2YDGA

Ascorbate co-crystallized hewl.
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Effective Scavenging at Cryotemperatures: Further Increasing the Dose Tolerance of Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-03-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2ydgA00
5KXSA 1DKKA 4AXTA 1LSDA 1GFGA 4CFOA 1JITA 3GXKA 4TX7A 5LAFA 5FDJA 1KIQC 2Q0MX 1GHLA 4GCEA 4NSGA 1FLUA 5KKJA 1HFZA 4H9AA 1BB4A 1D0KA 2ZQ3A 5LVHA 1RCMA 1IP7A 1NKHA 2Z38A 3ATOA 2BQFA 3B0KA 3EXDA 1GB8A 1BGIA 208LA 1DI5A 1QTEA 1LJHA 5AMYA 2YBLA 4KPMA 1LSPA 4G4HA 4H1PA 4KT3A 1LZTA 1B7OA 5A3ZA 1HFXA 2F4AA 3RU5A 1ZV5L 1F10A 1IO5A 1LJIA 1YANA 1GWDA 1WTMA 4LT0A 4WMGA 5KY1A 4H93A 5KXRA 2CWIA 1IC5Y 1W6ZA 1VDTA 1GB9A 2BQIA 4HJVA 1CKGA 4WM4A 4KL7A 3TMUA 1XEKA 1G7LC 1DZBX 3CQLA 4H9FA 4RW1A 1E8LA 1G7JC 1LHMA 2Z39A 3J4GA 3P68A 1BB3A 4H90A 4B0DA 5LVGA 1GD6A 3A8ZA 4HJZA 1C45A 4W96A 3CSZA 4NHSA 1A4VA 1NWGA 1IOSA 3BKHA 5LA5A 1EQ5A 1ZMYL 1IP2A 2MEEA 3AZ5A 4BADA 4DYGA 4NGVA 2YBIA 4W94A 1GB0A 2F30A 1NBZC 4GN4A 1HMLA 4YEOA 1GF3A 3A92A 1PS5A 5KJ9A 1BB5A 4YEMA 2XBSA 4DD1A 2FYCA 4XJFA 1B2KA 1V7TA 5C6IA 1LJ3A 1LKSA 1FLYA 4WM5A 1GF9A 3TXFA 4CHXA 4O34A 2MEBA 3E3DA 1KIPC 1D6QA 1DXJA 5L9JA 1LMQA 193LA 5IDDA 4BAPA 2D91A 4M4OA 3A96A 4NGYA 5B1FA 1LCNA 1QSWA 1LZDA 1H6MA 1UICA 4YOPA 1D0MA 1GB7A 1B7PA 2LYZA 1LJNA 4GCDA 4TUNA 1VAUA 5B1GA 1J1PY 1LZNA 4NGWA 1KXYA 1OUAA 4NFVA 4OOTA 4EOFA 1LSCA 1INUA 1QDRA 2ZYCA 4X3BA 5DN5A 5E9RA 3WULA 1UCOA 133LA 5EBHA 3ZEKA 1A2YC 1GPQC 4IATA 5APDA 1UBZA 2DQCY 1IWZA 4OOOA 207LA 3QY4A 2MEFA 4ZEEA 2I26L 2BQGA 3A6CY 2Z2FA 1RJCB 2N5ZA 3A93A 1XGQC 5APCA 4H9EA 1NDGC 2W1LA 3VWOA 3WVXA 5IHGA 4FDYA 4OWEA 3BKVA 5LVKA 3WMKA 1OUBA 1FKQA 1KIRC 3W6CA 3A95A 1JUGA 4NGJA 5L3HA 5KKIA 1FKVA 1T3PA 135LA 1GB5A 1IP5A 4WLTA 3RZ4A 4N1EI 2ZILA 4Z41A 3IJVA 2YBHA 4WLDA 