2ZJJA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with 4-(4-fluoro-benzyl)-piperazine-2-carboxylic acid (2-mercapto-ethyl)-amide
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
389
structure length
370
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGCTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 370
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjjA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjjA02
4I0EA 1K2CA 5OZQA 3S43B 6APRE 4J0TA 5P8PA 3CKRA 3KF0A 2PSUA 3K5FA 4Y56A 3LIZA 2G24A 2FXDA 1D4LA 2QK5A 5P6JA 5P2WA 5P3FA 2FXEA 4HZTA 5P6KA 5OZIA 4B1CA 4LC7A 3L5DA 5P1HA 5P7AA 2B7ZA 3DOXA 5P09A 4Y5GA 5P3BA 1AIDA 1HVIA 4RCEA 5P4IA 3WZ7A 3UQXA 2BJUA 2QI7A 4Y3JA 5P82A 5COOA 5P5YA 1PROA 1VIKA 4DUSA 5P3SA 1RQ9A 3FIVA 5P7FA 3GI0A 2PQZA 3WZ6A 5OZXA 1ZTZA 3FKTA 3L3AA 3TOHA 4H1EA 1BV7A 3CYXA 3NU4A 3PWRA 2G1YA 5P17A 5P3MA 5I70A 3GGUA 1Z1HA 5P4EA 5OZCA 3OQKA 2Z54A 3QRMA 3VV6A 4QLHA 1TQFA 4U8WA 4Y3LA 4B72A 3K5DA 4NKKA 1LF2A 2V12C 4FM7A 3OADB 2WF4A 3TPLA 5P0PA 1LF4A 4AUCA 3QVIA 5HDXA 4I0DA 5P05A 2AVSA 3UDNA 5P1IA 5KOQA 1D4IA 3URLA 4FAEA 2I0DA 5HDVA 1B5FA 5P8KA 5P1FA 1Q9PA 2CEMA 1PPME 5P73A 3D91A 1NPAA 4Y5CA 4OD9B 4RVIA 3HLOA 5P3PA 4Y3PA 1BILA 4WY6A 3LINA 5P4HA 5P6OA 5P3TA 5P2IA 2HC0A 5P0BA 2AODA 2PSGA 2QNPA 3SO9A 4J17A 2FDDA 5P8MA 1MIQA 5OZEA 1QBSA 5P51A 4APRE 5P20A 5OZHA 3S7LA 4AA9A 4EJLA 4RVJA 4Y3HA 3SA9A 3ZLQA 1T6GA 2H6SA 3MXEA 5KR2A 4DQHA 3TKWA 4MC1A 3ZPUA 5DGWA 4ZSQA 1YTIA 4D85A 3JVWA 4R93A 3OXWA 3LIVA 2SAMA 5P62A 2B60A 3KFRA 1D4YA 5P3GA 5P47A 5P0VA 5P6NA 2FMBA 4Y3SA 3NDTA 3URIA 2ZJHA 2G1RA 3CKTA 1FG6C 2O40A 1MSMA 3R2FA 2XFKA 2AVMA 5P56A 4FIVA 5P8TA 5P6SA 5P0FA 3PM4A 2IQGA 2HS1A 5P14A 5P8BA 2F3EA 2ER9E 4I10A 5P36A 3OY4A 3PWWA 1MT8A 5P1DA 5OZYA 4FAFA 3PJ6A 3QS1A 2IL2A 3MXDA 4Y41A 2AOHA 4CPSA 3UTLA 3IAWA 5P40A 1SBGA 5COPA 3I6OA 5OZ9A 4PHVA 2OHLA 3GI4A 3IXOA 5P6YA 1ZAPA 1HWRA 5SZ9A 1FEJC 3O9EA 4H3FA 4K4RA 5P1GA 4Z4XA 2JJJA 5I3WA 5P0SA 5HCTA 1MTRA 2HPEA 5OZGA 