2Z8EA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with galacto-n-biose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
source organism Bifidobacterium longum
molecule tags Sugar binding protein
total genus 142
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA02
1MXWA 5H8HA 1VFEA 1FCKA 2O68A 3CVGA 4EQ9A 3MPLA 1ZBMA 1VR5A 1B5JA 3OEMA 4P11A 3C35A 2UYEA 4ELRA 5CRYA 4XIGQ 3KG2A 1MQJA 1POTA 4LA9A 3E9XA 1YAEA 1HSJA 1XS5A 4JWYA 4P0GA 2O7IA 1H44A 4ZEBA 3FJ7A 3LC8A 1DTGA 4NF4B 1N3XA 3VVEA 1H45A 1Y4TA 3HN0A 1SYIA 3PGFA 3RLFE 2W7YA 2F7BA 2XX8A 5FTIA 4ESWA 1B40A 1MS7A 1LB8A 1ZU0A 3DP8A 3O28A 5I59B 1OLCA 1YTVA 4OFLA 3G3FA 1GV8A 2O7UA 5DVJA 3JZJA 3N26A 3PUXE 4FE8A 3TMGA 1USYE 4GWOA 3TCGA 3FVNA 3G3IA 5FTHA 3SEYA 4H67A 3EHUA 4LQ5A 4WEPA 1QKAA 3S9LC 1JQFA 1SI0A 3IK6B 4OESA 5ICQA 3FATA 4ESXA 1PC3A 3V8XB 4LONB 1ANFA 4KCDA 4E0XA 3Q25A 2NWJA 2QMXA 1AIVA 4OWDA 3UN6A 1LSTA 1S7YA 4LUBA 3KN8A 4DZ1A 1LAHE 3RQTA 2F7AA 1PEBA 2ZNSA 4QFOA 3VFJA 2R6GE 4KHZE 1LAGE 4RXLA 2Y7RA 4F2OA 3JV9A 3OSRA 5H8NA 2B3FA 1BTJA 4QRZA 4GD5A 1UIUA 3SESA 2QRYA 1MXUA 3GLBA 4R6HA 2DWAA 4ZE9A 2E1SA 3PD8A 3RTWB 1PBQA 2NXOA 1Y3NA 5H8SA 1IXIA 2PBWA 5CBRA 4MBPA 4R75A 4JWOA 3QXMA 4F1UA 1NFTA 4ND9A 4OTEA 3MC2A 1MDQA 3W9VA 4XKPA 3HHGA 3RNNA 5CMKA 4TLMB 3B6QA 4LATA 3DM0A 1M5CA 2Y7WA 2ONKE 4Q0CA 3OENA 3N94A 3CFLA 2Y7IA 4QHQA 1SYHA 4R9FA 1O63A 4YAHX 1IUDA 1D3KA 4QFNA 4ZEDA 4RK9A 2XX7A 1SW4A 4OEVA 2CZLA 3O2AA 5I2NA 1SW1A 2DXRA 2HFBA 1MPDA 1MY1A 1JVXA 4KI0E 1N76A 2BJJX 3M8UA 4I9DA 1FQCA 4DCYA 4IB2A 3TTKA 4OVJA 3CFXA 3BFTA 5I57B 2PX1A 3FIRA 3R6UA 4EQBA 1R9LA 1UTHA 3FXUA 4DE8A 3D4GA 5I56B 3SEVA 3ODBA 4LVQA 4DDDA 1CE2A 1LBCA 3C34A 4NF8A 1POY1 4XKRA 4X9TA 1ZTYA 4M1VA 4WKMA 1TWYA 5A5XA 1PBPA 3PUWE 3Q29A 1R6ZA 3SERA 2HQ0A 3C31A 2XXWA 4OETA 4H6DA 5JTYB 5IAIA 2QSXA 3C33A 3AXFA 4LQ2A 1JVYA 3OO7A 1Y4CA 4KYSA 3OO8A 4F3GA 2XHDA 1B7HA 4C1TA 4KR5A 4NF6B 2H25A 4PFYA 2V84A 2F6GA 3EQ1A 4BDQA 1URSA 5BUUA 1PB7A 2DWJA 1SD3A 2XXQA 4DIGA 2X7QA 2DXYA 5AA2D 5H8FB 2UVJA 4YICA 1PB8A 2VP1A 5CMCA 1FTLA 3S2VA 4OMBA 3QAXA 1XHYA 1B4HA 2REGA 4DXUA 2YLNA 4DXCA 2RF1A 