2ZQ3A

The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.6 angstroms resolution
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The crystal structure of the orthorhombic form of hen egg white lysozyme at 1.5 angstroms resolution
rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zq3A00
5HNLA 1LMQA 1IOQA 5C6IA 4NG8A 3CSQA 1HENA 2BQDA 5LVHA 1A4VA 1DQJC 4LT0A 1INUA 1LHKA 3CQLA 2BQMA 5EBHA 4NGZA 4CJ2A 1YILA 3D3DA 4ETEA 5C6JA 4E3UA 1QQYA 1TDYA 3A92A 1LJNA 3LHMA 4NGVA 4OWHA 2H9KA 1ZMYL 2ZYPA 2BQLA 1IP7A 1JSFA 4HTKA 4TTDA 1TEWA 2LYZA 5I4XA 1YAMA 2BQCA 4NSGA 2MEIA 3TXFA 1OUAA 4DD9A 1GF5A 3TXEA 1V7TA 1HHLA 5KXOA 1IOCA 1GF3A 4LT2A 2BQHA 1HNLA 1GB7A 3IJUA 1IWXA 3TMWA 4DD1A 1HEQA 5LA8A 1GPQC 1KXXA 5DN4A 4BADA 4ETAA 1D0LA 1LMAA 3BKHA 2D6BA 4OW1A 4XJBA 1XGQC 1FLYA 4YM8A 1H6MA 2W1YA 4RDSA 4XJHA 3WW6A 4ET8A 2F4GA 4G9SA 4OWBA 4NFVA 4J1BA 1LZ9A 1IP4A 5KJ9A 4NSJA 3WUAA 1IP3A 5B1FA 4HPEA 1GWDA 4WM5A 4WOAA 2W1LA 4Z3MA 1GFKA 4NHPA 1OP9B 4NEBA 4TWSA 1GE2A 1LZYA 3B0KA 2A7DA 2ZYCA 5E4PA 1SQ2L 5T3FA 4EOFA 1MELL 4UWNA 3LYTA 1LZ1A 1JSEA 1GFUA 1C7PA 2DQDY 2H5ZA 3A34A 3IWRA 193LA 4J7VA 2DQGY 2YVBA 5LIOA 1LZ4A 4LFXA 4XADA 2LZTA 1B7RA 3W6AA 1IC4Y 1IY3A 4O34A 5DL9A 4PHIA 1FKQA 3E3DA 3FE0A 4DT3A 4NGKA 1NBZC 1FDLY 5FSTA 1LSBA 5LA5A 2ZQ3A 4BAPA 1LJ3A 1H87A 1LSEA 2EPEA 1VATA 4AXTA 2YBNA 2F30A 3B6LA 5I4YA 2FYCA 5LYTA 4WM4A 1LZCA 1XEKA 1BB6A 5KXTA 4B4IA 1GE1A 2Z38A 3P4ZA 4NG1A 1GDXA 1BWHA 4NGOA 1GE0A 3TXDA 5HNCA 1HERA 2HTXA 1LHLA 1LAAA 3HBHA 1LZSA 3AGIA 3RT5X 4CFOA 1I56A 4HV1A 1KXYA 4H9HA 4ZFPA 3VWOA 5KXWA 1GF6A 3KAMA 1W6ZA 4CHXA 3W6DA 1LZ5A 1LJ4A 1NDMC 4NHQA 4H9BA 1B5UA 1IC7Y 5KXKA 5FDJA 3J6KA 1LPIA 1LJGA 1AKIA 4XENA 5D5FA 1HEWA 3WXUA 4GCCA 1IP2A 3P65A 4ETBA 1EQEA 4H9EA 4QY9A 3WU9A 5B59A 1IWTA 1CKDA 4X3BA 3A6BY 4OWCA 4DD7A 3CB7A 3P66A 2ZNXY 3RW8A 