2ZJNA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-[1-(5-chloro-2-isopropoxy-3-methoxy-benzyl)-piperidin-4-yl]-2-(2-methyl-4-sulfamoyl-phenoxy)-acetamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
389
structure length
367
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 367
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjnA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjnA02
5I3WA 5P6PA 3T11A 2OHLA 3BVBA 4H1EA 4Y51A 2RSPA 1QBSA 1TSQA 4RGHA 2QHZA 4ZSMA 2RKFA 5P5SA 5P7UA 4ER1E 2I4XA 3L5EA 3R0WA 3QRSA 4RROA 4Y5BA 4MC9A 3HZCA 3UQUA 1ODYA 1BXOA 1NPWA 2QZLA 4HVPA 1CPIA 2WEBA 4U7QA 1SP5A 1W51A 4J0VA 5P2EA 1BILA 3S43B 1YTHA 4M8XA 5P89A 2HB3A 5P40A 5P0MA 3INDA 4CPSA 4EHCA 2A4FA 5P10A 3O99A 3T3CA 4B00A 2BKTA 3ZL7A 1GNMA 4J1KA 4Y3XA 3PBZA 5HCOA 4B0QA 5P6GA 3ZMGA 3GI0A 2I1AA 4ER2E 2G69A 1ZSFA 5OZIA 2AOGA 1QS8A 2JJJA 3D91A 5P8QA 1HSIA 5P5JA 3OQDA 1EPQE 4I0IA 3LZYA 1APTE 5OZ5A 5P8LA 3TPLA 2RKGA 3QVIA 3BGBA 2ER7E 2BPWA 3DOXA 4Y56A 4HE9A 2PK5A 3L5DA 1DAZC 5P1RA 4YD7A 5P1FA 1T6EX 5OZMA 5P8FA 2I4QA 4A6BA 4NPTA 3SABA 5BWYA 5P2YA 5P3YA 4DQGA 2NPHA 5P0PA 5DR0A 3EKTA 4R8YA 1HXWA 3OUAA 4DJXA 5OZYA 3PWWA 3EKQA 3EL0A 3ZKSA 5P6IA 4LP9A 1FQ7A 3BHEA 5KAOA 1EEDP 3TL9A 4FRSA 3DV1A 3KFNA 5P15A 2HC0A 5P0WA 3UDPA 1FMUA 1LYWB 1AAQA 2AVMA 3EKVA 2F3EA 2O4SA 5P6NA 3PBDA 3S7LA 3NYGA 4FSEA 4NPUA 3VCMA 2OHKA 4OD9B 3GW5A 1MIQA 3SA7A 5P36A 5P54A 2OHNA 3OWNA 4HLAA 4FAEA 4PEPA 1OD1A 1FQ8A 3MXEA 1BV7A 3ZPTA 2OHTA 4JOOA 3ST5A 4KE0A 5P3OA 1ODXA 2VIZA 1D4YA 1OEWA 5P7EA 1PSNA 5COOA 4YA8A 4YCTA 3TOGA 2O4LA 3G70A 2QAKA 5HDUA 3ZPUA 3B7VA 5P7AA 3OK9A 3PJ6A 1HHPA 2BPZA 2I4VA 4E43A 3O9CA 3QVCA 3NU6A 5P65A 3F9QA 3NWXA 5J25A 5P0SA 1KJ7A 3G6ZA 1HOSA 1BDLA 2R3TA 4B05A 5OZQA 5EZZA 1FIVA 4JPEA 3HVGA 2NTRA 