The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
153
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structure length |
153
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Chain Sequence |
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxygen transport
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| molecule keywords |
Myoglobin
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| publication title |
Visualizing breathing motion of internal cavities in concert with ligand migration in myoglobin
pubmed doi rcsb |
| total genus |
64
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| structure length |
153
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| sequence length |
153
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1U7R A; 2VYW A; 2AUQ A; 1WMU A; 2SPM A; 1BVC A; 2XYK A; 1S5X A; 2D2N B; 2BNL A; 1O1J A; 2EB8 A; 3HC9 A; 4U8U A; 3D7O A; 1GVH A; 4F6I A; 1GBV A; 2HHD A; 3QM8 A; 1NPF A; 1A6G A; 1J7Y A; 1BAB A; 3GYS A; 2ZLT A; 1YVQ B; 3A5G A; 2MGL A; 4L7Y A; 1VXE A; 1BVD A; 1BIJ B; 1JY7 B; 1Y46 B; 4OOD A; 4AVE A; 2R80 B; 2O5S X; 3TLD A; 3WCV D; 1KD2 B; 1MKO A; 1MLF A; 1O1L A; 1KFR A; 3MYN A; 1YH9 A; 2D2M A; 3WR1 B; 1FN3 A; 5ILP A; 1Y8W A; 3KUN A; 4DC7 A; 4VHB A; 3WCU D; 1CLS A; 1YEQ B; 1CG5 A; 4NI0 A; 1O1P B; 1CH9 A; 1HDB A; 1HHO B; 1NIH A; 3HXN A; 2CMM A; 3LR9 A; 5E6E A; 4YU4 A; 5IKS A; 2QSP A; 1XZ4 A; 1MLQ A; 2D5Z A; 1MBN A; 4M4A B; 5AZQ A; 1DM1 A; 2O5L X; 1N9X A; 4YU3 A; 2HHB B; 1MLM A; 2VYZ A; 3UHU A; 1J40 B; 2ZS0 A; 1YDZ B; 1G9V B; 1EBC A; 3PI8 B; 1Y4V A; 4HHB B; 1C7B A; 1MYM A; 1NS6 A; 3UH5 A; 3S1I A; 2NSS A; 4F6G A; 2MGM A; 3AQ7 A; 1MOH A; 1IT3 A; 3M3A A; 5C6E A; 1F5P A; 3BJ3 A; 1COH A; 3ONZ B; 5D1V A; 1DWR A; 4HRT B; 2HBS A; 1XZ5 A; 3LB2 A; 2GTL D; 1GLI A; 2VEB A; 1YMB A; 1S69 A; 1DXC A; 4N7N B; 3H58 A; 1HGA B; 2BLH A; 1IT2 A; 6HBW A; 2BK9 A; 1Y45 A; 2MGI A; 3HEP A; 2AUO A; 4MU5 A; 1YIH A; 3DUT B; 1IBE A; 1BZ0 B; 3QJB A; 1O1N A; 1XQ5 B; 1HJT A; 4G1B A; 4IRO B; 2HZ1 A; 3ASE A; 1V9Q A; 1Y31 B; 1EWA A; 1JL6 A; 3UHE A; 1NZ3 A; 2ZSS A; 2Z85 A; 4MPM A; 3NMM A; 2DC3 A; 1LFV A; 3QM5 A; 2D2N C; 1A0Z B; 4B3W A; 3HHB A; 2MYC A; 2W6V B; 1QSI B; 3IC0 A; 2FRJ X; 1AJH A; 2DHB B; 3QJE A; 1Y83 A; 4X0L A; 1HDS A; 1S5Y B; 2ZLU A; 3ZJS