2YJPA

Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
b'AATVAAIKEKGVIRIGVFGDKPPFGYVDANGKNQGFDVEIAKDLAKDLLGSPDKVEFVLTEAANRVEYVRSGKVDLILANFTQTPERAEAVDFADPYMKVALGVVSPKNKPITDMAQLKDQTLLVNKGTTADAFFTKSHPEVKLLKFDQNTETFDALKDGRGVALAHDNALLWAWAKENPNFEVAIGNLGPAEFIAPAVQKGNADLLNWVNGEIAAMKKDGRLKAAYEKTLLPVYGEKVKPEALLAE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Two Solute Receptors for L-Cystine and L-Cysteine, Respectively, of the Human Pathogen Neisseria Gonorrhoeae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule tags Transport protein
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2yjpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2yjpA02
1WDNA 1FQBA 1MXUA 5KZTA 3UP9A 3ODBA 1S50A 3PD8A 1SVXB 3KZGA 2X26A 4ZEBA 3D4GA 3C4MA 2QRYA 5KDTB 3UN6A 2ZMBA 5TP9A 3E9XA 3C32A 2UXAA 3VV5A 4R2BA 1S7YA 3ZSFA 2QL3A 3IO6A 4ESWA 3RTFB 4EDPA 2XXWA 4M1VA 2GHBA 1NL5A 5F7VA 4XKNA 5CI5A 2ONRA 4KYSA 4R6KA 3FVKA 3T22A 2HFBA 3N26A 4PFUA 3KGCA 3R6UA 2ZYNA 1ELJA 4FEBA 3QIMA 4OETA 3U93A 4ZEFA 3SEXA 1N04A 3CR9A 5AA3A 1FW0A 1Q1KA 2PT2A 4QF9A 1NNPA 3K1MA 2I4BA 3K2DA 4H5GA 1BIYA 3VLWA 4LQ2A 4DIGA 1ZJLA 3Q28A 4QFLA 3BKIB 3HCQA 4U22A 3CG1A 3IL1B 1OVTA 1ZLQA 2Q89A 3MP6A 4ZEIA 5AE4A 4JB7A 3O6HA 3LSLA 5A5XB 4M4GA 3FGSA 3LR1A 1SI1A 1I6AA 1POY1 5AA2A 3IAZA 3LUYA 3H6TA 3V89B 3TFLA 4DCXA 1R9QA 3SEWA 4TLMB 1MRPA 1XVXA 3B7DA 1US5A 1SW4A 3LC8A 2ZYMA 1M5EA 2F78A 2FYIA 4PFTA 4OQOA 1URDA 4NF4A 4UACA 3T9XB 1YCJA 3WAFA 4PFWA 2D21A 2F6PA 1WVJA 3OO8A 3SEUA 1SD3A 3G3FA 3N6TA 1D3KA 4KCDA 5ICQA 3PU5A 1B0LA 3IJOB 1XHYA 1N76A 2CZLA 5DEXB 3PUWE 3W15C 1MH3A 1MG1A 1LAFE 2V3QA 2F7AA 4OFJA 2XXVA 2F7BA 1PB7A 4OFLA 3O6GA 2HAVA 5DVJA 4F1VA 1VR5A 4G8HA 1US4A 1LCTA 1UTHB 4IO7A 4EXKA 1A54A 3G7WA 3SKPA 5H8QB 1P1WA 2ZYKA 2OWSA 2OWTA 2DSFA 4FE8A 4P11A 4NF8B 4RA1A 3RT8A 2DVZA 3PMWA 5BWJA 4GL8A 4IO3A 4NEDA 1O63A 1KWHA 1M5BA 4G77A 5JTYB 4TOZA 2R9JA 2DYXA 4KR5A 2KLFA 3ILUB 3O28A 3R26A 5ITOA 1H45A 2CMOA 3R7XA 4TLLB 2DE3A 2OK2A 