2YEKA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd2 with the inhibitor gsk525762 (ibet)
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
RVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the Bet Family Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yekA00
4UIUA 2RS9B 3JVLA 5LKXA 5FE7A 5CS8A 5D26A 5HM0A 4J3IA 4LZ2A 5E7DA 3UV5A 4IR5A 4OGIA 4YY6A 5JWMA 4CUQA 5FH6A 5HENA 3O35A 4HXRA 5E9MA 1N72A 4Z1QA 4IR3A 4NR7A 4O76A 5EWCA 2R0SA 4QC1A 5IGLA 2WP2A 5A7CA 4QYDA 2RI7A 4ZW1A 5EI4A 5L97A 5D3LA 5E73A 3D7CA 4XY9A 4LYSA 4A9NA 4NR9A 4A9HA 3U5NA 4MENA 5CQ5A 5L8TA 4MR4A 5D3RA 4BW1A 5FE8A 4YK0A 5BT5A 4TT2A 4TU4A 5CFWA 3UVYA 5FFVA 5I1QA 4QSQA 4TT4A 3QZSA 4O7AA 4HBWA 5F1HA 3MB3A 4UYFA 5F36A 4X2IA 5IGMA 5C85A 4YADA 4ALGA 4KCXA 1JSPB 4QEUA 3P1FA 4YABA 4HXNA 5CRMA 5E9VA 5I89A 4UITA 1WUMA 5AD3A 4QNSA 5FE9A 5A83A 4O7CA 3UVXA 4XY8A 3QZVA 3K2JA 3LQJA 4OGJA 5ENFA 5IGNA 4TU6A 4Z93A 3S91A 5I80A 2FSAA 5AD2A 4QEVA 3G0LA 4C66A 3O34A 5IIDA 4DONA 4LYIA 5A5PA 4QUTA 3MUKA 4QSVA 5LKZA 3LQIA 5F61A 5HFRA 4QSTA 2RNYA 4IORA 5CQ4A 4BJXA 2I7KA 3P1EA 3UV2A 2D9EA 4KV4A 3IU6A 4A9OA 5CUBA 4TQNA 5K29A 4A9KA 4Z1SA 4YYJA 5I88A 4O77A 5L98A 5HQ5A 4QZSA 5FH8A 4UYDA 5CUCA 4TT6A 4NR4A 4Q0NA 5DY7A 3HMEA 5IBNA 5I7YA 5FB0A 4YYHA 5A82A 4E96A 5H1UA 4O72A 5CQ3A 4XUAA 3FKMX 2YDWA 3LXJA 4GPJA 5HLSA 4HXKA 5FG6A 4NUCA 2GRCA 5FE4A 4YYIA 5F25A 4CUTA 3JVMA 5KHMA 3DWYA 5DFCA 5HJCA 4WHWA 3HMHA 5HELA 4NRCA 1X0JA 4J0SA 5D0CA 4CLBA 5KTWA 4A9LA 5A5NA 5LKUA 3SVHA 4PCEA 5E74A 4IR4A 4UIVA 5DKHA 3U5OA 4C67A 5HQ7A 4MEOA 5DKCA 5CQ7A 4QSXA 5FBXA 5FE2A 5F60A 2DVSA 5CQ6A 2MJVB 4YY4A 3HMFA 5FH7A 5A85A 5EPBA 5C4QA 3MQMA 5II2A 4LZRA 4O71A 5ENHA 4Z6IA 5H85A 2E3KA 5TCMA 3I3JA 5E3GA 2OSSA 4A9EA 4YBMA 3Q2FA 2YYNA 3UVDA 