1NNKA 3CRBA 3O6GA 4G8HA 4UA8A 4N13A 5L8DA 1FTJA 1MQDA 5CBSA 3MAMA 3V5AA 2ZYKA 3PMWA 1OQGA 4NE4A 2ZXTA 3IOVA 1NL5A 2F7CA 3IB1A 2I48A 5L9MA 4IY6A 4NF5B 3S9EA 5HPQA 1A99A 3G7WA 2AYSA 1HSEA 4Q8RA 4IGRA 3UP9A 3W9WA 4EXKA 4FJPA 2X7PA 3DP6A 1MDP1 2I4BA 4Z0IA 3C9HA 4ZDMA 2HCAA 5HBCA 4U2RA 2FYIA 2NOOA 4X48A 1OQHA 1MH3A 3U94A 5EHMA 4PETA 5CMBA 3IO6A 4H8JA 4FORA 1II5A 1JEUA 3R7XA 5H8QB 3KBRA 3MVWA 3I3VA 5TP9A 3VDFA 1J1NA 2I58A 2V93A 2I49A 1H43A 5TPAB 3PPPA 3FXQA 4ZEIA 5AA3A 4U22A 4GF8A 5ICTA 4JDFA 1EZ9A 4MF3A 1MH4A 3K4UA 3CSBA 2A5TB 3ILUB 4RPNA 5H8NB 2AL5A 3A09A 2ZYNA 3W15C 5CI5A 5CM6A 1TXFA 1MY0A 3TCHA 1B46A 4H65A 4F19A 2RCAA 4ELOA 4LZ8A 1XC1A 4GLIA 2B3BA 2DQVA 4PFTA 2XXUA 3DELB 1IXHA 4F3SA 1IIWA 1F9BA 1UIVA 2I3VA 1A7LA 5B7DA 1JW5A 1MQHA 2P1SA 4M4GA 3K6UA 4G68B 3MVZA 5CC2A 1B58A 1Y20A 1Q35A 1B32A 2PT2A 4G77A 3OD7A 4YKJA 3QK6A 3LSLA 2HZKA 1SW5A 1SBPA 4I62A 1A55A 3PPNA 2Q8JA 4LZ7A 2PYYA 3FJGA 4IY5A 1B05A 2LAOA 1SVXB 3KJTA 3Q28A 3SEUA 3LUYA 3FUZA 1A8EA 3TDJA 1P1UA 4BDOA 4IO2A 1A40A 2QS3A 1NNFA 2IA4A 3CI8A 5KZTA 1GTKA 4QSDA 3TAJA 2I6EA 1M5BA 2IEEA 2NUVA 3HSTA 5DVFA 3H7MA 1L5TA 1P1QA 3MP8A 2XXHA 3RPWA 4TQUQ 2OZZA 4U21A 3U72A 1BIYA 2XXTA 1MQGA 1Y1ZA 1IQ7A 1B2HA 5A5XB 3MVYA 4HW8A 3VVDA 3T22A 1XVXA 3TTRA 4F39A 4R2BA 4N6PA 2HZLA 1M5DA 3KGCA 2ZNTA 5LOMA 4YMAA 2VD2A 4AQ4A 3T9XB 1URDA 2GRVA 5ELVA 3PU5A 3T93B 2D3IA 1B9JA 1OVTA 1YCJA 3U92A 1BLFA 3TZAA 3K2DA 1RYOA 5DEXA 1LCTA 3VXBA 1O64A 5KDTA 4EF1A 3L6GA 5I58A 5FHNA 4LZ5A 1ZIUA 2F36A 2XX9A 3FZVA 3TEPA 5I2KB 4EXLA 5EHSA 1QVSA 5KCJA 3OO9A 2P0SA 4F18A 1MY2A 1VSOA 4P0IA 3CIJA 1JETA 3ZSFA 4POWA 1US4A 2H5YA 2G29A 2NVUB 2Z8EA 2O1LA 4OERA 4PFWA 3ZKLA 1B3EA 5F1QA 2H9BA 1B3FA 4KFQA 4KQPA 3IJOB 1QKBA 1ZMGA 3TELA 1IXGA 1NNPA 1S50A 3Q26A 3VLUA 1Z7ME 4E0WA 3KEIA 4PQJA 5K2YA 2THIA 4DCXA 3U93A 1FTKA 3TQWA 1MG1A 1VE4A 4O3AA 1R9QA 1DTZA 1JEVA 1N7WA 3K1PA 4GIZA 1XT8A 2HAUA 3FASA 1Y1MA 1XOCA 3FD3A 2CMOA 4F3PA 2OCUA 1N3WA 5B70A 3HO7A 3P7IA 2DVZA 3MWBA 1IEJA 3TKDA 4H0WA 2ONRA 3PPQA 1B7ZA 3R26A 1ELJA 3S9MC 1B6HA 2RKMA 3B6TA 2DE3A 1LFHA 4YKIA 3IOWA 1FQFA 2PVUA 3PPOA 1UQWA 4OZ9A 