2Z2EA

Crystal structure of canine milk lysozyme stabilized against non-enzymatic deamidation
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KIFSKCELARKLKSMGMDGFHGYSLANWVCMAEYESNFNTQAFQGRQSQGSSDYGIFQLNSKWWCKSQSHSSANACNIMCSKFLDDNIDDDIACAKRVVKDPQGMSAWVAWVKHCKGKDLSKYLASCNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C, milk isozyme
publication title Spontaneous asparaginyl deamidation of canine milk lysozyme under mild conditions
pubmed doi rcsb
source organism Canis lupus familiaris
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2z2eA00
5LA5A 1HMKA 3D9AC 1G7LC 6LYZA 1GF7A 153LA 4QY9A 3LZTA 5LYMA 1F10A 4BS7A 2C8PA 3G3AB 1G7HC 3RW8A 2F4GA 4IJ4A 3WVXA 4LYTA 4WM2A 5I5QA 1XEKA 4BAFA 1IOCA 4WOAA 4G9SA 1JTTL 3HBDA 1EQ5A 4LYCA 4DD1A 1B5VA 1EQEA 4PHIA 4ETEA 4RLNA 1OP9B 1LCNA 1LOZA 1TEWA 3CB7A 2H9JA 1BB3A 4H9CA 1LJKA 1GFAA 4TSCA 193LA 1D0LA 2Y8PA 3B0IA 4J7VA 3TXGA 1IWTA 1VDPA 2HEFA 3LYMA 5L9JA 2Z38A 2GV0A 1LSMA 1LKRA 4NGWA 2A7DA 1RI8B 1YAMA 2X0AA 3ATOA 3IJUA 1UIBA 4XJDA 1G7MC 1LJNA 3A8ZA 1LMTA 1LYYA 2N5ZA 4WG7A 1OUFA 1YAPA 4H9HA 1LZRA 6LYTA 2BPUA 4NFVA 3TXJA 3AZ4A 3AZ6A 4DD0A 5B1FA 2ZILA 1KXXA 3ULRA 5C6LA 2BQNA 3TXIA 5T3FA 2W1MA 1KXWA 1GEVA 1LKSA 1HERA 1NQIA 3EBAB 1IWUA 4ETDA 1HSWA 4J1AA 3LYZA 2XBRA 1ZVHL 3AYQA 3B0OA 4WM1A 2ZIJA 4U3XB 4WL6A 3WH1A 1UIGA 4ET9A 3RNXA 5B59A 4DWXA 4HTKA 133LA 1GFTA 1CJ9A 1JTPL 1OUIA 1LSEA 4HJVA 1QSWA 1BQLY 4NHSA 1OQMA 3WVYA 4H94A 4DDAA 1B7OA 5I4YA 1HEPA 5APDA 1UIEA 1NDMC 2HEBA 132LA 2YBMA 1GF4A 1YIKA 3OJPA 3J4GA 5KXNA 1B7MA 1B5UA 3KAMA 154LA 5F81A 1KIPC 4W96A 1DPXA 4H92A 1CKHA 4RW2A 4J0LA 3A96A 4M4OA 208LA 4D9ZA 1JJ1A 1J1OY 1HMLA 4KPMA 4PRQA 4HJYA 5B06A 4QEQA 4NGZA 5IHGA 3ZVQB 1HEOA 4GLVA 3W6AA 1HEMA 2BQEA 1F0WA 2PC2A 4NGVA 7LYZA 2HU3A 1B7RA 5M1YA 4I0CA 1WQPA 4N0JA 4KT3A 3P4ZA 1HSXA 3W6FA 1XGPC 2DBTA 5D5CA 1VDSA 2LYMA 3CQLA 5APFA 5LINA 4XENA 4NGJA 4GCCA 1LMAA 5LVIA 1WQNA 1HELA 1CKFA 1LZCA 1GDXA 2EPEA 2MEIA 4QDNA 2BQCA 1RE2A 1LJFA 2LYZA 4LYZA 3W6BA 4XADA 2F30A 1JSFA 4H9BA 3E3DA 5KXLA 4XJIA 4ET8A 1GDWA 1GFKA 3AGIA 1UIDA 1GF3A 1GB7A 1RJCB 1LJ4A 1WQOA 