4UYFB 3DAIA 4PKLA 5F62A 5LKTA 4QSPA 5F5ZA 4UYEA 4LR6A 5D3PA 4NQMA 4O74A 5LVQA 5CP5A 4NRBA 5EK9A 5FE1A 5C87A 5F3AA 4QY4A 5D3TA 4YH3A 5DFDA 5ENCA 4F3IA 5C89A 5J0DA 4PTBA 5CPEA 4XUBA 5EGUA 2R10A 2YELA 4TYLA 4MR6A 4Y03A 4WIVA 4NYVA 4MEQA 4QSRA 4QR3A 5FFWA 5ACYA 2DATA 4CL9A 2H60A 5EWVA 5A5SA 4LYWA 4HXPA 4YC9A 5I7XA 5FE3A 4YATA 5L96A 4BW4A 4HXLA 4NRAA 5CGPA 2DVQA 5CUGA 5DX4A 5I83A 4LDFA 5HFQA 4J0RA 4PCIA 5EICA 2NXBA 5LJ0A 5LVRA 3G0JA 5EPSA 4CUSA 2YQDA 4O70A 5EWDA 4YBSA 2R0YA 4NUDA 3SVGA 4YBTA 4LZSA 5BT4A 5C8GA 5ENBA 5COIA 4NS5A 4MR5A 2F6NA 5KTUA 5I29A 2OUOA 5EWWA 4N4GA 5HRVA 4ZQLA 4HXSA 4QR5A 5D3NA 4QSSA 2L85A 5IG6A 3U5MA 5ETDA 5E9LA 3SVFA 4MEPA 3U5LA 3P5OA 5ENIA 2RO1A 5DW2A 4HXMA 4J1PA 4WHUA 5ENEA 4OUFA 4KV1A 5CQTA 4YYDA 4A9MA 4BW2A 4QR4A 2DVRA 4UYHA 1ZS5A 3MXFA 5L8UA 5AMEA 5DYAA 4QEWA 5FE5A 4UIXA 5EP7A 4YYMA 5HRXA 4CUPA 5KO4A 4NYXA 3RCWA 3O37A 4YYGA 2YW5A 5EQ1A 4NXJA 4YH4A 4IR6A 5CU8A 4RVRA 5I40A 5ENGA 1E6IA 4YYNA 5CZGA 4NUEA 5CUAA 4CUUA 5CY9A 2LSPB 4N4FA 4O78A 1EQFA 5ENJA 4O75A 2RNWA 4A9IA 5CQAA 5FFYA 3S92A 3U5PA 3U5JA 3U5KA 4BHWA 5EV9A 2G4AA 5E3DA 5FG5A 4PY6A 4MR3A 2E7NA 4TZ8A 3JVJA 4NYWA 4A9FA 3GG3A 4NQNA 3NXBA 4LRGA 5H1TA 2D82A 3O36A 3UVWA 5KU3A 4YAXA 2N9GA 4O7FA 2DKWA 5FE6A 2OO1A 4FLPA 5CRZA 4QUUA 4TTEA 2RFJA 2F6JA 5HCLA 5G4SA 5EVAA 2L5EA 5FDZA 5L99A 4TZ2A 5LJ1A 5H1VA 5D3SA 3P1DA 5EU1A 5DYXA 4A9JA 5A81A 3JVKA 2DVVA 4HBYA 5CQ8A 4HBVA 5TB6A 4O7EA 5A5QA 4ALHA 2R0VA 4ZC9A 5IGKA 5LJ2A 4N3WA 4QBMA 5E9IA 3MB4A 4TS8A 5D24A 4CFLA 3TLPA 3Q2EA 2KTBB 5C7NA 2YEKA 5DFBA 2DWWA 5HRWA 3AADA 5E9YA 4QYLA 5FB1A 3AQAA 5LUUA 5CTLA 5HQ6A 4NR5A 5DKDA 5EPRA 5A5RA 3IU5A 3UW9A 4AKNA 4QB3A 1F68A 5EA1A 3LQHA 5DLZA 3MULA 3UV4A 5F1LA 5A5OA 4CURA 5CUEA 5DYCA 5I86A 3LJWA 4IOQA 4Q0OA 