2Z1HA

Crystal structure of e.coli rnase hi surface charged mutant(q4r/t92k/q105k/q113r/q115k/n143k/t145k)
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
b'MLKRVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKKADKKPVKNVDLWKRLDAALGRHKIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMKPKLEDTGYQVEV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein Thermostabilization Requires a Fine-tuned Placement of Surface-charged Residues
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2z1hA00
3KK1A 4F3TA 3QETA 3VQ4A 1EP4A 3OYBA 3V1RA 1C1CA 3NF8A 4KHQA 2G8VA 1BHLA 2YNHA 4M3XA 1VSEA 4RW8A 2PYLA 3ZSRA 2D0BA 2VWJA 4O4GA 1CXUA 1S6QA 2BE2A 2XHBA 5J2NA 1VSFA 1QSLA 5HRRA 4F4KA 1KFDA 1X9SA 1RT3A 4FLWA 3OYIA 4MQ3A 1DLOA 3V9XA 3NF9A 3I8DA 4CK2A 4CHPA 1TGOA 3V4IA 3DOKA 1S1UA 2YV0X 4N56A 2B6AA 1IKVA 3QNNA 2Z1GA 4FM1A 1QE1A 2IOCA 3AVAA 2PYJA 3OS0A 1HRHA 4M42A 3LP1A 4CJVA 3WNEA 3DYAA 3QO9A 3DLKA 3NE6A 3H08A 3S9HA 4IG0A 3AVFA 3ZCMA 1XC9A 4F2RA 4B9TA 5CYQA 1HYSA 1WSJA 1IO2A 3AA3A 1RT5A 3ZSQA 1RT7A 4E1MA 3K58A 4DS5A 4J2DA 3MXMA 4BDZA 3V9ZA 1Z25A 1ZYQA 4ZHRA 2Z1IA 4UQGA 1JL1A 2F8TA 4AHVA 3PO5A 4GVMA 4O55A 3WNHA 2G8UA 3AVJA 4FJ8A 2HNDA 1QHTA 4O0IA 1NKCA 3OVNA 3EY1A 1DTTA 1NKBA 1WSHA 4FJIA 2AJQA 2Z1JA 1LAVA 3DRSA 5HRSA 1X9MA 1S1WA 2JLEA 1XHXA 4E89A 4E7JA 4DLGA 4DU4A 1A5WA 2OPRA 1UA1A 3SNNA 4CEQA 4CFDA 4DSEA 3ASMA 4C8KA 2BANA 3LAKA 4DFPA 1HYVA 1HYZA 1WSIA 4JRPA 1L5UA 2G8WA 4CHOA 2KFNA 4KFBA 4B9LA 4KHNA 1YTUA 1VK0A 4CFBA 3KLFA 2ZQBA 3KJVA 4AHUA 4FVMA 4CHYA 4OLBA 4OPKA 4FYDA 2G8IA 1CLQA 4DTXA 4DTRA 4O44A 3PX4A 1BIUA 3DOLA 3M8PA 3S3OA 4EP4A 4FK4A 2GV9A 3NF7A 2D5RA 4KTZA 4Z4HA 3LZJA 3K5LA 3EZ5A 4KO0A 3VA3A 4IDKA 4OKEA 3OYCA 4IFVA 1VSJA 2VWKA 