2Z1GA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t40e/q72h/q76k/q80e/t92k/q105k)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYERTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSHYVRKGITEWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1gA00
1KVAA 4Z4GA 2KZMA 1VSIA 3V9ZA 4ICLA 1C1AA 4J2EA 2IDOA 2YHBA 3KJVA 4KHWA 4DFMA 4HUEA 3QERA 3SPZA 3NH0A 2YNGA 3TAQA 1ZBIA 4CGDA 4CF9A 4ZHRA 3P5JA 1QTMA 3PX6A 1CLQA 2I5JA 1WAFA 4O0IA 3V81A 4N41A 4PA1A 4J2BA 4LD0A 3DOKA 3KKSA 3K5LA 3TABA 4CESA 4Z4CA 3B6PA 4OKKA 4J2DA 1RT4A 1FXXA 1KCFA 1BIZA 2A1SA 2ZD1A 1KFSA 1N5YA 3TI0A 3NF6A 5KI6A 2O4IA 1I3AA 2X74A 3T19A 1A5WA 3OY9A 1RDCA 4CEAA 4B9TA 3AO3A 2E6MA 4DTRA 4L8RB 1YTUA 4IG0A 2HHUA 3EY1A 2X6NA 3NH1A 4Q0BA 4F3OA 4GW6A 1MU2A 4DQQA 3C95A 4QOZB 1KVCA 3AVGA 1RBTA 1JLFA 3VQEA 4DFKA 1X9WA 3AA5X 3LAMA 4CHNA 1HJRA 4E0DA 4E89A 5C24A 1HQUA 3SQ1A 1C1BA 3HVTA 2G8KA 4C8OA 2OPPA 1A5VA 3RWUA 4FJLA 2Z1JA 4AH9A 1N6QA 4AHUA 3SPYA 3L2UA 3S3NA 4HUGA 4IDKA 2XY6A 3RMDA 1KSPA 3K5NA 4B9SA 2RN2A 4B08A 3TR8A 1LWEA 1NK4A 4H4MA 3OVNA 3U6FA 4FJ8A 4CF2A 1RT2A 3MEEA 2PZSA 3U3YA 3KTQA 4FXDA 1EP4A 1S6QA 3HXMA 1NKEA 4CJLA 1UOCA 1NJZA 1VSLA 5C25A 3HP6A 2IC3A 3CQ8A 2KFNA 3VQCA 1Q9XA 5FRMA 3HL8A 5HRSA 3VQDA 1ZBUA 5KGWA 1LWFA 1XHZA 4CGIA 2HNYA 1S1VA 4CHPA 4M3TA 2ZE2A 5K14A 1ASVA 1S9GA 4C8NA 1JLGA 4E1NA 4NCAA 1BCMA 4BE0A 3PUFA 3OYNA 1BIUA 3OJUA 3ISNC 1S1TA 3ZSVA 1TV6A 2XY7A 3AVCA 2PY5A 3MEGA 2OPRA 1SL1A 3PY8A 3ZSRA 4CJUA 3AVAA 4DTSA 4CJVA 1RT5A 2F8TA 5KTQA 1F21A 3OS1A 3RR8A 1WLJA 4DS4A 3AVJA 1UA0A 4KHSA 1K6YA 4M3ZA 1WSIA 4O44A 4AHTA 4DQRA 2DFEA 3K2PA 2FBYA 2JGUA 5HBMA 1TL1A 3P83D 1VSHA 4CHOA 4CIFA 2DTUA 4HHTA 2E4LA 1BQNA 4E7JA 4KO0A 3LWLA 2BE2A 5HLFA 4DSJA 4CEOA 3L3UA 1IKVA 1J53A 3DLKA 1U45A 2HNZA 2F96A 4CE9A 1NK0A 5JS1A 3QO9A 4DTMA 2HHQA 5E41A 3DRPA 1L3VA 3B6OA 5FDLA 1YTAA 4CK2A 3DLHA 4FW1A 3LANA 2KW4A 3LALA 3CYMA 3OYBA 