4TSCA 3T6UA 3AJNA 1IEEA 4NSHA 5DN5A 4PRQA 1IY4A 1RCMA 1KXWA 4G4HA 2W1XA 4LYMA 5B05A 4TX7A 4N9RA 3WU7A 4DDCA 1GFEA 4B49A 3ZVQA 1LJHA 3AW7A 4DC4A 2CJLA 4MSTA 1C08C 3WVXA 2DQJY 1VAUA 5APFA 1AM7A 1XGTC 3A95A 207LA 1LZ8A 194LA 5HMVA 5F9UA 4G4BA 4KPMA 4IASA 5F9XA 3GXKA 1GB5A 2D4IA 4HJZA 1LZBA 3G3BB 1B7QA 4HTNA 4XJGA 4DYGA 1OUCA 2G4PA 1OQMA 2W1MA 4IJ4A 1RJCB 5ILFA 2BPUA 1IWUA 1CNSA 1GXXA 5L3HA 1B7SA 2BQOA 3OJPA 4LT1A 4PGJB 5A3ZA 2LHMA 2YBHA 2Z39A 4LGKA 3TXBA 1GAZA 1LMTA 5LAGA 2BAAA 1XEIA 2MEAA 1IWVA 3TXIA 4W96A 1QSAA 3WH1A 4DWXA 1GBWA 1SLYA 3CT5A 3AGGG 2RSCA 3N9CA 2G4QA 3B0IA 4ANRA 4H90A 1LSCA 1KIRC 3EO5A 2BLYA 1GFVA 4H93A 1HELA 5E9RA 5LVIA 1B5VA 1F10A 1B7PA 2YBIA 3LZTA 1WQMA 3EBAB 4H8XA 4NGJA 4QDNA 4WM2A 5F16A 5KXZA 5LVKA 1IO5A 1B7LA 1HF4A 2LYMA 3WXTA 1BVKC 3P64A 1GB2A 3GXRA 3W6BA 4HV2A 3WUMA 1OUBA 1EL1A 1JJ0A 4LYCA 4B0DA 5M1YA 1WTMA 3LYZA 4J0LA 2XTHA 2YBJA 1B5ZA 1JTTL 2Z18A 1EQ5A 1JJ1A 2FBBA 4N8ZA 5LINA 1O23A 1GFAA 1YKXX 2DQEY 2EKSC 3ZVQB 1IX0A 1LZEA 2AUBA 4YOPA 1GEZA 3A94A 1G7LC 1GBYA 3B72A 1W08A 3MGWA 4UWVA 5F81A 4ET9A 3LYOA 1D9UA 1OUIA 1LZDA 2ZILA 5KXMA 1LJFA 3WMKA 4U3XB 1QUSA 5L9JA 2HEBA 4PPOA 1WVVA 1DI3A 4N1CC 3CSRA 1QIOA 1YAQA 1UIHA 2WARA 2I6ZA 4H92A 4LYZA 1HC0A 1OUGA 2LZ2A 3WU8A 2ZIJA 3HBEX 2HEDA 1QSWA 3K3TA 133LA 1WQNA 1OUEA 5FELA 1UA6Y 4B4JA 4NGYA 5F14A 3A3QA 5ILCA 1BHZA 1GFGA 2ZQ4A 6LYTA 1GFTA 3TXHA 2Z19A 4H9AA 1PS5A 4NSIA 2Q0MX 1HMKA 1XGPC 3F6ZA 1B9OA 1JHLA 1LZ6A 1WQPA 2MEDA 5FHWA 4BAFA 2IHLA 1IOSA 5K7OA 3LN2A 3AZ5A 1T3PA 1LJKA 4HSFA 4HJVA 5KXNA 1FN5A 1RE2A 3AYQA 4XJFA 132LA 4BS7A 5LYMA 1GF4A 4H8YA 2D91A 3P68A 1TAYA 1LSGA 1GF9A 1UIDA 5HMJA 3WVYA 3WW5A 1YL0X 4N1EI 1BB7A 1LJJA 1C10A 2YBLA 4H91A 1QDRA 1OUJA 1XEJA 1QDTA 2I25L 1IC5Y 1LTMA 1FKVA 1LZTA 1BVXA 1FLQA 1ZVYB 2DQIY 2HECA 4LT3A 4LYTA 4OWEA 4II8A 1LSYA 1YKZX 1NKHA 