 4PP0A 2E0SA 2Q8JA 1UTBB 1QKAA 3PUVE 4NMYA 3TUSA 3K1MA 2XHDA 3C34A 2F5XA 5AA3A 2B3BA 1B1HA 1P1WA 1D3KA 2H98A 2X26A 1LCTA 3KOSA 3PUYE 3ILUB 2QS3A 1P99A 3MW0A 1PB7A 4OERA 2DYXA 4GF8A 3OO7A 2Z8EA 1FQCA 1NNTA 3OEKA 4QSCA 4M1VA 3VV5A 1EZ9A 3IJXB 2R9JA 1S7YA 3MZBA 1R9LA 4OMBA 2PYYA 5FTIA 1IXCA 4OESA 3TFLA 3VLWA 5H8FB 4I1DA 1HSLA 2Z23A 3RY3A 4F19A 4F31B 1OLCA 4IO5A 1H43A 1FQBA 1MQDA 5TPAA 2VD3A 4P0GA 4OFOA 4HW8A 5I59A 3FATA 4MLVA 5CMCA 3S9LC 3ODBA 5HBCA 1ZU0A 1PC3A 5I58A 4G2ZA 4DXUA 1MM6A 3OEMA 3KSJA 3U72A 3K6XA 3K6WA 1CB6A 1BKAA 2H99A 4TLMB 1ZKBA 4ZEDA 4IB2A 5JTYA 1MXUA 4WXJA 4RY1A 3C4MA 2F7BA 1URGA 3N26A 3PUWE 1LCFA 3QK6A 3UGWA 2RC9A 3USDA 2Y84A 3H6WA 5KCJA 1A8EA 3D4CA 2A5TB 2PX1A 1ZBMA 3SKPA 4X9TA 5M2VA 1VFEA 2RKMA 4JWYA 3OELA 5I57A 4XIGQ 2XXTA 4LZ7A 4ZEIA 3EHUA 4JXIA 2HFBA 2PMSA 1TWYA 1ZTYA 1OLAA 3VVDA 1B7UA 1LB9A 2Y7KA 4LONB 4F29A 2DOJA 3QAXA 1N84A 4JDFA 3E3KA 4ECFA 1AIVA 1FTLA 2DVZA 2UXAA 1Z7NE 4KQPA 2DP8A 3PU5A 4F3PA 3CR9A 1N7XA 1B3LA 3GLBA 1MY3A 1WVJA 3CSGA 4KCDA 2ZNUA 4OHNA 4R2FA 2RCAA 1OQHA 1SD3A 3EF7A 2H5YA 1QKBA 1PDAA 4U4SA 4JSOA 4Z0IA 3PPOA 4JSDA 2QS2A 3BFTA 2Q88A 4DDDA 1ANFA 2I49A 5HM4B 4PE5B 2I0BA 2ALUA 1NFTA 4EUOA 2ZMBA 5FHNA 1A55A 3OO9A 3QUJA 4FEDA 4OEUA 2FYIA 4GQOA 5CC2A 1UIUA 4LQ5A 2O84X 1EH3A 2AYSA 3KBRA 4ZE8A 4E0XA 1GVCA 2NXOA 2OWTA 5I2KA 4JWXA 2RCBA 3O97A 2Q9TA 3LUYA 4G8MA 4GXAA 1A7LA 3PUXE 4QSEA 4IGTA 5CBRA 4HCWA 5DVIA 4IO4A 3QXMA 4YICA 3MP8A 2Z8DA 2QMXA 5TPAB 5EYFA 5KZTA 1A40A 3R7XA 5I59B 3A3UA 4LZ8A 1N7WA 4ESWA 5I58B 3N5LA 1LGBC 3D4GA 4KCCA 5CRYA 1Y1ZA 4TQUQ 2I4BA 3TTNA 3B6WA 4FE8A 5DEXA 2HAVA 3DELB 3Q26A 3RGYA 2HXWA 5JTYB 4N13A 1PB8A 3N6TA 1BLFA 1B9JA 3L6HA 4G68A 1UTBA 2F34A 3B6QA 4PFTA 3FD3A 3PGFA 3QYTA 5CMKA 5KCJB 3CSBA 1SW1A 2AIXA 3MVWA 3CFZA 3G7WA 3MZ1A 