2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
4NCAA 1BI4A 4MQ3A 2YKMA 4M3ZA 1RBTA 4EZ6A 3HP6A 4ELTA 3QEWA 4FJJA 4RW9A 3VQ6A 3VQAA 1CLQA 1L3SA 4DFMA 3KLFA 4IDKA 2YNHA 2P1JA 1RT2A 1X9MA 3ZSWA 1D5AA 4ZTJA 3V9XA 4IFYA 3MXIA 1S1VA 3B6PA 3LZJA 3S3OA 4E7IA 2FBVA 3NF7A 4F4KA 2P51A 2F96A 4CEQA 4W5OA 4HTUA 5HP1A 3DLBA 1NOZA 2HHVA 4HUEA 3DI6A 1LAWA 3I0RA 3VQ7A 3AVFA 3NF6A 4M3TA 1BIZA 5JS2A 4DS4A 1S5JA 1EX4A 1TKXA 4LH4A 4RW4A 4HUGA 4KHYA 4W5QA 4E7KA 3THVA 2B5JA 3AO1A 4Q0BA 5HBMA 2XY8A 1HQEA 3ZSYA 4BE1A 4CFDA 3SNNA 1C6VA 1RT4A 3L2WA 3IAYA 4B9UA 2OYQA 3DM2A 5D3GA 3QETA 1C0TA 3HL8A 3U3GA 4XIUA 3TAFA 1RTDA 1B9DA 4PY5A 1C0UA 4CFCA 4N47A 3IG1A 4Z4CA 3V1OA 3NGZA 4FJKA 1L3TA 5CY4A 2EHGA 4QCLA 1EKEA 4Z4EA 1B92A 3AVBA 3DLHA 4H4OA 3V4IA 3M8PA 3D45A 4DTOA 1TKZA 5FDLA 1HYZA 4DFKA 3LPUA 1U45A 3KD1E 3AA3A 2DFEA 3SUQA 5I42A 4RW8A 3OYCA 1TL3A 4EP5A 3SYZA 3CFRA 3OJUA 4M3RA 3U3YA 2Y1JA 4FK0A 3SUOA 1VK0A 4C8MA 3AVGA 4CF2A 1JLBA 1WNSA 3NGIA 2LSNA 4CK3A 3VQDA 1U4BA 3OYKA 4HUFA 4F2RA 3ZSOA 2KW4A 1S6QA 3B6OA 5J2NA 4KTZA 4KHNA 2HVIA 1BHLA 3ZSXA 2DFFA 1U04A 1RDAA 5KI6A 2BE2A 3ZSZA 3O3GA 3EZ5A 1SL0A 3A2FA 5J1EA 3CFPA 1C1BA 3IRXA 3TAPA 4HVJA 3OYMA 1RT3A 2D0BA 1N5YA 3LALA 1LW0A 3QIPA 4OPJA 4JS5A 3QEVA 1ZBIA 2KZZA 1RT5A 4DTPA 3M8SA 3K5NA 3KK1A 4Z4FA 2PYLA 1RBUA 4C8NA 4CHPA 4B9SA 1BGXT 3HYFA 1FKPA 1WSEA 2P5OA 4KI4A 5CZ2A 3PV8A 3KLHA 3AV9A 4J2DA 3IS9A 4Y1CA 4E1MA 4JRPA 1JLEA 4KAZA 3SI6A 3NH2A 4DTSA 3KKSA 4M42A 4B3OA 3KTQA 4DSLA 4CF9A 3SV4A 4CJ3A 2XY5A 2HMIA 3NHGA 1I3AA 4YFUA 4ELUA 4CJUA 1X1PA 5SWMA 4W5RA 3V1RA 3LDSA 3I0SA 4FLXA 1RTIA 3CQ8A 4CGGA 3CG7A 1RDBA 2D5RA 3KK3A 1RILA 3PX6A 4KTQA 4CF0A 4KHSA 3NFAA 2HB5A 1WAFA 4CF8A 1IKVA 2YNGA 4FM2A 3S3NA 1HQUA 3SUNA 4IG0A 