2Z8EA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with galacto-n-biose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
total genus 142
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA02
2GRVA 3KJ7A 5ISUA 4F2OA 4YICA 4ESXA 3TCHA 3G3FA 5I2KA 1A99A 1MY2A 2Y7IA 3ZKKA 4KQPA 5H8QB 4HTGA 3Q27A 2QS2A 4QRZA 4RYAA 1LCFA 2F36A 2DXRA 5FHMA 5FHOA 4H8IA 2D21A 2VGQA 3PUWE 1NH7A 4OMBA 1TT1A 3WAEA 5B70A 3O97A 4MBPA 1VE4A 2PT2A 4QSCA 4ZS9A 3H3GA 4FEBA 4EUOA 3H6TA 4H8JA 2R6GE 2F6PA 3K6UA 4F18A 5DTBA 2D5WA 1UIVA 1B32A 4KFQA 2CZLA 3I3VA 2F7BA 3H6VA 2REJA 3MZ1A 1OQHA 4YMAA 4XKNA 4L17A 3FASA 3U94A 4GFRA 1SI1A 2UVHA 2KLFA 4DXCA 5L8DA 1D9VA 4U21A 3MPLA 3FGSA 4M1VA 3WAFA 1MY0A 1FTMA 2ZNSA 4YU0A 1B40A 1B5IA 4ECFA 4FAJA 4X9TA 4H1XA 3UIFA 1OVBA 4NF8A 3EQ1A 1B0LA 1N7XA 3KZGA 1ZKBA 3PPNA 3CI8A 1N0TA 1SW4A 1Z7NE 2I49A 1LFIA 4Q0CA 2B3FA 2YLNA 3VLUA 3QUJA 4FORA 3V8XB 1M5EA 5CBSA 2DE3A 3ECRA 1FTLA 2H25A 3KOTA 1YAEA 3OD7A 2O84X 2H5YA 5CM6A 1YCJA 1B52A 1NH8A 2VOZA 1QUKA 3JYRA 4ZZEA 1SYIA 5LOMA 3LSFB 3QSLA 4YKJA 3TTNA 3M8UA 4TLLB 2IEEA 1MH4A 3PPPA 4IY5A 4KI0E 1B4HA 2UVIA 4H65A 1O63A 4NTLA 1JVYA 1MXWA 1Y4CA 1UTBB 1HSJA 3OOAA 5FHNA 1TFAA 4HW8A 1M5CA 1JEUA 5B7DA 1FQCA 1MM7A 4KR5A 4OERA 4YKPA 1Y20A 2UXAA 5H8FB 1EZPA 3FATA 1LB8A 3GLBA 1JQFA 5M2VA 4QHQA 3BKIB 1URDA 1A7LA 5EYFA 3TODA 1VFEA 3H4ZA 1PEBA 2XXWA 3G3JA 1PB9A 4E0WA 1IZ1A 1FQAA 5JEIA 3IOTA 2OWSA 1R9LA 3PUVE 3TTKA 1MQHA 3ILTB 3SEXA 3IO4A 2DVCA 2V3QA 2DYXA 2O7UA 1OQGA 1FW0A 1IXIA 2HZKA 4R9GA 3PMWA 1XT8A 1UQWA 5AA2B 1GGGA 2G29A 2QMXA 3LR1A 4JDFA 1VR5A 4EQ7A 5A5XA 5DYHA 2Q2AA 2QS1A 3IB0A 4PFUA 4OYVA 1B9JA 2Z8EA 1N04A 2O1MA 4JSDA 4X48A 3W9VA 1UTHA 4GLIA 4BLAA 5DEXB 1B5JA 4AB6A 1WVJA 4XXUA 4ZDMA 5DVIA 3TTRA 3A3CA 5I56B 3C34A 1N84A 5EHSA 2ZXTA 2PVUA 5EHMA 3OO6A 1A40A 4N13A 4G8NA 4TLMB 3MP1A 3VE1B 1B4ZA 3FVGA 1M5BA 4EQ9A 1M5DA 5K2YA 4THIA 4ELPA 3FVNA 