2ZJMA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-[1-(5-chloro-2-isopropoxy-3-methoxy-benzyl)-piperidin-4-yl]-2-(4-sulfamoyl-phenoxy)-acetamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
377
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 377
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjmA02
3FSMA 2G1NA 4CPRA 1BDLA 3JVWA 4NJTA 4I0EA 5P0YA 4B77A 1NPAA 1YTGA 5P2RA 5BRYA 2OHKA 3LIQA 5P3DA 3LZVA 3KF0A 5P2DA 2R3TA 1AZ5A 3NYGA 3NUJA 1HWRA 3OU3A 4J1EA 2AODA 1YM2A 2QU2A 4OD9B 1KJGA 2PSGA 5ER1E 5P67A 5P4KA 1J71A 5P7IA 4RVJA 2Z54A 5OZPA 5AGZA 3JVYA 3BVAA 5I3VA 1EPQE 1W6IA 4Y48A 3ZKSA 1DAZC 5OYRA 4Y54A 3H0BA 3BGCA 1APVE 4OBFA 2QZXA 4J1FA 4CKUA 3SA3A 5P1JA 3O9EA 5P53A 9HVPA 3RSVA 3T7PA 2V0ZC 3LIXA 3GI5A 3WSJA 1Z1HA 4CP7A 5P5XA 5P6TA 4GIDA 5P0HA 5P83A 3LITA 4Y4BA 5P6EA 5OZ1A 2FGUA 3K5CA 3UDRA 2IGYA 5P52A 5P50A 4YBFA 1A9MA 3D20A 5OZJA 3UQWA 4EJDA 4I0DA 4K4QA 5P14A 4EWOA 1CZIE 4J0YA 3Q4BA 4K8SA 2VIJA 4DH6A 4GZFA 5P3JA 1YTHA 4RZ1A 4FAEA 2AVVA 4Y5KA 2UXZA 5P3LA 5P5VA 2Q55A 3QS1A 5OZEA 5P3NA 5P86A 1K6PA 4Y3FA 2V13A 1FQ8A 5P3YA 2JYSA 5OZ0A 5P4BA 5P32A 5P35A 1UH9A 4PYVA 5P1IA 3R0YA 3PCWA 3EXOA 3UFLA 1EPNE 2G21A 3K5FA 3QRSA 5DQ5A 1Z1RA 2XFIA 1BXQA 2QI6A 5P4MA 4JECA 3KT5A 3JW2A 5P17A 3DV1A 3IVHA 5P7PA 1AVFA 3UF3A 4DPFA 1C6YA 5P4DA 2O4PA 5ENKA 5P7EA 5AH7A 1HXBA 1MSNA 1YTJA 5OZZA 2B7ZA 1MERA 4R91A 2IL2A 4RROA 5P1WA 3OTYA 3PM4A 5OYUA 1HSGA 3OU4B 4GJBA 5P3TA 3OWNA 3TNEA 5P70A 2WF0A 3MXEA 4Y58A 4K4RA 5P1EA 3NU5A 3KA2A 3S2OA 3EBZA 5I3YA 4K4PA 1HBVA 4YOAA 2RSPA 3NXNA 3SO9A 3SLZA 2F80A 5P44A 2B8VA 4UPJA 5AH9A 5P6FA 1FEJC 2BKSA 3URJA 5P2MA 3IXOA 1QS8A 3SABA 4DUSA 3UTLA 5P08A 5AH8A 5P02A 5P7SA 3OUDA 5AHAA 2UPJA 3PSYA 5COPA 4CPQA 1HVJA 2O4LA 1HVKA 1EBZA 5P6AA 4Y4ZA 