4DTNA 3QNOA 3RMCA 4W5RA 3DMJA 1ZBUA 4CEEA 5KGXA 3ZSYA 4FLZA 1HJRA 3O3GA 1SKRA 3CYMA 4OKKA 1S9EA 2XY5A 1LWEA 4IG3A 3L3UA 4IFYA 3PV8A 4BE1A 4FJXA 2F96A 5HBMA 4AHRA 4W5TA 3CQ8A 1SKSA 1ZBIA 2HMIA 2RN2A 2E6MA 2X74A 4LD0A 3TABA 4ZTFA 1Q9YA 1NOYA 3SYZA 5J1EA 2DFFA 5K14A 4HUGA 1KSPA 4NYNA 3KK2A 4DFJA 4DFKA 4KREA 3IRXA 2E4LA 3M8RA 1JXEA 4Y1CA 5KTQA 4B8AB 1KCFA 2HB5A 3V9WA 1TL1A 2VG6A 4QAGA 1NJZA 1NK0A 4KHWA 4CEDA 4KHSA 1EKEA 2XY6A 2QK9A 1TV6A 1TAQA 4BWJA 2D0AA 1W9HA 1S9GA 3L3VA 3NFAA 4GMJB 4W5OA 1IG9A 3TANA 1TKXA 3KLHA 4DU1A 3C95A 3ITHA 4C8MA 1WLJA 3DLHA 3AO3A 3AA2A 4CF9A 4FM0A 3ULDA 4KTQA 1BCMA 4KHUA 3BGRA 4DSFA 4B9NA 3I0RA 3AO5A 1B9FA 4FZYA 4OGEA 3VQQA 4HUEA 5T7BA 4NYFA 2HVIA 2VG7A 1UOCA 4PQUA 2P5GA 3U6FA 2P1JA 1G15A 4FLVA 1SL2A 1SV5A 3ZSZA 4BDYA 3RMAA 1U48A 3AVHA 1NJXA 1RDCA 3WNGA 4FLXA 3I0SA 1REVA 1FKPA 2IC3A 2JGUA 3HXMA 1IH7A 1WAJA 4DQQA 1R0AA 1RDDA 2E6LA 4PA1A 1IKYA 3SPZA 2F8SA 3HPGA 4N47A 4HCCA 2OPSA 3ZT2A 4HTUA 4CERA 1TK5A 1Q9XA 2HHUA 1CZ9A 1KLNA 3KKSA 1IKWA 1HQUA 4M41A 2WOMA 2Y1JA 1JLQA 3OYMA 3OJSA 1RTDA 1LWFA 3ISNC 1ZBHA 2FBTA 4CHQA 1VSLA 2W42A 3HYFA 4KKOA 1UAXA 4FW1A 1T8EA 4CHNA 3TAEA 4DSLA 1JLBA 5CZ1A 4C8OA 3DLBA 4OPJA 4YNQA 1C0UA 1LWCA 4AHSA 3NBPA 3ZSOA 3OJUA 4NCAA 4AHTA 1NJWA 4J2EA 2LSNA 3ZT0A 4DS4A 1S1VA 4E0DA 4M3TA 2HHWA 2YHAA 2OA8A 4KPYA 4Z4FA 3LP2A 3ZT4A 1NK7A 5SWMA 3TAGA 3O4QA 1T7PA 4CGFA 5KI6A 4B9VA 4JLHA 1HQEA 3CFOA 4RG8A 5FROA 4Z4GA 4KB1A 3CM6A 4OKJA 3TAFA 4CGDA 4FZZA 1GOAA 4BE2A 4DTUA 4CJQA 4L8RB 4M3ZA 3B6PA 4FW2A 4M45A 4CFAA 3OYAA 3K5OA 5D3GA 1J54A 1UWBA 1ASUA 3V6DA 1S5JA 3LDSA 3QESA 4FJ9A 4Z4IA 4I7FA 3HO1A 5C24A 1D9DA 1XI1A 2ITGA 3V81A 4I2QA 3SQ0A 3E01A 1CZBA 1SUQA 2QXFA 4FLYA 4KAZA 4CF2A 4OJRA 3V1QA 5HRNA 3HL8A 