2Z4OA

Wild type hiv-1 protease with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2z4oA00
1SMRA 3NWXA 3U71A 4PPHA 5P1CA 2QHZA 4TVHA 3ST5A 1HVHA 3DCRA 1Z1RA 4Y37A 4EJ8A 5P84A 5P4PA 5COPA 5P5RA 1MUIA 3EL9A 5DR1A 5P7IA 2G69A 4L6BA 2ER6E 3PM4A 5IVTA 1VIKA 1FEJC 1MRXA 4OBHA 5P29A 5P2DA 2UY0A 5P62A 4I0EA 5OZ6A 3PSYA 2XFKA 2VIJA 1DMPA 5E5JA 3ZKMA 1DW6C 4I11A 1E81E 3EC0A 2V0ZC 3TPJA 5KR1A 5P3PA 5OYRA 5HE7A 4IVSA 2VNNA 5P1FA 2P83A 3OUDA 5P8DA 2FGVA 1HPSA 3BGCA 5P6AA 5P7MA 3KMYA 3CYWA 5AH8A 5DR7A 3I25A 3PWRA 4R93A 1NH0A 5P1TA 1HOSA 3TL9A 2O4LA 6FIVA 1C70A 4JPCA 5P3AA 4COEA 4ER4E 3Q4BA 4GJ9A 3DUYA 5OYUA 5P3MA 1YTIA 2QP8A 1QBUA 1HRNA 3IXOA 3HDKA 3OQKA 5P73A 5P4QA 1HPVA 5ISKA 3PBDA 3Q6YA 4B78A 5P2CA 1HSGA 3L5DA 1XL2A 2ANLA 4I0DA 4LAPA 4HZTA 4DQCA 4MC6A 3T7QA 3T7XA 1EPME 3NXNA 2G24A 4Y5PA 1NPVA 5P4IA 3KFRA 5KOSA 2WF4A 3PRSA 3GI6A 2G94A 5P20A 5OZZA 4Y5KA 3BRAA 3D1YA 5DQCA 1MT8A 2Q55A 4ZE6A 3CYXA 7UPJA 4PYVA 4RCEA 2AVOA 2QMFA 3JW2A 5DQ5A 3KFPA 5P0VA 3OK9A 1D4IA 5OYYA 1HPOA 2P3DA 4Y58A 1HIIA 2WL0A 1YX9A 5P1GA 3PLLA 5P5WA 3KM4A 5P25A 5P8MA 3O9DA 3QVCA 4J54A 5P10A 3NU6A 1UH9A 3NU3A 2B7FA 5OZHA 3OHFA 1W6HA 5P0SA 2QI4A 5P5TA 2FNSA 3HAWA 5DQ1A 2R8NA 1W51A 3EM3A 5P4UA 1K2CA 1LYAB 5COOA 4Y4ZA 1HSHA 3TPRA 3L3AA 2AZCA 3L5BA 2IKOA 4FLGA 5P5VA 2SAMA 1FQ7A 3OQDA 3G70A 4DJUA 3UDHA 2G1RA 4B70A 5HDXA 3GGVA 1B5FA 1LYBB 5AH9A 2B42A 1WBMA 3UDQA 3CKTA 3LIXA 3OU4B 4ZPFA 1IDBA 5P53A 5P4KA 5P86A 4UPJA 1FQXA 5P8JA 4QGIA 3S54A 3SKGA 1T6GA 5OYWA 4FSLA 3ZL7A 3CKPA 3VFAA 4BFBA 4R8YA 3IGBA 1C6XA 5P00A 2EWYA 1AJXA 3NLSA 5P7QA 3PWWA 4OC6B 3KT2A 5P8VA 4X7IA 2Q63A 1FMBA 4A6BA 5P1WA 3WB4A 3LITA 1PPKE 2B8LA 1HBVA 4JOOA 1UH8A 2PYMA 4RVIA 3S45A 1MEUA 4LXMA 2B60A 1SDUA 5P7YA 5P3FA 3UQXA 2XYFA 3LPIA 5P8AA 5UPJA 3ZKIA 5AHBA 4B77A 4LXAA 5P41A 3T11A 1ZSRA 4AUCA 3K5DA 5P1NA 1LYWB 2OHMA 3DOXA 5P2TA 1GVVA 2HB3A 1ODWA 1YTJA 2PH8A 5P45A 4AA9A 2CENA 5P5YA 5P08A 4Y43A 5P4FA 