2YELA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 with the inhibitor gw841819x
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords HUMAN BRD4
publication title Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the Bet Family Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yelA01
4J0RA 4O7AA 4YADA 2R0SA 4MEPA 5CTLA 4NR5A 1F68A 4BW1A 4Q0OA 5FG5A 2DVQA 5K29A 5FG4A 4QZSA 4QUTA 4O7CA 4UYGA 2DKWA 4HXLA 5II2A 4Z6HA 5D3NA 5DY7A 5TCMA 5JWMA 4A9KA 4ZQLA 5F61A 5F3AA 5DKDA 3UV2A 5EV9A 4J1PA 5FDZA 2MJVB 4E96A 3G0LA 3U5MA 2I7KA 4NUDA 5CQ3A 4MR6A 4CUUA 5LKZA 4TZ2A 3S91A 5JI8A 4J0SA 5LKTA 2YEKA 4NRBA 5EP7A 4HXSA 5KTXA 4LZ2A 2WP2A 5FH6A 2D9EA 5I7YA 2KTBB 4A9FA 5CUBA 5FE7A 3U5JA 4C67A 4O78A 3O33A 4QYLA 4O7FA 2R0VA 4HXKA 4CUTA 4HXMA 2L84A 2WP1A 4YYIA 4O71A 5L99A 5HQ6A 2FSAA 4UIXA 5FE4A 3DAIA 5HCLA 5I88A 5A85A 5AMFA 4O76A 5FE8A 5C4QA 5EK9A 1JSPB 4YBTA 4NYWA 5EPSA 4HXOA 5HFRA 4A9LA 5F1LA 4BW3A 5HELA 5F25A 4UIVA 5CRZA 2L5EA 2NXBA 3UVDA 5CQ4A 2L85A 5H1TA 5C87A 3S92A 2RS9B 3HMFA 5E0RA 5A5QA 5LJ0A 5ETDA 4QEWA 5I86A 3QZTA 1WUGA 4QSWA 3IU5A 3O34A 3P1EA 4QY4A 4LYSA 5E73A 5TB6A 4TT2A 5FE2A 4MR3A 5HRWA 2RNXA 5DYAA 4NS5A 5CQ7A 4HBWA 4TT4A 5I1QA 3LQIA 4TT6A 5CUGA 5A5OA 3MQMA 5E9KA 1X0JA 4UYDA 5CQTA 5CUDA 5CU8A 5DKHA 4Q0NA 3UVWA 4A9OA 5A7CA 5HM0A 3UW9A 5KO4A 4QSVA 5F60A 3P5OA 4OGJA 5E3DA 5G4SA 4YABA 4ZC9A 4CFKA 2DATA 3GG3A 5CUCA 3RCWA 4N4FA 5D26A 4MEOA 3MXFA 2RFJA 4TYLA 4YH4A 5EWWA 5A5NA 2YW5A 4IR5A 5FH7A 5DYXA 4TQNA 3UVXA 5BT5A 4MR4A 2OO1A 5II1A 2E7OA 5DW2A 4OUFA 5HLSA 3JVLA 4NUEA 5FE9A 5IGLA 4LR6A 5EI4A 3JVKA 5D3RA 4HBVA 4TTEA 5D7XA 5EGUA 3ZYUA 5KTWA 4BW4A 4IORA 4O75A 4PTBA 4QSRA 1ZS5A 5AD3A 5DFBA 3U5LA 5D25A 5A5SA 4UYHA 5LKUA 5DFCA 4C66A 5EPBA 2YYNA 5ENIA 4QBMA 4O77A 5DYCA 4YYDA 5E3GA 4CL9A 4A9MA 5ENBA 5CZGA 5C89A 3SVHA 2RO1A 4F3IA 4WHWA 3LJWA 5F2PA 4QSQA 5LKXA 3Q2FA 4X2IA 4DONA 3LQHA 5DLZA 5CQ5A 4HBYA 5A5RA 5CRMA 4YBSA 3D7CA 4LC2A 