3A67Y 3HFMY 1CJ6A 2DBTA 1GF8A 1QTEA 1LZRA 4MR1A 3TMXA 1UIGA 4CFPA 1D0MA 153LA 2ZNWY 4Z41A 3ULRA 8LYZA 1UIBA 5HQ1A 4WO6A 1LKSA 5FEKA 1G7MC 1CJ9A 1WQRA 1B5WA 2C8PA 2DQHY 4M6DA 1D0KA 4WMGA 1QUTA 1WTNA 2HEAA 4NWHA 1LMNA 1VDQA 4PRUA 4YEOA 4OOOA 3G3AB 1NDGC 3ATOA 3W6FA 2BQIA 3W6CA 1GHLA 2NWDX 4H1PA 1JIYA 1VEDA 3A93A 3J4GA 4RLMA 4WM3A 5LVGA 4KL7A 4GLVA 2Z37A 4W94A 1B7NA 1G7JC 1IWWA 2BQFA 4OOTA 1Z55A 4Z98A 3D9AC 3W6EA 3WPLA 5FCPA 1IP5A 2DQFC 1JTOL 3EMSA 2HEEA 5LYZA 1GBXA 2EIZC 4WLDA 5APDA 1NQIA 3W3EA 1NHEA 1UC0A 4XJIA 4ETDA 1UICA 4GCBA 1LYOA 5I4WA 4I8SA 1DKKA 1BGIA 1A2YC 3AGHA 4GLAA 1AT5A 1G7HC 1LYZA 1GBOA 2Y8PA 1LSPA 1F6RA 3RU5A 4TSBA 4L41A 1LYYA 5KXSA 1BB4A 1BWIA 1LHIA 1LJEA 1LMCA 2ZIKA 3N9EA 5KXRA 4D9ZA 1JITA 4DDAA 1HEPA 2F4AA 3CT1A 4R6CA 1RI8B 3TXKA 4I0CA 1LMOA 1HEMA 2FYDA 5APCA 1IR7A 4RW2A 1GFJA 1DI5A 5J7CA 3WL2A 4LYBA 6LYZA 1TBYA 4FDYA 4HP0A 4ML7A 1WVUA 4A7DA 4Z46A 1RFPA 3A3RX 3LYMA 5AMYA 1HFYA 1REMA 1REYA 1PZYA 1BB3A 2MEEA 2MEHA 4XN6A 1GFRA 5IHGA 1DXJA 2HUBA 2XJWA 4ZIXA 3FI7A 4RLNA 4NHTA 2PC2A 3A6CY 2BQAA 3LZ2A 1LSZA 3ATNA 5LVJA 1YL1X 1REXA 1V7SA 1XFPL 1VDSA 4GCFA 2IFFY 5II3A 1LSMA 4XJDA 1C45A 1GF7A 2BQGA 2BQKA 1BWJA 3A90A 3WULA 4LYOA 4GCDA 2D4KA 5LAFA 1LKRA 1FBIX 1LMPA 4B1AA 2MEFA 1LYSA 2F2NA 4XYYA 1YAOA 3TMUA 1UACY 1IP6A 1KIQC 3AW6A 4WM6A 3WUNA 1XGUC 1BB5A 2YSSC 2EQLA 4QGZA 1IR9A 5LXWA 2ZWBA 1B5YA 4ZEEA 4WLTA 4OWAA 2D4JA 154LA 9LYZA 5D5CA 1I1ZA 4DDBA 5APEA 1B7MA 2BLXA 135LA 1GB3A 3TXJA 1OUHA 2N5ZA 2BQJA 4LFPA 1GAYA 1LHJA 4H9CA 1BQLY 4J1AA 4IATA 4YENA 4YF2A 4H9FA 3AZ4A 1VDTA 1ZVHL 3AZ7A 1C46A 3CT0A 1JISA 4KXIA 1NF5A 3A91A 4H8ZA 4WLXA 3M3UA 1LSFA 4C3WA 3BKVA 4H9IA 1HFXA 4HTQA 1J1PY 1UIAA 1YKYX 1IORA 3QY4A 1HSWA 4RW1A 4H94A 4WG1A 4UWUA 1HFZA 1NWGA 2Z12A 5B1GA 3QNGA 1UBZA 4M4OA 5KY1A 2DQCY 1DKJA 1JUGA 4LZTA 5I54A 1JWRA 1C43A 1GFHA 