The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PQB A; 5ILP A; 3U3E A; 1G9V A; 1XZ2 A; 1AJ9 A; 3QJB A; 1LFZ B; 3OJ1 A; 4NI0 A; 3RJ6 A; 1YZI B; 2W72 C; 1YCA A; 2DN3 A; 3GDJ A; 2ZSQ A; 4F68 A; 1Y0D A; 3QM5 A; 2GDM A; 1XZ7 B; 5ILR A; 1J7Y A; 3DHT A; 1BZ6 A; 3LB1 A; 1YH9 B; 1S6A A; 5CNE A; 1BZP A; 1NIH A; 1Y35 B; 1MLH A; 3UHK A; 3ZJH A; 1GCW A; 1ABY A; 2HHD B; 3AT5 A; 1LUE A; 2VYZ A; 3KMF A; 1A9W A; 1O1J B; 3GQG B; 1Y7C A; 3HXN B; 2O5L X; 1LH7 A; 107M A; 5SW7 B; 3SDH A; 1HDA A; 2HZ2 A; 2H35 A; 3QMA A; 2BMM A; 1FN3 B; 1OFJ A; 2ZS1 C; 1DO7 A; 3ODQ A; 1C7D B; 1NPF A; 1J52 A; 1DWT A; 1XQ5 A; 1A6M A; 4NXA A; 2W72 B; 3AT6 A; 1HLM A; 1J3Y B; 1BUW B; 2D5Z B; 1GDI A; 3UHE A; 2ZLT B; 2FAM A; 2EB9 A; 1V4W A; 4HSX A; 3MKB A; 1T1N A; 1Y0C B; 3LB3 A; 4F4O B; 3WCU C; 1RPS A; 1HBR A; 1I3E A; 1MNI A; 1XY0 A; 5CHQ A; 4UUR A; 1IBE A; 1S56 A; 1S5X A; 5EV5 A; 3R5I A; 4F6D A; 2MYE A; 2ZT2 A; 1Y0T B; 1J41 A; 3WFT A; 3QJC B; 2ZS1 B; 2QMB B; 1Y0A B; 2O5O X; 3LQD B; 1FDH G; 1DXD A; 1MBN A; 3G4R A; 1RQ3 A; 3K9Z A; 1SHR A; 2HBC A; 111M A; 1CLS A; 3E5I A; 4G51 A; 5M3S A; 1G0B A; 3PI8 B; 3WR1 A; 3OZW A; 4O4Z A; 108M A; 3WCU B; 1Y8I B; 1V4X B; 3VRE A; 1QPW B; 1VXH A; 3O7N A; 1CH2 A; 3UH3 A; 3OZU A; 3SZK A; 3PI2 A; 5AB8 A; 1Y22 B; 2R1H B; 1CBL A; 1HRM A; 2LH5 A; 2BWH A; 2R4Y A; 1RQA B; 1Y4Q A; 2IN4 A; 1MWB A; 1HGC A; 2DN1 B; 1VXD A; 1JY7 B; 3CIU B; 1MOA A; 1Y85 B; 3WTG B; 4F6F A; 1YVQ A; 1BAB B; 1YFF B; 3D17 A; 4HRR A; 1QXD B; 3WFX A; 1D8U A; 3HC9 A; 1MTJ A; 1DXV A; 1C7B B; 2V1E A; 4FWZ A; 1MYJ A; 4B3W A; 3WI8 A; 2G0R A; 1CO9 A; 2VEE A; 2PEG A; 2PGH B; 2C0K A; 4KJT A; 5HU6 B; 1NZ3 A; 1TU9 A; 2ZT1 A; 1MYZ A; 1A6K A; 2O5B X; 1BVC A; 1O1K A; 3D4X B; 4ROM B; 3EOK B; 5KER B; 2Z6S A; 1SDL B; 1JP6 A; 3GQR B; 1Y7G A; 1A6G A; 4MQJ A; 2DC3 A; 2HZ3 A; 3VHB A; 3E55 A; 3WCT C; 5EQM A; 4MQH A; 3O89 A; 2DHB A; 2QSS B; 1NS9 B; 5F2A A; 2ZS1 D; 1Y4F B; 3K8B A; 3BA2 A; 3MVC A; 2QU0 A; 1LFL A; 4ODC B; 1Y5F B; 4ESA B; 3V2Z A; 1DTM A; 2VYW A; 1Y4R B; 2BLH A; 4HHB B; 1HBG A; 2QFN A; 1X9F C; 1IWH B; 1QSI B; 3VRF A; 2D6C A; 4IT8 A; 2ZS0 C; 2ZT3 