The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
85
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structure length |
85
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Chain Sequence |
GSSGSSGEDKTITTLYVGGLGDTITETDLRNHFYQFGEIRTITVVQRQQCAFIQFATRQAAEVAAEKSFNKLIVNGRRLNVKWGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Solution structure of RNA binding domain in Pre-mRNA-splicing factor RBM22
rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor RBM22
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| total genus |
13
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| structure length |
85
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| sequence length |
85
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00076 | RRM_1 | RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WF0 A; 2XSF A; 2LEC A; 1U1M A; 1U6B A; 3DXB A; 3US5 A; 1QVF R; 4F02 A; 3EGZ A; 5LXY A; 4TU9 A; 3G8T A; 1R8H A; 2RU3 A; 1L3K A; 2XNR A; 2KM8 B; 2KXN B; 3I56 S; 2WBR A; 3OW2 R; 2CQ4 A; 2AYE A; 2HYI B; 1S72 S; 1URN A; 3HI9 A; 4YB1 P; 2DO0 A; 1M1K T; 1YJW S; 3S6E A; 1JJH A; 1S79 A; 2ADB A; 4BS2 A; 2YH0 A; 2X1F A; 5BJR A; 3IWN C; 1M90 T; 2DO4 A; 1ZZF A; 2YWK A; 1H2T Z; 2E44 A; 1U1Q A; 1M5P C; 2GHP A; 2KT5 A; 2HGM A; 1VQK S; 3RW6 A; 2CQP A; 2LA4 A; 1JJ2 R; 2ADC A; 5H1S V; 2ZJR Q; 2CQH A; 2BZ2 A; 3CCM S; 2MZS A; 4QQB A; 1FJ7 A; 1X0F A; 2DIV A; 2MKJ A; 2CPJ A; 2J0Q D; 3NNH A; 2JVO A; 3CCU S; 4IUF A; 2DNY A; 1PO6 A; 4IOC Q; 4EGL A; 2MST A; 2CQ1 A; 2L08 A; 2DNM A; 2CJK A; 1JMT A; 3CUN A; 1A9N B; 3U1M A; 3UD4 P; 3R1L A; 1G2E A; 1KOH A; 2MKH A; 2L41 A; 3G71 S; 5GAH U; 1AUD A; 3THP A; 3I55 S; 1RKJ A; 2DH8 A; 5MLC V; 1VBX A; 3VF0 B; 2OTL S; 3CC7 S; 2DNR A; 2KFY A; 3G6E S; 3VAK A; 2AYB A; 2MZJ A; 1Q86 T; 2HGL A; 3H2V E; 2KU7 A; 3UCG A; 3CCV S; 4LMZ A; 4WFN Q; 1QVG R; 2LEA A; 5LSO A; 1YHQ S; 1DHM A; 3CTR A; 1U6F A; 2KHC A; 1OPI A; 2MB0 B; 4QU7 A; 3CCL S; 1YJN S; 5IM0 A; 2RRA A; 1DZ5 A; 2MQQ A; 3THT A; 2GO9 A; 2JRS A; 4WFB Q; 3D2W A; 