1T05A 3CFOA 3AO2A 4B9NA 2JLEA 5DMRA 1IKXA 3AVNA 4OKJA 3NE6A 1BIUA 3MXMA 1QSLA 2D0CA 4DTXA 1Q8IA 5HRSA 3SQ4A 1DTQA 2OA8A 4CEAA 1QSSA 1HMVA 5KTQA 1SKSA 3RRGA 2XY6A 1EXQA 4CGJA 1NK5A 2HHTA 1Z25A 2W42A 4AHUA 4FM0A 4FJ8A 2YHAA 2Z1IA 3OVNA 1BCMA 1KLMA 4Q5VA 2NUBA 3V9SA 3VA3A 1WSJA 3ZT0A 4AILC 4CFBA 3L2QA 3I8DA 4FLTA 1C1CA 3VQQA 4CJKA 3MEDA 4O0IA 1CZ9A 1VSMA 3TR8A 3QINA 4K8XA 5J2MA 4FJXA 3OY9A 3JSMA 2HHXA 1XHZA 1NJXA 4PA1A 3OS1A 4KO0A 1J9AA 5I3UA 1Z26A 1TKTA 1X9SA 3NH0A 3QNNA 3QESA 4GVMA 1VSKA 1WLJA 3K2PA 3ZSVA 1D8YA 1ASWA 3TWHA 1WSHA 3NCIA 4AHRA 4J2BA 4CESA 3OYIA 4AH9A 2YKNA 3KKRA 4CHYA 1BQNA 4ELVA 2HVHA 4CE9A 5JS1A 3VQ5A 4G1QA 4UQGA 2KFNA 3RR8A 4Z4IA 3F9KA 4LSNA 4Z4HA 3SPYA 2G8KA 3OYNA 4H8KA 5T7BA 3TANA 1TK8A 5HLFA 1RT6A 5HRNA 1KSPA 1REVA 3ISNC 2F8TA 3C95A 1NK0A 1SKRA 4C8OA 3MAQA 4KRFA 3VQ4A 4LY7A 2HHQA 3VN5A 3DRPA 1ASVA 4CJEA 4DLEA 4NYFA 5CYQA 4O5BA 4CJ4A 1J5OA 4W5NA 4ID5A 2KZMA 3JYTA 1KTQA 4FCYA 3SQ0A 3ULDA 3LAKA 5EU7A 3AVAA 4EZ9A 4PWDA 3LPTA 4CJ5A 3MXJA 3SUPA 1KVAA 1NKBA 1FKOA 2O4GA 1NJWA 1TAUA 2WONA 1HRHA 3OYHA 3DMJA 3LP1A 3NF8A 4FJHA 2HW3A 4QAGA 1LWEA 1TKDA 1ZBFA 4JRQA 2VG5A 1YTAA 3QERA 3NDKA 4RG8A 1S1UA 5KGWA 4B8CA 4CGHA 1S6PA 4DQRA 3QEIA 1TL1A 1ZBUA 3O3HA 4M41A 3RMAA 3PX0A 4IBNA 1RT7A 3OYBA 1VSFA 4KTWA 4JLHA 1A5VA 3HK2A 4DFPA 3KK2A 1CZBA 4E19A 1N6QA 3T3FA 1XC9A 3RMCA 3K5OA 4IFVA 1VRTA 1C0MA 3HPGA 3SPZA 4QOZB 1ITGA 4E3SA 3HPHA 4FJMA 2IC3A 3M8RA 2G8HA 4Z4GA 2VG6A 1ZBHA 1CXQA 5FRNA 3LANA 3CYMA 4FLWA 4LH5A 1RDCA 2R7YA 2HHUA 3HSTB 1HNIA 2BANA 3DLKA 3TAEA 4M3YA 2QK9A 3KD5E 4FZXC 3EYZA 4FZYA 4I9LA 1O1WA 3L8BA 2P5GA 2FBXA 1IKWA 2FC0A 1IKYA 3VQ9A 4DQPA 4MFBA 1RNHA 3OYJA 3QEPA 3OYEA 1D9DA 2E6LA 1UWBA 1IO2A 4EP4A 3TAMA 1ZBLA 2OZMA 3LP2A 