4Y58A 5P08A 5P2KA 1LYAA 2WL0A 2XFIA 3NUOA 4OC6B 4RVJA 3OUCA 3KM4A 1A94A 3QI1A 4J0TA 4FIVA 5P16A 3O9FA 1WBMA 5P8MA 3OQ7A 4D89A 3NU9A 1SMRA 3VF5A 4OBFA 5F00A 5P5WA 4RVXA 4GJ8A 2IL2A 3HLOA 1BBSA 5P13A 2PK6A 5P1AA 5P8PA 3LNKA 4EYRA 2IGYA 3RSXA 2G1NA 5P5ZA 2XYFA 3O9EA 5P2JA 3KYRA 2P8HA 5P41A 4GB2A 4Y3GA 5HE5A 5P6QA 1UPJA 2XFKA 5P5NA 1SMEA 3QRMA 1LF2A 5C9DA 4U8WA 2A1EA 2QHYA 4CPUA 5P6XA 3NDWA 1SDUA 2Q55A 1FLHA 4ER4E 4D85A 4Y4AA 3PLLA 5P5GA 1Z1RA 3K5FA 3TNEA 2JYSA 3LZSA 5OZ8A 3BGCA 3K5CA 2B42A 2R8NA 1AM5A 3L5BA 2FDPA 3NDUA 4YDFA 5P1HA 3O9BA 4CMSA 4MC2A 2P4JA 3TOHA 2VNMA 5AHAA 3PLDA 1BDRA 1WKRA 5P83A 1YTGA 1RV7A 5P3BA 5P1ZA 3TTPA 2QU2A 4Y4GA 5P5BA 5P69A 1K2CA 5P72A 3CKPA 5P52A 1G0VA 1ZBGA 2BJUA 3NDXA 4TVHA 4L1AA 5P2NA 2ZJJA 1LS5A 1MEUA 5P1CA 1EAGA 5C9BA 1B6KA 5P7FA 5BRYA 2VIJA 2P3CA 1MPPA 5OZ7A 2VA6A 4KE1A 3D1XA 5P24A 5P3RA 1PSOE 2R3WA 3ER5E 2VJ6A 4K8SA 1HVJA 4NJSA 1G6LA 1D4SA 3H5BA 4I0ZA 2ZYEA 4F76A 2AVOA 2WEAA 1EBKC 3TPPA 8HVPA 3QIHA 5I3VA 5P76A 5OZ6A 3BVAA 2NMZA 5OZJA 3EKPA 2V13A 1W5YA 3L5CA 1DPJA 3I6OA 4YCKA 5OZ9A 5COKA 3KT2A 5P7WA 3TPJA 1E82E 1K6TA 9HVPA 5P50A 5P2UA 1NSOA 5P4WA 4FAFA 1AJVA 3K5DA 1GVXA 5OYQA 5P79A 3URJA 2R5QA 3KN0A 3JVWA 2F8GA 3SQFA 3UQPA 3ER3E 4YCYA 3L58A 5P0FA 5E5JA 5P42A 1IVQA 4QJAA 5P07A 3IGBA 4H3FA 4DJRA 5P8RA 3FX5A 4Y5MA 2BBBA 5P60A 3WB5A 1F34A 4DJOA 4DVFA 3HVPA 5P2ZA 3S8IA 5KR2A 3SACA 5AH7A 4Y3AA 5HCTA 1HXBA 4Z50A 5OZKA 5P0NA 1APVE 1SDVA 2ZHUA 5P2CA 5P7RA 3VLBA 1K1UA 4UPJA 3PI5A 4J55A 5P3WA 3BUGA 3EL9A 5T4SA 4LBTA 3LZVA 5HDVA 5P2XA 2AIDA 4R92A 2V10C 1FFFC 2FLEA 3DCRA 3HAWA 3UDMA 4Y4DA 3IN4A 4WY1A 5HE7A 2VIYA 1AXAA 4FLGA 2NXDA 2QZXA 3UDNA 2FXDA 1SGZA 5E5KA 2QI6A 5P34A 2ZJNA 4Y3DA 2OAHA 1D4KA 3UDRA 5P5HA 2B7ZA 1SIVA 3ZPSA 5OYVA 5OZ2A 3OGQA 4PZXA 4I0GA 5P23A 2G1YA 