The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGRLCKALYSFQARQDDELNLEKGDIVIIHEKKEEGWWFGSLNGKKGHFPAAYVEELPSNAGNTATKASGPSSG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of human Nostrin
rcsb |
| molecule keywords |
Nostrin
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein transport
|
| total genus |
7
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VA7 A; 3C0C A; 1G83 A; 4RTW A; 1PKT A; 2C0T A; 4LE9 A; 2JMA A; 5IXB A; 2CSQ A; 2KGT A; 4IIO A; 2CH4 W; 2O31 A; 4RTU A; 1BK2 A; 1GFC A; 1UHC A; 4HXJ A; 2CH4 A; 2FPF A; 4Z8A A; 4FSS A; 2KE9 A; 2DYB A; 3M0Q A; 2EKH A; 2ESW A; 3VS0 A; 1ZUU A; 4OMP A; 2DMO A; 2BZX A; 3M0S A; 1UTI A; 1WXU A; 2DM1 A; 2ENM A; 1PWT A; 2B86 A; 2CRE A; 2YUP A; 2AZS A; 4AG2 C; 1SSH A; 2K2M A; 4J9B A; 2SEM A; 2DBM A; 2FEI A; 4LUE A; 1ARK A; 1JQQ A; 1NYF A; 2VVK A; 2OAW A; 4CC4 B; 2KXD A; 2DE0 X; 2OJ2 A; 2LQW A; 1BBZ A; 1QWF A; 1B3Q A; 2PNI A; 4KRT A; 1UUE A; 1CKB A; 1RLP C; 2CUD A; 3CQT A; 1W70 A; 4DEY A; 3UA7 A; 1YWO A; 1AD5 A; 2KBT A; 4RTT A; 5IHN A; 1U3O A; 2KT1 A; 3VS4 A; 2O9S A; 1NLP C; 1WYX A; 4LN2 A; 2YSQ A; 4ORZ A; 1WIE A; 4F16 A; 1Z9Q A; 4F17 A; 1UG1 A; 2EYZ A; 1AOJ A; 1EFN A; 1TG0 A; 2ED0 A; 2EGC A; 1XOV A; 1KSW A; 4QT7 A; 2K79 A; 2KRS A; 3EG2 A; 4AFS C; 2DL7 A; 2X3X D; 2LP5 A; 5HCK A; 1HD3 A; 1WX6 A; 3H0I A; 4RTX A; 2F2W A; 3VS5 A; 2M51 A; 2DA9 A; 2ECZ A; 2K7A A; 2O2O A; 1YCS B; 1NLO C; 3VS2 A; 2JXB A; 1YN8 A; 2KNB B; 2J6K A; 4A63 B; 2DL3 A; 2LJ0 A; 2YUN A; 1K1Z A; 3RBB B; 1BU1 A; 4OMM A; 2HDA A; 1M3C A; 1PHT A; 2KEA A; 2DNU A; 2FG0 A; 4E6R A; 4D8K A; 1OOT A; 3TVT A; 2HSP A; 1VYU A; 3JV3 A; 2XMF A; 2MIO A; 2EPD A; 3UAT A; 3M0U A; 4OMN A; 1WLP B; 1NEG A; 1WXB A; 2A37 A; 2RPN A; 4AFZ C; 2O88 A; 2GTO A; 1CSK A; 3KFV A; 1RUW A; 3GBQ A; 1Y0M A; 1GRI A; 4M4Z A; 3EHQ A; 1ABQ A; 2LJ3 A; 1TUC A; 1NEB A; 2RMO A; 3EG0 A; 2EGA A; 1QKW A; 2CSI A; 4HCK A; 2RQR A; 2D8J A; 1HJD A; 1VYV A; 1OV3 A; 2MOX A; 2GNC A; 1K4U