2Z18A

Phase transition of monoclinic lysozyme crystal soaked in a 10% nacl solution
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of a sodium ion on the dehydration-induced phase transition of monoclinic lysozyme crystals.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z18A00
3VWOA 1RE2A 1V7TA 2DQHY 5E4PA 4H9FA 2A7DA 1DKKA 4RW1A 1ZV5L 4H9EA 4GLVA 1GBZA 1CJ8A 5LXWA 3HBEX 1Z55A 4WLTA 1YILA 4MSTA 1MLCE 3A92A 2CJLA 1QDTA 4DC4A 4HJVA 4LT1A 1XGPC 4NSIA 5I54A 1YKYX 3AZ7A 3RU5A 4WM3A 2BQOA 2W1YA 1XEKA 1HFZA 1YAOA 1GE1A 1NWGA 3WU7A 3A34A 1QTEA 1B0DA 3ATNA 1OUAA 2YSSC 4CGEA 5DN4A 1LSNA 2BLXA 3AZ4A 1GF6A 4RW2A 2IHLA 1GFVA 4MCKA 4NFVA 3WPLA 1D0LA 1DPWA 2A7FA 4NHQA 4ANRA 3RW8A 5B1GA 1FDLY 1LJFA 4OOOA 1DXJA 2BQKA 1GB9A 1LYOA 1E8LA 5HQ1A 2DQJY 4G4HA 3P65A 1GFEA 5IHGA 2H5ZA 4H1PA 2ZILA 3WUNA 1LMQA 1GE4A 1CKDA 4WO6A 1B7PA 2BQHA 2FYDA 5F81A 1BWHA 3KAMA 1GFRA 1YKZX 2DKVA 1QIOA 1IX0A 3LYOA 1IWYA 1FLUA 4G49A 2BPUA 3ATOA 4WM2A 5KY1A 5LVKA 4DDCA 1LSZA 1HEWA 1WQMA 2EPEA 4DD0A 4YF2A 4WM5A 3BKHA 1BB5A 2YBLA 1LJNA 2ZNXY 1JITA 4BS7A 4ETDA 1TAYA 2RSCA 1LHJA 4I8SA 9LYZA 1FBIX 4ET9A 5F9UA 4KL7A 1OUEA 1F0WA 5KXKA 2LYZA 1EL1A 4NG1A 4XJDA 1VDQA 4B4JA 3EBAB 4XJGA 1UIEA 5II3A 3A6BY 4DYGA 1H6MA 4ZEEA 2D6BA 4XJBA 3T6UA 1LZEA 5B1FA 1B7LA 4HP0A 1UIGA 1DI3A 5I53A 1LMPA 2Z39A 5C6JA 1AZFA 4ETCA 3AJNA 4WLYA 1IVMA 1JIYA 3HBDA 5LVHA 1B5UA 1LMCA 4G4BA 5LA8A 2ZNWY 4J1AA 4WM4A 1EQ4A 3W6DA 5FHWA 1LMAA 1GHLA 1KIPC 1IC5Y 2GV0A 4CFOA 3A8ZA 8LYZA 3GXRA 1LSMA 2Z38A 1GE2A 1UA6Y 1WQOA 1GWDA 1WQQA 1IR8A 1GB5A 1YAPA 1QSAA 5KXWA 4R6CA 3T36A 1IR9A 1GF0A 1VDPA 1PZYA 3A6CY 1OP9B 2F4AA 1D0MA 1GBWA 1GB0A 5FELA 3W6AA 1GF9A 1JTOL 2I26L 5KXLA 4XADA 1LJ3A 1HEPA 1UUZC 5C6LA 3G3BB 4GN4A 4II8A 1IWTA 2ZIKA 4NY5A 1RFPA 2D91A 1UACY 2BQLA 4HSFA 4XYYA 1LZNA 4LYBA 4NSGA 4Z3MA 2DQAA 1IP5A 