3V9UA 3ALYA 4JS4A 3VQ9A 3VQAA 4OVLA 5DK5A 4J2BA 1RT6A 5FDLA 3KK3A 3CFPA 2EHGA 2XY7A 3PY8A 2O4IA 3SZ2A 1KTQA 4C8NA 4CEAA 1C6VA 4HVJA 3NDKA 3SJJA 5CYMA 3RWUA 3P1GA 1BGXT 2OZSA 1ZBFA 4DMNA 4CJKA 1QSYA 4M3UA 1HNVA 1T03A 1EX4A 3NGYA 4CGIA 3L2RA 3K2PA 3TI0A 3NF6A 2KZZA 1BQMA 3AV9A 3LALA 2IGIA 1U45A 4FLTA 4IBNA 4QOZB 3PUFA 1XWLA 3K57A 4FJMA 3WNFA 3EYZA 4CF0A 4CECA 4DU3A 4DFMA 1LW2A 4ID5A 4CIEA 4B9SA 4I9QA 4Y1DA 4CJFA 1DTQA 3K5NA 2B4JA 4CK1A 1U49A 3CG7A 1ZBLA 4E3SA 3SQ4A 3AVGA 2BGGA 3LANA 3G10A 4FM2A 3VQ5A 1JLEA 1QS4A 3SUNA 1NK4A 1JLGA 1UA0A 1Z26A 3NH1A 4CEBA 2Y1IA 1LW0A 5HP1A 1RBVA 1O1WA 3QEWA 4KB0A 1GOCA 2XY8A 4KV8A 4W5QA 1RTIA 4ID1A 1D8YA 4AH9A 1RDBA 3MEEA 4LSNA 1RT1A 4CJPA 3RTVA 3VQBA 2NUBA 4ELVA 1T05A 4EZ6A 3KKRA 3K5MA 4ZTJA 2KZMA 3OYFA 1JLFA 3G0ZA 3VQ6A 3OYGA 1NK8A 3DM2A 3RRGA 1RCHA 3S3MA 1BIZA 1VSKA 1J9AA 5J2MA 5I3UA 4ELUA 3M8QA 1L3VA 2G8FA 3TARA 4E19A 2PZSA 5C42A 1CXQA 3CFRA 3LPTA 1D9FA 5JS2A 4O0JA 1SKWA 3OYEA 4CCHA 5C25A 4CGHA 1WSFA 2IAJA 2RF2A 3MEDA 4DQPA 2D0CA 3SUOA 1YT3A 1C0TA 1B92A 3U3GA 3SCXA 3RMDA 1KRPA 2OPPA 3NAEA 2YNIA 5FRMA 3SQ2A 4B08A 4F3OA 4PY5A 3D45A 2G8HA 3ZSWA 2QKBA 1SL1A 1HNIA 4K8ZA 4CJ5A 2HVHA 1NJYA 1LAWA 2ATQA 1IKXA 4KI6A 4CEFA 3C94A 3V1OA 4FCYA 1BL3A 4CIFA 1NOZA 4HHTA 3L2VA 3LWLA 3VQPA 4DTJA 4RW9A 3IAYA 3DLGA 3QIPA 1I3AA 4B8CA 3HSTB 5KGWA 4JRQA 5I42A 3NH0A 4N76A 2YNFA 1I39A 1VSIA 3DLEA 1BI4B 4G1QA 4FJLA 4CEOA 2HHXA 4DTSA 1NK6A 4FLUA 1QTMA 5J2QA 3P5JA 1KFSA 3ZSVA 2QKKA 4I2PA 1NK5A 2KFZA 4DSJA 5CY4A 1TK8A 3HPHA 3TAPA 4KHYA 4FJKA 1WSEA 4DQRA 1BCOA 3UIQA 3AA5X 2XO7A 2DFEA 3AVIA 3NH2A 1Y97A 3SPYA 2OZMA 4TSXA 4PWDA 3K59A 3F9KA 4CF1A 4H8KA 3AVNA 3LWMA 4EZ9A 4KTWA 1N5YA 3DI6A 3OS2A 4CJRA 4CK3A 2BDPA 4DTMA 2O4GA 5SZTA 