2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
2VG7A 4CFDA 4DQPA 1D9DA 4CK2A 3KTQA 3C95A 4CF9A 4DQSA 4B9MA 1FXXA 3DOKA 1RDCA 1HPZA 3VN5A 4E7LA 1WAFA 4Z4CA 3CYMA 4DTMA 1Q8IA 4ELTA 4ELUA 4OKEA 4JRPA 1J9AA 4FLWA 1UA0A 1NKBA 1Q9XA 1TAQA 4BWJA 2PZSA 2OPQA 4OPKA 1XWLA 3NE6A 4GW6A 1D5AA 4CEOA 2AJQA 1RT4A 2XO7A 4HUEA 2YV0X 3AA4A 3AVAA 3QNNA 3PX6A 1WLJA 2OPRA 4BACA 1NKCA 3IAYA 2B5JA 3DLBA 4CJ5A 4E1MA 3AVLA 4CJQA 1S6PA 2GV9A 1KLMA 3L2RA 1JLCA 4C8OA 4FZZA 4CIFA 1CZ9A 2Z1JA 1KVBA 1UOCA 4DTOA 3F9KA 4CJ4A 4Q0BA 4DTUA 3IRXA 3OYHA 4H4OA 3ITHA 2O4IA 5I3UA 1B9DA 5C25A 1L3VA 3SNNA 4E89A 3VQCA 4DFMA 3AA3A 1TL1A 1X9WA 4N56A 3DLEA 4M3ZA 4EP5A 1NJZA 5D3GA 5FRNA 2PY5A 1KRPA 4L8RB 4PWDA 1RT3A 3ZT2A 1NK7A 2DFFA 2OPPA 4CEBA 3PY8A 3KLIA 3SI6A 1BIZA 1GOCA 3S3NA 2P1JA 1BI4B 4LH4A 3PV8A 1JL2A 4HVJA 3DLKA 3LP2A 4FJXA 4B08A 2HHXA 3OY9A 4OLBA 4AHVA 4NYFA 4DFJA 2KZMA 1BL3A 4RW8A 3AO4A 3L3VA 4FM1A 3WNGA 3P1GA 4F2RA 4CF2A 1RILA 3OYBA 4DFPA 4FJJA 3ZSOA 2XHBA 1LV5A 1CXUA 4DTPA 2FBVA 1HYSA 3S3OA 3LP0A 3EY1A 1LW0A 4IBNA 3MEEA 3RMAA 2G8WA 1X1PA 2FBXA 2HHUA 3L2VA 4DTJA 3MXIA 4E7IA 1HQEA 2X6NA 4CK1A 3O4QA 3OYEA 3LZJA 5C24A 3RMBA 4DWIA 1VRUA 3AVFA 3ZSRA 3I0SA 2KQ2A 1VSEA 3PUFA 1WSFA 5J2QA 3KK1A 2XY7A 1W9HA 3TI0A 2EHGA 1RT7A 3DYAA 3G10A 5JS2A 5C42A 3SPYA 1JLFA 3K57A 3SQ1A 4M45A 3QIOA 4F8RA 3M8RA 4O4GA 3AV9A 3U3GA 4NCBA 2D5RA 2KFZA 3NDKA 3V9WA 4N41A 4FJHA 2IS3A 3HJFA 5JS1A 2WOMA 3P83D 4BDZA 1BI4A 3TABA 3OYMA 3OVNA 1NJWA 1KVAA 2YHAA 1HYZA 1Z25A 3D45A 1RT2A 3VQAA 3RRHA 3SUQA 4CGDA 4CHYA 3NH2A 3SUNA 1T03A 4J2DA 4CJKA 4IFVA 2OA8A 4FJ9A 2YKMA 1LWFA 3I8DA 3MEDA 4DSFA 1JL1A 4Z4GA 3AVKA 3PX0A 4O0IA 3RR8A 4QCLA 1RT1A 4NCGA 4DU1A 3TAGA 2RN2A 4FJIA 1X9SA 3K58A 3AVMA 1KTQA 4H8KA 4CEZA 4BDYA 4AHUA 4RW7A 3JYTA 3QNOA 4CEQA 2BANA 4IG3A 1TL3A 3DOLA 1F21A 1NK0A 3JSMA 1FK9A 1EETA 1HNIA 5FRMA 1A5XA 1RDAA 2VG6A 3HL8A 4E7KA 4N47A 3AA5X 4ELVA 3NF8A 4Y1DA 5FDLA 4JRQA 4FCYA 3TAMA 3DRSA 3L8BA 4CGGA 4E3SA 1TK0A 2P5GA 4JS4A 5I42A 1R0AA 2G8IA 2IGIA 2F8SA 1CXQA 1RNHA 2P51A 3QEWA 2DFHA 3HP6A 