1WQMA 4WLYA 1QDTA 4HTNA 1JPOA 3OK0A 3A3RX 1LSCA 4KXIA 4L41A 3EXDA 4LYMA 4H9FA 4GCEA 1YANA 1CKCA 1JKDA 1GB0A 2YBIA 1LSBA 1YROA 4GN3A 4AGAA 1LHKA 1F6RA 1IOTA 1HFYA 1GHLA 1VAUA 1OUBA 1GFGA 1UIFA 2H9KA 1LMPA 2I26L 3WU8A 1NHEA 1Z55A 4MR1A 4WLTA 1HHLA 3TXEA 2NWDX 1OUGA 1UICA 1AKIA 4NWHA 1JUGA 4MSTA 3LYTA 1I1ZA 2BAAA 1IP4A 1V7TA 4GN4A 4XJHA 1LMOA 1LZ6A 2HTXA 1PS5A 3WXUA 1B5WA 2I6ZA 3WMKA 1B2KA 5I4XA 1GXXA 2BLYA 3AB6A 4NGOA 4TTDA 4IASA 1C46A 3CSRA 3M3UA 3AW7A 2D4JA 1C08C 2DKVA 1RFPA 2HEAA 1YAQA 2BQAA 1ALCA 1GBXA 1IY4A 1ZMYL 3N9EA 3MGWA 4NG8A 2XJWA 1V7SA 2CJLA 1LMNA 1WTMA 2HEEA 4HSFA 4E3UA 4I8SA 1GE2A 4B49A 4N5RA 1NWGA 1LSDA 5DN4A 1JTOL 1QSAA 5KKIA 1ZVYB 4NSJA 3G3BB 4G4CA 4UWUA 5JENB 1H6MA 4WM3A 1BHZA 1GF5A 1YKYX 1QDRA 2YBHA 4NSGA 5APCA 1VATA 2DQFC 4WO9A 3GXKA 5KXRA 4H9IA 4HJZA 4H8YA 1IP5A 1F6SA 1YL1X 1I56A 1QTEA 4XN6A 1LMQA 4H91A 5F9UA 5LXWA 5I53A 4H8XA 4ETCA 2ZQ4A 4UWNA 1DKKA 4HTQA 4ANRA 1INUA 4ZIXA 5LA8A 3GXRA 2BQHA 2F2NA 1CJ8A 1OUAA 1LTMA 3WPKA 1NDGC 4LFXA 1FLYA 2D4IA 3A6BY 1LZEA 1DI5A 1W6ZA 1REZA 1YL0X 5K7OA 3WXTA 207LA 1NBZC 1B7PA 2HECA 4GN5C 1LHHA 1C43A 3F6ZA 3FI7A 4NHQA 3B0KA 1JITA 3WU9A 4XJFA 1LJIA 2Z12A 4DC4A 1GBWA 5HLLA 1VDTA 1GFHA 1UUZC 3A3QA 1B7QA 2ZNWY 3TXKA 5KXTA 1LYZA 4WG1A 5DL9A 3HBEX 3A92A 1W08A 1NMMA 2LYOA 3P64A 1WVVA 1GFRA 3W6DA 1LAAA 4C3WA 3CSQA 1GB2A 1ZV5L 3TXHA 2MEFA 4OWCA 1UACY 5C6JA 4NEBA 2AUBA 1IWVA 3HBHA 2BQJA 5E9RA 3WULA 1LSGA 3CT5A 2BQMA 1REYA 5II3A 1FDLY 1JKCA 1LSPA 4HV1A 4EOFA 3A93A 4B1AA 1LZTA 4NGKA 5IELA 1B5ZA 2CGIA 3ZEKA 2HUBA 1TDYA 4NHPA 1QQYA 2W1YA 1GF6A 5KXOA 1JJ0A 1TBYA 4EMNA 1LZ5A 2MEDA 1GBYA 1REXA 3B6LA 1IY3A 4LGKA 4M6DA 1C7PA 1D6PA 1CKDA 3CT0A 4BAPA 1NF5A 4CHXA 3WUAA 1LMCA 1GF9A 5LVJA 1GF0A 1O23A 4XJGA 2BQOA 3ATNA 3EO5A 1GB6A 1LZAA 3WUMA 4R6CA 3LYOA 3IWRA 2ZQ3A 4TX7A 1LHMA 1IOSA 1UIHA 1QUSA 2CDSA 3RT5X 8LYZA 5KXKA 4LT3A 1CKGA 5APEA 4GCDA 5FDJA 2EQLA 2YDGA 1C10A 5HNLA 1A4VA 5LIOA 1KIQC 4CJ2A 4W94A 2DQJY 1B0DA 5FELA 1TAYA 1JSEA 1YKXX 1D0KA 4BADA 5DN5A 4FJRA 1GBOA 1BB6A 5ILFA 2WARA 3HFMY 4CGEA 5FCPA 1OUCA 1YAOA 2YBLA 4GCBA 4H90A 5B07A 1VDQA 4H93A 5IDDA 