S; 1ZBJ A; 4OML A; 2EVR A; 2CDT A; 4Z88 A; 3THK A; 1UGV A; 3R6N A; 3PE0 A; 1X69 A; 3H0F A; 1TUD A; 2ROT A; 2RQU A; 3VRY A; 2V1R A; 2DBK A; 2YDL A; 1X27 A; 1JO8 A; 1X2Q A; 1JU5 C; 3M0R A; 1HSQ A; 3O5Z A; 1YWP A; 1BB9 A; 2DRM A; 4JPB W; 3SHW A; 2KT8 A; 4OMQ A; 2J6F A; 2YUQ A; 2BTT A; 4J9E A; 1QCF A; 1OPK A; 2G6F X; 1YNZ A; 3NPF A; 2IIM A; 2LMJ A; 2DL5 A; 1V1C A; 1FYN A; 4J9D A; 2KYM A; 1T3L A; 4JZ3 A; 2DF6 A; 4AFQ C; 4J9G A; 2LX7 A; 1AZG B; 1FMK A; 1LCK A; 1NYG A; 2LJ1 A; 1VYT A; 2D0N A; 2J06 A; 1WI7 A; 1GBR A; 4D8D A; 1X6B A; 4GBQ A; 3VS3 A; 2HCK A; 2CT4 A; 2ABL A; 3VS7 A; 1KFZ A; 1MUZ A; 1I0C A; 1UDL A; 2W10 A; 2AK5 A; 1OPL A; 1GFD A; 1PNJ A; 2E5K A; 2I0N A; 1E7O A; 4EIK A; 1K76 A; 2EQI A; 2JS0 A; 4K11 A; 3EG1 A; 3ZL7 C; 2JMC A; 1OEB A; 3VS1 A; 2FPE A; 1ZLM A; 1J3T A; 2KR3 A; 2ROL A; 4ESR A; 1SRL A; 1CKA A; 3ULR B; 1MV3 A; 2K6D A; 1ABO A; 4HVV A; 2L2P A; 1U06 A; 2RQV A; 1SHF A; 4OMO A; 2CT3 A; 4RTV A; 3NMZ C; 2QDL A; 2JT4 A; 2RNA A; 3VRZ A; 4GLM A; 2ED1 A; 1M3A A; 5L23 A; 2M0Y A; 2J7I A; 2A28 A; 1H8K A; 4Y92 A; 1PRM C; 2W0Z A; 4JZ4 A; 3TSZ A; 2F2V A; 1YP5 A; 1QWE A; 1K0S A; 3QWX X; 1WXT A; 3REA B; 5IHK A; 2K3B A; 2J6O A; 1UEC A; 1W6X A; 1RLQ C; 1I07 A; 2DX1 A; 5GJW B; 1ZUK A; 2OI3 A; 5IHI A; 4LNP A; 2PTK A; 2K9G A; 3PVL A; 2CUB A; 1NM7 A; 3I35 A; 1AWW A; 1ZX6 A; 2HBW A; 1PRL C; 2JM9 A; 2D1X A; 2RQW A; 1I1J A; 2LZ6 B; 3TSW A; 3NHN A; 1IO6 A; 4CC3 A; 2D8H A; 4J9I A; 1T0H A; 1AWO A; 2EBP A; 2JS2 A; 2MCN A; 4LUD A; 1H92 A; 1MV0 B; 1AVZ C; 1M3B A; 1UHF A; 1T0J A; 3M0T A; 3PVQ A; 1X2K A; 1E6G A; 2L3Q A; 3RNJ A; 2NWM A; 2DL8 A; 1QLY A; 2AKK A; 2EW3 A; 2L3S A; 1WDX A; 1JEG A; 2KYB A; 2EGE A; 2HEQ A; 1M30 A; 2V1Q A; 4R0K A; 1GCQ A; 2A08 A; 1JXO A; 3LH5 A; 2KRM A; 5FW9 A; 1GBQ A; 3I5S A; 2AZV A; 4WCI A; 1K9A A; 2RN8 A; 1SHG A; 1N5Z A; 2RF0 A; 3U23 A; 3QWY A; 1G2B A; 5I11 A; 4J9F A; 2L3P A; 3IQL A; 1GCP A; 2GTJ A; 2LNH B; 1SEM A; 3FJ5 A; 3SEM A; 1UE9 A; 3I5R A; 2KRO