1XGQC 2DQEY 4QEQA 1AT5A 193LA 1LZRA 4EOFA 5LA5A 1LYZA 1BGIA 1FKVA 5KXOA 3W6BA 2LYOA 5LIOA 3WXTA 3TMWA 4TX7A 1GF5A 1OQMA 2FBBA 1G7HC 1H87A 4H9IA 4CFPA 1LSDA 2BQBA 4NHSA 2LYMA 1C7PA 1HNLA 4KPMA 3WU9A 4YM8A 2YBMA 1IY3A 2DQGY 1ZMYL 1O23A 3CSZA 4NWEA 1BWJA 1YAQA 1C46A 2MEFA 5LYTA 1LMOA 1IWVA 1LZSA 1GFTA 1HERA 3M18B 4HJYA 4NHTA 4Z98A 1CNSA 1UIBA 1HF4A 2D4JA 1CKHA 3HFMY 1I1ZA 1UIHA 4N1EI 5ILCA 3FE0A 1JJ1A 4DD3A 4NWHA 1JPOA 3SP3A 1LOZA 1RJCB 1NDMC 1XEIA 2MECA 3CT0A 5D5CA 1LSGA 1UBZA 1LJJA 1FLWA 4HPEA 3TXIA 3J4GA 1LZ9A 2YVBA 2HECA 5KXYA 2XBSA 1OUDA 4GN5C 2ZIJA 3EXDA 5JENB 1T6VL 2Z19A 4I0CA 2W1XA 1NBYC 1GD6A 2ZYCA 1XGRC 3W6CA 4AXTA 4DDBA 5I4YA 4DD7A 135LA 5KXNA 5L3HA 1IORA 1BB4A 2C8PA 1FLQA 1LPIA 1CKCA 5FSTA 3GXKA 1RI8B 3TXBA 4OWCA 1IIZA 2Z12A 2HEDA 2VB1A 3N9AA 4TTDA 5L3IA 3CB7A 4IATA 3D9AC 1JJ0A 4WL6A 3WYHA 4W96A 5L9JA 1XGUC 4IJ4A 1IP2A 3ZVQA 4OWAA 4ETEA 3EO5A 1IOCA 1B9OA 1XEJA 3TXEA 2HEEA 1F6RA 2EIZC 1LAAA 4J0LA 5F16A 1D0KA 2F4GA 3LYTA 4G9SA 4J7VA 1MELL 5LAGA 5M1YA 2XBRA 4H94A 4C5FA 4WMGA 3IJVA 1VDSA 2AUBA 4OWEA 4TUNA 5B07A 4BAFA 1BB6A 1BVXA 2FYCA 1ZVHL 4C3WA 1LTMA 1DI5A 5KXSA 1IC4Y 1KXYA 2BQCA 1LZ6A 1RCMA 2BQMA 4HTQA 4PPOA 4NGWA 2DBTA 3CT1A 1IP7A 4A7DA 2LZTA 4WLDA 1QQYA 1AM7A 1B7OA 1JKCA 3ZVQB 1UIFA 1BVKC 1NMMA 4XENA 1D9UA 3A95A 4LYMA 3TXKA 3WXUA 4B1AA 1VFBC 4LYCA 4CJ2A 1IOTA 3N9CA 1I20A 1TCYA 2DQCY 2ZYPA 1B7QA 4B4EA 1IR7A 1LHHA 1B7MA 5LAFA 1BB3A 4WLXA 1BWIA 2CGIA 1LZGA 2YBJA 1VAUA 3A67Y 1ZVYB 2YBNA 4H8YA 1QUSA 1GDXA 4NEBA 2XJWA 3A91A 4H9CA 2W1LA 1OUHA 5E9RA 153LA 7LYZA 4J1BA 3WPKA 1IWUA 4YEOA 3MGWA 5APCA 4DWXA 1JJ3A 1TBYA 4H9AA 2BQIA 4PRQA 1KXWA 2D4KA 2MEGA 3EMSA 2HEAA 1J1OY 2CDSA 2ZWBA 3P4ZA 1VATA 1NKHA 1BQLY 208LA 1AKIA 1B7RA 1BB7A 3CSRA 4GN3A 1OUGA 3AW6A 1NQIA 5F9XA 1LZBA 1D6PA 1YAMA 4GLAA 4NGZA 1GBSA 4YEMA 4OW1A 4HV1A 