The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
146
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structure length |
146
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Chain Sequence |
VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKQFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human Hemoglobin D Los Angeles: crystal structure
rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin subunit alpha
|
| molecule tags |
Transport protein, oxygen binding
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| total genus |
58
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| structure length |
146
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| sequence length |
146
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| chains with identical sequence |
D, K, O
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K0Y A; 1XY0 B; 110M A; 2ZT3 A; 4UZV A; 1CQX A; 1N9X A; 3AG0 A; 1QI8 B; 2D2N B; 1R1Y B; 4MBA A; 3D17 B; 5AB8 A; 2MHB A; 4MQH B; 3ZJO A; 3M3B A; 4AVE A; 1Y5F A; 3HYU B; 3R5I A; 4MQG A; 3UHK A; 1Y7D A; 1GBU A; 5EQM A; 1MYT A; 2Z6T A; 2R4Z A; 3LB2 A; 2ZS0 A; 3CIU A; 1LJW B; 3UHY A; 1V4X A; 2ZT1 A; 3GQR A; 2MYD A; 2PGH B; 1YE0 A; 1Y4Q B; 1C7D B; 3WCT A; 3UH7 A; 5CN9 A; 2MGG A; 3TLD A; 6HBW A; 3DR9 A; 5KDQ A; 1MLH A; 2M6Z A; 1S0H A; 2VEE A; 1I3D A; 1Y4B A; 4MQI A; 1DWR A; 1G0B A; 1GLI B; 1V75 B; 1MWC A; 4NI1 B; 2AUR A; 2KSC A; 5JGG A; 1JEB A; 1O16 A; 1QSH A; 1NS9 A; 2EF2 A; 2W6X A; 2H8D B; 1LHS A; 3WCU D; 1J7S B; 3HHB B; 2HBS A; 5E83 A; 4H2L A; 3AT5 B; 1YFF A; 2QFN A; 2HBF A; 1H97 A; 2D2N C; 3LR9 A; 4SDH A; 4M4A A; 4F6B A; 1V4W B; 2G0V A; 3GYS A; 3A9M A; 3RJ6 A; 1Y01 B; 3AQ7 A; 5ILE A; 2GL3 A; 3NFE B; 1Y8H A; 3WCV D; 2G10 A; 1HBS A; 3EU1 B; 4O35 A; 4MPM A; 2Z6N A; 2G0R A; 2ZLV A; 3G4U A; 3A59 A; 1YMA A; 1BZ1 B; 1ABY A; 1Y5K B; 3ONZ A; 5CN8 A; 1IRD A; 1R1X B; 3ZOL A; 1NWI A; 1Z8U B; 3UI0 A; 1VXD A; 1MOD A; 2R80 A; 1O1K A; 1SDL B; 2WTG A; 2MGI A; 1G09 A; 1K0Y B; 2FRK X; 5ILR A; 1YGF A; 3IC0 A; 5HLQ A; 3GQP A; 1NGK A; 3WCP A; 4VHB A; 2GRH A; 4ROM A; 2MHB B; 1MYZ A; 1Y5F B; 4WCH D; 2VLY A; 3V2Z A; 2LH7 A; 5EU2 A; 3R5I B; 4MQG B; 1MNH A; 1Y7D B; 1GBU B; 3UHV A; 1O1O A; 2ZS0 B; 3CIU B; 1B0B A; 1V4X B; 3GQR B; 3BOM A; 3S1J A; 3ZJL A; 1YE0 B; 3BJ3 A; 