2ZJRL

Refined native structure of the large ribosomal subunit (50s) from deinococcus radiodurans
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational regulation via L11: molecular switches on the ribosome turned on and off by thiostrepton and micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribosomal 23S RNA
molecule tags Ribosome
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2zjrL01
1N8RO 3G4SN 5MLCQ 3CCUN 1NJIO 2OTJN 3CD6N 3G6EN 2ZJQL 5DM6L 3CC2N 5JVGL 3CPWM 3CCVN 3CF5L 1VQ5N 5GAHP 5GAGP 1VQ8N 5JVHL 1W2BM 1JJ2M 1K9MO 4WFNL 1Q81O 1VQNN 3CMEN 1KQSM 3CCJN 3PIOL 3I55N 1VQON 1YJWN 1VQ4N 1VQKN 1VQPN 4WCEL 3CCQN 1Q82O 4WFAL 3CCEN 1OVYA 3I56N 2QA4N 1YI2N 1YITN 3CC4N 1YJ9N 3DLLL 1M1KO 1VQ7N 1KD1O 2ZJRL 3CCLN 5GAEP 1QVFM 1S72N 2QEXN 1Q7YO 3CXCM 1VQ9N 3CC7N 1QVGM 4IOCL 3G71N 2ZJPL 1YJNN 1K8AO 5DM7L 4IOAL 3CCMN 1VQ6N 4IO9L 5H1SQ 3CCRN 5GADP 4WFBL 4UY8O 1VQMN 3J7ZO 2OTLN 1YIJN 1M90O 1ILYA 3OW2M 3PIPL 1K73O 4U67L 3CCSN 3CMAN 1YHQN 5HL7L 1KC8O 1VQLN 4WF9L 1Q86O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VEXA 3E9LA 1NGBA 3MAQA 3CCUN 1VHXA 1B9FA 4M3RA 4BROA 4JKGA 4FCYA 4DSFA 2O8CB 3PSFA 3MN9A 5ELZA 1RT3A 1JL2A 1VQ8N 5KTQA 1U47A 2I5JA 1NOYA 4GW6A 4A57A 2QTDA 4BVOA 3NMUA 3L6QA 4N41A 2GUIA 4O5FA 4CEQA 1SQKA 4DV1K 3SUPA 4M3UA 5AZJB 4CE9A 3KKRA 3I55N 4FWOA 1YXQA 2UXDK 3G25A 1TUYA 3KVGA 2VCPA 1VQKN 4YOTA 3BUZB 2WOMA 4ILHA 2PYJA 1Q82O 3O8MA 4JHDA 3FFIA 2GUPA 2P5GA 3HK2A 3RSEB 4YOYA 5CYQA 2A1SA 4CGIA 5AQXA 1IBKK 3EN9A 3K57A 1S1TA 2HHWA 2DFHA 1KLNA 3R3LA 4GNIA 2UXCK 4Z4EA 1WN7A 3CPEA 4JAXA 3VETA 2DFEA 4HCBA 2GEMA 4JKDA 3DLEA 4QOZB 5J2NA 3M1FA 1K8AO 5AQGA 5DM7L 4DTPA 2UU9K 3O1WA 3VQ5A 3QICA 2NRXA 4BR2A 1RDBA 3DRSA 4JI2K 3AVBA 1NJYA 1Z26A 2E2QA 4ILGB 4DR5K 2QKKA 5C2FA 1GLFO 4Z4HA 4ISFA 3R6MA 1BI4B 3TTCA 4FLZA 1K6YA 5FROA 3EO3A 3H1QA 4FWRA 4H03B 4Z94A 3KK3A 2O8DB 1YVUA 4KHSA 3QNNA 4BR0A 3QNOA 3L4IA 4CF1A 2ZF5O 4BRKA 5JICA 2IVNA 3HPGA 1VSFA 2P1JA 4OLBA 4EAHD 4M3WA 4DQ8A 5GAHP 4I9LA 1HR0K 1VAZA 1N5YA 4FPAA 2IVOA 4FK4A 1N32K 5LMUK 1JLQA 2V51B 1BISA 4CEFA 3CMEN 4EIAA 1QZ5A 1NK4A 