5P2TA 1W5XA 4EWOA 4IVTA 3OHHA 1SH9A 2OHPA 3IA9A 3NSHA 4K4PA 1ZAPA 2V12C 1B5FA 1K2BA 4CP7A 5OZEA 5P2AA 1HVSA 5P55A 4Y3JA 5CONA 5P3NA 3KDCA 5P35A 5I70A 1XDHA 1MT7A 5P7SA 3DJKA 4Y3FA 3DUYA 1UH7A 5P0YA 4ACUA 4XKXA 3KDDA 3OOTA 5OZHA 3CYXA 3KFPA 3SM1A 2CEJA 4Y53A 4Y36A 2ZHVA 4L6BA 4QLHA 5P0LA 5P56A 5CLMA 5P6FA 1XN3A 3IXKA 4TRWA 1GNNA 3UPJA 3LPIA 1HIVA 3LIVA 4HDFA 5KQFA 4Y9WA 4Y3ZA 5OZPA 2R9BA 4Y3SA 3DV5A 2I0DA 2OF0A 2UY0A 1KJFA 5OZXA 3DK1A 4Q1NA 5P80A 4Y4UA 5P5KA 3MXDA 5P43A 3KDBA 3NWQA 5P1PA 4I8ZA 1BVGA 5P8TA 3NXNA 5P3LA 2HB2A 3OHFA 3O9LB 1FQ6A 5JFPA 1BWAA 2R38A 1CZIE 2G94A 3FNSA 1GVWA 3UTLA 5P2MA 5P6WA 3L5FA 4YD6A 4CPXA 1ZLFA 3VSWA 4EJKA 5APRE 2QI3A 4JPCA 1TW7A 4ZSQA 2HS1A 3CMSA 5P26A 4COEA 4ACXA 3IXJA 1BWBA 5P6SA 5P6TA 3NUJA 3RSVA 5P2BA 5P2QA 3NXEA 5IVQA 5OZDA 3I8WA 3LINA 3KF0A 1TCWA 5KR1A 1YG9A 2Q5KA 1HVRA 3ECGA 1YT9A 1PPME 5P4DA 3VF3A 4JECA 1FQ4A 1QRPE 2ZJIA 5P4YA 4RZ1A 5P1IA 2NMYA 5P39A 5P6ZA 5P4JA 5P0ZA 3ZKQA 1M0BA 1M43A 1NPAA 1XL2A 3OADA 3S56A 3VG1A 4N00A 1EC1A 4FM7A 2HB4A 5P6UA 5P0XA 2F3KA 2WKZA 3OQKA 5P5TA 3OAGA 1SGUA 3APRE 4CKUA 4Y5EA 4XX3A 1K6VA 3MSKA 4B1EA 3ZKXA 2AOJA 4Q1WA 4B1DA 1MESA 2QK5A 4KB9A 4YD4A 1G2KA 5OZ3A 2ASIA 5P44A 3CIDA 1AZ5A 5P2WA 4Y5KA 5PEPA 4PYVA 4HEGA 5DPZA 2B60A 3WSJA 5P01A 2FS4A 3U7SA 4EXHA 4PHVA 3I25A 5P77A 3IAWA 5P1TA 6FIVA 5IS4A 1LV1A 5P5OA 4I8WA 4AZYA 2BQVA 1QBTA 1FQ5A 2WF1A 5P85A 2ZJLA 4RRNA 5P8UA 2ZE1A 4LC7A 7UPJA 5P78A 4K4QA 3OU3A 1ENTE 2XFJA 4KUPA 5P29A 5P2VA 5P4GA 1RQ9A 2VA7A 2OHUA 3RTMA 3KFRA 4A6CA 5FIVA 5HTZA 4LXKA 2HPEA 5P5FA 3KT5A 4OBJA 3KA2A 6UPJA 2QNNA 1FGCC 4Y3QA 2AOFA 1HVLA 1Z1HA 3BUFA 1MRXA 5IVRA 4EP2A 1E81E 3PMYA 3QN8A 5P20A 5P0DA 4DQEA 4Y5PA 2FDDA 1C70A 5C9FA 4Y43A 2H6SA 2VS2A 5HVPA 2VKMA 4RCEA 4B77A 1OHRA 2PSVA 1IVPA 4L7HA 5P3SA 1B6JA 