2ZJPL

Thiopeptide antibiotic nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjpL01
1OVYA 3G6EN 3PIOL 4U67L 1VQON 3CCMN 3CMEN 2ZJPL 3CMAN 3I56N 5GAEP 1KQSM 1NJIO 5DM7L 2ZJQL 1VQMN 1VQNN 4WCEL 5JVGL 2OTJN 5HL7L 3CPWM 5H1SQ 1VQ5N 5JVHL 4IO9L 1W2BM 4WF9L 3DLLL 2ZJRL 1Q86O 1K9MO 1QVGM 4WFNL 1YJWN 3CC4N 1VQ7N 1N8RO 3CCSN 3CF5L 1YJNN 1K73O 1M1KO 3J7ZO 2OTLN 3CCEN 1S72N 3PIPL 3CXCM 4IOCL 1YITN 1YJ9N 1KD1O 3CC2N 4IOAL 3CCUN 1VQ9N 1YIJN 4UY8O 5DM6L 5MLCQ 3G4SN 2QEXN 1QVFM 4WFAL 5GADP 1VQPN 1JJ2M 1Q81O 3CCVN 1VQ6N 3OW2M 1Q7YO 1YHQN 1YI2N 3I55N 3G71N 3CCLN 1VQLN 3CC7N 1Q82O 1KC8O 3CCJN 3CCQN 3CCRN 3CD6N 5GAGP 4WFBL 2QA4N 1M90O 1K8AO 1VQ4N 1VQKN 1VQ8N 5GAHP 1ILYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FZHA 3PIOL 4H0PA 4LFBK 1X1PA 3QESA 4JK8A 1FW6A 3AVIA 1IKYA 5KTQA 4CHQA 3RMDA 1T44A 3LP0A 3ULEB 1HKGA 4OO1J 4N56A 3I56N 1C1CA 4J2EA 4LH4A 4IFEA 3QFPA 2GTDA 4HTUA 1NGGA 4JKGA 3CJ7A 4WYBA 1BG3A 1KTQA 2P51A 4H8KA 4BDPA 5JICA 5M1QA 1T03A 1Y97A 4RG8A 3T3FA 3WNFA 1W0HA 2IGIA 5J2MA 3CC4N 3NF6A 3CQXA 3NBPA 1WSGA 5AQGA 3LDSA 1XNRK 5EXWA 4FJ8A 1LAVA 3MX5A 5K14A 2WOMA 3TSUA 2P9LB 4KI6A 3D2EB 1JCGA 5LY3A 3EY1A 5KGWA 3TSQA 4DR5K 3DOLA 2A3ZA 1L3VA 3QERA 3HXMA 1J9AA 3UKUB 5AZJB 4ISEA 1BO5O 5C2FA 4DR6K 2GWKA 2XHBA 1SUQA 4DTXA 3ZYYX 1SL1A 2YJEA 4CHYA 3LP2A 4WFAL 3SBGA 1WB9A 3S41A 2P9PB 3ZEUB 4C8OA 3EN9A 1NOYA 1KFSA 4GMJB 2NLXA 1WNSA 3VOVA 4DSJA 3DJCA 4AH9A 3OBWA 2BE2A 4JI6K 4CJFA 4BACA 4M3XA 3HBTA 3PO5A 3SV3A 3KK3A 4NLCA 4EAHD 2FC0A 4RWTA 3LM2A 1GOAA 4CZIA 1IBMK 4E1NA 2YNIA 1VQLN 4CFCA 4OPJA 4UQGA 2P1JA 4FWPA 2E6MA 3FZFA 2D0OA 5AJ3K 3U9ZA 3V6DA 1XQSC 3QB0A 1NGCA 5M1FA 3BF3A 3WUHA 3MXIA 4JRPA 2Q3SA 1RGIA 3M8QA 3O9TA 2Q0RA 1BA0A 3OYJA 1L3TA 4HUFA 3SQ2A 4BE2A 3THVA 4FJLA 3MN9A 4O5BA 2WONA 1RDAA 4F2RA 4NB4A 4O0JA 3O9RA 5HBMA 2O8DA 4H03B 4CCHA 5AQRA 3RTVA 5BREA 4DSLA 4JD2A 4M3UA 3PSFA 2OANA 5ADXA 1D9FA 3TR8A 4BRAA 3LALA 1QVGM 5GIOA 1REVA 2G8HA 4DV1K 1BCOA 4BRFA 1KCFA 4GVMA 3DM2A 4Z94A 5AQMA 1JLCA 3T19A 4CJWA 1NGIA 4C1NK 2J4RA 3H45C 1DTTA 