The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
74
|
structure length |
74
|
Chain Sequence |
VDTTPVVVNGVVFALAYNGNLTALDLRSGQIMWKRELGSVNDFIVDGNRIYLVDQNDRVMALTIDGGVTLWTQS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and Assembly of a B-Propeller with Nine Blades and a New Conserved Repetitive Sequence Motif
rcsb |
| molecule keywords |
OUTER MEMBRANE PROTEIN ASSEMBLY FACTOR BAMB
|
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
12
|
| structure length |
74
|
| sequence length |
74
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| D | PF01011 | PQQ | PQQ enzyme repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YMS C; 2YMS B; 2YMS D; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OQ5 A; 3O8C A; 4DII H; 1T8L A; 3NCL A; 4XBB A; 2SGD E; 2BVX H; 1HAX B; 1DOJ A; 1IQI A; 1HGT H; 2RDE A; 5JDU B; 1RIW C; 4HG6 A; 1MD8 A; 4F49 A; 1PPG E; 4ZRO A; 4GSO A; 3HPT B; 1FY3 A; 1BUI A; 2Z7F E; 4NIW A; 1ANE A; 2CMY A; 1HUT H; 1GHB G; 2Y7X A; 3ATL A; 2ZFF H; 4AOQ A; 5B6L A; 2W26 A; 1ETS H; 1HAV B; 3RXO A; 1K1N A; 2IPQ X; 1O3P B; 4B6F A; 1C5Z B; 3STI A; 4Y10 E; 1C1U H; 3MU5 A; 4MG3 A; 2OTV A; 1AKS A; 1C4U 2; 1O2M A; 1IQF A; 1IQM A; 3P8F A; 1EAX A; 3T5F H; 1YC0 A; 2BY5 X; 1O2T A; 2QA9 E; 1TNL A; 1C2I A; 3CEN A; 3M7Q A; 4X1N U; 1F0R A; 4I8G A; 2ZFP H; 4ZXX H; 5HGG A; 4B2A A; 4NCY A; 3RU4 D; 3B8J A; 1BRB E; 1GMD G; 4DG4 A; 4DJZ B; 1QBO A; 1C1O A; 5EPN A; 1V3X A; 4X8U H; 1AMH A; 1A5I A; 3CS7 A; 3RMO H; 3NKK A; 5K7R A; 1FJS A; 3ZVG A; 2Y80 A; 1GJ7 B; 1YF4 A; 4I8K A; 5LPR A; 1MKW K; 2GT7 A; 1WU1 A; 1P2K A; 3M3S A; 4Q2K A; 3QO6 A; 4DY7 B; 5A2M H; 4K1T A; 2ZZU H; 2ZFT A; 1GDU A; 1BTU A; 4AOR A; 1KSN A; 2ZTY A; 1SLU B; 3LJO A; 1YCP M; 1PYT D; 1OWI A; 2ZPQ A; 5C3N A; 4VGC C; 3SU2 A; 4FET A; 1TE0 A; 1ZTL A; 3BEI B; 5EXM A; 2K1Q A; 3QGJ A; 1IAU