4G8HA 1GR2A 2AL5A 4QSDA 1IUDA 5ITOA 1UTBA 1OMPA 3FVOA 4GL8A 4NF4B 1URGA 3RTFB 4N6PA 1MRPA 4XKPA 5AA4A 2I3VA 3N6UA 1MXVA 4GOTA 5KDTB 1R9QA 1B7UA 4BDMA 4U23A 1PB8A 4OEVA 2P0SA 1SVXB 3EHSA 2DVZA 2GH9A 1SDXA 1SW2A 5H8HB 2ZYKA 3UA8A 3VDFA 1A54A 2XXVA 1B1HA 4DDDA 5H8NA 4XKQA 2OJTA 3TQLA 4ZECA 3TCGA 3Q25A 3QAXA 1JEVA 2PT1A 3RQTA 1O7TA 4U22A 3QUFA 4K3FA 3SERA 2XXTA 3T9HB 3MVXA 2F7AA 3BBRA 1D3KA 1DOTA 3T9XB 1D9YA 4RY1A 5CMCA 1EZOA 3C4MA 4C0RA 4F3BA 2QPQA 1ZU0A 3P7IA 1SW1A 1QUJA 3MVZA 1P1OA 2REGA 2VP1A 1BKAA 2PMSA 3TDJA 1SBPA 2F7CA 3OXNA 1NNTA 3MAMA 1SQYA 2F34A 2GHBA 1JW5A 4OFJA 1O64A 1ZMGA 4ZEFA 1H44A 1S7YA 1ZTYA 3EPEA 4EDPA 2DWIA 4R6KA 2F97A 4F29A 1H3DA 3OO8A 4XIGQ 3K6WA 4UA8A 4HCYA 5DVJA 3CG3A 4NE4A 2ZNTA 4PFYA 4DE8A 3USDA 4OESA 2ZYOA 3OSRA 3IK6B 4O3AA 3DELB 2H99A 2HQ0A 3I5OA 3QYTA 1P1NA 2OK2A 1MQIA 3FJGA 3G3GA 1F9BA 3N26A 4NWDA 2YJPA 5I57B 3LUYA 4I9DA 3MWBA 4TOZA 3SEUA 4QFNA 4WEPA 2XXQA 4IO6A 4R2FA 4ELRA 3C31A 3TFLA 5H8HA 3CFZA 4AB5A 3H03A 2HAVA 4ZEBA 3CIJA 3G3IA 3FJMA 2PX1A 4IO2A 4I8CA 4U1ZA 5KZTA 2Z23A 3UORA 2HCAA 3K02A 3OEKA 1EH3A 5K2XA 3F11A 3IB1A 5AA2D 1ANFA 1B5HA 2FA7A 1Q1KA 4I62A 3U92A 3S9LC 1FQFA 3SETA 3IOWA 1B3LA 2XX7A 3H06B 4G68B 5CC2A 3K4UA 3M3KA 4MLVA 1TWYA 4YKKA 4F1YA 4H5FA 4H0WA 1PBQA 1B51A 4EXLA 5AA3A 3KEIA 2BJJX 1LAXA 3RPWA 4KYEA 4GF8A 1B46A 2NVUB 4QFOA 1TXFA 2ABHA 3E9XA 1LLSA 5FTHA 3L6GA 5IKBA 4POWA 1QVSA 5I58B 3HHGA 3ODBA 5ELVA 2O1LA 4LZ7A 1LBCA 4P0IA 1LBBA 5IAIA 3RLFE 3TAJA 3N94A 4FATA 3W9WA 4Q5TA 5I59B 4KD5A 1A8FA 3RT8A 2ONSA 4LZ8A 1P99A 5TP9B 1UIUA 5I57A 1IXGA 3MVWA 3IJOB 4BDQA 3C33A 1B3GA 4LATA 5I2NB 2H98A 3MP8A 3S9NC 1URSA 2E0SA 1XOCA 2G93A 3TZAA 5HPQA 1J1NA 1MY1A 2O69A 1NL5A 2XXRA 2Z22A 2XX9A 4IGRA 2RC9A 3G3KA 4O3CA 4F1VA 3VLWA 5H8QA 3CVGA 4IY6A 3SDFA 2OZZA 4FE8A 3TCFA 5CMKA 4NWCA 2XXUA 2I0CA 4LQ5A 4PETA 4UACA 2QL3A 1T0KA 2UYFA 2VD2A 4IO7A 3B6QA 2GFEA 4DXBA 3EHTA 