2Z12A

Structure of the transformed monoclinic lysozyme by controlled dehydration
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of a sodium ion on the dehydration-induced phase transition of monoclinic lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z12A00
2YDGA 1BHZA 1IOSA 1C10A 3WUNA 1LJNA 1TEWA 3TXJA 1AM7A 2HEBA 4YEMA 1D0LA 1JTPL 4H9AA 5LVJA 4Z46A 1T3PA 4W96A 1LJ4A 1LMOA 1MELL 1OUDA 4G4HA 4FJRA 4I8SA 1GB0A 4OWBA 1LZ1A 5DLAA 4UWNA 2MECA 1GPQC 3A6BY 1HEQA 4WLYA 1HF4A 2YBIA 1IWZA 1LJFA 2Z18A 4LYZA 3EO5A 4HV2A 1IP4A 4LZTA 1WQPA 3BKVA 1IWWA 1GF5A 1C08C 3M18B 5DL9A 4CHXA 2CGIA 4WMGA 1F0WA 1FKVA 1GFEA 4G4BA 3EXDA 4NHIA 4NSHA 1ZVHL 4ML7A 5F16A 4LGKA 4GN5C 2ZNXY 4DYGA 4Z3MA 4GCEA 1CJ6A 3A67Y 4NEBA 1GB5A 4CJ2A 1VDTA 1LZBA 2HEDA 1OQMA 1I20A 3N9EA 2DQGY 3B0OA 5EBHA 3W6DA 1IP7A 1LSFA 1ZV5L 2Z38A 1REYA 5FDJA 5B1FA 5KXYA 1PZYA 1WQOA 2XBRA 2LZTA 3TMUA 4AGAA 134LA 1IY3A 4WM1A 2DQJY 1G7LC 1GEVA 4ETCA 2G4QA 1JKCA 2LYMA 1LJHA 1QIOA 2MEFA 1HMKA 3HBEX 4WM2A 1LJKA 1JTOL 1B2KA 1B5WA 4NHSA 1JJ1A 2H9KA 1RJCB 1FKQA 1GB2A 3TXBA 1NMMA 3A95A 1C45A 1JHLA 4GLVA 3P68A 1INUA 1FLWA 4NGWA 1IWXA 1UIDA 5KXTA 1UIGA 3P65A 4N9RA 5FELA 1B7SA 4KL7A 6LYZA 4J1BA 4WO6A 5F9XA 4HTKA 1J1PY 1RE2A 208LA 1B5XA 1LCNA 1G7HC 1GBOA 2H9JA 4FDYA 1B9OA 1DQJC 1GB6A 4B4IA 4DC4A 3WPLA 4WM5A 2F4GA 5A3ZA 1LZ6A 4QDNA 1IO5A 4BADA 1LYZA 1ZMYL 1CKGA 1EL1A 1GD6A 1E8LA 3AW6A 1FDLY 1T6VL 1WQRA 4W94A 5L3IA 1HSWA 5KKIA 3CQLA 4PJ2C 1WTNA 1HELA 1LHMA 1TAYA 1B5YA 1QDRA 1GF8A 1LHJA 4LT0A 1IP6A 2B5ZA 4RLNA 4NGVA 1IC4Y 1JSEA 1BVXA 1NBZC 1LMQA 1QUSA 4RDSA 1XEKA 5FHWA 4WLDA 1YANA 5C6JA 4YF2A 5I4YA 3FI7A 3WH1A 5KXRA 7LYZA 4GCBA 3WXTA 1C46A 1LZNA 1DKKA 4ZEEA 1J1XY 1SQ2L 3A96A 1WTMA 1UICA 1UIBA 5APCA 4G9SA 3B72A 2BQNA 4MSTA 4EOFA 3WW6A 4N5RA 2A7FA 4N1EI 4U3XB 5I54A 5KXWA 2ZQ3A 4XJDA 4EMNA 1CJ8A 1IIZA 1J1OY 3AW7A 3HBDA 5E4PA 1UIAA 4WM4A 4CFOA 5LVGA 3AZ5A 1ZVYB 4CFPA 3OJPA 4R6CA 1IR8A 3A93A 3IJVA 4H1PA 4J7VA 4TWSA 1QTEA 4TUNA 1B7RA 5IDDA 1B0DA 4BS7A 1IWUA 2DKVA 2MEAA 4E3UA 2XJWA 1F10A 2DQAA 1BB4A 