4GL8A 1N7XA 3VV5A 3M3KA 4NEDA 4WXJA 4PFUA 3IORA 3TTLA 3K6WA 5AA4B 1B3HA 2F5XA 1LBBA 5J1DA 2ALUA 3E4RA 1LLSA 3IO4A 1FQAA 3GBAA 1CB6A 4X1BA 3IOTA 2XXXA 4ISUA 4NF4A 1QW0A 2REJA 1IITA 5ITOA 4JBZA 1Y3PA 5TU0A 1DSNA 1B7UA 3OSQA 4OFJA 4BDLA 1JW1A 4RK2A 5ITPA 2DS9A 3H6VA 1XVYA 1USYH 2Z22A 5I59A 4JSOA 2UYFA 3E13X 3MJNA 2QMWA 4F31B 1B3GA 2VOZA 4GL0A 4F1VA 4KD5A 2VHAA 2Z8DA 2HXWA 3MW0A 4HCYA 3TTNA 4WEDA 1ZKBA 4JB7A 5JEIA 3BFUA 3UA8A 2Q9TA 5AA2B 3CG1A 4JXIA 5H8HB 2UVHA 3SEXA 4U4XA 1S9TA 3KSJA 4I1DA 4XKQA 3EPEA 1AMFA 3OMBA 1PDAA 2R71A 1LB9A 3IB0A 2UXAA 4X1DA 5L9SA 1MQIA 4JSDA 4G8MA 3PPRA 3N5LA 1MXXA 3G3JA 1OMPA 3I5OA 2PMSA 4YZZA 2AIXA 3USDA 2GHAA 1M5FA 2DE2A 4POXA 3SETA 4K3FA 4O3CA 1UTBA 2O6AA 1IXCA 2Q2AA 1AL3A 4XKNA 3A3CA 3ONMA 4DXBA 4KCCA 1BKAA 3H4ZA 1US5A 4F3BA 3OOAA 4O3BA 2B65A 2Y7PA 3FGSA 4OXVA 4H5FA 1WDNA 1P1OA 4ONYA 4QFPA 3C4MA 3U8QA 3H03A 3T66A 4GVOA 3RGYA 1NMUA 3UIFA 2R9JA 4F22A 2XXYA 1OLAA 1DOTA 2I0BA 2UVGA 3C32A 4ZE8A 3FVGA 5I58B 1LGBC 3GBBA 4Z7EA 3PUVE 1M5EA 3PUYE 3KN3A 2PT1A 2OLBA 1JW4A 1EZOA 4XXUA 5KCJB 2XXVA 5I57A 3BBRA 3H6WA 3O6HA 3VVFA 4Q30B 3K00A 3LSFB 3KN7A 5I56A 1MXZA 4U4SA 1Z7NE 3QYTA 3KZGA 5F7VA 4OFOA 4R74A 3TYHA 4G4PA 2F6PA 3MP1A 2Y84A 3KJ7A 4GOTA 1EH3A 2DSFA 1GGGA 4NWCA 1RYXA 2O69A 3MUQA 2GHBA 3SKPA 3F11A 4H8IA 5JTYA 5I84A 2V3TA 2ZNUA 3HCQA 1LAXA 3TQLA 3K0VA 4R72A 3OXNA 1QUIA 2OWTA 5FHOA 1QULA 4ZEFA 3B6WA 3H3GA 3O9PA 4NF6A 2H99A 1D9VA 1RKMA 1VFDA 2V25A 3K6XA 3V89B 5I2NB 1ZLQA 3B7DA 2E0SA 2KLFA 2ANJA 4I8CA 5H8FA 3HHFA 5DT6A 4QFLA 1MM6A 2QS4A 3C36A 3RT6B 4FIMA 4R2FA 3O29A 3PMVA 3JYRA 1FTMA 1MRPA 1UTHB 2F35A 2GH9A 2A5SA 3VE1B 5HM4B 2QS1A 1EZPA 4QSEA 1FTOA 2O84X 4NF8B 3VLVA 4ELPA 3T9UA 4ECFA 5FHMA 4THIA 4BDRA 2HEUA 2RCBA 1B4ZA 4L17A 1HSLA 2I3WA 4GFRA 3N6TA 3FVKA 4GRKA 1NNTA 4RNSA 4NF5A 3ZKKA 2FA7A 2G93A 3CG3A 1LFIA 4R73A 1FQDA 4IO6A 4ELQA 1P1NA 4NMYA 1TT1A 3K6VA 4PE5B 3KFMA 4FAJA 3VLWA 1B52A 4DLDA 3G3GA 5K2XA 3FVOA 1SI1A 3FXRA 1NH8A 3LSWA 1B5HA 3PD9A 3T9HB 3M3FA 4AB5A 1Y9UA 2ZYMA 2H98A 1DPEA 3HV1A 4YKKA 2XXIA 5EYFA 4LP2B 5H8QA 4FECA 4BDNA 3MZBA 3QUFA 1ZJLA 1WODA 3IX1A 4OQOA 