The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
VDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure and Assembly of a B-Propeller with Nine Blades and a New Conserved Repetitive Sequence Motif
rcsb |
molecule tags |
Chaperone
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source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
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total genus |
12
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structure length |
74
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sequence length |
74
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2012-10-10 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
D | PF01011 | PQQ | PQQ enzyme repeat |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YMS C; 2YMS B; 2YMS D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GHT A; 1J9C H; 1GBB A; 5E0J A; 4WXV A; 1W10 U; 1G36 A; 2XBW A; 4X6N A; 1IQK A; 2PV9 B; 3W95 A; 5LGO A; 2PSX A; 1GI3 A; 1GG6 B; 1H8D H; 2EST E; 4Z1M D; 2BY7 X; 5JDU B; 3RXV A; 1BRC E; 2ZZU H; 2FM2 A; 4RT0 A; 2H9E H; 1QR3 E; 2BY9 X; 1H8E D; 2A45 B; 3FOA A; 2WYJ A; 2TGD A; 2OQ5 A; 4U32 A; 5EST E; 4BXS A; 4YOI A; 1LO6 A; 4DW2 U; 1YLD A; 4VGC B; 1JMO H; 4THN H; 1GWA A; 3T25 A; 4YT6 H; 1BTW A; 5KED A; 1AN1 E; 1KXE A; 1PYT C; 1V2O T; 2VVC A; 3JZ1 B; 3SNC A; 3SW2 B; 1HAX B; 3O8D A; 3F9E A; 2RDL A; 1RJX B; 1CT2 E; 2AYW A; 2L6O A; 1MKW H; 1SB1 H; 3PB1 E; 2Y81 A; 1F5K U; 3F2F A; 2JDI D; 1RS0 A; 4AGJ A; 1MUE B; 3SNA A; 3LGU A; 1LKA A; 2FP7 B; 2L74 A; 2BY8 X; 1UTM A; 2BY5 X; 4CH8 B; 2G81 E; 1FLE E; 1O3E A; 4Y7B A; 2R0K A; 1C1R A; 3RXM A; 1IQM A; 2FI4 E; 2Z6B D; 1BCU H; 3RUO A; 1LHG H; 4JCN A; 1CO7 E; 7EST E; 1W0J D; 5FBI A; 3CNR A; 1ZGI A; 2VNT A; 2F9P A; 1TRY A; 1ZYO A; 2C93 B; 1LTO A; 2BZA A; 3Q3X A; 4Y79 A; 1QL7 A; 4B73 A; 1BBR E; 2VGC