3LZTA 2EIZC 5I54A 4C5FA 1C10A 1VDQA 1QSAA 1IOTA 1JEFA 1IP1A 2D4JA 1B7NA 2DQFC 4HV1A 3TXBA 3W3EA 1YL0X 1QIOA 1JJ1A 4N1CC 1GBOA 1LSZA 1GXV2 2BQOA 3B0IA 1XEIA 1LJKA 2BQMA 8LYZA 2ZQ4A 5APFA 5I53A 1LSEA 1GAYA 2CJLA 1HSXA 4GN3A 3G3AB 4RLMA 2I6ZA 4XJDA 4M6DA 1LZ8A 2G4NA 4XJGA 2ZIKA 5A3EA 3T36A 3WYHA 1GB2A 1GFHA 1TEWA 1LSGA 1G7MC 4LGKA 2IFFY 2XTHA 4H9HA 1LMAA 4B4IA 1KXXA 2HU3A 2Z2EA 4OWHA 2BQBA 4QGZA 1LJ4A 3WL2A 4ETCA 4NSIA 1DI4A 1GDWA 1DQJC 1IR9A 1LJEA 2BLXA 5FHWA 1LYOA 1Z55A 1LYYA 2BQKA 1KXWA 2XBRA 1EQ4A 2MEAA 2LHMA 5LA8A 1IWVA 4NG1A 1GFKA 1GEVA 1WQMA 2DQGY 3W6AA 4QY9A 5DLAA 5F9XA 1UUZC 1GB3A 3A94A 1J1OY 2ZNXY 3QE8A 3W6DA 3WPJA 1LSYA 1IWWA 1HEPA 1I20A 2A7FA 2MEGA 4WG1A 3AZ7A 3EO5A 4DDCA 1LMNA 4XYYA 1IWXA 1JKAA 3FE0A 4WL7A 5KXKA 4MR1A 1UIBA 1HC0A 1XGTC 1GFAA 5ILFA 5C6JA 1GBZA 3KAMA 4GCFA 5HQ1A 5F9UA 4DC4A 3AJNA 4NHQA 1LZGA 1HMKA 1HEOA 3P4ZA 5DM9A 1UIEA 4P2EA 1LZ1A 2BQLA 2F2NA 1QUTA 3EMSA 1GBXA 1JKCA 4NHPA 5F81A 4NG8A 2W1MA 3HFMY 1GDXA 2Y8PA 4DDAA 1GF8A 3LYZA 1IIZA 5LINA 2CDSA 134LA 3OK0A 4ZFPA 1NF5A 2HEFA 1CNSA 1LHKA 3TMXA 1FDLY 2DQJY 3TXJA 1REMA 4H8ZA 4PRQA 3P66A 2PC2A 3A3QA 1NBYC 1BB7A 1LMOA 2YVBA 1TAYA 1LHLA 1HEQA 3AB6A 1C7PA 5FCPA 4I8SA 1GFJA 1FBIX 1IWTA 1YKYX 4NHIA 5FELA 3TXEA 3LZ2A 1LJFA 4NGKA 4ET8A 1CKDA 2ZIJA 2Z19A 1B7LA 5KXWA 3B0OA 5LIOA 5B05A 3AW6A 1HENA 4B4JA 1UIAA 4PRUA 1GE1A 4ETAA 1WQRA 4H92A 4WOAA 1WVVA 1D6PA 1B5UA 4LYZA 3RNXA 4B49A 5KXOA 3WW5A 2Z12A 1JSFA 1IWYA 1OP9B 1DPWA 1GEZA 1QTKA 5C6LA 2MEDA 4A7DA 5LYTA 4DDBA 9LYZA 1NHEA 4TWSA 5ILCA 1JISA 1LKRA 5LAGA 5FSTA 4DD3A 3ZVQB 4B4EA 1C46A 1NDMC 3WW6A 3M3UA 7LYZA 4LFXA 4NSJA 4HTNA 5FEKA 5LVIA 1IY4A 1IORA 1B7QA 2BPUA 1YQVY 2FYDA 3WUMA 3N9AA 1LOZA 1UC0A 1CJ9A 1VDSA 4N8ZA 5B06A 3A90A 3IWRA 4IJ4A 1OUEA 4L41A 1HF4A 1UACY 1VATA 1LTMA 1VEDA 3G3BB 1HFYA 1BWJA 1XGPC 2BQEA 2EPEA 