2YPNA

Hydroxymethylbilane synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
311
structure length
294
Chain Sequence
b'DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PROTEIN (HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE)
publication title Accurate and highly complete synchrotron protein crystal Laue diffraction data using the ESRF CCD and the Daresbury Laue software
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 93
structure length 294
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 2ypnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA02
3BBRA 4AQ4A 4JDFA 1JVYA 4XTCQ 3DM0A 3JV9A 4ISUA 5KCJA 3Q28A 1I69A 3K1PA 1B7HA 2PYYA 3MZ1A 3I6VA 3CVGA 4NMYA 5BUUA 3VLUA 1MM6A 3OO8A 4IO2A 1P1OA 4GXAA 1WODA 4XKQA 1B7ZA 4PFWA 3IL1B 2BJJX 4H5FA 1LAHE 4OEVA 4FAJA 5K2YA 2Z8EA 1QKAA 2G29A 1N04A 3TCHA 3G3HA 2VP1A 1B5HA 1A54A 3OXNA 1FTOA 2XX7A 1JW4A 1PB9A 1RYOA 4ELPA 5LOMA 4O3CA 4AB6A 3E3KA 1URGA 3T93B 4RPOA 1QW0A 3T9UA 4G68A 5CMCA 4U2RA 3K2DA 4H8IA 4LP2B 2E1SA 3Q27A 1N0TA 5L9MA 4M1VA 2ZNUA 2ZNSA 2O84X 4YU0A 5DT6A 4NF4B 3DP6A 1SW2A 3V89B 3MJNA 4YMBA 3GBAA 3E4RA 4R72A 5I58A 5ICQA 1MQIA 3FV1A 5H8QB 4OHNA 1MY4A 4PFYA 3LSWA 2F78A 3C9HA 2DS9A 2I49A 1IEJA 1OMPA 1OLAA 1UQWA 1DTGA 3LC8A 5K2XA 4E0WA 5ELVA 1HSLA 1UTBB 3C31A 4EXLA 4RXLA 2IEEA 3IB1A 1O63A 2Y84A 3TZAA 4FATA 3OEMA 3KBRA 4ONYA 3TUSA 3MVWA 4N6PA 3FVNA 3HCQA 4G8MA 2I4BA 1B4ZA 3T22A 2HQ0A 1N3WA 3G3GA 3USDA 2DXRA 2OWTA 3SEXA 3SKPA 5H8NA 1MH3A 5KDTA 3Q25A 1LB8A 4LATA 3MVZA 4YKKA 1QUIA 3CG3A 3MPKA 3IO4A 1GGGA 1P1WA 3K0VA 3QK6A 4ZZAA 4OZ9A 2UVGA 1FQEA 1B6HA 2XXIA 4EQBA 3O6GA 2VGQA 5EHMA 3C4MA 1XVXA 2HEUA 1SYHA 3DP8A 1N3XA 3KEIA 2I48A 3FXUA 3O2AA 2F7AA 4R6KA 3K00A 1P1NA 4AB5A 1MY3A 3LUYA 1S7YA 1GTKA 5F1QA 3PPQA 1OIBA 4RK9A 2B65A 1DPEA 3N5LA 3HPIA 1WVJA 3TTMA 3FJ7A 1LAGE 1MQDA 4LZ5A 5CI5A 1ZLQA 3WAEA 4G68B 1Y1MA 3OEKA 1IQ7A 2DWIA 3OO7A 5J1DA 4GWOA 3WAFA 1IITA 3FXRA 1FQFA 1SW5A 2B3BA 3H6UA 1FQBA 