2Z54A

The influence of i47a mutation on reduced susceptibility to the protease inhibitor lopinavir
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMAGGIGGFVKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title The Influence of I47A Mutation on Reduced Susceptibility to the Protease Inhibitor Lopinavir
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2z54A00
4GJBA 3CKRA 2I4QA 5HCOA 5P1EA 1BV7A 3KA2A 5OZDA 1APWE 2ER0E 3GGAA 4NKKA 3VF3A 5P0MA 4HZTA 2Q5KA 3UQWA 1PPME 2AOFA 3NXEA 4ZPEA 3UQPA 2JXRA 3TLHA 1EPRE 2VJ7A 1D4LA 5P7ZA 1APTE 3UDRA 1ENTE 5P3XA 2WL0A 2BPXA 4Y56A 5P7HA 4DUSA 2ZJIA 1F34A 4JOOA 3O9LA 1XE5A 4DPIA 1E82E 5P4GA 2ER6E 4EYRA 5OZQA 5EZXA 1BXOA 3PMUA 5P86A 3VG1A 2QNNA 5P7OA 9HVPA 3NU9A 5P2CA 5P57A 3URIA 1HBVA 4A6CA 3K4VC 2QI1A 5P2DA 5P1HA 2F81A 2XYEA 5ER1E 1XN3A 4PEPA 3WZ8A 4GJAA 5P7PA 4D83A 2I1AA 5P0HA 3EKYA 3EXOA 3CYXA 3EL4A 4TVHA 1Z1HA 5P7RA 4CPRA 1MTRA 2QCIA 5P3FA 2P3BB 4Q1NA 4AA9A 5ENMA 1D4HA 3O99A 2FXEA 5P19A 4B0QA 5P1QA 1MEUA 3OHHA 1B6MA 3MSLA 5OYTA 5KR8A 1LF4A 2R5QA 5P7WA 2Z4OA 3MWSA 2IRZA 3DV5A 4BEKA 5P5CA 1JLDA 3DUYA 5P25A 5EZZA 2NR6A 1K6TA 2FNSA 3VUCA 2WEAA 4Y38A 2FMBA 5P6KA 3S56A 5P5AA 2HAHA 2HPFA 4FRJA 1CPIA 5P15A 3ST5A 3G72A 1PPLE 4Y4UA 5P4CA 4Y43A 3N3IA 2QD6A 2CEJA 5HU0A 5P8RA 2IL2A 3HVPA 1APUE 2AOHA 5P66A 1WBMA 5C9FA 2WHHA 1ZPKA 4LP9A 4RVIA 4YCYA 4Y3WA 2PWCA 4TRYA 5OZXA 4R5NA 5AH9A 5CONA 3CIDA 5P44A 1FKNA 2Q15A 5P02A 3TL9A 5KOSA 4J55A 4PHVA 1XN2A 5P5ZA 5P8TA 5P7BA 4YOAA 3BGCA 5OYZA 2QNPA 5OZFA 4FAEA 5B18A 3NR6A 2OHMA 3ZLQA 1A30A 5P1DA 5P27A 4OBZB 4UPJA 4Q1YA 2QMFA 5P0DA 4LL3A 4F73A 4Q5MA 2RSPA 5P00A 5P4MA 3T11A 7UPJA 4Y58A 3K5DA 3PB5A 4QJ6A 2RENA 2OHPA 2PK6A 1HVSA 4Y5LA 5SZ9A 5P3GA 3SA9A 3L5BA 5KQXA 3L5EA 4Y4BA 3QBHA 4LXKA 4R91A 1GVUA 5ISKA 2R38A 4ZSRA 3ZOVA 4I8ZA 3T7XA 2ZHTA 3ZKSA 2B8LA 2AOIA 3LNKA 4GJ6A 4DQGA 4S1GA 3GGXA 3KFPA 5P3WA 1FFFC 5BWYA 2VIJA 2BKSA 3VFBA 1M0BA 1E80E 4J1HA 1HIIA 4Y3GA 1LEEA 1B6JA 3KDCA 2FIVA 5OZUA 2I4DA 