The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
b'QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for RNA 3' End Recognition by Hfq
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN HFQ
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| source organism |
Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
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| molecule tags |
Rna binding protein
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| total genus |
17
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M77 A; 4NL2 A; 5GAN 3; 2YHT A; 3QUI A; 4C92 G; 1YCY A; 4QVC A; 3HSB A; 4M7D D; 1BIA A; 1JBM A; 4EMH A; 4M7A D; 1B34 B; 2EWN A; 4C92 A; 4M7D E; 3GIB A; 3JB9 J; 5GAN e; 1KQ2 A; 4PJO C; 4J6W A; 4J6X A; 2DJZ A; 1U1S A; 3L1A A; 3FIF A; 4M75 B; 4HT9 A; 4M77 F; 4EMG A; 3AHU A; 5GAM e; 5GAO l; 5CAI A; 2DZ9 A; 3QO3 A; 5GAN j; 4PJO D; 5GAN h; 2E1H A; 4F7U F; 2DEQ A; 4JLI A; 3QHS A; 4RCB A; 4A54 A; 5LJ3 e; 5LJ5 f; 3RIR A; 4M7A B; 4M7D B; 3EFR A; 3JCM e; 5LJ3 g; 1Y96 B; 3JB9 I; 3PGG A; 5GAM h; 1TH7 A; 4N0A A; 3JB9 H; 3JCM g; 2DTI A; 2FB7 A; 4M75 G; 4NL3 A; 5GAO r; 3JCM c; 4M75 E; 4XTU A; 5DY9 A; 4M75 A; 4C8Q G; 3SWN A; 2VXF A; 4JRK A; 4QVD A; 4XTV A; 3RES A; 5GAO q; 3JB9 F; 4C8Q A; 4PJO B; 3QSU A; 2VC8 A; 1N9R A; 4JUV A; 4M7A G; 4M7D G; 2E10 A; 3RKY A; 3M4G A; 4EMK B; 4M7A E; 4MMK A; 3SB2 A; 4M7A A; 4M7D A; 1JRI A; 1LNX A; 5LJ3 d; 3JCM J; 4XU3 A; 2DVE A; 3L2Z A; 4MML A; 3JCM d; 4F7U B; 4M78 F; 4EMK C; 2VXE A; 3JCM Q; 5GAN g; 5GMK j; 1WNL A; 1HK9 A; 4PJO G; 2ZGW A; 5GMK h; 1H64 1; 4PJO E; 5GAN 4; 1I4K 1; 5GAO n; 2CGH A; 4PJO A; 4XTY A; 4C92 F; 5GAM g; 1MGQ A; 5GMK m; 4XTX A; 3RKX A; 1B34 A; 4M77 D; 4X9D A; 3V7C A; 4J5Y A; 2EAY A; 1LOJ A; 3JCM V; 4C92 D; 3EFS A; 3V7R A; 2DXU A; 2DZC A; 4F7U E; 5LJ5 j; 3JCM X; 5LJ5 h; 5GAN d; 1I5L A; 1U1T A; 4XTZ A; 1D3B B; 1M5Q 1; 2DXT A; 3RKW A; 5GAM d; 1I8F A; 5GMK e; 2DKG A; 2DTO A; 1LJO A; 4M78 B; 1Y96 A; 3V8J A; 