2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
4XIUA 4M3UA 4O4GA 2HW3A 2GV9A 2RN2A 4CJ5A 3TANA 3PO5A 4DWIA 1HMVA 1JXBA 1WAFA 4CFBA 4ZTJA 4B9VA 4HCBA 4CIEA 2D0BA 3QIOA 4FJ7A 4CJFA 1T05A 4KI4A 5FRMA 2YNFA 3SPZA 3WNGA 4CK1A 3RMCA 4HHTA 1NJXA 5J2MA 4DU4A 3S3OA 4BWMA 2HB5A 4DQIA 2O4GA 1B9FA 3NGZA 3RRGA 3V6DA 1JLEA 4CF9A 1UWBA 1WNSA 5CZ1A 4E19A 4IKFA 4PQUA 3L3UA 4CFAA 3NAEA 2KW4A 2Y1JA 2PY5A 1VSEA 4CIFA 3E01A 3QLHA 2XHBA 1BGXT 3MEGA 4DS4A 4M3TA 1IKYA 5K14A 3DOKA 1LWEA 2YKMA 5KI6A 4I9QA 4CEEA 4C8OA 4DTJA 4CGFA 4FCYA 1JL2A 1RBTA 2ITGA 1LAWA 3ALYA 1KVAA 4BE1A 1ZBLA 1YTUA 1SKWA 3L2VA 5FRNA 5DK5A 4CJWA 4CEFA 4DFKA 3DMJA 3KLIA 3PY8A 3FFIA 4CF1A 4F2SA 3NBPA 4E0DA 4YNQA 2HHSA 4AH9A 3VQ5A 4DTXA 1QE1A 3QEVA 4HUGA 3QEPA 1NKBA 4DF4A 3NHGA 3ZSXA 4C8MA 3T19A 3ZSYA 4CJ4A 4BE0A 4E3SA 3TR8A 4KHSA 4O0JA 3OYJA 4EP5A 3SV3A 3QESA 2QK9A 1HQUA 4UQGA 4CHYA 3AVNA 3VQ6A 3OYBA 5J2QA 5HLFA 1ITGA 5HRSA 3SQ0A 1EXQA 3ISNC 2DFFA 3IRXA 1RBSA 3I0SA 4CJPA 3AVAA 2PYJA 2OYQA 3DI6A 5HBMA 1NK4A 3IAYA 4FYDA 1RTJA 3V9ZA 4DQRA 1HQEA 1RDAA 1C1CA 3LZJA 4CESA 4YFUA 4BACA 2KQ2A 2IS3A 1SKSA 1TKDA 3TAQA 2KZMA 2AJQA 4K8ZA 4CHNA 3K5NA 3P1GA 1RTDA 2HHWA 3U3YA 3ULDA 4CHPA 1HYZA 2YNIA 4CEAA 3CYMA 3G0ZA 3O3GA 3LDSA 3AO3A 3DLGA 4E7IA 2E6LA 1VRUA 3VQBA 2E6MA 1U48A 4F3OA 4BWJA 3RWUA 4M3YA 4QCLA 1J54A 2DFEA 3HP9A 1Q8IA 2XO7A 1WSHA 3ZCMA 2KFZA 2KZZA 2FBYA 3V81A 3O4QA 3TAGA 4MFBA 4JRPA 1EP4A 2ZD1A 5JS2A 3DRSA 1L5UA 1KLNA 4JS5A 3L2WA 4B9MA 4O0IA 1TK8A 4FVMA 3MAQA 3OYMA 3OYFA 2WOMA 2A1SA 3LP2A 3QIPA 1RT6A 4RW6A 4KHUA 1X1PA 3WNEA 4CJ3A 4DLEA 4CFDA 3TARA 1IO2A 3PX4A 2DFHA 1QTMA 1TAQA 3UIQA 3PUFA 4IDKA 3LP0A 3AA2A 4E1NA 4FM1A 3SPYA 4FZXC 2X78A 1ZBIA 4B9TA 3HPOA 2G8KA 4ELTA 4BDZA 3S3MA 5HRRA 1YT3A 1KTQA 4DSLA 2QKBA 5T7BA 1ZBUA 3AVCA 1S1TA 3P83D 3LP1A 3WNFA 1Y97A 4FK4A 2HHTA 4Z4CA 4RW9A 3HL8A 3NDKA 1XI1A 1JLCA 3DRRA 3K2PA 3V9XA 2OPPA 3LAKA 3F73A 3LPTA 4GW6A 4LSNA 4CGGA 4W5OA 3KIOA 3JYTA 2B6AA 3QETA 1HPZA 1LW2A 2EHGA 2QXFA 3AVFA 4F8RA 2WONA 3OYGA 1GOBA 1HJRA 4OVLA 3U6FA 2G8WA 2HNZA 2G8VA 