2YC4 | Genus

Total Genus 26

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	26
sequence length	135
structure length	131
Chain Sequence	MKDYAREENGGLVVMASCSDERFPPENMLDGKDNTFWVTTGMFPQEFVLRLESCIRVSKITTLSLNVRKLAVEKCDQDKPDQFEKVFEVELANLQTEVHQVNIRAKYLKFILLQGHGEFATVNRVSVVGGD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of the Intraflagellar Transport Complex 25/27. pubmed doi rcsb
source organism	Chlamydomonas reinhardtii
molecule tags	Transport protein
molecule keywords	INTRAFLAGELLAR TRANSPORT PROTEIN 25
total genus	26
structure length	131
sequence length	135
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2011-03-11

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.120.260	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Galactose-binding domain-like	2yc4A00

3GDBA 3T2OA 3OGSA 2ZEWA 3CZJA 2PQSA 1WKYA 3P1IA 5HXMA 5LA1A 4ZY9A 3WNOA 2EIBA 2VZ3A 2WQ8A 2X09A 1XNAA 5FUIA 2VJXA 3IIIA 2WAOA 4P02B 1K45A 3D3AA 3EB7A 2WO2A 4KMQA 5LA2A 4DUWA 1PX3A 2JKXA 3I2GA 1HN1A 5C70A 2VM9A 3HN3A 1TVGA 1YQ2A 2W1WA 2YC4A 5LA0A 2EIEA 2J1SA 3MUZ1 3MV01 2Y6LA 1PX4A 2Y8KA 1UMIA 3W5NA 4QB1A 1H6YA 2BGOA 3VDBA 4ZZ5A 2JE8A 2W94A 2VQTA 4OZOA 1JU4A 2YC2A 1JZ5A 3I97A 1MPXA 4KI5M 1PMJX 3FHAA 2VZTA 2C26A 2VOTA 4ARXA 3VD4A 1K3IA 4AAXA 1UMHA 5JXJA 3FN9A 2RV9A 2VO5A 2VQUA 2DCKA 3I2FA 5F7UA 4QX3A 2YFZA 2BERA 2OKXA 2RJ2A 2V4VA 2E33A 4XVHA 1O8SA 1JI6A 4BXSV 2VMCA 3OGRA 3K46A 3LEKA 1JU3A 4A42A 1W99A 4E8CA 2V5DA 4GWIA 4BK4A 3NJXA 3GM8A 4TXWA 2KD7A 3ABZA 4QB2A 2J1RA 4GWJA 2VZRA 2Z4FA 1JZ2A 1GOHA 4BK5A 1CX1A 1L7QA 2ZXQA 1NUKA 2WABA 2QQKA 4QDQA 3J7HA 4BDVB 1GUIA 3SKJE 4XUNA 2VZUA 3HNMA 1JYXA 4W8JA 1OH4A 2QQLA 2QQIA 3CZUA 5JXGA 3WNNA 3K4AA 2WZ8A 2VTFA 3HNYM 2QBXA 5G05L 1LNSA 4UAPA 4QPWA 2X10A 5IFPA 3ACHA 2WYSA 3K4DA 4XUOA 2E32A 3EYPA 1JZ4A 1RYYA 2C4XA 2VMFA 4CU6A 4XUQA 3AC0A 3VD3A 2YB7A 2R7EB 2CDOA 3T0DA 3WNLA 1OD3A 4LKSA 3WNKA 1JYNA 3CDZB 4CUBA 1UYYA 2W1UA 4GZ9A 1SHWB 3SEPA 3T2QA 3I2KA 2C9KA 2VMEA 2L9LA 2VCAA 3K75B 3E1F1 4QB6A 4A44A 1GQPA 3HEIA 1KGYA 1TG7A 2J1VA 5IJRA 2W92A 3NRUA 3C8XA 2ORXA 3U37A 1UX7A 2VZOA 2WDBA 1EUTA 3BN6A 3T0BA 1BHGA 4P00B 4QDRA 5DQ0A 5LCWL 3FHQA 