2ZJIA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-[1-(2,6-dimethoxy-benzyl)-piperidin-4-yl]-4-mercapto-butyramide
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
390
structure length
370
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSCGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 370
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjiA02
1NPWA 5P2UA 3QBFA 5P09A 5P7OA 2BQVA 2J9JA 4PHVA 5DR4A 5KQYA 5KQZA 5APRE 1YTHA 1WBKA 1D4IA 1LZQA 4I12A 3NXNA 3UDJA 5P6AA 5P0GA 5OZ7A 5DQ1A 5P7MA 5P78A 2G69A 2G1RA 4MC1A 5P5LA 5DPZA 5P5FA 4D83A 1SDUA 1GVWA 2FNTA 5P5HA 2A4FA 1ODYA 3I6OA 1LYBA 5B18A 4DJYA 4YD3A 3ZKXA 4U8WA 1BV7A 3L5BA 4J0YA 5P1TA 5OZXA 3O9BA 4K4QA 3NR6A 3OUAA 2Q63A 1YM2A 2F81A 2G1SA 3DM6A 5P3OA 5HE7A 3OXVA 3CYXA 4RVIA 2QI7A 4Y43A 4HVPA 3QRVA 3SM1A 3L3AA 2ZE1A 1HPOA 2ZJIA 2QCIA 1ZTZA 2OHTA 4B05A 1HPXA 2ZJLA 1BXQA 5OZOA 4Y3GA 5P0FA 5P4PA 4DH6A 3UDPA 5P8LA 3ZL7A 3A2OA 1AJXA 1HIIA 1Z8CA 3K4VA 1EPRE 3INDA 3MSJA 3WB4A 3EM3A 2ZJJA 5OZ6A 2QI5A 2WEDA 3EKQA 4IVTA 4J1FA 5CONA 3EBZA 3DCRA 1G6LA 5P73A 4YCYA 5P5DA 4HZTA 5P7BA 5P88A 3NU6A 5P0YA 1BWAA 4LXKA 1IZDA 1XDHA 3K5CA 1XE5A 1N49A 5P39A 1HTRB 2ZJKA 2OHKA 3KT2A 5P1SA 5P0ZA 3VLAA 5P60A 4Y4AA 5P4WA 5P2KA 5P79A 3IAWA 2FS4A 4NJTA 2XFIA 2ASIA 3LZSA 5P6MA 3S43B 1B6KA 4DJRA 4H1EA 1MUIA 5P3JA 1G0VA 3L59A 5P4IA 5P3MA 5OZRA 1LV1A 3QVIA 3DV1A 3K5GA 4LAPA 3PJ6A 1HVJA 3TKWA 5OZ5A 1K1UA 5P4HA 4FRJA 3SFCA 5P3CA 5P48A 1FKNA 2PMAA 3MSLA 5P43A 1FMUA 3QS1A 5P5VA 4RYCA 4YCTA 3SKGA 5OZIA 1PROA 5P0HA 1IVQA 2WECA 1T3RA 4FSLA 4M8YA 3ZKIA 2QMPA 3I25A 5P17A 5P2DA 3VEUA 5P7UA 2AOEA 4Y5MA 3DK1A 5P0WA 4ZLSA 3ZPSA 5OZUA 1LYAA 3KFPA 1MSNA 4QJ2A 3NU5A 2OHPA 2QZLA 2Q54A 2Q5KA 3Q3TA 5P10A 5P1AA 5DR3A 5OZDA 5P3FA 3C9XA 4Y4TA 4LP9A 1FQ4A 