2ZWBA

Neutron crystal structure of wild type human lysozyme in d2o
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Site-specific softening of peptide bonds by localized deuterium observed by neutron crystallography of human lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zwbA00
4H93A 4NGVA 4H8YA 3TXJA 3AGGG 4OWHA 4KL7A 1CJ7A 1LZ5A 1B2KA 1ZV5L 1LSGA 134LA 1IP7A 1GF9A 1DXJA 2HEBA 1VAUA 4H90A 1KIPC 2N5ZA 3AYQA 1FN5A 4NSHA 1GXXA 2ZNWY 5APDA 1GAYA 2IHLA 2ZWBA 1ZMYL 4NGLA 1GB7A 1GDXA 1OQMA 5F9UA 5I4WA 4HPIA 1JITA 1GHLA 4PRQA 1J1PY 1INUA 5L3IA 1FKQA 1IWXA 1GE3A 4XN6A 5LINA 3AZ6A 3T6UA 4ET9A 3CT0A 2W1LA 4NY5A 3WPLA 5F81A 5HQ1A 3B6LA 1BWJA 5L9JA 1SQ2L 1YAOA 1VATA 5FDJA 5FEKA 1A2YC 1B5VA 2Z18A 3N9EA 2B5ZA 4DDCA 3P64A 4XJDA 4FJRA 2YSSC 153LA 1J1XY 2HTXA 1LZ8A 5LAGA 1LZ1A 5L3HA 1GE1A 1CKCA 5II3A 1ZVYB 1IC7Y 4WLXA 2BQOA 1KXWA 1TDYA 1GE4A 2MEBA 4WM6A 1EQEA 1G7IC 1LPIA 1VFBC 4BAPA 3GXRA 4LFPA 1JUGA 4XYYA 5FSTA 154LA 3WMKA 8LYZA 1HFXA 2CWIA 4G4BA 4H91A 2FYDA 4OWBA 4G49A 4N9RA 5F14A 1JJ1A 4GN4A 4ML7A 5KXZA 3TXIA 2LYOA 1J1OY 5KXKA 4LT0A 4LYCA 1LZ9A 4M6DA 3SP3A 1HFZA 3RZ4A 4OOOA 3LYZA 4NEBA 2DQDY 5KXMA 2MEGA 4HP0A 1BB4A 3D9AC 4B1AA 3QNGA 4HTKA 3TMWA 3W6DA 1NQIA 4LT1A 4WG1A 1WQPA 3ZVQB 1IWVA 1C08C 1JTPL 1WQMA 1UIGA 2PC2A 3LN2A 5HNCA 4R6CA 2C8OA 4NHQA 1TAYA 4WM2A 1YILA 2ZQ3A 3B0KA 1XEKA 1HEPA 5APFA 1I20A 4H9BA 1BB5A 1TBYA 3IJUA 5C6IA 3WXTA 5AMYA 4IJ4A 2BQNA 2GV0A 4LYBA 5HMVA 1OUGA 1LSPA 1QSWA 3WUMA 3A6BY 4XJFA 5KXSA 2HUBA 4AGAA 1G7JC 1NBYC 1HMKA 1WTMA 2YBLA 1IWYA 1HEMA 1O23A 5DM9A 2DQAA 1BWIA 1GPQC 2MECA 3W6FA 1GEZA 1BB6A 4PRUA 1XGUC 1B7MA 1HFYA 1WQRA 5IDDA 2DQGY 2DQJY 2EIZC 1VDQA 3RT5X 5I54A 1IOTA 1ZVHL 2Z38A 3J6KA 5B1GA 1GF5A 3WW6A 5LYZA 3W6AA 1B5UA 4KXIA 4OWAA 3AJNA 1LZCA 4OOTA 4CHXA 5FCPA 1LSYA 4U3XB 1YKZX 3AZ5A 4LYTA 2YBNA 1XGRC 208LA 1CKDA 3B72A 3ATNA 2LZ2A 2ZQ4A 4ETEA 1OUIA 4GCFA 4NHTA 2ZIKA 5FELA 4XJIA 3RNXA 2EKSC 1GFEA 1UIBA 3TXKA 1GAZA 1JSEA 1E8LA 2DQEY 1GB0A 3BKHA 4NGOA 4DD7A 1RI8B 1LHKA 1GF0A 1B0DA 