5C24A 2I7NA 3OS1A 3QBXA 4CFBA 3SBTA 4FW1A 1CXQA 1Y64A 3VERA 1C0FA 2RPIA 4CEBA 2Z1IA 3RR7A 1GOAA 3JXUA 4PWDA 3ZSQA 2HBMA 4KRFA 3MEGA 3HOTA 3AO4A 2F9WA 1OH7A 4JK8A 1DTQA 4H5WA 3Q7BA 4DG1A 1EWQA 4LF8K 4DLGA 1U49A 3I33A 2P9KA 3M3ZA 5CZ2A 3CI5A 4CJ3A 4C8MA 2P9SB 3OBYA 3KLFA 5EX5A 2GBZA 3G0ZA 1SKWA 1L3UA 4H0PA 4FK2A 3D2EB 2D4WA 3HYFA 2FF3B 4KH4A 4C1NI 2O8BB 3G10A 4B1WB 2HBLA 3MCAB 1ITGA 3N4PA 2Q3SA 1TVRA 2QWLA 4CI6A 5AQVA 3LZIA 1TAUA 1DLOA 4E3SA 4KPYA 2HB5A 3L0QA 1EQYA 1H1VA 1FXXA 4DF8A 1EETA 4J2BA 4JKGB 3K5OA 4YNQA 2FBVA 5JLFA 1C0MA 4DUZK 5JS1A 4M3XA 4GV6A 3AVLA 4ISEA 4HWIA 3BF3A 4BDYA 1K73O 4U67L 2P9UA 1I94K 3CCSN 2W42A 4FXDA 1T7PA 1CZAN 4CESA 1O13A 4DV0K 1IG9A 4CZMA 3ASMA 1SKRA 4KAZA 4OPHA 4H0TB 3FLCO 1TUUA 4FM2A 5MLCQ 4IXCA 1NJIO 2G8FA 3V1RA 1BDGA 2CGJA 1I3AA 5EVZA 3C95A 3VF4A 5AQTA 4FJ9A 1P8ZA 4CJSA 4Z4CA 2RKIA 2UYTA 3QEXA 4CEOA 4CJEA 2G8UA 3QMLA 1JJ2M 3F73A 1LW2A 4GVEA 4AILC 3QIOA 3U9ZA 3P39A 4FLYA 4KB1A 3KZBA 4CF2A 1LAWA 1QQCA 4BRDA 4CJFA 1VQNN 2BH1A 3MX5A 2Q97A 3J7AP 3SUOA 3O5BA 4CJ4A 4CJUA 3S3MA 4OKKA 2LSNA 3V6DA 4B08A 3BEXA 4H5TA 4GKKK 3ZSWA 4DFJA 3FE1A 1TAQA 3TI0A 3OYFA 3TAQA 1VQ4N 2Y1IA 4B9MA 4B3OA 4HVJA 5J2MA 3WNFA 4BC2A 1WSFA 1DTTA 3CCEN 2W41A 1HNIA 2XY7A 3NF6A 3OBWA 2PAVA 2EWSA 2ASPA 4H0OA 5JS2A 4N76A 3SK3A 3HPHA 5DK5A 2QI2A 3V1QA 3A5NC 1X9JA 4C8LA 1T3VA 3U4LA 5BN8A 2QKBA 5HLFA 3ZLJA 2CH5A 3RVCA 1OH8A 4M63C 2HW3A 1SUQA 4DKWA 3K9KA 4CD1A 3IFRA 1NKEA 4FZZA 4B3RK 1YJNN 2E1ZA 1KVAA 2IIRA 1N6QA 4FZXC 4ELVA 3PX0A 4CGFA 4CFAA 1XMQK 1XHZA 3VENA 3RMCA 4DR3K 4C8NA 1KAYA 2AA4A 4RW6A 3V9SA 1SV5A 2D0AA 4NLCA 3SLCA 4OLAA 3LDOA 4CHYA 1UAXA 1RT4A 3SI6A 4B9TA 5DMRA 4FZYA 1E4FT 3O9UA 3OYNA 4LSNA 3I8DA 2ZJQL 4OJRA 2YHYA 3F9MA 1Q9XA 3U9DA 1VQ5N 5KQDA 1HKBA 3C0BA 5HRPA 1RT7A 3DOKA 4UQGA 2OYQA 1VSMA 3A5LC 2KW4A 3CFPA 1VQON 3O4NA 2YNGA 4RW8A 4DSJA 3CJAA 4X66K 1ATSA 4KTWA 4DV4K 3AO1A 2ITGA 2NZTA 3Q7CA 1QHTA 2WUSA 2FSKA 3ZSYA 4CHQA 3B6OA 2HHHK 3JAMO 1WSJA 4JD2A 3H08A 4IKFA 4LF5K 4GVMA 4JKFA 1KAXA 2E5LK 2CGKA 2NRTA 2D0PA 1NLVA 2E88A 3OYEA 3DLBA 3WQTA 2WC9A 4A2AA 4M3ZA 1S72N 4Y1DA 3K5MA 3ZCMA 5CYMA 