5P5EA 2Q64A 4HLAA 2ZGAA 2PH8A 3GI4A 2V16C 4QGIA 5P2HA 3EL9A 2WF0A 2O40A 3L58A 5KQYA 5P12A 3BUFA 5P48A 1ZPAA 3S54A 3T7QA 5AHCA 5P3IA 2Z54A 4Z50A 3NLSA 4NJUA 1AM5A 1HEFE 4D85A 5P3UA 1FIVA 5P1NA 4CPUA 3IVIA 1AVFA 5P0AA 3LINA 2AVQA 5P0SA 5P8HA 5P58A 2AOJA 4OBDA 2ZJHA 5OYUA 1YTIA 5P2VA 1B5FB 1EPNE 5P1BA 4Y4XA 4ACXA 2QI4A 2OHUA 2WF4A 1QS8A 2F8GA 4J1IA 5OZ8A 2FS4A 5P2NA 3DM6A 4Y6MA 4RROA 5P7XA 4DJXA 3UQRA 3T6IA 3ECGA 3G70A 4NJSA 5P1YA 1KZKA 1W5WA 4DV9A 4Y3AA 3QROA 4Y4TA 5OZEA 4YA8A 3CKPA 5OZHA 4EJKA 4BFDA 3ZKMA 3FV3A 4DJVA 5P6EA 5P76A 4KB9A 4Y36A 3OQFA 1FQXA 5OZ4A 5P3JA 3ZKXA 3L5FA 5P49A 4RVJA 3RTMA 3LIZA 3BVBA 5P4AA 1XDHA 6FIVA 3SA4A 4YD5A 1EPME 4ZSQA 3UF3A 5COKA 2QHZA 4DJPA 2I4XA 4Y54A 5P8IA 4PZXA 3R0WA 5P69A 5I3YA 4DH6A 1E81E 3APPA 5P31A 4RRSA 5P8AA 2P3BA 4Y5NA 3OY4A 3IXKA 5P4DA 2NMZA 5P5WA 3TKWA 5HU1A 2R3TA 2F80A 5HE7A 4YD4A 1GNOA 3EMYA 3HAUA 3UDHA 4EJDA 3QN8A 1GVTA 5P7VA 4B00A 2PH6A 5P0JA 2OF0A 5P2OA 3CYWA 2WECA 3PCZA 1FMBA 4XXSA 5P7MA 2QD8A 1IVQA 3O9AA 1FEJC 4Y57A 5P2QA 1HPOA 4FRIA 3HAWA 4DQEA 4F75A 4YD7A 3NDUA 5P2UA 4Y41A 5P26A 2O4KA 3OQDA 2NNKA 5OZ0A 1C6XA 4A4QA 3OHFA 4XX3A 2I0AA 3RTNA 3K4VA 4DJUA 1T7JA 1UH7A 5IVTA 5DQ2A 4HEGA 3TOHA 1QBSA 4Y37A 5P4VA 5OZJA 2IS0A 1IVPA 3KF0A 4CPWA 2QZXA 2PSGA 1HVJA 1BAIA 5DGWA 3HW1A 1OEWA 5IVSA 4DJQA 3S53A 4GIDA 4GJ8A 3QP0A 5OYQA 5OYSA 1HVRA 4F76A 2B7FA 3QAAA 5OYXA 3UTLA 3FSMA 3EKWA 5P5HA 4I8WA 3EBZA 3OGPA 2JYSA 1YX9A 3I7EA 3KDBA 3SPKA 4GZFA 4RCEA 4D88A 5P78A 1NPVA 2HB2A 3INFA 4I12A 4ER2E 4NPTA 3IGBA 1D4KA 2QZKA 3DJKA 2G94A 2G27A 1SDUA 2AOCA 2NXLA 4L7GA 4QJ9A 5P52A 5P0FA 5P7EA 1RNEA 3QVIA 4DPFA 5P01A 3WB4A 5P0TA 4Y5KA 4HE9A 5P6VA 2H6SA 5P8JA 3AIDA 5P07A 3D1ZA 3SKGA 3RTHA 3OUAA 3HBOA 5P6QA 4E43A 3PJ6A 5P8DA 5P71A 5P4SA 3KT2A 3PWRA 4D89A 1HEGE 5DPZA 3I25A 5P0GA 5P4XA 5P1OA 2AVVA 2OHQA 4I0HA 5P8FA 1PSNA 3JVWA 5P38A 4RYCA 3K1WA 5P4LA 3UDQA 2Q63A 5P0YA 1UH8A 4Y3PA 1A9MA 1HVKA 4ER1E 5HTZA 1QDMA 2VNNA 4Q1XA 4Y9WA 1E5OE 3KYRA 4Y4WA 2R5PA 3ZKIA 5P61A 