4M77 B; 3JB9 D; 2E65 A; 5GMK i; 5GAN 8; 4HT8 A; 2RB6 A; 4M75 F; 4XU0 A; 2FYK A; 2I2L A; 3FJP A; 1KQ1 A; 5LJ3 f; 5GAN 5; 4C92 B; 2DTH A; 4M78 C; 2Y90 A; 3SWN C; 3JCM f; 4C8Q F; 4XU1 A; 4DQ2 A; 4M77 C; 3BDU A; 1WQ7 A; 4V2S A; 4XU2 A; 3VU3 C; 5GAN 7; 5GAO p; 4M7D F; 5LJ5 e; 4HA8 A; 4M78 D; 3RUX A; 4C92 C; 4M7A F; 4EMK A; 4M78 E; 4M77 G; 4OP0 A; 2EJF A; 1WQW A; 4M77 E; 2RM4 A; 5LJ5 g; 4WF2 A; 4PNO A; 5GAN 2; 4F7U G; 3JCM P; 2YLB A; 2JN0 A; 4NOY A; 1HXD A; 4J6Y A; 1WPY A; 3FB9 A; 4C92 E; 4F7U A; 4PJO F; 1M8V A; 1BIB A; 5GAN f; 3HFO A; 2E41 A; 1I81 A; 4JRI A; 2RD1 A; 4RCC A; 1X01 A; 4XTW A; 5GMK l; 3RER A; 4A53 A; 3V8L A; 3BFM A; 3SWN B; 2K57 A; 2YLC A; 3V7S A; 5GAM f; 4N0A C; 4C8Q B; 3V8K A; 5LJ5 d; 4Y91 A; 5GAO m; 3JB9 G; 2QTX A; 4M75 C; 5GAN 6; 4XQ3 A; 2EJ9 A; 5GAM j; 4C8Q C; 3BY7 A; 1N9S A; 1D3B A; 3INZ A; 5I21 A; 5LJ3 j; 4M75 D; 2E64 A; 2HNI A; 3BW1 A; 2RA2 A; 5LJ3 h; 4M78 G; 3JCM b; 2EJG A; 4M7A C; 3JCM W; 4M7D C; 4C8Q D; 3JCM h; 4M78 A; 3HFN A; 4C8Q E; 4X9C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KGV B; 1E6H A; 3OYN A; 1VQN T; 2H8H A; 1RAH B; 2X35 A; 3A8H B; 4N4H A; 5KYW A; 1IRX A; 1YHQ T; 1WYX A; 1ZSZ B; 2A7Y A; 1UGP B; 2NUZ A; 3BDL A; 1WZO A; 2FZC B; 3EH1 A; 1AVZ C; 3OMC A; 2P0P A; 4A4H A; 3UA7 A; 2V8I A; 2PVG B; 3CCV T; 3OSS C; 1FWZ A; 4FSS A; 3LWH A; 3NFC A; 4QVD A; 1NE8 A; 4C5H A; 2OTJ T; 1Q82 C; 1VQ7 T; 1JRI A; 1QCF A; 1AWX A; 3QDF A; 4PK4 A; 4MML A; 4M78 F; 4MDW A; 4J7F A; 3OY9 A; 2FRY A; 1G2B A; 2DLP A; 3VRZ A; 1G83 A; 3CCU Q; 2K6D A; 2QDY B; 5GAM g; 1HYO A; 2QAS A; 4B9W A; 3LW5 E; 5KH6 A; 3CME T; 2ZAE A; 1VQ6 Q; 2BE7 D; 5LJ5 h; 1ZSG A; 3J7A F; 1EFN A; 2KR3 A; 4J9C A; 1IGU A; 4EDU A; 2WAC A; 2QA4 Q; 1G3Y A; 1X43 A; 3M9Q A; 3O8V A; 1Y96 A; 2ZPG B; 3UAT A; 3CPW A; 5CQY A; 1QCN A; 1WQ7 A; 2ENM A; 4Z88 A; 2LTO A; 3MKD A; 2PUK B; 5GAN 2; 1WHL A; 1PD0 A; 4PNO A; 2CZ7 B; 3JCM P; 3CCQ Q; 2GF7 A; 2EKO A; 2CS7 A; 4GY5 A; 1TS9 A; 4KGX B; 3TU4 K; 3JSC A; 2K2V A; 4C8Q