6LYZA 4FJRA 1LHIA 5IELA 4QDNA 2BLYA 5D5FA 1WQQA 1OUGA 4GCBA 5LYZA 3W6EA 1IC7Y 4WLYA 4RDSA 1C08C 5HLLA 4BS7A 1TDYA 4J7VA 4GCCA 2G4QA 2BQAA 2H5ZA 2LZ2A 2XJWA 4I0CA 5HMJA 3QNGA 1YROA 2HEEA 4OWCA 3WUAA 1GE0A 4ETBA 5B59A 5LVJA 2F4GA 1F6RA 5KXYA 2D6BA 4G4CA 4PPOA 1B5XA 5KXTA 2Z18A 1UIFA 2HECA 4WL6A 4WM2A 3TXGA 4TTDA 1B9OA 194LA 1JJ0A 1BVKC 1REXA 1WQOA 1LZYA 2DQAA 2FBBA 1DPXA 3LHMA 4H9BA 1QUSA 1XSFA 4DWXA 1B7RA 3W6FA 4TSBA 3P64A 2EKSC 2DKVA 1REYA 1P2CC 2HEAA 3N9CA 1F6SA 4B1AA 4LT3A 4GN5C 3D3DA 5LYMA 3A34A 1HELA 3CSRA 1QDTA 3WXTA 3AZ6A 3RT5X 3TXHA 4AGAA 1RE2A 3ULRA 3A67Y 1IVMA 2I25L 1YKZX 4XENA 1W08A 2GV0A 2W1YA 4HPEA 2MEIA 1GFTA 5DL9A 1GFVA 1IX0A 1BHZA 3TMVA 3IJUA 4NEBA 3MGWA 3WU9A 4NY5A 1NQIA 1PZYA 4H9CA 1GE3A 4QEQA 2BQHA 1O23A 1YIKA 4DT3A 1BB6A 1IR8A 4H8YA 4LYBA 5JENB 1HSWA 4ZIXA 1CKHA 1DI3A 1XFPL 1JTOL 2X0AA 2YDGA 1LSBA 1AZFA 1HERA 2ZYPA 4NGIA 1LZEA 4WG7A 6LYTA 1OUDA 5J7CA 1LZ6A 5I4YA 3M18B 1B0DA 4YF2A 1OUJA 2BQDA 1VDPA 4YENA 3EBAB 1GXXA 1N4FA 1JHLA 5M1YA 2B5ZA 1AKIA 2YBMA 1GBWA 4OWAA 4NGLA 5II3A 3AGIA 2BQJA 1LSFA 4GLVA 5HNCA 4DD7A 1BWHA 1UA6Y 2NWDX 1C43A 1LZRA 2G4PA 1FN5A 1B5WA 1IP3A 1JTPL 4HTKA 4NHTA 4H8XA 2YSSC 2HEDA 4NWHA 1QQYA 1HEMA 3FI7A 1LSMA 4R0FA 5APEA 4J1AA 1SLYA 1LHHA 1YAMA 3AZ4A 1LMPA 5L3IA 1IOCA 4H91A 1IC4Y 3A6BY 1JKDA 4LYTA 5F14A 153LA 1WQNA 4XJHA 4TSCA 2HEBA 5I4XA 1HEWA 5I5QA 3AYQA 1LHJA 4HJYA 3LYOA 4IASA 3A91A 3AGHA 1CJ8A 1DKJA 1LZ4A 2FBDA 1XGRC 3A3RX 4Z98A 5T3FA 1AT5A 4ETEA 1G7HC 4OW1A 1JWRA 1HHLA 1BVXA 1YAQA 5B07A 2DQEY 1CJ6A 1T6VL 2W1XA 4LYCA 1UIGA 2BQNA 154LA 4DD9A 4XADA 1GE2A 1LZ5A 1IP6A 1OUHA 4ML7A 4RW2A 5KXMA 1JKBA 4NIJA 4HV2A 4WLXA 1TBYA 3F6ZA 4WM1A 2ZNWY 3LN2A 3OJPA 1GF0A 1GFRA 2BQCA 3HBHA 4H9IA 1LSNA 1JIYA 1JPOA 4DD2A 1GF6A 4G9SA 1GFEA 3K3TA 3CT0A 4XJBA 4LZTA 3RW8A 1LZCA 1SQ2L 3WUNA 4BAFA 2H9KA 1BQLY 