4QSEA 4OZ9A 4PE5B 3DLNA 3RPWA 2O68A 5CBRA 1H43A 3EHUA 5DYHA 1GR2A 3TODA 2GH9A 2THIA 5TPAA 3MZ9A 2XXIA 2BJJX 4X1DA 3MW0A 4KYDA 3ZKKA 1GGGA 4N07A 2GRVA 4BDOA 2XX7A 3IR1A 4O3AA 2DS9A 3V5AA 1EZ9A 3G3JA 3CIJA 3TTRA 1N3WA 4XKQA 4LZ8A 2Q2CA 2X7PA 1UQWA 1SDXA 1FQAA 3FXRA 1XS5A 5I2NB 2VGQA 5TU0A 4NF5B 4R75A 4Q8RA 3PMXA 3C33A 4JWXA 3FVNA 4ZDMA 4JSDA 3OMBA 4EQBA 2PX1A 1IITA 1JW4A 5ICTA 2NOOA 1A8FA 4R6YA 1ZBMA 5H8QA 4PFYA 3S9MC 3MC2A 5CMCA 4F1UA 3U1OA 1LFGA 1HSLA 3MP1A 1IUDA 3EN3A 3MPLA 3G3KA 1B7ZA 4RPNA 5BUUA 3FXQA 2O7UA 2B3BA 3MPKA 4H8JA 3ONMA 4O3CA 2G93A 4YAHX 4QFNA 3O29A 4Q30B 4U2RA 3FJMA 2XXXA 5I59B 1MH4A 3CFLA 2I49A 2V25A 1MY2A 1II5A 5I57A 1EZOA 1B1HA 4PQJA 4GIZA 4G8NA 1GVCA 3KOSA 3VVDA 3VXBA 3H4ZA 4KFQA 4HW8A 2XXPA 1MXVA 4WXJA 2RC9A 5AA1A 4POWA 2O84X 3U8QA 4YMAA 1Y1MA 3IB2A 3KN8A 1MQGA 5H8NB 3OO6A 3CFZA 2I0CA 5CM6A 2I0BA 2REJA 3H7MA 2Q2AA 4GD5A 3Q26A 1R9LA 4F3GA 3IX1A 4FJPA 1B05A 3E3KA 3KG2A 2QS2A 3L6GA 5B7DA 2F6GA 4C1TA 1URGA 3QUFA 3BFUA 3I3VA 1F9BA 2RKMA 2REGA 1B0HA 3VVFA 2F7CA 5L9OA 3Q25A 4H1XA 1B2HA 1FTKA 1MPBA 3TQWA 1MQDA 3A3CA 2VOZA 2XX9A 3KOTA 4GOTA 1GTKA 1MQJA 4U4XA 1MXXA 1B46A 2XXQA 4OVJA 3F11A 3C36A 2O6AA 2OCUA 3IOTA 3DP6A 2DE2A 4F29A 1MM6A 1CB6A 1N7XA 5DT6A 1FTOA 4OERA 1AH5A 3UIFA 4MLQA 3GZGA 1TT1A 5HM4B 4R74A 5I56A 3SEYA 2PYYA 2RF1A 4NWCA 1MDP1 3QUJA 4ZE8A 4IGTA 3VVEA 4Z0IA 3A09A 4ZEKA 2FA7A 3ZS6A 1Q35A 1FCKA 2H9BA 3MQ9A 3LSWA 4YZZA 5AA4B 4PETA 1PC3A 3IORA 1B7HA 1YTVA 3AXFA 4N13A 4RNSA 3T9HB 4EF2A 3HHFA 1B51A 4YMBA 1LFHA 1A7LA 3PD9A 1ZIUA 2Y7WA 3OSQA 4KI0E 2V3UA 1M5FA 5KCJA 4IY6A 5I58A 4U1OA 3MZ1A 2X7QA 2XXTA 3D4CA 1N7WA 4ECFA 3UORA 3OENA 1OLAA 3TMGA 1FQFA 1OLCA 1VE4A 2Z22A 3E4RA 4GLIA 3TKDA 4YICA 5DVIA 1AOVA 4DDDA 3UK4A 3H03A 4G68A 5FTIA 2UVJA 3FJGA 2GFEA 1LBCA 1N0TA 4F2QA 4OENA 4R72A 3TTKA 4U23A 5HPQA 4DLDA 1LLSA 2HXWA 3OELA 4BDQA 2I58A 3GLBA 1R1NA 4AB6A 3PMVA 2PVUA 1AMFA 2I3WA 2F36A 1I6QA 1B3LA 2QSXA 3TEPA 2ZNTA 1NMUA 2XHDA 3TYHA 3USDA 1P1OA 2Y7KA 1I6BA 4LA9A 