2ETJA 1ASVA 2YNGA 5DMRA 4CJSA 3NGZA 3MAQA 3KLIA 1D5AA 5HLFA 4RW6A 3VQDA 1WN7A 3AO1A 2X78A 4CESA 3IS9A 3JSMA 1NKEA 2IDOA 4E7HA 3QIOA 4ICLA 1ASWA 3AO4A 4CFCA 4CGJA 1S1TA 4Q5VA 5J2PA 4CJTA 1RTHA 3BDPA 1TL3A 2HNYA 2Q3SA 1ITGA 3HP9A 1RBSA 4GW6A 4Z0UA 3VQCA 1EETA 4CJWA 5KRSA 5E41A 3ZT3A 3JYTA 4B9MA 4Q0BA 3AVLA 1U04A 4IKFA 2HW3A 4FJ5A 1RTJA 2A1SA 1L3SA 1TKTA 4E7IA 3DLRA 3SQ1A 1RBTA 1TKDA 3MECA 3MXJA 4FK2A 4QCLA 2WONA 3AVMA 1JL2A 3QEXA 4DWIA 4BACA 1FK9A 3QERA 3LP0A 2HNZA 4H4MA 3KLEA 4NCGA 3TAQA 4FJGA 5CZ2A 4FJJA 1FKOA 4OGCA 4WE1A 3HT3A 4Z4EA 4F8RA 1VSMA 2P51A 3RR7A 2YKMA 1Q8IA 1WAFA 3B6OA 2OYQA 4E7KA 1QSSA 3O3HA 4DSKA 4W5NA 4B3OA 4RW7A 2VG5A 3FFIA 4AHCA 2P5OA 3RR8A 4J2AA 3HP6A 1QQCA 4DSIA 1YTAA 4LH4A 3KD5E 1VSDA 4HUFA 4CJ4A 1TK0A 1KLMA 4RW4A 1JLAA 3DRPA 1FXXA 2RPIA 4BWMA 3NGIA 2B5JA 3P83D 4H4OA 3NCIA 1C1AA 1S1XA 3SV4A 3PX0A 1KVBA 3OY9A 3L2QA 3TWHA 3VQ7A 1MU2A 2ZE2A 3F73A 3QEIA 1TVRA 4FK0A 2HHVA 2HHQA 3C6TA 3AVKA 3TAMA 1RT4A 3KLGA 3OYHA 2HHSA 3HVTA 3MXIA 4XIUA 2XRIA 3OYNA 3RMBA 3CM5A 2FBYA 3AA4A 3QEPA 3LZIA 4N5SA 4FJ7A 4LSLA 3THVA 4ELTA 3OYLA 4FJHA 2DTUA 3TR8A 3OYJA 2FC0A 2YHBA 1JXBA 4EP5A 1C0MA 1TKZA 3DRRA 5KRTA 3QEVA 1KVAA 4I9LA 4NCBA 1S6PA 4DG1A 4HCBA 4BE0A 1SL0A 1XHZA 2GBZA 1L3TA 2KTQA 1W0HA 3S3NA 2DFHA 3LP3A 2X6SA 1EXQA 4CHZA 4BDPA 3A2FA 3AVCA 3HJFA 3U3YA 1U47A 1VRTA 3SI6A 3AO2A 2YKNA 3LPUA 4DQIA 1JLCA 1RBRA 4E7LA 1X9WA 2KQ2A 2R7YA 1K6YA 1TAUA 4N41A 4OLAA 4B9UA 3QLHA 4CE9A 4CIGA 4LH5A 1GOBA 1BISA 3KD1E 3AVBA 3O4NA 2GUIA 1NK9A 1HMVA 2FBXA 4CJLA 4DTPA 3T3FA 3VQ8A 4C8LA 4DLEA 2ZD1A 3IG1A 4F2SA 3PO4A 3OYDA 3SV3A 4CGGA 4LY7A 4YFUA 4FJNA 2OPQA 1HPZA 1U4BA 4M3YA 3C6UA 4AILC 3VN5A 4O5BA 4DF8A 5JS1A 3V9SA 2IS3A 1YVUA 1C1BA 4R5PA 2HHTA 1RDAA 