4U1OA 3MVZA 2V25A 5I57B 3SDFA 3HSTA 2ZYOA 1Y4CA 3SEXA 3FZVA 4JB7A 1JEVA 3H3GA 4O3AA 4PQJA 3UIFA 4AQ4A 3PMVA 1WDNA 4U22A 4I62A 1AMFA 1MS7A 5DVJA 3PPNA 2DE2A 5K2YA 2ZYKA 1US4A 4RJZA 2Y7RA 1TFAA 4XKRA 2RC7A 4QFLA 1B6HA 3TELA 4KYEA 3EHTA 2Z8FA 4BDNA 2VP1A 4RPOA 4G4PA 1Y4TA 1GGGA 3MJNA 3TKDA 1WODA 2D5WA 4N6PA 2PT2A 3QSLA 2ZXTA 3PD8A 1NNKA 3MWBA 4RYAA 1I6QA 3FXQA 3MBPA 1ZMGA 5ELVA 2GRVA 3HHGA 1N3WA 1PBPA 1USYH 3ZKLA 4OWDA 4IO7A 1IUDA 4NE4A 2DE4A 3EPEA 2IA4A 3H6VA 1HSJA 2HAUA 1QULA 1B3EA 3KEIA 3LSWA 2O7UA 1ZLQA 4NF5A 1L5TA 4P0IA 3W15C 5AE4A 3TCFA 1NNPA 3IR1A 5K2XA 3S9MC 3KN8A 1NH8A 3AXFA 3G3JA 1O63A 5AA4A 1B5JA 4OXVA 4QHQA 1MDQA 2I0CA 3U94A 4ELOA 3C31A 3TCGA 3BFUA 4EF2A 1NL5A 2QMWA 3N94A 3O28A 5I2KB 4X1BA 3WAFA 5I56A 2XD2A 5I2NA 4OZ9A 5TU0A 3KN7A 1I6BA 4ESXA 5AA2D 1H44A 2HCAA 2XXVA 4U21A 2QS1A 3DLNA 4WKMA 1AOVA 2ONRA 2DXRA 3IX1A 3MP1A 1BIYA 4E0WA 2O68A 4H8IA 3FGSA 3ZSFA 1JVXA 1UIVA 1MH4A 4BLAA 3MPKA 4H6DA 1FTMA 1URDA 4QRZA 4R9GA 2CZLA 2XX7A 5JK4A 3T9UA 2FNCA 2Z22A 3K4UA 2HZKA 3TODA 5TP9A 5DEXB 1FQFA 1CE2A 3G3GA 4AB5A 2F7AA 3FJGA 4G68B 1SYIA 4RK9A 3FXRA 3WAEA 3U1OA 1IXHA 3FVOA 3PPPA 4JBZA 3KJ7A 5L8DA 1TFDA 1J1NA 2I3VA 4O3CA 4YAHX 3JYRA 2Q89A 3V89B 4LUBA 3FJMA 4F39A 1MM7A 3RUMA 3HHFA 3C33A 3FV1A 1Y9UA 3T66A 3V8XB 1II5A 4ZEFA 1R1NA 1N04A 3Q25A 4LZ5A 3TMGA 1IXIA 1B5HA 2UVJA 1M5CA 2XXQA 1D4NA 3IOTA 4NWDA 4G8HA 3QUFA 4R2BA 3HCQA 1YTVA 1MXZA 3TTLA 3IL1B 4IO6A 1B05A 2RF1A 3VE1B 3UA8A 3VVFA 1N76A 4Q0CA 4QF9A 4JWOA 2ABHA 3OXNA 3TTRA 4BDOA 2DSFA 1VSOA 3DM0A 3TDJA 1XOCA 2UVGA 3RTWB 4P11A 1MDP1 3MVYA 1MPDA 2RINA 3LBSA 4YMAA 4DLDA 4C1TA 3O9PA 2V3UA 4NF5B 4H1XA 1MQGA 5ICQA 2XX9A 5CI5A 1I69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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