1FQ4A 5P09A 5P2YA 2BB9A 2V10C 2VJ9A 4Y4XA 4Y4WA 1GNMA 4GYEA 3OGQA 5P2SA 2I4QA 1SDTA 1LS5A 1HXBA 4DPIA 3OADA 3PJ6A 2QAKA 5P1HA 4HDPA 2VA5A 4Y6MA 5P8NA 4F73A 2APRA 2Q15A 4Y5NA 5P5IA 4K8SA 2QMPA 3HBOA 4EYRA 5P2EA 3OOTA 1FFIC 2QI0A 5P2QA 3KT5A 2PH6A 5ER2E 2XYEA 5P50A 3UDNA 4D89A 4Y45A 5P8SA 5P57A 3VF3A 3EL1A 5ISJA 3HVGA 4ZIPA 5OZFA 4GMIA 3O9GA 1EPOE 4Y3RA 2G1SA 1SMEA 2OHQA 1MRWA 2OHUA 4Q5MA 3INFA 5OYXA 4YBFA 1OD1A 3SA9A 3PBZA 5JFUA 4ZPEA 4R95A 1B6PA 3SQFA 2QCIA 4ER1E 4ZPGA 4CMSA 4J17A 4QJ2A 4R5NA 5P1YA 5P7XA 2G27A 5P31A 5HE4A 3QRVA 5P4VA 4L7HA 3IXKA 4Q1WA 4EJDA 4YE3A 5ENMA 5P5GA 4EJKA 5P55A 5P7FA 5P83A 4J5JA 3ZKSA 2AOIA 1E5OE 1MESA 3BVAA 5P71A 5P0FA 5P1EA 3I7EA 2FDDA 5P3YA 5P7VA 4EQJA 5P39A 2NR6A 1E80E 3IN4A 4U8WA 3U6AA 2BJUA 1TSUA 5P8PA 4Y4JA 4HE9A 5KQFA 5P2LA 2ZYEA 3NUOA 4FM8A 4J0ZA 2PSUA 5P1AA 4Y3GA 3RTMA 5P01A 2FDEA 1C6ZA 5P7TA 1HXWA 5P4GA 1FQ8A 4LL3A 5IVSA 1CZIE 4J1FA 5OZ3A 5P06A 2XFJA 3OUDB 5P6HA 5P6EA 1DP5A 2FS4A 4K4RA 2NPHA 5P2OA 5P7CA 4Y3DA 4Y3WA 3TKGA 1G35A 1W50A 5CONA 1EBKC 1GVTA 3SKFA 5P0KA 4B0QA 3FV3A 4PZWA 5P0CA 3GI4A 1HVLA 4S1GA 5P4RA 3TH9A 5P52A 3TKWA 3VF7A 4FE6A 4DJOA 5P0JA 2Q64A 3CICA 4DVFA 5P0ZA 1U8GA 2WJOA 3GGXA 4TVGA 1G6LA 1BDRA 4CPUA 2CEMA 3EKQA 5P2IA 5P04A 5P4SA 3K5CA 5P5XA 3VEUA 1W5VA 4D88A 4Y3LA 5BWYA 4YA8A 3NDTA 2IRZA 1META 1N49A 3UCBA 2OHTA 1A30A 3O9HA 4Y48A 2AVSA 4YD5A 1APTE 2VIEA 2AOHA 2IGXA 5P48A 5P7WA 1B6MA 3H0BA 3MWSA 5P60A 4CPWA 5P7OA 5HDUA 5I3YA 3KFSA 5P6QA 1F7AA 4FM7A 1XN3A 3L59A 2RSPA 3CIDA 2PK5A 5HDVA 5P0QA 4I0HA 5HCOA 3S43A 3SAAA 1KJ7A 4Y41A 2WF2A 4I8WA 5P0OA 4I10A 1LYWA 3LNKA 3CKRA 4J1EA 2I4WA 3PMYA 4RLDA 4H1EA 2G1NA 2AVVA 2V16C 1GVWA 2ZHTA 5P7SA 2HAHA 3BUGA 5P4TA 5P5JA 1AIDA 1Z1HA 2G21A 5P85A 3VYDA 4EP2A 5P28A 5P0TA 3VV7A 5P2FA 3LZSA 4B00A 4JECA 5P4BA 3HAUA 3PSGA 4Y3NA 5P49A 5P7ZA 1IDAA 2ZJLA 3D20A 3LPKA 4FM6A 4CPXA 1ZP8A 5P0AA 4N00A 4NKKA 2O40A 2I1AA 3SM1A 2R5QA 3TOFA 2OAHA 