4A45A 5DMYA 4HG6B 5HPOA 2W5FA 3ACFA 3F2ZA 1P8JA 3VD9A 2WZEA 5DPNA 1GU3A 2W9XA 3WF2A 3WF0A 3THCA 1CZVA 2J1TA 4P5YA 4LPLA 2Y6GA 5IFTA 2DDUA 3WF3A 4QX0A 2VCBA 4A4AA 2BBAA 2W3JA 1W9TA 1JHJA 2VZPA 3A22A 1F4AA 1UYZA 4MGQA 4CVUA 1J84A 2LW8A 3LQCA 4Z2AA 2JDAA 2W46A 4CU7A 2VL4A 2EICA 2E26A 3I2HA 2B4KA 3VDCA 3WSOA 3DYPA 2Y6KA 1JZ7A 3LPFA 4D0QA 2J1EA 1O8PA 1O59A 2VCCA 4LQRA 5EJZB 3GGLA 5IYYA 2Y6HA 4XUTA 1DYOA 1SG3A 1XNTA 3OB8A 4JKKA 3WEZA 1JYWA 3C7FA 1UY3A 3OGVA 5CYYA 3BGAA 3CQOA 2ZEXA 4FI9A 4RN5A 4DEQA 1GNYA 4CUCA 1NX9A 4PF1A 2W1QA 3ETPA 4W50A 2VC9A 3HNBM 1SDDB 3GXUA 3IAPA 2W95A 4JKLA 1NKGA 4QDSA 3PUIA 4LHSA 4MOAA 3DYMA 2WN2A 3WF4A 2XQXA 1CZTA 4L0PA 5J1XA 2XONA 4ARYA 2DCJA 4MO3M 3K77A 3VD7A 1UY0A 2BGPA 1DP0A 3VDAA 3UESA 4OMCA 3C7EA 3DECA 2Y64A 4RYDA 2QQJA 1UXXX 3LEGA 2Y6JA 3SEEA 3WQBA 2HLEA 1XC6A 4KWUA 4UI9L 1ULOA 2YFUA 2CDPA 1K42A 3I2IA 2J7MA 1ULPA 3PUHA 3LE0A 3WF1A 4XUPA 4A41A 4DUVA 3ZM8A 4MADA 1T2XA 2X05A 2ID4A 3NJVA 1W0NA 3MUY1 3OEAA 1W9SA 4CUAA 2VZQA 5EIYB 2RVAA 3UNPA 4QX2A 2BZDA 3VD5A 4JHZA 4DXSA 5I0DA 1EUUA 5G04L 1H6XA 3HOBA 5CZKA 1UYXA 5JXIA 3DYOA 5EJ1B 4TTGA 4ZZ8A 1R64A 4E8DA 3A23A 1WCQA 3THDA 1CZSA 2B9VA 3IDAA 3A21A 3OG2A 3UETA 2WO3A 4DXTA 2JD9A 5JXHA 2VZ1A 3ACIA 3MV11 1UY2A 2ZEYA 3CIHA 3OBAA 1UZ0A 1UWWA 2XOMA 4PT6A 2VZSA 3OEBA 4DEVA 1W8OA 2ZEZA 1UXZA 5JR2A 5JMOA 2WBKA 4OUEA 1L7RA 4A3ZA 1NAEA 3HJRA 4XZUG 3I3BA 4ET7A 2VR4A 3ACGA 3MBWA 1J83A 4D8MA 4ZXEA 5C71A 4OYUA 1W9WA 3T09A 1XPWA 3CKHA 1CIYA 3I3DA 4P08A 2WN3A 1UY4A 4M4RA 1US2A 1IQDC 3C7GA 1I5PA 2J1UA 3LEIA 2J1AA 2LS6A 2WO1A 3T2PA 1W8NA 4YPJA 4JKMA 2W47A 5IHRA 1PMHX 2W87A 1D7PM 3JXSA 2V72A 2EIDA 2QQMA 2VMDA 3CMGA 3A7QA 1K12A 4BJ0A 1GOGA 1DLCA 2E31A 4MGSA 1GOFA 3IB3A 1JYVA 3K4ZA 2VZVA 1KEXA 2WUHA 1OF4A 2W91A 2WAAA 3NQHA 3NNGA 5A1AA 1JZ8A 3HPNA 1F4HA 4QAWA 2XHNA 4DUXA 1JZ6A 3P6BA 3FL7A 1UY1A 3MO4A 1US3A 4DXRA 4IUGA 5B4NA 4CU9A 2HYXA 3LPGA 1JZ3A 3C7OA 2QQNA 1OT5A 1GMMA 2ORZA 3IAQA 4M4PA 2W1SA 3I3EA 3WNPA 3C7HA 4XURA 4OMDA 2J22A 3SKVA 5C7GA 4QX1A 4JX0A 3WNMA 4UOJA 3T08A 5JUVA 1OF3A 2QQOA 3I2JA 3T0AA 4AG4A 3W5MA 4PQQA 4W4ZA 3ECQA 5DN2A 4A6OA 2YG0A 5B4XA 4CU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2RS51 