The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
79
|
structure length |
79
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRLCKALYSFQARQDDELNLEKGDIVIIHEKKEEGWWFGSLNGKKGHFPAAYVEELPSNAGNTATKASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of human Nostrin
rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Nostrin
|
| total genus |
7
|
| structure length |
79
|
| sequence length |
79
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LCK A; 3EGU A; 3IQL A; 1AOJ A; 2EGA A; 2K79 A; 2DM1 A; 1UDL A; 1OEB A; 1K0S A; 1SEM A; 1Z9Q A; 1YWP A; 4RTW A; 1TUC A; 1RLP C; 1V1C A; 5I22 A; 3VS7 A; 3A98 A; 1NLP C; 2ROT A; 2CT3 A; 1MV3 A; 2DE0 X; 2VKN A; 3REB B; 1ZSG A; 1JXM A; 5IXB A; 1ZUU A; 1X43 A; 1M30 A; 2QDL A; 4JPB W; 2DJQ A; 2M51 A; 1BB9 A; 2FPD A; 2JMC A; 3UAT A; 2D1X A; 3EG0 A; 2KR3 A; 4JJD A; 3KFV A; 1NYF A; 1UG1 A; 1ZLM A; 2GNC A; 1JO8 A; 4F17 A; 2P4R A; 1WI7 A; 3I9Q A; 5IH2 A; 2BTT A; 2RQR A; 3TVT A; 1PRM C; 2JW4 A; 1UTI A; 3H0I A; 3THK A; 4OMM A; 2JTE A; 2EBP A; 2KRS A; 1GFC A; 2FRY A; 1WIE A; 3VS2 A; 2DRM A; 2DL7 A; 4WCI A; 4ZNX A; 4K11 A; 1SSH A; 2LP5 A; 3UF4 A; 2AK5 A; 4AG1 C; 1GCQ C; 1SPK A; 2K9G A; 4IIO A; 2HCK A; 3M0R A; 1UFF A; 2HDA A; 1E6G A; 4CC3 A; 4E6R A; 1MUZ A; 2KYM A; 5IHN A; 4DEX A; 4HXJ A; 2IIM A; 2RF0 A; 1B07 A; 1FMK A; 1UEC A; 3ULR B; 1WFW A; 3TSW A; 1K76 A; 2DL4 A; 4LE9 A; 1AZG B; 2KRO A; 2ECZ A; 2YUN A; 4F14 A; 1ARK A; 1UHC A; 2FO0 A; 4IIM A; 4Z8A A; 4CC7 A; 2RMO A; 1T3L A; 1X6G A; 1T0J A; 1QWE A; 2CT4 A; 2VVK A; 2EKH A; 1M27 C; 2RPN A; 3CQT A; 1Z9Z A; 1SRM A; 2C0I A; 2DL8 A; 1T0H A; 1X2K A; 1WDX A; 2YUQ A; 1GRI A; 2F2V A; 2B86 A; 1PHT A; 2C0T A; 4AG2 C; 1ZUY A; 1YP5 A; 4OMQ A; 5L23 A; 4OMN A; 3C0C A; 2KE9 A; 1JQQ A; 4J9E A; 2EYY A; 1WYX A; 2F2X A; 3M0P A; 4JJB A; 3EG1 A; 2DF6 A; 2FG0 A; 1WA7 A; 2JT4 A; 1YNZ A; 2DL3 A; 2VWF A; 4GBQ A; 1PNJ A; 4GLM A; 1Y57 A; 3R6N A; 2L2P A; 1UE9 A; 1RUW A; 2G6F X; 5ECA A; 5IHI A; 2D8J A; 4Z89 A; 1UUE