3ZSWA 1OH6A 3VPZA 3NAEA 4FO0A 3CC2N 3IMXA 1VQ9N 1VSJA 3HSTB 3IAYA 1TYQB 3OA9A 3TU5A 1EX4A 2QEXN 2E2OA 3ASMA 1RDDA 3MK6A 1RNHA 2YHBA 5J2PA 1YTAA 3OJUA 1NJYA 1BIUA 4CHNA 1P8ZA 3D6RA 2OPSA 3HM9A 3OW2M 3QNNA 4B3SK 1HPMA 3H1QA 1RT1A 1FKOA 4E89A 2HHVA 4H5WA 1JLEA 2BTFA 4E0DA 4CFDA 3V9ZA 4BDZA 1GLFO 3CC7N 2UUCK 1KC8O 1NLVA 3HVTA 4CZEA 1ASVA 3K5NA 2GEMA 1OH7A 4N47A 1HJOA 3DLBA 2O8EB 1A5XA 2OZMA 1ESVA 3F73A 4DR4K 1N5YA 3THYA 5F0XA 5AQXA 4N76A 3EKSA 3A2FA 3F9MA 3SQ0A 1WSEA 3KLGA 3ZCMA 4BG8A 3A5OC 2DFHA 4JS4A 2ZJPL 2V7ZA 1I94K 2LSNA 2O4GA 4BGBA 3EYZA 4JKBA 1W7AA 4DU3A 4BRHA 3M8SA 4MLEA 3SAGA 4BC2A 1NJXA 2I5JA 4WCEL 2B5JA 1B9DA 4DR3K 4FLUA 3ULEA 4W5QA 4BRIA 3G25A 3NGZA 2QWNA 1KXPA 1S1WA 2YKNA 2Z1HA 3DXKB 1GLDG 5LL6Z 3VQPA 3DXMA 1ATRA 1R59O 5FPDA 1S9EA 3HYFA 4BE0A 1HPZA 4M3YA 3OJSA 1CXQA 3H08A 4CGDA 4E7JA 1GOCA 3I0RA 3IRXA 3RSEB 3C6TA 4H0TB 5AZIA 4QS8A 4FJ5A 3LPTA 4DFPA 1WBDA 4LFCK 3KZBA 1Z26A 3D7EO 1D9DA 2RN2A 4ILHA 2P9LA 4E7IA 3VGLA 4AQYK 3D2EA 4IG0A 5J1EA 1TGOA 1QVFM 3AO3A 3TABA 1J5EK 1IG9A 1SL0A 1HKCA 1Z6RA 2VGMA 2VG7A 3UKUA 1NJWA 2UXBK 1KAYA 5AZJA 1W9HA 4PA1A 4QAGA 4KHPK 1IKWA 3P38A 2HB5A 5HRPA 3K5LA 3R6MA 4FPBA 4PUOA 1GLEG 1X9JA 3FZMA 4F2SA 2P9PA 5AQTA 3ZEUA 2NZTA 1ZBFA 4CJ4A 1L5UA 2CH5A 2D4WA 3CD6N 5I9EB 3FZKA 2FBTA 5GAGP 4MO5A 3DWLA 2P9KB 2A6AA 4M7YA 3VGMA 4X64K 3VTHA 3HOSA 3S3NA 4IDHA 4M3WA 5FROA 1BQNA 4Z4CA 1NGJA 4QS9A 4AHCA 4EHUA 3MXJA 5C12A 2PZSA 4EHTA 1IH7A 4E7LA 4E7KA 3QETA 3O4QA 3B8AX 1MWMA 3EZ5A 2X6NA 1ZBSA 4RTFD 3K57A 4DTOA 3O3FA 1Q9YA 4DV7K 2BDPA 5CZ2A 1KFDA 3TTCA 1LW0A 4CERA 5JMVA 3CIPA 2NRZA 3NF9A 3OYNA 5AQYA 2GWJA 4ILGB 3H46O 1Q18A 5HRSA 4DTSA 3AV9A 4B1UB 3BF1A 3DLRA 4JKEA 3PX0A 4CZLA 3O6WA 2QM1A 4FLZA 3BDPA 2KLAA 4BRNA 3SK3A 1EWRA 2G8IA 1GLJO 4JEPA 3ZSVA 5BPLA 1IO2A 4IOCL 1NMDA 4GV9A 4H5RA 3MN7A 2ZE2A 3CI5A 3E66A 3NF8A 2UXCK 3K58A 3LP1A 2D0CA 3LDNA 3GE1A 4IKFA 4E1MA 2X78A 2BH1A 1HNZK 3OYBA 2PAVA 1OH5A 3AGRA 3DYAA 1KLMA 3HRGA 2AA4A 3M6GA 4RW8A 2QXLA 3AVAA 4CD1A 1TYQA 3G0ZA 4KREA 2IAJA 1GLBG 2YHYA 3I55N 2W6KA 