5FE5A 3P1DA 3SVFA 4YYKA 4QEUA 4MR5A 5ENJA 5EWDA 4O7EA 5KU3A 5H1VA 4PY6A 5IGKA 5HENA 4QSTA 4FLPA 2N9GA 5D3TA 4Z6IA 4UIYA 2OUOA 4NR8A 4QNSA 5BT4A 2R10A 4XY9A 1E6IA 5HRVA 5A5PA 3NXBA 4QUUA 5IBNA 3U5NA 5ETBA 3HMEA 5A82A 3K2JA 2G4AA 5CQAA 2RNWA 4A9HA 2LSPB 4UITA 5E9VA 5C8GA 4HXRA 3QZVA 4KV4A 3U5OA 4CFLA 5HFQA 4O74A 4YYMA 2RNYA 5EQ1A 3UV5A 2D82A 2E7NA 5FE3A 1JM4B 4QYDA 4UIUA 4MEQA 4XUAA 4YBMA 4HXNA 4TU6A 4UYFA 3AADA 4PS5A 5I40A 4YY4A 4YYNA 2DVSA 2YDWA 5CQ8A 3P1FA 2YQDA 4YYJA 3HMHA 5E9YA 4A9EA 5CUAA 5L96A 5LUUA 5COIA 4ZW1A 5IGNA 5L8TA 5H1UA 4ALHA 5L98A 5CQ6A 5IGMA 4YK0A 5LJ1A 5DFDA 5DBMA 3MUKA 5CP5A 4QSXA 4N4HA 5FE6A 4CUSA 5F36A 5KHMA 4HBXA 4LZRA 4HXPA 4BJXA 3U5KA 4NR9A 4XY8A 4NXJA 5D3PA 4CUQA 3JVMA 4KCXA 1WUMA 2DWWA 2E3KA 3DWYA 5ENCA 3QZSA 5EM3A 4YAXA 2I8NA 4IR6A 5A83A 5LVRA 5ENGA 2DVRA 5EWVA 3LXJA 5AD2A 4QC3A 4N3WA 5I89A 5D3JA 5CS8A 5FFYA 5G4RA 2F6NA 5KTUA 5CY9A 5I7XA 4NR6A 5I83A 5E9MA 5HEMA 5F63A 3MULA 5A81A 5FFWA 4YYGA 3G0JA 2DVVA 4A9JA 5EVAA 5EICA 4CUPA 4IOOA 4UYFB 5DLXA 5DKCA 5AMEA 1N72A 5L97A 5L8UA 5C7NA 3O35A 4IOQA 4Z93A 4GPJA 5FB0A 4NRCA 4QR3A 4LZSA 4YY6A 4Z1QA 4YYHA 4WIVA 4QSSA 3FKMX 4LYIA 2F6JA 4A9IA 4N4IA 4PCIA 2OSSA 2GRCA 4LRGA 4YH3A 4O72A 4QB3A 4KV1A 5D3HA 5HJCA 4CLBA 4TZ8A 5DW1A 5D0CA 5E74A 4QEVA 5EPRA 2YELA 5IIDA 3UV4A 2YEMA 3MB4A 5LVQA 4NYVA 5IG6A 1EQFA 5F1HA 4QC1A 4NR7A 5HRXA 4XYAA 5ACYA 5EWCA 2H60A 5EWHA 5FE1A 4UYEA 4ALGA 5BT3A 5I80A 4N4GA 5FB1A 3O37A 3ONIA 4LYWA 5D3SA 4BHWA 4RVRA 5I29A 4NQNA 3AQAA 4XUBA 4UIZA 4UIWA 4NRAA 4PKLA 5F62A 5FFVA 3O36A 5HQ5A 3MB3A 5D24A 5HQ7A 3JVJA 5EISA 5D3LA 3I3JA 4IR4A 4NYXA 4O70A 5J0DA 5LJ2A 5H85A 4PCEA 4NR4A 3U5PA 4TU4A 4IR3A 5CPEA 5EU1A 2R0YA 5FH8A 5ENFA 4BW2A 4QSUA 4O7BA 5DX4A 3LQJA 4QSPA 4YC9A 5E9LA 5DYUA 5E7DA 4NQMA 5E9IA 4Z1SA 5FE0A 4QR4A 3SVGA 4NUCA 4YATA 2RI7A 5F5ZA 5ENEA 4QR5A 3TLPA 5FBXA 5CGPA 5C85A 5CFWA 4OGIA 5ENHA 5FG6A 4TS8A 4WHUA 5EA1A 3UVYA 5CUEA 4J3IA 4LDFA 4AKNA 3IU6A 