1GE0A 2BQLA 2Z18A 5EBHA 4C5FA 1IEEA 4H8ZA 4FDYA 4OWBA 5HQ1A 5KKJA 1IR7A 3TXBA 4RW1A 1N4FA 4HV2A 4NHIA 1IC4Y 1B7NA 4ETAA 1OUEA 4DYGA 4DD9A 1IP1A 3WU7A 1OUDA 1AT6A 1XSFA 4LT1A 5B05A 2ZYPA 1IVMA 1NKHA 1YILA 1GBSA 4YEMA 4YM8A 1UC0A 4J1BA 4G49A 1IP2A 1LZ1A 1IR9A 1WQQA 5KY1A 1XFPL 5DLAA 1GWDA 2LHMA 2I25L 3D3DA 5L3HA 4B4IA 2DQGY 4HP0A 5LYTA 1LYOA 1JIYA 2D91A 1HF4A 3FE0A 3LHMA 134LA 1LJEA 3A91A 1GFUA 4B4JA 3TMVA 5HMJA 3TMWA 2BQBA 1DPWA 2BQGA 1IWWA 3EMSA 1FLQA 1NBYC 4WM5A 2FBDA 1D6QA 4LT2A 2YBNA 2G4PA 4N1CC 1D9UA 1HFXA 1AZFA 1B5XA 4TSBA 5KXZA 2DQDY 1XGRC 2D4KA 1FBIX 1IWXA 9LYZA 1GD6A 2EKSC 1BVXA 4OOOA 2DQHY 1XEJA 1JJ3A 1IWYA 3T36A 3K3TA 4G4HA 4WLDA 1DI3A 1HEQA 5KXWA 1GB9A 1GB5A 4LZTA 3LZ2A 1G7IC 4WLXA 1FN5A 5HMVA 2MEEA 1LJ3A 1WTNA 4IATA 1LZ9A 3W6CA 2DQCY 2W1LA 3AGHA 4ZFPA 5LVGA 5C6IA 1LSYA 5KXYA 5I54A 5KXPA 2LZTA 1LZNA 4GCFA 5LVKA 4H9AA 2C8OA 1BVKC 1AT5A 2ZWBA 1HEWA 4II8A 1E8LA 5LYZA 3P66A 5LAGA 1QIOA 4DT3A 1BWJA 4HPEA 4ZEEA 2DQIY 1LSNA 4N1EI 2BLXA 1YKZX 2Q0MX 4OWAA 4B4EA 1LZBA 2IFFY 4NWEA 4YF2A 1UCOA 2MECA 2YBJA 3AJNA 4N8ZA 4NSIA 1JKBA 1UIAA 1XGUC 1IO5A 5LAFA 2CWIA 1A2YC 4NGYA 1GFEA 2Z37A 3TMUA 5KXXA 1DQJC 1BWHA 1FKQA 1DXJA 1WQRA 3P65A 4DD3A 3P68A 4GLAA 2Z39A 3LN2A 1XGQC 4Z98A 4DD2A 4P2EA 5HNCA 1BGIA 1CJ7A 1WVUA 2FYCA 1AM7A 1JISA 2ZYCA 3M18B 3SP3A 1LSAA 3WPJA 5AMYA 3RZ4A 1J1XY 1B5YA 4Z3MA 1IOQA 1H87A 1RCMA 1GFVA 5L3IA 1IP3A 1LJHA 1LYSA 1LZYA 1BB4A 3CSZA 3RU5A 2BQIA 3J6KA 1XGTC 1UA6Y 1VFBC 3ZVQA 2FYDA 2HU1A 4TWSA 2BQFA 4YEOA 4Z41A 4WO6A 1OUHA 2MEHA 4G4BA 4PRUA 3T6UA 4YENA 2ZNXY 5I4WA 1T6VL 5J7CA 1GBZA 1LHJA 1XEIA 1CNSA 1SQ2L 5F16A 1LJGA 1TCYA 4QGZA 2YSSC 1HNLA 2D6BA 4NY5A 4WM6A 4RLMA 3WL2A 1IC7Y 3A34A 4YOPA 4H1PA 1REMA 1BWIA 3BKHA 2BQDA 4KL7A 5D5FA 2W1XA 2BQKA 4DD7A 1LSFA 1GAYA 1QUTA 2DQEY 1IWZA 4X3BA 4DDBA 5B1GA 4NGIA 4PGJB 2G4NA 3QE8A 5ILCA 3QY4A 1SLYA 2LZ2A 1P2CC 2H5ZA 2EIZC 2VB1A 4NIJA 1GF8A 1GB3A 1IORA 1LPIA 1OUJA 1VEDA 5FSTA 4B0DA 1IR8A 1IP7A 4XJBA 1J1PY 3B72A 5F14A 2YVBA 1GE4A 4O34A 1KIRC 4PPOA 1GAZA 1LSZA 4HPIA 1DZBX 4WMGA 4OWEA 194LA 1QTKA 4OOTA 3VWOA 1GE1A 5KXMA 3AZ7A 2Z2FA 1JWRA 