1DPJA 5P56A 5P6MA 2WL0A 4F75A 2OAHA 6UPJA 2H6TA 1WBKA 2R5PA 4J17A 5P27A 5P58A 5P23A 3BUGA 3BHEA 2PWRA 1FQXA 3TOFA 1EC1A 2HB3A 2AZCA 3ZL7A 4I0HA 4DJYA 3O9BA 4GJ9A 5KQZA 3PLDA 1IZEA 4Y3YA 4L7JA 4OD9A 5P7JA 1K2CA 5BWYA 5P3ZA 5JFUA 4YCYA 2FDPA 5IVRA 2OHTA 1K1UA 5P0XA 2AIDA 4OC6A 3HZCA 3OGPA 1GVTA 3TLHA 2IKUA 5P6VA 4EP2A 4HEGA 4ER1E 2OHPA 5P3WA 3ZPUA 4Y5NA 5KR1A 3EL5A 8HVPA 5OZRA 5HCTA 5P1SA 5OZQA 5P8IA 3IAWA 5P63A 1MVPA 3B7VA 5KQFA 1ZBGA 3QVIA 2BBBA 5P30A 4EXHA 5P2JA 4Y4DA 3WZ7A 5IVTA 3QROA 5P8JA 1W50A 3I25A 5P2UA 5P2TA 5OZ3A 3OY4A 2V12C 5P1OA 2ER7E 5HVPA 3K5DA 4I8ZA 4Y3PA 5P05A 5P28A 2QI7A 2XYEA 3IXJA 3OADA 4RCEA 5P75A 3BVBA 4L1AA 3GGAA 4RLDA 3LIZA 3K4VA 4HVPA 4OBKA 4DQCA 4PZWA 5P3GA 2O4KA 3RTMA 5P3VA 5P77A 4D88A 2RENA 5P41A 5OZMA 2Q5KA 5P73A 1AAQA 5P1TA 5P13A 1VIJA 4Y3AA 4FM7A 4U8WA 3PI0A 3FNSA 2P8HA 1PPME 2SAMA 2ZJLA 4BELA 4Y3ZA 4HDPA 1XN3A 2B8LA 3KFNA 4FM6A 1RL8A 1BVGA 2NTRA 2QZWA 4I0IA 5P3XA 3CYXA 3OXXA 5HDVA 1MRWA 2ZJMA 1KJ4A 5P4IA 1AJXA 3UQXA 5P24A 4MC9A 5P5LA 5P3UA 5P1CA 4J0ZA 4Y3HA 2R3WA 5P09A 2FMBA 4Y56A 5OZAA 4YD6A 5P68A 5P8VA 3OQFA 5P2HA 5P8FA 4DJOA 5P6PA 5P8MA 3PB5A 2ANLA 5OZSA 3UQUA 5P0RA 4B0QA 1IIQA 4LXKA 5P2LA 5P2BA 2WF1A 2JJJA 5IE1A 1XN2A 4Y3WA 3OU4A 2ZHUA 3QP0A 5P25A 1ZPAA 5C9FA 1FIVA 3GGXA 1KJFA 2QAKA 3GI4A 3FNUA 5KR8A 3KN0A 3VLAA 1RNEA 2G1OA 3ZKNA 3K5GA 3QBFA 1QBUA 2Q15A 1G6LA 3QRMA 4HA5A 2BB9A 1OHRA 4HZTA 1M0BA 2HIZA 4HDBA 3IA9A 2WEDA 5OZDA 3EC0A 3L5CA 3EM6A 1GVWA 4HE9A 5P4OA 1IVPA 3T7XA 4D85A 5P8CA 4I1CA 4BFDA 1GVXA 1NPWA 5P38A 4B05A 5P0KA 5P2CA 1SH9A 3L59A 3O9LA 3KMYA 5P8TA 1ME6A 3ZKGA 2RMPA 2QHCA 4Z4XA 5P2IA 1D4KA 4J0VA 4EHCA 3B80A 3VSXA 2AOGA 2IENA 5OZ8A 3AIDA 1EPOE 5P5HA 5P7HA 4QJ8A 2V00A 5P5WA 2R9BA 4YCTA 3EMYA 5P4XA 5P2NA 4LC7A 5P48A 1ZSRA 