1QDTA 4GLAA 1KIRC 3IJUA 4H93A 153LA 4N8ZA 2EPEA 4H9HA 3A3QA 4HJZA 1NBYC 4XN6A 1YILA 2C8PA 5E9RA 3ZVQB 2MEHA 3AJNA 1HEMA 1JKBA 1LJ3A 2ZILA 1GAZA 1GXV2 4WM6A 1VEDA 2F4AA 4ANRA 2FYDA 2HEEA 3A3RX 2MEBA 2BAAA 4B0DA 3EMSA 4C3WA 1GFTA 5LIOA 3TXKA 3WUAA 4ETDA 5FCPA 3RU5A 3A90A 1GBSA 2X0AA 4AXTA 5HMJA 3WU8A 2CJLA 1BQLY 4LFXA 2W1LA 2C8OA 2ZWBA 4H92A 6LYTA 1UA6Y 1JITA 1H87A 4UWVA 8LYZA 4J0LA 4PRQA 3TXGA 3LHMA 5J7CA 1GDXA 3HBHA 3SP3A 2AUBA 1FLQA 3N9CA 193LA 1HENA 4OWHA 5AMYA 1JJ3A 1GE4A 4QEQA 1IOCA 3W6BA 1GB8A 1CKCA 1LZRA 3RW8A 1IOTA 4WM3A 4LT2A 1DKJA 1D6QA 1XSFA 2DQHY 3CSQA 4WL7A 5F9UA 1G7IC 4Z41A 2XTHA 4PGJB 5KXXA 1LZSA 5LVHA 1VAUA 2NWDX 5F14A 1LAAA 4H90A 2G4NA 4H94A 3TXHA 4NSJA 3TXEA 5KXOA 4ETAA 1LJEA 5B59A 3WU7A 1YKXX 4HTNA 1JUGA 1LKSA 1LSNA 1NHEA 3W6FA 2I6ZA 3TXFA 3CSRA 2ZYCA 4DDCA 3RZ4A 4MCKA 2BQOA 1AT5A 133LA 5KY1A 3CB7A 1IP3A 1UIEA 1VDQA 4PHIA 1GF6A 1I56A 5D5FA 4DD7A 1CJ9A 1HMLA 3QE8A 3WUMA 4LYCA 1GFVA 3A6CY 4X3BA 1LZGA 132LA 1OP9B 3ATOA 1LZ5A 3ATNA 1LZAA 1IWTA 2DQIY 1UIHA 1YL0X 4OWEA 1YAMA 4DD9A 1YAOA 3G3BB 4ETBA 1D0MA 1QQYA 4M6DA 2BQCA 1B7NA 1FN5A 4B49A 2CDSA 4OOTA 5I4XA 1NDMC 5HQ1A 1LJIA 2MEEA 1LTMA 1WQNA 1WQMA 4L41A 3GXKA 3TXDA 1HERA 1GB7A 2HEFA 4N1CC 1FLYA 2BQDA 1DXJA 1AT6A 1XEJA 3J6KA 1YL1X 5HLLA 2BQAA 2BQLA 5IHGA 4DT3A 2DQFC 1QSWA 1LMNA 2D4JA 4NG1A 154LA 1GE3A 4DDAA 4D9ZA 5ILCA 1F6SA 4HV1A 2CWIA 3WW5A 4M4OA 4UWUA 2D4KA 2HEAA 2MEIA 4C5FA 1LSDA 4DWXA 1IP1A 1G7MC 1GHLA 4H8XA 4TSBA 4KPMA 2N5ZA 1OUEA 1H6MA 1REZA 1B7QA 194LA 1JTTL 1UUZC 4DD2A 5B05A 1LJJA 3CT1A 1V7SA 5APFA 1FBIX 1BGIA 1W08A 5APDA 1LYYA 3QY4A 1IP2A 1SLYA 4H9EA 1NWGA 2YVBA 5I5QA 1OUFA 1B7OA 1OUIA 4WO9A 1VFBC 2LYZA 4XADA 1MLCE 2MEDA 1GFJA 2YBMA 4WLXA 3WPKA 4B4EA 5II3A 1UIFA 3A92A 5LA5A 5HNLA 2BQBA 4GCDA 1F6RA 5KXZA 1I1ZA 3B6LA 1LHHA 2G4PA 1DPWA 1GBXA 3AB6A 2I26L 4G4CA 5F81A 1A2YC 1TBYA 2ZNWY 3W3EA 3W6EA 1DZBX 2GV0A 2D4IA 1LMCA 2BQHA 4Z98A 4DD3A 4NSGA 4YM8A 2XBSA 1HFXA 3AGHA 2HU3A 5JENB 4ZIXA 4NGKA 1BWJA 1EQ5A 5M1YA 1LMTA 2Z19A 1V7TA 1XGQC 1IP5A 2Z12A 3TMWA 4O34A 