C; 1O2M A; 2HLC A; 2HPP H; 3GCH C; 2P95 A; 1UJ1 A; 2BD7 A; 1C1T A; 2AMQ A; 2AHM E; 2BXU H; 3ODF A; 1IHS H; 3OU0 A; 3SNB A; 1ZSL A; 1HCG A; 3LIW A; 3MU1 A; 1O3F A; 3HAT H; 1O35 A; 1EAI A; 3HGP A; 1FV9 A; 2ZDA H; 1NRR H; 1TGN A; 2A4R A; 4IW4 E; 1QBO A; 3ZZC A; 4O97 A; 2J92 A; 1TGS Z; 5F53 A; 3KQ5 A; 1GGD B; 2ZFT A; 3GDS A; 3NWU A; 1FIW A; 2BD8 A; 4MNW A; 3S0N A; 2WV9 A; 2NU4 E; 2OC8 A; 2Z9K A; 1E1R D; 1SVP A; 4TWY A; 1QY6 A; 1ID5 H; 3A80 A; 1TNK A; 4WMD A; 3OX7 U; 4DUR A; 1HIA A; 1V2P T; 3KYG A; 5EIY A; 1IQJ A; 1HFD A; 1GBL A; 2PHB A; 3BEF B; 1F0U A; 1KTS B; 1LMW B; 1WOF A; 4K3J A; 1HJA B; 2B0F A; 8GCH F; 1W0Z U; 1A0L A; 1LQD B; 3EDX B; 4X2Y A; 2P3U B; 2CF8 H; 2ZQ1 A; 3RXB A; 4ASH A; 2M5T A; 2B9L A; 3SU3 A; 1S6H A; 1TPA E; 3ZIA D; 1EPT B; 3SI4 H; 2UUK B; 2Q6D A; 2PGB B; 1SGF A; 2PKS C; 3OTJ E; 4ISO A; 6EST A; 1QRX A; 3BEI B; 2HWL B; 3IG6 B; 4FUJ A; 3HKI B; 4I8H A; 3SI3 H; 3ZZ8 A; 4D8N A; 4TSF D; 2OBO A; 3GS9 A; 3LC5 A; 4IC6 A; 2VID A; 1D9I A; 4GLY A; 1QJ6 B; 3I29 A; 1O5D H; 3MYW A; 1ABJ H; 1IQE A; 2HGT H; 3U9A H; 2UWL A; 1TA2 A; 2FOB A; 2AMD A; 3ZV8 A; 1TNH A; 1EB1 H; 1ELT A; 3EAJ A; 1VJA U; 1AUT C; 2G5N A; 5GXP A; 3SJI A; 4DJZ B; 3DD2 H; 1TPO A; 3UPE A; 3T26 A; 3ZZA A; 1EJA A; 1C9T A; 1UHB B; 3EA7 A; 4TYD A; 4WWY A; 1SGT A; 1QB6 A; 1C4V 2; 3W1E A; 1YP9 A; 3TGI E; 1YPH C; 1FI8 A; 2P8O C; 5I25 A; 1J14 A; 4X8T H; 4DOQ A; 3VGC B; 3GDU A; 1P2K A; 1UVP A; 5HM2 A; 1GBA A; 1BBR H; 1AND A; 1GJ9 B; 1A0J A; 1MZA A; 1QNJ A; 1CGJ E; 4E05 H; 1O3I A; 2ZDL A; 1O2X A; 4HG6 A; 1ANB A; 1GI5 A; 1O2H A; 2HNT E; 3RXF A; 3URC A; 3RM2 H; 1QRW A; 1GVK B; 2XNI A; 2BOH B; 4FET A; 4FOU C; 1QGF A; 3KNX A; 1YBW A; 3W94 A; 5IDK A; 1RRK A; 1O3D A; 2GZ7 A; 3SUG A; 1CU1 A; 2H5D A; 1O5A B; 2HRV A; 3LGT A; 2V3O H; 1EP6 A; 1BRB E; 2XCF A; 2ZU1 A; 1DWD H; 3ENS B; 3MU5 A; 3PO1 C; 4DCD A; 4D76 A; 3VB6 A; 