2OZSA 1C0TA 4PY5A 3SJJA 4DSIA 3AVJA 4IFYA 4FZZA 2X6SA 5DMRA 4OPJA 3NGYA 1BIZA 4ZTFA 3H08A 4KTQA 1EX4A 2BDPA 3HP6A 5I42A 1REVA 4KHWA 1L3UA 4DTOA 4N41A 3TWHA 4CEOA 2OPSA 3L2QA 5D3GA 4IG0A 4OKJA 1BCMA 4Z4IA 2BANA 3ZSQA 3T3FA 2XY7A 4KPYA 1CXUA 4M41A 4EZ6A 3HVRA 4J2BA 3I8DA 4M3ZA 3HPHA 3TAEA 1NK7A 4BDPA 3SUOA 1I39A 3OVNA 2IDOA 4JLHA 4LD0A 4FJKA 4Z4HA 2PZSA 2JLEA 2P5OA 3SQ2A 3SV4A 3NF8A 4EP4A 4LSLA 4KAZA 3L3VA 3SCXA 1IKXA 4EZ9A 3P5JA 1I3AA 2BGGA 4N5SA 2DY4A 2OPRA 3WNHA 2HHQA 4DTUA 2F8TA 4DTSA 3LAMA 1ASUA 1WSIA 2VG6A 4PUOA 3HK2A 3AO4A 4O55A 3OYEA 3SQ1A 3OS2A 3NF6A 4NCBA 1LW0A 2YKNA 3NF9A 2Z1HA 3LWMA 3LZIA 1QSYA 3PX0A 3AO5A 1Z26A 2YNHA 4AHTA 4CEDA 3K5LA 4DS5A 3ZSOA 1LV5A 1A5WA 2BE2A 3VQEA 4DMNA 1C0UA 1WN7A 3DOLA 2KTQA 1RTIA 3LPUA 3LANA 3VA0A 1VSMA 4FLXA 3PO4A 4Q5VA 3T1AA 2G8HA 4G1QA 4Y1DA 3QEIA 1X9WA 1L3VA 3DLBA 2YNGA 2LSNA 4CJVA 3HT3A 1XHZA 2Y1IA 1HYVA 1JLBA 3ZT1A 4CEBA 2G8FA 3THVA 4M42A 3VA3A 4KHYA 3V4IA 4AHSA 4ZHRA 4NCGA 1NOZA 1XHXA 4FM2A 2KFNA 4CJSA 2XY5A 1FKPA 3C6TA 4OGCA 4OJRA 3RTVA 3ZT2A 1X9MA 4I9LA 4HVJA 1WSGA 1U47A 3K57A 4FJIA 2EX3A 4ID1A 4J2DA 1IKWA 2F96A 3O3FA 2OPQA 2YHBA 3V1RA 4F2RA 4FJMA 2A1RA 1VSDA 1S6QA 2VWKA 2ZQBA 5KGWA 1S9EA 2O4IA 4JS4A 4DF8A 1U49A 1WSJA 4KKOA 3K59A 4E7LA 4FJJA 4PWDA 1JXEA 3RR8A 2D0AA 2FC0A 4C8KA 3O4NA 3AVBA 4RW7A 4CF0A 4B8AB 3BGRA 3QO9A 5I3UA 5KRSA 1QQCA 3MEDA 1S1UA 3C95A 1RT3A 3CFRA 4E1MA 4KHNA 1D9FA 4O44A 4JRQA 1GOCA 5HP1A 3M8QA 2VWJA 4C8NA 1MU2A 3KLGA 3L2UA 4M3XA 2HNYA 3I0RA 4KB0A 4M3WA 3MECA 4K8XA 2FBTA 4H4OA 1T7PA 1W0HA 4KFBA 2P5GA 1VSLA 3KLFA 3KLHA 3AVKA 5HROA 1ASWA 1XWLA 4QOZB 2IGIA 4IFVA 4CJEA 3G10A 4Y1CA 3V1QA 4E89A 4CK3A 3ZT3A 4DLGA 4DFMA 1N6QA 3F9KA 1WSEA 3QEWA 4M3RA 2X6NA 1T8EA 3AO1A 3OYIA 1RT1A 2XY6A 1BI4B 4OLBA 1SKRA 1G15A 1CZBA 1DTTA 1NKCA 4N76A 3KK3A 1WAJA 1FK9A 1VSKA 4Z4EA 2D5RA 4CHQA 4FJ5A 1Q9YA 4MQ3A 2VG7A 4KI6A 1KVCA 1U04A 2FBVA 3PV8A 4F4KA 1O1WA 4W5QA 4E7KA 3CG7A 3DLHA 3LWLA 3TAMA 4CJLA 1RCHA 2RKIA 1FKOA 3ZSWA 3OYHA 3L2RA 1WSFA 1F21A 3VQ7A 3IS9A 3NF7A 1TK0A 3NH2A 4KREA 4W5NA 