The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human Hemoglobin D Los Angeles: crystal structure
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein, oxygen binding
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| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
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| total genus |
58
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C, I, M
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BJE A; 2V1H A; 3BJ1 B; 2AA1 A; 1A9W A; 5D1V A; 1Y7D A; 3HRW A; 1XZU A; 1CBL A; 1CLS B; 1DO7 A; 1Y0A B; 2ZSS A; 3D17 B; 1S6A A; 2JHO A; 4O35 A; 2DN2 B; 5F0B A; 3UGY A; 1ECD A; 2HBD A; 1G0B A; 1Y5K A; 4FC3 A; 2CMM A; 3NG6 A; 3LQD B; 3GOU B; 1V4W A; 2OHA A; 2ZT0 A; 1LJW A; 1DO3 A; 2XYK A; 1YH9 A; 4F6F A; 1FSL A; 1GBV A; 4AVE A; 1HBA B; 3VAU A; 1S5X A; 1G9V A; 1KD2 A; 1YHR A; 3ECZ A; 2LH7 A; 1N9I A; 1G08 B; 5EU2 A; 3V2V A; 4F4O A; 2FAM A; 3UBC A; 3GKV B; 4L7Y A; 2GTL B; 5CND A; 3B75 A; 4HRT A; 1J3Y B; 1G09 A; 5HLQ A; 4LPI A; 4N7P A; 1CH2 A; 1HHO A; 1O1L A; 3S65 B; 3QJD B; 110M A; 2G0Z A; 1Y09 B; 1KR7 A; 3OGB A; 1Y31 B; 5HU6 A; 1YE0 B; 1A6N A; 3WCP B; 1HDA B; 1MBN A; 1CO8 A; 1J7Y A; 1IT2 A; 5F2A A; 3VRG A; 3M38 A; 1LA6 A; 3AT6 B; 3ZJS A; 1LTW A; 4IT8 A; 1A0U B; 107M A; 5HAV A; 1VXA A; 1J3F A; 2M6Z B; 3M3B A; 3PI1 A; 4H0B A; 1JP8 A; 1J3Z B; 1C7B A; 1HBS A; 1XZ5 B; 2FRF A; 1Y8K A; 1Y85 A; 2AUR A; 1CMY A; 2LH2 A; 1CH9 A; 3QQQ A; 1DXV B; 4KMV A; 2MBW A; 1VXC A; 2HBS A; 3QJB A; 1AJG A; 2ZFB B; 3BJ2 A; 1LFV B; 1Y45 B; 2H8F A; 1Y5J B; 4MQG A; 1O1N A; 3K8B A; 2QSS B; 2O5S X; 1XZV B; 1YHU B; 1J52 A; 1FHJ A; 3WCU D; 4AVD A; 1DXD A; 2R80 B; 2RAO B; 1IOP A; 3NFE A; 3PT8 A; 1NZ2 A; 1IRC A; 4MQJ B; 1JY7 A; 2ZWJ A; 2Z6N B; 1Y4B B; 3UHQ A; 1YZI A; 2DXM B; 1GLI B; 1CIO A; 2WY4 A; 3WCU A; 1Y35 B; 1Y4F B; 3UH5 A; 1LH3 A; 3BOM B; 1MBS A; 4ESA A; 1MLS A; 1NWI A; 5SW7 B; 3KMF A; 1MLF A; 3WCV C; 5EET A; 1ABS A; 2ZLW B; 3HEP A; 2R4Y A; 5JOM A; 2R1H B; 1CH4 A; 1YOI A; 3MKB A; 1XY0 B; 1MZ0 A; 4FWY A; 1F5P A; 1HBB B; 1V4X A; 1Y7C B; 2BLJ M; 1ECO A; 3CIU A; 2ZLU A; 1J7S A; 4M4A A; 111M A; 3WTG B; 2D2M C; 5JDO D; 1T1N A; 1NZ5 A; 1YEO A; 3IA3 B; 1CBM A; 1Y8I B; 