1VIKA 3PMUA 4Y4EA 1FG6C 4QLHA 1XE5A 5P4VA 3NU3A 3Q3TA 3ZLQA 4HLAA 4QJAA 4DJPA 3PWMA 1XL2A 5C9BA 1N49A 3TKGA 5P0IA 1EC2A 5P6CA 2CEJA 3IVIA 2ZGAA 4J1HA 2IEOA 4XX4A 3EKYA 5IVSA 3OOTA 1T7IA 5P6GA 4QJ2A 1ODWA 1W5WA 4LHHA 1UPJA 4RYCA 5DR1A 5P1AA 2QI0A 2Q63A 1FMUA 5COOA 2ZJHA 3S56A 2ZHVA 3UFNA 5P1DA 1W51A 1HVCA 1FFIC 2Q64A 4Z50A 5P7OA 5P74A 5OZ5A 1WKRA 4Q1YA 3OUCA 5OZNA 3O9GA 3VV6A 3T3CA 2HM1A 4Y3NA 4LAPA 3ZPSA 5P1ZA 3HDKA 4Y3GA 5OZGA 3N3IA 3ST5A 3PMYA 5P76A 3NU4A 4Y6MA 3RU1A 3OHHA 1XE6A 3NDXA 3INDA 4Y35A 5P59A 5HE5A 2A1EA 5P4WA 3TPPA 4NJVA 5OZTA 4TVGA 5P1GA 4APRE 5P15A 3SA4A 4J55A 5P47A 3IN4A 5OZ2A 3R0WA 4L6BA 5P89A 4OC6B 3DV5A 3UQPA 4A6BA 2ER0E 5P4UA 3QN8A 5P8RA 3NU9A 4YDFA 5P8SA 4DQHA 3M9FA 4Y4GA 5P3SA 4ZE6A 1HIHA 1MT7A 4Y39A 5P85A 3EKXA 4Y5AA 5P2YA 5P6HA 5P5KA 3INFA 3S7MA 5P8HA 5P4PA 1QRPE 5P51A 1HOSA 1D4HA 5P2OA 2OHSA 3BUFA 5P3FA 4B70A 2PSUA 5P5AA 2PK5A 4J1KA 1ZP8A 1B11A 1KJHA 2NR6A 4YD5A 4OBJA 5P65A 3T11A 5P81A 4YOBA 1SDUA 5P5MA 2XFKA 3OADB 3PSGA 3NU6A 2NMZA 4L1AB 5P5IA 3D1XA 1KZKA 5P42A 4GJAA 1FQ7A 2AVSA 4Q1WA 1HXWA 4I0JA 5P5FA 2ZYEA 5OZXA 1FQ6A 3DJKA 3S7LA 2UY0A 1FQ4A 5DR8A 2F8GA 1MRXA 2VJ7A 5OYYA 3NDTA 1TCXA 2AQUA 3GI0A 5B18A 3KDDA 2PH8A 3Q6YA 2G24A 4R93A 1M4HA 5P3MA 3LZSA 3TOGA 5P36A 1GNNA 5AH6A 3S43B 5P3KA 2FNSA 1RQ9A 5P61A 3VF7A 3FNTA 2PH6A 2P3AA 4X7IA 1OEWA 5P26A 5BS4A 3LPKA 2G26A 1EAGA 5P8GA 3BRAA 4R8YA 5ENMA 3O9HA 1HVRA 2FIVA 5P7VA 3MSKA 3SQFA 2G1YA 2QD8A 3ER5E 2ZJIA 4BEKA 2H6SA 5ISJA 3S85A 3CIBA 5P55A 3QVCA 1HTRB 5P39A 2WHHA 4DQFA 2I0AA 1F7AA 4Y3QA 3SA5A 2OHUA 5JG1A 1XDHA 1IDBA 5P20A 4Y50A 5P1UA 4Q5MA 5P4EA 3K4VC 5HDXA 2QK5A 3VF5A 1XS7D 2OHMA 2J9JB 3LHGA 2NXMA 7UPJA 4JP9A 1FMBA 1IBQA 5P43A 3LZYA 2A4FA 4Y45A 4Y3XA 5SY2A 5P0FA 1OEXA 2HC0A 4QJ9A 4FIVA 