2YELA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 with the inhibitor gw841819x
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords HUMAN BRD4
publication title Discovery and Characterization of Small Molecule Inhibitors of the Bet Family Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yelA01
5FFVA 4YADA 4QSSA 4TTEA 4LDFA 5A5PA 4NQNA 3Q2EA 4LZRA 4NR5A 5DFBA 5DYAA 4ZQLA 4WIVA 5DFDA 5C85A 5DW1A 3LQJA 5CQ7A 2MJVB 4QUTA 5EA1A 5FE3A 5DLZA 4QSPA 2I8NA 2FSAA 4QC3A 5EPSA 4CUSA 4CURA 3K2JA 5D0CA 2DWWA 5HELA 4O77A 5EPRA 4CFKA 2E3KA 5BT3A 4FLPA 4J1PA 3FKMX 4LZ2A 2RNWA 4BHWA 2DVRA 5LKXA 3JVLA 5EPBA 5FH7A 4Y03A 2D82A 4MEOA 2RO1A 4UITA 5CP5A 5CQ3A 4HXSA 5CQAA 4CFLA 5A83A 5I40A 3I3JA 4UYHA 4LZSA 4ALHA 5COIA 4YY6A 5FE1A 5E74A 5AD3A 5JWMA 5KTXA 3U5NA 4NS5A 3UV4A 4BW1A 4TZ8A 4IR6A 4J3IA 4NXJA 4LC2A 4TU6A 5D26A 4KV4A 4HXPA 4TT2A 5EP7A 3G0JA 5DY7A 5FB0A 5FG6A 5FE2A 2RFJA 2DVQA 5D3NA 5FFYA 5FH6A 4WHWA 4HXMA 5ENBA 1F68A 5L97A 4HXRA 3UVWA 1X0JA 5HENA 4MEQA 4IORA 4MR3A 5CQ8A 4LR6A 5E9IA 4AKNA 5A82A 5CQTA 5H1VA 4YYNA 3DWYA 5D3PA 4PTBA 4OUFA 4QSWA 5HFRA 2DKWA 5C87A 4QYDA 4Z1SA 5HRXA 2OO1A 5FE4A 2H60A 4NR6A 5C89A 5CS8A 4YBMA 4QNSA 4YBTA 4O7EA 5A5NA 5E3DA 5DFCA 2YW5A 1E6IA 5F63A 4XYAA 2I7KA 4UIWA 3JVMA 4XY9A 4UYEA 2G4AA 4BJXA 5LJ0A 4BW2A 4QR5A 4N4FA 4QSQA 5FB1A 4MENA 5JI8A 5EISA 4A9IA 3UW9A 5ETBA 3SVFA 3DAIA 4XY8A 3O33A 5CUAA 5HLSA 4YBSA 5L98A 3U5LA 5FE8A 5D7XA 4CLBA 4O72A 5DX4A 5IGNA 4TS8A 5E3GA 4YY4A 4A9NA 5FG5A 4C66A 5A5RA 4CUUA 3NXBA 5F2PA 5EWCA 4NYVA 4QZSA 4UIVA 4Z93A 4PS5A 3S92A 5TCMA 4N3WA 4KV1A 2L5EA 5CRMA 4IR3A 2N9GA 3HMFA 5D25A 3U5JA 5AMEA 4NUDA 3QZSA 5II1A 5A85A 5L8TA 4HXNA 4Z1QA 2YEKA 5I29A 5F25A 5CQ6A 5HM0A 5C7NA 4UYGA 4HBYA 5KTWA 4HXKA 5G4SA 4PCEA 5HQ5A 