5HMVA 1C08C 1V7SA 2I25L 1A4VA 1GBOA 1CJ7A 1GAYA 1XGTC 1UC0A 1HMLA 2BQEA 2F30A 4UWNA 1WQPA 1TDYA 4D9ZA 1HFXA 3TMVA 1FLYA 3LYZA 4PGJB 1LCNA 5DLAA 5HNLA 3QNGA 4ET8A 1ALCA 1JEFA 4H8ZA 5K7OA 1IOQA 3P68A 5KXTA 2PC2A 1KIQC 1WVUA 4WOAA 4NGYA 1GXV2 2Q0MX 5KXPA 1D6QA 1LHLA 4IASA 1LKSA 1WVVA 2MEAA 2Z37A 3IWRA 1GFJA 1LZTA 3TMXA 1GB3A 3TXJA 4QY9A 3TXDA 3WW6A 1F6SA 1BHZA 1TEWA 132LA 4N8ZA 1LJIA 1JSFA 1NHEA 4DD1A 1T3PA 4YENA 4GCBA 1JKBA 1INUA 1CJ6A 1LSBA 4DD2A 2HU3A 1SQ2L 3D3DA 4Z41A 2DQFC 1LZAA 3AZ5A 1CJ9A 1JHLA 4TSBA 2HTXA 3B0IA 3BKVA 4U3XB 1IWXA 1B2KA 4L41A 4WM1A 5B59A 5KXRA 1WTNA 4NGLA 1G7JC 5I4WA 4NGIA 2MEIA 4QGZA 1FN5A 2LZ2A 4GCFA 4ZIXA 4MR1A 1GEZA 2HEBA 4ETBA 4WL7A 2MEDA 3B0OA 5LVIA 5KXXA 3AGIA 5KXZA 4HTNA 4NIJA 4XN6A 2MEBA 5EBHA 2BLYA 3WUAA 5J7CA 4N1CC 5A3EA 1WQRA 2CWIA 5LVJA 1IO5A 2X0AA 4X3BA 3A93A 1GF8A 4XJFA 5I5QA 1YKXX 5D5FA 1OUBA 3B6LA 1JKAA 1GE0A 4LT0A 4RLMA 4N5RA 3WPJA 4DD9A 5FCPA 1GF7A 1PS5A 1IOSA 1REMA 1UIDA 4G4CA 5IDDA 2MEHA 4B0DA 1IC7Y 4LZTA 5B05A 5KJ9A 2EQLA 2HEFA 1GXXA 4NHPA 1N4FA 3CSQA 1GB7A 2Z2FA 3WUMA 3WH1A 1DKJA 3OK0A 1UCOA 1AT6A 6LYTA 1C45A 2BQFA 5AMYA 2BQDA 1QSWA 1GB2A 1GFKA 3AW7A 1LJHA 3M3UA 4HPIA 4HV2A 3CT5A 3P64A 1GE3A 1NDGC 3G3AB 1QDRA 1LZ8A 4OWBA 4O34A 4NG8A 1OUCA 1LSCA 1B7NA 4KXIA 4DDAA 1HSXA 3FI7A 1HMKA 1REXA 3LN2A 4ML7A 3IJUA 1IP3A 1LMNA 1JISA 1IY4A 4NHIA 3RZ4A 3WVXA 2Z18A 3J6KA 2ZQ4A 1A2YC 5HNCA 1YANA 1GFUA 4WO9A 1GEVA 5LVGA 1GDWA 2MEEA 4NGOA 2LHMA 1F10A 5APFA 1UICA 4R0FA 4TWSA 1IP4A 1GF4A 4BADA 1LZ5A 2I6ZA 1HENA 1VEDA 1YL0X 1QTKA 4NGKA 3A94A 4YOPA 4GCDA 134LA 5KKIA 1LZ1A 1IP6A 1HSWA 4H8XA 4GCEA 1B5VA 1KIRC 3WVYA 3WULA 5LYZA 5LYMA 133LA 1LJEA 1HFYA 1JWRA 1OUIA 3A96A 3AGHA 1GFHA 4HTKA 4N0JA 1B5YA 1XSFA 1LSYA 207LA 2G4QA 2WARA 4NSJA 1HEQA 2IFFY 4OOTA 1CKGA 4UWVA 1IWZA 4M6DA 1DI4A 4LFPA 1LZ4A 2NWDX 1LSFA 