2BLV A; 3SJK A; 4HGC A; 1DX5 M; 1PYT D; 2VWM A; 4IS5 A; 2JET C; 2ZDV H; 1HAG E; 4XE4 A; 5A0B A; 2WUC A; 3BTF E; 2W3K A; 3LC3 A; 1EOJ A; 2KCP A; 4A1V A; 4XFQ A; 3QZR A; 2PW8 H; 1TPS A; 2W3I A; 1VCW A; 3P8N A; 1QA0 A; 3MTY A; 1AO5 A; 1HAZ B; 1HRT H; 1B5G H; 1NTP A; 3QN7 A; 1DWC H; 4MPU A; 1O2U A; 1TGT A; 3RXR A; 1MAX A; 1VCQ A; 2BQ7 B; 3SU6 A; 2UWP A; 5LPR A; 1T32 A; 4O3U A; 5C1Y A; 2EY4 C; 4ABI A; 1WDI A; 2ANK H; 1MKW K; 2XC4 A; 3QK1 A; 4XD7 D; 1DT2 A; 3OAA D; 2XYA A; 4MNY A; 1Z8R A; 3M36 A; 1ZSK A; 4AYY B; 1JWT A; 1SOZ A; 3L6P A; 1ZTL A; 2F9O A; 2B8O H; 3DHK H; 4RT1 A; 1UTO A; 3C27 B; 1BOQ A; 1L1J A; 3U98 H; 2A2X H; 4OS4 A; 1JBU H; 3ZV9 A; 1UMA H; 4CBO A; 1QFK H; 3QLP H; 1S83 A; 3RXO A; 2ZF0 H; 1P2N A; 2JJ2 D; 1C2H A; 1GJ5 H; 4GAW A; 1OXG A; 4O9V A; 5J4S A; 1UTN A; 1QJ7 B; 3QGN B; 4KTU A; 5EW2 H; 2ZFS A; 3F9G A; 1EZQ A; 1OX1 A; 3ELA H; 2VIV A; 1GJ8 B; 3SQH E; 3SV8 A; 1SLU B; 3KYF A; 3N7E A; 1GBC A; 8KME 2; 1DIC A; 2SGQ E; 3MQK C; 1DUA A; 1VGC B; 2AGG X; 3MU8 A; 4UFG H; 1Z1I A; 3Q76 A; 4JZE H; 5EG4 A; 1KXC A; 4OS1 A; 1LVB A; 3BTM E; 4BTT B; 3MOC A; 5K7R A; 3T2N A; 1TYN A; 1ESB A; 3FFG A; 4XBB A; 3SU5 A; 1O3A A; 1J8A A; 3PWC A; 1SI5 H; 1F0T A; 1O3M A; 1UO6 A; 5JBC S; 2CJI A; 1O37 A; 1EAX A; 2QYI A; 1O39 A; 1HDT H; 1HNE E; 1O38 A; 2OBQ A; 1SQO A; 2ZFF H; 4Y8X A; 2C8W B; 2JH0 D; 5C2Z A; 3MHW U; 1F7Z A; 1YPM H; 1ZJK A; 4Q63 A; 1NZQ H; 4KTS A; 2D8W A; 3UFA A; 4DY7 B; 3WWB A; 4CHA C; 1UCY K; 2I6Q A; 3AAU A; 3DSG A; 3LT3 A; 1TOC B; 2A7C A; 1QTF A; 4EST E; 2DE9 A; 4MNV A; 1ETR H; 3FZZ A; 1ZMN A; 2QCY A; 2GCH F; 4INH A; 3UOP A; 3RXH A; 1COW D; 2BD3 A; 4AFQ A; 1F92 A; 1PPG E; 1RGQ A; 2GMT C; 2ALV A; 2D1J A; 4TY6 A; 1RXP A; 1L1N A; 3SBK A; 1QBV H; 4WF8 A; 5JYI A; 1FN6 A; 1O34 A; 1G2M A; 2R3Y A; 1AVX A; 3VB7 A; 4BTI B; 2FI3 E; 1AIX H; 1EAW A; 4ZXX H; 2ZHD A; 1P05 A; 3GYL B; 1W7X