B; 4PJM A; 1PSF A; 1D0Z A; 3X28 B; 4JDS A; 4N4G A; 1M8M A; 2KRO A; 4E7I A; 3GNF B; 5KCO A; 3H41 A; 3A8G B; 2PU9 B; 3LGL A; 4OMQ A; 3C94 A; 4C8Q E; 2ATC B; 2HCK A; 5HKC A; 1OPL A; 1UFF A; 1BIA A; 2WSF E; 2DO3 A; 2HL5 C; 4C92 A; 2ZPI B; 4IUT A; 3PIO A; 1Q95 G; 1PRL C; 1XNI A; 3CC7 Q; 4LUE A; 4O5V A; 5LJ3 g; 4KRT A; 3OYY A; 4RTW A; 5EC7 A; 1WDX A; 2XI9 A; 2DD5 A; 3KXT A; 2CT3 A; 1AEY A; 3LH0 A; 1YIJ T; 4AFU C; 3VYH B; 1YJN T; 2C0I A; 1O9S A; 2FL7 A; 1R8O B; 1M2V B; 4PKC C; 3QXE B; 1K9M R; 1KC8 C; 3UDC A; 3M54 A; 2GCX A; 5KYX B; 4M77 D; 2LJ1 A; 3MCA B; 3CCU A; 5ECA A; 3RNJ A; 1TUC A; 2CUD A; 1ZUK A; 1VQ6 A; 3IQL A; 2VVK A; 1I8F A; 2DXC A; 4WCI A; 4JLG A; 3DB4 A; 4M77 B; 2DBK A; 2LT1 A; 3DLM A; 4OF1 A; 2QA4 A; 3CCR Q; 1BI3 A; 2HQH A; 1MMA A; 1KSW A; 3PT9 A; 3VS0 A; 4BE2 A; 4HA8 A; 4MDX A; 4A63 B; 1JJ2 S; 3DKM A; 1KD1 R; 2NUT B; 4OB3 B; 4M77 E; 1GRI A; 1K73 U; 4FW2 A; 2JN0 A; 2BZ8 A; 2HMA A; 4LUD A; 1WPY A; 3TEE A; 2M51 A; 2HSP A; 3UWN A; 3I55 Q; 2G6F X; 5HK0 A; 1M1K U; 1MV0 B; 3G1J A; 1D09 B; 2LCS A; 1KHC A; 3EH2 A; 3AT1 B; 1J3T A; 2AKK A; 1YI2 T; 4M7D C; 3MP8 A; 3EG1 A; 1UUE A; 3H0F A; 4M7D D; 1TU0 B; 5KYY A; 5D6W A; 4CC4 B; 1CSK A; 2YUN A; 1M3A A; 5KYU B; 2QDL A; 1X2K A; 4EMG A; 2D8H A; 1B7T A; 3VS3 A; 1M30 A; 5GAN h; 4J7I A; 4M7D B; 3EFR A; 3CC7 A; 1X6B A; 4XTU A; 1A0N B; 4J9D A; 1T0H A; 1XJW B; 3JB9 F; 3UPU A; 4HKE A; 2E10 A; 4EMK B; 2YRV A; 4M7A A; 3HKS A; 2JS0 A; 1KG1 A; 3MJX A; 1YWO A; 2E5Q A; 5AT1 B; 4DOV A; 1MGQ A; 2RJE A; 4J9F A; 2CSQ A; 2K3B A; 2EAY A; 2L3S A; 3G71 T; 3JCM X; 2QK0 A; 1QP3 A; 3M0T A; 4ZTF A; 2KQW A; 3DLL A; 4OB0 B; 4X1V A; 4FW1 A; 3QYH B; 2O2O A; 4PLL A; 2MCN A; 4M78 B; 2ZPH B; 4HT8 A; 3FJP A; 1KQ1 A; 7AT1 B; 1BI2 A; 2DTH A; 1PHT A; 2RHX A; 2B8A A; 3VUB A; 3CCR A; 3CCQ T; 3MO8 A; 4IIM A; 2LJ0 A; 2YDL A; 3M0U A; 4M78 E; 1FX7 A; 5FU6 C; 4LD9 K; 1WI7 A; 1E6G A; 2LP5 A; 1C0M A; 2CUB A; 2Z0W A; 3EG0 A; 4A53 A; 3I55 A; 5FWB A; 5CKD A; 3BFM A; 2X51 A; 4N0A C; 3V8K