1F0WA 1OUFA 2ZWBA 1H87A 1I56A 3CSQA 4II8A 1ALCA 3TXKA 1LJGA 4G49A 3GXRA 1GF7A 2C8PA 5HNLA 2C8OA 1UIDA 4E3UA 3B72A 3WU8A 3WU7A 1IEEA 2IHLA 3CT1A 1LZBA 1REZA 4LYOA 4HPIA 4J1BA 4UWNA 3TXDA 4LT2A 3P65A 1YKXX 4MCKA 3WH1A 2MECA 1LYSA 4OWBA 1B7SA 4PHIA 4GLAA 1FLQA 1NMMA 4UWVA 2A7DA 4ET9A 1CKFA 2DQDY 1UIHA 4PJ2C 1LZAA 3WPKA 5I4WA 1V7SA 1LMTA 1MELL 4LFPA 2HTXA 4HP0A 3W6BA 1LYZA 4HSFA 5KXPA 1IP4A 1D9UA 1EQEA 4WM3A 4NGOA 4G4BA 3WXUA 1B5ZA 1VFBC 4J0LA 1LZSA 2WARA 4MSTA 4R6CA 4YM8A 4WO6A 1RI8B 4LYMA 1BWIA 1YAOA 2EQLA 1WVUA 2H9JA 3HBDA 4U3XB 4Z46A 5HMVA 5KXXA 2AUBA 4HTQA 4XN6A 2LZTA 2DQIY 3LYMA 1MLCE 132LA 4WM6A 1YL1X 3N9EA 1XGUC 4CFPA 1OUCA 1GF4A 1LAAA 2YBJA 1I1ZA 1OUIA 1WQPA 1LPIA 2HUBA 3AGGG 4H94A 1AT6A 2D4KA 4XJIA 4CJ2A 2BAAA 1ZVYB 3TMWA 5E4PA 4DD0A 1IY3A 1GAZA 3TXIA 3ATNA 1LJJA 1IR7A 1LMCA 1XEJA 5KXZA 1OQMA 1GF5A 4NGZA 1GFUA 1JTTL 3HBEX 5KXLA 2DBTA 4KXIA 3B6LA 3CB7A 1D0LA 4D9ZA 1HNLA 1ZVHL 3J6KA 4WO9A 1GE4A 1YAPA 4CGEA 5K7OA 5LXWA 1WTNA 4NWEA 3T6UA 1B7MA 1FLWA 4ANRA 2D4IA 5F16A 4EMNA 1CKCA 1G7IC 1LSAA 1TCYA 3LYTA 1EL1A 1CJ7A 1YILA 2LYMA 4RLNA 1GBYA 4Z3MA 2YBNA 1LZ9A 2LYOA 4UWUA 1J1XY 2RSCA 2Z37A 4ETDA 1GBSA 1RFPA 3D9AC 4C3WA 4N9RA 1JJ3A 1AM7A 1GB6A 2DQHY 3WVYA 4N0JA 4N5RA 2CGIA 4LT1A 3SP3A 3ZVQA 2MEHA 5KXNA 2VB1A 1B5VA 5DN4A 4NSHA 4PGJB 3WPLA 3CT5A 1IOQA 1IWUA 1JSEA 3AW7A 1B5YA 2HU1A 5D5CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZYTA 186LA 5LAFA 1QS5A 1GHLA 4NSGA 201LA 5KKJA 1NKHA 3ATOA 3B0KA 1JTNA 1QTEA 224LA 3DKEX 4KPMA 4G4HA 1ZV5L 1G1VA 2B6XA 4OO9A 244LA 1VDTA 1GB9A 2B6TA 4HJVA 170LA 4KL7A 3SBAA 1DZBX 1E8LA 1LHMA 2B6YA 1GD6A 1L0KA 1L18A 1L23A 1C45A 4W96A 122LA 1A4VA 221LA 1NBZC 1HMLA 4YEOA 1GF3A 1WTHA 2XBSA 4XJFA 1B2KA 3HH5A 4WM5A 198LA 1FLYA 3C80A 4O34A 1DXJA 5L9JA 173LA 3A96A 4NGYA 1QSWA 4YOPA 1D0MA 1B7PA 3D4SA 145LA 