2ZJPL

Thiopeptide antibiotic nosiheptide bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
b'RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
molecule tags Ribosome/antibiotic
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjpL01
3CC7N 3G4SN 4WFAL 2QA4N 1KC8O 2OTJN 3CF5L 3PIOL 3CCJN 1VQ5N 1YITN 1QVGM 5HL7L 1VQ9N 4WFBL 2ZJRL 1K9MO 1W2BM 3G6EN 1VQ6N 3OW2M 3CPWM 1Q81O 3CCEN 1YI2N 1NJIO 1KD1O 3CC4N 4WF9L 1Q86O 1VQ7N 1VQMN 2ZJPL 5H1SQ 5MLCQ 3CC2N 3CCUN 5GAGP 3CCQN 3CCRN 4WCEL 1VQ4N 1Q7YO 3CCSN 1S72N 3I56N 5DM6L 3DLLL 3CMAN 1YHQN 5GAEP 1VQNN 5DM7L 3CMEN 1VQ8N 1K73O 1Q82O 3PIPL 4UY8O 1YJWN 1YIJN 3I55N 4WFNL 2ZJQL 1VQPN 3CD6N 5GADP 3CXCM 1VQLN 3G71N 1M90O 3J7ZO 1ILYA 1M1KO 4IOAL 1OVYA 4IO9L 3CCVN 1VQKN 1VQON 4U67L 5JVGL 1YJNN 1N8RO 2OTLN 1QVFM 4IOCL 5GAHP 3CCLN 1K8AO 1KQSM 1YJ9N 3CCMN 5JVHL 2QEXN 1JJ2M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YHYA 3BY5A 3C95A 4IFEA 3DRPA 1HKBA 4GY2B 2QWMA 4DTMA 2G8UA 2D0BA 3MXIA 3VQ9A 3VQPA 3TAFA 1RFQA 5FPMA 3DLKA 3NMUA 3P39A 4DTNA 3SQ4A 3S3MA 2PBDA 3SAHA 4JI0K 3DMJA 1SL2A 2BDPA 4KPYA 3SV3A 4DU3A 4KH5A 4TSXA 3O9UA 5ADXH 4DTOA 4BR0A 1JCFA 4BGBA 4BRDA 1TAUA 4BVOA 3RMBA 4K43A 4GVEA 4ID1A 3VQ6A 4K8XA 2FBTA 4CZHA 1TKXA 2LSNA 4DTRA 3IKMA 4BRMA 3TSQA 3LALA 4IWVA 2V51B 2ZGYA 1ATSA 1VAZA 3D0PA 2ZJPL 4KTQA 1BU6O 3AVNA 3HSTB 3VQ8A 5BRHA 3QEVA 2JLEA 3DXMB 2V7ZA 4EHUA 1P90A 3KJVA 1ZBSA 1NKBA 2PZSA 5AQPA 4GVMA 1RDWX 3V9ZA 4DV7K 2O8DB 3FR0A 1Q9XA 3KD5E 3TSPA 1RTIA 1HQEA 3PX6A 1T3VA 1RT1A 3CMAN 2P9PB 1C0TA 1WN7A 3VEWA 5JS1A 4IBNA 3QB0A 3LPTA 3WXJA 3PIPL 1BISA 2W42A 2YHWA 4BACA 1YIJN 3CFPA 4LFAK 3BF1A 1NJWA 3AO2A 3ID6A 1IKXA 4CJWA 1NGHA 2P9IB 2O8CA 3OJUA 1NK4A 1EWRA 1QS4A 3VQ7A 4MO4A 1NKCA 3PX0A 1Q9YA 1KVAA 4C8NA 4NCAA 4DQRA 5JICA 5C25A 1Q8IA 2CGJA 4PL7A 5EY4A 1T03A 2KZZA 3OBWA 3CJ9A 4L8RB 4JD2B 4N76A 1TV6A 2CGLA 1ATRA 3G4SN 4FJIA 1HNXK 4LF6K 4IFYA 3RRGA 4E0DA 4PKIA 5J2MA 1RDDA 3MXJA 4FJHA 3H6EA 2FSNA 3O3GA 5LL6Z 3U4LA 4M7YA 3C6AA 4CF9A 2UUBK 1ATNA 3CPEA 4Z4CA 4HTLA 3UIQA 3D7EO 2RHKA 5FRMA 5J2PA 3SAFA 4FJMA 3QO9A 3NFAA 