4ZSPA 5P51A 3LZUA 1LYBA 4HZTA 3PSUA 5P0GA 3VSXA 1HSHA 1DP5A 5P4OA 2QI5A 2I4WA 5OZAA 3U6AA 5OZ0A 1MRWA 2NNKA 1VIKA 5P2SA 5P8VA 5OZSA 1VIJA 4GMIA 4QJ9A 3IVHA 1EPPE 1MTBA 2B8VA 5P7DA 4JP9A 5P70A 5DQ4A 4J1CA 2IDWA 3S53A 1W6HA 3NR6A 4Q1XA 5P3CA 2MIPA 2VJ7A 3EL5A 3KMXA 3Q3TA 5JG1A 3VV7A 3OOZA 4FGXA 4Y5LA 5P2HA 3OUDB 3WB4A 4HA5A 5P4FA 5ISJA 1A8GA 5P5EA 5P3GA 5P1DA 5P14A 5P53A 2F81A 2F3FA 3O9HA 2V11C 2QNQA 3UDJA 3FIVA 5AGZA 4DH6A 2VIEA 4XXSA 4DQHA 5DR3A 4CPWA 1BV9A 3OY4A 3D3TA 5P27A 3BRAA 1EBYA 4Y3PA 5P5PA 1NH0A 4DQCA 4DV9A 5P7OA 3VV6A 3PWMA 5P4HA 4I0HA 1YM2A 1KJHA 4Y3EA 1HRNA 5HU0A 4Y38A 3OU4A 3UFNA 3OQAA 3WZ6A 2HIZA 3H0BA 5P06A 2G1RA 1EPRE 2G27A 5P3ZA 4J0YA 5DR4A 3SKFA 4PZWA 4OBZB 4Y4BA 2WF2A 5P2FA 3Q70A 3ZKIA 4Z2ZA 5P4SA 4I10A 4Q5MA 5P7YA 4H3JA 5P2RA 4I1CA 2J9JB 2AOEA 2I0AA 4CPQA 5P87A 1B6PA 3CKRA 5IVSA 1A30A 2FNTA 4J0PA 2PMAA 4Y3WA 1FF0C 3SAAA 4TRYA 3D20A 3UDHA 5I3YA 3INHA 3UQWA 3LITA 2V0ZC 3TLHA 2RMPA 3TH9A 5P8BA 2H6TA 5P6MA 3R0YA 3MSLA 5P4UA 1OEXA 1LEEA 3IVIA 4MC6A 5P0OA 3VYDA 5P2GA 1EC3A 3S43A 2QD8A 2V00A 3LIXA 5AH8A 4YBIA 1BAIA 5P1SA 5OZOA 1SIPA 4I0FA 5P3PA 3OXXA 1DIFA 2PH8A 4DJWA 5P4LA 3EL1A 4ZLSA 3IN3A 5P02A 2QZWA 5P81A 3ZLQA 1TZSA 4AUCA 4WTUA 2ER0E 5P2LA 2NXLA 1LF3A 5P6RA 3PVKA 5P8HA 3SA3A 5P5CA 3EXOA 2RENA 3K4VA 4RCDA 5P1VA 1T6GA 5OZ1A 5P8AA 3S45A 4DPIA 4Y5GA 3GGXA 1ZJ7A 2PQZA 4ZSRA 5P5QA 1W6IA 5UPJA 2PYNA 5P00A 5B18A 2JJIA 5P05A 3VFAA 1W5VA 4CPTA 5P12A 2VJ9A 5OZZA 1SBGA 2FGVA 3Q4BA 3O9AA 5P3FA 3RVIA 5P7MA 5P8KA 3GI6A 1C6YA 1EPNE 1YX9A 5JODA 4Y3RA 2R43A 1C6XA 4Y45A 1D4JA 3ZOVA 5P6EA 3G72A 2AZ8A 2WHHA 5P0HA 2OHMA 5TOLA 3R2FA 4OBKA 5OYXA 4Y3LA 1E80E 1GVUA 2QI7A 5HU1A 5P4ZA 1E5OE 3VYFA 1LYWA 2CENA 1APWE 3EMYA 4Y3MA 5P3TA 3FNUA 4R93A 2ZJKA 5OYRA 4M8YA 4LHHA 4OD9A 3PWRA 3EKXA 