A; 1YJW T; 1W2B S; 2L2P A; 3OW2 P; 2KK4 A; 2D8J A; 4VUB A; 3INZ A; 1GCQ A; 1SSF A; 2X4Y A; 2E64 A; 5I21 A; 3ZFJ A; 3MPU B; 4ELY C; 2GNC A; 1OQK A; 4X9C A; 4EPC A; 3LH5 A; 2GTO A; 2MOX A; 2RN8 A; 3CD6 Q; 4LE9 A; 3JB9 J; 1ZBJ A; 2EYX A; 2FZG B; 1OPK A; 3L1A A; 4GLM A; 2KT1 A; 4BY6 B; 1YJ9 Q; 4LDV A; 5FU7 C; 4F7U F; 2JUF A; 5LJ3 e; 3OYD A; 2YRD A; 2KDS A; 3JB9 I; 4M75 G; 1AWW A; 1NZ9 A; 4C8Q G; 4JRK A; 2AT1 B; 2VC8 A; 3VRY A; 2HSE B; 2RQW A; 3M0R A; 3OYE A; 2QQB A; 2F69 A; 2E4H A; 1NEB A; 1WGS A; 1X69 A; 2ZPE B; 1RAA B; 2EYZ A; 1VQN Q; 1G3W A; 2C0T A; 2MWP A; 3RKX A; 3MP1 A; 2M0O A; 3OYH A; 1YHQ Q; 3JCM V; 1VQ8 A; 1W70 A; 2HDA A; 2J06 A; 4P5N A; 4ORZ A; 3A1P A; 1YIT T; 1MMG A; 1I5L A; 3M0Q A; 1H3Z A; 3VS2 A; 4NS5 A; 4BAC A; 1K1Z A; 4LN2 A; 5GAM d; 1UG1 A; 2CZ1 B; 2LQN A; 2R5M A; 3QG1 A; 5GMK e; 3CCV Q; 1UHF A; 4E47 A; 2RQV A; 1TWB A; 1D1C A; 2OTJ Q; 2XK0 A; 1VQ7 Q; 4J9I A; 2LRQ A; 2LC4 A; 1Q7Y U; 2OTL T; 1BBZ A; 2EW3 A; 1K76 A; 1WQW A; 1N8R U; 4D8D A; 1UGV A; 3E9F A; 1HXD A; 4ZNX A; 5CKH A; 2LQW A; 2J6F A; 2ABL A; 1AHJ B; 1K73 R; 3CME Q; 3OBW A; 2AZV A; 4JRQ A; 1VIE A; 1WJS A; 2QTV A; 4FYV B; 2EQU A; 1NEG A; 3OYM A; 3T9N A; 1JO8 A; 1GFD A; 2M0Y A; 4IUR A; 1XTD A; 5LJ3 j; 3QJ6 A; 3CPW P; 1QWF A; 1YP5 A; 2MIO A; 3EG9 A; 1CKB A; 2GQI A; 2AHJ B; 4PFZ A; 3QUI A; 2PNI A; 1K8A R; 2CZ0 B; 5GAN e; 3OYL A; 3MP6 A; 5A2Q E; 1QVF P; 4ZN1 A; 4EIK A; 3AHU A; 3C0C A; 1WHK A; 1G3T A; 5CCA A; 3CCE A; 3JV3 A; 4J9H A; 3QBY A; 3HTR A; 1KJW A; 2ROL A; 3JCM g; 3FC3 A; 2F2W A; 3R6N A; 1OX9 A; 3RES A; 1T0J A; 2D0N A; 5IH2 A; 1ABQ A; 5IXF A; 1BI0 A; 2EVR A; 5LJ3 d; 2F5T X; 1I07 A; 4A4G A; 1GBR A; 5GMK j; 5D6X A; 4PJO G; 3OYI A; 1I4K 1; 3MEA A; 4DBH A; 1UJY A; 1VQN A; 4ATO A; 4C92 F; 2C0O A; 2FG0 A; 4AG2 C; 4FIB A; 1IRE B; 1LOJ A; 4RTT A; 1GBQ A; 2DXU A; 2KT8 A; 3I56 T; 1YHQ A; 5FRM A; 4XAX B; 3OA6 A; 4D8K A; 2DXT A; 1IHW A; 2LNV A; 1PRM C; 1K9M U; 2EGC A; 1PM3 A; 5J39 A; 3CCV A; 1YIJ Q; 3EG2 A; 3FJ5 A; 