3HXMA 1UAXA 1WSGA 3VQBA 2DTUA 4E1NA 2KTQA 1D9FA 1HYSA 4CEFA 4LSLA 4CF1A 3RWUA 4CGDA 3AA5X 3MEEA 3DOKA 3OS0A 3AVLA 1JL2A 1QQCA 1SUQA 1S1WA 1JXBA 3WNEA 2ATQA 2YNFA 3LZIA 1NK9A 2Z1JA 4DF8A 1BI4B 1HPZA 4CEEA 5HRRA 3WNGA 1Q9YA 1X9WA 4BWJA 4DTNA 4BWMA 4CIGA 4CEZA 3DYAA 4DSJA 1KRPA 3LP0A 4I2PA 4AHVA 2HHSA 4FJ7A 4F2SA 3K58A 1HNVA 3VA0A 2JGUA 3QNOA 3ZT4A 1T8EA 1JLFA 3VQPA 2QKKA 3SV3A 1JLQA 4ICLA 4O0JA 4F3OA 4FLVA 2Z1HA 4DMNA 4B8AB 2ETJA 2RN2A 1LW2A 4CERA 4KI6A 3KJVA 4FW1A 3RR7A 3DRRA 4DWIA 4DLGA 4F8RA 4BDYA 3KIOA 1JL1A 3AO3A 3QIOA 4CJFA 3QLHA 3OYFA 3QEXA 3E01A 3DLRA 3ZT2A 2ZD1A 4CIFA 5CYMA 1KFSA 4M3UA 5J2QA 1W0HA 1BL3A 2Q3SA 3WNHA 2VG7A 2Z1GA 4OGCA 3OYDA 3G0ZA 4E0DA 4KKOA 1NK8A 1LV5A 3PX4A 4KHWA 1BQMA 4FJLA 4CEOA 4F3TA 1W9HA 4FZZA 3V9UA 5SZTA 3KLGA 3HM9A 1J54A 4J2AA 4M3XA 3C6UA 2ITGA 4W5TA 3T1AA 3L2VA 4CGFA 1LWFA 3SJJA 5DK5A 2D0AA 4IG3A 5HROA 4RW7A 2ZQBA 3O3FA 2DY4A 3F73A 4N5SA 1KLNA 2HHWA 1L5UA 2KFZA 2X78A 1KVCA 2IAJA 3AVCA 4NYNA 1WSFA 2HNZA 4ZTFA 1ASUA 4CIEA 1L3VA 2G8UA 1TVRA 3AVIA 3V9ZA 3TABA 4N56A 4AHTA 1NK7A 4DSKA 4FYDA 4H4MA 2X74A 1CXUA 4FJ5A 2A1RA 3MECA 4I2QA 2QXFA 4KB0A 3AO4A 3ZSRA 4FXDA 1QS4A 1VSEA 4DF4A 1WSIA 4J2EA 3TI0A 2G8FA 4OJRA 1JLGA 4JS4A 3PO4A 1MU2A 4CJTA 3HP9A 2OPQA 1TV6A 3ZT1A 3FFIA 4K8ZA 2EX3A 4PUOA 1VSDA 3VQCA 4DSEA 4KHQA 2IGIA 3SZ2A 4N41A 1B9FA 4BE2A 3L2UA 2RF2A 1VSHA 1K6YA 1QSYA 5HRPA 1FXXA 3L3UA 2HNYA 2IS3A 4OVLA 5KRSA 3TAGA 4CGIA 3ZSQA 4CJQA 2IDOA 1Q9XA 3T19A 4PQUA 4HCBA 4KPYA 3L3VA 3K59A 4CJWA 1QTMA 4CEDA 2G8WA 4B08A 3OYLA 2RPIA 4DTRA 4B9TA 4HCCA 3OJSA 4FLYA 3SCXA 4DTUA 1YTUA 3P83D 5C24A 4FJNA 1S1TA 1HYVA 3G10A 4NCGA 3ALYA 1ZYQA 3NBPA 2GUIA 3PO5A 1DLOA 3LAMA 4YNQA 1QHTA 2X6SA 3PUFA 3VQ8A 1NKEA 2DFHA 2XO7A 4ID1A 