A; 1B86 A; 2EB9 A; 2HZ3 A; 1Y0T B; 2V1H A; 4ESA B; 1Y7G B; 1F65 A; 3D17 B; 1RQA B; 3DR9 A; 1N9I A; 4UUR A; 3WCT C; 3E4N A; 3CIU B; 1UC3 A; 4NK1 A; 2G0X A; 2GNV A; 3D1A A; 3HEN A; 1CH5 A; 2HBD A; 3BJ2 A; 1R1Y A; 4C44 A; 1GDJ A; 1DXU B; 1Y5J B; 1FSX A; 2EVP A; 1YE0 A; 1J3Y A; 1G0A A; 2ZLV B; 1Y22 A; 1O1K B; 1HV4 B; 1DWT A; 1YE2 A; 4XS0 B; 2ZFO B; 1Y7C A; 1J41 B; 4GZG A; 3G46 A; 103M A; 4MQG A; 2ZT0 A; 1JL7 A; 1RTX A; 1NWN A; 1MBD A; 4MQI B; 1A3N A; 1MNJ A; 2MHB A; 1MLK A; 1AJG A; 1Y8I B; 4HSW A; 1DWS A; 4N7O A; 1CH3 A; 2WTG A; 3E5O A; 4PQC A; 1DXV A; 3VAU A; 1MBA A; 1GCV A; 1YVT B; 1Y5F A; 4JYQ A; 5CN7 A; 2IN4 A; 1LFQ A; 1YEO B; 3UGZ A; 1BZZ B; 2JHO A; 1YFF A; 1A4F A; 3S66 B; 1ASH A; 1ECD A; 1WMU B; 3NG6 A; 4NZI A; 1O1J B; 2G14 A; 1R1X A; 1DO4 A; 1C7D B; 3UH3 A; 3UBV A; 1URY A; 3D7O B; 5EE4 D; 1GBV B; 1YHU D; 3QQR A; 2HHD B; 1A6N A; 1BIJ A; 1J7Y B; 1BAB B; 3WCT A; 2GRF A; 3DHR A; 2Z6S A; 3GYS B; 2OLP A; 1YHR A; 2Z6N A; 2ZLT B; 1MNO A; 2GKM A; 4L7Y B; 2GKN A; 1IRD A; 1K1K B; 1UMO A; 3QJD B; 1Q1F A; 1BZP A; 3OK5 A; 5ILR A; 1MKO B; 1HAB A; 1O1L B; 2MBW A; 4N8T A; 3AT6 B; 1S6A A; 4SDH A; 3D4X A; 2D2M B; 1MLR A; 1FN3 B; 1A0U A; 3A5A A; 4DC8 A; 3VRE A; 1GJN A; 1MBC A; 1X9F B; 1HHO A; 3HF4 A; 5CN5 A; 2QFN A; 1CLS B; 3GQG B; 3GKT A; 1YMC A; 4NI0 B; 1HDB B; 3UHK A; 3NFE A; 1MYJ A; 1NIH B; 3FS4 B; 1HLB A; 1VXH A; 109M A; 5E6E B; 4YU4 B; 1YHE A; 2QSP B; 1XZ4 B; 1WLA A; 5KDQ B; 2D5Z B; 3EDB A; 2ZS0 B; 5CN8 A; 1I3D A; 1SDL A; 3WCW D; 1Y4V B; 3SZK A; 1XZU A; 1C7B B; 3PI2 A; 3UGY A; 1NS6 B; 5B84 A; 2VEE A; 1YZI A; 3E5I A; 2ZSP A; 5C6E B; 2G12 A; 3BJ3 B; 3WHM B; 5CHR A; 1SPE A; 2M6Z A; 1XZ2 B; 5ILM A; 4NI1 B; 1HDA A; 1XZ5 B; 1C40 A; 2MGD A; 1LHT A; 1G09 A; 3WTG A; 1GLI B; 1DKE A; 3S48 C; 1JP8 A; 3CY5 A; 1XCH A; 1JDO A; 3UH7 A; 4TYX A; 1MYT A; 2ZFO C; 1CPW A; 1YIH B; 4IRO A; 3AQ8 A; 1IBE B; 3VRF A; 1QXE A; 1M6C A; 1O1N B; 3P5Q A; 2W6Y A; 1LFT B; 4O1T A; 1LUE A; 1Y8K B; 4KN3 A; 1RQ4 A; 1O16 A; 1Y0C A; 4MQK B; 1LFZ A; 1F63 A; 3NMM B; 2R4W A; 1LFV B; 1HBH A; 1Y8H A; 2V1J A; 3VRG A; 2DN2 A; 4TWV A; 3HHB B; 2B7H A; 2O5T X; 3G4Q A; 3IC0 B; 3RJ6 A; 2YRS A; 3UBC A; 3QJE B; 1Y83 B; 3HYU B; 3GQR A; 4B4Y A; 5CN4 A; 1SHR A; 3CIU A; 2ZLU B; 2AA1 A; 1B86 B; 105M A; 3PIA B; 1QI8 A; 110M A; 1CQ2 A; 1JEB