1NK9A 3KD5E 4B9VA 1BGXT 4K8ZA 3RR7A 4TSXA 2QKBA 2KQ2A 3TAFA 5J2NA 4RW6A 3MAQA 1D5AA 3G10A 4DTXA 1TK5A 3RMAA 2G8FA 2XHBA 3F73A 2G8VA 4IKFA 3DOLA 1WN7A 4RW7A 4Y1CA 4FK4A 5J2MA 1VSFA 1GOAA 2EHGA 3SQ4A 1SKWA 3E01A 4OLAA 3QEWA 3KD1E 1EXQA 3ZSQA 3V1OA 1RNHA 2AJQA 4KTWA 1RTHA 3DI6A 4PWDA 4RW8A 4CFBA 4E7LA 4B9LA 1QS4A 2DFFA 4CGJA 1ZBLA 2RKIA 3L8BA 1VSDA 3OYCA 1L3SA 1SL0A 2IGIA 3AV9A 3NH2A 1CZBA 3C6TA 3AO1A 3WNGA 4FJGA 4GVMA 3SYZA 1LW2A 3MECA 4I2PA 4CJ5A 4CJEA 4KTQA 2OZSA 3LP3A 3V1RA 4FJMA 4OLBA 3DLGA 1XI1A 1RDAA 4N5SA 1HMVA 3H08A 1Q9YA 4CFDA 4FLZA 4CERA 4K8XA 3CFPA 3V9UA 1L3UA 4F2RA 1S9EA 1C0UA 3DMJA 1ASWA 4CFCA 3OYEA 3SV3A 2XO7A 4CK1A 1W9HA 3RRHA 4KRFA 4CJPA 1WSHA 3AVLA 3LP2A 1U4BA 3K59A 5C42A 5SZTA 1SL2A 4CJTA 1GOBA 3KKRA 3VQQA 3DYAA 1FK9A 4CEDA 4CGGA 3VQAA 4KHYA 1Q8IA 3V1QA 4CF0A 3OYIA 4FK2A 4I7FA 4O55A 4EZ9A 1TKXA 3SUOA 3O4NA 1LW0A 4HUFA 1L5UA 1NK5A 2HHXA 3HK2A 1S1UA 2LSNA 4KHUA 1IO2A 1RDBA 1WSJA 4CFAA 2ZQBA 4DTOA 4J2AA 4Z4EA 3C6UA 4FW2A 1KVBA 4R5PA 1RT7A 3AVKA 3AO4A 4CIEA 3CM5A 3I0RA 3OYAA 3OYKA 4M3UA 1XHXA 4DFPA 4M3XA 4Z4FA 4M3YA 3OJSA 4B9MA 3AO5A 4Z4IA 3V6DA 2G8IA 1JLEA 4N56A 3ZSWA 2P5OA 4JRPA 4C8LA 1Z25A 1CXQA 4BWMA 4LY7A 4Z0UA 3V9WA 3HPGA 4RW9A 3PX4A 4OGCA 5HRNA 1J9AA 1JXBA 3ALYA 3NF8A 4HVJA 3D0PA 1T05A 4ELTA 3AA3A 4FLVA 2GUIA 3OS2A 1CZ9A 1DTQA 4LH4A 3T1AA 2F8SA 4ZTJA 1NK7A 2ITGA 3KK3A 2D0CA 5CYQA 3ZT1A 2KTQA 4M3RA 1KLMA 1REVA 2XRIA 1RDDA 1VK0A 4CJ3A 1JL2A 1GOCA 3SV4A 2ETJA 2VWKA 4CEBA 4DTNA 1BI4B 3VA0A 4E19A 1U47A 2VG5A 4C8MA 4CEQA 1TVRA 3BGRA 3NF7A 4JS5A 1RTIA 3G0ZA 5KRSA 3K57A 3M8PA 3NHGA 5J2QA 2Y1IA 1QSYA 4HCBA 3L2WA 3VQ5A 3TAGA 3KLGA 4QAGA 3I8DA 2X78A 4CJ4A 1RBVA 4FJIA 3HVRA 1B9DA 3A2FA 3SQ2A 3PV8A 2OYQA 2YKMA 3SZ2A 3SI6A 3ZSZA 2BDPA 4CJQA 5HROA 1CXUA 3LZIA 3DRSA 4FJNA 3CG7A 2FBTA 5DK5A 1DLOA 4CEEA 4CIGA 5HRRA 4FM2A 3T3FA 1WSFA 4DMNA 3VQPA 1BL3A 3NAEA 3PX0A 4DLGA 4KPYA 3LAKA 3LDSA 3SCXA 