3Q2EA 3P1CA 4Y03A 4MENA 4A9NA 4CURA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J0RA 4O7AA 4YADA 2R0SA 4MEPA 5CTLA 4NR5A 1F68A 4BW1A 4Q0OA 5FG5A 4AKGA 2DVQA 5K29A 5FG4A 4QZSA 4QUTA 4O7CA 4UYGA 2DKWA 4HXLA 5II2A 4Z6HA 5D3NA 5DY7A 5TCMA 5JWMA 4A9KA 4ZQLA 5F61A 5F3AA 3ERRA 5DKDA 3UV2A 5EV9A 4J1PA 5FDZA 2MJVB 4E96A 3G0LA 3U5MA 2I7KA 4NUDA 5CQ3A 4MR6A 4CUUA 5LKZA 4TZ2A 3S91A 5JI8A 4J0SA 5LKTA 2YEKA 4NRBA 5EP7A 4HXSA 5KTXA 4LZ2A 2WP2A 5FH6A 2D9EA 5I7YA 2KTBB 4A9FA 5CUBA 5FE7A 3U5JA 4C67A 4O78A 3O33A 4QYLA 4O7FA 2R0VA 4HXKA 4CUTA 4HXMA 2L84A 2WP1A 4YYIA 4O71A 5L99A 5HQ6A 2FSAA 4UIXA 5FE4A 3DAIA 5HCLA 5I88A 5A85A 5AMFA 4O76A 5FE8A 5C4QA 5EK9A 1JSPB 1PUOA 4YBTA 4NYWA 5EPSA 4HXOA 5HFRA 4A9LA 5F1LA 4BW3A 5HELA 5F25A 4UIVA 5CRZA 2L5EA 2NXBA 3UVDA 5CQ4A 2L85A 5H1TA 5C87A 3S92A 3HMFA 2RS9B 5E0RA 5A5QA 5LJ0A 5ETDA 4QEWA 5I86A 3QZTA 1WUGA 4QSWA 3IU5A 3O34A 3P1EA 4QY4A 4LYSA 5E73A 5TB6A 4TT2A 5FE2A 4MR3A 5HRWA 2RNXA 5DYAA 4NS5A 5CQ7A 4HBWA 4TT4A 5I1QA 3LQIA 4TT6A 5CUGA 5A5OA 3MQMA 5E9KA 1X0JA 4UYDA 5CQTA 5CUDA 5CU8A 5DKHA 4Q0NA 3UVWA 4A9OA 5A7CA 5HM0A 3UW9A 5KO4A 4QSVA 5F60A 3P5OA 4OGJA 5E3DA 5G4SA 4YABA 4ZC9A 4CFKA 2DATA 3GG3A 5CUCA 3RCWA 4N4FA 5D26A 4MEOA 3MXFA 2RFJA 4TYLA 4YH4A 5EWWA 5A5NA 2YW5A 4IR5A 5FH7A 5DYXA 4TQNA 3UVXA 5BT5A 4MR4A 2OO1A 5II1A 2E7OA 5DW2A 4OUFA 5HLSA 3JVLA 4NUEA 3VKGA 5FE9A 5IGLA 4LR6A 5EI4A 3JVKA 5D3RA 4HBVA 4TTEA 5D7XA 5EGUA 3ZYUA 5KTWA 4BW4A 4IORA 4O75A 4PTBA 4QSRA 1ZS5A 5AD3A 5DFBA 3U5LA 5D25A 5A5SA 4UYHA 5LKUA 5DFCA 4C66A 5EPBA 2YYNA 5ENIA 4QBMA 4O77A 5DYCA 4YYDA 5E3GA 4CL9A 4A9MA 5ENBA 5CZGA 5C89A 3SVHA 2RO1A 4F3IA 4WHWA 3LJWA 5F2PA 4QSQA 5LKXA 3Q2FA 4X2IA 4DONA 3LQHA 5DLZA 5CQ5A 4HBYA 5A5RA 5CRMA 4YBSA 3D7CA 4LC2A 5FE5A 3P1DA 3SVFA 4YYKA 4QEUA 4MR5A 5ENJA 5EWDA 4O7EA 5KU3A 5H1VA 3VKHA 4PY6A 5IGKA 5HENA 4QSTA 4FLPA 2N9GA 5D3TA 4Z6IA 4UIYA 2OUOA 4NR8A 4QNSA 5BT4A 2R10A 4XY9A 1E6IA 5HRVA 5A5PA 3NXBA 4QUUA 