4IG3A 3HVTA 1UAXA 4DFJA 3PX6A 3QNOA 1JLFA 4ELVA 3ZT0A 4FK0A 4KHQA 4FLWA 4KO0A 3CFPA 1UOCA 4CECA 4CJQA 3OYCA 2B4JA 2R7YA 1BQNA 3TABA 1XC9A 1RDCA 4FJXA 3SI6A 1A5VA 1QSLA 1KFDA 2ZE2A 3MEEA 1NOYA 1EKEA 3QEXA 4DTNA 3KD1E 4F3TA 3SUNA 3D0PA 1JL1A 3AVHA 1ZBFA 1IH7A 4CF2A 4FJLA 4CHZA 1T03A 4CCHA 1X9SA 4FXDA 3OJSA 3KK1A 4DFPA 3EYZA 4KV8A 4KTZA 5HRNA 4AHUA 4CJKA 3AVMA 3A2FA 3KKSA 1SL2A 1LWFA 3TAPA 3V9WA 1L3TA 1W9HA 1VSIA 1NKEA 1HNVA 4IBNA 4FJGA 4FK2A 1YVUA 2FBXA 4PA1A 4CJTA 3ITHA 5KGXA 4ICLA 1D5AA 3V1OA 4GVMA 4BE2A 1JLQA 3AVGA 3MXMA 1NJZA 4J2AA 3LALA 3NGIA 1RT5A 1UA0A 3V9SA 1L3SA 1DTQA 4CJUA 4L8RB 1Z25A 1NK6A 4Z4GA 4FLTA 1BCOA 1FXXA 1VK0A 1S6PA 4CEZA 5C42A 4OPKA 3K58A 4FM0A 4ID5A 1C1BA 3DM2A 4LH5A 3NH0A 1BL3A 1VSJA 1JLGA 3L8BA 2Z1IA 4DG1A 1EETA 3CQ8A 4FJ9A 4M45A 5HRPA 3MXIA 3HYFA 4CGJA 4FW1A 3B6PA 4FLUA 1ZYQA 4C8LA 4DSJA 4Z4FA 5CY4A 4AHRA 1S1XA 4I2QA 1B9DA 1QSSA 4HCCA 3NE6A 2HVIA 2XRIA 3ZSVA 1SL1A 1RBRA 4ELUA 1KSPA 3BDPA 3ZSRA 1C6VA 5FROA 1VSHA 1Q9XA 1RDBA 2ETJA 1IG9A 2NUBA 4I2PA 3VQ9A 2RF2A 4B9SA 3VQ8A 3KLEA 3NH1A 3OYDA 1TKTA 4NYFA 3OJUA 3TAFA 1D8YA 3AO2A 4N56A 3O3HA 1TKXA 4E7JA 2E4LA 1NK9A 1TL3A 1J53A 1A5XA 1BQMA 1JLAA 2D0CA 3ZT4A 4DU3A 1DLOA 3ASMA 3AVLA 2G8IA 3RRHA 1BISA 1NK0A 5CYMA 4HUFA 3QINA 4DSEA 4OLAA 3C6UA 3OS0A 1SV5A 4FJNA 4Z0UA 3OYLA 5EU7A 4CJRA 5E41A 4DQPA 5KRTA 2IAJA 4FJHA 3HXMA 1NJWA 3V9UA 2PYLA 4CFCA 1S1WA 3K5MA 1HRHA 2P1JA 4DQQA 3OS1A 5J1EA 1RBUA 2Z1JA 1JKHA 3U3GA 4CK2A 4DQSA 1UA1A 3HO1A 1CZ9A 4R5PA 1QS4A 1CLQA 3JSMA 4Q0BA 3AV9A 1J5OA 3K5OA 4OKKA 4DSFA 4DTRA 5CZ2A 1KRPA 3KTQA 2GUIA 4KRFA 1BI4A 1RDDA 4W5TA 4NYNA 1B92A 1HNIA 1S9GA 4WE1A 4CHOA 2YHAA 2Z1GA 5C24A 3EY1A 1SL0A 3M8SA 3NFAA 3HJFA 1TGOA 3VQPA 3M8RA 3AA5X 4B8CA 5C25A 4KTWA 4N47A 4BDYA 3DRPA 3RMDA 2B5JA 1LAVA 2HNDA 3HPGA 4B9LA 1NJYA 1RT4A 3VQCA 4O5BA 5JS1A 5SWMA 3QNNA 3DYAA 4FLZA 4TSXA 4FJ8A 1C0MA 4CE9A 3AA4A 1KVBA 1GOAA 1S1VA 3DLEA 4HUEA 1LWCA 1RT2A 1NK5A 4DTMA 3VQDA 1U4BA 3KD5E 3RMBA 1U45A 3C94A 1KLMA 1RTHA 4FLVA 4DTPA 3M8PA 4CGHA 4FLYA 1TAUA 3AA3A 3AVIA 1QHTA 