3SNNA 2OZMA 3QEIA 3ZSXA 1IG9A 1S1WA 1BHLA 4QCLA 2EX3A 4M3WA 4DU3A 3OYMA 3KK1A 4KREA 4AHCA 2BANA 2IOCA 1NK6A 1HYSA 4HCCA 5CYMA 2DY4A 2HVIA 2HHTA 4HTUA 5I42A 3IRXA 3MEDA 1HPZA 3VQ8A 3LP1A 4FLTA 2HMIA 4FM1A 1DTTA 2G8UA 4H4OA 1RT3A 3WNHA 4M42A 3O3FA 3LZJA 4LSLA 3HT3A 4AHSA 4I9LA 2W42A 5J2PA 5JS2A 2YNIA 2A1RA 2B4JA 3SJJA 3DLRA 4CEZA 4OPJA 5FRNA 1O1WA 1IH7A 2PYLA 2HHWA 4FCYA 3O4QA 1I39A 3V9SA 2R7YA 2YKNA 4CGFA 4W5TA 3BDPA 1NJWA 4DF8A 1WAJA 2D0BA 2YNHA 1UWBA 4NCGA 3ZT3A 4CHYA 1L3TA 4UQGA 4CECA 2BGGA 1Z26A 3KLEA 4E7IA 1ZBHA 4CF1A 1EKEA 3KLIA 1JLQA 4EP5A 3NGZA 4NCBA 4KI6A 3AO2A 5KGXA 4JLHA 3OYDA 4O5BA 2B5JA 4DWIA 4DSIA 2IS3A 1LAVA 3L3VA 4DF4A 1NJXA 1C0MA 4OVLA 2XY8A 1QHTA 2NUBA 4WE1A 3QIOA 4YFUA 1IKXA 1D9DA 1NJYA 3VQ6A 4FM0A 4M41A 4ELUA 1QSLA 3S9HA 2YNFA 2HVHA 3M8QA 3K58A 4BACA 4CCHA 4G1QA 2IAJA 3L2RA 2Z1GA 4DS5A 4DTPA 4FZXC 1TAUA 1NK8A 3L2QA 3JYTA 1EX4A 1IKYA 3HPHA 4FJKA 1BISA 3NFAA 4Y1DA 1G15A 1KTQA 2DFHA 4DTUA 3UIQA 2FBVA 1NKBA 3SUPA 4KB0A 3AVBA 2VG6A 3ULDA 2KFZA 3ZT0A 4GMJB 3AA2A 4EZ6A 4FZYA 2HHSA 2RF2A 1RBSA 3NF9A 3NGYA 1J54A 3VQBA 3WNEA 3LPTA 2JLEA 1S5JA 3O3HA 3DLBA 2HW3A 3V4IA 2KZZA 3RTVA 3TWHA 3EYZA 1NOYA 1HYZA 1XC9A 4KB1A 5HP1A 3IAYA 2GBZA 4OJRA 3JSMA 4JS4A 3TARA 4PUOA 2D0AA 1S6PA 4DU1A 3ZCMA 2XY5A 3AVMA 4FK0A 1SKSA 3TAPA 3OYHA 3HJFA 3VQ7A 1JLBA 3HM9A 3VA3A 1BI4A 1LAWA 4B8CA 4OKEA 1WNSA 5SWMA 1X1PA 4BE2A 1TAQA 4DQPA 4KHNA 3AVHA 4KV8A 1RT1A 3O3GA 1TGOA 1HYVA 1BCOA 4DSEA 3IG1A 4DLEA 3SUQA 1SKRA 4ELVA 2WOMA 4FLUA 2PYJA 4CF8A 4B9NA 3QLHA 1U04A 3EZ5A 4PQUA 2P1JA 3QIPA 3OS0A 2E6LA 5I3UA 3IS9A 2RPIA 5CZ1A 4JRQA 1QQCA 3QEVA 4FJ9A 2VG7A 4H8KA 4F4KA 4BDZA 3L2VA 4FJHA 2P51A 3ITHA 4NYNA 2Y1JA 1R0AA 1T03A 1VSKA 2G8WA 1JL1A 1X9MA 5DMRA 3QETA 3K5MA 3ASMA 1X9SA 4F8RA 4DSKA 2QK9A 4DQIA 4B3OA 3MXJA 2YHAA 4CK3A 4KTZA 3DLEA 3S3OA 3ZSYA 3M8SA 3QNNA 1QSSA 4NYFA 4C8KA 4FJ7A 4IBNA 3VN5A 4I9QA 4DTJA 1Y97A 4MFBA 