1S6PA 3V9WA 4N41A 4CZMA 1T7PA 2HHUA 3L2UA 3SZ2A 3G0ZA 1TGOA 4JKCA 2HBJA 3DLHA 4FJJA 4FM1A 2E6LA 5M1NA 3QEXA 3CCUN 1RT4A 3THXB 3ZX2A 2BH1A 3OYFA 2BUPA 4OPAA 4BG9A 4A2AA 2A3ZA 4KHQA 2HSTA 1G15A 2HMPA 4M7XA 2Q2RA 3WNHA 1TAQA 1YVNA 2W6LA 1CLQA 4BDPA 4JKHA 2J4RA 3I33A 3MAQA 3CMEN 3SJJA 4CJ3A 4OGEA 3C0BA 3WXKA 5J2NA 1WAJA 2QWQA 2G8FA 5C2DA 2ZJQL 3UB5A 4RW8A 3CI5A 2KFNA 2RN2A 4FWQA 4BC4A 3G71N 1IKVA 5GINA 2O4IA 2HOEA 3ULEB 4XEIA 3HRGA 3DM2A 4O4GA 4IO9L 3HM8A 4IKFA 4FPBA 3EN9A 4FM0A 1VQON 2E2NA 3ULDA 3AAQA 4U7BA 2IVOA 3J81O 5LY3A 3AGRA 3RWUA 4GW6A 1NK7A 4QOZB 1JJ2M 4MDBA 2P9LB 4OJRA 3KKRA 1LAWA 4Y1DA 1GLJO 2HNDA 5KTQA 1MDUB 2YHAA 4B3MK 5BRDA 1L3TA 3VGKA 3VGMA 4CEDA 1ZBFA 1LOTB 1T05A 2ASPA 3H1VX 3MN9A 3HL8A 1UWBA 2IOCA 5FROA 4E1MA 4OLAA 2O8FB 4DUZK 3KLFA 1TKZA 3QMLA 3DRRA 2KZMA 4H03B 3P38A 4JKEA 1YAGA 4AHUA 1NJXA 3HPGA 1L3VA 4HHTA 4O8UA 4MQ3A 3LP3A 3O1BA 3CPWM 1I94K 3NCIA 1GLFO 4CGDA 3FZMA 4CEEA 4C1NK 2QI2A 3QDKA 1X3MA 4DSIA 5HRSA 3M8SA 4BQLA 4I9QA 5AQUA 3ZT3A 4JI5K 5EOYA 1OH8A 3VQEA 5EU7A 1XHZA 2RKIA 5MLCQ 5FPDA 3WNGA 1J5OA 4OPKA 3OBYA 2Z1JA 4CZIA 3O1WA 5JLHA 4BWMA 3ZT0A 3U9ZA 1EWQA 1JLGA 4Z0UA 2OANA 4BRGA 3VEYA 4FPAA 2F8SA 2P9KA 2D1KA 3NVMA 3K0SA 4KB0A 2YKMA 4CI6A 4DUYK 4JEPA 3BDPA 1VSEA 3R1XA 4CJPA 3R3LA 3H3OB 2QXLA 4LFBK 3EZWA 2VQEK 1BO5O 3U9DA 2WBNA 5AQJA 1ZBLA 4A57A 1L3SA 4JKDA 4F2RA 3T1YK 5I42A 4E7JA 3CD6N 3LM9A 4YOTA 3H1QA 4B1XB 2OCEA 1JLEA 5KQDA 2E5LK 4CBWA 2A5XA 4LF9K 1ZXOA 5K14A 3DOLA 2CGKA 3PY8A 1CZBA 5JVGL 2OTLN 5AQLA 4O5FA 5CY4A 4DCHA 3ZEUB 5C24A 3RR8A 2GUIA 1FK9A 3R6MA 5GAHP 2OPQA 4CJ7A 1YJ9N 3Q7BA 4WCEL 3LPUA 4YOUA 4CZKA 4ELVA 3TAQA 1I39A 3LAMA 3JXUA 1C1AA 1RBRA 3WT0A 1YTUA 2NRXA 4ZTFA 3K9JA 4M3RA 4CFAA 5A2QO 2P9PA 3J8AA 1FJGK 1BQMA 1RDCA 3ZCMA 3SI6A 3A5MC 4BQZA 3SQ0A 3H3NO 4B9TA 3AVBA 4FWSA 5HL7L 2FLOA 1TK0A 1C1CA 3SUNA 5LJVA 1K9MO 2CH6A 3MX2A 4MDAA 3U6FA 2X6NA 2F9TA 3LDOA 1SL0A 3WNFA 4LD0A 3OHRA 1IBKK 1WSHA 5FDLA 1SS6A 1WB9A 4DSJA 4FJ5A 4B1YB 1BGXT 3CC4N 4DQSA 1JLBA 3ZYYX 1VRUA 4JK8A 2FSJA 1NG9A 4JI8K 4LFCK 3K58A 3QESA 4B8AB 1XI1A 4FXDA 3CC2N 