3TARA 3RMDA 4FLZA 4E19A 3KK2A 1HNVA 3T3FA 3AVJA 3HPGA 5FROA 3L3UA 3V9XA 3NF9A 1U49A 4AHCA 3HYFA 1NJXA 4J2BA 2FBYA 1TVRA 1T7PA 4I9QA 1HJRA 3VQEA 3OS1A 2YNHA 2ZD1A 3ZSZA 4CFBA 3RTVA 1SKRA 1DTTA 4DG1A 1C1AA 3SUPA 4BE2A 3HM9A 4ZTFA 4FLXA 3HPHA 3IG1A 4W5TA 4N5SA 3SUOA 4G1QA 3V1RA 3KKSA 2FBTA 3NF6A 3LP3A 4CJ3A 2YNGA 2G8FA 4CJPA 4F3OA 4KI4A 3WNHA 2YHBA 3TANA 1QS4A 2Z1GA 3NH0A 1D9FA 4FJMA 1TKXA 1ZBLA 2ETJA 5KI6A 1TGOA 3THVA 3QESA 1NK8A 3ALYA 1VSJA 1ASVA 1WSHA 4CJUA 3OYDA 1KSPA 1RT6A 4Z4EA 3MXJA 1WN7A 3ULDA 1C1BA 1I39A 4KI6A 4I2PA 3NAEA 2XY8A 4Z0UA 1A5VA 3SJJA 2D0BA 3OJSA 1BHLA 4FJNA 4CERA 3OYGA 4OJRA 4DLEA 1YT3A 4KO0A 3P5JA 3NHGA 4LY7A 1BCOA 4DSJA 1VSDA 4FLVA 4OGCA 4FK2A 4CJFA 1T05A 3CM6A 4CK3A 3DLHA 3VQBA 3VQQA 4CJWA 4FJLA 4CIGA 1C0TA 4I2QA 2HW3A 4B3OA 3QLHA 4KAZA 3A2FA 4CHQA 4AHSA 1NOYA 4B9LA 4FYDA 4W5NA 4JLHA 3OYFA 3KJVA 1K6YA 3FFIA 5SWMA 3KLHA 1U47A 2P5OA 1BGXT 1C0MA 3AO5A 1J53A 4TSXA 2HNDA 1WAJA 1LAWA 2KW4A 2ITGA 3LANA 2B4JA 4FJ7A 5HRPA 2RPIA 1HYVA 4DQIA 4KB1A 3TR8A 4FLUA 1VSKA 1YVUA 4FW1A 4DQQA 1JLBA 3S9HA 1EXQA 4DSEA 1S9EA 4FJ8A 4H4MA 3K59A 1FKOA 3B6OA 5HLFA 1RTDA 4KRFA 3KIOA 4B9NA 1ITGA 4OKKA 4IG0A 2KFNA 3L2UA 2GUIA 1QSYA 3OYIA 3O4NA 3OYLA 1QTMA 4K8ZA 4FZYA 1RDBA 3LDSA 3SCXA 2X6SA 4KHUA 2ATQA 2G8VA 5KTQA 1IKYA 1JLGA 2DFEA 2OPSA 3TAFA 3SQ2A 3AVCA 4B8AB 4CF1A 4HCCA 2O4GA 2WONA 2ZQBA 1BISA 3LP1A 3T1AA 4Z4HA 4ZTJA 4FJKA 5CYMA 3PO5A 3O3FA 3U3YA 2A1RA 3VA3A 1UWBA 4XIUA 1N5YA 3QEVA 2G8HA 4QOZB 2HNYA 1QHTA 1BCMA 1LWCA 4AILC 2B6AA 1B92A 4KKOA 2ZE2A 4O5BA 1VSMA 1JXBA 4C8NA 3CFRA 3TAEA 4F2SA 3V9ZA 4GVMA 3SV4A 2F8TA 2HHTA 3PO4A 4CHPA 2QKBA 4C8KA 2X78A 5CZ2A 3ZT4A 1L3UA 1BIUA 5DK5A 4W5QA 4B9TA 1BQMA 2DTUA 1O1WA 4CCHA 2OZSA 1RCHA 5HROA 3OYJA 3SPZA 4OLAA 4CF0A 3ZT0A 4EP4A 1KCFA 2D0CA 5HP1A 3M8PA 3RR7A 1RBSA 3AVIA 4C8MA 3K5OA 1SKWA 3KD5E 4CHZA 1S9GA 3WNFA 1C0UA 4CFCA 3TWHA 4LSLA 4DF4A 4PQUA 4LD0A 5K14A 4CEFA 3IS9A 4HTUA 4AHTA 1I3AA 1RDDA 1DLOA 1VSFA 3KLFA 4BE0A 2Z1HA 4FW2A 4DU4A 3C94A 2PYJA 4FXDA 1KFDA 3RWUA 3V1OA 1XI1A 3C6TA 3QEIA 3SQ4A 