2YBHA 1G7LC 3B72A 4LYOA 5C6IA 1I56A 1NF5A 1DZBX 4B49A 4NSHA 1IWWA 5LINA 1GF3A 1KXXA 2Y8PA 3HBHA 5ILFA 4RDSA 1LSAA 2YBIA 4Z46A 5A3ZA 1OUJA 4PHIA 1JSEA 2F2NA 1JTTL 4LT3A 1REYA 3RNXA 5HLLA 1LSEA 5T3FA 194LA 5F14A 4H90A 4LGKA 3A3QA 1QUTA 4P2EA 1WQNA 1GB8A 4E3UA 1CKFA 4LYZA 1DPXA 3ZEKA 2G4NA 2DQDY 1YROA 1JKDA 3K3TA 1UIAA 4H92A 1B5WA 1GB6A 4TSCA 3WW5A 4DT3A 4ETAA 1G7MC 4BAPA 1GAZA 1YL1X 1IEEA 1GBXA 2Z2EA 1EQEA 2EKSC 4XJHA 1LZCA 1LJ4A 1C43A 1NBZC 1P2CC 2DQIY 3QY4A 4N9RA 3AB6A 3WMKA 4WM6A 2G4PA 2HU1A 4LT2A 4PJ2C 2H9KA 4WG1A 1FKQA 5DM9A 1HC0A 1LHKA 4NGJA 3CQLA 1LZYA 1B5ZA 3N9EA 3P66A 4CHXA 1VDTA 2C8OA 4RLNA 2BQJA 4B4IA 5B06A 3RT5X 3WU8A 2B5ZA 4NGVA 5DN5A 4M4OA 1W08A 1XFPL 4OWHA 3A3RX 2H9JA 1HHLA 1REZA 5HMJA 2BQAA 3E3DA 3W6FA 1JUGA 3TXGA 3LZTA 4H9HA 4PRUA 5KXMA 1HEMA 1HELA 4ZFPA 2W1MA 5I4XA 4LFXA 1J1PY 5DL9A 1YIKA 5FEKA 3AYQA 1B5XA 1EQ5A 1LZDA 2N5ZA 3WL2A 154LA 1IP1A 3AGGG 2ZQ3A 3QE8A 3LZ2A 1GFAA 4H93A 2XTHA 4UWUA 2BQGA 2BAAA 3TXFA 1LKRA 4AGAA 4WG7A 1LJKA 5APEA 2FBDA 3W3EA 3W6EA 1W6ZA 1LJGA 4LYTA 4KT3A 3F6ZA 3OJPA 5IELA 5KKJA 4H9BA 1SLYA 2YDGA 1GFGA 1OUFA 3ULRA 1LSPA 4EMNA 1DQJC 3TMUA 1B7SA 3AZ6A 2HUBA 2D4IA 4QDNA 1J1XY 1LMTA 6LYZA 3LYMA 2BQNA 1GBYA 1LYSA 1HEOA 3B0KA 3TXHA 4FJRA 3LHMA 1C10A 4FDYA 4HJZA 4XJIA 3A90A 4W94A 1YQVY 1LHIA 1LYYA 1GPQC 5FDJA 1WTMA 1G7IC 4GCCA 5APDA 4H91A 1JTPL 1LHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VWOA 1L62A 1V7TA 4H9FA 4DAJA 4I7MA 1G0KA 1L17A 3A92A 2CJLA 3G3WA 3HUQA 1QUHA 3AZ7A 4WM3A 1XEKA 1HFZA 1YAOA 1GE1A 1NWGA 1QTEA 114LA 1OUAA 2B7XA 2B70A 3WPLA 1DPWA 2A7FA 3RW8A 162LA 5B1GA 1C6TA 1E8LA 3DMZA 5IHGA 2Q9EA 2H5ZA 1QTZA 4WO6A 3LYOA 1QIOA 1L84A 5KY1A 4DDCA 1LSZA 1HEWA 4DD0A 1C64A 1B6IA 1CX6A 2ZNXY 1JITA 1TAYA 155LA 220LA 1G0GA 252LA 1L68A 3A6BY 1L22A 3T6UA 1B7LA 1DI3A 1AZFA 3AJNA 5LVHA 1LMCA 