4NS2 A; 3KMF C; 4N8T A; 3WCT B; 2BLJ M; 3S1I A; 1JL6 A; 6HBW B; 1NS6 A; 4UUR A; 3HC9 A; 3UHC A; 5KDQ B; 1S0H B; 1Y4B B; 4MQI B; 1YIH A; 1G0B B; 1YHU A; 1HBG A; 3OVU C; 3PIA A; 2O5S X; 3NML A; 1FLP A; 1HBH A; 3ZJH A; 5JGG B; 1JEB B; 1QSH B; 1S56 A; 1NS9 B; 1Y4R A; 1DO4 A; 1MLM A; 1RQ3 A; 2MYA A; 2HBS B; 1GDK A; 4H2L B; 2MGB A; 1YFF B; 2ZT2 A; 2XKI A; 3PT8 A; 2HBF B; 2VHB A; 1XZ7 A; 3LQD A; 4M4A B; 1DO1 A; 1HGB A; 3GYS B; 3HRW A; 2NX0 A; 1HCO A; 1YHE A; 2MGJ A; 1DUO A; 101M A; 1FDH G; 1Y8H B; 1THB A; 4HSW A; 1HBS B; 3OO5 A; 4O1T A; 2ZS0 C; 1EBT A; 1O1I A; 1BAB A; 1O1J A; 1XCH A; 2Z6N B; 1VWT A; 2ZLV B; 2DN3 A; 2B7H A; 2DN1 A; 1JDO A; 3A59 B; 3WCT C; 1EMY A; 1O1L A; 1ABY B; 3ONZ B; 2OH9 A; 1Y46 A; 1O1M B; 1MYF A; 3PEL A; 2R80 B; 1CH2 A; 1FN3 A; 2ZSX A; 1O1K B; 2W72 A; 3VRE A; 1CH9 A; 1G09 B; 1YEO A; 2QSS A; 1YGF B; 2W6V A; 5MBN A; 103M A; 1LTW A; 1M6M A; 3GQP B; 3WCP B; 2O58 X; 4ROM B; 1F65 A; 3QJB A; 2NSR A; 3WCW D; 1Y85 A; 1CH5 A; 1Y0W A; 1S5X B; 2RAO A; 5CNG A; 1RSE A; 2O5B X; 4HRR A; 4FC3 A; 1O1O B; 3IA3 B; 3VHB A; 2HCO A; 2ZT0 A; 5EUI A; 1MDN A; 1QPW A; 4DC7 A; 1F5P A; 1FDH A; 1ASH A; 3BOM B; 3BJ3 B; 4N8T B; 3GKT A; 4ODC A; 3TM9 A; 4C44 A; 3ED9 A; 2HZ1 A; 1GDI A; 1MLO A; 1IWH A; 2WTH A; 1N9I A; 1NS6 B; 112M A; 3SDH A; 1YIH B; 1YHU B; 5ILM A; 2DN2 A; 2OH8 A; 1HBH B; 1HV4 A; 2D2M D; 1Y4R B; 2BW9 M; 3BA2 A; 2FRJ X; 2R4Y A; 4NXC A; 1RQ3 B; 2W31 A; 2BNL A; 4JAC A; 1DLY A; 4MAX A; 3PT8 B; 1XZ7 B; 3LQD B; 1MNK A; 3PI3 A; 1BZ0 A; 2DHB A; 2QLS A; 2BLI A; 1HGB B; 2D6C A; 3HRW B; 1LA6 B; 1Y7C A; 2BK9 A; 3AT6 A; 1HCO B; 1YHE B; 4MQJ A; 5EV5 A; 3SDN A; 1THB B; 4B3W A; 3OO5 B; 3ECL A; 5JOM A; 1O1I B; 1BAB B; 1O1J B; 4HRT A; 1DTM A; 1VWT B; 2V1K A; 5E29 A; 2DN3 B; 2B7H B; 4F69 A; 2DN1 B; 1BZP A; 1ECD A; 1OR6 A; 4C0N A; 2CMM A; 1O1L B; 1RTE A; 1Y46 B; 3OZV A; 2G0Z A; 1GDL A; 1DWT A; 3PEL B; 1FN3 B; 2ZSO A; 2W72 B; 3VRE B; 1YEO B; 3BJ2 A; 2QSS B; 1JF3 A; 2W6V B; 3M38 A; 1YHU C; 3UGY A; 1MYI A; 1A6K A; 2G12 A; 2GLN A; 4MXK A; 4MXL A; 111M A; 3QJB B; 1MLL A; 1HSY A; 2ZFO D; 1Y7Z A; 3UHB A; 1MBN A; 1Y85 B; 5CN7 A; 1Y0W B; 3UHH A; 2RAO B; 2E2Y A; 4HRR B; 4FC3 B; 4N7O A; 2HCO B; 2O5M X; 3UH3 A; 5EUI B; 1QPW B; 4QAU A; 5JDO D; 1Y8I A; 1MZ0 A; 2ZSY A; 3OZU A; 1A3N A; 1HLB A; 4ODC B; 1TES A; 1IWH B; 3G4V A; 1Y83 A; 