5KXKA 2Z2EA 1GFHA 1GF9A 4H8ZA 4KXIA 1B7MA 1YROA 2FYCA 1LPIA 2BQKA 5HNCA 4OOOA 4LFPA 1QSAA 1UC0A 2LZ2A 3LZ2A 3MGWA 4HPIA 3AYQA 4XJFA 3QNGA 3W6AA 2I25L 4YENA 1LZDA 1IR9A 1FLUA 4DD1A 1BB3A 1EQ4A 1C43A 1TDYA 1JIYA 2H5ZA 4PPOA 1IVMA 1B7PA 2F2NA 3LYZA 1GDWA 1GFUA 4G49A 2BLYA 4GCFA 4LYTA 2RSCA 2HTXA 2DQDY 4H9IA 1B5VA 1GBZA 5LVKA 4LT3A 1NQIA 5HMVA 1GBYA 1BB5A 1YIKA 3HFMY 1BWIA 1DPXA 1D9UA 1CJ7A 2LHMA 2W1MA 2IHLA 4HPEA 3EBAB 5KXNA 3B0IA 1ALCA 1LZ4A 3G3AB 4QY9A 1IR7A 1N4FA 1LMAA 1QTKA 4H9CA 1LSCA 1VATA 1LZ9A 1NDGC 2EKSC 4I0CA 4NGJA 4BAPA 3TXIA 3WL2A 2F30A 9LYZA 2BPUA 2W1YA 2HUBA 5L3HA 3P66A 5L9JA 3CT5A 1W6ZA 1JKAA 4II8A 1LZTA 1LYSA 1GFGA 5T3FA 4H91A 1C7PA 1B5UA 2BQMA 5A3EA 1GF3A 4GN4A 3ZVQA 1XGTC 1DI3A 1TCYA 5LAFA 1LJGA 3WYHA 4OWAA 1IWYA 3K3TA 2IFFY 5LINA 5K7OA 5KXPA 1DI5A 4B4JA 1XGRC 4ZFPA 1GFAA 3TMXA 1HC0A 4LYMA 5DN4A 1LHIA 5LXWA 4P2EA 1EQEA 1HEOA 1OUHA 2FBDA 1XGPC 2ZYPA 1GF4A 4NGLA 1JPOA 1LSGA 1XGUC 4NY5A 4RLMA 3WULA 1Z55A 1GE1A 1KXYA 3FE0A 1DI4A 4YOPA 4NHQA 5LYMA 3LYTA 1UCOA 5LAGA 1IC5Y 3AZ7A 1CKDA 1CKFA 3D9AC 5I4WA 3KAMA 1JISA 1HEWA 4TX7A 1O23A 4DDBA 1IC7Y 1NKHA 1NF5A 5D5CA 3WVYA 1LZ8A 1AKIA 1LKRA 2Z37A 4R0FA 4ET9A 4NGIA 4NWEA 4NGOA 1KIPC 1YKZX 1HNLA 4HJYA 3ZEKA 2HU1A 1LYOA 4XENA 5FSTA 4LYBA 1OUGA 1WQQA 1B5ZA 1WVVA 1GFRA 3N9AA 3WXUA 5APEA 1YAPA 4N0JA 1UBZA 1IEEA 4KT3A 1OUJA 5B06A 3LYMA 1BB7A 4NG8A 4TSCA 2DQEY 1GBWA 1CNSA 2BQGA 3TMVA 4WL6A 4ETEA 2VB1A 4CGEA 1RCMA 5C6LA 4XJBA 1D6PA 2YBLA 4NIJA 4H9FA 3T6UA 4B1AA 1GF0A 2WARA 1RFPA 1REMA 1A4VA 2BQIA 3LN2A 5B1GA 5ILFA 1HFYA 1IORA 1HHLA 4J1AA 5KXMA 1YQVY 4RW1A 3GXRA 2BLXA 4YEOA 5LYZA 4BAFA 1LSAA 3F6ZA 4LT1A 3IWRA 1LOZA 1LSYA 4XJHA 1OUCA 3A34A 3WU9A 2HECA 5KKJA 2A7DA 1GAYA 4WLTA 1GXXA 3WPJA 2Q0MX 1QUTA 4XJIA 2DQCY 2MEGA 5C6IA 1B7LA 1LSEA 4GN3A 4WG1A 1LSZA 5KXLA 3LZTA 1IY4A 4HSFA 3AGIA 3J4GA 3RT5X 4DD0A 3AZ6A 4TTDA 1OUAA 1UACY 4HJVA 4OWCA 4NGZA 1GE2A 1JSFA 3M3UA 2Z2FA 2YBHA 2PC2A 4LYOA 3AGGG 4MR1A 1JKDA 1LHLA 1P2CC 2Z39A 4WG7A 3E3DA 4NWHA 5KXSA 5DM9A 2D91A 1HEPA 4XYYA 1VDSA 1IWVA 1LMPA 2EIZC 