4QJ8A 4QJ2A 5P7PA 4QJ7A 1A9MA 4OBDA 5P6YA 1EBWA 4F74A 4GJ5A 4J1HA 1ZPAA 5P4XA 1HVCA 5DR7A 1U8GA 5OZRA 5P09A 3JVYA 4I0JA 4EQJA 2BPXA 3A2OA 2FGUA 4FRJA 5OZLA 5DQ2A 3NDTA 4RVIA 5P0TA 2VA5A 2AVQA 5P6JA 4DJPA 1EPOE 5P5AA 4BFBA 5P8GA 1C6ZA 2AOCA 2QI1A 3K5GA 5P3HA 3PI0A 5P49A 3R1GB 4RYGA 2Q15A 1MVPA 5P8DA 2UPJA 1Q9PA 1MERA 4EJLA 2G21A 4EP3A 2P3AA 2QMPA 4YHQA 3UQRA 4LL3A 5P25A 5P4AA 3WZ7A 2P3DA 1HWRA 4ZE6A 5P66A 5P45A 3EM4A 3O9IA 1CMSA 4OC6A 1AIDA 5P7TA 1LYAB 5P31A 2WEDA 4Y5CA 5P04A 2HAHA 2JXRA 5SY3A 3SA8A 2IQGA 2IKUA 3EM6A 4APRE 3PCZA 5P30A 1IDBA 3VYEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I3W A;  5P6P A;  3T11 A;  2OHL A;  3BVB A;  4H1E A;  4Y51 A;  2RSP A;  1QBS A;  1TSQ A;  4RGH A;  2QHZ A;  4ZSM A;  2RKF A;  5P5S A;  5P7U A;  4ER1 E;  2I4X A;  3L5E A;  3R0W A;  3QRS A;  4RRO A;  4Y5B A;  4MC9 A;  3HZC A;  3UQU A;  1ODY A;  1BXO A;  1NPW A;  2QZL A;  4HVP A;  1CPI A;  2WEB A;  4U7Q A;  1SP5 A;  1W51 A;  4J0V A;  5P2E A;  1BIL A;  3S43 B;  1YTH A;  4M8X A;  5P89 A;  2HB3 A;  5P40 A;  5P0M A;  3IND A;  4CPS A;  4EHC A;  2A4F A;  5P10 A;  3O99 A;  3T3C A;  4B00 A;  2BKT A;  3ZL7 A;  1GNM A;  4J1K A;  4Y3X A;  3PBZ A;  5HCO A;  4B0Q A;  5P6G A;  3ZMG A;  3GI0 A;  2I1A A;  4ER2 E;  2G69 A;  1ZSF A;  5OZI A;  2AOG A;  1QS8 A;  2JJJ A;  3D91 A;  5P8Q A;  1HSI A;  5P5J A;  3OQD A;  1EPQ E;  4I0I A;  3LZY A;  1APT E;  5OZ5 A;  5P8L A;  3TPL A;  2RKG A;  3QVI A;  3BGB A;  2ER7 E;  2BPW A;  3DOX A;  4Y56 A;  4HE9 A;  2PK5 A;  3L5D A;  1DAZ C;  5P1R A;  4YD7 A;  5P1F A;  1T6E X;  5OZM A;  5P8F A;  2I4Q A;  4A6B A;  4NPT A;  3SAB A;  5BWY A;  5P2Y A;  5P3Y A;  4DQG A;  2NPH A;  5P0P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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