4Y38A 1AZ5A 3ZMGA 4Y56A 5DR3A 4DQGA 5P44A 2VS2A 1HVJA 1FMXA 3NDUA 4GJCA 2WF0A 1SP5A 4WY1A 4RYGA 2QI1A 5P7DA 5HDZA 5P4JA 4D85A 3SPKA 5P1IA 3BVBA 4Y5GA 2R9BA 3PHVA 3K5GA 4Y51A 5P4DA 1IZDA 4Y5LA 5C9BA 5P7LA 1LF3A 3O9BA 2F8GA 4F76A 1C6YA 3FNUA 2I0DA 3R2FA 4Z4XA 4BFDA 1OEXA 4BELA 5P24A 1G0VA 4DQBA 2UPJA 3TLHA 5ER1E 5AHCA 4A6CA 4J1CA 5P40A 1TQFA 5P63A 2NXMA 2HB2A 2Z4OA 5P6DA 4XX3A 5P1XA 5P3JA 2IDWA 1BIMA 1GNNA 3S7MA 3PI0A 5P1BA 1KJ4A 5P87A 4Y9WA 5I3XA 5KAOA 1YTGA 3OXWA 3OADB 2WEBA 1BV7A 2QI3A 2IENA 1D4KA 1QBRA 2O4KA 5P80A 5P17A 2OF0A 2ER9E 5P8TA 1RL8A 3UDRA 5HU0A 3KMXA 5CLMA 4TRWA 2P8HA 1BV9A 5P0XA 3BHEA 2JXRA 4IVTA 5P4LA 1K2BA 1IZIA 3VF5A 5P2MA 2FMBA 5P4EA 3K4VA 4TRZA 5DGUA 5P76A 2ZJNA 4K4QA 5P5DA 5P19A 1ZLFA 5P5KA 4ACXA 5P0EA 3PGIA 2V00A 3SABA 4Z2ZA 5P7KA 2AVQA 4M8YA 4DV9A 5P3QA 3OUAA 4FRSA 5P7JA 1BBSA 1BWBA 3QN8A 5OZOA 1D4YA 4QJ9A 5P6ZA 3LIQA 3I2LA 4H3IA 1D4SA 4CPQA 4OBKA 1HWRA 4ZSPA 5P70A 3H5BA 4GJ7A 5P37A 4FCOA 5OZDA 1IIQA 1F34A 5P1UA 5P5HA 3O9LA 2V11C 1APVE 4Y47A 2QU3A 5P54A 4RVXA 2QNPA 2ZE1A 1DPJA 2JYSA 3WSJA 5C9FA 5P0RA 2ZJHA 5P36A 3ZKGA 3HW1A 1B11A 1HTRB 3AUPA 4GJDA 4DI2A 3INHA 3IVIA 1K6TA 2NXDA 5P2RA 4DJVA 1ZPKA 1A8KA 3L58A 2QNNA 4DJPA 2IQGA 2R3TA 5P3ZA 5P38A 3EKPA 5P8QA 5P77A 5P16A 2ZHUA 4ZSMA 4OBGA 5F00A 4RRSA 2NXLA 5P6KA 3VLAA 2HPFA 1T7KA 1HVRA 1XS7D 4U7QA 3LIZA 5P58A 4YDGA 1W5YA 4OBZA 3SA4A 2PWCA 2ASIA 5OZXA 1PFZA 5P3BA 5OZ4A 5P3DA 4QJ6A 3QVIA 2AOCA 5P12A 5P2KA 5P8CA 1HEFE 3LZVA 4Y3HA 4Y4GA 3O9CA 3WZ8A 2QU2A 1BILA 5P11A 4KE0A 3T7PA 5OZTA 4EXHA 4RGHA 1PROA 1VIJA 1WKRA 5P51A 5P8UA 2AZBA 5P5AA 2G20A 4Y39A 5P61A 1ZAPA 2QI7A 4L1AA 4H3JA 5FIVA 5SY2A 2BBBA 1EPRE 2RENA 2VNMA 1BVEA 4OBFA 3VSXA 1ME6A 2J9KA 3INEA 5OZ1A 1SIVA 2BKTA 5P30A 3UF3A 3IXJA 4F74A 2B7ZA 4YDFA 1M43A 5P8IA 2F81A 4DJYA 3RVIA 1AXAA 3S43B 4HLAA 3IA9A 3QP0A 2HM1A 5P0MA 3ZLQA 1EAGA 2R3WA 3QPJA 4Y54A 5P65A 5P7AA 3UQUA 4Y5AA 2QD7A 5P1RA 4EQ0A 4K9HA 4Q1NA 