3AVKA 3HOSA 1HJRA 3L2QA 2FC0A 3MCPA 1RTIA 2PY5A 5FPMA 3J8AA 1G15A 3LDLA 4CGJA 3KK7A 4CZGA 1Z6RA 4ZHRA 4AF1A 3HJFA 2X78A 3I8BA 1S1XA 3KTQA 2OZSA 4KTQA 4JS5A 4B1XB 3L2RA 2AJQA 4CF9A 3AGRA 5KRSA 2JWKA 3ENOA 4G1QA 5HRNA 3VQDA 3IS9A 3L3VA 2XY8A 5K14A 3T19A 1T03A 3VN5A 4LF4K 1D5AA 1I39A 4B3SK 1LCUA 4GMJB 3O3HA 5LMNK 5HL7L 3CJ9A 1TKDA 4O55A 3TR8A 3VTIA 3TABA 2IC3A 3WEEA 4MFBA 4FLXA 3ZX3A 4JI7K 3H46O 4DV6K 3CD6N 4DWIA 3CC2N 2GWKA 2VGMA 1IKWA 5JVGL 5HRSA 3P31A 5AQJA 2YJFA 2AP1A 1EP4A 2BTFA 4DU4A 3VGKA 1LV5A 1LWFA 3AO3A 1TK0A 4LFAK 4XH1A 4BREA 2YHAA 3DI6A 1KFSA 1RT2A 3AAPA 4KHUA 2B6AA 4DMNA 4CEDA 3RMBA 2ZWHA 2VGNA 3HXMA 2Z1JA 3C7NA 3OJUA 1QQNA 1HNXK 4WCEL 1NGJA 2QWOA 3CM6A 3CCQN 3J80O 3TAGA 4F4KA 2P9LB 5CR4A 2A42A 1GLDG 1EKEA 3H3NO 3I56N 1S9EA 3MN7A 2YHWA 3SZ2A 2R7YA 2O8DA 5A2QO 3VA0A 3VGLA 1N36K 3SYZA 4CJWA 2G8IA 4DR4K 4W5QA 2ZJRL 1EO1A 2KHOA 4LH4A 3M8PA 4EHUA 1Q7YO 4FJJA 3NFAA 1NU0A 2OA8A 4JI4K 3AV9A 4MQ3A 1VRUA 4PKHA 1ESVA 1GOCA 4CBXA 1S22A 1YUWA 5CHIA 1WB9A 4MLEA 3KWIA 1DT9A 4K42A 3UB5A 4B9VA 2D0OA 4GV3A 4DSLA 1TL1A 5F2RA 1VQ6N 3HT3A 3AA3A 4DB3A 4HTLA 3BZKA 5GADP 4F2SA 3DLHA 5EU7A 1WSHA 5J2QA 2FSJA 4JEPA 3HO1A 1RBTA 1M90O 3VPZA 1SL1A 4BG9A 1BUPA 2VWJA 3TU5A 1IG8A 4LFBK 3MXJA 4H8KA 2DY4A 1RTJA 3V9ZA 3GBTA 4RTFD 3WNHA 4FJ7A 5C25A 5AQZA 2WTUA 5B8HA 4GY2B 2O4IA 4BRQA 4JS4A 4I9QA 2KTQA 4W5RA 3VQ7A 3CJ7A 4E7KA 4FVMA 4YY3K 3I0RA 4L8RB 2NUBA 4B9SA 2RN2A 4JD2B 3UKRB 3CJCA 5AFUH 3WXJA 5AQIA 4N47A 4DHYA 3BGRA 3OHRA 4FL9A 2HMIA 1U48A 3B8AX 4RW7A 5C2DA 1BOTO 2VG5A 4DTOA 3SMPA 1U04A 4XH5A 3KD5E 1NK8A 2IOCA 4JI0K 2FBTA 3O6WA 2UXBK 3FZHA 2FBXA 5J1EA 3SUQA 5KPRA 1YVNA 3MWTA 1RTHA 2KZMA 2YHXA 4I7FA 1BWFO 4FJNA 2QM1A 1HUXA 5AR0A 4Y0WA 1X3MA 3AO2A 4I2PA 2XY5A 1C0TA 3LWLA 3B6PA 1U4BA 4BGAA 4YOWA 3F5TA 5EXWA 3AGKA 3SPYA 2Q0UA 3EZ5A 1OKJA 1JCFA 1W0HA 4BDZA 4JKHA 4R79A 2ZJPL 3THVA 3WEEB 1A5XA 1BU6O 1NGAA 2QWPA 3TANA 4DSIA 1V4TA 5GIOA 1IV0A 3IG1A 4CD3A 3PV8A 1W97L 1HKGA 5FLXO 4B3MK 3OYJA 3ZX2A 4A62A 3OYIA 3O3GA 4CHNA 4FWQA 3LDSA 3NVKA 2OTLN 4O8KA 3OW2M 3HVTA 1C1AA 1ZBLA 2HHXA 3FZMA 2Z1GA 1YHQN 3WXKA 2PYLA 4WF9L 5BPNA 