2Y7PA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. trigonal crystal form
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Burkholderia sp.
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 67
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA02
1A40A 2CMOA 4OEUA 1XT8A 4JWOA 3S9NC 4ZZAA 3H06B 5CRYA 4NF4A 1Y1MA 3W15C 5IAIA 3SDFA 4YAHX 3UA8A 1P1OA 2H4IA 2XHDA 1PDAA 4ELRA 3JYRA 1LBCA 4ND9A 3QUFA 1DPPA 3B6TA 4WEPA 5AA1A 3SKPA 2F8DA 5TP9B 1BLFA 4R6KA 3HHFA 1MRPA 3V8XB 1N7XA 2Y7RA 1YAEA 3HSTA 2DE3A 4PE5B 4XKPA 3H3GA 5I84A 1Y20A 1MH4A 3T9VA 5B7DA 3CSGA 2DVCA 3L6HA 5CBSA 4KR5A 1UTHA 3PPPA 4H8JA 1USYE 3RUMA 3R26A 3S9LC 5EYFA 4PETA 3PUZE 4F3BA 5L9OA 4R6HA 1PC3A 1FQAA 5AE4A 2VP1A 1B3HA 2HQ0A 4IY5A 1B05A 3CRBA 5H8HA 1MQJA 1MQIA 2ANJA 5KCJA 2AL5A 1IQ7A 3LSWA 3M3FA 4QF9A 1XVYA 5FHNA 3C9HA 3KOSA 5DVIA 4G8NA 1JVYA 1IIWA 2BJJX 3ZS6A 1GTKA 4BDRA 3PPNA 4ELOA 3IB1A 5K2YA 4EDPA 4ZZEA 3TPAA 4DXUA 3V83A 1MY3A 1Y9UA 3EHUA 3C36A 2DWAA 3FVGA 4JB7A 4I8CA 4XXUA 1OVBA 4U23A 4GRKA 4HS7A 2NXOA 3KG2A 4IGRA 1R6ZA 4OTEA 3ODBA 1IITA 4G2ZA 2F5XA 4GQOA 1B0HA 1WDNA 3UK4A 3UGWA 1LB9A 1OLCA 4NF5A 3PUWE 4KD5A 5H8NB 3QIMA 4FIMA 5JEIA 1B52A 4WEDA 3V5AA 3TELA 2PX1A 3I6VA 4QRZA 1D4NA 1H44A 3ONMA 4DCXA 1AIVA 3UP9A 4DIGA 4F2QA 4PFWA 1NFTA 2I3VA 5JTYA 2RCBA 2PMSA 3PPOA 1IZ1A 1CB6A 1N3WA 2B65A 1N7WA 1XOCA 1L5TA 4GF8A 3O97A 2HCAA 1B46A 2UVJA 3MP6A 4TQUQ 2PBWA 1FQCA 4ESXA 1NNPA 4O3AA 1MQDA 3FZVA 3IOVA 1B5IA 1MXXA 3OD7A 3LUYA 3MVXA 3KSXA 2OWTA 3KJ7A 5ICQA 3T66A 3OO7A 4GD5A 3T9HB 3MP1A 2Y84A 1GGGA 1LBBA 1T0KA 4AB5A 3C4MA 1DOTA 4GOTA 2XX8A 2G29A 4G68A 3TAJA 4OQOA 4EUOA 4ZE9A 3SEWA 5I57B 1ZIUA 4IO3A 3TCHA 3OXNA 3C32A 3N26A 1DPEA 3CFLA 1QKBA 3PMWA 2DOJA 4I9DA 3QSLA 5I59B 1LLSA 3O28A 2RKMA 5DEXB 5TP9A 2E0SA 2I48A 4FAJA 2UVIA 1FTLA 3C34A 1N3XA 2GH9A 5K2XA 3IOWA 1MPDA 3MVYA 5AA2B 3CVGA 3FJMA 1SBPA 4R74A 3TDJA 2F6PA 5EHMA 1A8FA 3M3LA 3H6VA 3ZSFA 2HAUA 3KSJA 2QS4A 3THIA 2HXWA 3PPRA 4FEBA 5HBCA 3S9MC 1R9QA 2DP8A 2H5YA 1M5CA 1JW5A 4F3SA 3Q26A 4F39A 3K6VA 2H25A 3OSQA 3VLUA 3FD3A 1MY0A 4I1DA 1LFHA 1MQHA 1SVXB 1UIUA 1SI1A 4LQ2A 