1PQKA 4G4BA 2ZNWY 4WM4A 1JTNA 5FHWA 1GHLA 1C67A 3A8ZA 8LYZA 1QUOA 1UA6Y 2F2QA 4EPFA 1GB5A 4GBRB 1VDPA 1L69A 1OP9B 5FELA 3W6AA 4I7SA 3DMVA 4XADA 1D9WA 1SWYA 231LA 3HH5A 1AT5A 103LA 149LA 148LE 1GF5A 2FBBA 1G7HC 4H9IA 1HNLA 1OV5A 4YM8A 1D3MA 139LA 1C46A 5LYTA 3M18B 4HJYA 1UIBA 3OE9A 248LA 3DN3A 1UIHA 226LA 5ILCA 1LOZA 3CT0A 5D5CA 2OU8A 1DYCA 3TXIA 1ZURA 3J4GA 1LZ9A 2HECA 3GUMA 257LA 3EXDA 5JENB 1L61A 1T6VL 2Z19A 2W1XA 1GD6A 1L16A 4AXTA 4DDBA 255LA 5KXNA 1BB4A 2C8PA 1L70A 4OWCA 1CU3A 2HEDA 3WYHA 1CV6A 1D2YA 1XGUC 1L53A 4J0LA 1L0KA 142LA 5LAGA 4W53A 2OE9X 1VDSA 4TUNA 4OWEA 1L29A 1BB6A 2B6TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VWO A;  1RE2 A;  1V7T A;  2DQH Y;  5E4P A;  4H9F A;  2A7D A;  1DKK A;  4RW1 A;  1ZV5 L;  4H9E A;  4GLV A;  1GBZ A;  1CJ8 A;  5LXW A;  3HBE X;  1Z55 A;  4WLT A;  1YIL A;  4MST A;  1MLC E;  3A92 A;  2CJL A;  1QDT A;  4DC4 A;  4HJV A;  4LT1 A;  1XGP C;  4NSI A;  5I54 A;  1YKY X;  3AZ7 A;  3RU5 A;  4WM3 A;  2BQO A;  2W1Y A;  1XEK A;  1HFZ A;  1YAO A;  1GE1 A;  1NWG A;  3WU7 A;  3A34 A;  1QTE A;  1B0D A;  3ATN A;  1OUA A;  2YSS C;  4CGE A;  5DN4 A;  1LSN A;  2BLX A;  3AZ4 A;  1GF6 A;  4RW2 A;  2IHL A;  1GFV A;  4MCK A;  4NFV A;  3WPL A;  1D0L A;  1DPW A;  2A7F A;  4NHQ A;  4ANR A;  3RW8 A;  5B1G A;  1FDL Y;  1LJF A;  4OOO A;  1DXJ A;  2BQK A;  1GB9 A;  1LYO A;  1E8L A;  5HQ1 A;  2DQJ Y;  4G4H A;  3P65 A;  1GFE A;  5IHG A;  2H5Z A;  4H1P A;  2ZIL A;  3WUN A;  1LMQ A;  1GE4 A;  1CKD A;  4WO6 A;  1B7P A;  2BQH A;  2FYD A;  5F81 A;  1BWH A;  3KAM A;  1GFR A;  1YKZ X;  2DKV A;  1QIO A;  1IX0 A;  3LYO A;  1IWY A;  1FLU A;  4G49 A;  2BPU A;  3ATO A;  4WM2 A;  5KY1 A;  5LVK A;  4DDC A;  1LSZ A;  1HEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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