H; 1HAH H; 2SGA A; 4A92 A; 1A2C H; 2FYR A; 2JJ1 D; 1C2K A; 1FXY A; 2M2A A; 4AFU A; 3ZVA A; 1QB1 A; 1ZTJ A; 4UFE H; 2FOM B; 2PLX A; 5CHB A; 3EA9 A; 1HAV B; 2CHA B; 2ZPS A; 1C5O H; 5T6D A; 1NRO H; 1A7S A; 4RKO B; 3RXC A; 3ATI A; 1MQ6 A; 2V35 A; 1W14 U; 4O3T A; 1RTF B; 3M5M A; 5DP6 A; 3MFJ A; 1DY8 A; 2Z3D A; 4MLF B; 2FOH A; 4B6E A; 1QCP A; 1GL0 E; 1TRM A; 4XBC A; 1ACB E; 1P8V C; 4DT4 A; 1HAY B; 1FAK H; 3RXD A; 2WSS D; 1AY6 H; 2BD9 A; 4F55 A; 2Y6T A; 5FBE A; 3SUD A; 1BBR K; 3P8F A; 3F3B A; 2ZG0 H; 4XDE A; 5ETX A; 1H4W A; 1AZ8 A; 7LPR A; 1NFY A; 4AOR A; 1NT1 A; 4FUC A; 4B6F A; 1NRS H; 4TWW A; 1E1Q D; 1CA0 B; 4B75 A; 4BAH B; 1W12 U; 1BML A; 4ACB A; 3GCH B; 1MAY A; 3FAN A; 2FX6 A; 1C4U 2; 2ZDK A; 2XND D; 2P16 A; 2WUB A; 1IQI A; 1X7A C; 1ELE E; 2WPK S; 1GBH A; 4NWL A; 2F4L A; 4ABD A; 5TCC A; 2EI8 A; 5I46 H; 1MAB B; 1H9L B; 3GOV B; 3RXI A; 4ZHA A; 3VFE A; 3BG4 B; 3SYJ A; 5DSF A; 2F9V A; 3SUF A; 3SU0 A; 1SSX A; 3QUM P; 2A5I A; 2XOK D; 1VIT H; 3BTG E; 3BTQ E; 1M9U A; 1NC6 A; 2J97 A; 2CK3 D; 1YM0 A; 3NPS A; 2GDE H; 2P3T B; 3E0N B; 4B2A A; 1TB6 H; 3SJO A; 3UR9 A; 1UTL M; 4Q7X A; 1FNI A; 1KXF A; 3MO6 A; 1DXP A; 6GCH G; 1SGP E; 1SGR E; 5F6M A; 2HLD D; 5GPI B; 1J17 T; 1KXB A; 1O3C A; 1MKX H; 1FON A; 1C9P A; 1AD8 H; 4NSY A; 1GBK A; 2GKV E; 2BDA A; 1EQ9 A; 2J98 A; 3U1J B; 3TK6 A; 5HIZ A; 2Q6F A; 4CR5 A; 3GY5 A; 5EQS A; 2P59 A; 2PKS B; 3T62 A; 1A4W H; 3T29 A; 2AIQ A; 4Y8Y A; 4AFS A; 3LU9 B; 1W0K D; 2F91 A; 3NZI A; 2J94 A; 1GI8 B; 1OP8 A; 1MH0 A; 5ESB A; 3RXA A; 3DFJ A; 2Z9J A; 3LPR A; 1O2N A; 2XC0 A; 1TNJ A; 5T3H A; 1LHC H; 4X8S H; 1EP5 A; 3B23 B; 1ZTK A; 3SU1 A; 1UVO A; 2YMS D; 5L2Y H; 2FOG A; 1BMF D; 1PPB H; 4LZ1 H; 1W0Y H; 2F9U A; 2K8I A; 1O2R A; 3F68 H; 4Y76 A; 1LVO A; 6CHA B; 4Y71 A; 3UIR A; 3GY4 A; 4BNR A; 3AAV A; 1CT0 E; 4J2Y B; 3RML H; 4Q4L A; 1MD8 A; 4MVN A; 4AZ2 B; 1D3T B; 2P8O