1WKRA 5P6PA 5F00A 5P1UA 8HVPA 4Y5GA 3MSJA 5F01A 3IAWA 1BILA 4Y3TA 5P6YA 1NSOA 3QI1A 4YCKA 1QRPE 3LPJA 5P5IA 5DR7A 5AHBA 2IENA 3T3CA 1ME6A 3VFAA 2BQVA 3EKPA 5P0VA 4MC6A 5P1RA 5P6UA 4AUCA 3SLZA 3ZKGA 3UHLA 3H5BA 5P40A 2PSVA 2PYMA 1QBTA 5P5DA 3TTPA 3SABA 5COOA 2FDEA 5AGZA 1PPKE 5OZSA 4J0TA 3QRSA 5P37A 1T6EX 2Q11A 1C6ZA 3APRE 4EQJA 3VSXA 4DJWA 2BKTA 3OQ7A 1RV7A 1XS7D 4H3JA 3ZKNA 3QRVA 1BBSA 1SDTA 5P74A 4I0DA 5OZZA 4K8SA 1K1UA 5P1ZA 1MIQA 4YBIA 2BPVA 4J5JA 3QBFA 1W6HA 3T7PA 3VV6A 4B05A 2OHSA 1BV9A 2VS2A 1HSHA 3ZMGA 2HB4A 4FL8A 2J9KA 1BIMA 5P3NA 5P0PA 5P3YA 4PYVA 1ODXA 5P4WA 4Y3YA 1EC2A 1SMEA 2G20A 4OBHA 4Y3QA 5P6IA 4CPQA 5BS4A 3I6OA 4J17A 3NYGA 3OAGB 4YHQA 4LXAA 5ENKA 2MIPA 2JJJA 5P56A 3ER5E 1SGZA 5P05A 5P4ZA 4COEA 1AJVA 4M8YA 1BWBA 5I70A 4OBJA 1U8GA 5FIVA 3KMXA 5P3TA 4Y45A 5P7LA 3OUDB 4B78A 2QHYA 2NXMA 1MUIA 1GKTA 2G1RA 2V10C 5P84A 2SAMA 3VCMA 3DOXA 1EPPE 3S7LA 3SA3A 5P3QA 2VJ9A 1KJGA 3ZL7A 5P7JA 3S85A 1BXQA 5P6LA 1ZBGA 4ZLSA 3BXRA 1TQFA 5P5FA 3LIXA 1SMRA 1D4IA 5HDZA 1HSIA 2QI5A 1EBWA 2HC0A 4WTUA 5P87A 3BUHA 4H3FA 4QLHA 2RKFA 2ZHVA 3TPLA 4Z4XA 2IKUA 3L5CA 2NMYA 1BDRA 2ZJLA 3BC4A 1EPOE 1EPQE 2JE4A 5P0UA 2QHCA 5I3VA 5P7GA 2ZJNA 4RLDA 1HTRB 5P11A 1HTFA 4ZPGA 4IVTA 5P7YA 4EP3A 3OK9A 2R8NA 1G6LA 3VLAA 4MC2A 2O4LA 1IBQA 5HDXA 5ISJA 4QJ2A 5P39A 1B6LA 4J0YA 3EL0A 5P4YA 2ER9E 3UFNA 3OQKA 2WF1A 3OU4B 3KFSA 2BPZA 5P6GA 1OEXA 5P5QA 3RVIA 2WEZA 4I0JA 3G6ZA 4YOBA 3VSWA 4XX4A 3R2FA 4J0PA 5P6AA 2ZE1A 5P6CA 3NDTA 3TOGA 1ZSFA 4DFGA 1FQ4A 4U8WA 1EBKC 4I11A 3FKTA 5P7NA 5OZ1A 4OD9B 2AVOA 5P7TA 4YBFA 1OD1A 5KR0A 3I8WA 3EL1A 2A1EA 5P3MA 2G26A 5IVQA 4DJYA 3K5GA 5P3LA 5P7QA 3B80A 5P0CA 5P4RA 2I4UA 4Y51A 4EXGA 4Y3DA 4Y4EA 5P4NA 5P1IA 3UDKA 3CMSA 1MPPA 1T7IA 1W50A 3RU1A 1GVWA 5P4PA 1ZAPA 5DQCA 1G0VA 5P2SA 3EKTA 5P5MA 1TCWA 4JECA 4GJCA 2FDDA 3INHA 4OBGA 5P1JA 2RKGA 4AMTA 1T3RA 5DR4A 3NWXA 5C9DA 3EKXA 4K4PA 5P8LA 4HDBA 5P5PA 4Y4JA 5HVPA 2AZCA 5P0RA 5OZNA 4Y3RA 5P2MA 5P0IA 1ZTZA 5HE5A 5P3AA 1N49A 5OZCA 