A; 3WCU D; 1MWC A; 2MHB B; 1RQ4 A; 3UBV A; 1HV4 A; 3GK9 A; 1YEQ A; 2OIF A; 1XXT B; 3QQQ A; 3G4W A; 5HLX A; 2M6Z B; 1Y31 B; 1MLL A; 1DXT B; 3WCT B; 2BKM A; 2EKT A; 1MTK A; 3EU1 B; 1QXE A; 3QM7 A; 1YE2 A; 2MGB A; 1MKO B; 1MYG A; 1Y46 B; 5CN4 A; 1N9I A; 4G1B A; 1LJW B; 3ECL A; 1HSY A; 3A2G A; 1Y4V A; 1U7S A; 3PT8 A; 1W92 A; 3WCV C; 1YGF A; 103M A; 3ONZ A; 2VLX A; 2OH9 A; 5CNG A; 1X9F B; 2MGE A; 2FRK X; 2ZS0 B; 4XS0 B; 2SPM A; 1DTI A; 4GZG A; 4X0L A; 3IXF A; 3A59 B; 1VWT A; 1JL7 A; 3UHV A; 1VXA A; 5MBN A; 2H8D A; 1MNK A; 2ZFO A; 2HHE B; 3BCQ A; 5IKS A; 2ZSX A; 1Y5K A; 1YE0 A; 1YG5 B; 1YMB A; 1QSH B; 3ZH0 A; 2XKG A; 1MZ0 A; 1R1X A; 1YEO A; 3NG6 B; 3ZJO A; 1MYF A; 3MN0 A; 3ZOM A; 5EUI B; 3GLN A; 4M4A B; 3WCW A; 1NZ2 A; 5KDQ B; 3WCV B; 1HBA B; 1CMY A; 1HAC B; 5KKK A; 1A4F A; 1WMU A; 1J7W A; 1CG5 A; 1B86 B; 3W4U B; 3QM6 A; 3OO5 A; 1FAW B; 3S65 A; 5D5R A; 1HBB A; 3PI9 B; 1YEV B; 2D2M A; 2VRY A; 1UMO A; 2ZFB B; 2QSP A; 2JHO A; 1YIE A; 1MLQ A; 5E83 B; 3WCT D; 1Y4G B; 1XZ2 B; 1BZR A; 3QJB B; 3A5A A; 2H8F A; 4SDH A; 1LA6 B; 1J7S B; 1VXE A; 3GKV A; 1DKE A; 1H1X A; 1LH6 A; 2R50 A; 1ECN A; 4F6I A; 2MGA A; 1IDR A; 1VXC A; 1LH2 A; 1Y0D B; 4F69 A; 1J7Y B; 3UHS A; 1XZ5 A; 1HBS A; 3QM8 A; 3DHT B; 1G08 A; 3HHB B; 1JP8 A; 3QJE B; 5CN6 A; 1VHB A; 2OLP A; 1X9F D; 3A5G A; 1YGD B; 1GCW B; 2ZS0 D; 1DXC A; 2AV0 A; 1CP5 A; 1O1P A; 1Y83 B; 3QQR A; 4MQK A; 1KR7 A; 2H35 B; 1IOP A; 1NZ5 A; 1YMC A; 1LFT A; 2GTL A; 112M A; 110M A; 3GYS A; 4H2L A; 2AA1 A; 3A0G B; 3TM3 A; 2ZSY A; 4ZVA A; 1MBO A; 4O4T A; 1XQ5 B; 3AT6 B; 4DC8 A; 1O1N B; 3RJN B; 3AQ9 A; 1FCS A; 2W31 A; 1LTW A; 3KUO A; 3BOM A; 3UHU A; 2ZLW A; 3LB2 A; 6HBW A; 1HGA B; 2GRF A; 4ROL A; 3PI3 A; 1MLF A; 1V4W B; 1UVY A; 5CN7 A; 3UHY A; 1LH5 A; 3MKB B; 1T1N B; 3DUT A; 3WCV D; 1RPS B; 1O1M B; 1HBR B; 1OUT B; 4F6J A; 3MJU A; 1XY0 B; 2MGF A; 1O1I B; 2FRI X; 4N7P A; 3HYU A; 3UHN A; 1YHU B; 1GLI B; 1S0H A; 2ZSO A; 1IBE B; 2LH2 A; 2MBW A; 4NK2 A; 2AUO A; 3BJ2 A; 4XDI A; 2D5X B; 1BZZ A; 2QLS B; 2MYC A; 2R4W A; 1YIH A; 4PQC A; 3QJD B; 3HRW A; 1HDB A; 1I3D A; 4N7O A; 1RQ3 B; 4N7N A; 1AZI A; 1M9P B; 1SHR B; 2VM0 A; 4G51 B; 1G0B B; 4M4B B; 3GKT A; 1A3N A; 3IC2 A; 1XZV A; 6HBI A; 4WJG A; 3VRE B; 3AQ7 A; 1A00 A; 2FAL A; 2HBS A; 4H0B A; 1HBH A; 5EOH A; 3UHZ A; 2NSR A; 2W6V A; 1MLO A; 1EMY A; 1Y4Q B; 4U8U C; 1S69 A; 3GOU A; 1YDZ A; 1YVQ B; 4IRO A; 3BJ3 A; 1XZ4 B; 3ASE A; 3ARJ A; 1CH4 A; 3CY5 A; 3QZZ A; 3P5Q A; 3PT7 A; 5ILE A; 1SPG A; 1Y8K B; 2YRS A; 1FHJ B; 1YHE A; 1GBV A; 1UFP A; 3D1K A; 3S66 B; 3OO4 B; 5JDO F; 2Z6N A; 1DLW A; 1DXU A; 1PBX A; 3ZJQ A; 4MAX A; 2MGJ A; 1RSE A; 1F63 A; 2HBD B; 2RI4 A; 3M38 A; 1Y7G B; 1HGB A; 4MQJ B; 1C7C A; 2V1K A; 1YHU D; 4U8U B; 1MLN A; 1DLY A; 4O2G A; 3FS4 A; 2O58 X; 2WY4 A; 2MGL A; 2QU0 B; 1JEB B; 4JYQ A; 1Y45 B; 1F5O A; 3DHR A; 3NMM A; 2R4Z A; 1NAZ A; 4HRT B; 3TLD A; 1M6M A; 3WHM A; 1Y4B B; 4NI1 B; 1YEU B; 1A0Z A; 1LHT A; 1HV4 B; 1MYT A; 3OVU C; 1MOC A; 1HCO B; 2HBE B; 1ABW B; 2EVK A; 1HBI A; 4DC7 A; 1CH7 A; 1Y2Z A; 1MGN A; 2SPO A; 1Y4P A; 2ZFO C; 1CH1 A; 1QXE B; 1Y8H B; 2D60 B; 5C6E A; 1YE2 B; 1F5P A; 1YHR A; 4FC3 A; 1V4U A; 1MYH A; 1BBB B; 2LHB A; 2R4X A; 4MXK A; 1QI8 A; 2QFK A; 3WCW C; 3BJ1 A; 1V75 A; 2ZLU B; 2XKI A; 1Y09 B; 1THB B; 3A5B A; 1MBI A; 4G1V A; 2BNL A; 2QRW A; 1Y7D A; 3GQP B; 1A3O A; 5CMV A; 1COH A; 2VLY A; 2D2M C; 1OBM A; 5CHR A; 1HAB A; 1LFZ A; 1YVT B; 2DXM B; 2H8D B; 2ZSZ A; 2ZFO B; 3LR9 A; 3IC0 B; 4U8U D; 1Y5K B; 2MYD A; 1YE0 B; 2MYA A; 1R1X B; 1YEO B; 1XZ7 A; 1FSX B; 1M6C A; 3WCW B; 1IT3 A; 1ECO A; 1GVH A; 3S1J A; 1J3Z B; 1OR6 A; 2EF2 A; 1Y35 A; 1FDH A; 3M3A A; 1CMY B; 1CPW A; 2ZSP A; 1J7W B; 2HHD A; 5CN8 A; 1IRD B; 1S61 A; 1O1J A; 3GQG A; 3OO5 B; 3S1I A; 5SW7 A; 4N8T B; 2G10 A; 5EYJ A; 4TWU A; 1FN3 A; 1YOG A; 2D2M B; 5EU2 A; 2AV3 A; 1YIE B; 1JZL A; 2W72 A; 2NRL A; 4PNJ A; 1J3Y A; 1EWA A; 2D5Z A; 1JDO A; 1UX8 A; 3GKV B; 2VHB A; 2ZLT A; 1CQX A; 2ZLX B; 2DN2 A; 1F65 A; 2ZT0 A; 5JDO C; 1K0Y A; 4F4O A; 4AVD A; 3NFE B; 5CNB A; 2AUR A; 1CH9 A; 1N9H A; 2FRF A; 1HBS B; 3AQ8 A; 3UBC A; 5E6E A; 1Y8W A; 1OUU A; 1O16 A; 2MB5 A; 1MYI A; 1ASH A; 5AZR A; 1HDS A; 4O35 A; 5E29 B; 1MLR A; 1FLP A; 2ZWJ A; 1J40 B; 1Y0T A; 1LFQ A; 4MQK B; 