2Z8DA 4NF8A 3C35A 4ND9A 1AMFA 1ZKBA 4RA1A 3GXAA 3K01A 5AA3A 2RCAA 2AL5A 5I58B 5A5XA 3W15C 4R75A 4EXKA 4IO5A 2GHBA 2RINA 5CC2A 5I57A 3OSRA 4R74A 4EDPA 4F3GA 3H6VA 1HSJA 1NNPA 4ELOA 1VSOA 1MS7A 4EQ9A 4NF6A 1OLCA 1B3HA 4F2QA 1VR5A 2HXWA 2HAUA 3QUFA 3VV5A 1MXUA 3BFUA 2OCUA 4G8HA 1LCFA 3RTFB 4FECA 1B51A 1B5IA 1Q35A 5TP9A 4X9TA 3D4GA 1OVBA 4GRKA 3H6WA 1H43A 4HTGA 1ANFA 2UVJA 1DSNA 2V84A 3ECRA 3UP9A 1XT8A 4ZEIA 3KN3A 3RPWA 3S4UA 4OTEA 3IB0A 3SEUA 3H7MA 3TYHA 4JWXA 1MPCA 1EZOA 3KN8A 4ZECA 1QUKA 1MM7A 1BTJA 2XD3A 2M8CA 4U1OA 3I3VA 3O28A 4QSEA 4ZZEA 5I2NA 4GL0A 4R6YA 2O7IA 3B6QA 1FTJA 1ZU0A 4WEPA 2VD2A 1YCJA 1D9VA 3M3LA 2Y7RA 5TPAB 3EF7A 4QFLA 2NUVA 3RQTA 3MUQA 4RJZA 3CSBA 3MC2A 4OFJA 4QFOA 3O66A 1N7WA 1YPNA 4ECFA 3T96B 2DWAA 2F6PA 3C32A 3M3KA 4OENA 4IGTA 1QJMA 2H5YA 2DYXA 2I6EA 2XX9A 4Q8RA 5CBSA 4OEUA 2Q9TA 5DYHA 2F34A 2Y7WA 5AA4A 1SW1A 2RC9A 3PPRA 4ZEKA 3F11A 1LAFE 2DP8A 3G3KA 1LFIA 5AA2D 3OD7A 3AXFA 1GVCA 1A55A 2XXVA 3KN7A 2XX8A 3TODA 4N07A 5EYFA 1ZIUA 2ZYKA 2DE3A 1XS5A 3TTNA 4HW8A 1L5TA 3QYTA 2GH9A 1MPBA 2AYSA 3TTKA 1CB6A 3TDJA 3CFLA 2F8DA 2X7QA 1TFDA 1LSTA 2F7CA 3UORA 4PFUA 4KHZE 1B05A 3G7WA 5M2VA 1SD3A 1N76A 3FV2A 4F22A 2XXWA 3CIJA 4LQ2A 3O97A 1UIVA 2ABHA 1A7LA 1YAEA 5FHNA 5AA1A 1NH7A 4OFOA 2ESNA 2VD3A 2REJA 5FTIA 4X1DA 4U23A 3IOUA 5DEXA 1D9YA 2QMXA 2V3TA 4IGRA 4DZ1A 2I3WA 4YB7A 2Q2AA 4KCCA 2ANJA 3PMWA 4FORA 2YJPA 3Q29A 1PB8A 2Q2CA 4ZEDA 1PB7A 1B1HA 1NNFA 3PPNA 4NE4A 3EHTA 1B52A 5I59B 2DSFA 4JSOA 2DWHA 1JETA 3ODBA 4GL8A 4GLIA 2YPNA 4QF9A 2OK2A 1OVTA 4H0WA 3PMVA 3EHUA 5I2KB 1A40A 3MP8A 1FQDA 3QIMA 2Q89A 1B1XA 4OVJA 3VLWA 2ZXTA 4LUBA 4JWYA 2DVZA 4RNSA 1B2HA 2I58A 1BLFA 3VFJA 2ZNTA 5FTHA 4NWDA 4H67A 3U94A 5KZTA 1URSA 1NMUA 5AA2A 4HS7A 1KWHA 2PBWA 5JTYA 1USYE 4ELQA 3UN6A 3TPAA 5HM4B 4PQJA 4H5GA 1LAXA 4OWDA 3KSJA 3ILUB 4FEBA 3MP6A 3VVDA 1ELJA 3SEWA 1MPDA 3KG2A 3RUMA 3EHSA 3TEPA 3MBPA 2GFEA 3CG1A 5L8DA 4BDRA 3IX1A 1JEVA 1DMBA 1LBBA 3IOWA 3HO7A 3BFTA 3KSXA 1ZJLA 