3D3DA 1VDPA 2ZQ4A 5LVIA 1KXXA 1BB6A 2BQJA 207LA 1KIQC 4IASA 2FBBA 1REXA 5B07A 1WVUA 1BVKC 1JJ0A 4QGZA 1CKHA 5IELA 4XJGA 1LZYA 1G7JC 4A7DA 4H9BA 4NGYA 3W6CA 1HFZA 1HSXA 4PRUA 1GB9A 2YBNA 1YAQA 3VWOA 1XEIA 4HTQA 1LZEA 4OW1A 3BKHA 1JEFA 2LYOA 1OUBA 4NSIA 3P4ZA 3A91A 5LA8A 4HP0A 4RW2A 2Y8PA 2ZIKA 1GB3A 2W1XA 1KXWA 2BQEA 3CSZA 1PS5A 3A94A 4NFVA 4GCCA 3A8ZA 4NHTA 4WOAA 1BWHA 2BQFA 5I53A 3RNXA 5KJ9A 2ZIJA 1GFKA 1IOQA 3ULRA 2D6BA 1IX0A 1XFPL 1AZFA 1D0KA 2YSSC 4IATA 1YKYX 5LYTA 1LHKA 1GE0A 3CT0A 4NHPA 5FEKA 135LA 2DBTA 1LSBA 1RI8B 1GWDA 3WMKA 1JWRA 4H8YA 2EQLA 3B0KA 1LZCA 3LYOA 4IJ4A 3T36A 1LSMA 1GF7A 2YBJA 1LSPA 3WVXA 4ET8A 3OK0A 3P64A 5DN5A 1GEZA 3AZ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L71A 1IOSA 1L38A 1P5CA 1TEWA 2HEBA 142LA 1L00A 4I8SA 1GPQC 3HUKA 1HEQA 2YBIA 1C6NA 4HV2A 1CV5A 1GF5A 1L72A 1F0WA 1FKVA 1CV1A 3DN6A 1ZVHL 4GN5C 2ZNXY 4GCEA 4NEBA 1GB5A 1VDTA 1LZBA 2HEDA 211LA 1L04A 5EBHA 1C6CA 1ZV5L 2Z38A 5B1FA 4I7PA 3HH3A 2XBRA 4AQNA 1IY3A 2DQJY 1L75A 1K28A 2LYMA 3L64A 1QT8A 219LA 2MEFA 4WM2A 4NHSA 1JJ1A 1RJCB 1FKQA 1GB2A 2IGCA 1C45A 1JHLA 1L52A 1QSQA 199LA 1B7SA 4J1BA 4WO6A 1GBOA 3OE6A 262LA 1LZ6A 1L93A 1ZMYL 1EL1A 4W94A 3G3XA 1LYFA 4PJ2C 2B6ZA 1QDRA 1LHJA 239LA 1L81A 249LA 4EKPA 1IC4Y 1NBZC 1LMQA 1L62A 5KXRA 1OV7A 1LZNA 1C61A 1WTMA 3B72A 2BQNA 4EOFA 3WW6A 4U3XB 138LA 3HBDA 1IIZA 5E4PA 3HTGA 3AZ5A 1ZVYB 4I7RA 1IR8A 4W51A 4J7VA 1KW7A 4BS7A 1B7RA 1IWUA 4E3UA 166LA 258LA 1BB4A 3IJUA 153LA 3ZVQB 1LJ3A 2ZILA 1GAZA 1VEDA 2HEEA 4W58A 1C6QA 232LA 4ETDA 3RU5A 1GBSA 4LFXA 4H92A 1H87A 4PRQA 3LHMA 2NTHA 5J7CA 148LE 1FLQA 1T8AA 1HENA 2B72A 229LA 1IOCA 1CKCA 3G3VA 1CU5A 1G0LA 3CSQA 5F9UA 4Z41A 1SX2A 4PGJB 1LZSA 2NWDX 5F14A 1LJEA 137LA 1QT4A 1KNIA 1NHEA 237LA 4W52A 1L14A 4MCKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YDG A;  1BHZ A;  1IOS A;  1C10 A;  3WUN A;  1LJN A;  1TEW A;  3TXJ A;  1AM7 A;  2HEB A;  4YEM A;  1D0L A;  1JTP L;  4H9A A;  5LVJ A;  4Z46 A;  1T3P A;  4W96 A;  1LJ4 A;  1LMO A;  1MEL L;  1OUD A;  4G4H A;  4FJR