A; 1BBZ A; 2DA9 A; 3VRY A; 3H0H A; 4HCK A; 2EYX A; 3QWX X; 1XOV A; 3NHN A; 2EGC A; 1M3B A; 2DNU A; 2KXC A; 3I5R A; 1RI9 A; 2YT6 A; 2X3W D; 4RTU A; 3EG2 A; 3LH5 A; 1K9A A; 1U5S A; 2O9S A; 2YSQ A; 1CKA A; 4EIK A; 2LX7 A; 1PRL C; 1QKW A; 2LCS A; 2ABL A; 4F16 A; 2K3B A; 3EHQ A; 2EGE A; 1UJ0 A; 1BU1 A; 2KBT A; 2M0Y A; 4RUG A; 1X27 A; 2OJ2 A; 3FJ5 A; 1QCF A; 4J9I A; 1NYG A; 2DL5 A; 3EG3 A; 1ZBJ A; 1WLP B; 2MIO A; 2EYW A; 2V1R A; 1A0N B; 2KRM A; 2CUD A; 4A63 B; 1PKT A; 2FRW A; 2RN8 A; 1GCQ A; 2FEI A; 2HEQ A; 1Y0M A; 4KRT A; 2C0O A; 2LQW A; 2DMO A; 1SHF A; 3RNJ A; 4JZ3 A; 5IHK A; 1NLO C; 3M0S A; 4RTZ A; 1AD5 A; 2CUB A; 2BZX A; 2F2W A; 2XMF A; 3NGP A; 1GL5 A; 2BZ8 A; 1U06 A; 4JJC A; 2AZS A; 4LNP A; 2GGR A; 2MOX A; 1OPK A; 2J6O A; 5IXF A; 1OV3 A; 2E5K A; 3H41 A; 3REA B; 2CSQ A; 1NEB A; 4J9C A; 4HVU A; 2X3X D; 1JU5 C; 2NWM A; 4J9B A; 4AFQ C; 2LQN A; 1FYN A; 4DEY A; 1HJD A; 1KSW A; 4X1V A; 2DBK A; 4RTX A; 1E7O A; 4LUD A; 1CKB A; 2O9V A; 2DYB A; 3H0F A; 3O5Z A; 1EFN A; 2KYB A; 4RTV A; 4RTY A; 2JMA A; 2DX1 A; 2LNH B; 4R0K A; 2RQV A; 1M3A A; 1H8K A; 1SRL A; 1N5Z A; 1X69 A; 2AZV A; 2KEA A; 2L3Q A; 2ENM A; 1JEG A; 4QT7 A; 1AWO A; 2CSI A; 2YUP A; 4JZ4 A; 1AWJ A; 2HBW A; 4M4Z A; 1K1Z A; 2K2M A; 2A37 A; 1WXB A; 5FW9 A; 1W70 A; 4D8K A; 4AFS C; 2CRE A; 2EVR A; 2AKL A; 2J6F A; 1QLY A; 1BK2 A; 2O2O A; 4ESR A; 1W1F A; 3SEM A; 1YCS B; 4LN2 A; 1WXT A; 1I0C A; 1NG2 A; 1B3Q A; 1X2Q A; 2PTK A; 1MV0 B; 2V1Q A; 2EPD A; 2L3P A; 1M8M A; 2LJ3 A; 2EYZ A; 1NEG A; 1X6B A; 3TSZ A; 2DIL A; 1IO6 A; 2D0N A; 1ABO A; 3I5S A; 4J9G A; 4OML A; 3VS3 A; 3UA6 A; 1AEY A; 3VS6 A; 1WXU A; 2CH4 W; 4LUE A; 4J9H A; 2GQI A; 2ESW A; 2HSP A; 5EC7 A; 4CC2 A; 2DBM A; 4J9D A; 1U3O A; 1G2B A; 1GBQ A; 3SHW A; 2PZ1 A; 2EW3 A; 1KIK A; 1VYV A; 2EQI A; 2JM8 A; 2ED1 A; 3U23 A; 1TUD A; 1AWW A; 4OMO A; 2O31 A; 1KFZ A; 1K0X A; 2J6K A; 1M3C A; 3VS5 A; 1QWF A; 1UJY A; 5HCK A; 1ABQ A; 2SEM A; 2LZ6 B; 2GBQ A; 2YDL A; 2LJ1 A; 2A36 A; 3VS4 A; 