2FF3B 1NK7A 4CJQA 3U3GA 4FPAA 1I3AA 2HHUA 3DLGA 4LSNA 4A62A 2IVPA 2XO7A 3CCRN 2GUIA 4KTWA 3SUNA 4R5PA 4CJ5A 2QA4N 3AA2A 1UWBA 2Y1JA 1S1VA 5KRTA 2GX9A 3QLHA 1QSLA 4U7BA 1OVYA 1NMNA 2VWKA 3V1OA 1LWFA 3O5BA 2HHTA 1YAGA 5AQSA 1KSPA 1ITGA 3BY5A 2FXUA 3MN5A 4XEIA 3KIOA 3MMVA 5HP1A 4GW6A 4JI5K 2O8EA 1SS6A 3K2PA 5J2NA 5IWAK 3WXJA 1IBKK 4BY9C 1EWQA 3RR8A 1VQMN 1XHXA 3DLKA 4B9LA 4NXNK 2P5GA 1QQOA 1FJGK 2NNWA 5BN8A 2AJQA 4O44A 3ZETB 4IO9L 2O8DB 3O3HA 4WQ4C 4LF9K 3F9KA 4JD2B 5EVZA 4CJUA 1JXBA 4H5NA 3VQEA 4BVOA 3QEXA 4ELVA 1X3MA 2QWQA 2F8TA 1EETA 3SUPA 1TL3A 4I9QA 5KPZA 3AA4A 4W5RA 3KKRA 3DXKA 3VERA 3PIPL 2ZGYA 2E6LA 2IC3A 4YDUA 3OYKA 3RMBA 4IJAA 3QEIA 3OYCA 3KHYA 4IBNA 2EX3A 3SMPA 2XY7A 4C8LA 5C25A 5I3UA 3OS1A 4BQZA 5AQIA 3TARA 3RSEA 3RMAA 3CJAA 1HKBA 1NBWA 3N4QA 1Z25A 5GADP 3BGRA 4FWSA 1DEJA 2G8UA 2F96A 3ZSZA 3AGKA 4HHTA 2YV0X 3SCXA 3TWHA 3C65A 5A2QO 2RF2A 2V51B 3NH2A 3VMFB 4LSLA 2O8BA 5FPEA 2ZF5O 2ZQBA 1N33K 4CEFA 3MAQA 4B08A 2KZZA 2WUSA 1U49A 5GINA 1OVQA 4W5OA 3AA3A 3CHWA 4CZJA 1U45A 4B9TA 4I2QA 2ITMA 4BRLA 4CZKA 1QQCA 1JL1A 3EO3A 5M1KA 4K41A 1NKBA 3FGUA 4HTLA 4DHYA 4CGJA 1J54A 3HT3A 2JWLA 4DFMA 3GG4A 1IBLK 5BR8K 3HVRA 2HF4A 2F8SA 4FSVA 3J81O 2X74A 2UYTA 4CBXA 3VEYA 1N6QA 1BQMA 2P9KA 4YY3K 3L4IA 4IOXA 1HNIA 1MA9B 2B4JA 4GV6A 4IZ9A 1QTMA 1NGFA 4B9NA 4FJ7A 1D4XA 1RDCA 2DFFA 3DRPA 1VHXA 4LF4K 5H1SQ 4DSKA 3VQ9A 2CH6A 3DOKA 1V4SA 2IOCA 2ZJRL 1LWEA 3L3VA 3JAMO 1D8YA 1JLGA 2F9TA 1K8KB 2HOEA 2HSTA 3ATVA 4YOTA 4A57A 4O55A 3CF5L 5HRNA 4IDKA 3DXMB 3KLIA 1WAJA 4V19S 4GKJK 2NRXA 4BWMA 4K25A 3EEQA 4L3QA 3M5RA 4B3RK 2QKKA 1ZBLA 3C0BA 1L3SA 5AZIB 2JWKA 2V52B 1RTJA 4FJNA 3CFOA 4UY8O 1RBUA 4J8FA 1LOTB 4YOXA 3OYHA 4DV2K 3UB5A 3SMSA 3TAFA 1TAUA 4JLHA 4CIEA 2H3GX 3G4SN 4QS7A 4A2BA 3TAQA 1V4TA 2NRRA 3L2UA 3LZJA 4AM6A 4AILC 4OPAA 3VA3A 4Y0WA 3BZKA 3L3UA 1VQ6N 2QWMA 4LFAK 3D2FB 2PBDA 4B9MA 3CYMA 4O5FA 3VF6A 4I9LA 3MWPA 1BI4A 2HHQA 2ETJA 1U4BA 3CCQN 4BC3A 4CJTA 4Z4FA 1U2VA 4FM2A 1C0FA 4F3OA 3NF7A 3OYLA 2G8WA 5HROA 4FK2A 1UA0A 2PFUA 2P5OA 4HWIA 2E2PA 