2ZHRA

Crystal structure of bace1 in complex with om99-2 at ph 5.0
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhrA02
1ZPKA 1G35A 1A8GA 4Y3SA 5P71A 2ER6E 4DH6A 4R8YA 4Y3YA 3VLAA 2O40A 5P6QA 2O4LA 3FX5A 4YBIA 5OZ8A 4Y35A 4YD4A 5OZQA 2QI0A 5BS4A 3EL1A 3MXEA 4JECA 3LZVA 5P1MA 4GB2A 1HXWA 1HVHA 1K1UA 5OYWA 5P0KA 3ZKQA 4MC6A 2IQGA 5P6CA 4H3GA 5P4SA 4H1EA 3TNEA 2AVQA 4Y3NA 3PWMA 1BVEA 5P4LA 5P84A 5P3AA 2H6SA 5P64A 5DR7A 1BIMA 5P08A 2ZJNA 4FCOA 1UH7A 3IA9A 3I2LA 4B0QA 1A30A 4GIDA 3BXRA 3EMYA 1BWAA 5JFPA 5P5LA 4I11A 1HPVA 1D4JA 3KDDA 4OBFA 5P44A 5P78A 5P00A 1MT9A 3ST5A 5P4RA 5P3PA 1G6LA 4K4RA 5P1KA 5P5AA 3NYGA 4NPTA 2G1NA 4ZPEA 3OU1A 2PWRA 2ASIA 1ENTE 5DPZA 5P3ZA 3I8WA 3OQAA 3WZ7A 1EBWA 3OAGB 4U7VA 1TQFA 4BFBA 5P0CA 5P5XA 3SPKA 1BDLA 3EM4A 5P3XA 4FGXA 1T7JA 3VF7A 2ZJJA 5P0AA 4F76A 3QROA 1MEUA 2G20A 1WKRA 5P6VA 4DFGA 3UDRA 5P1XA 1EAGA 4Y4BA 3MSKA 2WJOA 2NNPA 5P6DA 1GNNA 2FIVA 4S1GA 5P8DA 3PJ6A 2QD6A 2JJIA 2V10C 3PBDA 4Y5AA 2B7FA 1XE5A 1EBZA 3M9FA 3VYFA 4ZSPA 5P8UA 1AM5A 5P5ZA 5P2NA 4J1IA 5OZYA 3B80A 2AOJA 2NXLA 3F9QA 1ER8E 5P1PA 1FQ8A 5P6OA 2BB9A 4ZSMA 3IN4A 6APRE 4OBJA 4E43A 4B70A 3QPJA 4Y6MA 1C70A 5HDZA 5P6NA 5P65A 1NPVA 4YBFA 2PYMA 5OZGA 4BEKA 3UQUA 2AZ9A 5P0NA 5P8VA 5P8KA 5P89A 2I0AA 2QHZA 4I0EA 5OZ5A 4L7HA 3HAUA 2PK6A 4Y38A 3K5FA 1W6IA 4I0ZA 4J5JA 3NU6A 5P1ZA 2QMDA 3NUJA 3KDCA 5P27A 4RRNA 1XN3A 2VA7A 4EJLA 4ZPFA 3SA9A 3HBOA 4Y43A 1OEWA 2VKMA 5P05A 5P2ZA 3EBZA 5P10A 3ZPSA 4JOOA 5P0VA 3MSLA 4D83A 3KMYA 2Q54A 2RSPA 2Q63A 3FKTA 3OADB 4WY1A 1TCWA 1LYAB 2QI3A 5P4DA 4Y3QA 2XFKA 1SMRA 4FSEA 3CIDA 4Y3ZA 4RCFA 2P3CA 3PSGA 5P16A 4YA8A 4LXAA 5IE1A 2VJ6A 5P36A 4EQJA 3Q6YA 3S8IA 3QRSA 5P55A 3VV6A 5P6XA 2QNNA 2RMPA 4K8SA 4DJVA 2P3DA 5P8PA 3R2FA 5P52A 2HAHA 4RYCA 4BFDA 3VSWA 5P3VA 5F01A 3OAGA 5P4OA 3T6IA 4EWOA 5P2LA 2CEJA 2IS0A 4CPTA 4LXKA 4RVIA 1EEDP 5P5IA 4PEPA 3KA2A 4ZE6A 4F74A 4DI2A 3PBZA 1BWBA 1PPKE 4AUCA 3PI5A 5P72A 1GVVA 1IZHA 