1LFQ A; 1WVP A; 1S5Y A; 2ZS0 B; 1GDJ A; 3IXF A; 1K1K B; 4NZI A; 1K0Y A; 1BVC A; 1R1X B; 2MB5 A; 3M3A A; 3ZJL A; 3MBA A; 1Y46 B; 4BJA A; 2IG3 A; 5CHR A; 1RQA A; 1GCW B; 2EVP A; 1NZ3 A; 3BJ3 B; 1RTE A; 1XZ7 B; 4HSX A; 3GDJ A; 1VWT A; 1RQ4 A; 3WCU C; 2BKM A; 2G11 A; 2E2Y A; 1YIH B; 3PEL A; 3WI8 A; 1HAC A; 3AQ9 A; 1Z8U B; 1AJH A; 1WMU A; 1UX8 A; 1Y0C B; 4M4B B; 3G46 A; 1HGA B; 7HBI A; 1A3O B; 2ZSO A; 3BA2 A; 4MQH B; 5CNB A; 1QI8 B; 1LFY A; 1CG5 B; 1Y2Z B; 1M9P A; 5C6Y A; 1FAW A; 1YEQ A; 1HBG A; 1S0H B; 1NEJ A; 1BUW B; 1X9F B; 1UIW B; 1HSY A; 5JGG A; 1HGB A; 2O5M X; 2D5X A; 3U3E A; 5ILP A; 3O89 A; 3E5I A; 2HHD B; 2H8D A; 1Y0W A; 3EOK B; 2B7H B; 1Y0D A; 1OJ6 A; 4XS0 B; 2QSP B; 2NSS A; 3RGK A; 1V75 A; 1MLL A; 2O5L X; 2ZT4 A; 1G0A A; 1LFZ B; 3MJU A; 1THB B; 1BZ1 A; 1HGC A; 5KDQ B; 1DWT A; 6HBI A; 4H2L A; 2HBG A; 4G1B A; 2HHE B; 1YDZ B; 5JDO C; 1FDH G; 1SHR B; 1NPF A; 1ITH A; 5C6E B; 1Y4G B; 3IC2 B; 3WHM A; 1MYJ A; 3BCQ A; 3ARK A; 3UHW A; 1TU9 A; 2XKH A; 1CQX A; 1JEB A; 3AQ8 A; 2Z6S A; 2WTH A; 3ZJH A; 1MDN A; 2ZT1 A; 1XCH A; 4F69 A; 1CG8 A; 2MGF A; 3FH9 B; 2HBC A; 1LFL B; 1IWH A; 1NPG A; 3K3U A; 3BJ1 A; 1GVH A; 3ZJP A; 1C40 B; 1SWM A; 3OO4 A; 5EE4 D; 3UGZ A; 2DN2 A; 1YEN B; 1JP6 A; 5CN6 A; 1VXB A; 1DKE B; 1MNH A; 2FRI X; 3LQD A; 3VRF B; 1CP5 A; 2GTL D; 3A0G B; 4MQI B; 3A59 B; 2ZSP A; 1IDR A; 3LR7 A; 3WCT B; 3PT7 B; 2G0V A; 1LUE A; 1O1P A; 1JZL A; 4ZVB A; 1G08 A; 2QFK A; 1YEV A; 1BIN A; 1YE2 B; 2GTL A; 1NQP A; 1J3Y A; 4WJG A; 1QXD A; 1GDL A; 2ZS1 B; 6HBW A; 3S65 A; 1NWN A; 3QJD A; 2H35 B; 3GYS B; 1J7W B; 2VEB A; 3OO5 B; 4YU3 B; 1YE0 A; 1MGN A; 2LH6 A; 5HLX A; 2SPL A; 1LFT B; 3WCP A; 1VXD A; 3WCW C; 1IBE A; 1HDA A; 1H97 A; 1YEU A; 1UVX A; 2O5B X; 2ZT3 A; 2R4Z A; 1YGF B; 1QPW B; 3S66 B; 1A0U A; 3E5O A; 4NI1 A; 1SI4 A; 2LH1 A; 3UHD A; 2M6Z A; 1OBM A; 3A9M A; 3NMM B; 2D5Z B; 1MOA A; 1YIE A; 1V4U B; 1XZ5 A; 1HBI A; 1N9F A; 4N8T B; 1JPB A; 4F68 A; 4UUR A; 1MYZ A; 1U7S A; 4MQK B; 1DXV A; 2W72 B; 3HF4 A; 3SDN A; 4TYX A; 1A4F B; 3W4U B; 1Y5J A; 5CN4 A; 1WLA A; 5EE4 C; 3ZJN A; 2QSS A; 2SPN A; 1XZV A; 2MGB A; 2VLX A; 3UHI A; 2W6W A; 1A00 B; 2RAO A; 2HZ1 A; 4ROM A; 1BZP A; 1CIK A; 1EW6 A; 2GTL C; 1MTI A; 2BWH A; 1BBB