A; 1GDK A; 4U8U D; 3GQP B; 4PQ6 A; 3UHI A; 2HBG A; 2NX0 A; 1MYF A; 1YIE B; 3D1A B; 2HBD B; 1HV4 A; 2D2M C; 3LQD B; 1O1O A; 5JDO C; 2ZSO A; 1FSL A; 3QM9 A; 3ZJN A; 1I3E A; 1FSX B; 1X9F C; 1J3Y B; 7HBI A; 1YE2 B; 1O1I B; 5HLX A; 4MQG B; 1A3N B; 2MHB B; 1YVT A; 4F4O B; 1YEO A; 3UHR A; 4N7O B; 3S66 A; 5EYS A; 1Y7D A; 1SPG B; 2ZS0 C; 1DXV B; 1YCA A; 1GCV B; 1Y5F B; 1LFQ B; 1UIW B; 1NEJ B; 1YFF B; 1A4F B; 1C7D A; 4MXK A; 2AUR A; 1G08 A; 1VXF A; 3NG6 B; 1MBS A; 1YMA A; 2W31 A; 1Z8U B; 1MOC A; 1R1X B; 1B0B A; 3ZJQ A; 1ABY A; 3W4U A; 5CNE A; 1V4U A; 1LH7 A; 2VLY A; 1CBL A; 1K1K A; 3QM7 A; 3WCT B; 5JGG A; 3QJD A; 3DHR B; 1G0B A; 1YHR B; 2Z6N B; 1FDH A; 3ECZ A; 2O5M X; 1A6K A; 1MNI A; 3AT6 A; 1X3K A; 1IRD B; 1UVX A; 4LPI A; 2ZT1 A; 3UHN A; 5JOM A; 1HAB B; 3UHT A; 1X9F A; 4N8T B; 3WCU C; 3D4X B; 2VYY A; 4O35 A; 3GQG A; 4G51 B; 1HRM A; 2MGA A; 1Y4G B; 1A0U B; 1CH2 A; 3VRE B; 2QU0 A; 1PMB A; 2G3H A; 3HF4 B; 3ECL A; 3FS4 A; 1OUU A; 1Y85 A; 3QZX A; 5KDQ A; 3NFE B; 5SW7 A; 2QMB A; 5EOH A; 1YHE B; 2VLX A; 2MYD A; 1ECO A; 1FAW B; 4MQC A; 3H57 A; 1LH3 A; 1NXF A; 2G11 A; 1IWH A; 1SDL B; 3EDA A; 1JZM A; 3SZK B; 3OO4 A; 4H0B A; 1XZU B; 3WHM A; 1JF4 A; 1MCY A; 2LH7 A; 5CNF A; 2V1F A; 2G10 A; 3QMA A; 1YZI B; 1XZ2 A; 3WCV A; 3SDN A; 4NI1 A; 2MGG A; 1YGD A; 2PEG A; 1W92 A; 3UHY A; 2GTL C; 1OUT B; 3SDH A; 1RPS B; 1SWM A; 2M6Z B; 1HBG A; 1Y2Z A; 1UVY A; 1HDA B; 2ZSZ A; 5KER A; 1C40 B; 1YEN A; 3WCU A; 3WTG B; 1G09 B; 1DKE B; 3RGK A; 3IC2 B; 4HRR B; 4DWU A; 4KMW A; 3UHV A; 3UHC A; 3CY5 B; 1MWB A; 1HCO A; 2ZSY A; 3AQ5 A; 1A01 B; 1UX9 A; 1YGF B; 2XKG A; 1LFT A; 3B75 A; 3LB1 A; 2ZST A; 1HBA A; 1BZ6 A; 1Y8K A; 3VRF B; 1QXE B; 3P5Q B; 1NPG A; 1ABW A; 1HLM A; 4MQK A; 2H8F A; 1Y01 B; 1RQ4 B; 1Y0C B; 5CND A; 5F0B A; 1JZK A; 4DWT A; 4OF9 A; 1HBR A; 1LFZ B; 1Y0A A; 1V07 A; 1XZ7 A; 1HBH B; 1JW8 A; 1Y8H B; 3EOK A; 1DUK A; 3ARK A; 3WI8 A; 2HBF A; 4ODC A; 3VRG B; 2DN2 B; 3HYU A; 2B7H B; 2EKU A; 2D2N D; 2HBC A; 4FWZ A; 2YRS B; 2MGF A; 3PIA A; 3K8B A; 2GTL A; 3ARL A; 3GQR B; 1ECN A; 3BJ1 B; 3GQP A; 1SHR B; 1MNK A; 1SDK A; 2AA1 B; 5HAV A; 2G0S A; 1QI8 B; 1YIE A; 2GL3 A; 2FRK X; 1JEB B; 3LQD A; 1HGB A; 1CH1 A; 3ORD A; 3E55 A; 1S0H A; 3UHZ A; 4HSX A; 1AJ9 A; 2E2Y A; 3GDJ A; 2MGE A; 1O1O B; 1O1M A; 2LH1 A; 1O1I A; 2QSS