2AOIA 2G27A 3O9IA 3EKPA 2FDDA 3UPJA 2EWYA 3FKTA 5DPZA 1HHPA 3CKPA 3SA6A 2IGXA 2XFJA 2VIEA 3VFAA 3QAAA 3VUCA 1BILA 5P49A 5P8BA 1HVLA 2Z4OA 2V16C 2WEAA 4Y44A 1MPPA 5OZFA 3OUAA 1IVQA 3UDNA 1G2KA 4FGXA 2AZ9A 3Q5HA 2CEMA 3DM6A 1ZPKA 5P4TA 2PWCA 2HS1A 3SAAA 2Q3KA 1U8GA 4MC1A 2NXLA 3O9LB 1YTIA 5OYWA 4I11A 5P4QA 1Q9PA 4R92A 3TPJA 3OAGA 5P46A 3HD8A 5P64A 1T7KA 1MT8A 3SA8A 4FL8A 4GMIA 4EP3A 5APRE 5P0OA 2G1RA 5P4ZA 2FXEA 1IZIA 4J0TA 5P2VA 1DMPA 5HDZA 5P6LA 4DQEA 4GJ8A 3DCKA 3TOHA 4FSEA 5P5EA 3PVKA 5P5QA 5OZUA 4D83A 4ZIPA 3NLSA 2IQGA 2O4SA 4FM8A 5P84A 1LYAB 2G20A 1B6PA 3OK9A 3VLBA 4Q1XA 1A8KA 5DR7A 4RVXA 3IN3A 3RTHA 2WJOA 4Y37A 5KOQA 2PK6A 1K6TA 2I4UA 3SKFA 3T6IA 4ZPFA 1D4JA 1FFFC 5DR4A 5OZCA 3AUPA 1PSOE 1TW7A 1ENTE 5P78A 1SDTA 3S54A 2AZBA 5EZZA 3DUYA 3SFCA 1T6EX 2PSVA 3FIVA 5P6DA 3LPIA 5I70A 3LIVA 5P60A 1T3RA 4RGHA 5DQCA 5OYXA 3VCMA 4R5NA 1SMRA 4RRNA 5KAOA 3ER3E 2AOFA 2VA7A 5P69A 3LINA 5P2ZA 3U7SA 4CPXA 4I12A 2BPVA 3H5BA 3OXCA 1LF3A 4DPIA 5P5YA 2G22A 4OBHA 1HPVA 4H3JA 5P01A 5OZ4A 3U6AA 1PFZA 3S43A 5F01A 3D1ZA 1QDMA 5P7BA 5P5DA 3S45A 5P1KA 5OZBA 1PROA 1D4LA 5E5JA 4PPHA 1LEEA 5P8DA 3EL4A 5P22A 2ZHRA 4FRKA 3HAWA 5HD0A 5P18A 3PCZA 3CKRA 1GVVA 4APEA 1EPRE 1LYBB 5P04A 5DGWA 4PEPA 2F3KA 3OHFA 1FKNA 4Y5PA 5P6QA 3O9DA 5P0VA 3PSUA 2PQZA 4J1IA 5P0NA 4FSLA 1HTGA 3D3TA 3KYRA 5TOLA 3CMSA 5OZIA 5P6XA 4GYEA 6APRE 5OZ6A 1NH0A 5HE4A 4ZEAA 1PSAA 3NWXA 1EBYA 2QP8A 1GNMA 2ZDZA 4Y4WA 4AUCA 5P2EA 5P45A 5P5UA 2J9JA 1TQFA 1OD1A 4I0FA 3L5FA 3ZMGA 1DIFA 4CPWA 5P5NA 1GVUA 2IDWA 5P1MA 3O9FA 1LF4A 5P7NA 3OXVA 1MUIA 4R95A 3QPJA 1K1TA 5P2SA 1BIMA 4GJ5A 5P79A 4Y5LA 5OZOA 3VG1A 2JJIA 3SM2A 4D8CA 4DJXA 4RVIA 5DGUA 3ZOVA 1LYWB 3F9QA 5PEPA 1EEDP 4LL3A 4ER2E 4YD4A 3NUOA 4MC2A 5P1HA 3OGQA 3IXKA 2IRZA 1BV9A 3NDUA 