3P6Y C; 3R1H A; 4LIR A; 4LJM A; 2ERR A; 4U67 Q; 1D9A A; 1M5V C; 1HD0 A; 3TP2 A; 4TLQ A; 1FT8 A; 4TU7 A; 2J8A A; 3MUR P; 2KG0 A; 2MJU A; 2RT3 A; 2M7S A; 2X1A A; 3Q2T C; 2NLW A; 2CPZ A; 3MD3 A; 1R8P A; 4QPT A; 3BS9 A; 5LXR A; 2SXL A; 4WF9 Q; 4J5O A; 4C0O C; 1VBY A; 1HA1 A; 3VAH A; 1FNX H; 2PEH A; 3NS5 A; 2N7C A; 4P6Q A; 1UFW A; 2N3O A; 2MYF A; 2YKA A; 2MZR A; 2QEX S; 2I38 A; 2M4M A; 2RNE A; 4RU2 A; 1WG5 A; 2DNO A; 2DGT A; 3TYT A; 1ZZN A; 5CA5 A; 2KRB A; 3MD1 A; 3U1L A; 5GVQ A; 5CXT A; 2CQG A; 2QA4 S; 1Q81 T; 3MI7 X; 5GMK a; 2DGQ A; 2I2Y A; 3UE2 A; 2HVZ A; 1CVJ A; 2CQB A; 1SJ4 P; 5LJ5 Y; 1VQ8 S; 1VC0 A; 2HGN A; 2OTJ S; 2XS7 A; 4FXW A; 2CPI A; 3MXH P; 2YH1 A; 2MZ1 A; 1K73 T; 1SJR A; 2MPU A; 1VQN S; 2V94 A; 1WHV A; 3HHN B; 1U1O A; 2BOP A; 2CPX A; 2CQ3 A; 2MZT A; 5LJ3 Y; 1VQ6 S; 2CPH A; 3LQV A; 1H6K X; 3G9C A; 1VQ9 S; 1X4G A; 3CMA S; 2MQL A; 3NNA A; 4CQ1 A; 2KXF A; 1SJF A; 1U1N A; 2MZQ A; 2MKI A; 2RS2 A; 3S7R A; 4UQT A; 1YIJ S; 1BY9 A; 5JVG Q; 1X5T A; 2EK6 A; 3P3D A; 4ERD A; 2J0S D; 2EVZ A; 4PRF A; 2ZJP Q; 1KQS R; 2DGV A; 3CME S; 1H2U X; 5DM7 Q; 1K8A T; 3B4D A; 2K3K A; 5GAE U; 1F9F A; 1FHT A; 2M9K A; 2OSR A; 1WTB A; 4V19 X; 4PKD B; 3CC4 S; 4WII A; 1X4D A; 2KYX A; 4WCE Q; 2CPD A; 4CH1 A; 2J76 E; 3UCZ P; 1VQ4 S; 3MOJ B; 5DDO C; 1SJ3 P; 2DNL A; 2MMY A; 4IO9 Q; 2MQO A; 1VQ5 S; 2M0G B; 5IFM A; 4UY8 T; 3VAF A; 2DNN A; 1VC5 A; 3B4M A; 2KM8 C; 3CCJ S; 1OIA A; 2M88 A; 3RW7 A; 2OSQ A; 4OZ0 A; 1K9M T; 1N88 A; 3V4M A; 2LQ5 A; 1VBZ A; 1M5O C; 1B7F A; 1W2B R; 1QM9 A; 2MGZ B; 1X5S A; 1DBD A; 2D3O R; 2MSS A; 1WG1 A; 2DNZ A; 3J7Z T; 1N54 B; 2ZJQ Q; 2LXU A; 3VAM A; 3CCR S; 2RVJ A; 3TO8 A; 3NS6 A; 2CPE A; 1X4C A; 4FXV A; 2XNQ A; 1VQP S; 3Q2S C; 3G8S A; 3FEX B; 2XS5 A; 2DK2 A; 2UP1 A; 2LMI A; 3DLL Q; 3K0J A; 3BO2 A; 1WEZ A; 2DHA A; 2B0G A; 4WFA Q; 1Q7Y T; 2DGO A; 5GAG U; 2MXY A; 1KC8 T; 2CQI A; 1YI2 S; 2MKK A; 1PGZ A; 1WF2 A; 2E5H A; 1UW4 A; 2E5G A; 2CQC A; 1A7G E; 2E5I A; 3UWT A; 2MQN A; 2O3D A; 1WEY A; 2U2F A; 1U1L A; 4C7Q A; 4C4W A; 1WHY A; 5DDR C; 2D9O A; 