2YHJA 3T2OA 2HWD3 3VV1A 1IKQA 1CD3G 4XDOA 4Y4RA 3VBFA 2ZABA 3T2TA 5L9BA 3P1IA 4H7LA 1UD1A 5DUUA 5HXMA 4Q1RA 5F37A 2QDRA 3DL3A 2WKKA 2WQ8A 2X09A 1UQXA 2AYHA 2YROA 4Q0UA 5T5JA 3RYPA 3ZSKA 4GB33 4CXYA 1VALA 1XNAA 2R1DA 1OI6A 5A7NA 2XBO1 2WFF3 3AMNA 3IIIA 1VB4A 3T1LA 3SCHA 1K45A 1SDWA 2LRPA 3D3AA 3EB7A 5FYIA 4KMQA 1LR5A 4N7UA 1PX3A 1BK1A 4FO9A 1XNKA 3FWEA 4BQXA 4BXFA 2B46X 1QOSA 3OF1A 1K5MA 3GZTB 1QJX2 5LA0A 4N43B 3UKVA 4FTSA 4FPYA 3ZN6B 4RGAA 3J8F2 3GJBA 2EIEA 5DUWA 2J1SA 5FZOB 4AQ6A 1H9WA 4XDPA 1UMIA 3AM2A 3KZ4C 3NMBA 3MEPA 1A8DA 1GNHA 2BGOA 3O14A 3R4DB 3KV4A 4Q0QA 5A33A 3VKNA 3VDBA 1WD4A 3ASIA 5L7OC 2W94A 2D98A 3KD4A 4Q0PA 2OQ6A 4FFFA 1A8MA 2R16A 4OZOA 3KF5A 4COZA 4M0NA 3ZXEA 2WNOA 1SLIA 4IEYA 3I97A 2O0OA 3NW4A 3PVBB 1SBEA 3E5XA 2BNMA 5AVAA 2XG3A 4IETA 4NRMA 1YJKA 4QHZA 1WA4A 3ILNA 5F32A 1Q8QA 2ZGUA 3VBHA 5T54A 1RVF3 4ARXA 1AR71 1NA1C 2Q5TA 3NJZA 4LLFA 2BTVC 1N1YA 4CEYA 3BCWA 4G9SB 1LRHA 3J7NA 5J7MA 1NA1A 2ENRA 1YQCA 1ZRRA 4XAEA 1QNYA 4LJHA 4XVHA 3VDDB 3MW4A 1DGWX 2DCTA 2R6QA 4IERA 2C6SA 4X8NA 4XQWA 1O8SA 1ZBA1 4RS5B 3CLPA 1E5SA 4IE0A 3GZEA 3ZXKA 3B5LB 4B4RA 3HVDA 1Q3EA 4LBKA 4RR3A 1I9RA 5F3EA 3S57A 3QBQA 1SLLA 1TME2 3GCWA 2E7TA 4D3WA 1REFA 5KHHA 4MGIE 1YEWA 4MVTA 3KVBA 4YG6A 4TWTA 4V1PA 2X8KA 5CFCC 2XVGA 5FZOA 1WW4A 1GFF2 3LSEA 2CL2A 3H50A 2Z4FA 2JG8B 5IUQA 2BEOA 4YVWA 3RZJA 1QJZA 3OPZA 3OSDA 3LD8A 1K5MB 3RMYA 2RS33 4JAAA 1PZ9A 1H2MA 3ILRA 4HFSA 1O5UA 1DIWA 1BEV2 2VXRA 3HT1A 4H2AA 5K0UC 4XFGA 4EQVA 5A3NA 3O1VA 1GUIA 1KITA 4R9CA 3K48A 2WZR2 1ZX5A 2DWRA 2AGSA 3J8F1 4W8JA 1RUG2 2QQLA 2VGDA 1IPSA 1OHFA 5KHJA 2DTWA 4HANA 2WWJA 4AYUA 2ZGNA 4LO8A 3FUOA 1UN1A 3K4AA 3BTXA 2WZ8A 3AYDA 4JHTA 3MZHA 4Q4X1 3PHMA 1J3PA 1SLAA 4UAPA 4RS5A 4CP9B 1NLQA 3AMQA 1OVPA 5C8CB 3K4DA 2WYSA 5A6XA 2VBDA 2E32A 2TEPA 4K1YA 2R32A 2CAUA 1H2NA 2C4XA 4XUQA 2HBTA 1BBT1 3AKTA 3GBGA 4ORFA 1OD3A 1LGNA 2QUOA 4LKSA 4LUMA 1UYYA 2HWF2 4MX3A 1R081 2IXCA 3USUB 4IEXA 3USUA 1MS5A 3SEPA 4LBQB 4K7JA 3VBFC 4M00A 3HQRA 3O1UA 1VAMA 3KT1A 3K75B 4YSFA 1QWRA 4XJ8A 3HEIA 1KGYA 1TG7A 1YQ8A 3AZXA 4UFMA 1FOD2 1ULFA 5D2AA 4FPJA 1EUTA 1W6QB 3BN6A 5TSWA 2DF7A 1QJY1 3K51A 3POBA 4QXCA 3BODA 