5CUEA 5HRWA 3RCWA 4IR5A 5D3TA 5C8GA 4YYGA 5F5ZA 2YDWA 3MB3A 3JVJA 4TT6A 5FE7A 5DYCA 4UIUA 5CUCA 3GG3A 5LKTA 2YELA 2OUOA 3MB4A 5FE0A 5D3LA 4NQMA 2L84A 3UVXA 5A5QA 4N4GA 3AADA 5BT4A 4RVRA 5CUDA 5LKUA 3LQIA 4YK0A 3MQMA 4UIXA 5LJ2A 5H1TA 5CPEA 4A9JA 4Z6IA 4NRAA 4NYWA 4YYJA 5EI4A 5I1QA 4HXLA 4QR3A 5EM3A 5LJ1A 4BW3A 5A81A 4NRBA 4QSTA 5DYUA 3LQHA 3HMEA 4N4HA 4O71A 5DKHA 4A9EA 1WUMA 4YC9A 5EWDA 5IIDA 2DVSA 4YAXA 4MR4A 5L96A 5D3SA 2E7NA 4A9FA 5G4RA 4Q0OA 1N72A 2YEMA 5I80A 4A9MA 2D9EA 4IOQA 3O36A 5CGPA 4TQNA 5HJCA 4MR6A 5EQ1A 3LJWA 4LRGA 4UIYA 5EWHA 5J0DA 5CFWA 4YH3A 5DW2A 4QSRA 4OGIA 4O78A 5AMFA 2NXBA 4YYKA 5H85A 3U5MA 4UIZA 3SVGA 3MULA 2OSSA 4WHUA 5LVRA 2WP1A 4CL9A 4YABA 5ENFA 1JSPB 3U5OA 5E0RA 5DKCA 3TLPA 4MR5A 5FFWA 5FE5A 4HBWA 4Q0NA 4QB3A 5CRZA 5F62A 3UVYA 5IBNA 3UV2A 3UV5A 5I83A 3P1DA 4XUBA 5D24A 3U5KA 2RNYA 4J0SA 3U5PA 1JM4B 2F6NA 4E96A 5ENCA 5DKDA 3P1EA 5EV9A 5F36A 5AD2A 5CU8A 5DLXA 4UYDA 2DATA 4A9LA 2RI7A 5EWVA 4QEUA 2GRCA 4A9KA 5F3AA 5A5SA 2RS9B 4QSXA 3O37A 5IG6A 4TYLA 4O70A 4A9OA 5I86A 3IU6A 5F1LA 5FDZA 4XUAA 3LXJA 5E9VA 5ENIA 5ETDA 4QEWA 4GPJA 2R0YA 2R0VA 2R0SA 4QY4A 5C4QA 4YH4A 4QR4A 5E9LA 4QBMA 5KHMA 4NR9A 4DONA 4BW4A 2LSPB 5CY9A 4ALGA 5E73A 4NUEA 3P5OA 2L85A 3Q2FA 5CUGA 5E9MA 5I89A 4O75A 4CUQA 4QYLA 3P1FA 4O7AA 4O76A 4F3IA 3UVDA 4J0RA 5IGMA 5FE9A 3QZVA 4NYXA 5D3HA 3IU5A 5EU1A 4TT4A 5E7DA 3S91A 4YYHA 5A5OA 5E9KA 4N4IA 5I7YA 4NR4A 4QUUA 4ZW1A 3QZTA 3MXFA 5LKZA 3SVHA 5E9YA 5EICA 3G0LA 5EK9A 1ZS5A 5DYXA 2YYNA 4NUCA 4O7CA 2R10A 4YYIA 2WP2A 5EWWA 4HBVA 3O34A 4YATA 5KTUA 4IR4A 4LYIA 5L99A 4NRCA 5FBXA 2F6JA 4LYSA 4TZ2A 4OGJA 4Z6HA 4TU4A 4QEVA 4CUTA 4O74A 3O35A 5L8UA 5F60A 4YYMA 4UYFA 4UYFB 5HFQA 5TB6A 2E7OA 5LUUA 3ZYUA 5I7XA 4QSUA 5D3RA 4A9HA 2RNXA 5HEMA 4ZC9A 4YYDA 