4GQOA 4C1UA 4FEDA 5TPAA 3KOSA 4EF2A 3MPKA 3EHSA 3UGWA 1MY3A 3H6UA 4OYVA 2A5TA 3FJMA 1A54A 1ATGA 3E3KA 1B5IA 4U1OA 4OEUA 4F2QA 3K1NA 1SDXA 3S4UA 3HPIA 2XD3A 1LCFA 3O66A 3WAEA 4IO5A 4NTLA 1Y3QA 3TUSA 4ZZAA 2Q89A 3KOTA 4YB6A 3FV1A 3IB2A 2OJTA 4N07A 4KYDA 4RY1A 1UTBB 4GXSB 1P99A 1URGA 1EU8A 2QPQA 1I6AA 1FQBA 3LR1A 3VXCA 2D21A 4G68A 3CR9A 1LFGA 3KSXA 1R1NA 1O7TA 2F8DA 2I4CA 2VGQA 3PMXA 1GR2A 2RC7A 4KPTA 1B0HA 4OENA 1GVCA 2DVCA 3PV0E 2VD3A 3SDFA 3UORA 5TP9B 4R6KA 1H76A 3T9VA 4ZZEA 3I6VA 2D5WA 1AOVA 1MM7A 1QUJA 3TODA 4YKPA 3T96B 2DWHA 3EF7A 4RA1A 4ZEKA 4MH5A 4BLAA 1B1XA 3LSXA 1TFAA 3GZGA 1IZ1A 3IL1B 4QF9A 2P2AA 3FV2A 3RY3A 2WKYA 3DP4A 4MLVA 3D4CA 1N0TA 5CMMA 2XD2A 4MLQA 5ISUA 3TTMA 2ABHA 4YMBA 5AE4A 3CSGA 1D9YA 3A3UA 1MXVA 1Q1KA 3IOUA 4MFIA 3LBSA 2V3UA 5L9OA 4IO4A 1KWHA 3G3HA 4TLLB 4JWXA 3O6IA 2F34A 2GFEA 1P1WA 2M8CA 3EN3A 2Z8FA 2YJPA 3O97A 5DYHA 4G68C 2XXPA 3MBPA 4RYAA 1FW0A 3IAZA 3RTFB 4XTCQ 3BKIB 4F1YA 2RC8A 3PUZE 3UK4A 3DLNA 4UACA 4IO3A 4HS7A 3GXAA 2ONSA 3TCFA 4IGTA 1H3DA 2OBGA 4EUOA 2QS2A 2F78A 5I2KA 4U23A 2QL3A 1DPPA 5JK4A 2YPNA 3IJXB 1OIBA 3N6UA 4YB7A 1QUKA 3G3KA 4HTGA 1FQEA 4IO7A 3ILTB 2OWSA 1LAFE 2O51A 1YPNA 4EDPA 1QJMA 1T0KA 3MP6A 1A8FA 2DOJA 4TOZA 3M3LA 3EHTA 1SQYA 1OVBA 2ZYOA 4RJZA 4R6YA 3OELA 5IKBA 3ECRA 1MY4A 2DYXA 4FEBA 2RINA 4BDMA 3QSLA 4KYEA 1B51A 4H5GA 3TPAA 2DWIA 4EQ7A 2UVIA 4ZS9A 3TFLA 3L6HA 5DEXB 3MZ1A 2HAVA 3QUJA 2FNCA 3QIMA 5KDTB 1I6QA 2AL4A 3V83A 4C0RA 3SEWA 1TFDA 3MQ9A 3RUMA 4ZECA 3ZS6A 2Y7KA 3Q27A 4OHNA 2RC9A 3WAFA 4H1XA 4HCWA 1BP5A 4RPOA 4NWDA 3OEKA 2H4IA 4GXAA 1I69A 3MZ9A 4PP0A 4U1ZA 1B3LA 4QFKA 5DTBA 5AA4A 4F29A 4YU0A 1JNFA 3RN8A 2Z23A 3IR1A 2ZMBA 3MVXA 2V3QA 5DVIA 1SW2A 1MXYA 1WVJA 1N04A 4R9GA 3THIA 5AA1A 1DMBA 3OO6A 4G2ZA 2DP8A 1MPBA 3H06B 3K1MA 2X26A 2Q2CA 3RT8A 2Q88A 1N84A 2QJEA 4G8NA 1AH5A 3H6TA 1NKXA 4QSCA 4Q5TA 2ESNA 1PB9A 4YB5A 3U1OA 2O1MA 1NH7A 5M2VA 3CFZA 1D4NA 3K02A 2DE4A 5BWJA 4AB6A 1B0LA 2I0CA 2OK2A 3S9NC 2XXRA 5AA2A 1B1HA 3K01A 2F97A 1I6BA 1MPCA 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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