1GFJA 3A67Y 4CFPA 4DDCA 2FBBA 3W6EA 1HC0A 1GE3A 1T3PA 1GXV2 3TXDA 4NHTA 4CFOA 1DKJA 1BB7A 1LJJA 1JEFA 4OWHA 3AW6A 3N9AA 1EQ4A 4H9EA 1IIZA 1JHLA 2HEDA 3AZ5A 1GEZA 3N9CA 3WW6A 3WUNA 4AXTA 5KJ9A 1MLCE 1FLUA 4UWVA 4ML7A 4WM4A 5FHWA 4LT0A 2XBSA 2B5ZA 3WPLA 1G7JC 1UBZA 4XYYA 4ETBA 1LZGA 5A3ZA 1IC5Y 1LZ4A 2MEBA 4RDSA 4A7DA 5F9XA 1EL1A 1MELL 1IP6A 2G4QA 4OW1A 5A3EA 1IX0A 1KXYA 2IHLA 4Z46A 3BKVA 4LYOA 3TXFA 3CT1A 1LHLA 1B7LA 4LFPA 1JKAA 135LA 2A7FA 1LZDA 4NG1A 4PJ2C 1HFZA 2RSCA 1GB8A 5DM9A 1LHIA 1BB5A 1DI4A 2F4AA 2MEAA 3WYHA 1C45A 1CJ6A 4TUNA 3A94A 4N9RA 2MEGA 4LYBA 3A6CY 1PZYA 3AGGG 2ZIKA 1LZ8A 3IJVA 4MCKA 5E4PA 3TMXA 1I20A 1GPQC 1B7SA 2XTHA 2DQAA 1FLWA 3QNGA 5FEKA 5KXSA 5LVHA 4NGLA 4R0FA 4WL7A 1B9OA 3W3EA 1HENA 1YQVY 1FKVA 2Z19A 3A90A 3A95A 2Z2EA 1D0MA 4NSHA 3WW5A 1LZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LA5A 1PQMA 2NTGA 6LYZA 1GF7A 4QY9A 3LZTA 2C8PA 2F4GA 4BAFA 1IOCA 4DD1A 1EQEA 1LCNA 3CB7A 2H9JA 1BB3A 1L27A 4EXMA 2Y8PA 3B0IA 1NHBA 1QSBA 2HEFA 1RI8B 1UIBA 3A8ZA 4WG7A 2BPUA 4NFVA 3AZ6A 2ZILA 5C6LA 1C68A 3TXIA 5T3FA 1C6CA 1NQIA 1IWUA 2O4WA 3LYZA 1C6KA 4EKPA 114LA 1ZVHL 3AYQA 1QTZA 113LA 133LA 4DDAA 4H94A 1HEPA 2Z6BA 1CV4A 5APDA 1NDMC 2HEBA 3J4GA 5KXNA 1B7MA 1SSWA 1CX6A 1L13A 1L11A 3JR6A 4M4OA 217LA 208LA 248LA 3HH5A 1HMLA 5B06A 2L78A 3V2YA 1LPYA 1WQPA 3W6FA 5D5CA 3CQLA 1LMAA 3FADA 1L52A 2HUKA 4QDNA 4W55A 4XADA 4W57A 1GF3A 4OO9A 1P56A 1RJCB 2LZMA 1WQMA 2RBRA 3A3RX 4YXAC 4H9FA 1CKCA 1JKDA 1GB0A 1L43A 2IGCA 2B75A 4AGAA 1LHKA 1IOTA 1VAUA 1GHLA 1LMPA 1HHLA 1L42A 3C8RA 4XJHA 3M3UA 2D4JA 1RFPA 3SB7A 104LA 1YAQA 1IY4A 1L0JA 2XJWA 2CJLA 146LA 4E3UA 1L53A 196LA 5KKIA 3G3BB 4G4CA 1G0KA 3GXKA 4H8YA 1IP5A 1F6SA 3QAKA 4XN6A 5F9UA 2ZQ4A 4UWNA 1DKKA 4ZIXA 5LA8A 2F2NA 1OUAA 1LTMA 3WPKA 4LFXA 2QARC 2D4IA 3A6BY 1LZEA 1YL0X 1B7PA 2HECA 4GN5C 220LA 1KNIA 4NHQA 4DJHA 2Z12A 4DC4A 1GBWA 1GFHA 3A3QA 1DYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LA5 A;  1HMK A;  3D9A C;  1G7L C;  6LYZ A;  1GF7 A;  153L A;  4QY9 A;  3LZT A;  5LYM A;  1F10 A;  4BS7 A;  2C8P A;  3G3A B;  1G7H C;  3RW8 A;  2F4G A;  