2YJPA

Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
AATVAAIKEKGVIRIGVFGDKPPFGYVDANGKNQGFDVEIAKDLAKDLLGSPDKVEFVLTEAANRVEYVRSGKVDLILANFTQTPERAEAVDFADPYMKVALGVVSPKNKPITDMAQLKDQTLLVNKGTTADAFFTKSHPEVKLLKFDQNTETFDALKDGRGVALAHDNALLWAWAKENPNFEVAIGNLGPAEFIAPAVQKGNADLLNWVNGEIAAMKKDGRLKAAYEKTLLPVYGEKVKPEALLAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Two Solute Receptors for L-Cystine and L-Cysteine, Respectively, of the Human Pathogen Neisseria Gonorrhoeae.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule keywords PUTATIVE ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO
total genus 78
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2yjpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2yjpA02
4PFWA 2ABHA 4GRKA 1Y1ZA 5H8NB 5FHMA 4F1VA 4K3FA 4EF2A 4KQPA 3VDFA 4DXUA 3QUJA 2F7CA 2I49A 3OO7A 4OFJA 5K2XA 1QKBA 3PU5A 5HPQA 3KBRA 1B58A 1PBPA 3EQ1A 3B7DA 1B51A 4P11A 1USYE 3N94A 3ONMA 1Y9UA 4QFLA 3IOTA 1N3XA 5TPAB 2PT1A 1A54A 5I58A 4NF4A 3FV1A 3TFLA 1ZLQA 4OTEA 5ICTA 1LSTA 4GXAA 1A55A 1IQ7A 2V3UA 3GBBA 1UTHA 4BDOA 3FJ7A 4XTCQ 3FJMA 5FTHA 2QS2A 4G68A 4GQOA 1NNFA 2D5WA 1MXZA 4LZ8A 1S9TA 5DYHA 4YICA 1JVXA 3CRBA 3QUFA 2HXWA 5KDTB 3PUVE 2NVUB 5ITPA 2XX7A 3U8QA 5CRYA 4WXJA 1P1UA 3H6UA 1Q35A 5HBCA 3TUSA 1OVBA 1P1WA 3CR9A 4U1OA 2GFEA 2ZYOA 2THIA 4ELRA 3KZGA 4M4GA 5AA4A 2D3IA 2Y7WA 1MY4A 3PMWA 4QFPA 5A5XA 4XKQA 4F31B 1SW2A 4DCYA 2R9JA 3DP6A 3QXMA 1M5BA 3H6WA 3SEYA 1QUIA 3C34A 5CMCA 2VP1A 1ZKBA 1II5A 2UYFA 3G3HA 3G3KA 3UIFA 2ANJA 3C33A 4LZ5A 4DIGA 4OVJA 3KN3A 2PX1A 3RTFB 4EF1A 1UIUA 4TQUQ 4JWYA 2XXWA 1RYXA 3A09A 2ZXTA 2AL4A 3FATA 1JETA 1SDXA 1DOTA 4EQ7A 5AA2D 4QFKA 4ECFA 5CC2A 3OD7A 2ZYKA 5I57A 2VOZA 1QUJA 3LC8A 3RQTA 1I6AA 3IOWA 3OELA 4FEDA 1MQGA 2V93A 1VR5A 2NOOA 4U22A 4EUOA 4HTGA 2A5SA 3OSRA 1XVXA 4R75A 4Z7EA 4F3PA 3U72A 4Q5TA 1P99A 1NL5A 4OESA 1MDQA 1R9QA 1SVXB 1PBQA 1QULA 4H5GA 4IY6A 3S9NC 3TCGA 1SI0A 3SERA 5CM6A 5J1DA 2I3VA 2W7YA 2O7IA 5CBSA 2O7UA 2X7PA 4QSCA 1LFIA 