1T6EX 4EXGA 1YG9A 4YD7A 3ZKXA 4Y4DA 3RTNA 4GJ8A 5P7NA 5P6FA 4B1CA 1APUE 1M4HA 4GIDA 5E5KA 3OAGA 5P6SA 3BUFA 3WB5A 5I3WA 1TCXA 3O9FA 3ZOVA 4DJXA 5JG1A 4DH6A 5HCTA 2HIZA 2AZ8A 1SGUA 2ER7E 5OZSA 1K6VA 1MERA 1MSNA 3WZ6A 3URJA 4FRJA 4PHVA 1IVQA 4BEKA 4B72A 4J0VA 3NU4A 2BPXA 3OXVA 5SY3A 5OZCA 4HDBA 4OD9B 5P7UA 1PSAA 1HIHA 3QROA 4CPTA 3D1XA 5DGWA 2WEAA 3BC4A 5BRYA 4L7GA 7HVPA 4DJRA 4FAFA 5P6NA 1K1TA 1IZHA 4YCKA 3G72A 4NJSA 3OQAA 3NR6A 4Y3EA 3I6OA 1ZJ7A 4XKXA 2ZHSA 3CMSA 1FB7A 5DR0A 2FGUA 5OZKA 4JPEA 5KR8A 1BXQA 4LP9A 4YCTA 1J71A 2FLEA 2RKFA 5P2NA 2WF3A 1FGCC 1FFFC 2NNKA 4I0FA 3GI0A 3OQ7A 5OZ5A 1M0BA 4I0ZA 5OZ8A 5P74A 5OZYA 3HLOA 3NXEA 2QI5A 4RVJA 2VJ6A 4Y3AA 2PWRA 3APRE 3S53A 4H3FA 2R38A 3EM6A 3MSKA 4DQFA 2A4FA 5OZLA 5P5BA 1T3RA 3ER5E 4FSEA 5P59A 3UFLA 1EBYA 1ODXA 5P66A 4ER2E 5P5OA 1BVGA 4LC7A 4FAEA 3KF0A 5P0LA 5P5SA 2Q5KA 5P4CA 1EBZA 2OHLA 3IN3A 3RU1A 3OOZA 1LF2A 4QJ7A 3UHLA 1FG8C 3N4LA 2VA7A 1DAZC 2OHNA 4QJAA 1A9MA 4Y44A 3VYEA 4B1EA 3T6IA 2IGYA 3OGPA 5APRE 1SGZA 2JE4A 2VIZA 1RPIA 3KFNA 3BXRA 5AH7A 5P6WA 5P15A 5P7GA 3EM4A 3VSWA 1HTGA 3RSXA 1NPAA 5DR8A 5P3IA 1MSMA 2BKSA 5P3GA 3UPJA 5P5PA 3O9LB 5P4ZA 5P4HA 4Y5MA 1OEWA 1QBTA 2FNTA 2QI6A 4DFGA 3IVHA 4Y57A 3QRMA 4KUPA 3FNTA 4Y5BA 4H3GA 4I8ZA 3A2OA 1FLHA 1KJGA 2Q3KA 4FL8A 5KQZA 5P6XA 2NTRA 4Y3JA 5P4WA 1DIFA 4QJ8A 3B7VA 5OZGA 3EKXA 1UH7A 5OZNA 1SBGA 2WEDA 1NSOA 3KYRA 1CMSA 4B05A 2ZHVA 1FG6C 2H6SA 3R1GB 2NMZA 5OYTA 2QZKA 4HDFA 3DJKA 5P3KA 3KA2A 5P6GA 5IVQA 3CIBA 1ZBGA 2AOFA 5OZMA 1ZPAA 4OBZB 5P5FA 1W5XA 2BPWA 5P1MA 3R0YA 1MPPA 4FGXA 3ZKQA 3JVWA 2BPYA 3SA7A 2V12C 5JFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMR A;  3NWX A;  3U71 A;  4PPH A;  5P1C A;  2QHZ A;  4TVH A;  3ST5 A;  1HVH A;  3DCR A;  1Z1R A;  4Y37 A;  4EJ8 A;  5P84 A;  5P4P A;  5COP A;  5P5R A;  1MUI A;  3EL9 A;  5DR1 A;  5P7I A;  2G69 A;  4L6B A;  2ER6 E;  3PM4 A;  5IVT A;  1VIK A;  1FEJ C;  1MRX A;  4OBH A;  