4JOOA 3NDTA 3GI0A 4RYGA 5ISKA 3INHA 5P15A 1HSIA 3L58A 2I4DA 3OQFA 3DV5A 4Y5GA 2G1NA 1T6GA 2R8NA 5FIVA 2G26A 2I0AA 5P5CA 3SA8A 4RGHA 5P66A 5P1UA 5IVQA 4Y4BA 3EKYA 3T6IA 5P80A 5KAOA 5P8DA 2UPJA 5P2FA 1ZLFA 3G70A 1IZHA 5P3SA 5P3LA 3AIDA 1AM5A 1WKRA 2VA7A 3KMYA 4I10A 5P7YA 5P8SA 5OZZA 3HW1A 3O9FA 5P3PA 3G72A 2B42A 1HHPA 5P82A 2PSVA 3L38A 2ZHRA 5P85A 4EPJA 4GJ9A 3DOXA 2QNQA 3OOZA 5P54A 5P2SA 4ZPEA 5P2BA 3ER3E 2VS2A 3SLZA 1GNNA 3UQUA 5P8UA 4OBZB 1XL2A 3VG1A 1YM4A 4Y3PA 2I1AA 4PEPA 5OYYA 5P22A 5P7AA 2AOIA 5P1XA 5AH9A 1FMBA 5P67A 5P75A 1AIDA 4ZPFA 4J0VA 4OBHA 5P5QA 4QLHA 5HE4A 5P3GA 1TSUA 5OYQA 3OGPA 1MRXA 1A94A 3D1YA 5P6DA 1HTGA 5OZ4A 5P7HA 1QS8A 5OZ2A 3ZKMA 5OZYA 1YX9A 3IXJA 4RLDA 3KFNA 4Z22A 4Y5PA 2IKUA 4L7JA 7HVPA 4ER2E 1LYWA 3FNTA 1EPME 3VCMA 2QZKA 5P7KA 5AHAA 3RTMA 5P6OA 3LZUA 5P0AA 4AZYA 1NSOA 1SGZA 1QBTA 5P12A 4EHCA 2NPHA 2Q11A 4RVJA 1CPIA 1UH9A 2O4NA 3OY4A 1YG9A 5P4RA 5P6UA 1UH7A 4R5NA 1HVSA 1B6LA 5P7VA 5P2MA 4Y3MA 2RKFA 3VSWA 5P1QA 5KOSA 5JFUA 5AH8A 1B6JA 4Y4XA 2WJOA 3I7EA 3LNKA 4WY1A 4Y4EA 4GJAA 1D4LA 2VNNA 1Q9PA 3NUJA 5P7WA 4FIVA 1GVTA 5P3DA 5P63A 1CMSA 3EL5A 4X2LA 2PH8A 3HBOA 5P1BA 5P2QA 5P8KA 5P6KA 4Y3ZA 2I4XA 1BDQA 4LC7A 4H3JA 3ZPTA 5OZQA 4J1IA 5P1IA 3PEPA 4YHQA 4TRYA 1HTEA 5OZKA 3OUCA 5P56A 5P8EA 4I0HA 5P5ZA 1APVE 5OZEA 1W5VA 4HE9A 3LZVA 2FDEA 2HAHA 2I4WA 3GI6A 4I0DA 4BFBA 4FAFA 1HSGA 1FQ5A 1MERA 3O99A 3NDXA 3FSMA 3OUDA 5P7IA 4Y3YA 2QNPA 2AOHA 2PSUA 5P7FA 3B80A 2IQGA 1ZAPA 4B1CA 1XN2A 5P18A 1YTGA 3HAUA 1FQ6A 4COEA 2VA6A 3IVIA 3R0YA 5OZ3A 4Y3LA 3CKTA 4Y50A 1TCWA 5P36A 3R2FA 5P7TA 1QDMA 5P24A 3NXEA 4B00A 3HLOA 4I0EA 4OBJA 2QI4A 5P11A 3LIZA 3OXWA 1ZSRA 3I8WA 3EKVA 3RSVA 3RSXA 4EJ8A 1GNMA 4FLGA 3PMUA 3EKTA 3L5DA 5P5XA 2QAKA 4OC6B 3VV6A 5AHCA 3SQFA 4FCOA 2HPEA 4AUCA 