4WKMA 4ZZEA 2E1SA 4I1DA 3MAMA 4JDFA 3FASA 4XTCQ 4OWDA 2D5WA 4I8CA 4ZEDA 1MY1A 3G3HA 3KSXA 4Q0CA 1MM7A 3N6UA 5KDTA 2G29A 3K4UA 1PBPA 1LAXA 3I5OA 1YPNA 4EF1A 1XT8A 3TCFA 3ILTB 2A5SA 1N3XA 2Q88A 4OYVA 3T66A 2HQ0A 3K6VA 3LSFB 3SESA 1URSA 4E0XA 3H6VA 2Z23A 4LONB 1B3FA 4ELQA 2RC7A 5FHMA 4ND9A 2YJPA 5EYFA 1R6ZA 4C0RA 3RLFE 1P1UA 1DPPA 3KFMA 3K00A 1UTBB 1B32A 1NNFA 1MPDA 3FD3A 4GWOA 4FAJA 2ABHA 4GRKA 2O69A 4YB7A 2I4CA 4H6DA 1VFDA 1HSEA 4U4SA 1MDQA 3PUXE 4DXBA 4U21A 3VLUA 2H98A 1IEJA 4AB5A 2UVHA 3OOAA 3T9VA 5L8DA 1B9JA 1T0KA 2HCAA 1ZMGA 5IKBA 1Y9UA 5A5XA 4LZ7A 3HSTA 4GXSB 4YB5A 2Z8DA 3BFTA 4I9DA 4IO4A 4KQPA 1JQFA 1MS7A 2OBGA 3DM0A 2RCAA 1PBQA 3RN8A 2ANJA 3TTNA 2XXHA 3OEMA 3U92A 3TELA 2OLBA 1Z7NE 3MVYA 2AL4A 4YKJA 3IOWA 4QHQA 3I6VA 2UVGA 1SW2A 4OFOA 4GVOA 3H6UA 1Y1ZA 1IXIA 1A99A 1Y3QA 2PT1A 5FHNA 4IB2A 3S9LC 4KYEA 1JETA 5I2KB 4K3FA 2M8CA 1UIVA 3LSXA 5DEXA 3OO7A 1QJMA 3O97A 4QFKA 1NNTA 4RPOA 4KPTA 5K2YA 1Y3PA 2A5TB 4YKIA 2H5YA 4ESXA 1USYH 1WODA 2FNCA 4ZE9A 1LAGE 1JW5A 1L5TA 3FVGA 3CI8A 4G4PA 3KEIA 1TWYA 1B4ZA 3TTMA 4F22A 4THIA 3PUVE 3FATA 1UTHA 3H3GA 1SW1A 4ISUA 1SBPA 3EF7A 5H8HB 1DTZA 3CRBA 1RYXA 3Q27A 1S9TA 4NF8A 1FTLA 3G3IA 4GFRA 2P2AA 4NF6B 5ISUA 1LB8A 3C34A 5JTYA 2ZXTA 4FEDA 2ESNA 1P1QA 4MLVA 1ZKBA 2V93A 5ELVA 4FECA 3MVXA 5DVFA 4F31B 3HO7A 4OHNA 3OXNA 1B5JA 3V8XB 3HHGA 3KBRA 1D9VA 4JBZA 4U1ZA 4F19A 1POTA 2QS1A 5I2KA 1QUKA 4R2FA 3B6QA 1O7TA 3IOVA 3O6IA 1B5HA 3M3KA 1DTGA 2VP1A 1GV8A 4H65A 3HV1A 1OIBA 2H25A 2F97A 3PPRA 3Q29A 1PB8A 2PBWA 1H76A 4DCYA 5IAIA 1EU8A 1NH8A 4HTGA 4YB6A 4ELOA 1LAHE 2DWJA 5I2NA 4LZ5A 4NF5A 4LP2B 4F1YA 3T93B 1B4HA 4XXUA 1Y4CA 5H8FB 3TZAA 2W7YA 5CMMA 1B52A 2XD2A 1OVBA 2YLNA 2Y84A 4F3SA 1SQYA 4NF6A 4BDRA 1QKBA 4EXLA 4HCYA 4NTLA 5M2VA 3T9UA 1B3HA 3C31A 3W9VA 1BLFA 1MPCA 1ANFA 1SI0A 2DP8A 2PMSA 4RYAA 5I59A 1Y3NA 4DXUA 4RY1A 1D9YA 3JYRA 4NE4A 3WAEA 5TP9B 3QK6A 4N6PA 1QKAA 4NMYA 2LAOA 2XX8A 1B58A 3EHTA 3VLVA 2YPNA 3V83A 1FTJA 3MUQA 1ZTYA 3DELB 4NWDA 2Q9TA 4LVQA 