4RCFA 3UDKA 2V11C 5KQYA 3VSWA 1MESA 4KE0A 5P00A 4FRSA 5P71A 4HDFA 5P06A 4Y3RA 4NJUA 3KDCA 4TRZA 1HVHA 4LXMA 5P4FA 4Z22A 1MTBA 5P5CA 3UDHA 1HPXA 1EPPE 1BXOA 5P8KA 1DW6C 3LPJA 3PRSA 5HU1A 5DQ4A 3I6OA 5OZLA 3VYDA 4MC6A 3TPRA 1SIVA 2FXDA 1YG9A 5P4AA 5OYTA 3KFPA 2QZLA 2VIZA 1W5XA 2BPYA 2VNMA 5P87A 1B5FA 4Y3EA 1W5YA 4CMSA 1LYAA 5P82A 4E43A 3PWRA 1ZAPA 4IVSA 3GGVA 2FGVA 3GI6A 4RRSA 5HCOA 1K6VA 1B6JA 2Q54A 1SGZA 1IZDA 3VV8A 2IKOA 4NJSA 5P4RA 4YE3A 2VA5A 4B1CA 4Y3JA 4YBIA 5IVQA 5P4LA 3SA9A 4Y36A 2NMYA 4FRIA 2I0DA 2QNPA 3SPKA 2FNTA 1RPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FSM A;  2G1N A;  4CPR A;  1BDL A;  3JVW A;  4NJT A;  4I0E A;  5P0Y A;  4B77 A;  1NPA A;  1YTG A;  5P2R A;  5BRY A;  2OHK A;  3LIQ A;  5P3D A;  3LZV A;  3KF0 A;  5P2D A;  2R3T A;  1AZ5 A;  3NYG A;  3NUJ A;  1HWR A;  3OU3 A;  4J1E A;  2AOD A;  1YM2 A;  2QU2 A;  4OD9 B;  1KJG A;  2PSG A;  5ER1 E;  5P67 A;  5P4K A;  1J71 A;  5P7I A;  4RVJ A;  2Z54 A;  5OZP A;  5AGZ A;  3JVY A;  3BVA A;  5I3V A;  1EPQ E;  1W6I A;  4Y48 A;  3ZKS A;  1DAZ C;  5OYR A;  4Y54 A;  3H0B A;  3BGC A;  1APV E;  4OBF A;  2QZX A;  4J1F A;  4CKU A;  3SA3 A;  5P1J A;  3O9E A;  5P53 A;  9HVP A;  3RSV A;  3T7P A;  2V0Z C;  3LIX A;  3GI5 A;  3WSJ A;  1Z1H A;  4CP7 A;  5P5X A;  5P6T A;  4GID A;  5P0H A;  5P83 A;  3LIT A;  4Y4B A;  5P6E A;  5OZ1 A;  2FGU A;  3K5C A;  3UDR A;  2IGY A;  5P52 A;  5P50 A;  4YBF A;  1A9M A;  3D20 A;  5OZJ A;  3UQW A;  4EJD A;  4I0D A;  4K4Q A;  5P14 A;  4EWO A;  1CZI E;  4J0Y A;  3Q4B A;  4K8S A;  2VIJ A;  4DH6 A;  4GZF A;  5P3J A;  1YTH A;  4RZ1 A;  4FAE A;  2AVV A;  4Y5K A;  2UXZ A;  5P3L A;  5P5V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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