4NWEA 4GCEA 1F6SA 1GB8A 1LSDA 1DPXA 1G7IC 1JKBA 1B5XA 1JKDA 5KKIA 1B2KA 4G4CA 4ETCA 1LSAA 5KKJA 5HLLA 2I26L 4G49A 1LHHA 1ZV5L 4WO9A 1LSNA 1GXV2 1P2CC 1EQ4A 1ALCA 4DD2A 1AZFA 1TCYA 4HPIA 2X0AA 4DD0A 5A3EA 2HU1A 1IR8A 4C5FA 1F0WA 2YDGA 1NBYC 1UIEA 5DM9A 1CJ8A 1LZAA 1JEFA 1JTPL 5L3IA 3RZ4A 2MECA 3A8ZA 4NIJA 2LYOA 1DPWA 1MLCE 1LCNA 2XBSA 4R0FA 1VDPA 1REZA 1JKCA 1OUDA 1GD6A 2CDSA 134LA 3QE8A 1B0DA 4NHIA 1UUZC 1LZNA 1GEVA 4PJ2C 4WL6A 3T36A 4DD3A 2DKVA 3RNXA 1GE3A 2CWIA 3HBDA 4B4EA 5KXXA 1CJ7A 1FLUA 1E8LA 2CGIA 5KXPA 4EMNA 4CGEA 1WQQA 1FLWA 1IWZA 1DI4A 1JJ3A 2B5ZA 2H9JA 5I53A 5KXLA 2XBRA 1D6PA 1HEOA 4KT3A 2C8OA 3ZEKA 5JENB 1CKFA 1LJIA 1OUFA 1YAPA 208LA 1D6QA 5I5QA 3TXGA 4QEQA 4NGIA 1AT6A 1B7OA 1J1OY 1YIKA 1UCOA 4N0JA 2BQBA 4NGLA 1LZGA 2VB1A 4P2EA 1J1XY 2DQAA 1N4FA 4WLYA 4GN3A 1IP1A 2Z2FA 4HJYA 1GF0A 1T6VL 1GDWA 1XSFA 2BQEA 1GB6A 1IVMA 1JKAA 1IOTA 1DZBX 1IIZA 3WPKA 4WL7A 2GV0A 2Z2EA 3M18B 4NY5A 1CKCA 1UIFA 4TUNA 7LYZA 1CKHA 3B0OA 4WM1A 2FBDA 4WG7A 5B06A 1GB0A 1HSXA 4FJRA 3WYHA 2A7FA 1GB9A 1VFBC 2HU3A 1IWYA 1LHMA 2YBMA 3EXDA 3CSZA 1YQVY 4GN4A 5IELA 3IJVA 4YEMA 5B07A 3SP3A 1XGRC 3AZ6A 4GN5C 5IDDA 1KIPC 1YANA 4AGAA 1YROA 1QTKA 2G4NA 1LOZA 2MEGA 2MEBA 1CKGA 2BQNA 3OK0A 4NGWA 5DLAA 5KXYA 3AB6A 3N9AA 4N5RA 3TMVA 1GBSA 2HEFA 1JPOA 1WQOA 4NHSA 1HMLA 1I20A 1NMMA 4MCKA 3WPJA 1GBZA 3A96A 5C6LA 1GE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SB7A 5HNLA 5C6IA 4NG8A 4LT0A 259LA 2BQMA 4NGZA 3NYAA 3VW7A 4OWHA 2BQLA 1L23A 1YAMA 220LA 2BQCA 2B6ZA 3FA0A 3C7YA 237LA 1OUAA 4DD9A 1GF5A 1V7TA 1GF3A 2ANXA 1C6JA 5IELA 5DN4A 149LA 1XGQC 1H6MA 4NFVA 3F8VA 244LA 5KJ9A 1WTHA 3WUAA 1IP3A 4HPEA 4WOAA 2W1LA 4Z3MA 1GFKA 1OP9B 1LZYA 3B0KA 2ZYCA 5T3FA 1L88A 1QUHA 1C7PA 3A34A 257LA 3HH6A 4LFXA 4XADA 1B7RA 3HU9A 5DL9A 4PHIA 3FE0A 1EPYA 1FDLY 1LSBA 3OE0A 5LA5A 