2FNSA 3VF5A 5P3HA 2R9BA 1M4HA 4APRE 1HIVA 2FMBA 5P8IA 1SMRA 4Y5NA 5P6PA 5P6RA 1GVUA 5OZHA 5KQXA 5P4SA 3UF3A 5P62A 5P8OA 1HPSA 3QVCA 3CIBA 3K4VC 3Q6YA 4R95A 4F73A 2VNMA 3FKTA 2AZ9A 5DQ5A 4H3FA 4PYVA 5PEPA 2WEBA 3D91A 1AJVA 4GIDA 2WEZA 5P29A 2HC0A 4FRIA 5J25A 5P8QA 1IZEA 1AXAA 4Y3NA 5P5MA 5P1LA 3NU3A 3D1ZA 5P02A 2FDPA 5P34A 2EWYA 1EBZA 3PLLA 4EP3A 4I11A 3PCWA 4HLAA 1DP5A 4A6BA 3QI1A 5P38A 2PQZA 5P6NA 4I0ZA 5KR2A 3GI5A 4Q5MA 5OYVA 1B11A 5HDZA 4FE6A 2NXDA 5P2XA 2WF4A 2O40A 5OZFA 5P40A 5P2VA 5SXNA 3UFLA 6UPJA 1BDRA 1OD1A 3WSJA 2SAMA 1TQFA 4F75A 4YE3A 3S8IA 4QJ6A 2OHUA 3WZ7A 1A9MA 4FL8A 4J5JA 8HVPA 1HPVA 3Q5HA 4DJXA 1QBSA 5P0KA 2VIZA 2HB2A 5P2EA 3R4BA 2R38A 4FAEA 3PGIA 5P3VA 3SAAA 2UY0A 4Q1YA 1HVRA 4DJUA 1AVFA 4Q1XA 5OZ1A 1FFFC 4CPQA 1OHRA 3PB5A 4XX3A 3OK9A 1HEGE 2G94A 2Q55A 3UFNA 2VA5A 3IA9A 3DUYA 5HU1A 3NWQA 3KFRA 5I3WA 1TZSA 2BPZA 5P0CA 5OZCA 3UDMA 5DR1A 3TH9A 2QI3A 5P4YA 4Y47A 3QN8A 4HEGA 4A6CA 3FV3A 2H6TA 4OD9B 4RCEA 1EC3A 2OHSA 4K9HA 5P7ZA 2HIZA 4JP9A 5TOLA 5P31A 5T4SA 4Y3TA 3PRSA 3MSKA 4MC2A 5P1RA 4LHHA 5P6QA 2H6SA 4R93A 3EL9A 5P3UA 2NMYA 3QAAA 1A8KA 5IVTA 3IVHA 1GNOA 4HDFA 5P1PA 2PH6A 1W6IA 2B7ZA 1NPAA 4U7VA 2P3DA 3OQ7A 2XYFA 5P5AA 5P4AA 2BPYA 5P86A 4N00A 2P8HA 1APTE 1OEWA 5P6TA 2QU3A 4YDGA 2B8LA 4Z50A 1W51A 2BBBA 3TLHA 5C9BA 4OBDA 4Y36A 1HVLA 4JPEA 4JECA 4OBGA 4XKXA 1NPVA 5P4UA 2VJ7A 3RTNA 5P00A 4LBTA 3PMYA 4WTUA 5P5KA 1IDAA 2QMDA 5P03A 3U71A 3GGXA 3OADB 5P2OA 2OF0A 3LPKA 2AVSA 5P2ZA 5P16A 3CICA 5P0TA 3UDNA 4R91A 4R8YA 3L5CA 5P4NA 1TCXA 1MVPA 3KDDA 5F00A 1HXWA 3OAGA 4CPUA 3PWRA 4CPRA 2JYSA 2BKTA 1G35A 3UQWA 3S85A 4XX4A 5P46A 4I0JA 3HD8A 1EBWA 5P2TA 1AAQA 1ZSFA 5P27A 5P69A 3VFAA 5HDUA 4Y5AA 3LPJA 2QHZA 4TVGA 5P4KA 2WHHA 1WBMA 2I0DA 5P77A 5P32A 3T7XA 4YBIA 3MWSA 5P8AA 5P13A 