2DVVA 3ONIA 5ACYA 5HRVA 4QC1A 4PCIA 5DBMA 5BT5A 5F61A 5ENJA 4QSVA 3HMHA 5EVAA 4KCXA 4LYWA 4HXOA 5HCLA 5A7CA 5F1HA 5ENGA 4O7FA 3MUKA 5CQ5A 5KU3A 5CUBA 5CZGA 5H1UA 5ENHA 4PKLA 4HBXA 1WUGA 4CUPA 5EGUA 5FH8A 5IGKA 4NR7A 5HQ6A 5D3JA 3P1CA 3AQAA 5LVQA 5FG4A 5HQ7A 5K29A 1EQFA 4PY6A 5IGLA 4X2IA 5II2A 5KO4A 2KTBB 4IOOA 4NR8A 3D7CA 4O7BA 5CTLA 5I88A 2YQDA 5FE6A 3JVKA 5ENEA 4MEPA 5CQ4A 4C67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FFVA 4YADA 4AKGA 4QSSA 4TTEA 4LDFA 5A5PA 4NQNA 3Q2EA 4LZRA 4AKIA 4NR5A 5DFBA 5DYAA 4ZQLA 4WIVA 5DFDA 5C85A 5DW1A 3LQJA 5CQ7A 2MJVB 4QUTA 5EA1A 5FE3A 5DLZA 4QSPA 2I8NA 2FSAA 4QC3A 5EPSA 4CUSA 4CURA 3K2JA 5D0CA 2DWWA 5HELA 4O77A 5EPRA 4CFKA 2E3KA 5BT3A 4FLPA 4J1PA 3FKMX 4LZ2A 2RNWA 4BHWA 2DVRA 5LKXA 3JVLA 5EPBA 5FH7A 4Y03A 2D82A 4MEOA 2RO1A 4UITA 5CP5A 5CQ3A 4HXSA 5CQAA 4CFLA 5A83A 5I40A 3I3JA 4UYHA 4LZSA 4ALHA 5COIA 4YY6A 5FE1A 5E74A 5AD3A 5JWMA 5KTXA 3U5NA 4NS5A 3UV4A 4BW1A 1PUOA 4TZ8A 4IR6A 4J3IA 4NXJA 4LC2A 4TU6A 5D26A 4KV4A 4HXPA 4TT2A 5EP7A 3G0JA 5DY7A 5FB0A 5FG6A 5FE2A 2RFJA 2DVQA 5D3NA 5FFYA 5FH6A 4WHWA 4HXMA 5ENBA 1F68A 5L97A 4HXRA 3UVWA 1X0JA 5HENA 4MEQA 4IORA 4MR3A 5CQ8A 4LR6A 5E9IA 4AKNA 5A82A 5CQTA 5H1VA 4YYNA 3DWYA 5D3PA 4PTBA 4OUFA 4QSWA 5HFRA 2DKWA 5C87A 4QYDA 4Z1SA 5HRXA 2OO1A 5FE4A 2H60A 4NR6A 5C89A 5CS8A 4YBMA 4QNSA 4YBTA 4O7EA 5A5NA 5E3DA 5DFCA 2YW5A 1E6IA 5F63A 4XYAA 2I7KA 4UIWA 3JVMA 4XY9A 4UYEA 2G4AA 4BJXA 5LJ0A 4BW2A 4QR5A 4N4FA 4QSQA 5FB1A 4MENA 5JI8A 5EISA 4A9IA 3UW9A 5ETBA 3SVFA 3DAIA 4XY8A 3O33A 5CUAA 5HLSA 4YBSA 5L98A 3U5LA 5FE8A 5D7XA 4CLBA 4O72A 5DX4A 5IGNA 4TS8A 5E3GA 4YY4A 4A9NA 5FG5A 4C66A 5A5RA 4CUUA 3NXBA 5F2PA 5EWCA 4NYVA 4QZSA 4UIVA 4Z93A 4PS5A 3S92A 5TCMA 4N3WA 4KV1A 2L5EA 4AI6A 5CRMA 4IR3A 2N9GA 