3HTVA 4AHUA 4CD3A 3SPYA 2YNHA 4BG9A 5JLFA 5KPRA 2IS3A 1IJJA 4A2AA 4K0KK 1RBSA 2HBMA 3TAPA 1T05A 1DTQA 4PWDA 1CZ9A 2IDOA 3TANA 4KHSA 4CJRA 3RMCA 4ELTA 5E84A 3TAGA 3V9XA 2HBKA 5HRRA 4E19A 5BR9A 2DY4A 4CI6A 3AVJA 4A5AA 4KHUA 3CCSN 4FWNA 1K73O 3ENBA 1SKWA 1HQUA 4OPHA 3ZETA 1EO1A 1S72N 2XY5A 4J2DA 4FK4A 2Y1IA 3BZCA 4CEAA 4GV3A 3U6FA 4DV0K 4AF1A 3NMUA 3VESA 2W6LA 4OX9K 2RE2A 5LMUK 2CGLA 2XY8A 4BQLA 3QBWA 4JK9A 3EKUA 3AO2A 4WQ5C 2O8FB 2WFBA 4DUZK 1LCUA 4DS5A 4K43A 1WOQA 4DR7K 1NJZA 3O1BA 1Q81O 2KFNA 1XUPO 3HL8A 3M3ZA 2BUPA 1YHQN 1JLBA 4NYNA 4YHHK 3AVKA 2O8CB 4JKDA 3EE9A 4KO0A 3W3DA 5BN9A 5E26A 1S1UA 3ZX2A 1Q82O 2OA8A 1ZBIA 1J5OA 3GBTA 3VTIA 3T1YK 5BPNA 4DU1A 1CXUA 4BWJA 3KLHA 2E2QA 3AVNA 5B8HA 2A1RA 3QINA 4CVNE 1LWCA 3ZT3A 4BRMA 4DUYK 3KLEA 1QS4A 1VSHA 5AQJA 3CPEA 4BR2A 1BISA 4FM1A 5J2QA 3ZT1A 5BRDA 1QSSA 4DWIA 4H0YB 1HNVA 1LAWA 2D1KA 5CHIA 4A59A 4XH5A 4YFUA 4DV5K 4BDYA 2OPPA 3PO4A 1WSHA 4DFJA 3NE6A 2VQEK 4DF8A 4DR1K 1NGHA 4TSXA 3DLLL 3WXMB 4M3ZA 4I6MB 3LDOA 4IEIA 3L4QA 2E1YA 3M1FA 3VEXA 1DGKN 4CBUA 4DF4A 5FLXO 2GUPA 3OYIA 3OS0A 1WN7A 4LF7K 2KW4A 3S3MA 4BR0A 4B1VA 1ZBHA 2FBXA 1R0AA 2ASOA 4NCAA 1CZBA 1K8KA 2VWBA 3KK7A 5IT9O 3L0QA 5DM6L 4Z4EA 1SL2A 4CEEA 4YORA 2V7YA 3NH0A 3NH1A 2R7YA 2GBZA 1VSDA 2HBLA 1T3VA 2AP1A 2DTUA 3OTOK 3PV8A 2YNFA 3LWLA 4DSIA 4JI7K 3ALYA 2Z1JA 1RCHA 4B3MK 4RW9A 2HMPA 4A61A 4CGFA 3SI6A 3AAPA 1JCFA 3SPZA 4FWLA 1TKXA 5KRSA 2O8BB 4CK3A 4F8RA 4M3TA 4CF0A 3TI0A 5T7BA 1YT3A 4QOZB 4HCBA 1E4FT 2VCPA 4JKFA 1TAQA 1M90O 4FLVA 4DCHA 3OYMA 1VQ4N 2ZGZA 3D2FA 4CHOA 4AHTA 3KJVA 3IS9A 2FBYA 2F7TA 5C15A 5LJVA 3ID6A 1QZ5A 3O1WA 2A40A 1XMQK 1A5WA 4FW2A 3CCMN 3VQDA 2FBVA 1EKEA 4CJPA 4KTQA 3GOIA 3HPHA 5AQNA 4AHSA 3HPGA 1H1VA 3SQ1A 1TV6A 4NXMK 3A0IX 4FJJA 4LY7A 4FJXA 4H0XB 3V9WA 3C6HA 4ISGA 3WEEB 3F2KA 4FW1A 4BRCA 2OTJN 1BIZA 2HW3A 3CM6A 3J7YP 1S1TA 4FL9A 1BA1A 1Q86O 4H0OA 1HRHA 1UOCA 1RTIA 3O4WA 3I33A 2YHXA 1T6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OVY A;  3G6E N;  3PIO L;  4U67 L;  1VQO N;  3CCM N;  3CME N;  2ZJP