1JLCA 1RTHA 4OPKA 4E7HA 4FJIA 1A5WA 3D0PA 1S9EA 4CHOA 3HVTA 1TK0A 4KHUA 4CK1A 1WAJA 2PZSA 4CK2A 3TARA 5FROA 4C8LA 3K5MA 3AA2A 3ZT3A 1TK5A 3HVRA 1XHXA 4CECA 2OPSA 3SQ1A 4ZHRA 4FVMA 4WE1A 1U47A 3MEGA 4DQSA 3DLEA 2FBTA 4HHTA 1NK6A 3RRHA 4FJ9A 1YT3A 2ZE2A 1JKHA 2Y1IA 3BDPA 5J2PA 2G8VA 3OYGA 3OS2A 4DTJA 2IOCA 4CJLA 4E7LA 1LWCA 1DTTA 1TAQA 2YHBA 4I7FA 3NH1A 3P1GA 3HPOA 5KGXA 2YV0X 1HJRA 3P5JA 4BACA 1IH7A 1VSJA 4AHCA 4CHZA 4CJRA 1RT1A 4GW6A 1R0AA 3VQEA 1G15A 2RKIA 3AVMA 5C42A 4DFJA 3CM6A 3EY1A 4CCHA 3UIQA 1RTJA 3OYAA 1T03A 4FLUA 2X6NA 5CZ1A 3U6FA 2GBZA 3V6DA 3O4QA 3S9HA 1NJYA 4BDPA 1GOBA 2XRIA 1NOYA 4DQIA 3V1QA 1A5XA 3NGYA 3AVHA 4CFAA 4FLZA 1KVBA 3L2RA 1TGOA 4B9LA 4O44A 1U48A 4M3WA 2BDPA 3ITHA 4IKFA 1S9GA 1GOCA 1RBRA 3AO5A 4FW2A 4E89A 1NKCA 4KB1A 4N76A 3RTVA 3RMBA 4KFBA 4DSIA 3QO9A 2FBYA 4Z0UA 3C6TA 3DLGA 3NF9A 2OPPA 3V81A 3DOLA 3LP3A 1UA0A 4OLBA 2QKBA 2YNIA 4DSFA 2O4IA 4OGEA 4LD0A 4L8RB 1EETA 2XHBA 3AA4A 1BCOA 1UOCA 4DU3A 4CJVA 1GOAA 4OLAA 1RBSA 1VSLA 3K57A 2HNDA 1XI1A 5FRMA 4I9QA 1RBVA 5C25A 1F21A 1I39A 2WOMA 3LWLA 2KQ2A 3C94A 1JXEA 4R5PA 4NCBA 4CHNA 4CEBA 1SV5A 4KV8A 4DG1A 3WNFA 4B9MA 3M8QA 4OKEA 2VWJA 1L3UA 4CHQA 4CJPA 2F8SA 4O55A 4BDZA 4FJGA 4RW6A 1QE1A 4FK4A 3KLEA 3KLIA 4C8KA 4DQQA 1KFDA 5KRTA 1UA1A 4DTMA 4BE0A 1SKWA 4GMJB 4Y1DA 1SL1A 1XWLA 2OPRA 3AVJA 4DU4A 1VSIA 3S3MA 3BGRA 1LAVA 3DRSA 4B9VA 1KCFA 3NAEA 2BGGA 1YVUA 4O4GA 3HJFA 3RMDA 2B6AA 1NK4A 2XY7A 1Y97A 3PY8A 1T7PA 2OZSA 1FK9A 3ZCMA 3O4NA 5E41A 2PY5A 3CM5A 2E6MA 2I5JA 3TAQA 3SQ2A 1IG9A 1JLAA 1RCHA 4DU1A 4FK2A 3ASMA 4TSXA 4AHSA 3V9WA 4FM1A 1NJZA 1SL2A 3HO1A 2VWKA 1U49A 2GV9A 4KREA 2G8IA 1BISA 3K5LA 2AJQA 4M45A 4DS5A 3LWMA 1RDDA 4CJSA 3H08A 1WN7A 2A1SA 1EP4A 1S1XA 1VRUA 2E4LA 3AVKA 