A; 4NIY A; 2BY8 X; 1CE5 A; 2YMS C; 1ELD E; 1O5D H; 1GMH F; 1GVK B; 1O30 A; 2NWN A; 1A4W H; 1UK2 A; 2P16 A; 1G32 B; 3T25 A; 1GJC B; 2G51 A; 2GCH F; 1LO6 A; 1BIT A; 4IS5 A; 5I25 A; 1WOF A; 1AVW A; 1P0S H; 1UTK A; 2JH6 D; 5GDS H; 3F2F A; 2BXU H; 4RI0 A; 2ZTX A; 1CGI E; 1GWA A; 1JXP A; 2PP6 A; 3BIV H; 1MUE B; 1TX7 A; 1PPE E; 2STA E; 3CNR A; 2Q6D A; 1GBE A; 2YMS B; 1G30 B; 1H8H D; 4AB9 A; 1SGI B; 5TJX A; 3GIC B; 1BBR K; 1Y5B T; 2V3H H; 3WY8 A; 1SG8 B; 1O36 A; 1TQ7 B; 2OC0 A; 4ABJ A; 1DUE A; 1UTJ A; 1UHB B; 1G3D A; 5DP4 A; 1OWD A; 3W95 A; 1C5U A; 1MTS A; 2Z6B D; 1YPM H; 5KEC A; 1YCP H; 1Y5A T; 2ZQ1 A; 1O3N A; 3MWI U; 3LT3 A; 1BQY A; 2QF3 A; 3RXH A; 3SZE A; 1V2U T; 2A2X H; 1P11 E; 1B7X B; 1O2Q A; 1SLX B; 3QZR A; 1J9C H; 3PRO A; 2UUJ B; 5CHB A; 2KAI B; 1W3C A; 5GJ4 B; 3BG4 B; 1DPO A; 1MQ6 A; 3EA7 A; 1DY9 A; 1H8I H; 1B5G H; 1TGC A; 3FP7 E; 3SJO A; 1GMC G; 4CH2 B; 2AEI H; 1OWH A; 2GMT C; 1GG6 B; 3M3T A; 3M5O A; 2H1U A; 3SV6 A; 1NO9 H; 2FS8 A; 2KCP A; 4X1R U; 3DSO A; 4FXG H; 4AG2 A; 3K2U A; 5ESB A; 3ZYD A; 1YWU A; 2QCY A; 3VB6 A; 2BDH A; 2HPQ H; 1DE7 H; 4FVD A; 2H9T H; 1G3B A; 3K65 B; 1PQ8 A; 4BTU B; 5FBI A; 3MU4 A; 2A4Q A; 2HPP H; 1TIO A; 4AG1 A; 2BX3 A; 3RLW H; 1KY9 A; 2ANM H; 4CRG A; 2ZP0 H; 3UNS A; 3TH2 H; 4DW2 U; 2IOT A; 3ENS B; 4UFF H; 4ZCN A; 2HGT H; 1C5X B; 1BTH H; 1HIA A; 1UO6 A; 1YLN A; 3LC3 A; 4YZU A; 5C0T A; 3A7Y A; 5E0H A; 2GCT C; 5IYT A; 1H8D H; 1ZGI A; 3F0O A; 1DM4 B; 2HOB A; 2XYA A; 3NPS A; 1OXG A; 4AC9 A; 3LGW A; 3FAN A; 3ZZC A; 1AZZ A; 3T26 A; 3NXP A; 2GDE H; 3KYG A; 3VEQ B; 1UJ1 A; 1HNE E; 5F8T A; 1TOM H; 1NRQ H; 1VJA U; 3A7T A; 5EXL A; 1C1T A; 4Z0K A; 1O32 A; 3RXD A; 5EOK A; 2CJI A; 4Q63 A; 1EX3 A; 3ATI A; 5DP8 A; 2GD4 B; 1IQH A; 2W5E A; 2BTC E; 2EY4 C; 1C4Y 2; 2OBQ A; 1K0H A; 3KEE A; 3UQV A; 1EAU A; 3GY7 A; 1CO7 E; 1W0K D; 1BTW A; 2GCT