3DLGA 2ASOA 3HL8A 3IDHA 1S6QA 1N8RO 1ASWA 5C12A 2GX9A 3DRPA 2G8VA 4PA1A 3G6EN 3THWA 3C7NB 1J53A 3HP6A 4CW7B 4H4OA 4CZFA 5GAGP 4BR5A 2ZGYA 4N5SA 1CZ9A 3W0LA 1YT3A 4MLHA 3VEVA 4BRGA 1UA0A 4WQ5C 4IWVA 2QWMA 3QFPA 4NLBA 4BWMA 1ATRA 1RNHA 3DLRA 4DQSA 1NWKA 2O4GA 4E1JA 3SQ0A 3PIOL 2QWNA 4H5VA 1SAZA 4A5BA 4AHUA 5HOOA 3PO4A 1MDUB 2YCHA 3HTVA 4H0XB 3ITHA 2KKZA 2HHTA 4BG8A 3A0IX 2Q31A 3SQ2A 1BCMA 3BZCA 4WYBA 1ASVA 1HPZA 4DV2K 3OYBA 4DFKA 3C6AA 3GDQA 2NRHA 1XNQK 4QS7A 1YI2N 3OYLA 1VRTA 3HZ6A 4OVLA 1YJ9N 1F21A 4ISGA 3V9UA 3CYMA 2V7YA 3CCLN 3RTVA 1KXPA 3ULDA 1EX4A 4AH9A 3SUNA 1IJJA 4FVUA 2G8WA 2YX6A 4BRLA 4M3TA 2QXLA 3A2FA 4DQIA 3QEPA 4IOAL 3VQAA 4AHVA 3CCMN 5LL6Z 1E3MA 2YHBA 5H1SQ 1XC3A 3LDNA 4CZIA 4E7JA 2GWJA 2QK9A 4CZEA 3MWPA 3P4IA 3K59A 1GLJO 4OGCA 5M1QA 2YNFA 2WONA 4IO8A 4FLVA 4QS8A 1L5UA 1J54A 1SZ2A 3NAEA 2NRWA 1NJXA 1FKPA 1O1WA 2OCEA 2HF3A 4DTRA 3QEWA 1QZ6A 4CEEA 3KLHA 4JK7A 4FSVA 3VEYA 4E89A 2E2NA 4FK0A 4PL7A 3DOLA 1SL0A 3HP9A 1XC9A 2NLXA 4BC3A 5E26A 3DJCA 3LDPA 3KK2A 4NB4A 3R8EA 3SCXA 4DR1K 4J8FA 1IO2A 3NH2A 2UUAK 3L2UA 5JVHL 1W2BM 4CFCA 2HHQA 1QSLA 1UOCA 3ZSXA 4DSEA 3RRHA 1KQSM 2E2OA 4JN4A 3CCJN 1WNSA 3SQ1A 1GLAG 1IKYA 1ZBIA 1IKVA 4K25A 3MN5A 4NYNA 2E1YA 1A5WA 1JLEA 3JS6A 1IBLK 4K41A 3D0PA 4HHTA 4CJPA 3CQXA 5AQWA 3O08A 3ENHA 3CJ1A 3L2WA 1XUPO 1HRHA 1QTMA 3ZT0A 3SBGA 3ZX0A 2P9IA 2A41A 3C65A 4I6MA 4WQ4C 4B9LA 3KJVA 3J81O 4DTMA 3TARA 2FLOA 1DGKN 3UKUA 4F3TA 1NJWA 3LZJA 4M3YA 3D7EO 3OS2A 1VQ7N 3MDQA 1KD1O 3EKSA 4DR6K 5GAEP 3K2PA 1GLLO 5ADXH 3LPUA 4B8CA 4JKBA 5M1FA 4E19A 2BANA 5LJVA 4CFDA 4IOCL 2F7TA 4RCHA 5KGWA 3C6HA 3K5NA 3M5RA 4CJQA 1KRPA 2RE2A 5JLHA 2NRZA 5CY4A 1OH5A 4ID1A 2JLEA 3THWB 2WFBA 1BG3A 5KQ8A 2E20A 4CCHA 2ZM6K 3P38A 1YIJN 4CIGA 4JRPA 2E2PA 1D4XA 1IKXA 2PBDA 3PIPL 3MEDA 4DQPA 2F9TA 2ATQA 4U7BA 4KHYA 4BDPA 3NGIA 5FPNA 1KLMA 3PY8A 4EFHA 4HUFA 2P9LA 3V9XA 4FJHA 3AVHA 4PL8A 3WXMB 4KO0A 1XNRK 3HM9A 4ICLA 1WBBA 3TTFA 2D5RA 2E6LA 4LF7K 4FWLA 3N4QA 4JLHA 1GLBG 2IGIA 4GKJK 1XMOK 4DR7K 3VF2A 3SJJA 1S3XA 5FDLA 1FKOA 3AVNA 4X64K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1N8R