5P02A 3KFRA 2OHTA 4K4QA 4ZIPA 1XS7D 3S2OA 4EJDA 1YTGA 5P7QA 1ZSFA 3GI5A 3WZ6A 2WEZA 3QBHA 5P51A 4OBZB 5PEPA 2PK5A 1FQ6A 5DQCA 1YTHA 3VCMA 1F34A 3KN0A 4ZPGA 5DR4A 4QJAA 3HVPA 5P77A 5P2BA 3D1YA 3NU5A 1FEJC 5P1TA 1K1TA 4TRYA 2MIPA 5P1LA 4B72A 4CKUA 1GVWA 1OHRA 4Z4XA 3RSXA 2ZE1A 1TZSA 3G72A 2AVMA 5KQZA 1BXQA 2RKGA 4DJWA 2OHRA 1M43A 3EKVA 4RZ1A 4Y57A 5P2GA 5P0WA 3LIQA 2ZHUA 3QRVA 2WECA 2B60A 3EL0A 3PB5A 3SKFA 3MSJA 5P63A 2QD8A 3UDMA 3T7XA 5KOQA 5P4UA 2WEBA 5OZSA 3TTPA 2R3WA 1JLDA 4Y56A 3ZKSA 5P7FA 5P1UA 5P0HA 4DQFA 1FGCC 5JODA 3S85A 1PPLE 4J54A 3ZKIA 4RCEA 4FE6A 3B7VA 4OBDA 1LYAA 2XYEA 2QAKA 1BDQA 2OAHA 3SM2A 3OTYA 3KDBA 5P3HA 5BRYA 3GI0A 4K4PA 3NU4A 5P88A 4EJ8A 1BVGA 2VJ7A 3EC0A 5DQ4A 4XXSA 4KUPA 1HIIA 4ACUA 1WBKA 1LF2A 1CPIA 3C9XA 3IXKA 1AVFA 5I3WA 3O9FA 4Q1YA 4J0PA 3EKXA 1E82E 3UDKA 5P8AA 5P5VA 3PHVA 5OZZA 1FKNA 3O99A 5P0DA 5P4GA 5P03A 1RNEA 2O4SA 2Z54A 3PMYA 2IKUA 4Y51A 5SZ9A 5P8JA 5OZPA 1SP5A 4J1CA 4YOAA 4YCKA 2PYNA 2I4QA 5P2QA 3RTMA 3O9BA 1FMXA 5P3BA 5FIVA 3UFNA 5P0BA 1HTRB 4KB9A 4YDGA 2IGYA 2QZKA 4OC6B 5ER1E 4OBZA 1PSNA 5P15A 1D4IA 4FM6A 3K5GA 1M0BA 4XX4A 1HHPA 3NLSA 2AVOA 3GI6A 5AHBA 5P1JA 5P2SA 3L3AA 2IGXA 3SAAA 5P7SA 5P2AA 5P13A 4D85A 5I3YA 5OZAA 3BUGA 2V00A 3NU9A 5HCOA 3PGIA 3BVBA 4NJUA 2JJJA 3QAAA 4RYGA 3KM4A 3CICA 3BVAA 3O9IA 2Q15A 5E5JA 5OZMA 2R8NA 1DW6C 1C6XA 5OZNA 5KAOA 1EPPE 5P5EA 2QZLA 5P6SA 2FDPA 3ZL7A 5ISJA 3Q5HA 5P07A 3TPJA 1TW7A 5ISKA 3EL5A 3NU3A 5OZIA 5DR1A 2F3EA 5P2CA 2AQUA 3R0YA 3G70A 5ENMA 2QCIA 3K5CA 3OUBA 5P76A 5P7TA 4DQGA 1HTEA 3OU1B 5P7VA 5P8IA 3LIYA 5P4IA 5P1WA 3VG1A 3BUFA 5BWYA 5OZLA 5OZ1A 5P7JA 3INDA 1HTGA 3OUAA 5P3UA 5P8NA 1GVUA 4QGIA 5P7RA 5P8QA 4DJQA 2ZGAA 3FNSA 4Y3XA 2UPJA 1MIQA 2FNTA 2PH6A 3BGBA 5P0RA 2ZHSA 5P30A 1FQ7A 5HDUA 4HDBA 3S54A 2IL2A 1DMPA 1ZLFA 5P3JA 1K6TA 3LPKA 5P1NA 4FRKA 5P62A 5P4XA 2PWCA 5P4ZA 2OHMA 3U71A 2HPFA 4A4QA 5P34A 3NWQA 4DJXA 5P0TA 1OEXA 4B78A 4Y5CA 5P46A 5P3MA 4Y3MA 