1NZ4 A; 2YRS A; 3IXF A; 3H57 A; 2HHE A; 4NXA A; 2DN2 B; 2G14 A; 1V4U A; 5D1V A; 3ZJS A; 1HV4 B; 3MYM A; 1X9F D; 2ZFB A; 2W72 C; 3NFE A; 1NZ3 A; 1O1N A; 1UC3 A; 1MOH A; 3G4W A; 4PNJ A; 3NMM A; 1JPB A; 2ZS1 D; 3VAU A; 1LH6 A; 1A9W A; 4GZG A; 1BZ0 B; 2DHB B; 4G1V A; 1IDR A; 2SPM A; 1Y7C B; 3AT6 B; 1BBB A; 4U8U D; 1MCY A; 1V07 A; 2SPL A; 4MQJ B; 3BJ1 A; 2ZLU A; 1DXV A; 4HRT B; 1GJN A; 3EDA A; 1HBA A; 3EOK A; 2ZT4 A; 4G1B A; 1CO8 A; 1CO9 A; 4OOD A; 5E29 B; 1VXA A; 3DHT A; 1DUK A; 2OIF A; 2AV3 A; 3OGB A; 3UH6 A; 1CP0 A; 2H35 A; 1HAB A; 1VXC A; 107M A; 1CG5 A; 1WLA A; 1J52 A; 1YG5 A; 3A5G A; 4F68 A; 3BJ2 B; 1JW8 A; 3ZJQ A; 3ZJI A; 4PQB A; 1DO3 A; 1SWM A; 1GDJ A; 4IT8 A; 1HAC A; 3S48 C; 2QFK A; 3UHN A; 4AVD A; 1Y7Z B; 1T1N A; 2G11 A; 3EDB A; 2V1H A; 3PT7 A; 1HJT A; 1YEV A; 1MBC A; 1A4F A; 4N7O B; 3UHT A; 2GTL A; 4ZVB A; 1XZ4 B; 1D8U A; 2IG3 A; 3CY5 B; 4F6I A; 1MBD A; 3A5A A; 3MBA A; 1Y8I B; 3UHX A; 1A3N B; 1MLG A; 1UT0 A; 2Z85 A; 4F4O A; 2R1H A; 1LH7 A; 1BJE A; 2V1F A; 1Y83 B; 2YRS B; 2HHE B; 3ZJR A; 2MB5 A; 5IKS A; 4PQC A; 1QXD A; 4WJG A; 1V4U B; 2O5L X; 4HHB A; 5CNF A; 1DTI A; 1MYH A; 2LH6 A; 1QSI A; 2XKH A; 2ZFB B; 1Y0T B; 3PI4 A; 1C7B A; 1UX9 A; 1EWA A; 1O1N B; 1DWS A; 1Y8K A; 1A6G A; 3NMM B; 2MGL A; 2V1J A; 1RQA A; 1XZ2 A; 3ECX A; 3SZK A; 2G3H A; 1VXB A; 3RGK A; 1BBB B; 1IRC A; 1LFL A; 3WFT A; 1O1M A; 2GNW A; 3BJ1 B; 2ZLU B; 1DXV B; 1OUT A; 3OO4 A; 1CH1 A; 3QMA A; 1HBA B; 3EOK B; 1C7C A; 4TWV A; 1YEN A; 3DHT B; 3QM5 A; 4BJA A; 1JZK A; 1OBM A; 3WR1 A; 1FSL A; 1Y0D A; 2QMB A; 5HAV A; 1YE2 A; 2H35 B; 1HAB B; 1MNJ A; 1CG5 B; 1S5X A; 1YZI A; 1XYE A; 3NL7 A; 1MKO A; 1MNI A; 1NIH A; 1YG5 B; 1OFJ A; 1ABS A; 1CMY A; 3LB3 A; 2QSP A; 2ZSS A; 1HAC B; 3DHR A; 1T1N B; 1LFY A; 3PT7 B; 1YEV B; 1YEQ A; 1JWN A; 1YIE A; 1A4F B; 1IT3 A; 1URV A; 2GTL B; 4FH6 A; 3V2V A; 1JY7 A; 1JZL A; 1FHJ A; 3LR7 A; 1CLS A; 2MGC A; 3U3E A; 2GNV A; 4F4O B; 3B75 A; 1YOG A; 2R1H B; 5HBI A; 2MGH A; 1MYM A; 1G0A A; 4O4T A; 1Y4P A; 3K3U A; 2MYB A; 5KKK A; 1W92 A; 1QXD B; 1LA6 A; 1RQ4 A; 1VHB A; 4HHB B; 1SPG A; 3O7N A; 1QXE A; 1QSI B; 1Y0A A; 1Y8W A; 1C7B B; 3WCU A; 1S6A A; 1YCA A; 2ZSP A; 3A5B A; 1Y8K B; 1FSX A; 1RQA B; 3GOU A; 1XZ2 B; 4TYX A; 2DXM A; 3UHG A; 1YOI A; 3SZK B; 1ITH A; 2HZ2 A; 2LH3 A; 3D4X A; 4KMV A; 1LFL B; 4MQK A; 3ZJJ A; 3FS4 A; 1K1K A; 1OUT B; 3WCV A; 1DXD A; 3OO4 B; 1HGC A; 7HBI A; 2GTL C; 2HBE A; 1CH4 A; 1YEU A; 1LH5 A; 1DKE A; 2IN4 A; 1C7C B; 1N9H A; 1UMO A; 5CNE A; 1CIK A; 1YEN B; 1A0Z A; 3OJ1 A; 2FRF A; 3ARL A; 3WR1 B; 1SDK A; 1Y0D B; 2QMB B; 1ABW A; 1YMC A; 2GDM A; 1EW6 A; 1IT2 A; 1YE2 B; 3S66 A; 3R0G A; 1YZI B; 1XYE B; 3NL7 B; 1MKO B; 1NIH B; 3QJE A; 1CBM A; 5KER A; 1MLN A; 1NPG A; 1BIN A; 1HDB A; 1CMY B; 3OZW A; 3PI1 A; 5HLX A; 1LFV A; 2QSP B; 2BKM A; 3VRG A; 2MYC A; 1RVW A; 3DHR B; 1LFY B; 2VYW A; 4H0B A; 1YEQ B; 1YIE B; 3UHI A; 1J3F A; 2O5T X; 1MBI A; 1Y0C A; 1JY7 B; 1A9W E; 4XS0 A; 3LB1 A; 3G4R A; 2MGE A; 1SPE A; 5CND A; 1FHJ B; 1X3K A; 1YH9 A; 4F6D A; 1SI4 A; 1CLS B; 4ILZ A; 1A01 A; 2VEB A; 3B75 B; 4ZVA A; 3KUN A; 2ZLT A; 3G4Q A; 2DC3 A; 1G0A B; 1KD2 A; 3G4Y A; 5F0B A; 3HEN A; 3ZJP A; 1Y4P B; 2EVK A; 1YGD A; 5ILP A; 5C6E A; 2BLH A; 4KMW A; 1IBE A; 1RQ4 B; 4DC8 A; 3HF4 A; 1SPG B; 1QXE B; 2ZSQ A; 1Y0A B; 1LFT A; 1Y8W B; 1LHT A; 3DUT B; 3WCU B; 5SW7 A; 5MBA A; 1MBA A; 1FSX B; 102M A; 4FWZ A; 1NWN A; 3GOU B; 2O5Q X; 1GBV A; 3ZH0 A; 2DXM B; 1UIW A; 105M A; 3MJP A; 5CMV A; 1A0U A; 1LFZ A; 3D4X B; 3ZJN A; 1XQ5 B; 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5SW7 B; 1YCB A; 1CP5 A; 1Y31 A; 3VRF A; 1SHR A; 3ASE A; 4KN3 A; 1GBV B; 1MYG A; 1NQP A; 2D60 A; 1UIW B; 1MBO A; 3ARK A; 2LHB A; 1S69 A; 3MJP B; 1KFR A; 1A0U B; 1LFZ B; 1Y22 B; 1Y09 A; 1J7Y B; 1XZ5 B; 4ROL A; 1G08 A; 1BZ6 A; 2EB9 A; 3KUO A; 1A6N A; 3GQG B; 1NAZ A; 1LUE A; 3WTG A; 1YDZ A; 1YVQ B; 1EBC A; 3NG6 A; 2V1G A; 3S65 B; 5CHQ A; 3QJC B; 2H8F B; 1GZX B; 1FAW B; 4M4B B; 1GCV B; 3LB4 A; 4DWU A; 2BWH A; 3BCQ B; 4N7N A; 2RI4 B; 3UH5 A; 3AQ9 A; 1MWD A; 1S5Y A; 1YHU D; 2OHB A; 1NXF A; 3D1K A; 3M3A A; 2HBC A; 5E6E A; 5HU6 A; 4OF9 A; 1S61 A; 1Y45 A; 4X0L B; 3HXN B; 1HLM A; 3OK5 A; 1JP8 A; 1Y35 A; 2G0S A; 1VXH A; 2ZFO A; 1J3Z A; 1NEJ B; 3WCW B; 1GVH A; 1MNO A; 1Y4F A; 5HY8 B; 4L7Y A; 3E5I A; 4YU4 A; 1BUW A; 1COH B; 1AJ9 B; 1DXC A; 2AA1 A; 2W6Y A; 1UVX A; 3ECZ A; 1HDA B; 2JHO A; 3D1A B; 2MGF A; 4HBI A; 3D7O B; 3MOU A; 2VYZ A; 4H07 A; 3P5Q B; 5B84 A; 1VXF A; 3QJD B; 1Y2Z A; 3QM9 A; 4YU3 B; 1HBB B; 2MGA A; 3GLN A; 1Y4V A; 2D2M B; 1X9F A; 2G0X A; 2EKU A; 1UVY A; 3PI9 A; 5F2A A; 2HHD A; 4ESA A; 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