3FH9 A; 2ZS1 A; 2MGG A; 1Y0A A; 1Q1F A; 3NL7 A; 1O1L B; 1HJT A; 3LQD A; 4BJA A; 4UIQ A; 4L7Y A; 2AA1 B; 3A9M A; 5AZQ A; 5EET A; 5CN5 A; 1RVW B; 1IT2 A; 1MBS A; 1NQP A; 1XYE A; 5D1V A; 3MBA A; 3PEL A; 1KD2 B; 3D1A A; 7HBI A; 3BOM B; 3B75 B; 4ROL B; 1ABS A; 1L2K A; 1Y8I A; 3PIA A; 4F6B A; 3OK5 A; 4MQC A; 1BIN A; 2HHB B; 2VEB A; 1A0U B; 1BZ1 B; 1NXF A; 1R1Y B; 1C40 B; 1JZM A; 1K1K B; 1Y22 A; 2ZST A; 1MLM A; 1Y7Z B; 1A01 B; 3HYU B; 4MBA A; 4MPM A; 2DN1 A; 1NWN A; 1LHS A; 1S0H B; 3UGY A; 1JY7 A; 3CIU A; 4FWY A; 1SDK B; 1SI4 A; 1NEJ B; 1BAB A; 1LFY B; 106M A; 2D2M D; 2O5M X; 1QXD A; 1MYM A; 4TYX A; 1UC3 A; 3VRG A; 3EDA A; 2HCO B; 1SPE A; 4YU3 A; 5ILM A; 1S5Y A; 3HF4 A; 4N7N B; 3RGK A; 2PGH A; 1GDL A; 5HU6 A; 1KFR A; 1XZU A; 1HHO A; 5MBA A; 3EOK A; 101M A; 3KMF C; 5CNC A; 4YU4 B; 3NML A; 2R80 A; 2ZT4 A; 3PI1 A; 1YCB A; 1GZX A; 5EE4 C; 4VHB A; 1A00 B; 1GCV A; 2HBS B; 1DUK A; 1G9V B; 1AJ9 B; 5F0B A; 1HBH B; 2EB8 A; 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1DO3 A; 1B86 A; 3W4U A; 1JF3 A; 1FAW A; 3SZK B; 1A9W E; 5HBI A; 1BVD A; 1Y7D B; 1HGC B; 2ZLV A; 3PI9 A; 2ZFB A; 3ZJI A; 1COH B; 5EE4 D; 2HBF A; 5E83 A; 3LR7 A; 3D17 B; 4HRR B; 1Y4G A; 4MQI A; 1HAB B; 2V1F A; 1DXV B; 1Y0W A; 1LA6 A; 1J7S A; 2ZSN A; 3HEP A; 1DO1 A; 1U7R A; 3S48 C; 2Z85 A; 3IA3 B; 1GBU A; 2PEG B; 3MOU A; 1Z8U B; 3H57 A; 1UX9 A; 2V1I A; 1O1K B; 2GRZ A; 4NZI A; 2O5S X; 1TES A; 3HHB A; 3QJE A; 1UVX A; 1YGD A; 2MYB A; 2LH6 A; 1Y83 A; 1JPB A; 3UHC A; 3AG0 A; 1DWS A; 2SPL A; 1A6N A; 4MQH B; 2DHB B; 2GRH A; 1MLK A; 3K8B B; 1G09 A; 3A0G A; 1NPG A; 2RAO A; 1MOD A; 1NGK A; 5C6Y A; 1LFL B; 1VRF A; 4WJG 1; 1O1N A; 2GNW A; 3ECZ A; 2MGH A; 2OH8 A; 1NWI A; 3UHT A; 1YEN A; 1CH5 A; 3MYN A; 1HGA A; 2DN2 B; 3VRF B; 1V07 A; 1K0Y B; 5EYS A; 1O1M A; 1RQ4 B; 1YEQ B; 1OUT A; 3ZHW A; 1EBC A; 2XYK A; 5B85 A; 3AQ6 A; 1O1I A; 1IRC A; 5E6E B; 1Y8W B; 2BLI A; 2Z6T A; 1OUU B; 1YHU A; 1GLI A; 1HDS B; 1CO8 A; 2D5X A; 3ARL A; 2BLJ M; 1LFQ B; 2QLS A; 3FH9 B; 1BZ0 A; 3QJD A; 3NL7 B; 3UHR A; 2BK9 A; 4FWX A; 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