A; 2DLP A; 5EC7 A; 4JJD A; 2VWF A; 4F14 A; 2YUO A; 1NG2 A; 2VKN A; 4AG1 C; 1AZE A; 1ZSG A; 1KIK A; 1U5S A; 1WA7 A; 2DL4 A; 1UJ0 A; 2J05 A; 4HVU A; 4J9C A; 1K0X A; 1JXM A; 1S1N A; 1X6G A; 4JJB A; 5I22 A; 2NUZ A; 5IH2 A; 2L0A A; 2FRW A; 1M8M A; 4IIM A; 1AWX A; 2BZ8 A; 2KXC A; 2H8H A; 4CC7 A; 1SPK A; 1ZUY A; 3I9Q A; 4Z89 A; 4HVW A; 3EGU A; 1A0N B; 3UF4 A; 1M27 C; 2YT6 A; 1T3S A; 2C0O A; 4CC2 A; 1QKX A; 3REB B; 1Y57 A; 2LQN A; 2DIL A; 2EYX A; 5ECA A; 4DEX A; 1KJW A; 2P4R A; 1W1F A; 3H41 A; 2DRK A; 4RTZ A; 2DJQ A; 1Z9Z A; 2FRY A; 2GBQ A; 2GGR A; 4JJC A; 1AEY A; 2EYW A; 1RI9 A; 2AKL A; 2JW4 A; 2JTE A; 3A98 A; 5FWB A; 2LCS A; 3VS6 A; 3M0P A; 2BZY A; 2RQT A; 2FPD A; 1X43 A; 2A36 A; 2C0I A; 4RUG A; 2KRN A; 2O9V A; 1E6H A; 4ZNX A; 3EHR A; 1AWJ A; 2DVJ A; 1UJY A; 3NGP A; 1PKS A; 1UFF A; 1SRM A; 1B07 A; 2F2X A; 4X1V A; 5FWC A; 4RTY A; 1GL5 A; 2EYY A; 2FO0 A; 2X3W D; 2PZ1 A; 2JM8 A; 2SRC A; 1GCQ C; 3UA6 A; 1H3H A; 4AFU C; 3H0H A; 2GQI A; 5GJV B; 3EG3 A; 1WFW A; 5IXF A; 4J9H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZPF B; 1QVF P; 4RTW A; 1WZO A; 5IXB A; 2CSQ A; 3E9G A; 1VQ6 T; 1BK2 A; 1GFC A; 1JB0 E; 1F1B B; 3CEY A; 1UHC A; 2JTF A; 2X4X A; 2CH4 A; 1Y96 B; 1PC0 A; 4C92 A; 2HZY A; 4M78 F; 5GAN e; 1ZUU A; 3PGG A; 2DMO A; 4ATO A; 1Q86 R; 1UTI A; 1WXU A; 2DM1 A; 2YUP A; 3OYI A; 3V7R A; 1TS9 A; 2DJZ A; 2E5Q A; 3OMG A; 5LJ5 f; 1N9S A; 1MHN A; 1NYF A; 2VVK A; 2OAW A; 2KI7 A; 3M5A A; 1Q7Y U; 2CP2 A; 2OJ2 A; 3SWN B; 2EKO A; 4RG2 A; 2K5L A; 4KRT A; 1VQM T; 4HCZ A; 2VUB A; 4JRK A; 5GAO m; 4OF1 A; 4RTT A; 1H3Z A; 4N0A C; 2I2L A; 2DXT A; 1BI0 A; 2DXC A; 1WIE A; 5DM7 R; 4XU1 A; 2HL3 A; 3QUI A; 4E7Z A; 2ED0 A; 3CXC A; 2QXF A; 1XOV A; 1KSW A; 2RJF A; 4UC4 A; 4PJM A; 3LLR A; 3Q1J A; 1O75 A; 5HCK A; 1JJ2 S; 3H0I A; 4PFP A; 4M78 C; 3JCM P; 2DA9 A; 2QQR A; 4ME7 A; 1TTH B; 2ECZ A; 3CMA Q; 2K2V A; 3QSU A; 3G6E Q; 3JB9 H; 1PM3 A; 1NLO C; 3VS2 A; 3G4S Q; 2ATC B; 2COW A; 2DL3 A; 