1LZDA 1REYA 4NHPA 4N1CC 3B0OA 5KXTA 2BQLA 1XFPL 1OUEA 3EBAB 5DL9A 4QY9A 5I53A 5APEA 1OUAA 1LMTA 1LZYA 1GWDA 1VDTA 3FI7A 4DDBA 3EO5A 4HTQA 1QQYA 2WARA 3AZ7A 1UA6Y 2MEDA 3IWRA 4LYZA 4BS7A 9LYZA 1GBYA 1QDRA 3EMSA 4CJ2A 2BLXA 2H9KA 4X3BA 1JPOA 3ZEKA 1OUFA 1AM7A 1I56A 1HSXA 1N4FA 1GFHA 1LHHA 3A8ZA 4H9EA 4PPOA 1RFPA 5F9XA 1KXYA 1AT5A 3CB7A 3TXDA 1BVKC 4XENA 1HF4A 1LZGA 4NWHA 3W6CA 4C3WA 2A7DA 1JHLA 4GCBA 3P66A 4TTDA 3WH1A 3WW5A 1UIFA 4M4OA 2HEDA 1JSFA 2BQEA 4UWVA 1LYSA 1LHIA 2D4JA 3WYHA 5DN4A 2BQFA 4NGWA 3ZVQA 1P2CC 1WVVA 4Z98A 3WU8A 4DD2A 5LVHA 4BAFA 1JTOL 2XTHA 1QUSA 1F0WA 1LMCA 4DDAA 1IP4A 2HU1A 1C7PA 1LSFA 2BQDA 1CKFA 4WMGA 4W94A 1LYOA 1YL0X 4YOPA 4Z41A 1IOSA 1JKDA 4O34A 1F10A 1W6ZA 5KXPA 2YBMA 1BVXA 3BKVA 3LZ2A 5A3ZA 1HEWA 2EQLA 4WLTA 3TXFA 5D5FA 2F2NA 2W1MA 4MR1A 1LZAA 1IX0A 2F4GA 1HEQA 4H9HA 2AUBA 4BADA 3MGWA 1FKVA 1GD6A 3J4GA 1DQJC 4GN3A 5LA5A 4NHIA 1LJ3A 1BB3A 1GBXA 1FBIX 4C5FA 1IP3A 1G7MC 3TMUA 4EMNA 2BAAA 2CGIA 5ILCA 1IORA 3TXEA 4H9IA 1IP1A 2XBRA 4NGKA 1FLWA 2ZYPA 1WQNA 1JKCA 2ZILA 5KXLA 2EPEA 4B0DA 1GBOA 1B7QA 1SLYA 1IP5A 5F16A 2DKVA 4G4HA 1RJCB 4B4JA 2LZTA 1LZ4A 2Z2EA 1B9OA 2Z39A 3IJVA 4OWCA 4HV2A 5KXOA 4TX7A 1IVMA 1KIQC 4ZIXA 1JJ3A 1DPXA 1G7LC 193LA 1LMPA 4PJ2C 4CFPA 3F6ZA 1LCNA 1V7SA 1D0KA 4NGZA 5IELA 1LJHA 3HBEX 1GB2A 4WL7A 4NGJA 4PGJB 1AT6A 4NGYA 5FHWA 4MSTA 1GDWA 3WUNA 5C6LA 7LYZA 1GB6A 1IWTA 4ETCA 4ET8A 1KIRC 2YBHA 2D6BA 1C43A 2MEHA 2IFFY 4G9SA 1LYYA 2CDSA 1B7LA 3ULRA 1H87A 4OW1A 1IP2A 2FYCA 1HHLA 3A92A 1B7RA 1PS5A 5B07A 4EOFA 5E4PA 4LYMA 1MLCE 2Z12A 3A93A 2XJWA 1YANA 4DYGA 4HSFA 1IC4Y 2DQCY 1C46A 4WO9A 4WOAA 4HTNA 1BWHA 5B05A 3A3RX 4KT3A 2I25L 3LYTA 1VDPA 4LZTA 2F4AA 1IOCA 3EXDA 3P4ZA 4QDNA 2H9JA 2YBJA 1I1ZA 1REMA 3KAMA 4J7VA 2DQFC 5I4XA 1LJFA 1LZEA 1LZBA 4OWEA 4TSBA 1LSNA 1GF3A 1HEOA 1HELA 3GXKA 194LA 4HJVA 3HFMY 1QDTA 4WO6A 2D4IA 1HERA 4RLMA 1GE2A 1LHMA 4QEQA 1FDLY 2NWDX 1XEJA 2MEEA 5LYMA 4RW1A 5LXWA 4WM5A 1NKHA 2ZNXY 5KXWA 1YAMA 1B5XA 3AGIA 1C10A 1LMQA 2MEFA 1BGIA 1NWGA 1LJNA 2A7FA 