3PU5A 1N3WA 2RKMA 4GWOA 3RUMA 1AOVA 1OLCA 1FTKA 4QFPA 4MH5A 3PPQA 4G68A 2RF1A 1B7HA 4RNSA 4POXA 5BUUA 2V3UA 4OFLA 3Q26A 4F3GA 4C1TA 3K6VA 3IL1B 2B3BA 3K2DA 4R9FA 3C9HA 3T9VA 4YB5A 5TPAB 3ZS6A 2QSXA 4OHNA 1D4NA 1B3HA 1FQBA 3H6WA 1B1XA 4U1OA 1IIWA 1LGBC 5JTYB 4KCDA 4F1UA 2QRYA 4KYSA 3A09A 5BWJA 4JBZA 4PQJA 4BDRA 3UK4A 4DLDA 3V5AA 3O2AA 5I58A 3HSTA 2WKYA 4GIZA 1H43A 1NNFA 4GD5A 3KN3A 4F2QA 3KN8A 1L5TA 3O6GA 1Y1ZA 1HSEA 4OZ9A 4JWXA 3MC2A 3L6HA 1MY4A 4R74A 1FQDA 1CB6A 2RC8A 2Z8DA 2XX8A 2AYSA 2ONKE 4NF6B 5JK4A 3D4CA 5TP9A 3OELA 2HZLA 2H4IA 3TEPA 3OO7A 4ISUA 1US4A 5I2NA 4OWDA 1N7WA 3T9UA 4RK9A 3DP6A 2F8DA 3S9MC 3C32A 2DE2A 1BLFA 4RJZA 1FCKA 1I69A 3MPKA 1MS7A 3R6UA 4GXAA 2Y7RA 4ZEIA 3FUZA 4ZZAA 4Q8RA 1SYHA 2H9BA 1NNKA 2NWJA 4JB7A 3MJNA 4EF1A 1I6QA 2I6EA 3LSWA 4OENA 1IEJA 5H8FA 1A8EA 3UGWA 1B0HA 2V93A 3FZVA 1USYE 3PGFA 4G2ZA 3RNNA 4I1DA 1ELJA 3BFTA 1MDQA 3DP4A 1LSTA 2DWJA 2HAUA 1OLAA 3U72A 4JSOA 3LBSA 3T96B 4OQOA 1MQDA 3E13X 1JW1A 5HBCA 1QUIA 4R73A 5TPAA 5L9SA 3IAZA 2R9JA 2W7YA 3QK6A 3O6IA 4BDLA 1IQ7A 3KGCA 1LAGE 1B2HA 1Y3PA 4OTEA 4G77A 4JWOA 1VFDA 2Q89A 4F3PA 3LSXA 3AXFA 4IO5A 3S9EA 4R6HA 4XKRA 3T93B 1TFDA 1P1WA 5HM4B 3KG2A 1LB9A 5AA2A 3PPRA 1I6BA 3FJ7A 4KPTA 4KHZE 5KCJB 3SKPA 5L9MA 3LC8A 2O7IA 4QSEA 3K0VA 1MPBA 5F7VA 1HSLA 3TMGA 4OETA 3OSQA 4FECA 4F31B 1MQGA 4TQUQ 1B7ZA 3IO6A 4NF6A 5DEXA 2QS4A 5I56A 3PUXE 2V25A 1CE2A 1LFGA 3ZKLA 2FNCA 3PV0E 5TU0A 2P1SA 1LAFE 2Q88A 1IXCA 1EU8A 3OMBA 3O9PA 1QJMA 5FTIA 1VSOA 1QKAA 1ZLQA 4YB6A 4NMYA 2RCBA 3KN7A 4X1DA 3TKDA 4YKIA 1AIVA 1SW5A 3FVKA 3GBBA 1POTA 3M3LA 4DIGA 3LSLA 2RINA 1OIBA 3MUQA 4NF4A 3FXRA 2XXIA 2HXWA 4F3SA 4R72A 1MPDA 2O68A 2R71A 3G7WA 5KDTA 4WXJA 1FQEA 3FXUA 1LFHA 4EXKA 2Y7PA 4YB7A 4X1BA 4ZEKA 3R26A 1N3XA 4MLQA 1MXYA 1P1UA 1Y9UA 4G68C 3FV2A 1LAHE 3OO9A 1MPCA 3PMXA 4HS7A 4F22A 1ZJLA 4RXLA 2OLBA 3KSXA 3GXAA 2DWHA 1MM6A 3VFJA 3C36A 2YPNA 