B; 4NCY A; 2PTN A; 1ZR0 A; 2F3C E; 1BA8 B; 2KCA A; 5JBA S; 1XUK A; 1Y3Y A; 1C2I A; 2Y7Z A; 1K9O E; 5T1V A; 4BAQ B; 4X1P U; 4I7Y H; 1C5R A; 1V2K T; 2GCT C; 5FPS A; 4YLQ H; 3PLP A; 1PJP A; 1WUN H; 2TBS A; 2FI5 E; 1AMH A; 5EXL A; 3ZZD A; 3KQB A; 2BMG B; 3PMJ A; 3M5O A; 3OE7 D; 1ZGV A; 2TGT A; 2VIN A; 1H8H D; 3SV2 H; 1OSS A; 1XKB C; 2FTM A; 2VIO A; 5FCK A; 3MMG A; 2RA0 A; 1XUJ A; 2GT8 A; 1GPZ A; 1WXR A; 3MH6 A; 1MD7 A; 1QHR B; 4K60 A; 4IGD A; 2FS9 A; 2A31 A; 5DPA A; 5JBB S; 3GY2 A; 1FUJ A; 1CBW C; 1G3C A; 2GV6 A; 1VCP A; 1GI2 A; 1TMB H; 2ZTY A; 3OTP A; 5DP3 A; 1EZS C; 1CVW H; 1SGQ E; 1UK2 A; 3A83 A; 1ZHP A; 2JKH A; 1V2T T; 2BDI A; 1BHX F; 1JXP A; 2WZQ A; 1GBJ A; 1C1O A; 1O2L A; 1TMT H; 2VIW A; 1SLW B; 1PPF E; 1OOK B; 2IJO B; 2Q6G A; 1GI7 B; 2H9T H; 4JZ1 A; 1KSN A; 1GMH G; 2TIO A; 5FHT A; 5A8Z A; 3MU0 A; 2LP6 A; 1GBE A; 3A7T A; 1S6L A; 3H09 A; 3AW0 A; 1V2J T; 3CEN A; 1C2G A; 1C4Y 2; 3CS7 A; 1Z8I B; 2AMP A; 3E3T A; 1YYY 1; 2OLG A; 1FPH H; 2OQU A; 4AX9 H; 3S9C A; 1ABI H; 2ZFP H; 2IPH A; 3GCN A; 3RXL A; 1YWU A; 3RXQ A; 2ZEB A; 2G55 A; 5GJ4 B; 2C90 B; 1C2D A; 3RXG A; 4ASU D; 3KID U; 2SNW A; 2ZQ2 A; 1Y3U A; 3E90 B; 5DP4 A; 3QTO H; 3UB0 A; 4B2B A; 1LKB A; 5B6O A; 4FUF A; 1TFX A; 2F9B H; 1W2K H; 2H1U A; 5GCH F; 1GHY H; 3RP2 A; 5FXL A; 3LH1 A; 1C1W H; 3NXP A; 1KLT A; 1TMU H; 4Q80 A; 5E2P A; 2BDB A; 4X8V H; 1KDQ B; 1D3P B; 1RFN A; 1PQ7 A; 2W26 A; 3A7Z A; 2QN5 T; 3MH5 A; 1O3N A; 2F43 B; 3ZVB A; 4FU8 A; 4FU7 A; 1AKS B; 2ZWL H; 3A8B A; 4CRG A; 1Y5U T; 2BDH A; 2ZCK P; 3A7X A; 2UUY A; 2YMS B; 3SV7 A; 2Z3E A; 3KQC A; 1SGE E; 2WPD D; 1V2L T; 1DLK B; 2QIQ A; 1V3X A; 3ZZ4 A; 1Y3W A; 1YPL H; 2FLR H; 4GVU A; 2ZNK H; 3VEQ B; 5PTP A; 2EI7 A; 4X1Q U; 1ZOM A; 4K69 A; 5G4B A; 3P17 H; 1O2Q A; 5FCR A; 1AHT H; 3OYP A; 5EXM A; 2TPI Z; 2ZGX H; 1A3B H; 1EAU A; 2UWO A; 2Z9G A; 5BRR E; 4BAM B; 4CHA B; 