4TSCA 4L41A 4DD3A 1GBSA 3AGHA 1UACY 4NSIA 1IWUA 2G4PA 4DC4A 1LMAA 1LZRA 1B7SA 5LVGA 4TWSA 1LHJA 5B06A 4D9ZA 1YROA 4H8ZA 5HLLA 1IR8A 4YEOA 1B5YA 4UWUA 3WU9A 1LTMA 1QIOA 4H9FA 1D0LA 1OUJA 2LYMA 3LHMA 4XJHA 1IO5A 1LOZA 3ATOA 4W96A 1IIZA 5DLAA 4RDSA 1LJEA 1IEEA 2Z19A 4WLYA 1LSEA 4YENA 1XGPC 5T3FA 4WM3A 1TEWA 5KXRA 2BLYA 2HEEA 3WL2A 3P68A 1HNLA 1UICA 4NG1A 3TXHA 4QGZA 4LYOA 207LA 2BPUA 5EBHA 5KXYA 3E3DA 5IHGA 2HECA 3K3TA 2BQAA 2Q0MX 1DZBX 4FDYA 1GF6A 3QY4A 1LZNA 1WQQA 1WTNA 1LZ6A 1LJGA 1QUTA 5LIOA 1HC0A 4NSJA 1CJ8A 3LZTA 3FE0A 4DT3A 3RW8A 4ETDA 1AKIA 1GFRA 2W1XA 1AZFA 3WPJA 2MEIA 1JKBA 1WVUA 1GFAA 1IY4A 1B5ZA 1NMMA 1UC0A 1Z55A 3WUAA 1HMLA 2XBSA 5B59A 4NIJA 3G3AB 1GF4A 1GBZA 4YM8A 1LAAA 2ZYCA 4H9CA 1OUBA 1UBZA 1GFKA 1XSFA 135LA 2G4QA 4Z46A 1VEDA 1IR9A 1LZSA 1B7OA 1V7TA 4J1BA 4DD1A 5A3EA 4J1AA 1D0MA 1LSDA 1F6RA 1GB3A 1YQVY 3CSRA 5LAFA 5LYTA 1IC5Y 1YL1X 4II8A 5HMJA 1D6PA 3A67Y 1F6SA 1JIYA 3CSZA 1IY3A 3G3BB 3LYOA 1UUZC 4P2EA 1B7NA 1XGQC 1IWWA 1NDMC 1IR7A 1GFJA 1OUCA 2W1YA 1HSWA 5I4YA 2BQJA 1LMOA 2YVBA 4GCCA 1CKGA 3OJPA 2H5ZA 1GB8A 3QE8A 1W08A 4WLDA 6LYTA 4LT3A 1FLUA 4CGEA 3AB6A 1CKHA 1QSAA 2CJLA 3CQLA 5J7CA 5LVJA 2VB1A 3W6EA 4ETAA 1PZYA 5M1YA 2BQIA 4E3UA 4WM1A 4RW2A 4N1EI 2G4NA 4NHSA 4WL6A 1EL1A 2HU3A 3TMXA 3VWOA 3AW6A 1BHZA 3A94A 4PHIA 4LFXA 1GFUA 1JKAA 4B4IA 3W6BA 5ILFA 3WVYA 2BQHA 1REZA 1UCOA 1BB7A 2DQHY 2I26L 1TCYA 2Z2FA 4H9AA 132LA 1JEFA 2X0AA 1IOQA 4N5RA 1NDGC 4XADA 1FLQA 3CSQA 5APCA 2YDGA 1H6MA 5LA8A 2YBIA 4XJBA 1MELL 1KXXA 4GN5C 5HNLA 5LVKA 1CJ9A 5B1FA 3P65A 1EQ4A 1YKYX 2DBTA 4HJZA 4I8SA 1DI4A 5KJ9A 3A95A 3TXBA 1D6QA 5E9RA 2HEAA 5KY1A 3A91A 5K7OA 1GF8A 3HBDA 4ANRA 2BQCA 1GFVA 4H92A 4DD0A 3TXGA 1LKSA 1DKJA 4LT2A 1YAPA 4NSGA 4ZEEA 1UIAA 5KKIA 2Y8PA 4J0LA 3B0IA 4DD9A 3WU7A 3T36A 3AZ4A 3N9CA 4H8XA 3CT5A 4HJYA 1REXA 1BQLY 1OUDA 3M3UA 1FLYA 1CNSA 1T6VL 1LJJA 4IATA 1DI3A 2I6ZA 2DQIY 1CJ6A 1OP9B 3A3QA 1JTTL 4XJGA 3TMVA 4DWXA 1UIHA 5C6JA 1XGTC 1IP6A 3LYMA 5LVIA 1EQ5A 4WG7A 1NF5A 2MEAA 2LHMA 1VDSA 4G4CA 1UIDA 