1MXZA 1N76A 1PC3A 3MW0A 1M5FA 1AL3A 5ICTA 3RT6B 4LA9A 3MZ9A 4PP0A 3O29A 4M4GA 4P11A 2UYEA 4F19A 2I3WA 3CFLA 1JVXA 3SESA 3Q29A 2THIA 4YZZA 5CMMA 1Y3NA 1DPPA 3JZJA 2XXHA 2X26A 5KCJA 4R6YA 3IR1A 4JWYA 1FTJA 1JETA 3MZBA 2E1SA 1B6HA 3THIA 2OBGA 2OWTA 2F35A 2AL4A 3PPOA 3MVYA 4DCYA 1MDP1 2F6GA 3B6TA 3K01A 2Q9TA 2UVJA 4GVOA 1YPNA 4ZE9A 2QJEA 2XHDA 1MQJA 3G3HA 3K6XA 4E0XA 1A55A 3TTMA 1H76A 4YAHX 1Y4TA 4JXIA 2XXPA 4GL0A 2Y7KA 3MP6A 4P0GA 5J1DA 4H6DA 2AIXA 4N07A 3HPIA 2DXYA 5ICQA 3KBRA 5A5XB 3VV5A 1WODA 2Z8FA 4IGTA 2F5XA 2UVGA 5CMBA 1S50A 4BDNA 4DXUA 1UTHB 3UN6A 2M8CA 1NMUA 2ZYNA 1GTKA 4G4PA 3EF7A 2DS9A 1B58A 1Y1MA 2I48A 3IB2A 4RPNA 1XVYA 1FTOA 1DMBA 3EHUA 3SEVA 4QF9A 2HFBA 3VVDA 3RGYA 4LZ5A 4WEDA 4U4SA 4Q30B 1MH3A 1QULA 4H67A 3HCQA 1OVTA 2XXYA 3A3UA 5F1QA 4U2RA 1R6ZA 4QFLA 4IB2A 3O6HA 4H5GA 5ITPA 3CSGA 5CBRA 3K1MA 3U93A 4KCCA 2OCUA 2F78A 4MF3A 2V84A 5AA4B 2V3TA 3TPAA 1PDAA 3IJXB 2ZMBA 1NKXA 2ZYMA 1KWHA 1B3FA 1IXHA 3H6UA 2PBWA 3FV1A 2A5SA 2LAOA 2P2AA 4YMBA 3HN0A 4EF2A 2ESNA 1MG1A 1Q35A 1DSNA 4R2BA 3TYHA 3H7MA 4O3BA 3CRBA 2ZNUA 4ZE8A 5H8NB 3E4RA 4FJPA 3O28A 4ELOA 2X7QA 4GRKA 4LQ2A 1JW4A 3C35A 3VLVA 2NXOA 3HHFA 4FEDA 4FIMA 2O51A 4OXVA 3VXBA 3IX1A 3GZGA 1ZBMA 3I6VA 1USYH 4PFTA 5I59A 3IORA 3PUZE 1RYOA 1SI0A 3K00A 2NOOA 3EN3A 3GBAA 2FYIA 3T66A 2QMWA 4PFWA 1PBPA 2I4BA 3QXMA 4OEUA 5DT6A 4Z0IA 2X7PA 1RKMA 1YTVA 2DE4A 5H8SA 3SEYA 3PMVA 2B65A 4ONYA 5AE4A 2VHAA 4MFIA 3ONMA 4ND9A 3TTLA 4NF5B 3S4UA 3OEMA 1PB7A 4C1UA 1EZ9A 5L9OA 3PUYE 1IITA 3HO7A 3KSJA 3U1OA 1SD3A 4OFOA 3TQWA 3VVEA 5DVFA 4RK2A 2Q2CA 3CSBA 2A5TB 2I4CA 1XVXA 2ANJA 2D3IA 5I84A 2Y7WA 2DSFA 3MBPA 3E3KA 3CG1A 1MXUA 3UP9A 2NUVA 1XC1A 3HV1A 3K1PA 4OVJA 4GQOA 3Q28A 1BIYA 5CI5A 4ZEDA 5AA1A 2QS3A 3FXQA 3T22A 1S9TA 2PYYA 3PD9A 1BP5A 4WKMA 1II5A 1P1QA 1GV8A 4DZ1A 3K1NA 2CMOA 3M3FA 2IA4A 5I2KB 4ESWA 4EQBA 2DWAA 1JNFA 1I6AA 4PE5B 3U8QA 3V89B 3KJTA 5JTYA 