3HMFA 5D25A 3U5JA 5AMEA 4NUDA 3QZSA 5II1A 5A85A 5L8TA 4HXNA 4Z1QA 2YEKA 5I29A 5F25A 5CQ6A 5HM0A 5C7NA 4UYGA 4HBYA 5KTWA 4HXKA 5G4SA 4PCEA 5HQ5A 5CUEA 5HRWA 3RCWA 4IR5A 5D3TA 5C8GA 4YYGA 5F5ZA 2YDWA 3MB3A 3JVJA 4TT6A 5FE7A 5DYCA 4UIUA 5CUCA 3GG3A 5LKTA 2YELA 2OUOA 3MB4A 5FE0A 4AKHA 5D3LA 4NQMA 2L84A 3UVXA 5A5QA 4N4GA 3AADA 5BT4A 4RVRA 5CUDA 5LKUA 3LQIA 4YK0A 3MQMA 4UIXA 5LJ2A 5H1TA 5CPEA 4A9JA 4Z6IA 4NRAA 4NYWA 4YYJA 5EI4A 5I1QA 4HXLA 4QR3A 5EM3A 5LJ1A 4BW3A 5A81A 4NRBA 4QSTA 5DYUA 3LQHA 3HMEA 4N4HA 4O71A 5DKHA 4A9EA 1WUMA 4YC9A 5EWDA 5IIDA 2DVSA 4YAXA 4MR4A 5L96A 5D3SA 2E7NA 4A9FA 5G4RA 4Q0OA 1N72A 2YEMA 5I80A 4A9MA 2D9EA 4IOQA 3O36A 5CGPA 4TQNA 5HJCA 4MR6A 5EQ1A 3LJWA 4LRGA 4UIYA 5EWHA 5J0DA 5CFWA 4YH3A 5DW2A 4QSRA 4OGIA 4O78A 5AMFA 2NXBA 4YYKA 5H85A 3U5MA 4UIZA 3SVGA 3MULA 2OSSA 4WHUA 5LVRA 2WP1A 4CL9A 4YABA 5ENFA 1JSPB 3U5OA 5E0RA 5DKCA 3VKGA 3TLPA 4MR5A 5FFWA 5FE5A 4HBWA 4Q0NA 4QB3A 5CRZA 5F62A 3UVYA 5IBNA 3UV2A 3UV5A 5I83A 3P1DA 4XUBA 5D24A 3U5KA 2RNYA 4J0SA 3U5PA 1JM4B 2F6NA 4E96A 5ENCA 5DKDA 3P1EA 5EV9A 5F36A 5AD2A 5CU8A 5DLXA 4UYDA 2DATA 4A9LA 2RI7A 5EWVA 4QEUA 2GRCA 4A9KA 5F3AA 5A5SA 2RS9B 4QSXA 3O37A 5IG6A 4TYLA 4O70A 4A9OA 5I86A 3IU6A 5F1LA 5FDZA 4XUAA 1ZKRA 3LXJA 5E9VA 5ENIA 5ETDA 4QEWA 4GPJA 2R0YA 3ERRA 2R0VA 2R0SA 4QY4A 5C4QA 4YH4A 4QR4A 5E9LA 4QBMA 5KHMA 4NR9A 4DONA 4BW4A 2LSPB 5CY9A 4ALGA 5E73A 4NUEA 3P5OA 2L85A 3Q2FA 5CUGA 5E9MA 5I89A 4O75A 4CUQA 4QYLA 3P1FA 3D1DA 4O7AA 4O76A 4F3IA 3UVDA 4J0RA 5IGMA 5FE9A 3QZVA 4NYXA 5D3HA 3IU5A 5EU1A 4TT4A 5E7DA 3S91A 4YYHA 5A5OA 5E9KA 4N4IA 5I7YA 4NR4A 4QUUA 4ZW1A 3QZTA 3MXFA 5LKZA 3SVHA 5E9YA 5EICA 3G0LA 5EK9A 1ZS5A 5DYXA 2YYNA 4NUCA 4O7CA 2R10A 4YYIA 2WP2A 5EWWA 4HBVA 3O34A 4YATA 5KTUA 4IR4A 4LYIA 5L99A 4NRCA 