3CFOA 4W5OA 4FZZA 1FKOA 3TAEA 4BE1A 3AA4A 2HB5A 1JKHA 2GV9A 1YT3A 4IG3A 4CJKA 3OYGA 3LP0A 1HRHA 4AILC 1TK8A 3ZT2A 1C6VA 4E7KA 1C1CA 3PO5A 3HO1A 1RBUA 1VRTA 3RMCA 4CEFA 4FYDA 4BWJA 1KFDA 4KKOA 1LWCA 1SV5A 4YNQA 1QE1A 3OYFA 2G8HA 1IKWA 1HNIA 3MXIA 4W5NA 2B6AA 1UAXA 4CHZA 1HNVA 4O0JA 4BDPA 3U3GA 4FJJA 2VWJA 1BQMA 1XWLA 1NKCA 2QXFA 1B9FA 4FVMA 3RMBA 3THVA 1C0TA 4XIUA 3KLFA 3KIOA 1EETA 1RTJA 4AHVA 3PO4A 2P5GA 1VSJA 4DSLA 4M45A 1S1XA 1RBRA 3FFIA 1U49A 4LH5A 5EU7A 4OKJA 4CJWA 3NE6A 4FJ5A 4Z4HA 3NGIA 2Z1IA 1D8YA 1VRUA 5KRTA 1ZBFA 2YV0X 3VQ9A 3CM6A 4CJRA 1TK0A 3HPOA 1U48A 4DFJA 4BDYA 3QINA 2OA8A 2WONA 4MQ3A 5CZ2A 1RTDA 4PY5A 3OYJA 3OYLA 4RG8A 1WSEA 4CJFA 2FBXA 3CFRA 3HYFA 3RRGA 1JLCA 2HNDA 1ASUA 3TAMA 1UA1A 1JXEA 3I0SA 4E3SA 3NBPA 4KI4A 1TKZA 4OPKA 4E7HA 4ZTFA 2HHVA 2X6SA 4N47A 3DRRA 4DU4A 1NOZA 3AVNA 1ITGA 2D5RA 1VSMA 3P1GA 4OGEA 4CJSA 4EP4A 4CHQA 5HRPA 4FLYA 3MXMA 4KHQA 1HQEA 3TANA 1KLNA 3V9XA 1FKPA 4W5QA 1KRPA 5T7BA 1B92A 1RILA 3D45A 4DSFA 1TL3A 4IFYA 4O4GA 4I2QA 3QNOA 3HP9A 3KLHA 3QEPA 1J5OA 2QKKA 3LWMA 4KAZA 1T7PA 4FJXA 1VSEA 4AHRA 5CY4A 4LSNA 3NDKA 3DM2A 3KK2A 3SQ0A 4ID5A 1ZYQA 3AVIA 4DG1A 4B8AB 4W5RA 1RT6A 2Q3SA 1A5XA 4KFBA 4F3TA 5D3GA 3C94A 1T8EA 4Q5VA 1W0HA 3K5OA 2FC0A 3SUNA 2Z1HA 4E1MA 4DQSA 4N76A 3QEXA 3AVFA 3LPUA 2OPQA 3VQ4A 3ZSOA 5FROA 1TKTA 3S3MA 1WSGA 4B9UA 1D9FA 3M8RA 1RCHA 3F9KA 4FLWA 1JLAA 3WNFA 1LV5A 4RW4A 2OPSA 5J1EA 3QESA 3ZT4A 1YVUA 3NCIA 1TKDA 1SUQA 2ATQA 3HSTB 2O4GA 4IFVA 4FLXA 4ID1A 4CGHA 4F2SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IVOA 3S41A 1NGFA 1VSIA 1BOTO 3V9ZA 1C1AA 2IDOA 2YHBA 4DFMA 3TAQA 3SPZA 3NH0A 4CF9A 1QTMA 2I7PA 1CLQA 4N41A 1WAFA 3K5LA 3B6PA 4J2DA 4MO4A 1FXXA 1KCFA 2A1SA 5AQSA 3NF6A 2X74A 3T19A 2GTDA 3CCSN 3WT0A 1NGJA 2E2NA 1MU2A 4DQQA 3HOSA 1X9WA 5GIOA 4E0DA 1HQUA 3SQ1A 2G8KA 2OPPA 1A5VA 4JKHA 4AH9A 1N6QA 4ILJA 3SPYA 4JK9A 3CCRN 3S3NA 3OHRA 2A3ZA 