1OUAA 1L19A 1C6FA 4ARMB 1LSCA 1UCOA 5EBHA 1L48A 5APDA 1IWZA 1P6YA 1XJUA 2W1LA 1FKQA 1KIRC 3W6CA 1C69A 220LA 4NGJA 4ZPUA 4WLTA 4N1EI 1G1WA 2OU8A 4WLDA 3LZTA 3HUAA 1L13A 1JEFA 1D3FA 4YXAC 3TXBA 1B7NA 1LLHA 1QIOA 4W56A 1LSZA 3B0IA 1LJKA 2BQMA 3CDQA 5I53A 3C7WA 1LSEA 1GAYA 4XJDA 1HSXA 4M6DA 177LA 3HT7A 2I6ZA 1LZ8A 1PQJA 2G4NA 4XJGA 5A3EA 4YXCA 1GFHA 1TEWA 1C6HA 2XTHA 213LA 1LMAA 4H9HA 2HU3A 4QGZA 3WL2A 3DN2A 2BLXA 1GDWA 1KXWA 1QTZA 110LA 1IWVA 2DQGY 1GEVA 1WQMA 4QY9A 3ODUA 3GUMA 1IWWA 3AZ7A 1IWXA 1UIBA 1L14A 5C6JA 1GBZA 1OVKA 3KAMA 3AJNA 217LA 1HEOA 5DM9A 1UIEA 2F2NA 1QUTA 1JKCA 1L59A 2W1MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXS A;  1DKK A;  4AXT A;  1LSD A;  1GFG A;  4CFO A;  1JIT A;  3GXK A;  4TX7 A;  5LAF A;  5FDJ A;  1KIQ C;  2Q0M X;  1GHL A;  4GCE A;  4NSG A;  1FLU A;  5KKJ A;  1HFZ A;  4H9A A;  1BB4 A;  1D0K A;  2ZQ3 A;  5LVH A;  1RCM A;  1IP7 A;  1NKH A;  2Z38 A;  3ATO A;  2BQF A;  3B0K A;  3EXD A;  1GB8 A;  1BGI A;  208L A;  1DI5 A;  1QTE A;  1LJH A;  5AMY A;  2YBL A;  4KPM A;  1LSP A;  4G4H A;  4H1P A;  4KT3 A;  1LZT A;  1B7O A;  5A3Z A;  1HFX A;  2F4A A;  3RU5 A;  1ZV5 L;  1F10 A;  1IO5 A;  1LJI A;  1YAN A;  1GWD A;  1WTM A;  4LT0 A;  4WMG A;  5KY1 A;  4H93 A;  5KXR A;  2CWI A;  1IC5 Y;  1W6Z A;  1VDT A;  1GB9 A;  2BQI A;  4HJV A;  1CKG A;  4WM4 A;  4KL7 A;  3TMU A;  1XEK A;  1G7L C;  1DZB X;  3CQL A;  4H9F A;  4RW1 A;  1E8L A;  1G7J C;  1LHM A;  2Z39 A;  3J4G A;  3P68 A;  1BB3 A;  4H90 A;  4B0D A;  5LVG A;  1GD6 A;  3A8Z A;  4HJZ A;  1C45 A;  4W96 A;  3CSZ A;  4NHS A;  1A4V A;  1NWG A;  1IOS A;  3BKH A;  5LA5 A;  1EQ5 A;  1ZMY L;  1IP2 A;  2MEE A;  3AZ5 A;  4BAD A;  4DYG A;  4NGV A;  2YBI A;  4W94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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