5JI8A 5EM3A 2E7OA 4PS5A 4N4IA 3QZTA 4NR6A 4YYKA 4Z6HA 4CFKA 4LC2A 4UIYA 5E0RA 5G4RA 4UIWA 5EWHA 4NR8A 5HEMA 2L84A 5F2PA 4IOOA 5FG4A 4XYAA 5DBMA 1JM4B 5D7XA 4BW3A 5E9KA 5AMFA 3ONIA 5CUDA 4UIZA 4QSUA 5II1A 5D25A 4QSWA 5D3HA 5F63A 4HBXA 3P1CA 4O7BA 2RNXA 1WUGA 2WP1A 4N4HA 4QC3A 2YEMA 4UYGA 3ZYUA 5EISA 5BT3A 5D3JA 5KTXA 5DW1A 5DYUA 5ETBA 5DLXA 2I8NA 4HXOA 5FE0A 3O33A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIUA 2RS9B 3JVLA 5LKXA 5FE7A 5CS8A 5D26A 5HM0A 4J3IA 4LZ2A 5E7DA 3UV5A 4IR5A 4OGIA 4YY6A 5JWMA 4CUQA 5FH6A 5HENA 3O35A 4HXRA 5E9MA 1N72A 4Z1QA 4IR3A 4NR7A 4O76A 5EWCA 2R0SA 4QC1A 5IGLA 2WP2A 5A7CA 4QYDA 2RI7A 4ZW1A 5EI4A 5L97A 5D3LA 5E73A 3D7CA 4XY9A 4LYSA 4A9NA 4NR9A 4A9HA 3U5NA 4MENA 5CQ5A 5L8TA 4MR4A 5D3RA 4BW1A 5FE8A 4YK0A 5BT5A 4TT2A 4TU4A 5CFWA 3UVYA 5FFVA 5I1QA 4QSQA 4TT4A 3QZSA 4O7AA 4HBWA 5F1HA 3MB3A 4UYFA 5F36A 4X2IA 5IGMA 5C85A 4AKHA 4YADA 4ALGA 4KCXA 1JSPB 4QEUA 3P1FA 4YABA 4HXNA 5CRMA 5E9VA 5I89A 4UITA 1WUMA 5AD3A 4QNSA 5FE9A 5A83A 4O7CA 3UVXA 4XY8A 3QZVA 3K2JA 3LQJA 4OGJA 5ENFA 5IGNA 4TU6A 4Z93A 3S91A 5I80A 2FSAA 5AD2A 4QEVA 3G0LA 4C66A 3O34A 5IIDA 4DONA 4LYIA 5A5PA 4QUTA 3MUKA 4QSVA 5LKZA 3LQIA 5F61A 5HFRA 4QSTA 2RNYA 4IORA 5CQ4A 4BJXA 2I7KA 4AI6A 3P1EA 3UV2A 2D9EA 4KV4A 3IU6A 4A9OA 5CUBA 4TQNA 4AKGA 5K29A 4A9KA 4Z1SA 4YYJA 5I88A 4O77A 5L98A 5HQ5A 4QZSA 5FH8A 4UYDA 5CUCA 4TT6A 4NR4A 4Q0NA 5DY7A 3HMEA 5IBNA 5I7YA 5FB0A 4YYHA 5A82A 4E96A 5H1UA 4O72A 5CQ3A 4XUAA 3FKMX 2YDWA 3LXJA 4GPJA 5HLSA 4HXKA 5FG6A 4NUCA 2GRCA 5FE4A 4YYIA 5F25A 4CUTA 3JVMA 5KHMA 3DWYA 5DFCA 5HJCA 4WHWA 3HMHA 5HELA 4NRCA 1X0JA 4J0SA 5D0CA 4CLBA 5KTWA 3VKGA 4A9LA 5A5NA 5LKUA 3SVHA 4PCEA 5E74A 4IR4A 4UIVA 5DKHA 3U5OA 4C67A 5HQ7A 4MEOA 5DKCA 5CQ7A 4QSXA 5FBXA 5FE2A 