4CJEA 5KRTA 5HBMA 2R7YA 1IG9A 4HUFA 1B9FA 2D0AA 3NGYA 4Q5VA 1RBRA 4K8XA 4OGEA 1DTQA 4B9VA 1D8YA 4CGHA 2YNIA 3ZSWA 1S1UA 1U48A 4Z4IA 4I9LA 1REVA 3L2QA 2VWKA 1U04A 3HXMA 4CJTA 3KKRA 4I7FA 3SZ2A 1IKXA 1S1TA 4CEDA 3OJUA 3S3MA 2OYQA 4HUGA 4M3UA 3HO1A 2XY5A 2W42A 3DLGA 4HCBA 2HHSA 1RTIA 3AVHA 4RW4A 1XHZA 1N6QA 1J5OA 3TAPA 2HHQA 4FM0A 2F96A 3LAKA 3DRRA 3DMJA 1J54A 4E7JA 1S6QA 3ZCMA 1SL1A 4KPYA 4M3WA 2HHVA 3RRGA 4CGIA 3RMCA 2HNZA 2IAJA 3VQ7A 3LWLA 4DTNA 3LPUA 1L3SA 4PUOA 2IC3A 4OVLA 1VK0A 3AO3A 1RBTA 4KHWA 4O55A 3V9SA 2DY4A 4WE1A 4AHRA 2QK9A 4YNQA 3LWMA 3VA0A 3V9UA 1VRTA 4FZXC 3K5MA 4PA1A 4BE1A 5J2MA 2HVHA 4UQGA 5HRNA 4E7HA 4N76A 1X9MA 1RBVA 3ASMA 4MFBA 2RF2A 3HP9A 4KREA 1Z26A 4HHTA 4KTWA 3LALA 4BWMA 2VWJA 4KHSA 4RW9A 1NK9A 4IKFA 3BDPA 3DLRA 3M8SA 4O0JA 4LSNA 4FLYA 3SV3A 4CEEA 3CQ8A 1EKEA 3AVBA 1RT5A 3AA2A 5SZTA 1IO2A 1TKZA 4QAGA 2E6LA 3C6UA 3V1QA 3O3HA 4BDPA 4DLGA 4M3YA 3KLGA 4KHYA 3DI6A 3OYNA 3KLEA 3HVRA 3K5LA 3HK2A 4CJLA 5J1EA 2A1SA 4DMNA 1CZBA 2YKNA 3OS0A 4F4KA 4ID5A 4FJ5A 1UA1A 4PY5A 2PYLA 3NFAA 4NYNA 4NCAA 3ZT3A 2JGUA 3EYZA 4B8CA 5KRSA 1NKEA 1Y97A 3CFOA 3HSTB 4DFKA 4DF8A 2HMIA 4M41A 3KK3A 2BDPA 3QINA 3MECA 2IDOA 4B9SA 4DSIA 4M3XA 3DM2A 3ZSXA 1C1CA 3VQPA 4CJRA 4JS5A 4FJGA 4CECA 1IKWA 3I0RA 3QERA 1QSLA 2XY6A 3CM5A 3F73A 1W0HA 1VSHA 3OYCA 1ZBIA 3E01A 1L3TA 4AH9A 3D0PA 4IFYA 3VQDA 4W5OA 1SV5A 4GMJB 5DMRA 4DSKA 3O3GA 3QIPA 4KTZA 1ZBFA 3ZSYA 3HT3A 1U4BA 1NJYA 2KZZA 3AO2A 4YFUA 2KTQA 1LW2A 2E4LA 4J2EA 3UIQA 1QE1A 3PX4A 2I5JA 3G0ZA 5KGXA 1T8EA 3VQ4A 2HHWA 2FC0A 2NUBA 4CHNA 2XRIA 1VSIA 1NK6A 4CGJA 3TAQA 3VQ6A 3U6FA 5J2NA 4FLTA 3V81A 1EX4A 2QKKA 3WNEA 3V4IA 4J2AA 4KFBA 4O44A 2YNFA 4KTQA 1JXEA 2EX3A 3DRPA 1QSSA 4CF8A 1ZBUA 2VG5A 4F3TA 4DTSA 4ICLA 1XHXA 1G15A 4CESA 4DU3A 4KB0A 1NOZA 1CLQA 3AVNA 2Q3SA 1ZBHA 1ASUA 1UAXA 4FK0A 1HRHA 3VQ9A 2Z1IA 2LSNA 4EZ9A 1SL2A 1YTUA 1VSLA 2JLEA 3AO1A 4ID1A 4CE9A 4R5PA 2E6MA 5CZ1A 3OS2A 1RTJA 3SQ0A 2BE2A 1RBUA 4OKJA 3LAMA 5EU7A 2X74A 3KD1E 4Y1CA 1TAUA 4KV8A 3K2PA 1ASWA 4IDKA 1JLEA 1Q9YA 3NH1A 1NK4A 1LWEA 