5P4QA 3T6IA 5J25A 2CEJA 5OZAA 4DJWA 3TKGA 4DPFA 1N49A 1SH9A 1YG9A 5P88A 1AZ5A 3QPJA 1C6ZA 3EC0A 1B6LA 1EBYA 2Q55A 2QMDA 5P70A 2IDWA 3VYEA 4GJBA 1DIFA 4RZ1A 1EBWA 5OZ7A 4R92A 4QJAA 3Q3TA 1FIVA 3KM4A 5T4SA 3PI5A 5P8IA 4J0PA 4J54A 3PGIA 3UDKA 4EJ8A 1HXBA 4DJUA 1META 1W5YA 3DM6A 5EZZA 5OYTA 5P1MA 2WKZA 2J9JB 3K4VC 4Y35A 4B1EA 2G1SA 4YOBA 4OBJA 4TVGA 5OZWA 5P81A 3SA8A 1ODXA 3G72A 2HAHA 3EL4A 1BDQA 5F00A 3U7SA 2AIDA 4J0ZA 2QZKA 4Y4BA 4K4PA 3UQPA 3UDQA 3UCBA 4XXSA 2ANLA 3OAGB 3ZPSA 5P1RA 3UDYA 3AIDA 4YBIA 4K8SA 1MTBA 4JPEA 3KFNA 5P1CA 2G21A 1LYBA 1YTHA 1NPWA 4ER4E 1ZJ7A 4Y3WA 4RYCA 5P5DA 1NSOA 5AHAA 5P46A 4FCOA 3CICA 1KJ7A 5P7ZA 5P25A 1JLDA 3SKFA 2OHKA 4HE9A 4Y5LA 3OUCA 5P6FA 4BELA 3KDDA 5AHCA 2Q64A 1K6VA 4DJVA 3VG1A 6FIVA 2ER0E 3OUDB 1BIMA 3AUPA 5P0KA 3ZMGA 2EWYA 3MSLA 3GI6A 1E82E 4RCDA 2JE4A 4E43A 1RPIA 4LAPA 1QBRA 5P6EA 1IVPA 3RVIA 5P86A 2QI3A 3O9IA 5P12A 4GJAA 1EBZA 1PSNA 3VSWA 4LXKA 3EKPA 4DJYA 2G22A 1J71A 4Y45A 1AVFA 5P2JA 4U7QA 5P34A 5P1AA 5HTZA 3HAUA 4Y3TA 1LZQA 3OU4B 4XKXA 5P50A 1PSAA 2CENA 5P72A 3BXSA 3OU1B 3R0YA 3KFSA 2QMFA 2R3TA 3ECGA 5P7YA 1HEGE 3K5GA 4YE3A 1ZLFA 5BWYA 5P11A 4QJ9A 3VUCA 4K4QA 5OYSA 3PVKA 3EL0A 5P5KA 3BUGA 1UPJA 4OBDA 5P3JA 4F76A 2RKFA 3FNSA 3OQDA 4ZEAA 1KJGA 5P6CA 5P6HA 1T7KA 3BGCA 4Y4AA 5P48A 2QP8A 2FNSA 3M9FA 3GI5A 1K1UA 2RKGA 5DR0A 4Z50A 3EBZA 3DV5A 2RSPA 2FGUA 1K6PA 1EPNE 3F9QA 5P4KA 5P38A 3MSJA 4CPWA 3PSUA 1EEDP 4Q1WA 3KFPA 3TOFA 3ZOVA 3O9HA 3VF7A 3OXVA 5P7JA 1F7AA 1DP5A 3OXCA 4IVTA 4DQCA 5P4AA 5P80A 5P87A 1ZSFA 4KUPA 3T11A 1XN3A 5BRYA 3TNEA 1FQ6A 3T7XA 3EKVA 1T6EX 5P4LA 4COEA 4ZPFA 2RMPA 5P6IA 4CPXA 2PWRA 5P4RA 5P5XA 2IKOA 3NSHA 1SDUA 3SA7A 1SDVA 1BAIA 2IGXA 4NPTA 2VIYA 2F80A 4M8XA 1MRWA 2ZDZA 4GJ8A 2HS2A 3D1XA 1FB7A 4ZSPA 3PMYA 5P2EA 1HVCA 1PPLE 2I4WA 1IDAA 1FQ7A 5P0AA 1IZDA 3S43A 4CPRA 5AH7A 3ZKMA 1K6CA 5P7NA 3VEUA 1FMBA 5P8RA 3LPKA 3IGBA 4B00A 4Y4JA 5P19A 1IZIA 1HTGA 2F8GA 3JVYA 4Y44A 5P55A 5OZKA 4ZE6A 1FQ4A 1LEEA 5P2FA 5JFUA 2R38A 5P0JA 1EC1A 5OZBA 5C9FA 