5F60A 2DVSA 5CQ6A 2MJVB 4YY4A 3HMFA 5FH7A 5A85A 5EPBA 5C4QA 3MQMA 5II2A 4LZRA 4O71A 5ENHA 4Z6IA 5H85A 3VKHA 2E3KA 5TCMA 3I3JA 5E3GA 2OSSA 4A9EA 4YBMA 3Q2FA 2YYNA 3UVDA 4UYFB 3DAIA 4PKLA 5F62A 5LKTA 4QSPA 5F5ZA 4UYEA 4LR6A 5D3PA 4NQMA 4O74A 5LVQA 5CP5A 4NRBA 5EK9A 5FE1A 5C87A 5F3AA 4QY4A 5D3TA 4YH3A 5DFDA 5ENCA 4F3IA 5C89A 5J0DA 4PTBA 5CPEA 4XUBA 5EGUA 2R10A 2YELA 4TYLA 4MR6A 4Y03A 4WIVA 4NYVA 4MEQA 4QSRA 4QR3A 5FFWA 4AKIA 5ACYA 2DATA 4CL9A 2H60A 5EWVA 5A5SA 4LYWA 4HXPA 4YC9A 5I7XA 5FE3A 4YATA 5L96A 4BW4A 4HXLA 4NRAA 5CGPA 2DVQA 5CUGA 3D1DA 5DX4A 5I83A 4LDFA 5HFQA 4J0RA 4PCIA 5EICA 2NXBA 5LJ0A 5LVRA 3G0JA 5EPSA 4CUSA 2YQDA 4O70A 5EWDA 4YBSA 2R0YA 4NUDA 3SVGA 4YBTA 4LZSA 5BT4A 5C8GA 5ENBA 5COIA 4NS5A 4MR5A 2F6NA 5KTUA 5I29A 2OUOA 5EWWA 4N4GA 5HRVA 4ZQLA 4HXSA 4QR5A 5D3NA 4QSSA 2L85A 5IG6A 3U5MA 5ETDA 5E9LA 3SVFA 4MEPA 3U5LA 3P5OA 5ENIA 2RO1A 5DW2A 4HXMA 4J1PA 4WHUA 5ENEA 4OUFA 4KV1A 5CQTA 4YYDA 4A9MA 4BW2A 4QR4A 2DVRA 4UYHA 1ZS5A 3MXFA 5L8UA 5AMEA 5DYAA 4QEWA 5FE5A 4UIXA 5EP7A 4YYMA 5HRXA 4CUPA 5KO4A 4NYXA 3RCWA 3O37A 4YYGA 2YW5A 5EQ1A 4NXJA 4YH4A 4IR6A 5CU8A 4RVRA 5I40A 3ERRA 5ENGA 2EJNA 1E6IA 4YYNA 5CZGA 4NUEA 5CUAA 4CUUA 5CY9A 2LSPB 4N4FA 4O78A 1EQFA 5ENJA 4O75A 2RNWA 4A9IA 5CQAA 5FFYA 3S92A 3U5PA 3U5JA 3U5KA 4BHWA 5EV9A 2G4AA 5E3DA 5FG5A 4PY6A 4MR3A 2E7NA 4TZ8A 3JVJA 4NYWA 4A9FA 3GG3A 4NQNA 3NXBA 4LRGA 5H1TA 2D82A 3O36A 3UVWA 5KU3A 4YAXA 2N9GA 4O7FA 2DKWA 3D1BA 5FE6A 2OO1A 4FLPA 5CRZA 4QUUA 4TTEA 2RFJA 2F6JA 5HCLA 5G4SA 5EVAA 2L5EA 5FDZA 5L99A 4TZ2A 5LJ1A 5H1VA 5D3SA 3P1DA 5EU1A 5DYXA 4A9JA 1ZKRA 5A81A 3JVKA 2DVVA 4HBYA 5CQ8A 4HBVA 5TB6A 4O7EA 5A5QA 4ALHA 2R0VA 4ZC9A 5IGKA 5LJ2A 4N3WA 4QBMA 5E9IA 3MB4A 4TS8A 5D24A 4CFLA 3TLPA 3Q2EA 2KTBB 5C7NA 2YEKA 5DFBA 