3UDMA 1ZJ7A 1UH9A 4MC1A 2NNPA 5P2XA 4Y47A 3F9QA 3NDXA 5OZTA 4DQFA 2QK5A 4KE1A 5DQ1A 3LIQA 2QI3A 3U6AA 2OHKA 5P83A 2AIDA 5PEPA 1LF2A 2OHLA 2I4WA 4L7JA 4ER4E 5P1KA 3KFRA 5P79A 3LPIA 1DW6C 2UPJA 3GI5A 3EC0A 1PFZA 4EWOA 1EBZA 4D8CA 4OC6B 5P36A 1PSAA 5P14A 5P4BA 5OZPA 1KJFA 4LBTA 3CICA 1GNNA 5HDVA 5P6NA 3ZPSA 3IVHA 4RRNA 3U71A 3VYEA 2VKMA 3OAGA 3PGIA 1T6GA 5AHAA 3O9IA 4L6BA 4Y4DA 4TVGA 1FMUA 2R9BA 1AXAA 4M8XA 3O9DA 4RVXA 5P3PA 2ZHRA 3OUDA 1DIFA 1IZIA 4Y5PA 5OZ7A 3S43B 5OZIA 5P63A 4R93A 2XYFA 2O4SA 3PMYA 2VA5A 3Q4BA 5P4FA 3R0YA 3Q5HA 3O9HA 3KT5A 5OZ2A 3GGUA 2AQUA 2VIZA 4DI2A 1TCXA 5KOQA 2APRA 1DP5A 5P77A 5DQ4A 4Y50A 4FM7A 2IDWA 2XFIA 1HWRA 4YD3A 1TZSA 2G1YA 3WB5A 2P83A 3OADB 2QZLA 5P47A 5P8SA 4J0ZA 1AJXA 1M4HA 5AH7A 5P3BA 2F3EA 3GW5A 5P6WA 1EPLE 2HPEA 1HIHA 5P2YA 3INEA 1MSNA 1PROA 5P2GA 5P4QA 4PZWA 1HTEA 1HXWA 2FLEA 5P1PA 4F74A 2BPYA 3QPJA 1K2CA 5OZ3A 4Y44A 3O9GA 4Y4ZA 4RZ1A 4OBKA 4L7HA 1IZEA 4K4RA 1CZIE 5E5KA 1Q9PA 3EL5A 5P6DA 2V13A 5P28A 1LYAA 2ASIA 5KAOA 1IDAA 4RCDA 5P1MA 5P65A 1HTGA 3HZCA 3NWQA 3Q3TA 5P3HA 5OZ6A 2IEOA 2J9JB 4YD6A 2BB9A 3VV7A 3UQUA 5OYRA 1M43A 3PVKA 3LZSA 3OU4A 4Z2ZA 2PMAA 2ZJMA 4DQHA 5P33A 1APVE 2G21A 4H3IA 2RMPA 3AUPA 5P85A 4U7VA 2HM1A 3PI0A 2WF3A 4DJOA 1F7AA 5P5UA 1K6CA 3H0BA 2V11C 1EC3A 1A8KA 4YDFA 3KM4A 3PHVA 2P3DA 5P7IA 2QD7A 3SQFA 4OD9A 5P5YA 1UPJA 4FS4A 5P50A 4J1CA 2Q3KA 1EBYA 4YCTA 3ZPTA 5P4HA 3HD8A 5P08A 3UQXA 2P4JA 3KN0A 4H1EA 3VEUA 5OZYA 4FM6A 2AODA 4HDPA 4NJVA 3IN4A 4Y4GA 5P41A 1BDQA 2ER7E 1XL5A 1DAZC 3BVAA 3FNSA 3IXJA 1IDBA 4LAPA 4DQBA 5P4KA 1HVCA 3PBZA 1MESA 3D1XA 2UY0A 5HE4A 5P34A 3TKGA 3K5CA 2OAHA 1NH0A 5OYYA 3VF7A 1ODYA 1YTHA 1EEDP 2HIZA 3EM4A 1D4SA 4CP7A 1HRNA 2QMDA 5HD0A 4GJ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJB A;  3CKR A;  2I4Q A;  5HCO A;  5P1E A;  1BV7 A;  3KA2 A;  5OZD A;  1APW E;  2ER0 E;  3GGA A;  4NKK A;  3VF3 A;  5P0M A;  4HZT A;  2Q5K A;  3UQW A;  1PPM E;  2AOF A;  3NXE A;  4ZPE A;  3UQP A;  2JXR A;  3TLH A;  