1H3DA 5I56A 1R9LA 2XXQA 4UACA 4R6HA 3C36A 3SETA 1FW0A 1LFHA 1SI0A 3IJOB 2F36A 1Y9UA 5IAIA 1JVXA 5DVIA 4GIZA 1M5EA 5H8FA 4TQUQ 4POWA 3OO6A 1P1UA 5KCJB 2A5SA 4EF1A 3MAMA 4IO4A 1SQYA 1CE2A 2UYFA 3IAZA 3RNNA 5CRYA 1LBCA 4F29A 3K1MA 3PUZE 4YKPA 3EN3A 4R9GA 1PDAA 3M3FA 1M5FA 2I0BA 3E9XA 1Y4CA 3K02A 2X7PA 4N13A 1BP5A 4O3BA 4DE8A 3FUZA 4XKNA 3FIRA 3ONMA 4H65A 4NWCA 2FYIA 3QUJA 1DOTA 1J1NA 2DXYA 3IOVA 2ONSA 4DXBA 4MLQA 3N26A 3V5AA 3FJMA 2THIA 2HZLA 3T9XB 2Z23A 1QKBA 2ONKE 2VHAA 3H03A 2OZZA 3H06B 4FJPA 1US4A 4HCYA 2Q88A 4NF5A 1MY1A 4OETA 3ZKLA 4QFKA 2FNCA 3MZ9A 1MXZA 2KLFA 1ATGA 1RKMA 3R6UA 1MXVA 5ITPA 1TXFA 4RK2A 1P1QA 2ALUA 2UVIA 2PMSA 5F7VA 3P7IA 3N6TA 2Y7PA 1POTA 4Q30B 3G3JA 5IKBA 1B46A 2ZYMA 1US5A 2QSXA 3CI8A 1JEUA 1EU8A 1PEBA 1POY1 2AL4A 1B3LA 2NXOA 1IZ1A 1I6BA 3JZJA 1T0KA 1B58A 3RTWB 4P0IA 4BDQA 4OXVA 5I56B 3B6WA 3RT6B 1Q1KA 1OQGA 3PUWE 3PUXE 4IY6A 3EQ1A 2O1MA 3TQLA 4G68C 4O3AA 4QFPA 2ZMBA 4WKMA 4HCWA 4XXUA 5L9OA 2R71A 2OJTA 4K3FA 1MH4A 3N94A 1PC3A 5H8FB 3TELA 3GZGA 1AL3A 1DPPA 3MVXA 4F3SA 3MQ9A 2V3QA 5BWJA 4F19A 3KOTA 3W9WA 3CFZA 4ZS9A 5H8HA 4F1VA 5H8NB 4KR5A 1IXIA 5KDTB 1AOVA 3GBBA 3HN0A 4LA9A 4F18A 4MLVA 1LLSA 3CR9A 1MXWA 1UTHA 4PP0A 2RKMA 1NNKA 1F9BA 2Z22A 5EHSA 2I4CA 3LBSA 2DOJA 4ZE9A 3OENA 4THIA 1FQAA 3SESA 4MH5A 2O51A 4ESWA 1M5CA 4BLAA 4KQPA 4QFNA 2IA4A 4U4SA 1H44A 3SDFA 1MDP1 1O7TA 2UYEA 1MY2A 4KD5A 3PV0E 2O68A 2NOOA 2DWJA 4NF5B 4ZEFA 1MXYA 3K6XA 1Y3PA 4ZEBA 2P2AA 2F5XA 3TCFA 2DVCA 2F35A 3OMBA 2XXHA 4EF2A 2XXUA 4GOTA 5CBRA 4Q5TA 4NF8B 2XXXA 4TLLB 3PGFA 1B0LA 2QL3A 4P0GA 3VVEA 3IK6B 1QUJA 5JEIA 3I5OA 4R73A 4UA8A 5A5XB 1S9TA 1NFTA 1VE4A 5ICTA 4GF8A 3O29A 4ELRA 4H8JA 2OLBA 3PD9A 2QMWA 1IXCA 3HSTA 5I57B 3FXQA 3PMXA 5H8SA 3GLBA 1XC1A 1I6QA 2XXPA 4C1TA 4YICA 3O6IA 3PU5A 4NF4A 4NF6B 4R2BA 4F2OA 2Y7KA 4IO3A 3MVYA 3R7XA 1HSEA 1ZBMA 1Z7NE 4JB7A 5HPQA 1EZ9A 5H8QA 3THIA 4DLDA 1B0HA 2HFBA 1ZTYA 1MY0A 3QXMA 3KGCA 2H98A 1JW5A 5CM6A 5TP9B 1QULA 5B70A 4X48A 4G2ZA 