3NYGA 4FRSA 5P3WA 5P1NA 4EJKA 4RRNA 3URIA 1GVXA 2APRA 4GZFA 1GVVA 2G22A 4AA9A 3N4LA 2Q64A 5P1MA 3PSGA 1KJ4A 4DQFA 1W50A 2JE4A 3BXSA 4ZSRA 1HRNA 1HTFA 3S2OA 5P51A 1FMXA 3O9AA 2ER9E 4BELA 5IS4A 1ER8E 3HVGA 1EPQE 3S7MA 3SA5A 1UPJA 1T7JA 5HVPA 1KJ7A 2ZYEA 3O9IA 4YD7A 4GJ8A 5P20A 2OAHA 5AGZA 4MC9A 3UCBA 3SA6A 5P4LA 4Y39A 5P0SA 5P4TA 3UQPA 1SBGA 7UPJA 5P3NA 2G1YA 4YD6A 3PBDA 4AA8A 1FIVA 1MIQA 4DPFA 3PBZA 5OYSA 1D4SA 4YD4A 4ZSQA 5P6ZA 2ZHSA 4HDBA 2I4QA 3JW2A 3PI5A 5P3IA 1IDBA 3WZ6A 1K6TA 4L1AB 1KJGA 3PSUA 2QMGA 2V16C 5P5IA 4Y56A 4F76A 2FLEA 5P04A 4ACUA 5E5KA 6APRE 2IRZA 2FIVA 1E82E 2RKGA 1XS7D 3PWWA 5P6BA 5P37A 4ZEAA 5F01A 4CPWA 3JVWA 3WZ8A 4F74A 5P0OA 2VIJA 4YDFA 5P6LA 1EBKC 1EC0A 4RVXA 4TVHA 4Y3DA 4I8ZA 4Y3FA 3H0BA 2V11C 3QIHA 2HS2A 1YT9A 3OHFA 2WF1A 4GJDA 1EEDP 3S43A 5P58A 5BS4A 3EL0A 5HDVA 4GJ7A 3DCKA 4YCKA 2OHQA 2Z4OA 5P8NA 1HVCA 4Y37A 5P50A 2ZJNA 5P55A 1A30A 3K5FA 2R3WA 2O4LA 2VKMA 3GGAA 5P28A 5P61A 3KYRA 5P8TA 1RQ9A 2ZHTA 5P4MA 1BDLA 1K6CA 5SZ9A 3SA9A 4D89A 3O9DA 1MT8A 3OQKA 4Y4UA 5C9DA 4EJDA 2ANLA 4MC6A 5P83A 4OBFA 1M43A 1E80E 1ZPAA 2BPVA 3LITA 1ZPKA 5P5SA 5P7XA 4CKUA 1E5OE 3M9FA 1VIKA 5JG1A 3TTPA 4PZWA 3LZYA 3NDWA 5P68A 5I70A 5P1CA 1FGCC 5BRYA 5P53A 4FGXA 1MSMA 5P7LA 1W5WA 1IIQA 5P8RA 4CPXA 1FLHA 3UTLA 2O4PA 2JJIA 4Y5KA 4TRWA 2O4SA 1FQ8A 3OOTA 5BWYA 3O9LB 4J1EA 3R0WA 1JLDA 1EPOE 2P3BB 1K6PA 1GKTA 4D88A 5KR8A 4GJ5A 5P5NA 2J9KA 5HD0A 2G20A 4I0GA 1MT9A 4Y9WA 5P2CA 3BC4A 4E43A 2OHNA 4L7HA 2AIDA 4EWOA 4J1CA 1ODXA 1T7IA 4GMIA 4I1CA 1MEUA 5P1JA 1C70A 4D8CA 1IVPA 4QJ9A 1OEXA 4I0IA 5OZPA 3PSYA 4KE0A 5P1GA 5P5PA 1DAZC 3NUOA 2FDDA 1APWE 4QJ7A 2RMPA 5P52A 3SKFA 5P8FA 2RENA 1FG6C 3FX5A 5P7EA 5P0PA 5P87A 4Y5CA 3RVIA 4ZPGA 4U7QA 1YTJA 1IZIA 1KZKA 1LEEA 5P35A 3DJKA 1U8GA 3SM2A 3TOFA 