4PFUA 4H65A 4C0RA 2HCAA 1S50A 4R74A 1VE4A 2Y84A 5H8FB 2OCUA 4ND9A 3DP8A 1OQHA 2RINA 1NFTA 3W9VA 1YPNA 3U92A 2V3TA 3S2VA 1A8FA 2PBWA 2OWTA 2DOJA 3UP9A 3MVYA 1URGA 3C4MA 1B46A 1EZ9A 3K02A 4P0GA 3UN6A 1BP5A 4G8HA 1FQDA 3H06B 3K6XA 5JEIA 3IOVA 4AQ4A 4GF8A 1B32A 4ZEDA 3IO4A 3G3JA 3IJXB 5JTYA 2H4IA 3MC2A 4DZ1A 3M8UA 2I58A 4OETA 3E4RA 4U4SA 4NF5B 2LAOA 1IEJA 4POXA 2WKYA 2O51A 2FYIA 3TKDA 4MFIA 3O2AA 3KEIA 3K0VA 3JYRA 2G29A 5DT6A 1O63A 2HZLA 4GLIA 4GFRA 3TTLA 3EF7A 3T96B 3ZKLA 1SBPA 1Q1KA 1B5IA 4R6KA 4NF8A 1MY2A 3SEWA 2DE2A 4OHNA 3H3GA 2F36A 4H5FA 1QJMA 1PEBA 2YJPA 1Y3NA 3VLWA 5H8HA 1R9LA 1MXUA 4OYVA 3Q28A 2F97A 1MXWA 2Q2CA 1N04A 3C36A 3TODA 5KCJB 3LSFB 4F1YA 3HV1A 3ILTB 2IA4A 1PB8A 3K4UA 1BKAA 3FXQA 1B7ZA 3I5OA 2VD3A 3O29A 4EQBA 1EZOA 3P7IA 4FEBA 4BDQA 4IO7A 4DLDA 4R72A 4BDLA 3T9XB 2DXRA 3VLVA 5FHOA 3KGCA 2DQVA 2QRYA 3E13X 1LLSA 3OO6A 2O84X 4R9FA 2IEEA 3PV0E 1LCFA 2V25A 1HSEA 3KJ7A 5HM4B 3KJTA 3CG3A 1AOVA 4R9GA 1ZJLA 1NH8A 2F34A 3OEKA 3ILUB 2GH9A 1UIVA 1KWHA 3OO8A 3N26A 4YKJA 1SW4A 1MG1A 1MS7A 4R2BA 2PVUA 4KPTA 3B6WA 5TP9A 3M3LA 2QSXA 4DXCA 5DTBA 4M1VA 1FTMA 1YCJA 1MPCA 1DTZA 3TQLA 2O1MA 3C35A 1IXGA 3S9MC 4I9DA 2UVHA 4YKKA 3TMGA 2DWIA 4U21A 2QPQA 4Q0CA 5BWJA 5H8SA 5H8QB 2X26A 2Z23A 2F7BA 1B6HA 3MQ9A 4POWA 1B0LA 2RCBA 2UVGA 3OEMA 1B40A 4I1DA 1N7WA 1IITA 3D4GA 3SEUA 5EHSA 3CG1A 1XC1A 1LGBC 2DE4A 1FQFA 3G7WA 1H43A 1IXCA 3WAEA 2M8CA 3PD8A 3LUYA 4FORA 2F5XA 4Z0IA 2A5TB 1NH7A 4XKPA 3MZBA 4KCCA 1VFDA 3GLBA 1T0KA 4ELQA 1SYIA 3MWBA 1JW5A 4F19A 1FQEA 2XX9A 4GIZA 3LSXA 4MLQA 2DWJA 2XXIA 3K2DA 3U93A 1B9JA 3RTWB 2UXAA 2I4CA 3U1OA 4FECA 3IB0A 2ZYNA 1DMBA 3G3GA 3E3KA 1NMUA 3H4ZA 3MVWA 1ZIUA 2Y7PA 5I59A 4QRZA 3MAMA 3S9LC 2H25A 4H1XA 3MJNA 2ONSA 3HHGA 3IX1A 1RYOA 4Q30B 1JW4A 2QMWA 4KYDA 1M5EA 3SESA 3HSTA 2Z8EA 4RYAA 2DVCA 3K6VA 3PD9A 2O6AA 1MPBA 4LZ7A 1D9YA 3HO7A 3K01A 3M3FA 1DSNA 3MP8A 3MW0A 3VFJA 2Y7RA 4NF6A 3PGFA 2RKMA 4FIMA 1MRPA 3N5LA 1B7UA 3U94A 4HW8A 3UK4A 2QMXA 2XHDA 4OXVA 1GVCA 4LATA 3LSWA 3MVXA 