A;  4I8S A;  1GB0 A;  4OWB A;  1LZ1 A;  5DLA A;  4UWN A;  2MEC A;  1GPQ C;  3A6B Y;  1HEQ A;  4WLY A;  1HF4 A;  2YBI A;  1IWZ A;  1LJF A;  2Z18 A;  4LYZ A;  3EO5 A;  4HV2 A;  1IP4 A;  4LZT A;  1WQP A;  3BKV A;  1IWW A;  1GF5 A;  1C08 C;  3M18 B;  5DL9 A;  4CHX A;  2CGI A;  4WMG A;  1F0W A;  1FKV A;  1GFE A;  4G4B A;  3EXD A;  4NHI A;  4NSH A;  1ZVH L;  4ML7 A;  5F16 A;  4LGK A;  4GN5 C;  2ZNX Y;  4DYG A;  4Z3M A;  4GCE A;  1CJ6 A;  3A67 Y;  4NEB A;  1GB5 A;  4CJ2 A;  1VDT A;  1LZB A;  2HED A;  1OQM A;  1I20 A;  3N9E A;  2DQG Y;  3B0O A;  5EBH A;  3W6D A;  1IP7 A;  1LSF A;  1ZV5 L;  2Z38 A;  1REY A;  5FDJ A;  5B1F A;  5KXY A;  1PZY A;  1WQO A;  2XBR A;  2LZT A;  3TMU A;  4AGA A;  134L A;  1IY3 A;  4WM1 A;  2DQJ Y;  1G7L C;  1GEV A;  4ETC A;  2G4Q A;  1JKC A;  2LYM A;  1LJH A;  1QIO A; 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 3LZT A;  1IY4 A;  4HSF A;  3AGI A;  3J4G A;  3RT5 X;  4DD0 A;  3AZ6 A;  4TTD A;  1OUA A;  1UAC Y;  4HJV A;  4OWC A;  4NGZ A;  1GE2 A;  1JSF A;  3M3U A;  2Z2F A;  2YBH A;  2PC2 A;  4LYO A;  3AGG G;  4MR1 A;  1JKD A;  1LHL A;  1P2C C;  2Z39 A;  4WG7 A;  3E3D A;  4NWH A;  5KXS A;  5DM9 A;  2D91 A;  1HEP A;  4XYY A;  1VDS A;  1IWV A;  1LMP A;  2EIZ C;  3D3D A;  1VDP A;  2ZQ4 A;  5LVI A;  1KXX A;  1BB6 A;  2BQJ A;  207L A;  1KIQ C;  4IAS A;  2FBB A;  1REX A;  5B07 A;  1WVU A;  1BVK C;  1JJ0 A;  4QGZ A;  1CKH A;  5IEL A;  4XJG A;  1LZY A;  1G7J C;  4A7D A;  4H9B A;  4NGY A;  3W6C A;  1HFZ A;  1HSX A;  4PRU A;  1GB9 A;  2YBN A;  1YAQ A;  3VWO A;  1XEI A;  4HTQ A;  1LZE A;  4OW1 A;  3BKH A;  1JEF A;  2LYO A;  1OUB A;  4NSI A;  3P4Z A;  3A91 A;  5LA8 A;  4HP0 A;  4RW2 A;  2Y8P A;  2ZIK A;  1GB3 A;  2W1X A;  1KXW A;  2BQE A;  3CSZ A;  1PS5 A;  3A94 A;  4NFV A;  4GCC A;  3A8Z A;  4NHT A;  4WOA A;  1BWH A;  2BQF A;  5I53 A;  3RNX A;  5KJ9 A;  2ZIJ A;  1GFK A;  1IOQ A;  3ULR A;  2D6B A;  1IX0 A;  1XFP L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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