3INFA 3BUHA 4J0TA 3K4VC 1BV9A 5P41A 3URLA 4Y53A 5DR0A 4ACXA 3EKQA 5KQFA 5P2VA 3NDWA 4B05A 5P5DA 5P4KA 5P2XA 5OZ6A 1QBSA 2V12C 5P6KA 4OC6A 5P82A 5OZWA 4H3FA 2HS2A 3PLDA 6FIVA 2OHSA 1SMEA 2WF3A 3JVWA 5P20A 3UFLA 5P0IA 1LF4A 2PSUA 3H5BA 2BKTA 3D3TA 4Y3DA 4FM7A 5P48A 1EBKC 3TKWA 2WHHA 3SACA 1SDVA 5P73A 4F75A 1C6ZA 3SO9A 4ZEAA 3U7SA 3MXDA 5P2EA 5AHCA 3FNTA 4CPRA 4Y3GA 1B6JA 1MESA 1FLHA 2O4PA 5P1GA 2J9KA 4Y3EA 5P69A 2P8HA 3PM4A 5AGZA 3HW1A 5P85A 4DUSA 5J25A 4OBKA 5KR2A 1M4HA 3FNUA 1HVRA 1ZJ7A 1KJHA 1FIVA 4FAFA 2FGUA 1ME6A 5P8HA 1KZKA 1IVQA 4CPWA 5P5PA 1ZP8A 5P22A 2OHUA 4Q1XA 4Q5MA 2ZJMA 1LYBB 3EL9A 2PMAA 1XDHA 1Z8CA 3L38A 7UPJA 3WZ8A 5KR8A 4Y3TA 5P3WA 3ZKXA 5P5HA 5AH8A 3OQ7A 2ER9E 1RL8A 4DJRA 3ZPUA 3OXCA 4HA5A 3RTNA 1W5XA 3UDNA 2A4FA 3S43B 4B1CA 2R5QA 5P50A 3NWXA 3SKGA 5P1IA 5P80A 1AJXA 3O9LB 2QI7A 2R9BA 4Y4UA 1EC2A 1B6LA 5P5WA 3BXSA 4M8YA 4COEA 4Y3WA 4Y5EA 2EWYA 2AOGA 5P31A 2ZHRA 5P47A 5OZ3A 1CZIE 5UPJA 5KR0A 4Y5PA 2HM1A 1MT8A 4RGHA 4AA9A 5P28A 5DR3A 3OHHA 1IZDA 5P8LA 3KF0A 2I4UA 1HSGA 2I1AA 2QMGA 4PYVA 4FSLA 1BAIA 3GGUA 2BQVA 2AZCA 5AH6A 5P59A 5COKA 1MSNA 4GJDA 3ER3E 2G1OA 5P0QA 5C9BA 5P3FA 3LINA 1DPJA 2FDEA 2F8GA 4DJOA 2AOHA 1MSMA 1E81E 5DQ5A 1FQ4A 4TRWA 4WY6A 4B1EA 4QLHA 1SIVA 4J0VA 3D91A 2QNQA 4EQ0A 3IXJA 3URJA 5P7KA 5P18A 2VIZA 3JVYA 3GW5A 3UQRA 4AA8A 5P2HA 4Y4EA 4ZSQA 5P25A 5P8BA 2HS1A 5P0LA 5P33A 4TVHA 1RPIA 2I4DA 5AH9A 3OUDB 5P2DA 5P7DA 1HEFE 5P6HA 3OUCA 4R93A 1IDAA 5DGWA 7HVPA 4Y5NA 2HIZA 2VA5A 1ODWA 1FF0C 1YT9A 2QI4A 1B6KA 3EL4A 2R5PA 1J71A 3PWRA 2V13A 3ER5E 1D4HA 1LYWB 1LYBA 5C9FA 3LIZA 4Y4ZA 4IVTA 5P32A 1N49A 2CENA 4Y37A 5P42A 1D4SA 5P2RA 4GJ7A 5P0MA 5P1EA 3IN3A 2B42A 3PWWA 3S43A 5P2JA 1YX9A 1B6PA 4I8WA 5P3QA 5P6FA 4DJPA 4GJBA 3PCZA 3O9LA 3S7MA 5OYXA 4JPEA 4APRE 1GVXA 3S56A 1ZPAA 2G26A 1SGUA 2XYFA 1GKTA 4XKXA 3VF5A 2JYSA 5P87A 1ZSRA 5P70A 3I7EA 1AAQA 4L6BA 1QRPE 2WEAA 3HAWA 2OHPA 4YD5A 3NXEA 5P5FA 1QBRA 3IXOA 