4IKF A; 4FL6 A; 1JJ2 A; 3NTK A; 2OTJ A; 1VQ7 A; 2R57 A; 1UGS B; 4OP0 A; 1VUB A; 2RJC A; 2YUQ A; 3PFS A; 3OYF A; 1Q81 R; 1G3S A; 1WFW A; 1I81 A; 3X26 B; 1VYU A; 3WVE B; 2CKK A; 3LX7 A; 2M02 A; 1ZA2 B; 5GAM f; 3EGX B; 3CME A; 1WHM A; 2W0Z A; 5KYN A; 1PWT A; 1KD1 U; 4RG2 A; 4L5G A; 2DM1 A; 1LVK A; 4M78 G; 2COY A; 2O4X B; 1O75 A; 1AWJ A; 3PVL A; 3CD6 T; 1PKT A; 4BDY A; 3A5Z B; 1JBM A; 1YJ9 T; 1YNZ A; 5LL6 S; 2A08 A; 3KBG A; 5IHK A; 5L8R E; 2F5K A; 2X4J A; 4A54 A; 4RTV A; 3EFO A; 5M9O A; 1ZSZ C; 2QQR A; 1TG0 A; 2IVW A; 2LNH B; 3C95 A; 3JCM c; 4KUD K; 2HEQ A; 3E1S A; 2VXF A; 5CO7 A; 2B86 A; 2FZK B; 2X4X A; 2OAW A; 5CK9 A; 2I0N A; 1YI2 Q; 3OYG A; 2W10 A; 3EGD A; 3I5S A; 4F7U B; 3VYG A; 1TXQ A; 1H64 1; 5GAO n; 1SRL A; 1R0C B; 2CGH A; 1FXX A; 3L2R A; 2K4Y A; 3V7C A; 2LX7 A; 1VQM Q; 4F7U E; 1OV3 A; 3CXC A; 2LDM A; 2AKL A; 1U1T A; 1D0Y A; 2ZZD A; 2NUP A; 2QGF B; 4FT4 A; 5I22 A; 5KE3 A; 2H3E B; 5LJ3 f; 2DRK A; 2F1L A; 4LD6 A; 4FM4 B; 4KH0 B; 2CP6 A; 2RI3 A; 4XU2 A; 1YIJ A; 1NYG A; 4M7A F; 2VKN A; 2XHC A; 5IT9 E; 1YJN A; 5LJ5 g; 4KT0 E; 1P92 A; 3R6O A; 4OMP A; 1Q7Y R; 4QQD A; 2L3Q A; 2CP0 A; 3G7Z A; 1N8R R; 4JRI A; 3G71 Q; 2MWO A; 2DER A; 1M1K C; 1W2B A; 2K5F A; 1VA7 A; 4M75 C; 5GAN 6; 3CC2 T; 2FHD A; 4JZ3 A; 1OOT A; 2QAZ A; 4C8Q C; 3WVD B; 4HCZ A; 4M75 D; 2FPF A; 3JCM b; 3JCM W; 2LVM A; 4C8Q D; 2QQS A; 3HFN A; 2D1X A; 3F70 A; 2KAF A; 1Z9Z A; 4OMN A; 3GNG A; 4PFO A; 2JXB A; 1M1G A; 5CQX A; 4M75 B; 4HT9 A; 4L59 A; 1M90 R; 1FMW A; 2DEQ A; 4JLI A; 3JCM e; 1Y96 B; 2FRW A; 2KI7 A; 1I1J A; 4OML A; 1YJW Q; 4M75 E; 3X24 B; 2OI3 A; 1C1A A; 2VWF A; 3BE3 A; 3SWN A; 3L2U A; 2EGA A; 3OMG A; 5C0M A; 3RKY A; 1ARK A; 4FYY B; 1YI2 A; 3X20 B; 3CCS T; 1OU9 A; 4XTY A; 3ME9 A; 2MMP A; 1ZX6 A; 5A0G A; 3ULR B; 4C92 D; 2O9V A; 4XTZ A; 4JJD A; 4Z89 A; 1BCM A; 5IHN A; 2DRM A; 4QW2 A; 4R56 A; 2QQA A; 4DEX A; 2I2L A; 1KFZ A; 4C92 B; 4M77 C; 2SRC A; 4J83 A; 5D7U A; 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