B; 2G3H A; 1Y4Q B; 1A6K A; 1NXF A; 2D60 B; 1O1K B; 2Z6N A; 3UHZ A; 1Y4B A; 4NK2 A; 1X46 A; 1BVD A; 1UX9 A; 4DWU A; 4HSW A; 3UHN A; 2FAL A; 1FCS A; 4ILZ A; 2SPM A; 1Y4F A; 3UHC A; 2MGI A; 3BOM A; 3PI9 A; 4O2G A; 1YFF B; 1YVQ A; 1GDI A; 3HHB B; 1YGD B; 1ABY B; 5CNF A; 2AV3 A; 5CNC A; 4IRO A; 1CH1 A; 2ZSR A; 1NS6 B; 5KER A; 2W6Y A; 2W6X A; 1MYM A; 4FH6 A; 5B84 A; 1LH2 A; 1CH7 A; 1NIH B; 3UI0 A; 4DC8 A; 2MGJ A; 3UHS A; 1HBB A; 1Y7C A; 1HDS B; 5E6E B; 5CN7 A; 2AUO A; 3G4Y A; 4ROL B; 4C0N A; 5KKK A; 1CH5 A; 1JDO A; 1X3K A; 2EKU A; 1OUU A; 1Y8I A; 1HBR B; 1H1X A; 1YHU C; 1MLM A; 3HC9 A; 1COH A; 3WCV D; 1FN3 B; 1BIJ B; 2BLI A; 1MNJ A; 3P5Q B; 3PIA B; 1MYI A; 1YHE B; 1O1M B; 1GCW A; 1O1J A; 1SDL B; 1GBU B; 4HBI A; 4NK1 A; 4NI0 A; 1A9W E; 3QM8 A; 1DWR A; 1DWS A; 2QMB A; 5D5R A; 2LH3 A; 3WCV A; 4FWZ A; 106M A; 1YIH A; 4HRR A; 1RPS B; 2D2M D; 2HZ3 A; 4HHB B; 2V1E A; 2D6C A; 2ZSZ A; 1Y4V B; 1Y0C A; 1LH6 A; 1HGA A; 4MQH A; 2PEG B; 1Y2Z A; 5HY8 B; 2HBE A; 2Z85 A; 1PBX B; 3OK5 A; 1S0H A; 1Y7G A; 3UHE A; 2D2M A; 1HCO B; 3VRE A; 1M6M A; 1FSX A; 4G51 B; 1MWB A; 1BAB B; 1O1O B; 2GRF A; 1B0B A; 2G0X A; 1SPE A; 1V07 A; 2HHD A; 2O5Q X; 2RI4 B; 1R1Y A; 1RVW B; 1MOH A; 3GQG B; 4YU4 B; 2ZLX A; 2QSP A; 1HAB B; 3ECX A; 2FRK X; 3ZJJ A; 1HDB A; 4OF9 A; 1LFZ A; 1THB A; 1YCB A; 5KDQ A; 2DN1 A; 4TWU A; 1Y8W B; 1SHR A; 3HEN A; 3NL7 B; 1MLH A; 1Y8H A; 1YVT B; 1L2K A; 2DHB B; 2XKI A; 2HCO B; 1Y83 B; 3IC2 A; 3NML A; 1XQ5 B; 3SDH A; 3QJC B; 2AA1 B; 3OZU A; 2YRS B; 4ODC B; 1CP0 A; 3MJP A; 3FH9 A; 3AQ7 A; 3HRW B; 1XZU B; 3DHT B; 3ZJR A; 1LFL A; 1YCA A; 3ZJI A; 2QLS A; 2ZLV A; 2EVK A; 3QJE B; 3G4Q A; 2EF2 A; 3ODQ B; 2IN4 A; 3G4R A; 1G0B B; 1Y5K B; 4FC3 B; 1A6M A; 3G4V A; 3NG6 B; 3UHK A; 1X9F C; 1NAZ A; 5EUI B; 1LJW B; 1ASH A; 1YEN A; 3LB4 A; 3SZK B; 1YH9 B; 1DXU B; 2HZ2 A; 1GBV B; 1MBI A; 1GCV A; 3ARJ A; 1OUT B; 3VRF A; 1Y5F A; 3A0G A; 1HBH A; 4O1T A; 1KD2 B; 1YHR B; 112M A; 2V1F A; 2G14 A; 1XZ4 A; 1VXH A; 4L7Y B; 3IC0 B; 4G1V A; 3B75 B; 4HRT B; 1G09 B; 4N7P B; 5CN9 A; 1DXT B; 1RQ3 B; 1MLU A; 4N7N A; 1Y22 B; 3LB1 A; 2VYY A; 1JW8 A; 1IRD A; 2BNL A; 5HU6 B; 1Y7Z A; 1M6C A; 1XZ2 B; 3D7O B; 1MBD A; 2G0R A; 1YMC A; 2VYW A; 2VRY A; 1ABW B; 