3O3FA 1J5OA 2KW4A 5EU7A 3OS1A 2DY4A 4CF8A 4M3WA 5HRPA 2PY5A 3ZSXA 3HK2A 4E1NA 1F21A 4DQSA 4CJ3A 4K8XA 1X1PA 3M8SA 1N6QA 3KTQA 4KRFA 1J53A 3VA0A 1WSGA 1BI4A 1VRUA 2I5JA 3D0PA 4Z4CA 2G8KA 3RRHA 3VQEA 4FZXC 3HPOA 4MFBA 5HROA 3MEGA 3PX6A 1BQNA 1LV5A 1RILA 3T1AA 1RT2A 1WNSA 3LAMA 3L8BA 4M3RA 3HVRA 3KIOA 1A5XA 3SUPA 3T19A 4PUOA 1KVCA 3OYKA 2Z1HA 3QINA 2EX3A 3ZT1A 4FXDA 2FBVA 4CJEA 4JS5A 3L2WA 1B9DA 1RNHA 1VSHA 3NHGA 1RBUA 3SUQA 1A5VA 1JKHA 4CJUA 4CEZA 4DTOA 2RKIA 4DF4A 2A1RA 3L2UA 1L3UA 4KI4A 2X6NA 5FRNA 3HM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WUHA 4IEIA 4X62K 1EP4A 2ZJRL 4KHQA 2RHKA 4M3XA 3CXCM 1VSEA 1CXUA 2XHBA 4JI8K 2P9UA 4BRNA 1VSFA 4FWSA 3KZBA 2CH6A 3NF9A 3Q7BA 3AGRA 4LC9B 4N56A 2B6AA 1IKVA 3QNNA 2Z1GA 4FM1A 2PYJA 3OS0A 3CCMN 4M42A 4YOVA 4IG0A 4CZMA 4F2RA 3ENBA 2D0PA 3V9ZA 4BVOA 2HBMA 2W41A 4IFEA 2Z1IA 4UQGA 1JL1A 3E9LA 2F8TA 3PO5A 1X3MA 4O55A 5AZIA 1N34K 3AVJA 3SJHA 4FWQA 4BGBA 5TKWA 2AJQA 1QZ5A 1LAVA 4E7JA 1XHXA 1Q82O 2YX6A 4DLGA 2OPRA 4JD2A 3CI5A 3E9OA 1JCFA 1VQNN 4CEQA 4DSEA 4DFPA 4JRPA 1HYZA 3CCJN 1L5UA 4KFBA 4B9LA 3KLFA 4CHYA 4OLBA 1XC3A 3WXJA 3S3OA 4KTZA 3MCAB 4WQ4C 3K5LA 4KO0A 4FWKA 3OYCA 4IFVA 1VSJA 1NJIO 1IBMK 4DTNA 3IDHA 1EO1A 1ZBUA 2BH1A 3CYMA 1OVYA 4OKKA 3ZEUA 1LWEA 4IG3A 3L3UA 2F96A 5HBMA 4AHRA 2E2NA 1S22A 2RN2A 3TABA 2ASOA 4ZTFA 1Q9YA 4OPAA 5K14A 3VETA 4DFKA 4KREA 1JXEA 4Y1CA 1KCFA 2HB5A 4NB4A 5GAEP 1S72N 4IEEA 4O5FA 4KHSA 3D2FA 2P9SA 2XY6A 4KBOA 4PL7A 1HNXK 1NU0A 1S9GA 4W5OA 3MMVA 3KLHA 3LM9A 3DLHA 1WLJA 4CF9A 4FM0A 3ULDA 4KTQA 3BGRA 5BRFA 4FZYA 3DXMB 1YJ9N 2HVIA 2QWRA 2VG7A 4PQUA 2P5GA 3QDKA 1SV5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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