4OKKA 4E7JA 2PYJA 1J53A 3HT3A 2B4JA 5K14A 1C1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YAGA 3GOIA 2NRTA 1YJWN 4FVUA 1RBTA 1BA1A 5M1PA 4RW9A 3DWLA 4NXMK 4IOCL 4B1WB 4IOXA 4FWPA 2YX6A 1X9MA 3EE9A 3V9XA 1S1VA 2WC9A 3S3OA 4E7IA 2FBVA 2P51A 1K8AO 1QZ6A 3NF6A 3C7NA 3GBTA 1BIZA 3EEQA 5EX5A 1EX4A 4KHYA 2ZWHA 4E7KA 4Q0BA 1HQEA 3BP8A 2RHKA 4B9UA 5D3GA 4XIUA 1OVQA 2QXLA 4O8KA 1C0UA 1TUUA 4CFCA 4N47A 2AA4A 4FJKA 5CY4A 1YITN 4H5RA 5E26A 3HI0A 1C0FA 5AQRA 4BR4A 4U7BA 5AQTA 2E20A 1HYZA 3LPUA 3WXIA 3MN7A 1LCUA 5I42A 2KKZA 4EP5A 3U3YA 4M3RA 2Y1JA 4FK0A 4C8MA 1WNSA 4FO0A 3TTFA 4H0PA 3VQDA 4HUFA 3UKUB 1XC3A 4KTZA 3EZ5A 1SL0A 3O3GA 3E66A 3OYMA 1GLCG 4YOTA 4OPJA 1N33K 1ZBIA 4DTPA 1N32K 4IFEA 3KK1A 1W2BM 4ISGA 4GV3A 2PYLA 1RBUA 3ZETA 4CHPA 3J80O 1MDUB 3DXKB 1FKPA 3VEOA 3PV8A 3SMSA 4Y1CA 1IV0A 4E1MA 4JRPA 3J7YP 4EIAA 5AQQA 4M42A 4XH1A 4DSLA 1K8KA 3NHGA 1I3AA 3O4WA 4CJUA 3EKSA 2D4WA 4FLXA 1RTIA 1QQOA 1QHAA 3PX6A 2UU9K 4KTQA 4FWSA 3O9SA 4JKEA 2YNGA 1HQUA 3SUNA 4IG0A 2PFUA 4B9NA 1IKXA 2P9PB 4DTXA 1NGBA 1Q8IA 1NNEA 1HMVA 2NLXA 4J8FA 4FM0A 4DV5K 4BG9A 2Z1IA 3OVNA 1KLMA 2NUBA 4AILC 1WSJA 1NWKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YAG A;  3GOI A;  2NRT A;  1YJW N;  4FVU A;  1RBT A;  1BA1 A;  5M1P A;  4RW9 A;  3DWL A;  4NXM K;  4IOC L;  4B1W B;  4IOX A;  4FWP A;  2YX6 A;  1X9M A;  3EE9 A;  3V9X A;  1S1V A;  2WC9 A;  3S3O A;  4E7I A;  2FBV A;  2P51 A;  1K8A O;  1QZ6 A;  3NF6 A;  3C7N A;  3GBT A;  1BIZ A;  3EEQ A;  5EX5 A;  1EX4 A;  4KHY A;  2ZWH A;  4E7K A;  4Q0B A;  1HQE A;  3BP8 A;  2RHK A;  4B9U A;  5D3G A;  4XIU A;  1OVQ A;  2QXL A;  4O8K A;  1C0U A;  1TUU A;  4CFC A;  4N47 A;  2AA4 A;  4FJK A;  5CY4 A;  1YIT N;  4H5R A;  5E26 A;  