2MGA A; 4FH7 A; 1J7Y B; 4UIQ A; 5AZQ A; 4FWX A; 4YU3 A; 1LHT A; 5ILM A; 1Y4P A; 3VHB A; 3AG0 A; 3FS4 B; 2VM0 A; 4GZG A; 4ZVA A; 3UHB A; 1MNO A; 1QSI B; 2NRM A; 1GJN A; 1C7B B; 2MYC A; 4N7O B; 4O4T A; 1Y85 B; 2MYB A; 1OR4 A; 3QM9 A; 5JDO F; 3NMM A; 2QRW A; 4KN3 A; 3BJ2 B; 1VXG A; 1O1N B; 1A3N B; 3K8B B; 1UMO A; 1FHJ B; 3ZJM A; 4NXA A; 3QM6 A; 2W72 A; 5JDO E; 3WCW D; 1A4F A; 2HHB B; 3NFE B; 5E83 B; 1A6G A; 1MBC A; 1SPG B; 4MQC B; 2AUP A; 1MLG A; 3G4U A; 1A00 A; 2G0S A; 2DN3 A; 3AT5 B; 1YG5 A; 4DWT A; 1SDK B; 3E4N A; 4PNJ A; 1XYE B; 2R4W A; 1BBB A; 3S48 C; 3WCW A; 2ZS1 C; 3PI8 B; 3CY5 A; 1OFK A; 3PI4 A; 1A0Z B; 4OOD A; 1Y0T B; 1CLS A; 1YFF A; 1Y0A A; 1J41 B; 3D17 A; 1BZR A; 2Z8A A; 3A5A A; 2GDM A; 3MKB B; 1MNK A; 1HV4 B; 1Y01 B; 2VEE A; 3GOU A; 1S61 A; 2ZLU B; 4F6B A; 1J7S B; 4M4A B; 4VHB A; 1NIH A; 1T1N B; 1HBA A; 1HDS A; 1YEO B; 5E6E A; 5EQM A; 4B4Y A; 3DHR B; 1S5Y B; 5HLU A; 1QSH B; 3ED9 A; 3UH6 A; 1K0Y B; 2W72 C; 2V1I A; 3GKV A; 1MCY A; 3ZOL A; 2ZFO B; 1HBR A; 2HBF B; 1YMB A; 3PI3 A; 5CNG A; 5ILE A; 1I3D A; 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3OO4 B; 3DHT A; 3WFW A; 1F5O A; 3UHH A; 1XY0 A; 2ZS0 D; 3QJE A; 1AJ9 B; 3EDA A; 2MGL A; 3ODQ A; 4MAX A; 2MHB B; 3KUO A; 1VXF A; 1EMY A; 1F65 A; 1W92 A; 3WTG A; 5EUI A; 2D2N B; 4PQC A; 2ZSQ A; 3SZK A; 1DXU A; 4F6G A; 1MYH A; 3ZOM A; 4X0L B; 2LH5 A; 3EU1 B; 1DTI A; 2ZS0 A; 1OUT A; 5EYJ A; 105M A; 1K1K A; 3G53 A; 3WFX A; 1O1P B; 1R1X A; 3WFT A; 4MXL A; 3R0G A; 3GLN A; 1Y46 A; 1YEV B; 3GQR B; 1OR6 A; 2OH9 A; 3IC0 A; 1NQP B; 1VHB A; 1MLO A; 1MNI A; 2GRH A; 3BJ3 A; 2MYE A; 1QXD B; 1DXT A; 1RQ3 A; 1XZ7 A; 3H57 A; 6HBW B; 4JAC A; 1Y22 A; 5B85 A; 1CH3 A; 1XZ2 A; 2G10 A; 1X9F D; 3D7O A; 1MLK A; 1IBE B; 1ABW A; 1B86 B; 4B3W A; 1DM1 A; 1YEU B; 4M4B A; 3D1K B; 1A3O A; 1QI8 A; 1XXT B; 2ZLT B; 2VYZ A; 1CG5 A; 3FS4 A; 1GZX B; 2C0K A; 4NI1 B; 1SI4 B; 1D8U A; 2GKM A; 1X9F A; 1BUW A; 3ASE A; 1UIW A; 1MOC A; 1QSI A; 1C7D B; 5CN8 A; 4PQ6 A; 2QU0 B; 2BMM A; 1YIE B; 4N7O A; 3GQP B; 2MYD A; 4F6D A; 3EDB A; 3QMA A; 3DUT B; 1HJT A; 1I3E A; 1A01 B; 1JF3 A; 1JZK A; 2NX0 A; 3UH3 A; 3EOK A; 2B7H A; 4UZV A; 4H07 A; 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