B; 3NWU A; 3SGA E; 2WSS D; 1P2I A; 4Y11 E; 2ANY A; 1CT0 E; 2V35 A; 1Z1J A; 1ZTJ A; 1BJV A; 4Q7X A; 3ZYE A; 2AMP A; 3PRB A; 1SI5 H; 1O33 A; 2A4R A; 4YM9 A; 1AVX A; 3EGK H; 3DD2 H; 2C93 B; 4X2X A; 2WZQ A; 3NRL A; 2GZ7 A; 1EJM A; 1INC A; 1TX6 A; 3MQK C; 1C2D A; 3A7V A; 1NS3 A; 2FEQ H; 4OS7 A; 1OP8 A; 1QUR H; 2D26 C; 2FI5 E; 1O2V A; 1EOL A; 4U30 A; 5C5O A; 1HJ8 A; 1MBM A; 1F92 A; 1W11 U; 2PSX A; 1KDQ A; 2O8T A; 2SNV A; 4TSF D; 4KEL A; 4AFS A; 1QNJ A; 2V3O H; 4B1T A; 3MH7 A; 4DCD A; 1LHF H; 1NRP H; 3U8T H; 1TGB A; 1O3D A; 1TBZ H; 4ABA A; 3L6P A; 4RT1 A; 2ZO3 H; 1K22 H; 1MD7 A; 7LPR A; 4M7G A; 3SZN A; 1ELG A; 1F7Z A; 2F9B H; 4D7F A; 2TIO A; 3KID U; 3ELA H; 2W7S A; 4Y8X A; 4BOH A; 4ZHM U; 3SU4 A; 4DT7 B; 2Z3D A; 2A7C A; 1KLJ H; 4GHT A; 4CRA A; 2BX4 A; 2FWW A; 4GVU A; 4OGY A; 1EST A; 2ZWL H; 1BTP A; 3SHA H; 3K6Z A; 2ASU B; 1RXP A; 1GBK A; 1PQ5 A; 3EA8 A; 1GCT C; 5FPT A; 3GY5 A; 2PHB A; 2WPL S; 1S85 A; 3SUE A; 2AS9 A; 3TVJ B; 1FIW A; 1W10 U; 1PPH E; 1BRA A; 1UCY E; 1WSS H; 2JH0 D; 1IQJ A; 3GCT G; 3VB3 A; 3TLO A; 1Y59 T; 3GY2 A; 3P8N A; 3PMH B; 4MPW A; 5F53 A; 2B0F A; 4JZI A; 2ZHF H; 4I8H A; 5DSF A; 5DKM A; 3MFJ A; 3IIT A; 1AZ8 A; 1ABI H; 1DXP A; 1BA8 B; 1FY8 E; 1KYN A; 4K2Y A; 4X2Y A; 2NU2 E; 3A7Z A; 1P03 A; 2LEL A; 2VIQ A; 3T27 A; 2ZU1 A; 1LVM A; 1FIZ A; 1LKA A; 4JK5 A; 1DT2 A; 1CA8 B; 3HKJ B; 4CR5 A; 3TH4 H; 1NM6 A; 1GCT B; 3SN8 A; 2WUC A; 5LPE A; 2Z3E A; 1BTY A; 1KXB A; 1MU6 B; 1YLD A; 2Y5F A; 2BOK A; 5T3H A; 1DS2 E; 4O9V A; 2WV5 A; 1LQD B; 3PYH A; 1EB1 H; 1ANB A; 2A7H A; 1W12 U; 1FPH H; 1CT2 E; 1A3B H; 2GV6 A; 3HAT H; 3ITI A; 3N99 A; 1QFK H; 4BTT B; 4P02 A; 1AFQ B; 1GJ4 H; 2BXT H; 1HAG E; 1PJP A; 2UUK B; 3F6U H; 1J8A A; 1QL8 A; 1VCQ A; 3ZVB A; 1E34 B; 1ZHR A; 5DJ7 A; 1E35 B; 1KLI H; 2BDI A; 1O5B B; 5A0C A; 1L4Z A; 3SJ9 A; 3RXP A; 1C1W H; 4TY7 A; 