2YUN A; 2X4J A; 2FL7 A; 1IB8 A; 5KYY B; 2LNV A; 1PHT A; 8ATC B; 4E6R A; 4D8K A; 4O6J A; 2HSP A; 1VYU A; 3JV3 A; 2XMF A; 1Q81 R; 4C8Q E; 4KUD K; 1ZA1 B; 3JCM f; 1NBE B; 2R5A A; 3JB9 F; 2DET A; 3JCM b; 3CC7 Q; 2A37 A; 4AFZ C; 1UEB A; 4PJN A; 1YHQ Q; 5CR2 A; 5AT1 B; 1VQO Q; 3GBQ A; 4M4Z A; 3NTK A; 3CCM Q; 5KCH A; 2IVW A; 1QKW A; 2D8J A; 1OZ3 A; 2VXF A; 1OV3 A; 4M77 D; 4XU3 A; 4JJN K; 2F1L A; 3THK A; 1X69 A; 3PNW C; 2RQU A; 3OYK A; 2HKN A; 2M02 A; 1MND A; 1X27 A; 2LCC A; 3M0R A; 2XDB A; 2NLU A; 3OYF A; 1VQ7 Q; 2RHU A; 2KDS A; 3G71 A; 3JB9 G; 4BD3 A; 2P0Q A; 4BB7 A; 2KT8 A; 2J6F A; 2BTT A; 1OPK A; 4BDZ A; 4XTU A; 1PD0 A; 3NPF A; 4Y91 A; 2IIM A; 2LMJ A; 3CCL Q; 4KGZ B; 2KVQ G; 4M7D E; 1FYN A; 3KXT A; 2K4Y A; 2KQW A; 2XI9 A; 1M90 C; 3TRE A; 1VQ8 A; 4J9G A; 2QYZ A; 3R6O A; 3DB3 A; 3OW2 A; 1BKB A; 1GBR A; 4C0Z A; 2X4W A; 1WQW A; 2HCK A; 2RI5 A; 2CT4 A; 3QZ9 B; 3VS7 A; 1EX4 A; 1UDL A; 1ZA2 B; 3L2R A; 1B34 A; 2EAY A; 1PNJ A; 3QZ5 B; 3VUB A; 4A4G A; 2I0N A; 2ZAE A; 1IXD A; 4EIK A; 1K76 A; 2EQI A; 4ZGE B; 5A0L A; 4K11 A; 3RMQ A; 3ZL7 C; 3LX7 A; 1VUB A; 2FPE A; 4XU2 A; 4JUV A; 1RAG B; 4PJO B; 1SRL A; 3I56 A; 3ULR B; 4FW2 A; 3J80 E; 2DAQ A; 3M55 A; 3RKX A; 4QQ6 A; 2L2P A; 2RQV A; 4E47 A; 4RTV A; 4M7A A; 3NMZ C; 1FMV A; 2JT4 A; 2RNA A; 1YJN Q; 4LD9 K; 3SD4 A; 5KYU B; 4TVR A; 2ED1 A; 2K3Y A; 3OS0 A; 1QVG S; 4L5G A; 2EIF A; 3NFC A; 3M4Y A; 1YI2 T; 3DB4 A; 4ZN1 A; 2F2V A; 2VB6 A; 1K0S A; 3REA B; 2K3B A; 2GFU A; 2QQA A; 5HK3 A; 1N27 A; 1RLQ C; 3RDV A; 4M77 F; 2QQB A; 4JS5 A; 3TU4 K; 2BKD N; 2IPO B; 5GJW B; 2QEX Q; 2EJF A; 5GAN 4; 1VQP Q; 2K9G A; 2D0Q B; 4F7U A; 2CUB A; 4MDX A; 1NJI U; 1PD1 A; 3V7C A; 1AWW A; 2ZPI B; 1PRL C; 2D1X A; 5GAN 6; 2RQW A; 5DY9 A; 3QHS A; 2CGH A; 3JCM J; 2LZ6 B; 1VQ9 Q; 1AWO A; 3M9Q A; 2JS2 A; 2A0F B; 3I55 T; 1MV0 B; 1YIJ A; 3L2Q A; 1AVZ C; 2G3R A; 2DL8 A; 4J8O A; 2E12 A; 2AKK A; 4F04 B; 3CCQ T; 4M78 B; 3HL8 A; 2KYB A; 2EGE A; 4B9X A; 1M30 A; 3ASK