2DWWA 5HRWA 3AADA 5E9YA 4QYLA 5FB1A 1PUOA 3AQAA 5LUUA 5CTLA 5HQ6A 4NR5A 5DKDA 5EPRA 5A5RA 3IU5A 3UW9A 4AKNA 4QB3A 1F68A 5EA1A 3LQHA 5DLZA 3MULA 3UV4A 5F1LA 5A5OA 4CURA 5CUEA 5DYCA 5I86A 3LJWA 4IOQA 4Q0OA 5JI8A 5EM3A 2E7OA 4PS5A 4N4IA 3QZTA 4NR6A 4YYKA 4Z6HA 4CFKA 4LC2A 4UIYA 5E0RA 5G4RA 4UIWA 5EWHA 4NR8A 5HEMA 2L84A 5F2PA 4IOOA 5FG4A 4XYAA 5DBMA 1JM4B 5D7XA 4BW3A 5E9KA 5AMFA 3ONIA 5CUDA 4UIZA 4QSUA 5II1A 5D25A 4QSWA 5D3HA 5F63A 4HBXA 3P1CA 4O7BA 2RNXA 1WUGA 2WP1A 4N4HA 4QC3A 2YEMA 4UYGA 3ZYUA 5EISA 5BT3A 5D3JA 5KTXA 5DW1A 5DYUA 5ETBA 5DLXA 2I8NA 4HXOA 5FE0A 3O33A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UIU A;  2RS9 B;  3JVL A;  5LKX A;  5FE7 A;  5CS8 A;  5D26 A;  5HM0 A;  4J3I A;  4LZ2 A;  5E7D A;  3UV5 A;  4IR5 A;  4OGI A;  4YY6 A;  5JWM A;  4CUQ A;  5FH6 A;  5HEN A;  3O35 A;  4HXR A;  5E9M A;  1N72 A;  4Z1Q A;  4IR3 A;  4NR7 A;  4O76 A;  5EWC A;  2R0S A;  4QC1 A;  5IGL A;  2WP2 A;  5A7C A;  4QYD A;  2RI7 A;  4ZW1 A;  5EI4 A;  5L97 A;  5D3L A;  5E73 A;  3D7C A;  4XY9 A;  4LYS A;  4A9N A;  4NR9 A;  4A9H A;  3U5N A;  4MEN A;  5CQ5 A;  5L8T A;  4MR4 A;  5D3R A;  4BW1 A;  5FE8 A;  4YK0 A;  5BT5 A;  4TT2 A;  4TU4 A;  5CFW A;  3UVY A;  5FFV A;  5I1Q A;  4QSQ A;  4TT4 A;  3QZS A;  4O7A A;  4HBW A;  5F1H A;  3MB3 A;  4UYF A;  5F36 A;  4X2I A;  5IGM A;  5C85 A;  4YAD A;  4ALG A;  4KCX A;  1JSP B;  4QEU A;  3P1F A;  4YAB A;  4HXN A;  5CRM A;  5E9V A;  5I89 A;  4UIT A;  1WUM A;  5AD3 A;  4QNS A;  5FE9 A;  5A83 A;  4O7C A;  3UVX A;  4XY8 A;  3QZV A;  3K2J A;  3LQJ A;  4OGJ A;  5ENF A;  5IGN A;  4TU6 A;  4Z93 A;  3S91 A;  5I80 A;  2FSA A;  5AD2 A;  4QEV A;  3G0L A;  4C66 A;  3O34 A;  5IID A;  4DON A; 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