3CUL A; 3S01 A; 1U1K A; 2KI2 A; 3BO3 A; 2RQC A; 1FJC A; 1VQO S; 2DNK A; 1WI6 A; 2AD9 A; 2DB1 A; 2CPY A; 1P1T A; 2M52 A; 2DHS A; 4PR6 A; 2DNQ A; 1VQM S; 2LYV A; 2KVI A; 5CYJ A; 2M8D B; 3R27 A; 1M5K C; 3LPY A; 5EN1 A; 1UP1 A; 3CXC R; 2DH7 A; 2FHO B; 4OZ1 A; 1WWH A; 1YWX A; 3SXL A; 2KG1 A; 1Q82 T; 1FJE B; 2KH9 A; 3SDE B; 1N8R T; 3PIP Q; 1YTY A; 2D9P A; 1SXL A; 3MDF A; 1X4E A; 2DH9 A; 2YTC A; 2XB2 D; 2M8H A; 3CD6 S; 2DNP A; 4YOE A; 1X4B A; 1NJI T; 3NMR A; 3UD3 P; 3P49 B; 2LKZ A; 2MY7 A; 2PE8 A; 2NZ4 A; 4W92 B; 1ZH5 A; 2LEB A; 4IOA Q; 2MKC A; 1X4A A; 2M2B A; 1VQ7 S; 3CCS S; 2CPF A; 2AYM A; 2F9J A; 2MQM A; 2HZC A; 1U2F A; 1X4H A; 1XN9 A; 2VOP A; 1OO0 B; 4Z2X A; 3VAG A; 3CF5 Q; 3CCQ S; 1WEL A; 2DNH A; 3ZZZ A; 5D77 A; 2G1D A; 2DNG A; 1YIT S; 1HL6 A; 3L3C A; 2RS8 A; 3SMZ A; 3EX7 B; 2OIH A; 5IQQ A; 2RQ4 A; 1U1R A; 3IRW P; 3CPW R; 1VQL S; 4M5D B; 3G4S S; 2FC8 A; 1U1P A; 3JB9 k; 3G96 A; 2MGZ A; 1WG4 A; 2L9W A; 3PIO Q; 5D78 A; 2VOO A; 2N82 B; 5DDP C; 3VAI A; 3P5T L; 2DIS A; 2MKS A; 3UCU P; 1WI8 A; 1D8Z A; 1WF1 A; 5DDQ C; 4W90 B; 2MJN A; 3VAJ A; 2XS2 A; 2DGS A; 1KOO A; 2CQ0 A; 2EK1 A; 2DGU A; 2KN4 A; 2LXI A; 4ZKA A; 2K8G A; 1WHW A; 3ZZY A; 3H2U B; 1KD1 T; 2DHX A; 3MUV P; 5ITH A; 3CC2 S; 2RRB A; 2AYG A; 1HD1 A; 3ULH A; 1FXL A; 4QU6 A; 3J7Y U; 2JVR A; 2JWN A; 5JVH Q; 1IQT A; 4ED5 A; 3BO4 A; 2LA6 A; 2FPH X; 1X5P A; 5HO4 A; 1N52 B; 2F3J A; 2G0C A; 2FY1 A; 2G4B A; 2JX2 A; 2X1B A; 1JJ4 A; 1X4F A; 3CCE S; 4CH0 S; 4WKR A; 1P27 B; 3N9U C; 2CQD A; 2DGW A; 2U1A A; 5FJ4 A; 3FEY B; 1O0P A; 4A8X A; 1RK8 A; 2LCW A; 1SJQ A; 2M70 A; 1DRZ A; 3VAL A; 3NNC A; 2X1G A; 3S8S A; 2A3J A; 3MUM P; 4F25 A; 2MY8 A; 5DM6 Q; 2VOD A; 1OWX A; 5DET A; 2QFJ A; 2CQ2 A; 2FC9 A; 2F9D A; 4TU8 A; 2KRR A; 5HL7 Q; 2KXH A; 2Q79 A; 3SDE A; 1WEX A; 1FO1 A; 2MHN A; 1UAW A; 4CIO A; 1H2V Z; 1NO8 A; 2VON A; 1WHX A; 1X5O A; 2DGX A; 2DIT A; 4Y0F A; 3MUT P; 1VC6 A; 2N3L A; 2MQP A; 1YJ9 S; 2DHG A; 4Y00 A; 2DIU A; 2OJ3 A; 5IM0 B; 1NU4 A; 2RUG A; 4YUD A; 2E5J A; 4F26 A; 3BEG B; 3EGN A; 5GAD U; 