2KM0 A; 1YBW A; 1C4V 2; 1GI8 B; 1XUG A; 2BZA A; 5E0G A; 1GBF A; 1UTP A; 5AF9 H; 5JB8 S; 1C5L H; 2SNW A; 1QRX A; 1A3E H; 3URE A; 3U1I B; 1O35 A; 4ZHA A; 2ZG0 H; 2WYJ A; 5GWZ A; 3ZVE A; 4X2V A; 4LOY H; 1NZQ H; 3S69 A; 3PMA B; 3FOA A; 1V2Q T; 1MCV A; 2A7J A; 1DSU A; 1SGT A; 1W7G H; 2EI7 A; 3KYF A; 1CBW C; 1LVO A; 3TPI Z; 2XBY A; 2ZU2 A; 1MZD A; 1RD3 B; 3BEU A; 1TMU H; 4X6M A; 1O2I A; 3TGJ E; 2EEK A; 1Y3X A; 1WBG B; 3BN9 A; 5JBA S; 1UK4 A; 4ABE A; 3OY6 U; 3A8B A; 4AYV B; 3LH3 A; 3KQ5 A; 2AH4 X; 3TK9 A; 3SHC H; 2XW9 A; 2KFW A; 2FM2 A; 2O8L A; 4ABB A; 1P04 A; 3FKS D; 3EYD A; 4UD9 H; 3U8R H; 4B76 A; 1P02 A; 5DN6 D; 2QXG A; 3A85 A; 3UWI A; 4HI3 A; 4INK A; 2J98 A; 1ARB A; 4NA9 H; 1YPK H; 2FOH A; 1CBW B; 2FPZ A; 4X8V H; 1SGD E; 1EQ9 A; 1SQR A; 1HYL A; 3SV9 A; 3ZV8 A; 1SFI A; 2OLG A; 1V2N T; 4JMY A; 4XD7 D; 1FAK H; 5EJZ A; 3EDX B; 1YP9 A; 3KHV A; 2BY7 X; 3TJV A; 4I8L A; 4YOJ A; 1VCW A; 4Y8Y A; 1Y3V A; 2PGQ B; 2VVU A; 3QK1 A; 1A1R A; 1C5T A; 1W7X H; 1N1L A; 2WPI S; 1GHW H; 2ZFQ H; 2FZZ A; 5LPF A; 1ZYO A; 1BCU H; 2TGD A; 1G3E A; 3KGP A; 2HVY B; 3M35 A; 3RXU A; 3LGU A; 4NIX A; 1P06 A; 4FUC A; 2O8W A; 2KX4 A; 2TRM A; 2AFQ B; 1A61 H; 1TGT A; 1N8O B; 1O3C A; 2ZDN A; 1PQA A; 3PM3 A; 1FUJ A; 5EST E; 1SGR E; 1SOZ A; 1BTX A; 1HAY B; 3MO3 A; 1GI2 A; 1GBL A; 4EST E; 1U6Q A; 1XUI A; 1ELB A; 1EXF A; 1TAL A; 1EAS A; 2OXS A; 5EJ1 A; 1MZA A; 3UTU H; 4ISH H; 1TON A; 1YYY 1; 3A86 A; 4D7G A; 2C3S A; 4Q7Y A; 3SJI A; 3WWF A; 1K1L A; 1KMH B; 4K8B A; 3B23 B; 1V2O T; 4FUF A; 5DG6 A; 3BTW E; 3SV2 H; 3F3B A; 4MPX A; 3ZZ5 A; 2J2U A; 4WMD A; 1O3B A; 3LOX A; 4PRO A; 1S84 A; 1GHB F; 1Y3Y A; 4YLQ H; 3U69 H; 1W13 U; 2OD3 B; 4F55 A; 1ANC A; 2HVX A; 1UCY K; 1DY8 A; 2ODY B; 3D49 H; 1IQK A; 5AFY H; 2XBW A; 4AFQ A; 3EQ0 H; 5LGO A; 4I32 A; 2BDG A; 2G81 E; 1XXF A; 1CHO G; 2P3F H; 3F2G A; 2ZDL A; 