4M8XA 5DQ4A 4B70A 5EZXA 1IBQA 2FGVA 1DPJA 5OYZA 1J71A 1BVEA 1ZJ7A 2JXRA 4PPHA 3GGVA 5P2GA 5P3KA 4QJAA 3BVBA 4BFDA 4OBZA 1QBRA 2WF0A 5P4JA 3URLA 5P7QA 5ISJA 5P1KA 4OBKA 5P0MA 3EKXA 4Y3SA 2BPXA 3BRAA 1W5XA 4LL3A 5P4OA 4Y3JA 4L7GA 2QK5A 2AQUA 3KA2A 1MESA 1LS5A 5P3TA 1XL5A 3HDKA 5P84A 4Y35A 2PYNA 5P33A 2OHLA 3PCZA 2A1EA 5P1OA 3KM4A 5OZ9A 2AVVA 2PWRA 3LHGA 1MPPA 4K4PA 3OXXA 5I3YA 3K1WA 2G1OA 2PK5A 5OYRA 1RNEA 3T7QA 5OZAA 1PFZA 2QU2A 5P26A 1BXOA 1EAGA 3O9EA 1K6VA 5P59A 4XXSA 2CEMA 3TOHA 1FF0C 2AOGA 3S54A 1B6PA 1MTBA 3G6ZA 5COPA 1PPLE 3PWMA 2F3KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NPW A;  5P2U A;  3QBF A;  5P09 A;  5P7O A;  2BQV A;  2J9J A;  4PHV A;  5DR4 A;  5KQY A;  5KQZ A;  5APR E;  1YTH A;  1WBK A;  1D4I A;  1LZQ A;  4I12 A;  3NXN A;  3UDJ A;  5P6A A;  5P0G A;  5OZ7 A;  5DQ1 A;  5P7M A;  5P78 A;  2G69 A;  2G1R A;  4MC1 A;  5P5L A;  5DPZ A;  5P5F A;  4D83 A;  1SDU A;  1GVW A;  2FNT A;  5P5H A;  2A4F A;  1ODY A;  3I6O A;  1LYB A;  5B18 A;  4DJY A;  4YD3 A;  3ZKX A;  4U8W A;  1BV7 A;  3L5B A;  4J0Y A;  5P1T A;  5OZX A;  3O9B A;  4K4Q A;  3NR6 A;  3OUA A;  2Q63 A;  1YM2 A;  2F81 A;  2G1S A;  3DM6 A;  5P3O A;  5HE7 A;  3OXV A;  3CYX A;  4RVI A;  2QI7 A;  4Y43 A;  4HVP A;  3QRV A;  3SM1 A;  3L3A A;  2ZE1 A;  1HPO A;  2ZJI A;  2QCI A;  1ZTZ A;  2OHT A;  4B05 A;  1HPX A;  2ZJL A;  1BXQ A;  5OZO A;  4Y3G A;  5P0F A;  5P4P A;  4DH6 A;  3UDP A;  5P8L A;  3ZL7 A;  3A2O A;  1AJX A;  1HII A;  1Z8C A;  3K4V A;  1EPR E;  3IND A;  3MSJ A;  3WB4 A;  3EM3 A;  2ZJJ A;  5OZ6 A;  2QI5 A;  2WED A;  3EKQ A;  4IVT A;  4J1F A;  5CON A;  3EBZ A;  3DCR A;  1G6L A;  5P73 A;  4YCY A;  5P5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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