1L09A 3B6LA 5I4YA 1L75A 2FYCA 5LYTA 1LLHA 1XEKA 2Z38A 1GE0A 225LA 2HTXA 1D3NA 1L04A 4ZFPA 5KXWA 4DAJA 1GF6A 3W6DA 1B5UA 4GCCA 1L96A 3P65A 3WU9A 1QS9A 1QT6A 4X3BA 3T6UA 1L03A 3DMVA 4LYMA 5B05A 1L98A 1SX2A 1P64A 4B49A 2Q9DA 241LA 1XGTC 247LA 4I7PA 129LA 4G4BA 4ARJA 4IASA 3GUIA 4XJGA 4HTNA 2G4PA 2W1MA 180LA 1RJCB 1GXXA 5L3HA 1B7SA 196LA 2Z39A 3TXBA 3DN2A 161LA 223LA 1XEIA 2MEAA 1IWVA 3TXIA 3WH1A 3HT7A 2B72A 1SLYA 4W55A 2RSCA 4ANRA 1JTMA 2BLYA 5E9RA 222LA 3LZTA 1WQMA 3EBAB 4NGJA 4QDNA 4WM2A 1C6MA 3WXTA 1B6IA 1OV5A 1GB2A 3W6BA 1LYHA 3CDQA 1EL1A 1WTMA 159LA 4N8ZA 5LINA 1GFAA 3ZVQB 1LZEA 125LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HNL A;  1LMQ A;  1IOQ A;  5C6I A;  4NG8 A;  3CSQ A;  1HEN A;  2BQD A;  5LVH A;  1A4V A;  1DQJ C;  4LT0 A;  1INU A;  1LHK A;  3CQL A;  2BQM A;  5EBH A;  4NGZ A;  4CJ2 A;  1YIL A;  3D3D A;  4ETE A;  5C6J A;  4E3U A;  1QQY A;  1TDY A;  3A92 A;  1LJN A;  3LHM A;  4NGV A;  4OWH A;  2H9K A;  1ZMY L;  2ZYP A;  2BQL A;  1IP7 A;  1JSF A;  4HTK A;  4TTD A;  1TEW A;  2LYZ A;  5I4X A;  1YAM A;  2BQC A;  4NSG A;  2MEI A;  3TXF A;  1OUA A;  4DD9 A;  1GF5 A;  3TXE A;  1V7T A;  1HHL A;  5KXO A;  1IOC A;  1GF3 A;  4LT2 A;  2BQH A;  1HNL A;  1GB7 A;  3IJU A;  1IWX A;  3TMW A;  4DD1 A;  1HEQ A;  5LA8 A;  1GPQ C;  1KXX A;  5DN4 A;  4BAD A;  4ETA A;  1D0L A;  1LMA A;  3BKH A;  2D6B A;  4OW1 A;  4XJB A;  1XGQ C;  1FLY A;  4YM8 A;  1H6M A;  2W1Y A;  4RDS A;  4XJH A;  3WW6 A;  4ET8 A;  2F4G A;  4G9S A;  4OWB A;  4NFV A;  4J1B A;  1LZ9 A;  1IP4 A;  5KJ9 A;  4NSJ A;  3WUA A;  1IP3 A;  5B1F A;  4HPE A;  1GWD A;  4WM5 A;  4WOA A;  2W1L A;  4Z3M A;  1GFK A;  4NHP A;  1OP9 B;  4NEB A;  4TWS A;  1GE2 A;  1LZY A;  3B0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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