1COW D; 2VWM A; 2UWL A; 4CHA C; 4WH6 A; 2WV9 A; 5FAH A; 1EPT B; 1HLT H; 4MPU A; 2L74 A; 2JKH A; 2ZGX H; 4Y76 A; 4DT4 A; 2J97 A; 1THR H; 1GBB A; 1IOE A; 1XVO A; 1TAW A; 3C27 B; 3TNT A; 1T8M A; 2QV1 A; 3ATK A; 1Y3W A; 3UQO A; 1BBR E; 3VB4 A; 3EAJ A; 3QDZ B; 4XSK U; 1EJA A; 1GMD F; 1PFX C; 4OS1 A; 3TJO A; 3SV8 A; 1AB9 C; 5A09 A; 1HAZ B; 1K1J A; 1IQN A; 1TWX B; 5DP3 A; 5E2O A; 3FP6 E; 1LPG B; 2Q6F A; 2FES H; 4ABH A; 4CHA B; 4JK6 A; 2BD9 A; 2H9H A; 1PPC E; 1KXC A; 3LKW A; 4TWW A; 2AGI X; 1P2M A; 2BOH B; 4E06 H; 1MCT A; 3LDX H; 4TPY A; 1P9S A; 4IMZ A; 2QN5 T; 2W3I A; 3MI4 A; 1WXR A; 1P10 A; 1P8V C; 1GL0 E; 3ZVC A; 4TYD A; 3SU6 A; 3KQC A; 4TT3 D; 1UHB A; 1AB9 B; 1AE8 H; 1C2E A; 3JZ1 B; 2Y7Z A; 2OP9 A; 3S0N A; 4AYY B; 1O2N A; 1SC8 U; 5T1V A; 1Q2W A; 1LMW B; 5KED A; 4H6S B; 1GJD B; 3A8D A; 2G5N A; 3RC4 A; 3QGN B; 4ISL A; 4K3J A; 4SGB E; 3BTF E; 1C5R A; 3VB7 A; 2FOA A; 2ZNK H; 4THN H; 4LZ4 B; 1XUH A; 1LHE H; 1QHR B; 2IN2 A; 1TNH A; 5EXN A; 1GI1 A; 4GAW A; 1WCZ A; 1ZPC A; 3GY4 A; 2F9O A; 3DSP A; 5C1Y A; 3SU0 A; 1XM1 A; 5K0H A; 2Y82 A; 2ZCL P; 2BMG B; 3A88 A; 3P6Z B; 2VU8 E; 3S7K B; 5T6F A; 1O39 A; 5A8Z A; 2VJ1 A; 3AAU A; 3AAV A; 4HGC A; 1O2L A; 2QAA A; 7EST E; 2BD4 A; 2VIP A; 4B2B A; 2FOE A; 3OAA D; 4O97 A; 2QF0 A; 3OEH D; 5EU8 A; 3FZD A; 4DIH H; 1UTQ A; 3QX5 H; 5G4B A; 4UDW H; 3TK6 A; 1EAT A; 1OYQ A; 2PKA A; 3RXG A; 1RIW B; 2JJ2 D; 3UB0 A; 2AMD A; 2VIO A; 5CMX H; 3V3M A; 4BAO B; 5FCR A; 4Q7Z A; 1AUJ A; 1J17 T; 2ALV A; 2FS9 A; 3F9F A; 3I29 A; 2BHG A; 5JB9 S; 1LKB A; 1GDQ A; 4ZMA H; 5DO4 H; 2Z94 A; 2HRV A; 1C2F A; 1J16 A; 3QUM P; 1YPH C; 3HGN A; 3GCO A; 2OCV B; 2XCF A; 5AHG H; 3O8R A; 1GHA G; 2VVC A; 2B8O H; 1F2S E; 3PMB B; 4X6P A; 3ZZ4 A; 4CH8 B; 1J14 A; 4FUE A; 1HPG A; 2FP7 B; 1NPM A; 1ELC A; 3PRD A; 4LXB H; 1P3E A; 5FHT A; 4IGD A; 1S5S A; 3LGV A; 4FOU