4CGDA 1CXQA 4E7HA 3S3NA 3RR7A 3VQAA 2ATQA 1NK8A 4AHVA 1ZBHA 2DTUA 2I5JA 5FDLA 4HTUA 1TKZA 4CGIA 4I7FA 3SUQA 1KFSA 1KCFA 3EZ5A 2IOCA 5J2NA 3KJVA 4KB1A 1BHLA 4OGEA 2HHVA 4LY7A 3SZ2A 3OYNA 2OA8A 3HM9A 2JGUA 1N5YA 1RBVA 1SUQA 1VSFA 3KKRA 4RG8A 5KTQA 3OYAA 2YV0X 3RMAA 2RPIA 1HYSA 1J9AA 4CF8A 1K6YA 3D45A 4B08A 3VN5A 4B9UA 1WLJA 3VQQA 3OYKA 3OY9A 1VRTA 1YTAA 3NCIA 4B9NA 4FZYA 4B3OA 4AHCA 4GMJB 1RT7A 2Q3SA 5SZTA 3CM5A 3HSTB 1TL1A 2F8SA 3DLKA 1BIUA 4FW2A 1RILA 3QERA 3CM6A 2X74A 2G8UA 3B6OA 2XY8A 4J2EA 1C1AA 3CFOA 4RW4A 2OZMA 1ASVA 1IKVA 2QKKA 4H4MA 1R0AA 3SYZA 2HMIA 2HHXA 3LP3A 4AILC 1RNHA 5CYQA 3VQ4A 2GBZA 4LH4A 3ZSZA 3SQ4A 4DSKA 3MXJA 2P51A 4NCAA 4CEQA 4W5RA 2HHUA 2W42A 3SUPA 3S9HA 2VG5A 4H8KA 3TI0A 5J2PA 3SNNA 4CERA 3KK2A 3DLRA 4DU1A 3IG1A 2IC3A 1TK5A 1TV6A 1TVRA 4CIGA 4QAGA 4OKEA 2HVHA 1S5JA 1D9DA 4RW8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I6MA 2HW3A 1G99A 1NU0A 3TANA 1HMVA 4ZTJA 2GWJA 4CFBA 4HCBA 3BZKA 4H0XB 4KI4A 4CJFA 3SPZA 3WNGA 4CK1A 3RMCA 5J2MA 4BWMA 4AQYK 3NGZA 3GE1A 1UWBA 4E19A 2FSKA 4IKFA 3NAEA 4H5TA 3VEYA 1VSEA 3K9KA 4DR5K 3C7NA 1RBTA 3LM9A 1YTUA 1S72N 3BY5A 3FFIA 4F2SA 4EFHA 3NBPA 4E0DA 4DTXA 4WFBL 4DF4A 4BE0A 3ID8A 3OYJA 4EP5A 3VGKA 4LF4K 4BR5A 2QK9A 4BY9C 3AVNA 3O6WA 5AQZA 2OCEA 4G9ZA 3QBXA 4JI8K 4CZMA 3CERA 2PYJA 5GADP 4FYDA 3TTFA 4BACA 4YFUA 1TKDA 3H1VX 1RTDA 5C2FA 4BRKA 3I33A 4E7IA 3LDSA 1VRUA 4F3OA 4M3YA 5JVGL 3ZCMA 3OBYA 4MFBA 5C15A 1EP4A 5JS2A 1KLNA 4FVMA 3QIPA 4LC9B 3MWTA 4FM1A 4IDKA 4B9TA 2VQFK 4MLHA 3S3MA 5T7BA 1ZBUA 1S1TA 4L3QA 3DWLA 4CBUA 4Z4CA 4RW9A 1NJIO 3NDKA 3THWB 3LAKA 3LPTA 4CGGA 4W5OA 3KIOA 3JYTA 1NLVA 1HPZA 2IVNA 2QXFA 3QDKA 5M1NA 4F8RA 1GOBA 3U6FA 1C0TA 4BRFA 1ATNA 3SJJA 4FZZA 3CJBA 3WQTA 4ZTFA 3H08A 3SAFA 2P9KA 5M1PA 1QZ6A 2UXDK 1ZBSA 5I42A 1REVA 1L3UA 5AFUA 4JK8A 4H0VB 3VOVA 3O08A 2YX6A 1S3XA 4XEIA 4CEOA 5KPTA 2OPSA 3CCVN 5E84A 4OKJA 1VQON 4Z4IA 3D2FB 4JV5K 5KQDA 2NRTA 4M41A 2F9TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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