1JLAA 4B9UA 2QXFA 1U45A 4LH5A 4CGFA 3HPOA 4DQRA 1FKPA 1IKVA 3T19A 3QEXA 1S1WA 1ZYQA 1C6VA 3CFPA 3ISNC 3H08A 1KFSA 3VQ8A 2RKIA 4M3TA 4FK4A 1QQCA 4KHQA 3BGRA 1WSGA 4DS4A 4MQ3A 5T7BA 4DS5A 3QETA 1TKDA 4CFAA 1GOAA 4E1NA 4RW6A 1WSEA 3QO9A 1TV6A 4CEAA 1S1XA 5HRSA 3LZIA 2OZMA 4CHOA 1TKTA 4M3RA 3VQ5A 3ZSVA 4KHNA 5KGWA 2BGGA 1EP4A 1GOBA 2G8KA 3ZSQA 3NF7A 1BQNA 3QEPA 1SUQA 1S5JA 3ZT1A 3MAQA 4CJSA 4CJVA 3LPTA 3NGIA 1SL0A 1HMVA 4DSLA 1SKSA 4E0DA 4ZHRA 1JKHA 1XC9A 5E41A 3M8QA 4EZ6A 1S1VA 3L2WA 2Y1IA 4DTXA 1A5WA 3B6PA 3CG7A 5CY4A 3NCIA 1KLNA 4OPJA 3V6DA 3NBPA 4FVMA 3NGZA 1IH7A 1KVCA 1JLQA 4RG8A 3HVTA 4CIEA 5J2PA 3MXMA 2IOCA 4DTRA 1L5UA 1WNSA 1WSJA 3EZ5A 3MEGA 2G8UA 5HRRA 2HB5A 4FM2A 1HQUA 4Z4FA 4W5RA 3SYZA 1TK8A 3AVGA 3OYKA 1WSIA 5CYQA 1NK5A 1LAVA 1TK5A 1YTAA 4C8LA 2HVIA 3OYAA 1RTHA 3K5NA 4M42A 2GBZA 1MU2A 2Y1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV7K 4OO1J 3DOKA 2A5XA 1BG3A 1WAFA 5AQKA 5I9EB 4DTMA 1Q8IA 4ELTA 3AARA 1UA0A 3T69A 4BWJA 2OPQA 5AQPA 4OPKA 4GW6A 4LF8K 4XH5A 3PX6A 2E5LK 3FLCO 2QM1A 2GV9A 2H3GX 4C8OA 1WBDA 1KVBA 1UOCA 4Q0BA 5AQUA 1WB9A 5I3UA 5C25A 4E89A 3VQCA 1XQSC 5TKYA 3RVCA 4ILGB 4PWDA 1RT3A 3O9RA 1N8RO 3SI6A 4RCHA 3A5LC 5E26A 2HHXA 3OY9A 4AHVA 4FM1A 3VGKA 3THWB 1NLVA 3PSFA 4RTFD 1RILA 3MN9A 4FJJA 3ZLJA 4M63C 1CXUA 2FBVA 1X1PA 4FWSA 5BR8K 3MXIA 4CK1A 3O4QA 3AVFA 2QWLA 3I0SA 3PUFA 4H0XB 5J2QA 4ISFA 5GINA 2EHGA 1RT7A 3DYAA 2P9IA 4WFAL 4M45A 3M8RA 3AV9A 1NGIA 2KFZA 5M1OA 4FJHA 5AQWA 2FLOA 2WOMA 3TABA 3D45A 3VQAA 3SUQA 4CHYA 3NH2A 3TSUA 5AQZA 4IFVA 3G71N 2OA8A 2YKMA 3I8DA 4H0YB 4X66K 3RR8A 4GV6A 4BQZA 3TAGA 4DU1A 3HTVA 1X9SA 3K58A 4AHUA 3QNOA 5BRFA 5FRMA 5JVHL 1FK9A 1A5XA 3HL8A 5E84A 3VF2A 4BR9A 3NF8A 1IJJA 1IG8A 3JAMO 2P5GA 2YX6A 2F8SA 1CXQA 3IMXA 1RNHA 4BC4A 5JLHA 3TARA 3CCLN 3CCMN 3HSCA 1E4FT 1VQPN 3T3FA 3AVJA 3V9XA 1U49A 3NF9A 4AHCA 3EKUA 1Y64A 3OS1A 4CFBA 5M1NA 3E1YA 3SUPA 4FLXA 4W5TA 2ASMA 4N5SA 5LJWA 3C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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