2PYNA 4HDPA 5P53A 1XL2A 4RRNA 1APTE 5IVRA 5P2GA 5P24A 5P3UA 1W5WA 4J55A 2FGVA 1YX9A 1A30A 3CIBA 4I12A 5P5PA 1HPXA 3FNUA 5HD0A 5KR1A 3TOGA 3QI1A 4EP2A 3HDKA 4DQBA 3OUAA 3WB5A 4ZIPA 2ER7E 5P7IA 2OHNA 4YCYA 3NWQA 4JPCA 4FRIA 5IVQA 2Q54A 5P2XA 3NXNA 4Y4WA 3UQWA 5P13A 2O4KA 5P5QA 2I4XA 5P6MA 2WEBA 3SM1A 5P6LA 2PYMA 4RROA 3PEPA 5OYZA 2B7FA 3PRSA 4QJ8A 2G27A 1QBUA 2AOJA 5P3ZA 5DQ5A 3Q4BA 2ZGAA 3BGBA 2APRA 2VJ7A 3QIHA 4L7HA 2R5QA 3OWNA 2FIVA 5P5BA 5P07A 4Y3MA 2VNNA 5ER2E 3NUJA 4OD9A 1MT9A 5HE5A 1MESA 2IS0A 5P0CA 5OZZA 3OHHA 2WF3A 2NNPA 1LYAB 2J9KA 1GVWA 3I25A 5P2RA 2G26A 3SKGA 2PK6A 1HVKA 3PWMA 3EKYA 4GJ6A 3ZKSA 5DR4A 5P1VA 3UQUA 5P6UA 1B6JA 3BVBA 1A8GA 2ZE1A 3DK1A 3T7QA 4FS4A 4AA8A 5P2UA 5IVSA 5P1TA 5P52A 2QHYA 2ZHTA 5P1KA 3TH9A 1TZSA 4GIDA 3SLZA 4YCKA 5OZFA 5P3OA 2V16C 4GMIA 1FFFC 4B0QA 2ZJNA 1BVGA 2BPZA 5P7KA 5ISKA 2F3FA 2WEAA 5P2SA 1AXAA 5P7RA 2ZHSA 5CONA 4J1CA 5SY2A 4YOAA 3VLAA 3QAAA 5P5CA 5OYWA 1APUE 5UPJA 1FQ8A 5ENMA 2NMZA 5OYQA 3UFLA 1W5VA 5P5AA 5P0YA 5P6AA 3EL9A 4L6BA 3QVCA 5P5JA 3CMSA 5P69A 5AH8A 1IZHA 5P74A 2ZHUA 2I4VA 3HVPA 1B6MA 5P02A 5P08A 5I3YA 5P0OA 3Q70A 3QBHA 5P7LA 1W6HA 5P4PA 3UQRA 4J5JA 1M4HA 3APRE 5P41A 5P5NA 2VIJA 5HU0A 5P5UA 4K9HA 5P77A 5P8VA 2O4PA 1MT7A 4R5NA 4HEGA 2PWCA 4FGXA 4RCFA 3PSGA 3NYGA 2Q63A 4X2LA 3R4BA 1SIVA 1ODYA 5OZ6A 5P0IA 1GNOA 5P4TA 4D83A 2VIZA 4B77A 1FLHA 3GGVA 5APRE 5P3CA 3D1ZA 5KQYA 4J0VA 4Y54A 1T3RA 5HDZA 4XX3A 3HD8A 1KJ4A 4R95A 5P1BA 2FS4A 1B6KA 3EMYA 5P49A 4B1DA 1GVVA 2QMPA 3RSVA 5P2LA 1Z8CA 4YD4A 2QZXA 3KMXA 4EHCA 3NU6A 2AZBA 2IENA 3OTSA 3CIDA 4NJSA 5DR7A 5P2CA 1MVPA 5P3XA 1HVLA 4Y38A 3EL5A 5OZMA 1AJXA 1D4SA 3H5BA 5P03A 3O9CA 5P59A 4DI2A 2J9JA 3BXRA 4GJCA 5P2AA 4Y5NA 4AMTA 4DJOA 1SP5A 1HPVA 5P4BA 4YCTA 2HPFA 3LPJA 5P61A 5C9DA 4OC6A 3TPPA 1ODWA 2QZLA 4Y3DA 4H3JA 5P2ZA 5P39A 3QBFA 3SACA 5P4VA 5P75A 1AAQA 5P0TA 3OAGA 1SDTA 3EKWA 4CPUA 4IVSA 5DQCA 5P01A 1EBKC 3SA6A 3EM3A 4KE1A 5P2NA 5P89A 2AZCA 2A4FA 2BQVA 5P3EA 3SA4A 4ACUA 3DCKA 4L1AB 5P7OA 3C9XA 