4G68C 5ITPA 2A5TB 2D5WA 3CI8A 1MXZA 4F1YA 4LZ7A 3O29A 2UYEA 2DVZA 4HCYA 3JV9A 4OENA 4OWDA 2ZYKA 4BDQA 3IL1B 3CG1A 2I3WA 3A09A 2IA4A 1S9TA 1JNFA 4JWYA 5AA4A 2ZYMA 2XXUA 3VDFA 2P0SA 4BDMA 3MP8A 3OENA 1A99A 2P2AA 4GIZA 1P1QA 2FNCA 3H7MA 1EZPA 1US5A 3G3FA 1QULA 3OMBA 3G3IA 3MZBA 1NH7A 5I2KA 3K02A 3RN8A 3RT6B 3IB0A 1A7LA 4X9TA 4I62A 1TFDA 2Q2AA 4NMYA 3ZKKA 3VFJA 1XS5A 2Y7KA 5FHMA 3BBRA 3PU5A 3K1MA 4ESWA 2XX7A 2YJPA 1O63A 3KGCA 4LUBA 3N6UA 1NNTA 3CIJA 4H5FA 4U4XA 5KZTA 4HCWA 4OERA 1P1NA 1DTGA 3OEMA 2Y7WA 2V3UA 5F7VA 1MXVA 1H43A 4EXLA 1ZKBA 1IEJA 4F2OA 1QW0A 3G3KA 2QL3A 3G3JA 5AA3A 1OLAA 1B7UA 3DELB 1B5HA 3IOUA 3Q25A 3K1PA 1SD3A 4ONYA 3VVFA 1VE4A 1ZMGA 5I57A 1R1NA 1UQWA 4LZ8A 1URSA 1B1XA 1YPNA 5TPAB 2UYFA 4U2RA 1Q35A 3VLVA 2DWJA 4IO4A 1O7TA 4C1UA 4GLIA 2F35A 4RPOA 1WODA 4ZECA 3LSXA 5I59A 2OJTA 5A5XB 3OEKA 4EF2A 3EN3A 5CMCA 2QJEA 1EH3A 4OVJA 3USDA 3Q28A 4MH5A 1B4HA 2O6AA 5AA2A 5BWJA 3DP8A 4Z7EA 3KZGA 1EU8A 3SETA 5DT6A 3KOTA 3C33A 3LBSA 2ZYOA 4OFLA 3T96B 1FQFA 3VLWA 1GVCA 2O1MA 4POWA 4YKPA 2XXHA 2RC9A 4YU0A 5FHOA 2HFBA 4WKMA 1F9BA 5TU0A 3DP4A 1POY1 2THIA 4KQPA 4LZ5A 4KHZE 3FJGA 4ZS9A 4BDLA 1PB7A 3OELA 2DWIA 2I49A 5I56B 2REJA 4FJPA 3TZAA 4DE8A 1HSEA 3HO7A 3EHSA 3RT8A 2M8CA 4R73A 1SI0A 3PMVA 1FTMA 3PGFA 1VR5A 2WKYA 3IK6B 1D9VA 4EXKA 1XC1A 2DS9A 3G3GA 3H03A 3CR9A 2ZNUA 3HCQA 1M5FA 3PD9A 3TTKA 1SW1A 3RGYA 2VGQA 3RTWB 1SDXA 1GV8A 2DE4A 3FGSA 1B3EA 4C1TA 3MUQA 4KYSA 4C0RA 4K3FA 5H8SA 4OETA 3KJTA 1M5BA 5KDTB 3O6IA 2E1SA 5M2VA 3C31A 3PPQA 1RYOA 2Q2CA 1I6BA 5DYHA 4U1OA 2H99A 2PYYA 4P11A 3IO4A 5AA2D 2H98A 3K00A 1JEUA 3FXRA 3ILTB 4PFYA 4ZEFA 5L9MA 2XXIA 2G93A 3TODA 3N6TA 3RTFB 1Y3QA 2O7IA 3B6QA 1JEVA 4LQ5A 1SW2A 1RYXA 4RY1A 4ELQA 1B7ZA 3PMXA 2YLNA 2I6EA 5DTBA 5CMMA 1POTA 4FECA 3UN6A 3KEIA 2XXRA 5CI5A 3FUZA 3SERA 4WXJA 2XXXA 1MPCA 3FV2A 1BKAA 2OCUA 4EQBA 3K6XA 1FW0A 4G8MA 3VXBA 1FTJA 3KN3A 3MBPA 4U21A 2XX9A 2XXTA 5IKBA 4EQ9A 4YZZA 3FV1A 2F7AA 3HPIA 1LGBC 4R2FA 2HEUA 4OHNA 3K1NA 3TFLA 5H8QB 4NF8B 2O7UA 3IB2A 3E3KA 2AIXA 3U94A 3KBRA 2F7BA 3KFMA 5H8FB 5L9SA 4R75A 1M5EA 3B7DA 4KI0E 1VFDA 3VV5A 3O6GA 