5P29 A;  5P2D A;  2UY0 A;  5P62 A;  4I0E A;  5OZ6 A;  3PSY A;  2XFK A;  2VIJ A;  1DMP A;  5E5J A;  3ZKM A;  1DW6 C;  4I11 A;  1E81 E;  3EC0 A;  2V0Z C;  3TPJ A;  5KR1 A;  5P3P A;  5OYR A;  5HE7 A;  4IVS A;  2VNN A;  5P1F A;  2P83 A;  3OUD A;  5P8D A;  2FGV A;  1HPS A;  3BGC A;  5P6A A;  5P7M A;  3KMY A;  3CYW A;  5AH8 A;  5DR7 A;  3I25 A;  3PWR A;  4R93 A;  1NH0 A;  5P1T A;  1HOS A;  3TL9 A;  2O4L A;  6FIV A;  1C70 A;  4JPC A;  5P3A A;  4COE A;  4ER4 E;  3Q4B A;  4GJ9 A;  3DUY A;  5OYU A;  5P3M A;  1YTI A;  2QP8 A;  1QBU A;  1HRN A;  3IXO A;  3HDK A;  3OQK A;  5P73 A;  5P4Q A;  1HPV A;  5ISK A;  3PBD A;  3Q6Y A;  4B78 A;  5P2C A;  1HSG A;  3L5D A;  1XL2 A;  2ANL A;  4I0D A;  4LAP A;  4HZT A;  4DQC A;  4MC6 A;  3T7Q A;  3T7X A;  1EPM E;  3NXN A;  2G24 A;  4Y5P A;  1NPV A;  5P4I A;  3KFR A;  5KOS A;  2WF4 A;  3PRS A;  3GI6 A;  2G94 A;  5P20 A;  5OZZ A;  4Y5K A;  3BRA A;  3D1Y A;  5DQC A;  1MT8 A;  2Q55 A;  4ZE6 A;  3CYX A;  7UPJ A;  4PYV A;  4RCE A;  2AVO A;  2QMF A;  3JW2 A;  5DQ5 A;  3KFP A;  5P0V A;  3OK9 A;  1D4I A;  5OYY A;  1HPO A;  2P3D A;  4Y58 A;  1HII A;  2WL0 A;  1YX9 A;  5P1G A;  3PLL A;  5P5W A;  3KM4 A;  5P25 A;  5P8M A;  3O9D A;  3QVC A;  4J54 A;  5P10 A;  3NU6 A;  1UH9 A;  3NU3 A;  2B7F A;  5OZH A;  3OHF A;  1W6H A;  5P0S A;  2QI4 A;  5P5T A;  2FNS A;  3HAW A;  5DQ1 A;  2R8N A;  1W51 A;  3EM3 A;  5P4U A;  1K2C A;  1LYA B;  5COO A;  4Y4Z A;  1HSH A;  3TPR A;  3L3A A;  2AZC A;  3L5B A;  2IKO A;  4FLG A;  5P5V A;  2SAM A;  1FQ7 A;  3OQD A;  3G70 A;  4DJU A;  3UDH A;  2G1R A;  4B70 A;  5HDX A;  3GGV A;  1B5F A;  1LYB B;  5AH9 A;  2B42 A;  1WBM A;  3UDQ A;  3CKT A;  3LIX A;  3OU4 B;  4ZPF A;  1IDB A;  5P53 A;  5P4K A;  5P86 A;  4UPJ A;  1FQX A;  5P8J A;  4QGI A;  3S54 A;  3SKG A;  1T6G A;  5OYW A;  4FSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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