2BE2A 2NUBA 3M5RA 1VHXA 3VENA 4C23A 5TKWA 3RVCA 1I3AA 2YNGA 1J53A 3AVMA 3AO1A 2O8CB 4GKJK 1NGIA 4FO0A 4DFJA 4CCHA 1S1UA 3M8RA 4KTZA 5BPNA 4CGIA 1QZ5A 3RTVA 1YUWA 1VQNN 1SQKA 2GBZA 3SV4A 3VERA 1NMDA 4YHHK 4KB1A 1JLCA 4CGGA 3OS0A 4RG8A 1O13A 1VQLN 2IIRA 3OVNA 1S9EA 3J7ZO 5CR4A 3OYAA 4LY7A 3HK2A 3Q7CA 5I9EB 4DQIA 4CF1A 3J80O 2O8BB 4W5TA 3SBGA 1C0GA 2A42A 4BR2A 4J2BA 1XUPO 3TWHA 4B3SK 4RW7A 2E88A 1GLEG 1Z25A 5AQYA 3KWGA 3VF4A 4WFAL 4H0YB 4EP5A 4CW7B 2QA4N 3HYFA 3CQXA 4M3WA 2QWLA 5FLXO 2Q3SA 1HPZA 4H0OA 4GKKK 3CF5L 2DY4A 1D9FA 1KFSA 3O9QA 3V81A 4LF7K 2B5JA 4BVPA 1SKWA 4DHYA 3OYKA 4WQ5C 1XMOK 2RF2A 3M8PA 4A62A 4DTJA 1KVCA 4DF4A 2HMIA 1NJYA 3U3GA 3EO3A 4KHYA 1Q81O 2V52B 3EKUA 5BPMA 3ULEA 4B9LA 3OYCA 2F8TA 2WFBA 3CFOA 4AILC 1X9JA 3AARA 3PSIA 3I0RA 2PY5A 3FE1A 2YI1A 3DOKA 1VSLA 3LANA 4JKGB 1OVQA 1YTAA 2P9LA 2QXFA 4BROA 4E7IA 1W0HA 2Q0RA 4GV3A 5DK5A 1Q7YO 3P4IA 4B9SA 5AZJB 1G99A 3BP8A 4YDUC 1RT6A 1ZC6A 3E01A 2O8FA 4ELUA 3KLHA 3PO5A 3VA0A 1D9DA 2E1ZA 4HWIA 3GOIA 1EXQA 4Q0BA 3B8AX 2ETJA 1WLJA 1BIUA 2UUAK 4FWLA 1TUYA 1HKCA 1OKJA 4IG0A 3ID8A 4F3OA 1EX4A 3VF6A 1LW0A 1LW2A 2FF3B 4DKWA 5KPRA 5LMUK 1NGCA 4IJNA 1YJNN 2V7YA 4DSFA 4WQ4A 5C2FA 4NLBA 1V4TA 1Z6RA 1U6ZA 3SJHA 4JI4K 1S1VA 4Z4FA 5AQFA 2OA8A 2YCHA 3CC7N 1HPMA 2A1SA 3THWB 4DQ8A 3ENOA 4DMNA 4E7KA 4B8CA 4EAHD 3K5OA 1DTTA 3E9LA 2E20A 4YORA 3MMVA 4W5RA 4IEEA 4LF5K 1C0UA 4EHTA 4PUOA 4NYFA 1BI4B 1FXXA 4J2DA 2Y1JA 3PIOL 2GWKA 2AA4A 1U45A 4KFBA 4I2PA 3C7NB 4JS4A 4FLVA 3VQQA 4FZXC 5FRNA 2D0OA 1W2BM 4NXNK 1L5UA 4QS8A 3MK6A 2UUCK 4YOXA 4CHZA 3AAPA 4BE0A 3LZJA 2P9KB 4ID5A 3L4QA 2B4JA 4AH9A 3AO5A 3I0SA 3ZEUA 2RE2A 1ZBHA 2ASOA 2P9SB 4F9OA 3HOSA 3K5NA 4QCLA 2Q31A 2P51A 3NGZA 4CJ4A 2YNHA 1ITGA 5EVZA 3OS2A 1VQ4N 4XIUA 2P9NA 4AHCA 4CK1A 4H0VB 4O8KA 3EYZA 4F3TA 4BRAA 1HKGA 4A61A 4CJUA 5AR0A 1GLCG 3L0QA 2HNZA 4ILGB 3P5JA 1ZYQA 4AQYK 3PX4A 2VGMA 1ZBIA 1CZAN 3QETA 1TYQA 5CHIA 4CECA 1RTHA 4PWDA 1N6QA 2P9UB 2XY5A 4EZ9A 1SKRA 2QWOA 4E1JA 3HZ6A 3KIOA 3VEZA 2FBVA 4BRFA 2EWSA 4DV2K 1KVBA 1A5VA 1IG8A 4BR9A 4DU4A 1UOCA 4DR7K 1ZBUA 2YHXA 5DMRA 