3RT8A 3BKIB 4MBPA 1UTBA 2O1LA 1II5A 4KCDA 4DXUA 2QRYA 4RYAA 4C0RA 3FJGA 3VLVA 1B7UA 3E13X 3D4CA 1RYXA 3MZBA 4WXJA 3OOAA 2QJEA 4JWOA 4I8CA 5I2NB 1SYIA 1GV8A 4KYSA 2DE4A 4LVQA 1MDQA 3IJXB 2QS4A 2GRVA 3HV1A 4POXA 3DELB 2HCAA 5DTBA 2QPQA 4F1UA 1P99A 3C34A 5B7DA 3C33A 3HHGA 2PX1A 3RN8A 1MRPA 1VFDA 4WEDA 5I84A 2H25A 4NTLA 3CSGA 3MW0A 5L9SA 3G3FA 2ONRA 1UIUA 3U92A 2RCBA 2E0SA 4TOZA 4EQ7A 4XKRA 2NVUB 4R2FA 1M5DA 5CMKA 1ZMGA 3MPLA 2I3VA 3TCGA 4OYVA 5ISUA 1M5BA 1JQFA 5AA4B 3S2VA 1NKXA 2XHDA 4YZZA 3T9VA 2RC8A 4Z7EA 3FVKA 3LSXA 4P11A 2WKYA 3RY3A 3A09A 1AIVA 1B5JA 3KFMA 4G4PA 1MQJA 2Y7IA 1DTZA 2O6AA 2V93A 2G93A 4JXIA 4YB5A 4G77A 1Y1ZA 3ZKKA 3IR1A 3N6UA 2UVHA 2YLNA 5DVFA 4FIMA 2Q8JA 2RC7A 4LZ8A 2GHAA 4GD5A 2OWSA 1B3EA 4ESXA 4GXSB 1IXGA 4YAHX 1XVYA 2UXAA 4KI0E 3VDFA 2QS1A 1H76A 3KJ7A 3ZSFA 1Y20A 3FVGA 1NL5A 3PUVE 1IXHA 2FA7A 5AE4A 4OESA 5DEXB 4BDNA 5FHMA 1SDXA 4BDLA 2XXTA 4E0XA 3B7DA 3K4UA 3M8UA 5CMMA 1A8FA 3OELA 3H3GA 3LR1A 4I1DA 2XXRA 1SBPA 3DLNA 4PFTA 3OSQA 4PETA 1R6ZA 4U22A 5ITOA 3TAJA 4OMBA 3V83A 4KYDA 4F3BA 3O6HA 4G8NA 1SVXB 3OO9A 3S9NC 4BDMA 3KOSA 1NH8A 3PPOA 3ILTB 1LGBC 2P0SA 1B40A 2XD2A 2A5TA 3B6TA 3FVOA 4LQ5A 4GQOA 2CZLA 2DQVA 4DCXA 3RGYA 1D4NA 3UIFA 1XHYA 4DXCA 4QSDA 4YKIA 2H99A 2W7YA 3IOTA 4DCYA 3RLFE 2PT1A 5AA2B 1FCKA 1SI1A 4FEDA 3VVFA 1EZPA 1B3FA 5JTYB 5TPAA 4GVOA 3VXBA 3TMGA 4PE5B 3FZVA 2P1SA 1MXXA 2AIXA 3SERA 3VXCA 4YB6A 3Q26A 4X1BA 2X26A 3V8XB 3IORA 4ZE8A 3KZGA 3L6HA 2F7BA 2Z8FA 2VOZA 4YMAA 4DDDA 4KFQA 4OQOA 3FASA 2HAVA 1LFGA 2CMOA 3FD3A 1XOCA 1EH3A 4R9FA 4U21A 3UA8A 1TT1A 2D3IA 3MP1A 3TFLA 3PPPA 2R6GE 3K6WA 5FHOA 3S9LC 3U72A 1MG1A 1JW1A 2ZYNA 1LCTA 3SEYA 4IO6A 4MF3A 3O9PA 4H1XA 3VE1B 4H6DA 2OBGA 2D21A 1URDA 2R9JA 3LSLA 3PUYE 3S9EA 2REGA 4OERA 5JK4A 3UK4A 3HHFA 1MQHA 1Y4TA 4QHQA 3JYRA 1JNFA 4RPNA 3LSFB 4QSCA 1Z7ME 4GFRA 3SEVA 1TFAA 1MQGA 1OQHA 4LZ7A 2D5WA 1FTLA 3ZS6A 3IO6A 4F39A 2HZKA 4OFLA 1FTMA 1IUDA 3FGSA 3DP4A 4RY1A 4Z0IA 1PBPA 1SW4A 3U8QA 3S9MC 2RF1A 