O;  3G4S N;  5MLC Q;  3CCU N;  1NJI O;  2OTJ N;  3CD6 N;  3G6E N;  2ZJQ L;  5DM6 L;  3CC2 N;  5JVG L;  3CPW M;  3CCV N;  3CF5 L;  1VQ5 N;  5GAH P;  5GAG P;  1VQ8 N;  5JVH L;  1W2B M;  1JJ2 M;  1K9M O;  4WFN L;  1Q81 O;  1VQN N;  3CME N;  1KQS M;  3CCJ N;  3PIO L;  3I55 N;  1VQO N;  1YJW N;  1VQ4 N;  1VQK N;  1VQP N;  4WCE L;  3CCQ N;  1Q82 O;  4WFA L;  3CCE N;  1OVY A;  3I56 N;  2QA4 N;  1YI2 N;  1YIT N;  3CC4 N;  1YJ9 N;  3DLL L;  1M1K O;  1VQ7 N;  1KD1 O;  2ZJR L;  3CCL N;  5GAE P;  1QVF M;  1S72 N;  2QEX N;  1Q7Y O;  3CXC M;  1VQ9 N;  3CC7 N;  1QVG M;  4IOC L;  3G71 N;  2ZJP L;  1YJN N;  1K8A O;  5DM7 L;  4IOA L;  3CCM N;  1VQ6 N;  4IO9 L;  5H1S Q;  3CCR N;  5GAD P;  4WFB L;  4UY8 O;  1VQM N;  3J7Z O;  2OTL N;  1YIJ N;  1M90 O;  1ILY A;  3OW2 M;  3PIP L;  1K73 O;  4U67 L;  3CCS N;  3CMA N;  1YHQ N;  5HL7 L;  1KC8 O;  1VQL N;  4WF9 L;  1Q86 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VEX A;  3E9L A;  1NGB A;  3MAQ A;  3CCU N;  1VHX A;  1B9F A;  4M3R A;  4BRO A;  4JKG A;  4FCY A;  4DSF A;  2O8C B;  3PSF A;  3MN9 A;  5ELZ A;  1RT3 A;  1JL2 A;  1VQ8 N;  5KTQ A;  1U47 A;  2I5J A;  1NOY A;  4GW6 A;  4A57 A;  2QTD A;  4BVO A;  3NMU A;  3L6Q A;  4N41 A;  2GUI A;  4O5F A;  4CEQ A;  1SQK A;  4DV1 K;  3SUP A;  4M3U A;  5AZJ B;  4CE9 A;  3KKR A;  3I55 N;  4FWO A;  1YXQ A;  2UXD K;  3G25 A;  1TUY A;  3KVG A;  2VCP A;  1VQK N;  4YOT A;  3BUZ B;  2WOM A;  4ILH A;  2PYJ A;  1Q82 O;  3O8M A;  4JHD A;  3FFI A;  2GUP A;  2P5G A;  3HK2 A;  3RSE B;  4YOY A;  5CYQ A;  2A1S A;  4CGI A;  5AQX A;  1IBK K;  3EN9 A;  3K57 A;  1S1T A;  2HHW A;  2DFH A;  1KLN A;  3R3L A;  4GNI A;  2UXC K;  4Z4E A;  1WN7 A;  3CPE A;  4JAX A;  3VET A;  2DFE A;  4HCB A;  2GEM A;  4JKD A;  3DLE A;  4QOZ B;  5J2N A;  3M1F A;  1K8A O;  5AQG A;  5DM7 L;  4DTP A;  2UU9 K;  3O1W A;  3VQ5 A;  3QIC A;  2NRX A;  4BR2 A;  1RDB A;  3DRS A;  4JI2 K;  3AVB A;  1NJY A;  1Z26 A;  2E2Q A;  4ILG B;  4DR5 K;  2QKK A;  5C2F A;  1GLF O; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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