3HI0 A;  1C0F A;  5AQR A;  4BR4 A;  4U7B A;  5AQT A;  2E20 A;  1HYZ A;  3LPU A;  3WXI A;  3MN7 A;  1LCU A;  5I42 A;  2KKZ A;  4EP5 A;  3U3Y A;  4M3R A;  2Y1J A;  4FK0 A;  4C8M A;  1WNS A;  4FO0 A;  3TTF A;  4H0P A;  3VQD A;  4HUF A;  3UKU B;  1XC3 A;  4KTZ A;  3EZ5 A;  1SL0 A;  3O3G A;  3E66 A;  3OYM A;  1GLC G;  4YOT A;  4OPJ A;  1N33 K;  1ZBI A;  4DTP A;  1N32 K;  4IFE A;  3KK1 A;  1W2B M;  4ISG A;  4GV3 A;  2PYL A;  1RBU A;  3ZET A;  4CHP A;  3J80 O;  1MDU B;  3DXK B;  1FKP A;  3VEO A; 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 5BPL A;  3OYH A;  3LP1 A;  2F7T A;  4B3S K;  2HOE A;  4QAG A;  1ZBF A;  3SMP A;  1BG3 A;  1Q81 O;  4RG8 A;  1S1U A;  4BRP A;  1S6P A;  4V19 S;  1TL1 A;  1I94 K;  1VSF A;  4JLH A;  3O08 A;  4IFV A;  2QA4 N;  4QOZ B;  1ATS A;  1RGI A;  4E3S A;  2IC3 A;  3THW A;  3KK7 A;  1ZBH A;  3LAN A;  4FLW A;  1RDC A;  3HST B;  1HNI A;  1V4S A;  2BAN A;  3DLK A;  5AQZ A;  3TAE A;  4BC3 A;  3EYZ A;  4IXC A;  5LJW A;  2P5G A;  1IKW A;  1IKY A;  4R79 A;  1UWB A;  1S22 A;  4EP4 A;  3ENB A;  3HXM A;  3L6Q A;  2ASM A;  2UXC K;  3VQB A;  2E88 A;  2DTU A;  2KTQ A;  1HNW K;  4CEF A;  3CER A;  3RWU A;  3DOK A;  3FZM A;  3CCL N;  1S1W A;  2ATQ A;  3LZI A;  4B1Z A;  5HRR A;  3WNG A;  4BWJ A;  4DTN A;  4DSJ A;  1KRP A;  4I2P A;  1NM1 A;  4AHV A;  4F2S A;  3O6W A;  3QNO A;  1JLF A;  3C6A A;  4F3O A;  1SQK A;  2Z1H A;  1BWF O;  4BGB A;  5AQN A;  3OYF A;  3QLH A;  3QEX A;  3E01 A;  3CPE A;  3DLR A;  3ZT2 A;  1GLJ O;  3J8A A;  4M3U A;  2VG7 A;  3E1Y A;  4DHY A;  3SAF A;  3PLA A;  4KH5 A;  4BQZ A;  4F3T A;  1W9H A;  1X3M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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