3PE0 A; 2RQW A; 2A08 A; 1GFD A; 2J7I A; 3VS0 A; 2LJ0 A; 2RNA A; 2RQT A; 1SHG A; 1YWO A; 2KT1 A; 1WX6 A; 4J9F A; 3EHR A; 1W6X A; 4ORZ A; 4HVV A; 2W0Z A; 1OPL A; 1ZX6 A; 3NMZ C; 2ROL A; 2KRN A; 2KGT A; 2JM9 A; 2BZY A; 1I1J A; 5FWC A; 3RBB B; 2NUZ A; 3PVQ A; 4CC4 B; 1TG0 A; 2O88 A; 3UA7 A; 2CDT A; 3QWY A; 1CSK A; 2JS0 A; 2FPE A; 2RQU A; 2GTJ A; 4OMP A; 4RTT A; 2LMJ A; 2MCN A; 1AZE A; 1G83 A; 2J05 A; 1E6H A; 3I35 A; 1VYT A; 1QKX A; 2D8H A; 3NPF A; 1AVZ C; 2DRK A; 2DLP A; 1H92 A; 1T3S A; 2H8H A; 2A28 A; 1KJW A; 3VRZ A; 2JS2 A; 2OAW A; 2AKK A; 4FSS A; 2PNI A; 4HVW A; 1AWX A; 3ZL7 C; 2JXB A; 1GCP A; 2KT8 A; 2YUO A; 3M0Q A; 1RLQ C; 1S1N A; 1OOT A; 1NM7 A; 3JV3 A; 1HD3 A; 2SRC A; 2GTO A; 5GJW B; 1K4U S; 2CH4 A; 1PKS A; 1PWT A; 4AFU C; 1J3T A; 1VYU A; 2DVJ A; 3M0U A; 1ZUK A; 4Z88 A; 2KXD A; 1YN8 A; 2KNB B; 1VA7 A; 4D8D A; 2I0N A; 2OI3 A; 1HSQ A; 4AFZ C; 2K6D A; 2L0A A; 1UGV A; 2L3S A; 5I11 A; 2J06 A; 2K7A A; 1GBR A; 2W10 A; 1JXO A; 3VS1 A; 5FWB A; 2FPF A; 5GJV B; 3M0T A; 3GBQ A; 3PVL A; 1I07 A; 2ED0 A; 1UHF A; 1H3H A; 4Y92 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CZ0 B; 4OB1 B; 2DJZ A; 1WQ7 A; 3OSV A; 2ZAE A; 4BD3 A; 2WSE E; 2QQA A; 2PQW A; 3I55 T; 4Q5W A; 5KYX A; 4OB3 B; 2O4X A; 2K79 A; 2DM1 A; 2FL7 A; 3CMA A; 1OZ2 A; 3LYI A; 1V1C A; 1ZQ1 A; 1N27 A; 3VS7 A; 3G4S Q; 3S3N A; 2EKO A; 2MMP A; 3N5B B; 2ROT A; 3CCU Q; 4M7A B; 4QQ6 A; 5GAN 5; 5GAN 6; 3REB B; 1JXM A; 2E41 A; 2HQH A; 1I81 A; 3DKM A; 5CAI A; 1M30 A; 3FC3 A; 5GAO q; 4JPB W; 4C92 F; 2OTL A; 1M2V A; 2M51 A; 1BB9 A; 2FPD A; 2JMC A; 3UAT A; 5LJ5 h; 2D1X A; 1S72 T; 4LD9 K; 2KR3 A; 1ZLM A; 2RJF A; 3G6E T; 3PMT A; 2BTT A; 1YJN Q; 3TVT A; 4BDY A; 1TS9 A; 1PRM C; 2EAY A; 1UTI A; 4ELY C; 1KHC A; 1GFC A; 2HQX A; 2P4T A; 2LCC A; 3JCM V; 3CC7 A; 3X26 B; 2DK3 A; 2DL7 A; 2OX7 A; 4WCI A; 4ZNX A; 3EGX B; 2C06 A; 4K11 A; 2LP5 A; 1BI2 A; 2AK5 A; 2MAM A; 4DBQ A; 2VUB A; 3EH1 A; 4FT4 A; 3JB9 F; 1UFF A; 4BE2 A; 1E6G A; 4E6R A; 2KYM