C; 5SGA E; 8EST E; 5HYO A; 4B6E A; 1OYT H; 1ZPZ A; 3ZZ3 A; 1AND A; 3VFE A; 1O3E A; 4RSP A; 2ODP A; 2ZU5 A; 3QWC H; 4F48 B; 2BQ7 B; 1JIM A; 1MTN C; 1UTM A; 4FU9 A; 1S81 A; 3RXM A; 4AX9 H; 1NBM D; 4B71 A; 2ZHD A; 2TGT A; 2F9P A; 2OC8 A; 2PV9 B; 3KCG H; 1MH0 A; 3OYP A; 1GBC A; 3SJ8 A; 1NBM E; 3SOR A; 1KXA A; 3PLP A; 2Z9G A; 3RM0 H; 2A32 A; 4VGC B; 1DIC A; 1XX9 A; 1A5H A; 2VGC C; 1THP B; 1G37 A; 2O9Q A; 3JZ2 B; 2Y6T A; 1CVW H; 1O0D H; 1GHY H; 3V12 A; 1DLK B; 5J4Q A; 4Q80 A; 2PGB B; 3KN2 A; 5PTP A; 2Q6G A; 1EUF A; 1MTN B; 4TY6 A; 3EST A; 4Y79 A; 4CRF A; 3MH4 A; 4JZ1 A; 2J94 A; 1C2G A; 3TJU A; 1HB0 B; 3DHK H; 4NA7 A; 4ABG A; 3U9A H; 2UWP A; 4P00 A; 5ETX A; 4KTU A; 3LGI A; 1LPK B; 3UAI C; 2B5T B; 1E38 B; 2XWA A; 1H9I E; 3PO1 C; 1SGC A; 3RMN H; 2A4O A; 2VGC B; 1K1O A; 2A31 A; 1T7C A; 1Z71 A; 1V2P T; 5A8X A; 1DFP A; 2CHA C; 3TGI E; 1C1N A; 3RXF A; 1WQS A; 1IHT H; 3ZZ6 A; 2J9N A; 5IDK A; 3UNQ A; 1VZQ H; 2SFA A; 3BTD E; 7GCH F; 1BMN H; 3A80 A; 3ATM A; 3V13 A; 3BTQ E; 2ULL A; 3M3V A; 4D9Q A; 4IN1 A; 3PWB A; 4YLU A; 1CA0 C; 1A46 H; 2V3M A; 3MO6 A; 4UE7 H; 5HM2 A; 1SHY A; 2G4T A; 1RTL A; 1A0L A; 1O37 A; 1K9O E; 1W2K H; 1S0Q A; 5AVD A; 5HXF A; 1AQ7 A; 3VB5 A; 4QT8 C; 3BTG E; 2ZHW H; 4RT0 A; 1LHD H; 4Z1M D; 1JOU B; 2XCN A; 4CBO A; 1PPZ A; 1TNJ A; 1Z1I A; 1ELA A; 5L2Z H; 1F0T A; 1GPZ A; 1QBV H; 3PLB A; 2M5T A; 1MU8 B; 3MO9 A; 2PTC E; 2ZFR H; 3SUD A; 4UFE H; 2GKV E; 1FV9 A; 2BDC A; 1O2U A; 4M9F A; 4NGA H; 2C8W B; 2GMT B; 4MVN A; 3QZQ A; 2PFE A; 1O3F A; 1Z6J H; 1TX8 A; 5A0A E; 5EPY A; 9LPR A; 2FDA A; 1G2L A; 2KR7 A; 1ESA A; 3OU0 A; 1UMA H; 1P57 B; 2AGG X; 4JCN A; 5DP5 A; 4IMQ A; 5BPE A; 2FOM B; 1GJ6 A; 1TMB H; 2J95 A; 3F9H A; 3P8O A; 3P95 A; 2JH5 D; 4JZE H; 1SGP E; 1N6Y A; 3BTK E; 1EZX C; 1YPH E; 1S6H A; 1GI7 B; 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