3LIXA 4DQGA 2NPHA 5P3HA 5P7CA 3NLSA 4FE6A 3I8WA 4LP9A 1BDLA 3TTPA 1KZKA 5P0ZA 1SMEA 2OHMA 4Y5BA 3SFCA 3HZCA 1FGCC 4Y4ZA 1W6IA 5P44A 5P2KA 4DJXA 4TRZA 5P4CA 1HOSA 5OZTA 1CZIE 4JECA 3PSYA 4F75A 5P0WA 1FQ5A 3BUFA 5P10A 2OHPA 5P4MA 1HPSA 3INDA 2JXRA 4Y48A 3O9LB 3ZL7A 5OYRA 4B05A 2QD8A 5P3IA 3QRSA 4YBFA 3LZYA 2BPVA 5P5MA 4HDBA 3OUDA 4MC2A 3R1GB 4EP3A 3SA5A 1FQXA 3PI0A 4L7GA 5P23A 1DAZC 4GJ5A 5JODA 5P5FA 5OYYA 5OZVA 2B8LA 5KR0A 1FMUA 2H6TA 1D4HA 2AZ8A 2XYFA 5HU1A 2VNMA 3SQFA 2HB4A 2VA6A 2G69A 1RL8A 1ZSRA 3VSXA 5IE1A 2AQUA 1FMXA 3PBZA 2I0AA 1E80E 5P6TA 1K6TA 4NJUA 1RNEA 3S53A 4DJPA 5P27A 2QD6A 3VFBA 5P4FA 1B11A 2Q11A 3L5FA 5OYVA 3OXXA 1D4KA 5P6XA 5P30A 3L5BA 4B70A 3EM4A 3S8IA 4YD7A 1K2BA 2ZJMA 4MC6A 3KN0A 5P54A 4Y3FA 5P58A 5P7QA 1BWAA 1M0BA 3EXOA 4Q1XA 2OF0A 3S85A 3GGXA 5P5VA 3WZ8A 2P8HA 4D8CA 2MIPA 2ER6E 2PH6A 3DV1A 4PZXA 5DR8A 1GVTA 3ER5E 3VFAA 3BVAA 3OHFA 3B7VA 2O4SA 1UH7A 1HTRB 2G20A 5P65A 3ZKQA 3RTNA 5P37A 5P66A 1GKTA 4OBZB 2QNQA 4YA8A 3UDMA 3OQ7A 5OZ5A 4OBHA 2R8NA 3PCZA 5P4JA 5P04A 4DPIA 3QN8A 1IBQA 2HIZA 2ZHRA 3O9DA 4JP9A 4Y3ZA 3APPA 5HDUA 2UY0A 5P1QA 1QRPE 4D89A 3DCRA 1XN2A 4EQJA 3K1WA 2G94A 5P78A 4A6BA 4HLAA 5P7EA 1LF3A 5OZDA 3L38A 5P0DA 2AOEA 1D4JA 3VYFA 4Y4UA 4Y5AA 2O4NA 4GJ9A 2XFJA 5P8NA 5OZ1A 1HVSA 4Y5MA 4EJDA 7UPJA 1C70A 5P2TA 1HEFE 3VLBA 2OHUA 5P35A 5P8LA 4A4QA 3URJA 5P6GA 3PCWA 1HBVA 2ZJKA 5P8GA 5P1UA 2I4DA 1HPOA 3HAWA 5KQZA 3PLLA 2QI5A 3PB5A 3BRAA 5P7TA 1C6XA 5P42A 4YD3A 1GNNA 5P0NA 5P15A 4FM6A 3VCMA 5HVPA 1BWBA 1FFIC 1CPIA 1A94A 9HVPA 3JW2A 4ZPGA 3NDXA 2UXZA 1BBSA 1AJVA 5DR1A 5OZ3A 2ZYEA 1ENTE 4DV9A 5P0HA 4R8YA 4TRWA 3QRVA 1LYWB 2HB2A 5P60A 4Y5EA 1HVJA 2HM1A 3INEA 4YHQA 5OYUA 2Q3KA 4Y51A 1ZPKA 4NJVA 4Y3XA 4Y5KA 6UPJA 5P4YA 5P4UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0E A;  1K2C A;  5OZQ A;  3S43 B;  6APR E;  4J0T A;  5P8P A;  3CKR A;  3KF0 A;  2PSU A;  3K5F A;  4Y56 A;  3LIZ A;  2G24 A;  2FXD A;  1D4L A;  2QK5 A;  5P6J A;  5P2W A;  5P3F A;  2FXE A;  4HZT A;  