4NF4B 1S7YA 2CZLA 4RPNA 2V3QA 2V3TA 1PEBA 4LP2B 1LFGA 4QHQA 4DXBA 2NWJA 2RINA 2VD3A 4F1UA 1B3FA 4FATA 2O1LA 5A5XA 4Q5TA 4E0WA 4YICA 3OSRA 2RF1A 3QAXA 4MFIA 3L6GA 5BUUA 2ZNSA 4H6DA 1NNFA 5FTIA 1Y1ZA 4NEDA 5F1QA 4DDDA 1UTHB 3VXCA 3IX1A 5FTHA 1CE2A 4HW8A 2RC8A 4FEDA 3MWBA 4MLVA 1PBPA 4X48A 4EF1A 2DWHA 2F78A 1MDQA 5HPQA 1FQDA 5CMKA 3VVDA 5H8HB 2QS2A 1R9LA 3R7XA 2XD2A 3FJ7A 3TYHA 3M8UA 3F11A 1N04A 5CC2A 3VVEA 3IO6A 4ZEIA 5L8DA 1JVXA 4KFQA 3TUSA 4QFKA 4GL0A 1URGA 1OQGA 2O84X 4KYEA 2NUVA 4ECFA 1NNKA 3SEVA 4IO6A 1M5DA 1NH8A 3TTRA 3K6WA 3EPEA 1B51A 2P1SA 5ICTA 1LB8A 3PV0E 4XIGQ 1J1NA 3OO9A 1IXIA 2GHBA 2ZXTA 3O66A 4QFOA 1DTZA 4JWXA 1H45A 2OWSA 2XXVA 2Z8EA 2RCAA 1GR2A 3GXAA 4JSOA 3KN8A 1N0TA 3RPWA 1HSJA 3TQWA 2O51A 2AYSA 1SQYA 3FASA 1I69A 3PUVE 4Q8RA 3BFUA 5H8NA 4E0XA 1BTJA 4X1DA 3G3HA 4G8HA 2DXRA 1MXUA 4AB6A 2I4BA 4JXIA 3IJXB 4F31B 4EQ7A 2FA7A 3K4UA 4ISUA 2B3FA 2DQVA 3K6UA 4GL8A 3PD8A 4H0WA 2Z8DA 4TLMB 2UVHA 1MM7A 3OO6A 1EZOA 2Q8JA 4H8IA 4F3PA 5JTYB 2F6GA 1A54A 1IUDA 1DMBA 3U92A 4YMAA 4MLQA 2R6GE 5DVJA 4U22A 4KYDA 4F19A 2Q9TA 4IO2A 3FXUA 3TMGA 3IAZA 4QSEA 4XKQA 4U1ZA 2ONKE 3QYTA 1IXHA 1MS7A 3TCFA 4DCYA 4XTCQ 3S9EA 3S4UA 1OQHA 1QUJA 5ELVA 3I5OA 4OFJA 2ONRA 1TT1A 1SYHA 1ZBMA 2R71A 4OMBA 3CSBA 2V25A 4G68B 1MXYA 1FTOA 1QUIA 4M4GA 4NF8A 3Q27A 1LCFA 2VD2A 3GBAA 1FCKA 4LONB 1JW1A 1Y4TA 5H8FA 1IXCA 2O68A 1UIVA 2Z22A 3JZJA 3K0VA 4RK2A 2REGA 2OZZA 2PVUA 4RYAA 1LAHE 2ONSA 3N5LA 1LAFE 3B6WA 5DEXA 2D21A 4XKNA 2LAOA 4OFOA 2XD3A 4PFTA 4DZ1A 3ECRA 1QJMA 1LSTA 4GFRA 3MVWA 3DLNA 3MZ1A 3K01A 1B6HA 1XVXA 2PT2A 1SW5A 1TWYA 2NVUB 1SW4A 3R6UA 1Z7ME 1NMUA 1URDA 3HHGA 4IY6A 1N84A 3FVKA 4F22A 1BP5A 4YKKA 2I0CA 1O64A 4BDOA 3P7IA 4R9FA 2X7PA 2Z8FA 4H5GA 3CG3A 3DP6A 4R2BA 3MPLA 3CFZA 2OBGA 1MM6A 1JETA 3EF7A 1OVTA 4ZEBA 3AXFA 1I6QA 1MPBA 3HV1A 3LR1A 3T22A 5I58B 4HTGA 4YB5A 3SEYA 2I0BA 2A5TA 2XXPA 1HSLA 4RK9A 2HAVA 1LFIA 1AH5A 3OOAA 3A3CA 1B2HA 1B0LA 3UIFA 4YKJA 1YTVA 1EZ9A 1ZTYA 1P1UA 4NF6B 2QS1A 1BIYA 1ZLQA 1I6AA 2PT1A 2F36A 4G4PA 5EHSA 1A8EA 4UA8A 1B3GA 3RLFE 3BKIB 5AA4B 3LC8A 3LSFB 4NWCA 4Z0IA 4TLLB 2VOZA 1USYH 2ESNA 