3T96B 2VD3A 3FVOA 4HCWA 2QS4A 1BP5A 3L6HA 1IIWA 1HSJA 1DMBA 4H5FA 4OMBA 3JV9A 3OO9A 3W9WA 3VDFA 1J1NA 1MQIA 1PB9A 3CVGA 3SETA 5K2XA 3TTLA 3U94A 3MWBA 5CBSA 5H8NA 4KD5A 1AIVA 3ZKLA 2IEEA 3KSJA 1YAEA 1JVXA 3TQLA 4ZECA 2F5XA 4BDMA 3KN7A 3PPPA 1MQHA 1M5DA 1BTJA 2IA4A 1AL3A 3FZVA 5FTHA 1DPEA 1Y4TA 4DZ1A 3O9PA 3SEVA 1XOCA 1RYOA 4LATA 3TPAA 3IOUA 5ITPA 4FORA 4EUOA 4IO5A 3MJNA 5AA2B 1B7UA 3K6XA 3OSRA 3A3UA 5EHMA 2F35A 2QMXA 2XD3A 4MBPA 1OQHA 1JNFA 1JEUA 4H0WA 2ALUA 3THIA 1ZU0A 4JXIA 3MVWA 3FUZA 1FQEA 4NF4B 2OZZA 3K6WA 2B65A 2QS3A 4QFOA 2I6EA 3PGFA 3UGWA 4G2ZA 4BDLA 2Z8EA 4RK2A 4YKPA 2NXOA 5EHSA 3S4UA 3TCGA 2DXYA 4OXVA 1VSOA 3S2VA 4DXCA 5AA4A 5J1DA 1UIUA 4FATA 3H06B 1XVYA 1PEBA 2F34A 3HPIA 3CFXA 4MH5A 4EQ9A 2HZLA 4R73A 4Q5TA 1QUJA 4QSCA 1FQDA 5LOMA 3MP8A 3B6WA 4H8IA 3H6WA 3FIRA 1LCFA 3DP4A 5CRYA 4JWYA 4X48A 3FXUA 1JW1A 3OEKA 2AL5A 3PV0E 3K1NA 4HS7A 5B70A 2Y7RA 3IB0A 4LUBA 1A40A 1LBBA 4FIMA 2P1SA 3G3GA 3GBBA 1IXCA 2ZYOA 1H3DA 3QAXA 3K1PA 1ATGA 5H8SA 2DXRA 4F2OA 3K01A 3UA8A 3CSGA 3N94A 3O66A 5L9MA 1IXHA 4JSOA 1Y20A 2O51A 2WKYA 2HZKA 2V3TA 1MY4A 4MFIA 4KCCA 2I48A 4R6HA 3M3LA 2I3VA 2E0SA 4G68C 3RQTA 4ZS9A 1JEVA 3LBSA 1LFIA 1M5CA 1SYHA 1QVSA 4C1UA 1B40A 3M3FA 2XXRA 2B3FA 2HAUA 3FV1A 4YU0A 1IQ7A 2DE4A 4TQUQ 2VD2A 1A8EA 4F18A 4ELPA 3RY3A 4G8MA 3RGYA 1OQGA 2ONKE 4OTEA 4L17A 2QMWA 1CE2A 3MBPA 2ZNUA 4BDNA 5TPAB 1NH7A 2AIXA 1I69A 4F3PA 1NFTA 3S9NC 3QYTA 3EQ1A 3IJXB 3K6UA 2DQVA 5CMKA 4GF8A 1MXWA 1RKMA 3K02A 1IXGA 4Z7EA 3QXMA 1N84A 2QJEA 1EZPA 5HBCA 4QSDA 4F3BA 1SYIA 4RXLA 2DOJA 2DWAA 2O7IA 2Q8JA 2ZNSA 1TFAA 4R9FA 1QUIA 4AQ4A 1B3EA 2UYEA 1LSTA 3PPOA 5AA2D 3GXAA 3FJ7A 5F1QA 1TXFA 3E13X 3CSBA 4JWOA 3IB1A 4ONYA 3M8UA 2QPQA 3GBAA 2DWHA 1D4NA 3KJTA 3S9EA 3FV2A 4IGRA 2RC8A 3VFJA 3C35A 3KN3A 1UTBA 4UA8A 5I57B 1TFDA 4RK9A 3EHSA 4IY5A 2Z8FA 1EH3A 5DTBA 1P99A 2AYSA 4IO2A 3PUZE 3TUSA 3SERA 3OD7A 4GL0A 3N5LA 2H4IA 2UVIA 2DVCA 4ZZAA 3EPEA 2Y7IA 3SDFA 5FHOA 4X9TA 1DSNA 1SW5A 1MXYA 4O3BA 4X1BA 1B1XA 4OEVA 