2NWJA 2A5TB 2F97A 3T66A 3CFXA 3R26A 4NEDA 4YKJA 5TU0A 1FQCA 4FE8A 4QRZA 5DVJA 3H4ZA 4U1ZA 3PD8A 1QVSA 2O7UA 4IO7A 2DE2A 1NNTA 5I59A 3W9VA 4F1YA 4F31B 1VFEA 4TLMB 2V3UA 4U4XA 3T9HB 4C1UA 5HBCA 4I62A 1USYH 3K6VA 4MFIA 3K6UA 5I2KA 3U93A 1A99A 1GR2A 3K1NA 1Y3NA 1N84A 1TWYA 2PVUA 3EPEA 1BKAA 3QAXA 2O69A 1B4HA 4XKPA 4JBZA 1PBQA 2ZYOA 2LAOA 1S50A 4KYEA 3A3CA 3QSLA 1R1NA 3CRBA 3MWBA 3H6TA 2PT2A 5CMBA 3UGWA 1IIWA 4IY5A 4L17A 2I0CA 4DIGA 1Y3QA 2XXYA 1FTKA 1B9JA 3U1OA 4JSDA 1WDNA 1H45A 3IB2A 2B3FA 1N7XA 1O64A 2QS2A 1A8EA 4I9DA 1R9QA 2H9BA 4EUOA 2QS3A 1B32A 3L6GA 2V25A 3TTLA 4F3PA 1BIYA 2H4IA 3FATA 3A3UA 1AH5A 4ZDMA 5H8HB 4Q0CA 4BDOA 1D3KA 1LB9A 3TQWA 4M4GA 3KJTA 4LONB 3TKDA 2F6GA 3TTRA 1YTVA 4KPTA 4IB2A 1I6AA 4XIGQ 3G3IA 1B3GA 1UTHB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BBRA 4GZNC 1A1GA 4AQ4A 4JDFA 2JXPA 1JVYA 2L5VA 4XTCQ 3DM0A 1WXRA 2EN7A 3JV9A 1X47A 4ISUA 5KCJA 2QVUA 1WHNA 3Q28A 1I69A 3ZOQB 3K1PA 1B7HA 2PYYA 2WEFA 1CNQA 3MZ1A 1A1HA 1X6EA 2UUBE 3I6VA 3CVGA 2JR1A 2E1MA 4NMYA 5BUUA 2EOJA 3VLUA 1MM6A 3OO8A 4IO2A 1P1OA 2EN6A 4GXAA 3LUZA 1WODA 5ET8A 2RPCA 4XKQA 4NQ8A 1B7ZA 1EYKA 4PFWA 2I9IA 1P47A 2EPNA 3IL1B 4WX9A 2BJJX 4H5FA 1LAHE 4OEVA 4FAJA 2YRKA 5K2YA 3J7AG 4HE1A 2Z8EA 1QKAA 4P8BA 3HPZA 2G29A 1EKZA 1N04A 3D1RA 5IZ3A 3TCHA 1K9ZA 3G3HA 2VP1A 4R8OA 5ADZA 4DV2E 2CZKA 3SZPA 3LMLA 1B5HA 1A54A 3OXNA 1FTOA 1SFEA 2XX7A 2EMKA 2CT1A 4JI3E 1JW4A 1PB9A 1RYOA 4ELPA 5LOMA 1BB8A 4O3CA 4AB6A 4J8ZA 1IMUA 3E3KA 3MYUA 1URGA 1YZ0A 1UBDC 3T93B 4N15A 4RPOA 3HXLA 1QW0A 3T9UA 4G68A 5CMCA 4U2RA 3K2DA 4H8IA 4LP2B 2E1SA 3Q27A 2V89A 1N0TA 1FBHA 5L9MA 4WXCA 4M1VA 2LUQA 2ZNUA 2ZNSA 3VK6A 4DI4B 2O84X 4YU0A 1YYWA 5DT6A 3FBPA 1RDXA 4NF4B 2YU8A 3JU0A 1DGCA 3DP6A 4YHHE 3VHTB 1SW2A 3V89B 4R03A 3MJNA 1NI9A 2YTOA 4YMBA 3GBAA 4K0KE 4N17A 3E4RA 1UILA 4PDDA 2XWKA 4R72A 4P1EA 5I58A 2HHHE 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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