2NXOA 1WDNA 3DLNA 4OWDA 5I84A 3FVNA 5ITOA 5I2NB 1B7HA 4NWDA 4LP2B 3DP4A 3QAXA 4JB7A 3PPQA 1H45A 1LFGA 4YAHX 3FD3A 4OFLA 1DPEA 1PDAA 4LVQA 1N7XA 1URSA 5I2KB 3TTMA 3LSLA 1O64A 5DEXA 3TTRA 3OMBA 4ELOA 3Q26A 2XD3A 1B0HA 3MVZA 5ELVA 1ANFA 4ZZAA 2Z8DA 3I3VA 4H67A 4F3GA 4PQJA 1A99A 1N0TA 3DELB 3A3CA 2VHAA 2REJA 5F1QA 1MM6A 2RC7A 1BIYA 4PFTA 3FUZA 1A40A 2YLNA 2XXVA 4OMBA 4NMYA 5CI5A 3TAJA 1H3DA 4RK9A 4G4PA 2XXYA 3KOSA 1UTBB 3O28A 1FTJA 1LAXA 4QFOA 3T9UA 4UA8A 3OOAA 1US4A 2E0SA 2F6PA 5H8NA 3PPNA 2ZYMA 4QHQA 3ODBA 2DWAA 2Y7IA 1GR2A 2FA7A 3FVGA 1OMPA 5TU0A 1P1OA 3H03A 1FQBA 2I4BA 3C31A 4F29A 2H99A 1XT8A 5IAIA 4ZECA 3KOTA 1MXXA 2F35A 3MBPA 3TTKA 2QS3A 4E0XA 5AA1A 1MH4A 3IB1A 4O3AA 3IK6B 5TPAA 5BUUA 4KHZE 3RPWA 2CZLA 1FTOA 4NTLA 1I6QA 4ZDMA 4GL8A 4TOZA 4QSEA 4ONYA 4ELPA 5EYFA 5TP9B 3IL1B 1B52A 3K1PA 2XXTA 4X1BA 4HS7A 1LB9A 2UVJA 2FNCA 3CFLA 3BBRA 5AA2B 5LOMA 2QJEA 5L8DA 1Z7ME 2OWSA 3W15C 2OK2A 1FCKA 3SEVA 2HFBA 1SW5A 3AXFA 3VVEA 5KDTA 1B1HA 2UVIA 3N6UA 2I0BA 2Z8FA 3HPIA 2ALUA 4NE4A 4EXKA 1H44A 3H6VA 4F1UA 2DS9A 3M3KA 1MDP1 4ZE8A 4N13A 4R2FA 1NNTA 1IZ1A 3Q25A 1OVTA 4F2OA 3IO6A 2UYEA 1GGGA 2RC9A 3VXBA 4EQ9A 3EN3A 3FGSA 2Q2AA 4IGTA 5L9MA 2X7QA 3A3UA 3O9PA 4YMBA 1SYHA 2I0CA 1JW1A 1SW1A 1MQJA 3K00A 3QYTA 1B3GA 4QSDA 4HCWA 2HAUA 4OEVA 3TCFA 2ZNTA 3S9EA 3KN7A 4YB5A 1B3FA 1LBCA 3CI8A 5I58B 4NF4B 1CB6A 1N84A 3RT6B 1B4HA 3Q27A 4XXUA 3TDJA 3IB2A 4PE5B 4XKRA 1US5A 3VE1B 1B3EA 3TPAA 4GOTA 1UTHB 4H8JA 3CFXA 1FW0A 2F7AA 3RY3A 4YZZA 4H6DA 4WKMA 3PUZE 4IO6A 4G68B 1OLAA 1B3LA 1XVYA 1TFAA 3CSBA 4LONB 1B5HA 1A8EA 4MBPA 1JVYA 1EH3A 1JNFA 3QIMA 3K6UA 2DE3A 3MUQA 4IO2A 1D3KA 5KZTA 1B2HA 4KD5A 4O3CA 3FJGA 4RA1A 4U4XA 3T93B 4OQOA 1N3WA 5CMBA 3R6UA 3RLFE 5AA4B 5H8FA 3V89B 2OLBA 3EHUA 4JXIA 4KR5A 5A5XB 2R6GE 3UORA 5AA3A 1SD3A 4WEDA 4ZEKA 3PPRA 3L6HA 1LAGE 3V83A 4YB6A 1Y20A 3RN8A 4QF9A 1M5CA 2NUVA 2I6EA 1URDA 1B5JA 5B70A 4GD5A 4MF3A 4R6HA 3VV5A 4EXLA 4JSDA 3K1MA 4JWOA 3QSLA 3SKPA 1NKXA 4HCYA 2RCAA 3O6IA 2B3BA 3VXCA 4NEDA 