2J9JB 3O9GA 2FXDA 5P0OA 5OZXA 3WB4A 4DV9A 1HEGE 1HVLA 4FIVA 5P8GA 1B11A 5P09A 3FSMA 5P5TA 1MT7A 4GMIA 5P3IA 3TLHA 4DQCA 5P7WA 4Y5LA 1HWRA 2NR6A 3ZOVA 2P3AA 3URIA 1HIVA 5P7IA 5P2YA 2HC0A 5OZTA 2ER0E 1EPRE 3RVIA 5P40A 2RKFA 5P4FA 1U8GA 5P4QA 3QS1A 1OD1A 2NXDA 5P0EA 3U6AA 3DOXA 3BHEA 3TOHA 5P2WA 3S53A 4DJYA 8HVPA 1PFZA 2QI6A 5P6JA 3UDQA 2QHCA 2QZWA 3OUDA 4PZXA 3IAWA 5P7CA 1K6VA 2F80A 4GZFA 4Y3FA 5COOA 5P56A 5P0XA 5P0YA 4I1CA 2IRZA 5HE4A 2Q55A 4FAEA 2B8VA 5P24A 3L5FA 4FRJA 4DPIA 5I70A 5P5UA 4KE0A 3LNKA 1LYWA 5P1HA 1MRXA 2NTRA 2VJ9A 1Q9PA 4D8CA 2PSVA 3S7LA 3BGCA 9HVPA 5P8FA 5P53A 4MC9A 2IEOA 2VNNA 5P7NA 4Y39A 5P43A 1GVTA 4A6BA 3VYEA 5P3CA 4R5NA 4YCYA 1LF3A 3OU3A 5P14A 5P38A 2VIYA 2BPYA 5P8SA 2P83A 5P2FA 4I0HA 3S45A 1HXBA 4B00A 3TH9A 1ZBGA 5OZ2A 3SA4A 4Y4TA 5JFUA 5P2MA 4AMTA 3IVHA 3A2OA 5KR1A 3TKGA 3EKWA 4Y45A 5P1CA 5P0UA 2BKSA 1AIDA 5P7ZA 4EXHA 1FQ5A 1T7IA 4J17A 1MRWA 1XL5A 2VIJA 2QZXA 4YHQA 5P6TA 1FG8C 3OU4B 2AODA 1LV1A 3VF3A 1E5OE 3SA7A 4J55A 3VV8A 5EZZA 2R43A 2J9JA 4Y3RA 5OYRA 1BILA 4DQHA 3I25A 5P54A 1AZ5A 3CMSA 3L58A 1YTIA 2XFJA 1HRNA 2F3KA 2FNSA 3O9DA 5P1FA 3UCBA 3AUPA 4L7JA 5JG1A 5P4VA 3T3CA 3QI1A 3PSUA 5P1DA 3OXVA 2XFIA 4PHVA 1NH0A 5P5QA 4Q1WA 1HVIA 3ZKMA 1BV7A 1HIHA 2FS4A 5P3SA 1A94A 4RCDA 2JXRA 5P4YA 1SDUA 4EP2A 5P58A 2H6TA 5P5NA 3Q70A 5P5OA 2UXZA 5P2TA 3HVGA 1ZAPA 4I0IA 4EXGA 4NPUA 3G6ZA 1SGZA 5CLMA 3VEUA 5ER2E 1META 1G0VA 2AIDA 4I0DA 1QBUA 2FLEA 1WBMA 5P4TA 2BPVA 5OZ9A 1NSOA 1T3RA 4X7IA 3VSXA 3SA8A 1HPSA 5P7XA 5OZ0A 5P5YA 2IENA 3OXWA 1KJ4A 2VIEA 4X2LA 1W50A 4YD6A 3JW2A 1EC0A 2B7ZA 1HTFA 5P3TA 4UPJA 5P1OA 5OYVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPK A;  1G35 A;  1A8G A;  4Y3S A;  5P71 A;  2ER6 E;  4DH6 A;  4R8Y A;  4Y3Y A;  3VLA A;  2O40 A;  5P6Q A;  2O4L A;  3FX5 A;  4YBI A;  5OZ8 A;  4Y35 A;  4YD4 A;  5OZQ A;  2QI0 A;  5BS4 A;  3EL1 A;  3MXE A;  4JEC A;  3LZV A;  5P1M A;  4GB2 A;  1HXW A;  1HVH A;  1K1U