1DPEA 2VD3A 4RA1A 3JV9A 3CR9A 3IOUA 2XD2A 3N6TA 1BTJA 1MY3A 3RY3A 3DLNA 4DCXA 3SEWA 4LONB 3FIRA 2I58A 1B3EA 2ONRA 3D4GA 2DP8A 3PD8A 4LVQA 4AQ4A 4U4XA 2RC7A 4XTCQ 1LCTA 2HEUA 1QKBA 1QW0A 3BFUA 1R1NA 4F39A 3R7XA 4NEDA 1Y3QA 3N5LA 4Z7EA 2RCAA 4QFKA 3TUSA 4IO4A 3O66A 1GVCA 2O6AA 3W15C 2DQVA 1AMFA 4R75A 1POY1 1Z7ME 3VVFA 4IO3A 1NFTA 1RYXA 4NF5A 3MQ9A 3RN8A 3IOVA 3FD3A 1NNPA 3VXCA 1WDNA 1XS5A 2Q8JA 4NF8B 4HCWA 3ZSFA 1US5A 1ZIUA 3KFMA 3QIMA 2Y84A 4G8MA 1XHYA 3RTWB 2ALUA 4LUBA 3KOSA 4ELQA 4LP2B 2A5TA 2DOJA 4RPOA 1ATGA 3ILUB 1DTGA 3TELA 3V83A 1B05A 3DP8A 3S2VA 2GHAA 3OENA 3B6WA 3B7DA 2I0BA 1DTZA 3DM0A 2XD3A 4KYDA 1AH5A 1MXXA 4GXSB 5CRYA 4BDOA 1H45A 3CFXA 2XXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GRVA 3KJ7A 5ISUA 4F2OA 4YICA 4ESXA 1FBCA 3KC1A 3TCHA 3G3FA 5I2KA 1A99A 1MY2A 2Y7IA 3ZKKA 4KQPA 2ZZWA 5H8QB 5I7IA 1K9YA 4HTGA 3Q27A 2QS2A 4QRZA 4RYAA 1LCFA 2F36A 2DXRA 5FHMA 5FHOA 4H8IA 2D21A 2VGQA 3PUWE 1NH7A 4OMBA 1TT1A 3WAEA 5B70A 3O97A 4MBPA 1VE4A 2PT2A 4QSCA 4ZS9A 5IZ1A 3H3GA 4FEBA 4EUOA 3H6TA 4H8JA 2R6GE 2F6PA 2HPGA 3K6UA 4F18A 5DTBA 2D5WA 1UIVA 1B32A 2XXKA 4KFQA 2CZLA 3I3VA 2F7BA 3H6VA 2REJA 3MZ1A 1OQHA 4YMAA 4XKNA 4L17A 3FASA 3U94A 4GFRA 1SI1A 3B8BA 2UVHA 2KLFA 4DXCA 5L8DA 1D9VA 5FBPA 4U21A 3MPLA 2ZZVA 1NV0A 3FGSA 4M1VA 4PF8A 3WAFA 2Q74A 4N8YA 4N6DA 1MY0A 1FTMA 2ZNSA 4YU0A 1B40A 1B5IA 3EKIA 4ECFA 4FAJA 4NHBA 4H1XA 4X9TA 3UIFA 4NAPA 1OVBA 4NF8A 3EQ1A 1B0LA 1N7XA 3KZGA 1ZKBA 3PPNA 3CI8A 1N0TA 1SW4A 1Z7NE 2I49A 1LFIA 4Q0CA 2B3FA 2YLNA 3VLUA 3QUJA 4FORA 3V8XB 1M5EA 4AS4A 5CBSA 2DE3A 4PTKA 3ECRA 1FTLA 4PDDA 2H25A 3KOTA 1YAEA 3OD7A 2QFLA 5EYHA 2O84X 2H5YA 5CM6A 1YCJA 1B52A 1NH8A 2VOZA 1QUKA 4N4UA 3MSTA 3JYRA 4ZZEA 4HE2A 1SYIA 2WBBA 5LOMA 3LSFB 3QSLA 2QVVA 4YKJA 4P1EA 3TTNA 4X8RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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