4QRZA 2D3IA 2Y7PA 1JVYA 4OESA 2RCBA 3VE1B 1IZ1A 2NVUB 1H44A 2NWJA 1O64A 4OEUA 1B5IA 2UYFA 4P0IA 3ECRA 3BBRA 5JK4A 3KJ7A 4I62A 2R71A 4MF3A 4E0WA 4P0GA 2P0SA 3K0VA 4F39A 3PPQA 3B6TA 3MVZA 2A5TA 2RINA 3IO4A 4QFPA 3RNNA 4GQOA 1Z7ME 4LQ5A 2XXUA 2VHAA 5I56B 2O1MA 4DE8A 2HEUA 4WEPA 1OMPA 2XXYA 1LB9A 4POXA 1NNKA 4IO6A 3MZBA 1USYE 3DP8A 4KHZE 1MXZA 4ELRA 3TAJA 3RTWB 5H8HA 3VXCA 2NUVA 3HN0A 4H67A 1LGBC 3O2AA 4PP0A 2F8DA 2DWIA 2O1LA 3CG3A 5CC2A 4BLAA 2OJTA 2ONSA 1NKXA 5KCJB 5I58B 3P7IA 1P1NA 5I84A 4XIGQ 1QULA 3JZJA 3IK6B 4WEDA 4YKKA 1MY0A 5CMBA 3PPNA 5JEIA 2V84A 3RT6B 4G68B 2H99A 1B6HA 3TCHA 1QW0A 1B3GA 3PUYE 4RJZA 5L9SA 3TDJA 1A55A 4R9GA 3U72A 1FQCA 1XC1A 4XKRA 1MY3A 1VFEA 3RUMA 2GHAA 4GXAA 1PDAA 2R6GE 3QSLA 1FTMA 3C9HA 4EQ7A 4XKPA 5H8FA 1BKAA 1DOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WDNA 1FQBA 1MXUA 5KZTA 3UP9A 3ODBA 1DCUA 3MSTA 1S50A 3PD8A 1SVXB 3KZGA 2X26A 4ZEBA 1FBDA 3D4GA 1DBZA 3C4MA 2QRYA 5KDTB 3UN6A 2ZMBA 5TP9A 3E9XA 3C32A 2UXAA 3VV5A 4R2BA 1S7YA 3ZSFA 2QL3A 3IO6A 4MEVA 4ESWA 4PE3A 3RTFB 2XWVA 4EDPA 2XXWA 4M1VA 2GHBA 1NL5A 5F7VA 5EYHA 4XKNA 5CI5A 1FBGA 2ONRA 4KYSA 4R6KA 3FVKA 3T22A 2QVUA 2HFBA 1G0IA 3N26A 4PFUA 3KGCA 1EYJA 3R6UA 2ZYNA 1ELJA 4FEBA 3QIMA 4OETA 4X8RA 3U93A 4ZEFA 3SEXA 1N04A 3CR9A 5AA3A 1FW0A 1Q1KA 2PT2A 4QF9A 1NNPA 3K1MA 2I4BA 3K2DA 4H5GA 1BIYA 1YZ0A 3VLWA 4LQ2A 4DIGA 1ZJLA 3Q28A 4QFLA 3BKIB 3HCQA 4U22A 3CG1A 3IL1B 4PGNA 1OVTA 1ZLQA 2Q89A 3MP6A 4ZEIA 5AE4A 4JB7A 3O6HA 3LSLA 5A5XB 4M4GA 3FGSA 3LR1A 1SI1A 1I6AA 1POY1 5AA2A 3IAZA 3LUYA 3H6TA 3V89B 3TFLA 1JP4A 4DCXA 1R9QA 3SEWA 4TLMB 4P1LA 1MRPA 1XVXA 3B7DA 1US5A 1SW4A 3LC8A 2HPGA 2ZYMA 1M5EA 2F78A 2FYIA 4PFTA 4OQOA 1URDA 4NF4A 4UACA 3T9XB 1YCJA 3WAFA 4PFWA 2D21A 2F6PA 1WVJA 3OO8A 3SEUA 1SD3A 3G3FA 3N6TA 1D3KA 4KCDA 5ICQA 4HE2A 2HHMA 3PU5A 1B0LA 5ET6A 3IJOB 1XHYA 3ROJA 4GWXA 1N76A 2CZLA 5DEXB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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