A; 4C0G A; 1S72 A; 4LDV A; 1UGS B; 1B07 A; 3E19 A; 3TSW A; 5GAN 4; 1K76 A; 4PJM A; 3MET A; 3O8V A; 5GAN g; 4LE9 A; 3ER0 A; 1BCM A; 4M78 A; 3BFM A; 3X28 B; 2ECZ A; 4F14 A; 5GAO n; 4EDU A; 2D9T A; 2FO0 A; 2LTO A; 4IIM A; 4PK4 A; 2A7Y A; 5IT9 E; 3UWN A; 3C94 A; 3G4S T; 2X4J A; 2K3X A; 1PD1 A; 4ELZ C; 3CCU T; 2K2V A; 3CQT A; 4JRP A; 4OF1 A; 2YUQ A; 2F2V A; 2QQ9 A; 3EFS A; 1PHT A; 4MML A; 2C0T A; 5J26 A; 1RAB B; 2ZCF B; 2XG8 D; 3QZ5 B; 4M7A F; 2F2X A; 4M75 D; 4XTV A; 4JJB A; 1VUB A; 2VGN A; 3C4S A; 1YJN T; 4IKF A; 1JJ2 P; 2JT4 A; 1YNZ A; 2DL3 A; 5J3B A; 4GLM A; 1IXD A; 1Y57 A; 4B6M A; 2L2P A; 3EFR A; 1W4S A; 2G6F X; 3SWN A; 5ECA A; 1QVG S; 5M9O A; 4XU3 A; 4Z89 A; 3CCU A; 3VRY A; 4HCK A; 2HKN A; 1M3B A; 2V26 A; 2ZPG B; 2CP2 A; 1LJO A; 2ZZD A; 3I5R A; 3S3M A; 3L2V A; 1FXX A; 2BKD N; 2X3W D; 2ZPH B; 4TVR A; 3HRS A; 2HD0 A; 3ZBD A; 5HKC A; 2WSC E; 2O9S A; 1QVF A; 2YSQ A; 1RAF B; 1PRL C; 1Y71 A; 1QKW A; 2LCS A; 1VQP Q; 2XI9 A; 3CCR A; 2FZG B; 3MKD A; 5GMK l; 5KE3 A; 2OJ2 A; 1QW1 A; 1QCF A; 2X51 A; 4MZP A; 2EIF A; 3EG3 A; 1VQ8 Q; 1A0N B; 3CXC P; 2KRM A; 2QA4 Q; 2MI6 A; 4GLK A; 2RN8 A; 4LXC A; 1VQN Q; 4J7I A; 2OTJ Q; 4IUR A; 3OS1 A; 4KRT A; 2LQW A; 3CPW A; 4HA8 A; 5LJ5 g; 3RNJ A; 4L5G A; 1KQ1 A; 3LH0 A; 4C8Q C; 1K8A R; 2BE9 B; 1WHH A; 2BZX A; 2F2W A; 3INZ A; 5DY9 A; 1U06 A; 2D0Q B; 5IAY A; 4DBH A; 2EFI A; 3A8G B; 4PFZ A; 4F7U A; 1OV3 A; 2E5K A; 3G1J A; 2L5Q A; 4J9C A; 4C5E A; 4BDZ A; 2R5A A; 4HVU A; 1JRI A; 2Y4Y A; 4KBM B; 1KG1 A; 4ZN3 A; 2EQJ A; 3OYM A; 4QVC A; 5GMK m; 4X1V A; 5CKH A; 4E7I A; 2VAS A; 5EG2 A; 1IRE B; 4M75 A; 2DYB A; 3H0F A; 1PM3 A; 3TCJ A; 1VQP T; 4D6W A; 3EAE A; 2KI7 A; 1K73 R; 4C8Q G; 3L42 A; 4J6W A; 1M1K C; 3RMQ A; 3PGG A; 4M7D E; 4HKE A; 5CR2 A; 1VQ8 T; 1SRL A; 1FMW A; 3A8H B; 1D09 B; 2QA4 T; 3V8L A; 2LX9 A; 1AWO A; 1XJW B; 4EMK A; 4DBF A; 2YUP A; 2HBW A; 4M4Z A; 2V8K A; 4FCY A; 1WXB A; 1VQN T; 1NBE B; 3SDZ A; 2OTJ T; 2GF7 A; 3LLR A; 1PSF A; 1W70 A; 1B34 B; 5FRN