2D3PA 4UW5A 1OURA 2HWE3 2YU2A 4E4DX 1BMV1 1ZZ6A 2QZ3A 3AKQA 3CEWA 4QDRA 4XF3A 1ASJ3 3SLIA 5CEHA 5KXBA 1JYCA 3FHQA 2GP5A 1IQAA 3OBTA 3RPQA 3VKLA 2PHXA 5HPOA 4Y1YA 5E1RA 1ND2B 5GLTA 2W5FA 4EZ4A 2AUYA 2YPDA 2CAVA 4FP2A 4LITA 1LENA 3F95A 3M4FA 3ACFA 3FC0A 1YFXA 4MH0E 4KL1A 3RFRA 4BMBA 4CEWC 3ILFA 5FOBB 2W9XA 1D2QA 3WF2A 3THCA 1L3JA 3E6CC 2ZA9A 3ITQA 4FAHA 2VVEA 1HDKA 5ABJB 4NIHA 2A7AA 4LTAA 4A4AA 1BXHA 4ZPIA 1FAYA 2E6VA 4NAMA 5AFEA 5FPVA 1EAH3 2W3JA 3VBRA 3WT3A 2Y26A 4GMP1 1SLTA 1QH7A 4Q4Y2 4DB5A 2LW8A 1F8VA 1E5HA 5DUXA 1RUI1 4WZFA 3LQCA 3KM5A 3AJZA 1WMFA 2W46A 3KQ4B 4NAOA 4MUVA 2WT0A 2BVBA 2VL4A 4PBPA 2OYZA 2OVUA 2D5FA 2JIJA 4ATFA 3AXEA 5FXZA 3M3OA 3RZGA 1J59A 1LTEA 1COV1 3TNPB 3ROUA 5JZGC 3N9MA 4BH9A 4E2SA 1JZ7A 3FJSA 3B9CA 5KC5A 4WM8C 3L9JT 4ZS2A 1O8PA 2GNDA 4JTOA 1IZ3A 2G19A 2VE1A 4LBQA 5FO7B 4Q4Y3 2ZKLA 2NMNA 3B7MA 2MEV1 2XXZA 1NYWA 2GMMA 4KG8A 3QCWA 1OUXA 4XACA 1U5IA 4MGYE 5IYYA 3ZFEC 4R4ZA 5FO9B 3OB8A 1F5JA 2ZGQA 4JVAA 4Q4V2 3ZMNA 4AZZA 5A7WB 5C8CA 1C8NA 5BNNA 4B3NA 3P3NA 2ZEXA 1DQ6A 4FI9A 3AMPA 2IXJA 4BOWA 4DEQA 4IQPA 4AI1A 1WUVA 3NNFA 3Q8FA 3TWIA 2MEV2 2JWPA 3WG3A 2SBAA 5JLVA 4CP2A 5CFDA 4YVSC 5GLWA 2ZZQA 4B4PA 3KHCA 1BBT2 1BVP1 1DGRN 3DKWA 5FYHA 5FQ0B 3H3ZA 2JDPA 4YM0A 4DOUA 2UU8A 2JDHA 3GXUA 3IAPA 3W59A 5H9QA 5HV4A 1NQDA 4XILA 2EXJA 4IW3A 1UIKA 1EY2A 4MOAA 3DYMA 1RGSA 3VBOB 3WF4A 1C5IA 1DZRA 1D2SA 5FAXA 2GNTA 4OCTA 3VBSA 2VOKA 3U10A 1W6OA 3RDIA 3V0BA 2XUEA 4AK3A 5F3GA 1LAJA 1RUJ1 1W8WA 2YBSA 2BGPA 1AR91 1OQEA 2PA7A 1IOAA 3VBOC 5F3CA 4FFGA 2VQ0A 3B69A 3UESA 5BNOC 1GLHA 4Q4W1 3VBUA 3C7EA 5LEKA 3H7JA 1IS6A 2Y64A 4RYDA 4RHV1 5HV0A 5BNNB 1W6MA 5FZMA 1Y3TA 5EPAA 2QQJA 3AB0A 5LWBA 1D4M2 1QXRA 3OYWA 4LKDA 3WHUA 3LEGA 3WR0A 3N9OA 5IATA 1LOBA 1XC6A 2PYTA 4QPIA 1TME3 5FP9A 3T1MA 4DIQA 5IT6A 1O5LA 5DABA 5T55A 1SFYA 2Z5WA 4MSVA 5FZ7A 5FZKA 1K42A 2KXLA 1OVSA 2CNAA 4J1WA 4LHLA 2H0BA 3POSA 3VBHB 1V9U2 3SH4A 4EV0A 4I30A 4Y1UA 3O1PA 4QXKA 1MQTA 3VZNA 2QJVA 5FPZA 4YZ5A 2P6CA 4WM8B 2O14A 2QNKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2YC4A

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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