1EPR E;  2VJ7 A;  1D4L A;  5P7Z A;  1APT E;  3UDR A;  1ENT E;  5P3X A;  2WL0 A;  2BPX A;  4Y56 A;  5P7H A;  4DUS A;  2ZJI A;  1F34 A;  4JOO A;  3O9L A;  1XE5 A;  4DPI A;  1E82 E;  5P4G A;  2ER6 E;  4EYR A;  5OZQ A;  5EZX A;  1BXO A;  3PMU A;  5P86 A;  3VG1 A;  2QNN A;  5P7O A;  9HVP A;  3NU9 A;  5P2C A;  5P57 A;  3URI A;  1HBV A;  4A6C A;  3K4V C;  2QI1 A;  5P2D A;  5P1H A;  2F81 A;  2XYE A;  5ER1 E;  1XN3 A;  4PEP A;  3WZ8 A;  4GJA A;  5P7P A;  4D83 A;  2I1A A;  5P0H A;  3EKY A;  3EXO A;  3CYX A;  3EL4 A;  4TVH A;  1Z1H A;  5P7R A;  4CPR A;  1MTR A;  2QCI A;  5P3F A;  2P3B B;  4Q1N A;  4AA9 A;  5ENM A;  1D4H A;  3O99 A;  2FXE A;  5P19 A;  4B0Q A;  5P1Q A;  1MEU A;  3OHH A;  1B6M A;  3MSL A;  5OYT A;  5KR8 A;  1LF4 A;  2R5Q A;  5P7W A;  2Z4O A;  3MWS A;  2IRZ A;  3DV5 A;  4BEK A;  5P5C A;  1JLD A;  3DUY A;  5P25 A;  5EZZ A;  2NR6 A;  1K6T A;  2FNS A;  3VUC A;  2WEA A;  4Y38 A;  2FMB A;  5P6K A;  3S56 A;  5P5A A;  2HAH A;  2HPF A;  4FRJ A;  1CPI A;  5P15 A;  3ST5 A;  3G72 A;  1PPL E;  4Y4U A;  5P4C A;  4Y43 A;  3N3I A;  2QD6 A;  2CEJ A;  5HU0 A;  5P8R A;  2IL2 A;  3HVP A;  1APU E;  2AOH A;  5P66 A;  1WBM A;  5C9F A;  2WHH A;  1ZPK A;  4LP9 A;  4RVI A;  4YCY A;  4Y3W A;  2PWC A;  4TRY A;  5OZX A;  4R5N A;  5AH9 A;  5CON A;  3CID A;  5P44 A;  1FKN A;  2Q15 A;  5P02 A;  3TL9 A;  5KOS A;  4J55 A;  4PHV A;  1XN2 A;  5P5Z A;  5P8T A;  5P7B A;  4YOA A;  3BGC A;  5OYZ A;  2QNP A;  5OZF A;  4FAE A;  5B18 A;  3NR6 A;  2OHM A;  3ZLQ A;  1A30 A;  5P1D A;  5P27 A;  4OBZ B;  4UPJ A;  4Q1Y A;  2QMF A;  5P0D A;  4LL3 A;  4F73 A;  4Q5M A;  2RSP A;  5P00 A;  5P4M A;  3T11 A;  7UPJ A;  4Y58 A;  3K5D A;  3PB5 A;  4QJ6 A;  2REN A;  2OHP A;  2PK6 A;  1HVS A;  4Y5L A;  5SZ9 A;  5P3G A;  3SA9 A;  3L5B A;  5KQX A;  3L5E A;  4Y4B A;  3QBH A;  4LXK A;  4R91 A;  1GVU A;  5ISK A;  2R38 A;  4ZSR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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