4JV5K 4X66K 4B08A 4CD1A 1LWEA 3EKUA 3WXMB 4CF2A 1RT2A 2NRTA 1NKEA 1UOCA 4CZFA 2P9KB 3D7EO 3H1VX 1OVQA 4DHYA 3QMLA 3HL8A 5KGWA 1XHZA 2P9UB 2HNYA 1S1VA 1K73O 5K14A 4IFEA 4NCAA 5LJVA 3O9UA 4BG8A 1TV6A 1S3XA 3MEGA 3PY8A 3RVCA 3AVAA 2F8TA 2QWQA 1F21A 1X9JA 3AVJA 4KHSA 1K6YA 4M3ZA 4O44A 4AHTA 4DQRA 2DFEA 1BA1A 2FBYA 3K2PA 4BGBA 3P83D 4QS7A 4LFCK 2QA4N 4DSJA 2BE2A 2WTUA 4ISEA 4PL8A 3L3UA 1T6CA 1IKVA 1U45A 2JWKA 2O8FB 2F96A 5JS1A 5E41A 4FW1A 3LANA 3KD5E 4KHPK 4BC3A 4K43A 2RHKA 4XH5A 2ZM6K 4GY2B 3RMAA 4KH5A 4U7BA 4H5VA 1NM1A 4FK4A 1GOAA 1C0FA 1SKWA 3E01A 4OLAA 4V19S 2P9NB 4GV9A 3UKUB 2P9SB 1EXQA 3ZSQA 4DV5K 3V1OA 4PWDA 4B9LA 1LCUA 4JKGB 4BRPA 2UU9K 4CGJA 3OYCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IVO A;  3S41 A;  1NGF A;  1VSI A;  1BOT O;  3V9Z A;  1C1A A;  2IDO A;  2YHB A;  4DFM A;  3TAQ A;  3SPZ A;  3NH0 A;  4CF9 A;  1QTM A;  2I7P A;  1CLQ A;  4N41 A;  1WAF A;  3K5L A;  3B6P A;  4J2D A;  4MO4 A;  1FXX A;  1KCF A;  2A1S A;  5AQS A;  3NF6 A;  2X74 A;  3T19 A;  2GTD A;  3CCS N;  3WT0 A;  1NGJ A;  2E2N A;  1MU2 A;  4DQQ A;  3HOS A;  1X9W A;  5GIO A;  4E0D A;  1HQU A;  3SQ1 A;  2G8K A;  2OPP A;  1A5V A;  4JKH A;  4AH9 A;  1N6Q A;  4ILJ A;  3SPY A;  4JK9 A;  3CCR N;  3S3N A;  3OHR A;  2A3Z A;  4JV5 K;  4X66 K;  4B08 A;  4CD1 A;  1LWE A;  3EKU A;  3WXM B;  4CF2 A;  1RT2 A;  2NRT A;  1NKE A;  1UOC A;  4CZF A;  2P9K B;  3D7E O;  3H1V X;  1OVQ A;  4DHY A;  3QML A;  3HL8 A;  5KGW A;  1XHZ A;  2P9U B;  2HNY A;  1S1V A;  1K73 O;  5K14 A;  4IFE A;  4NCA A;  5LJV A;  3O9U A;  4BG8 A;  1TV6 A;  1S3X A;  3MEG A;  3PY8 A;  3RVC A;  3AVA A;  2F8T A;  2QWQ A;  1F21 A;  1X9J A;  3AVJ A;  4KHS A;  1K6Y A;  4M3Z A;  4O44 A;  4AHT A;  4DQR A;  2DFE A;  1BA1 A;  2FBY A;  3K2P A;  4BGB A;  3P83 D;  4QS7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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