1VIT G; 4XBD A; 2GX4 A; 3NK8 A; 3A82 A; 2ZEC A; 4WXI A; 3TNS A; 4SGB E; 1UVU H; 2BXT H; 2DUC A; 4Y8Z A; 3TJU A; 1CHO F; 1IHT H; 1O3J A; 2GMT B; 3M7Q A; 3SJ8 A; 4UFF H; 1TNL A; 2J95 A; 2KCO A; 3A84 A; 3PV5 A; 1MKX K; 5EOK A; 5B6L A; 4KGA A; 3M7T A; 5IYT A; 2BYA X; 4FUG A; 1YPJ H; 1JIR A; 1DE7 H; 1AFQ B; 1TGB A; 3BIU H; 3GDV A; 1ZPC A; 1EXF A; 2Z3C A; 1TX7 A; 1P03 A; 1FZZ A; 3RMM H; 5CHA B; 1IQN A; 2I6S A; 3UQV A; 4M9F A; 5JPM H; 2QF4 A; 1GJ6 A; 1TQ7 B; 3M5N A; 1P11 E; 2ZU4 A; 3O8C A; 4R8T B; 1HJ9 A; 4WME A; 3ATK A; 3E16 B; 1EJM A; 3UNR A; 2CF9 H; 1ELG A; 2ZP0 H; 1UTQ A; 3A7W A; 2QA9 E; 3TVJ B; 1YCP H; 1TX8 A; 4X8U H; 1G3D A; 3A7Y A; 1BTH H; 1SGF G; 3KQE A; 1E35 B; 3F1S B; 1SGC A; 4KEL A; 1K1I A; 2QF5 A; 4MPV A; 5CDF E; 3N99 A; 4B74 A; 2FIR H; 2G8T A; 3LJJ A; 2XW9 A; 4CRD A; 2ZC9 H; 2STB E; 2W6J D; 5EQQ A; 1EPT A; 2ZTZ A; 4MNX A; 1TPP A; 2VVV A; 3LDX H; 5E2O A; 2NU1 E; 3SHC H; 4AYV B; 3U1I B; 1FDP A; 3STJ A; 1NBM D; 4TY7 A; 3QO6 A; 3BTE E; 5GCH G; 3RXS A; 1TON A; 2W6I D; 5DP8 A; 3RDZ A; 3URE A; 4GCH F; 3C1K A; 3GY3 A; 2ZDN A; 2V3H H; 4HFP B; 3BTT E; 2ODQ A; 3PTN A; 4AFZ A; 4NA9 H; 1TNG A; 1GDU A; 4ZXY H; 1P2J A; 1UTP A; 1RIW C; 2AS9 A; 2DE8 A; 2FMJ A; 4H6S B; 1G32 B; 1NN6 A; 1QIX B; 3LH3 A; 1P3E A; 2THF B; 2UUF B; 2Y80 A; 3ZYD A; 1O5C B; 3VB4 A; 1SQR A; 1YLN A; 2ZO3 H; 3ZZ9 A; 2BB4 A; 1P2Q A; 2OC7 A; 1NRP H; 3SZE A; 4ABE A; 1YPE H; 4CRA A; 1O3G A; 1AB9 C; 8LPR A; 2FOF A; 4YXW D; 4OS2 A; 1WBG B; 1FY5 A; 1OWK A; 2ZHQ H; 4JMY A; 4IN1 A; 3ZZ5 A; 1BTZ A; 1QZ8 A; 1S81 A; 1UHB A; 1ELB A; 1Y8T A; 3H7T A; 3KGP A; 3QTV H; 1SQT A; 3UWJ H; 2A5K A; 2Y5F A; 4INL A; 4AB9 A; 2WPI S; 4FVD A; 3GY8 A; 3UY9 A; 1INC A; 3PTB A; 3UWI A; 1C5T A; 1O3O A; 1EKB B; 4FUH A; 4K5Z A; 1C2M A; 1WSS H; 1ZSJ A; 1C5Y B; 1GG6 C; 1CHO G; 2EQN A; 1Z7K A; 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