5IBNA 3U5NA 5ETBA 3HMEA 5A82A 3K2JA 3D1BA 2G4AA 1ZKRA 5CQAA 2RNWA 4A9HA 2LSPB 4UITA 5E9VA 5C8GA 4HXRA 3QZVA 4KV4A 3U5OA 4CFLA 5HFQA 4O74A 4YYMA 2RNYA 5EQ1A 3UV5A 2D82A 2E7NA 5FE3A 1JM4B 4QYDA 2EJNA 4UIUA 4MEQA 4XUAA 4YBMA 4HXNA 4TU6A 4UYFA 3AADA 4PS5A 5I40A 4YY4A 4YYNA 2DVSA 2YDWA 5CQ8A 3P1FA 2YQDA 4YYJA 3HMHA 5E9YA 4A9EA 5CUAA 5L96A 5LUUA 5COIA 4ZW1A 5IGNA 5L8TA 5H1UA 4ALHA 4AKHA 5L98A 5CQ6A 5IGMA 4YK0A 5LJ1A 5DFDA 5DBMA 3MUKA 5CP5A 4QSXA 4N4HA 5FE6A 4CUSA 5F36A 5KHMA 4HBXA 4LZRA 4HXPA 4BJXA 3U5KA 4NR9A 4XY8A 4NXJA 5D3PA 4CUQA 3JVMA 4KCXA 1WUMA 2DWWA 2E3KA 3DWYA 5ENCA 3QZSA 5EM3A 4YAXA 2I8NA 4IR6A 5A83A 5LVRA 5ENGA 2DVRA 5EWVA 3LXJA 5AD2A 4QC3A 4N3WA 5I89A 5D3JA 5CS8A 5FFYA 5G4RA 2F6NA 5KTUA 5CY9A 5I7XA 4NR6A 5I83A 5E9MA 5HEMA 5F63A 3MULA 5A81A 5FFWA 4YYGA 3G0JA 2DVVA 4A9JA 5EVAA 5EICA 4CUPA 4IOOA 4UYFB 5DLXA 5DKCA 5AMEA 1N72A 5L97A 5L8UA 5C7NA 3O35A 4IOQA 4Z93A 4GPJA 5FB0A 4NRCA 4AKIA 4QR3A 4LZSA 4YY6A 4Z1QA 4YYHA 4WIVA 4QSSA 3FKMX 4LYIA 2F6JA 4A9IA 4N4IA 4PCIA 2OSSA 2GRCA 4LRGA 4YH3A 4O72A 4QB3A 4KV1A 5D3HA 5HJCA 4CLBA 4TZ8A 5DW1A 5D0CA 5E74A 4QEVA 5EPRA 2YELA 5IIDA 3UV4A 2YEMA 3MB4A 5LVQA 4NYVA 5IG6A 1EQFA 4AI6A 5F1HA 4QC1A 4NR7A 5HRXA 4XYAA 5ACYA 5EWCA 2H60A 5EWHA 5FE1A 4UYEA 4ALGA 5BT3A 5I80A 3D1DA 4N4GA 5FB1A 3O37A 3ONIA 4LYWA 5D3SA 4BHWA 4RVRA 5I29A 4NQNA 3AQAA 4XUBA 4UIZA 4UIWA 4NRAA 4PKLA 5F62A 5FFVA 3O36A 5HQ5A 3MB3A 5D24A 5HQ7A 3JVJA 5EISA 5D3LA 3I3JA 4IR4A 4NYXA 4O70A 5J0DA 5LJ2A 5H85A 4PCEA 4NR4A 3U5PA 4TU4A 4IR3A 5CPEA 5EU1A 2R0YA 5FH8A 5ENFA 4BW2A 4QSUA 4O7BA 5DX4A 3LQJA 4QSPA 4YC9A 5E9LA 5DYUA 5E7DA 4NQMA 5E9IA 4Z1SA 5FE0A 4QR4A 3SVGA 4NUCA 4YATA 2RI7A 5F5ZA 5ENEA 4QR5A 3TLPA 5FBXA 5CGPA 5C85A 5CFWA 4OGIA 5ENHA 5FG6A 4TS8A 4WHUA 5EA1A 3UVYA 5CUEA 4J3IA 4LDFA 4AKNA 3IU6A 3Q2EA 3P1CA 4Y03A 4MENA 4A9NA 4CURA
chains in the Genus database with same CATH topology
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