L;  3CMA N;  3I56 N;  5GAE P;  1KQS M;  1NJI O;  5DM7 L;  2ZJQ L;  1VQM N;  1VQN N;  4WCE L;  5JVG L;  2OTJ N;  5HL7 L;  3CPW M;  5H1S Q;  1VQ5 N;  5JVH L;  4IO9 L;  1W2B M;  4WF9 L;  3DLL L;  2ZJR L;  1Q86 O;  1K9M O;  1QVG M;  4WFN L;  1YJW N;  3CC4 N;  1VQ7 N;  1N8R O;  3CCS N;  3CF5 L;  1YJN N;  1K73 O;  1M1K O;  3J7Z O;  2OTL N;  3CCE N;  1S72 N;  3PIP L;  3CXC M;  4IOC L;  1YIT N;  1YJ9 N;  1KD1 O;  3CC2 N;  4IOA L;  3CCU N;  1VQ9 N;  1YIJ N;  4UY8 O;  5DM6 L;  5MLC Q;  3G4S N;  2QEX N;  1QVF M;  4WFA L;  5GAD P;  1VQP N;  1JJ2 M;  1Q81 O;  3CCV N;  1VQ6 N;  3OW2 M;  1Q7Y O;  1YHQ N;  1YI2 N;  3I55 N;  3G71 N;  3CCL N;  1VQL N;  3CC7 N;  1Q82 O;  1KC8 O;  3CCJ N;  3CCQ N;  3CCR N;  3CD6 N;  5GAG P;  4WFB L;  2QA4 N;  1M90 O;  1K8A O;  1VQ4 N;  1VQK N;  1VQ8 N;  5GAH P;  1ILY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FZH A;  3PIO L;  4H0P A;  4LFB K;  1X1P A;  3QES A;  4JK8 A;  1FW6 A;  3AVI A;  1IKY A;  5KTQ A;  4CHQ A;  3RMD A;  1T44 A;  3LP0 A;  3ULE B;  1HKG A;  4OO1 J;  4N56 A;  3I56 N;  1C1C A;  4J2E A;  4LH4 A;  4IFE A;  3QFP A;  2GTD A;  4HTU A;  1NGG A;  4JKG A;  3CJ7 A;  4WYB A;  1BG3 A;  1KTQ A;  2P51 A;  4H8K A;  4BDP A;  5JIC A;  5M1Q A;  1T03 A;  1Y97 A;  4RG8 A;  3T3F A;  3WNF A;  1W0H A;  2IGI A;  5J2M A;  3CC4 N;  3NF6 A;  3CQX A;  3NBP A;  1WSG A;  5AQG A;  3LDS A;  1XNR K;  5EXW A;  4FJ8 A;  1LAV A;  3MX5 A;  5K14 A;  2WOM A;  3TSU A;  2P9L B;  4KI6 A;  3D2E B;  1JCG A;  5LY3 A;  3EY1 A;  5KGW A;  3TSQ A;  4DR5 K;  3DOL A;  2A3Z A;  1L3V A;  3QER A;  3HXM A;  1J9A A;  3UKU B;  5AZJ B;  4ISE A;  1BO5 O;  5C2F A;  4DR6 K;  2GWK A;  2XHB A;  1SUQ A;  4DTX A;  3ZYY X;  1SL1 A;  2YJE A;  4CHY A;  3LP2 A;  4WFA L;  3SBG A;  1WB9 A;  3S41 A;  2P9P B;  3ZEU B;  4C8O A;  3EN9 A;  1NOY A;  1KFS A;  4GMJ B;  2NLX A;  1WNS A;  3VOV A;  4DSJ A;  3DJC A;  4AH9 A;  3OBW A;  2BE2 A;  4JI6 K;  4CJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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