A; 4IUV A; 2AKL A; 1LPL A; 3JCM b; 1W1F A; 3SEM A; 1YCS B; 1WXT A; 1NG2 A; 1X2Q A; 3OMC A; 2EPD A; 2E64 A; 2L3P A; 2RHZ A; 2EQK A; 2D0N A; 1ABO A; 3X20 B; 5KYW A; 2QA4 A; 4J9G A; 3VU3 C; 3E9G A; 1BI1 A; 1M8V A; 1AEY A; 3S3O A; 3OYK A; 4LUE A; 4OMF B; 2GQI A; 5GAM f; 3JSC A; 1AT1 B; 2HSP A; 1UB4 A; 1TUG B; 1GBQ A; 1VQ5 A; 4ATO A; 4FYV B; 4C8Q B; 1R77 A; 4Y91 A; 1AWW A; 2O31 A; 1OX8 A; 1M2V B; 2J6K A; 3JCM W; 1UJY A; 3RDV A; 5KYY B; 1ABQ A; 5LJ3 e; 2YDL A; 1U8R A; 2RQW A; 2FHD A; 1VQ4 Q; 4QVZ A; 3VS0 A; 3CC4 A; 1P92 A; 2BUD A; 4FT2 A; 3KXT A; 1YWO A; 1WX6 A; 4J9F A; 2QGF B; 1ZX6 A; 3V7R A; 3RBB B; 2NUZ A; 1MMG A; 3L2W A; 1Q82 U; 1YJW A; 1G3S A; 2O88 A; 4FL6 A; 1CSK A; 2JS0 A; 4RCB A; 4OMP A; 4RTT A; 3GIB A; 3A5Z B; 2FZK B; 2J05 A; 3I35 A; 1VYT A; 4IUQ A; 1H3Z A; 4M78 B; 1V29 B; 1QKX A; 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1SSH A; 1OU8 A; 3LW5 E; 1RAC B; 5CKB A; 5HK3 A; 3P8B B; 4JLG A; 1RAI B; 3HKS A; 4IIO A; 2CP7 A; 2HDA A; 3I56 T; 1BIB A; 4CC3 A; 1MUZ A; 2CP5 A; 5IHN A; 4ZTJ A; 3HSB A; 1VQL A; 4DEX A; 1FMK A; 1UEC A; 3ULR B; 1WFW A; 4M77 C; 4XTW A; 2JUF A; 3OYG A; 1AZG B; 2FVU A; 3HP9 A; 4YTL A; 3CC2 Q; 3QSU A; 1X6G A; 4J8O A; 1T0J A; 1QWE A; 4M75 B; 3OYC A; 2VVK A; 4M7D D; 1Z9Z A; 2DL8 A; 1T0H A; 1WDX A; 1GRI A; 4KGZ B; 3LWI A; 3I56 A; 1ZUY A; 1YP5 A; 4OMQ A; 3CMA T; 5L23 A; 1BIA A; 4OMN A; 2GFA A; 2KE9 A; 1O75 A; 3NFC A; 2EYY A; 4EMK B; 3M0P A; 4JRK A; 2DZC A; 3EG1 A; 2KVQ G; 2XDP A; 1K9M U; 5L8R E; 3QBY A; 2RA2 A; 4GBQ A; 1PNJ A; 3CCS A; 4L59 A; 2OTL T; 4M77 G; 1WPY A; 1VQK A; 2Y4X A; 3LWH A; 3JB9 I; 2D8J A; 1UUE A; 3OQ5 A; 1IGQ A; 3H0H A; 1WNL A; 3MP6 A; 3UPU A; 1WJS A; 1ZA1 B; 3NHN A; 1I4K 1; 1OU9 A; 1QVP A; 4A4G A; 2KXC A; 2H3E B; 1YIT A; 3KUF A; 2XU8 A; 3CC7 T; 3EG2 A; 1M1G A; 2A0F B; 4NL2 A; 2B8A A; 3PIP A; 4EIK A; 2PUK B; 2E5Q A; 1Q7Y R; 1VQ6 Q; 2ABL A; 4F16 A; 3EHQ A; 2EGE A; 2COY A; 1BU1 A; 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