A;  5OYW A;  5P0K A;  3ZKQ A;  4MC6 A;  2IQG A;  5P6C A;  4H3G A;  5P4S A;  4H1E A;  3TNE A;  2AVQ A;  4Y3N A;  3PWM A;  1BVE A;  5P4L A;  5P84 A;  5P3A A;  2H6S A;  5P64 A;  5DR7 A;  1BIM A;  5P08 A;  2ZJN A;  4FCO A;  1UH7 A;  3IA9 A;  3I2L A;  4B0Q A;  1A30 A;  4GID A;  3BXR A;  3EMY A;  1BWA A;  5JFP A;  5P5L A;  4I11 A;  1HPV A;  1D4J A;  3KDD A;  4OBF A;  5P44 A;  5P78 A;  5P00 A;  1MT9 A;  3ST5 A;  5P4R A;  5P3P A;  1G6L A;  4K4R A;  5P1K A;  5P5A A;  3NYG A;  4NPT A;  2G1N A;  4ZPE A;  3OU1 A;  2PWR A;  2ASI A;  1ENT E;  5DPZ A;  5P3Z A;  3I8W A;  3OQA A;  3WZ7 A;  1EBW A;  3OAG B;  4U7V A;  1TQF A;  4BFB A;  5P0C A;  5P5X A;  3SPK A;  1BDL A;  3EM4 A;  5P3X A;  4FGX A;  1T7J A;  3VF7 A;  2ZJJ A;  5P0A A;  4F76 A;  3QRO A;  1MEU A;  2G20 A;  1WKR A;  5P6V A;  4DFG A;  3UDR A;  5P1X A;  1EAG A;  4Y4B A;  3MSK A;  2WJO A;  2NNP A;  5P6D A;  1GNN A;  2FIV A;  4S1G A;  5P8D A;  3PJ6 A;  2QD6 A;  2JJI A;  2V10 C;  3PBD A;  4Y5A A;  2B7F A;  1XE5 A;  1EBZ A;  3M9F A;  3VYF A;  4ZSP A;  5P8U A;  1AM5 A;  5P5Z A;  5P2N A;  4J1I A;  5OZY A;  3B80 A;  2AOJ A;  2NXL A;  3F9Q A;  1ER8 E;  5P1P A;  1FQ8 A;  5P6O A;  2BB9 A;  4ZSM A;  3IN4 A;  6APR E;  4OBJ A;  4E43 A;  4B70 A;  3QPJ A;  4Y6M A;  1C70 A;  5HDZ A;  5P6N A;  5P65 A;  1NPV A;  4YBF A;  2PYM A;  5OZG A;  4BEK A;  3UQU A;  2AZ9 A;  5P0N A;  5P8V A;  5P8K A;  5P89 A;  2I0A A;  2QHZ A;  4I0E A;  5OZ5 A;  4L7H A;  3HAU A;  2PK6 A;  4Y38 A;  3K5F A;  1W6I A;  4I0Z A;  4J5J A;  3NU6 A;  5P1Z A;  2QMD A;  3NUJ A;  3KDC A;  5P27 A;  4RRN A;  1XN3 A;  2VA7 A;  4EJL A;  4ZPF A;  3SA9 A;  3HBO A;  4Y43 A;  1OEW A;  2VKM A;  5P05 A;  5P2Z A;  3EBZ A;  5P10 A;  3ZPS A;  4JOO A;  5P0V A;  3MSL A;  4D83 A;  3KMY A;  2Q54 A;  2RSP A;  2Q63 A;  3FKT A;  3OAD B;  4WY1 A;  1TCW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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