5LSL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1U1M A; 1RT7 B; 3PO4 A; 2HS0 A; 2V2K A; 3M2R A; 4O4R A; 1M1H A; 1MMD A; 1SB6 A; 3M8Y A; 4Y28 C; 5KG4 A; 2HBY B; 3I9Z A; 5KFY A; 4C3K A; 3L7O A; 4HAC B; 1XNQ J; 4JI7 F; 2FLN A; 4JI3 J; 1LXJ A; 3OPK A; 2XMK A; 2KT3 A; 2K2P A; 3T1Y F; 2FTR A; 3BPS P; 1F2G A; 2AJ4 A; 3TZY A; 3QNW B; 2R8J A; 3QMQ A; 4PXB A; 5F8N A; 4RBU A; 3D0H E; 2IPO B; 1YJ7 A; 2A18 A; 4F0H A; 4KH0 B; 1Y5L B; 4I2Q A; 2ACY A; 3CJR A; 3THP A; 4OX9 F; 2P2C B; 2CJQ A; 2UVR A; 3P8B B; 3UDL A; 5EWE A; 2Q6C A; 2LEA A; 3M9O B; 3EGV A; 1NND A; 2LQ8 A; 3LWL A; 3MTK A; 2B5J A; 4I1T A; 1WKK A; 1V3Z A; 1EKS A; 3NWG A; 4CM2 A; 2V0N A; 2AEJ A; 3VTI A; 1FKP A; 1GEH A; 4KHP F; 1B99 A; 3SEO A; 4HR2 A; 4NXM F; 2IMW P; 3MWB A; 1Y4Z B; 1SL2 A; 1UKU A; 5L1K A; 1E6V A; 4FF3 A; 2G0I A; 2DGT A; 3QJP A; 3MD1 A; 3U1L A; 1Q81 T; 3GIL A; 2L9D A; 1DTT A; 2WTF A; 1XMQ F; 2CZ9 A; 1K73 T; 3D4J A; 1NRK A; 3PKY A; 3CWJ A; 5B0D A; 1YJT A; 2WSF C; 1U1O A; 1BLU A; 3W64 A; 4PQA A; 3A3P B; 4PWW A; 4YS2 A; 3OL7 A; 3QT8 A; 1SJF A; 1HWI A; 1N6Q A; 4O44 A; 2GQ2 A; 3RR7 A; 2PO4 A; 2J0S D; 2ZJP Q; 2NS1 B; 4IFV B; 3CW2 C; 4DV0 J; 5H9F J; 3ILJ A; 4AL5 A; 4V19 X; 4PKD B; 2ATC B; 3PY8 A; 3CJ3 A; 2J76 E; 1RTH B; 3LAL A; 4QWD A; 4IO9 Q; 3WHI A; 3NLC A; 3QRQ A; 4BC9 A; 1I1G A; 5CD4 A; 1IJE B; 3TA0 A; 4CLL A; 1F6T A; 2B4V A; 3VCD A; 1N88 A; 3VVT A; 4JOU A; 1XNR F; 2V50 A; 2MGZ B; 4M94 A; 1TAU A; 1OSC A; 3CJ4 A; 2D3O R; 2R2S A; 4RW9 A; 3T3F A; 3H2L A; 1WOP A; 3NS6 A; 3RB0 A; 3SCL E; 1JXL A; 5KT2 A; 3M8S A; 1HNI B; 3DM2 A; 2HG4 A; 2FYX A; 1TUW A; 3EUN A; 1PGZ A; 1WF2 A; 4DZ6 A; 2W2O P; 5KFA A; 1WHY A; 5KG3 A; 3A4T A; 3QAT A; 2C2D A; 2BM0 A; 4RW6 A; 3FSI A; 1BUX A; 1P6T A; 2P8I A; 5D4P A; 1J5E F; 3MPY A; 3ZZR A; 4USJ C; 2YNG A; 2YWF A; 3WDO A; 1BQN B; 2D9P A; 4YFU A; 3OFE A; 3KK1 A; 1S0V A; 1HNW F; 1HR0 J; 3DU6 A; 3H4B A; 5HAO A; 2Z2M A; 2E9T A; 2IHR 1; 2DD8 S; 1IKX B; 3CIZ A; 5KTQ A; 2MLZ A; 3FMW A; 1S5Z A; 3EM1 A; 2ZE2 B; 2XMT A; 3KXD A; 1PKU A; 2AJF E; 1XN9 A; 2W2M P; 