3VKHA 5FBXA 2F6JA 4LYSA 4TZ2A 4OGJA 4Z6HA 4TU4A 4QEVA 4CUTA 4O74A 3O35A 5L8UA 5F60A 4YYMA 4UYFA 4UYFB 5HFQA 5TB6A 2E7OA 5LUUA 3ZYUA 5I7XA 4QSUA 5D3RA 4A9HA 2RNXA 5HEMA 3D1BA 4ZC9A 4YYDA 2DVVA 3ONIA 5ACYA 5HRVA 4QC1A 4PCIA 5DBMA 5BT5A 5F61A 5ENJA 4QSVA 3HMHA 5EVAA 4KCXA 4LYWA 4HXOA 5HCLA 5A7CA 5F1HA 5ENGA 4O7FA 3MUKA 5CQ5A 5KU3A 5CUBA 5CZGA 5H1UA 5ENHA 4PKLA 4HBXA 1WUGA 4CUPA 5EGUA 5FH8A 5IGKA 4NR7A 5HQ6A 5D3JA 3P1CA 3AQAA 5LVQA 5FG4A 5HQ7A 5K29A 1EQFA 4PY6A 5IGLA 4X2IA 2EJNA 5II2A 5KO4A 2KTBB 4IOOA 4NR8A 3D7CA 4O7BA 5CTLA 5I88A 2YQDA 5FE6A 3JVKA 5ENEA 4MEPA 5CQ4A 4C67A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FFV A;  4YAD A;  4QSS A;  4TTE A;  4LDF A;  5A5P A;  4NQN A;  3Q2E A;  4LZR A;  4NR5 A;  5DFB A;  5DYA A;  4ZQL A;  4WIV A;  5DFD A;  5C85 A;  5DW1 A;  3LQJ A;  5CQ7 A;  2MJV B;  4QUT A;  5EA1 A;  5FE3 A;  5DLZ A;  4QSP A;  2I8N A;  2FSA A;  4QC3 A;  5EPS A;  4CUS A;  4CUR A;  3K2J A;  5D0C A;  2DWW A;  5HEL A;  4O77 A;  5EPR A;  4CFK A;  2E3K A;  5BT3 A;  4FLP A;  4J1P A;  3FKM X;  4LZ2 A;  2RNW A;  4BHW A;  2DVR A;  5LKX A;  3JVL A;  5EPB A;  5FH7 A;  4Y03 A;  2D82 A;  4MEO A;  2RO1 A;  4UIT A;  5CP5 A;  5CQ3 A;  4HXS A;  5CQA A;  4CFL A;  5A83 A;  5I40 A;  3I3J A;  4UYH A;  4LZS A;  4ALH A;  5COI A;  4YY6 A;  5FE1 A;  5E74 A;  5AD3 A;  5JWM A;  5KTX A;  3U5N A;  4NS5 A;  3UV4 A;  4BW1 A;  4TZ8 A;  4IR6 A;  4J3I A;  4NXJ A;  4LC2 A;  4TU6 A;  5D26 A;  4KV4 A;  4HXP A;  4TT2 A;  5EP7 A;  3G0J A;  5DY7 A;  5FB0 A;  5FG6 A;  5FE2 A;  2RFJ A;  2DVQ A;  5D3N A;  5FFY A;  5FH6 A;  4WHW A;  4HXM A;  5ENB A;  1F68 A;  5L97 A;  4HXR A;  3UVW A;  1X0J A;  5HEN A;  4MEQ A;  4IOR A;  4MR3 A;  5CQ8 A; 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