3N94A 3E9XA 3SEXA 1S50A 4OYVA 2UVGA 2QS3A 5I2NB 2F97A 2UXAA 1LCTA 2F7CA 1B7HA 2RC7A 3U8QA 5I2KB 1AOVA 2AL4A 3MC2A 4ZEDA 2GHAA 3TTNA 4YB6A 3H6TA 1NKXA 4H65A 1Q1KA 3PUXE 2Q88A 4F3GA 3UORA 3ZKLA 1LAGE 2Y7PA 2X26A 5CMBA 1II5A 4JBZA 3TKDA 3VE1B 4U4SA 2A5SA 1Y4CA 2F34A 2Q89A 3WAEA 1YCJA 4AQ4A 4N07A 1IXGA 3O2AA 4TOZA 3SESA 3W9VA 4NTLA 1MY4A 2VHAA 4JSDA 2H9BA 3M3KA 4OXVA 3QK6A 1JW4A 3LSLA 3V89B 5JK4A 4H67A 2ALUA 3PUYE 1MH3A 1WVJA 4YMBA 4KCDA 4GXAA 4OZ9A 2V84A 1QUKA 2R9JA 3U1OA 2V93A 1UTBB 2OK2A 3BFTA 3RY3A 3DM0A 4Q0CA 4NE4A 1B1HA 3MAMA 5TPAA 3HN0A 3QXMA 1LAXA 3FATA 3O9PA 4NWDA 3TTMA 1PB8A 1VSOA 2O69A 1B3LA 4F1VA 4PQJA 3H4ZA 3I3VA 3MVZA 4PP0A 4QSCA 2YPNA 4LA9A 4L17A 4N13A 1ELJA 3CFXA 4GWOA 1P99A 4FORA 2QSXA 3ILUB 1MXWA 1D3KA 2XXQA 2OLBA 1FQBA 2GFEA 3MJNA 3U93A 2D3IA 5LOMA 1NL5A 4IO5A 2I4CA 3EHTA 4YB7A 3W9WA 1PBQA 4DLDA 4P0IA 3Q29A 1A55A 3T9UA 2QPQA 4OESA 2ZNTA 4FE8A 4QSDA 1MY2A 3EQ1A 4JDFA 3GLBA 1XHYA 1B58A 4UACA 3SEUA 3H6UA 5KCJB 4BDNA 1D9YA 4GVOA 2Z23A 1FQEA 3OO8A 1MG1A 3S2VA 1ZU0A 3K2DA 1QKAA 4F18A 5I58A 2ZYNA 3IR1A 1AMFA 4X1BA 4LVQA 3IOTA 3IORA 1Z7NE 2DE2A 4DXCA 4IGTA 5I56A 4MF3A 4RJZA 4OEVA 5B70A 1ZJLA 4G77A 4QFNA 1N76A 2GRVA 3MZ9A 4NF6A 3WAFA 1TXFA 3E4RA 2QMWA 2HZKA 1MQGA 1US4A 4LATA 2B3BA 1P1WA 5CBRA 4KPTA 4R6YA 5KDTA 2XXYA 3RQTA 3FXQA 4O3CA 1MDP1 1Y3PA 1B5JA 1B9JA 3C35A 2ZMBA 4GXSB 2KLFA 3E13X 4NF5B 4Q30B 3GZGA 1RKMA 1MY1A 1VFEA 2IEEA 1JQFA 3QUJA 1SYIA 4O3BA 2QRYA 4YKIA 4ZEKA 3TQLA 4R72A 5I2NA 4RA1A 3G7WA 5J1DA 4PFUA 4POXA 4ZDMA 3TCGA 2HZLA 1OMPA 3D4CA 5DVFA 4N6PA 1B4ZA 3TTLA 1FTKA 3D4GA 1PB9A 2FYIA 4H1XA 3U72A 1KWHA 3A3UA 4M1VA 4ELPA 2X7QA 3FVOA 4KCCA 1ANFA 4R9GA 5ISUA 4P0GA 1TFAA 4XKRA 4ZE8A 3RNNA 5HM4B 2XXWA 2QMXA 1H76A 4THIA 3MPKA 3T93B 1Y3NA 3MW0A 2W7YA 3GBBA 4QFLA 4RNSA 5CM6A 3FVNA 1OIBA 3KN7A 4QFPA 4BLAA 1AL3A 1DSNA 1QVSA 2I58A 4IO7A 3H6WA 2Y7IA 4IB2A 2DXYA 2DSFA 1H3DA 1B32A 3IJOB 4MBPA 4RXLA 5H8QA 2DYXA 3MQ9A 3T9XB 3O6HA 2NOOA 5ITOA 3FIRA 1ATGA 4F29A 2ABHA 3TEPA 1UTBA 1B40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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