A; 2NSR A; 1MDN A; 1KR7 A; 2V1G A; 3MJU B; 2FAM A; 3A2G A; 5E29 A; 3LR7 A; 1Y4R A; 1J7W A; 2ZLW A; 5D5R A; 2MGB A; 3ZJP A; 4F4O A; 3MJP A; 2GRH A; 1LH6 A; 1SPG A; 4WJG A; 3NML A; 1S56 A; 1UIW A; 1NEJ A; 1BIN A; 3M38 A; 1A9W E; 1FHJ A; 3WCP A; 1Y7D B; 3WFX A; 3ZJL A; 1MLU A; 2EKT A; 2LH3 A; 1RQ3 A; 1G08 B; 2RI4 A; 1MYG A; 1Y09 B; 1YHU C; 2NRL A; 3GOU B; 1J3Z A; 1Y4B A; 5C6Y A; 3PT8 B; 1ABY B; 1GZX A; 2ZS1 C; 2MYE A; 1HGC B; 3W4U B; 3FH9 A; 4FH7 A; 1DXT B; 1V4U B; 4MQJ A; 1NGK A; 2VRY A; 1YCB A; 3ED9 A; 5JGG B; 4XDI A; 4ROL A; 1G0B B; 1A00 A; 2R4X A; 1RSE A; 2W72 C; 1VHB A; 4G51 A; 1Y4G A; 2FAL A; 4TWU A; 5HU6 B; 3MVC A; 2DN1 A; 1V4X A; 4PQB A; 1ABS A; 1Y35 A; 1LH2 A; 4UZV A; 1NAZ A; 1MTJ A; 4NS2 A; 2QU0 B; 2OH8 A; 1XY0 A; 1Y0W A; 1OUU B; 1Y85 B; 3GK9 A; 1FAW A; 1A3O A; 3ZJJ A; 2G0Z A; 5SW7 B; 2ZT4 A; 2WY4 A; 3ZOL A; 2QMB B; 5CNG A; 4ILZ A; 3WCW C; 4MQC B; 2HHE A; 1HBI A; 3PI3 A; 1VWT A; 1Y5K B; 1YHU A; 1HBS A; 4AVD A; 1IWH B; 4N7P A; 3WFU A; 3QZZ A; 2ZS1 A; 3TM3 A; 3OO4 B; 1URV A; 1NZ4 A; 4UIQ A; 1OUT A; 1MLS A; 1RPS A; 3BA2 A; 1DTM A; 3WCV B; 2W72 A; 1YGD B; 2PEG B; 2AV3 A; 1BZ1 A; 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1J7W B; 2ZLW B; 5JDO F; 1MZ0 A; 2MGC A; 4L2M A; 1X9F D; 3MJP B; 1J52 A; 2LH2 A; 1NZ2 A; 3ZJR A; 1K0Y A; 2WTH A; 1J3F A; 1FHJ B; 3WCP B; 1Y09 A; 3ARJ A; 1LH1 A; 3GOU A; 1Y4F B; 1RQ3 B; 2VLZ A; 3PT8 A; 3QQQ A; 1QSH A; 2DXM A; 2RI4 B; 2ZS0 D; 3GLN A; 5HY8 B; 1HGC A; 1N9H A; 3KUO A; 1C7C B; 1DXT A; 2MYB A; 1J3Z B; 1Y4B B; 1GBU B; 104M A; 1GZX B; 2H35 A; 3V2Z A; 3WCV C; 1M9P A; 1VXC A; 3FH9 B; 1YG5 A; 3S1J A; 4MQJ B; 5CN6 A; 2C0K A; 5CMV A; 1XXT A; 4ROL B; 1A00 B; 3TM9 A; 2O5B X; 5CNC A; 5HU6 A; 4G1V A; 1MLJ A; 1M6M A; 1LFL A; 1DO3 A; 1LA6 A; 5E83 A; 3M3B A; 5M3S A; 3EU1 A; 107M A; 2DN1 B; 1V4X B; 1Y35 B; 2SPN A; 3NL7 B; 4F68 A; 3LB4 A; 3PEL A; 1PBX A; 3PI1 A; 1MLH A; 1XY0 B; 1FLP A; 4NXA A; 2ZSN A; 1Y0W B; 2OIF A; 1MWD A; 3AT5 B; 3HRW B; 1V75 A; 4KMV A; 2W6W A; 1QXD A; 2HCO A; 3R0G A; 1A3O B; 1JPB A; 1JP6 A; 3A59 A; 1Y5K A; 2D6C A; 3ZJO A; 1OFK A; 2HHE B; 2Z8A A; 3PI9 A; 3UI0 A; 2ZFB A; 1YOI A; 2HBE B; 1VWT B; 1FDH G; 3ZOM A; 108M A; 1YHU B; 4HBI A; 1HBS B; 3VHB A; 4N7P B; 2ZT2 A; 1UFP A; 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