3TJA A; 2RS8 A; 3NCR A; 1ZPV A; 4ZCI A; 1ZOT A; 2Y3Y A; 2DEI A; 3CPW R; 1VQL S; 3BGF A; 1FDN A; 2IVY A; 5DDP C; 2JZ5 A; 4WPA A; 2EFV A; 2FZC B; 2ASL A; 3ULH A; 2BMB A; 1RT2 B; 3M05 A; 2BBE A; 1DY3 A; 1X5P A; 2UU9 J; 2JX2 A; 1FA0 A; 1O0P A; 5AJ3 J; 3CJT A; 4B3M J; 2RF2 B; 2AT1 B; 3KYL A; 3DMJ B; 1AYE A; 1JLA A; 4DUT A; 1S6Q B; 4NRT A; 2A2D A; 3AFG A; 5D0G A; 5IQ6 A; 3R6L B; 4BHQ A; 4AUK A; 2LQB A; 4N7T A; 2VA2 A; 2R2U A; 2RUG A; 1ZBT A; 2ZVS A; 1I5O B; 4OMF G; 2CWX A; 3US5 A; 5M2P A; 1IKY B; 4DHV A; 2RD5 C; 3MR3 A; 1IBC B; 1IM6 A; 3N0V A; 4ZPC A; 2NSC A; 2KVQ E; 4AYB D; 4NOH A; 1S72 S; 1QTM A; 4DN9 A; 1U8W A; 1UL3 A; 4ZCK A; 2ZUG A; 5F41 A; 1YK9 A; 5HRO B; 2XZD B; 2VAS A; 2YH0 A; 3PKM A; 3OTE A; 2DO4 A; 3D0G E; 4URS A; 3ZXW A; 3KOA A; 1VQK S; 5CYQ B; 3B54 A; 3ONQ A; 3ILL A; 3OLA A; 2ZH2 A; 1WSR A; 4YR0 A; 2LQ9 A; 4PCQ A; 4X66 F; 4MH8 A; 2JOQ A; 3G82 B; 1MRO B; 5AXK A; 4UUW A; 2HHV A; 4X64 F; 1T03 B; 4JUZ A; 1VOM A; 1G2E A; 3G2X A; 4G1Q B; 2ABY A; 4GKJ J; 2WHO A; 4LVO P; 2YWG A; 2UVU A; 4QYZ J; 2XY6 A; 2RKI B; 3WZ0 A; 1FER A; 1IR1 A; 4X4Q A; 1TKX A; 4GVB A; 3CTR A; 2BKO A; 4E8U A; 2H5E A; 1FJG J; 4QU7 A; 4WFB Q; 4RKU C; 2FJX A; 4YN3 B; 1UVN A; 5DG7 A; 4GO7 X; 4K4W A; 1PJ5 A; 4LF2 A; 2E1A A; 4P2S A; 2R7W A; 1JKH A; 2OFH X; 4F50 A; 2N7C A; 2RHS B; 5IWA F; 1RDR A; 3CJ2 A; 1TK0 A; 3O3L A; 1NPP A; 5CA5 A; 3M4X A; 5SUH A; 1U24 A; 1AZS B; 3A3O B; 1RAC B; 1S1V A; 2YX4 A; 2HQF A; 2CQB A; 2YWH A; 4LSZ B; 3JSR A; 3EDQ B; 3SBM A; 1P8G A; 3L95 X; 5LM7 E; 3OR2 B; 3CMA S; 4MKV A; 1M5S A; 5T41 A; 1X60 A; 5CYM B; 1N34 F; 1IBM J; 4Q8E A; 1NKE A; 3PRV A; 2Q43 A; 3O2I A; 2YNI A; 4HEA 9; 3CC4 S; 2YNH B; 5HSP A; 3DRS B; 5AT1 B; 3LP2 B; 2YNF B; 1SJ3 P; 4U9R A; 2FLO A; 1FK9 B; 4NYO A; 4NCB A; 1FXR A; 3TAR A; 1DUR A; 4NX9 A; 2QE5 A; 5RUB A; 1JLC B; 2LQ5 A; 2UXB J; 1DBD A; 1LK5 A; 4W4M A; 3T9Z A; 2LXU A; 1RTI A; 2VIH A; 3CCR S; 1ITP A; 5L39 A; 3WQP A; 5K14 B; 2IYG A; 2KZM A; 3J80 U; 3GIR A; 2JEG A; 2VQF J; 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