5P6K A;  5OZI A;  4B1C A;  4LC7 A;  3L5D A;  5P1H A;  5P7A A;  2B7Z A;  3DOX A;  5P09 A;  4Y5G A;  5P3B A;  1AID A;  1HVI A;  4RCE A;  5P4I A;  3WZ7 A;  3UQX A;  2BJU A;  2QI7 A;  4Y3J A;  5P82 A;  5COO A;  5P5Y A;  1PRO A;  1VIK A;  4DUS A;  5P3S A;  1RQ9 A;  3FIV A;  5P7F A;  3GI0 A;  2PQZ A;  3WZ6 A;  5OZX A;  1ZTZ A;  3FKT A;  3L3A A;  3TOH A;  4H1E A;  1BV7 A;  3CYX A;  3NU4 A;  3PWR A;  2G1Y A;  5P17 A;  5P3M A;  5I70 A;  3GGU A;  1Z1H A;  5P4E A;  5OZC A;  3OQK A;  2Z54 A;  3QRM A;  3VV6 A;  4QLH A;  1TQF A;  4U8W A;  4Y3L A;  4B72 A;  3K5D A;  4NKK A;  1LF2 A;  2V12 C;  4FM7 A;  3OAD B;  2WF4 A;  3TPL A;  5P0P A;  1LF4 A;  4AUC A;  3QVI A;  5HDX A;  4I0D A;  5P05 A;  2AVS A;  3UDN A;  5P1I A;  5KOQ A;  1D4I A;  3URL A;  4FAE A;  2I0D A;  5HDV A;  1B5F A;  5P8K A;  5P1F A;  1Q9P A;  2CEM A;  1PPM E;  5P73 A;  3D91 A;  1NPA A;  4Y5C A;  4OD9 B;  4RVI A;  3HLO A;  5P3P A;  4Y3P A;  1BIL A;  4WY6 A;  3LIN A;  5P4H A;  5P6O A;  5P3T A;  5P2I A;  2HC0 A;  5P0B A;  2AOD A;  2PSG A;  2QNP A;  3SO9 A;  4J17 A;  2FDD A;  5P8M A;  1MIQ A;  5OZE A;  1QBS A;  5P51 A;  4APR E;  5P20 A;  5OZH A;  3S7L A;  4AA9 A;  4EJL A;  4RVJ A;  4Y3H A;  3SA9 A;  3ZLQ A;  1T6G A;  2H6S A;  3MXE A;  5KR2 A;  4DQH A;  3TKW A;  4MC1 A;  3ZPU A;  5DGW A;  4ZSQ A;  1YTI A;  4D85 A;  3JVW A;  4R93 A;  3OXW A;  3LIV A;  2SAM A;  5P62 A;  2B60 A;  3KFR A;  1D4Y A;  5P3G A;  5P47 A;  5P0V A;  5P6N A;  2FMB A;  4Y3S A;  3NDT A;  3URI A;  2ZJH A;  2G1R A;  3CKT A;  1FG6 C;  2O40 A;  1MSM A;  3R2F A;  2XFK A;  2AVM A;  5P56 A;  4FIV A;  5P8T A;  5P6S A;  5P0F A;  3PM4 A;  2IQG A;  2HS1 A;  5P14 A;  5P8B A;  2F3E A;  2ER9 E;  4I10 A;  5P36 A;  3OY4 A;  3PWW A;  1MT8 A;  5P1D A;  5OZY A;  4FAF A;  3PJ6 A;  3QS1 A;  2IL2 A;  3MXD A;  4Y41 A;  2AOH A;  4CPS A;  3UTL A;  3IAW A;  5P40 A;  1SBG A;  5COP A;  3I6O A;  5OZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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