1NU0A 3K5MA 2I5JA 3HPHA 2P5GA 1BUPA 4DR5K 2KQ2A 4E89A 3RMAA 2D4WA 4FSVA 4KRFA 3WQTA 4FJNA 3OYIA 4PKHA 5AQGA 1IG9A 3HTVA 3ATVA 3GBTA 5BREA 3EL2A 4DV3K 3DI6A 3LDLA 1A5XA 4M3TA 1QQOA 2IDOA 4DG1A 3NE6A 1NGGA 2DTUA 1Z26A 4CEQA 3A5NC 4CJVA 3OYEA 3V1RA 4PHTX 1NJIO 1IH7A 2XY6A 2KTQA 4DV4K 5GIOA 4G9ZA 2O8BA 1VQ7N 3KLEA 4RW6A 2NRVA 3QEPA 1QSYA 2P1JA 1T6CA 3MDQA 2B6AA 1NGAA 3NGYA 3MCPA 4B08A 4J8FA 1XHXA 3QFPA 3GDQA 1HX1A 1FKPA 3AVLA 4KHNA 3CCQN 4CJLA 3L3VA 1KSPA 4HUFA 4E7HA 4H5WA 1HNWK 5DM6L 3MN5A 4M42A 2NRTA 4CJTA 3ENBA 4CJ5A 4A5AA 4CHYA 5DM7L 5HOOA 2E8AA 3O3FA 1NK8A 1VQ8N 4KREA 1LCUA 3WUHA 4FWRA 3NF7A 4E19A 2ITGA 5HRPA 1JXEA 1HJOA 4Z4IA 4N56A 3QBWA 2IGIA 1NMNA 1HJRA 4HUEA 1TUUA 3J7YP 4NCBA 3CXCM 2E1YA 1LWEA 2OPSA 3T1HK 3CJ7A 4JNEA 4BDZA 1YXQA 3TANA 4IFVA 3T1AA 3EY1A 4KHPK 4I7FA 4BR7A 2D0AA 1HYVA 3F2KA 3LP2A 4U67L 4IEIA 4JI6K 3CHWA 3OS1A 4LSNA 5KRSA 4JAXA 4JKGA 4G1QA 3PSFA 1K8AO 1VK0A 3SK3A 4CJRA 4B3TK 4EP4A 3R8EA 4ISGA 4DS5A 3HBTA 3HI0A 1J54A 3OYNA 1JKHA 1VSFA 3M1FA 5AZJA 4DQPA 4IDHA 2NRZA 3M6GA 3MEDA 2JWKA 3TTDA 1VQ5N 1QVGM 4RTFD 3WXLA 1D8YA 3AVHA 3TR8A 1GOAA 5ADXA 1DEJA 2HHWA 4CHOA 4OLBA 2HHTA 3M3ZA 3NF8A 4DFPA 4IJAA 5HBMA 1RDBA 4DLEA 1RT5A 3ZSRA 4HUGA 2A1RA 4NLCA 3O4NA 3GG4A 3JAMO 4BE1A 2QW9A 4KO0A 4IXCA 4Y0WA 1HYSA 3ASMA 1BWFO 2HVIA 2OPRA 1RGIA 4PKGA 5BPLA 4FLTA 4JS5A 3TAGA 3QNNA 3THWA 3OYDA 5SWMA 3ALYA 3A2FA 4F2SA 2AJQA 5GAEP 1BI4A 1Y97A 1VSDA 3F9MA 3LDQA 3CJAA 1EKEA 1K73O 2HF3A 1KLNA 3C7NA 3V9UA 1T44A 3KWIA 3HP6A 4W5NA 1HMVA 3KVGA 3S3NA 1VQPN 3VEOA 1C1BA 3VQBA 3DXKB 4K8ZA 3LP0A 3SAGA 3SPZA 4YNQA 5C10A 1NGEA 4LH4A 3KK2A 4LH5A 3CCVN 2I7PA 5F0XA 3HOTA 3IG1A 1QVFM 3DJCA 2P9SA 4CJKA 3OYMA 1S3XA 4AF1A 1BIZA 4L3QA 3QINA 2IC3A 4I6MB 1TK8A 2HF4A 2NNWA 4ILHA 4NXMK 4KHUA 4HTUA 2CH5A 1NGFA 1RDUA 1NK9A 1FW6A 5J1EA 3TAMA 4O44A 4X64K 5AJ3K 3LWMA 2OYQA 5JLFA 4K42A 3K5LA 4CBXA 4DV5K 4LSLA 5AQRA 1RNHA 1LWFA 2EHGA 3VQCA 4CK2A 2HHVA 1RBSA 3S3OA 2NLXA 4JKAA 3VOVA 4JI3K 1JXBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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