3PPOA 5B7DA 2DSFA 1WVJA 1MY3A 2OJTA 1JEUA 1YAEA 1POY1 4OEUA 5L9OA 2BJJX 4NF5A 2VD2A 4C1TA 2ONKE 4IO3A 3T66A 1D9VA 4U23A 4IO5A 2OZZA 1OLCA 4THIA 5L9SA 4GVOA 1B4ZA 5I57B 3MZ9A 1Y4CA 3O6HA 3IR1A 3E9XA 2RF1A 4RXLA 3KG2A 1L5TA 3MPKA 2XXHA 3T9VA 3IORA 3KSXA 3R7XA 1HSLA 3GBAA 4ISUA 1TWYA 5I56A 2G93A 1R6ZA 1MQHA 2Y7KA 4GWOA 3OO9A 5FTIA 1ZMGA 3L6GA 1FTKA 3R26A 5KCJA 4X1DA 3FXRA 3F11A 1MXVA 2F78A 2VGQA 2DWHA 1SI1A 3H7MA 5CMKA 1GTKA 1TFDA 2AIXA 3HCQA 1VFEA 4KYSA 1TXFA 4IY5A 1MPDA 3VVFA 4BDMA 3RUMA 1IUDA 3JZJA 3K1NA 4F18A 1ELJA 3GXAA 5ICQA 1QVSA 4GL0A 2GHAA 1NNKA 1OQGA 4KYEA 1DTGA 4OFOA 2HZKA 1AIVA 5IKBA 3IJOB 3TYHA 3SETA 1PB7A 1S7YA 3KN8A 2YPNA 3WAFA 3ZS6A 4ZEBA 3CSGA 2V84A 3G3FA 5JTYB 4OZ9A 4RNSA 3PUXE 2XX8A 4IGRA 4F3BA 2XXUA 3IOUA 3O6GA 1CE2A 4I62A 1BLFA 1AL3A 4GXSB 4FE8A 3CIJA 4U2RA 5FHNA 3RT8A 1Y4TA 2GRVA 3KFMA 3TELA 1P1NA 2ONRA 4L17A 3C9HA 3VLUA 2Q8JA 3ECRA 4O3BA 2RC8A 1I6BA 4NF8B 2P2AA 3UGWA 1FQAA 3T9HB 1GV8A 2B3FA 1SQYA 5EHMA 3EPEA 2QL3A 1Y3PA 2E1SA 2ZNSA 4JWXA 3FVKA 1MQIA 5H8HB 3KSJA 4P0IA 1RKMA 1POTA 4TLLB 4JSOA 5DVJA 1MY1A 1LAHE 4DE8A 1B05A 3PMXA 4KCDA 1LAFE 3JV9A 3V5AA 1IIWA 3G3IA 4G77A 5H8QA 5AE4A 1FQCA 2QS4A 4ZEFA 3HHFA 4TLMB 3B6TA 1PC3A 4X9TA 4YKIA 3USDA 4OERA 2DVZA 4YMAA 3SEXA 4ZE9A 5JK4A 4PFYA 4R73A 2O68A 3OXNA 4JBZA 2A5TA 2XXXA 1JEVA 4FAJA 4Q8RA 2I48A 4ZZEA 3EHSA 3RNNA 4H0WA 1Y3QA 3H6TA 4FJPA 1IXIA 2DYXA 4F2QA 3TQWA 1ZU0A 3MP6A 2H5YA 1P1QA 4RPNA 1MH3A 4FATA 3FIRA 2F6GA 1Z7NE 2D21A 4U1ZA 3FXUA 3MP1A 4UACA 1DPPA 4BLAA 3C32A 4KFQA 1B3HA 4BDRA 1TT1A 2GHBA 3TZAA 1USYH 3TTNA 3ZKKA 1EZPA 1PB9A 4DDDA 1H76A 1O7TA 4ZS9A 3B6QA 3PUYE 1LBBA 1LFHA 4DCXA 4EDPA 2ZMBA 4F3SA 4G8NA 4N07A 2H9BA 2CMOA 4N6PA 2XXPA 3D4CA 3PPPA 2REGA 4RY1A 4OENA 4G8MA 1FTLA 4QFNA 4WEPA 4LQ2A 3S4UA 3PUWE 1EU8A 4JDFA 4PP0A 4BDNA 2H98A 2HEUA 4KI0E 4YKPA 3CFZA 3THIA 4RPOA 5DVFA 1XS5A 2Q89A 4LA9A 3VVDA 5I2NA 3GZGA 2PYYA 1XHYA 4AB6A 4LQ5A 2KLFA 4I8CA 3TCHA 5M2VA 2XD2A 1HSJA 1WODA 1AMFA 2Q88A 4RK2A 1N76A 2DP8A 5I2KA 5I56B 