4IJ4 A;  3WVX A;  4LYT A;  4WM2 A;  5I5Q A;  1XEK A;  4BAF A;  1IOC A;  4WOA A;  4G9S A;  1JTT L;  3HBD A;  1EQ5 A;  4LYC A;  4DD1 A;  1B5V A;  1EQE A;  4PHI A;  4ETE A;  4RLN A;  1OP9 B;  1LCN A;  1LOZ A;  1TEW A;  3CB7 A;  2H9J A;  1BB3 A;  4H9C A;  1LJK A;  1GFA A;  4TSC A;  193L A;  1D0L A;  2Y8P A;  3B0I A;  4J7V A;  3TXG A;  1IWT A;  1VDP A;  2HEF A;  3LYM A;  5L9J A;  2Z38 A;  2GV0 A;  1LSM A;  1LKR A;  4NGW A;  2A7D A;  1RI8 B;  1YAM A;  2X0A A;  3ATO A;  3IJU A;  1UIB A;  4XJD A;  1G7M C;  1LJN A;  3A8Z A;  1LMT A;  1LYY A;  2N5Z A;  4WG7 A;  1OUF A;  1YAP A;  4H9H A;  1LZR A;  6LYT A;  2BPU A;  4NFV A;  3TXJ A;  3AZ4 A;  3AZ6 A;  4DD0 A;  5B1F A;  2ZIL A;  1KXX A;  3ULR A;  5C6L A;  2BQN A;  3TXI A;  5T3F A;  2W1M A;  1KXW A;  1GEV A;  1LKS A;  1HER A;  1NQI A;  3EBA B;  1IWU A;  4ETD A;  1HSW A;  4J1A A;  3LYZ A;  2XBR A;  1ZVH L; 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 1GE4 A;  4O34 A;  1KIR C;  4PPO A;  1GAZ A;  1LSZ A;  4HPI A;  1DZB X;  4WMG A;  4OWE A;  194L A;  1QTK A;  4OOT A;  3VWO A;  1GE1 A;  5KXM A;  3AZ7 A;  2Z2F A;  1JWR A;  1GFJ A;  3A67 Y;  4CFP A;  4DDC A;  2FBB A;  3W6E A;  1HC0 A;  1GE3 A;  1T3P A;  1GXV 2;  3TXD A;  4NHT A;  4CFO A;  1DKJ A;  1BB7 A;  1LJJ A;  1JEF A;  4OWH A;  3AW6 A;  3N9A A;  1EQ4 A;  4H9E A;  1IIZ A;  1JHL A;  2HED A;  3AZ5 A;  1GEZ A;  3N9C A;  3WW6 A;  3WUN A;  4AXT A;  5KJ9 A;  1MLC E;  1FLU A;  4UWV A;  4ML7 A;  4WM4 A;  5FHW A;  4LT0 A;  2XBS A;  2B5Z A;  3WPL A;  1G7J C;  1UBZ A;  4XYY A;  4ETB A;  1LZG A;  5A3Z A;  1IC5 Y;  1LZ4 A;  2MEB A;  4RDS A;  4A7D A;  5F9X A;  1EL1 A;  1MEL L;  1IP6 A;  2G4Q A;  4OW1 A;  5A3E A;  1IX0 A;  1KXY A;  2IHL A;  4Z46 A;  3BKV A;  4LYO A;  3TXF A;  3CT1 A;  1LHL A;  1B7L A;  4LFP A;  1JKA A;  135L A;  2A7F A;  1LZD A;  4NG1 A;  4PJ2 C;  1HFZ A;  2RSC A;  1GB8 A;  5DM9 A;  1LHI A;  1BB5 A;  1DI4 A;  2F4A A;  2MEA A;  3WYH A;  1C45 A;  1CJ6 A;  4TUN A;  3A94 A;  4N9R A;  2MEG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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