A; 4R0K A; 3LH5 A; 2KRM A; 1ACM B; 3I5S A; 4M77 G; 4XK8 E; 3OA6 A; 2RN8 A; 1VQL T; 5CKF A; 1N5Z A; 2RF0 A; 3V7S A; 5I11 A; 2ZPH B; 3A8G B; 2LQK A; 3JCM W; 4J9F A; 2L3P A; 4ZTJ A; 3IQL A; 4EMH A; 4BUG A; 3TQ7 P; 3CC2 A; 2BUD A; 2VAS A; 4IUT A; 3GNF B; 2ZCF B; 3OBW A; 2LX9 A; 5KYU A; 2HQE A; 1MMD A; 4JJD A; 1UB4 A; 1K9M R; 3CC4 T; 5D6Y A; 4AG1 C; 1VQK T; 5GAO q; 4C5G A; 2P84 A; 3LH0 A; 1WA7 A; 1JBM A; 2YHT A; 4HVU A; 4J9C A; 1K0X A; 1O9S A; 1R0C B; 2L0A A; 2OTL Q; 2FRW A; 1XTD A; 4IIM A; 4PK4 A; 1K73 R; 1AHJ B; 2KXC A; 2YRD A; 3M59 A; 1K9M U; 1KD1 C; 3HFN A; 2LVM A; 3H9N A; 3CPW A; 4A4K A; 3I9Q A; 4C5E A; 2RH2 A; 5GAM e; 4N0A A; 5J26 A; 4RKU E; 5GMK j; 3FIF A; 3QG1 A; 3O8V A; 1NPR A; 2C0O A; 4CC2 A; 1K73 U; 3PMT A; 4JLG A; 5ECA A; 4PJO D; 1W1F A; 4R56 A; 2DRK A; 2DJQ A; 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1AOJ A; 3T9N A; 1TG0 A; 2BE7 D; 4XTY A; 5KYX B; 2KRS A; 4M7D F; 4AFS C; 2DL7 A; 3OY9 A; 4RTX A; 1SG5 A; 3JCM V; 4Z02 A; 2K7A A; 2O2O A; 1VQN Q; 1Q82 R; 3I56 T; 5CO7 A; 3OBY A; 5CQX A; 3JCM e; 1YI2 A; 2LJ0 A; 5KYW A; 3PTA A; 3RBB B; 2PUK B; 3D7S B; 1M3C A; 1Y7X A; 3OS2 A; 1OOT A; 2Y4Y A; 2MPX C; 1RI0 A; 1Q82 U; 4ZTF A; 5KYN A; 2ZGW A; 3UAT A; 3MHX A; 5IN1 A; 2X9H A; 3RKW A; 1YIT Q; 4FYX B; 1R77 A; 3CPW P; 1NEG A; 1X75 C; 1WXB A; 1UGR B; 2L8D A; 1PG5 B; 4PJO G; 1VQ5 Q; 1RUW A; 1ABQ A; 3TCJ A; 2E3H A; 3OYN A; 1PCX A; 4M7D C; 2RMO A; 2KMT A; 3A8L B; 2JUF A; 5D6X A; 3EFO B; 2CSI A; 4BI4 A; 3E9F A; 3OYA A; 1HJD A; 2K5F A; 1ZSZ A; 2MOX A; 2GNC A; 1K4U S; 3CCQ A; 1XNI A; 3JCM Q; 2LQ8 A; 2M1H A; 4MML A; 2XDD A; 2VXE A; 1HK9 A; 3PE0 A; 3CCE Q; 1BCO A; 1N9R A; 2ROT A; 3VRY A; 1M1G A; 2V1R A; 2DBK A; 1TSF A; 1IRE B; 2YDL A; 3HHT B; 4ELY C; 1JU5 C; 1YIJ T; 3OYH A; 1Q7Y R; 1VQL A; 3SB2 A; 1BCM A; 1BB9 A; 2DRM A; 3SHW A; 4Q5W A; 5FRN A; 2K57 A; 2KYM A; 4PL6 A; 1NYG A; 3RIR A; 1VYT A; 2D0N A; 2J06 A; 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