1QW0A 2R71A 3BFTA 2O69A 3LBSA 2ESNA 3O66A 2AL5A 1M5DA 3FZVA 3O97A 4AB5A 3OSQA 4E0WA 4ESWA 4F22A 5DVIA 4YB7A 3SDFA 4DXBA 2DXYA 2HQ0A 4F39A 3QK6A 5I59B 3TEPA 1LB8A 1D4NA 1A7LA 4C1UA 4ESXA 4NWCA 2Z22A 1UTBA 5F7VA 4XIGQ 2I3WA 4RJZA 1ZBMA 1QUKA 1LCTA 4PETA 3ZSFA 1BTJA 2B65A 2PMSA 1JQFA 1IXHA 3W9WA 1ZTYA 4IO4A 4MLVA 4H8IA 2PT2A 3FVOA 2AYSA 4NF6B 4X48A 1NNPA 1F9BA 3CVGA 2XXQA 3Q29A 4MH5A 3BFUA 1XOCA 5CBRA 1R1NA 2P0SA 4LUBA 3RGYA 2F8DA 3PMVA 2V3QA 2XXRA 3FASA 3N6TA 4G68C 1B1XA 1MXYA 4IB2A 1QKAA 2QS1A 5CMMA 2P1SA 1VSOA 3FV2A 1ATGA 3OENA 1OIBA 2Q9TA 4R6YA 3UA8A 3BKIB 4G2ZA 2O1LA 3K6WA 5AA2A 4XKNA 1UQWA 3DM0A 3MPLA 5DEXB 4YU0A 1MM7A 1J1NA 3IAZA 1AH5A 1M5FA 2NWJA 3EHTA 1YTVA 1MY0A 1Y1MA 1I69A 2HAVA 1MQDA 3T22A 3I6VA 3HN0A 2OBGA 3MZ1A 3LR1A 3V8XB 5K2YA 4ZEIA 5ISUA 2ZNUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PFWA 2FIEA 2ABHA 4GRKA 1Y1ZA 5H8NB 5FHMA 4F1VA 4K3FA 4EF2A 4KQPA 3VDFA 4DXUA 3QUJA 2F7CA 2I49A 3OO7A 4OFJA 5K2XA 1QKBA 2FHYA 3PU5A 5ET5A 4JVCA 1FPGA 5HPQA 2PFZA 3KBRA 5FBPA 1B58A 1PBPA 3EQ1A 4GWYA 3B7DA 1B51A 4P11A 1USYE 3N94A 3ONMA 1Y9UA 4QFLA 3IOTA 1N3XA 5TPAB 2PT1A 1A54A 5I58A 4NF4A 4PBHA 3FV1A 3TFLA 1ZLQA 4OTEA 5ICTA 1LSTA 4GXAA 1A55A 1IQ7A 2V3UA 3FXBA 2GQ1A 3GBBA 1UTHA 1FRPA 4BDOA 3FJ7A 4XTCQ 3FJMA 5FTHA 2QS2A 4G68A 4GQOA 4JVIA 1NNFA 2D5WA 1MXZA 4LZ8A 4O8MA 2V4CA 1IMEA 1S9TA 5DYHA 4YICA 1JVXA 3CRBA 3QUFA 2HXWA 5KDTB 3PUVE 2NVUB 5ITPA 2XX7A 3U8QA 5CRYA 3D1RA 4N91A 4WXJA 3KC0A 1P1UA 1K9YA 3H6UA 1Q35A 5HBCA 3TUSA 5EQ7A 1OVBA 1P1WA 3CR9A 4U1OA 2GFEA 1FJ6A 2THIA 2ZYOA 4ELRA 3KZGA 4M4GA 5AA4A 2WBDA 1EYIA 2ZZWA 2D3IA 2Y7WA 1MY4A 3PMWA 4QFPA 5A5XA 2JJKA 4XKQA 4F31B 2OWZA 1SW2A 4DCYA 2CZHA 2R9JA 3DP6A 3QXMA 1M5BA 3H6WA 4H46A 3SEYA 1QUIA 3C34A 4N8GA 5CMCA 2VP1A 1ZKBA 1II5A 2B4MA 2UYFA 3G3HA 3G3KA 3UIFA 2ANJA 5I5PA 3C33A 5IGAA 4LZ5A 4MIJA 4PCDA 1DBZA 4DIGA 4OVJA 3KN3A 2PX1A 3RTFB 2Y5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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