4KPMA 4ETBA 1C45A 4AXTA 1A4VA 1T3PA 1GEVA 1YAQA 2FBDA 3RU5A 1DKKA 133LA 1LJIA 2FBBA 2C8PA 1YIKA 3A96A 4UWNA 4NFVA 1GFTA 1JWRA 1LZTA 1UIEA 1JJ0A 4NG8A 3OK0A 2D91A 3M18B 3N9AA 1LJ4A 1LSCA 4H1PA 3WXUA 1ALCA 2F30A 2Z37A 1D9UA 2BQKA 5JENB 1JISA 4GLAA 4NGIA 4IASA 4GCDA 1QTKA 1GE0A 1B5WA 3D3DA 5D5CA 1B7PA 1DPWA 4GLVA 2HEFA 2LYZA 1GBWA 3WPKA 4ZFPA 1LSMA 1GFGA 3A6CY 5DN5A 2BQBA 1RE2A 3W3EA 4YF2A 5KXNA 5KKJA 4H94A 1YKXX 6LYZA 2BQMA 4Z3MA 1GB9A 3AW7A 4I0CA 4A7DA 5I5QA 3A34A 1HENA 4GCEA 4B49A 1IWZA 1LHLA 2BQGA 2D4KA 1LKRA 4RLNA 4MCKA 4TUNA 4B4EA 3CT1A 1OUHA 4HV1A 4LGKA 1RCMA 1LSBA 1LYZA 4HPEA 1NHEA 3A90A 1NBZC 1XEIA 3HBHA 1GB5A 1LJKA 2RSCA 4NWEA 4WM4A 1GXV2 4R0FA 3WULA 5KXXA 4N8ZA 3WVXA 4N0JA 2ZIJA 1GF7A 1G7HC 4CFOA 1QTEA 1DI5A 1LSAA 1LMNA 1WQOA 4YEMA 1LSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PBLA 1XJUA 2HEBA 2N5ZA 3AYQA 1FN5A 4NSHA 1NHBA 2RB1X 1L24A 1G06A 1L35A 4PRQA 1FKQA 1IWXA 3T6UA 4ET9A 157LA 4NY5A 1L93A 3HTBA 4I7RA 2OU0X 1CU0A 4DDCA 217LA 4FJRA 3HTGA 3C82A 5II3A 107LA 1IC7Y 229LA 4WLXA 4WM6A 1CV4A 1C60A 3DN4A 4LFPA 3WMKA 1HFXA 4G4BA 1JJ1A 4I7QA 5KXZA 2LYOA 4DKLA 4LZMA 1HFZA 2MEGA 4B1AA 3D9AC 3TMWA 1NQIA 1WQPA 1JTPL 2PC2A 1QT3A 4NHQA 1TAYA 4WM2A 2ZQ3A 3FADA 149LA 102LA 4H9BA 3IJUA 3WXTA 1CV6A 2BQNA 1L40A 3DN3A 176LA 3C7WA 1HMKA 5DM9A 1O23A 2DQAA 2MECA 1GEZA 1WQRA 2DQJY 1VDQA 3J6KA 1GF5A 3WW6A 216LA 3W6AA 1B5UA 4KXIA 4OWAA 1L55A 1LZCA 4OOTA 4CHXA 5FCPA 1QUOA 4U3XB 3GUPA 1YKZX 2F32A 3HH4A 4GCFA 5FELA 2EKSC 171LA 4NGOA 3HU9A 1RI8B 4DD7A 1GF0A 2NTGA 1REYA 1L92A 5DL9A 5APEA 159LA 4DDBA 155LA 4HTQA 3AZ7A 2WARA 4LYZA 1PQJA 1JPOA 3ZEKA 1OUFA 1HSXA 4H9EA 1LHHA 3CB7A 1DYCA 1L99A 4XENA 1LZGA 4GCBA 4TTDA 1LYSA 1QS5A 3GUJA 3ZVQA 1P2CC 4Z98A 1L41A 1QUSA 4DDAA 1IP4A 2HU1A 1LYOA 236LA 4YOPA 1IOSA 1JKDA 1QUHA 4O34A 5KXPA 169LA 2W1MA 2AUBA 3HT9A 1SSYA 1LJ3A 3TMUA 2BAAA 142LA 5ILCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H93 A;  4NGV A;  4H8Y A;  3TXJ A;  3AGG G;  4OWH A;  4KL7 A;  1CJ7 A;  1LZ5 A;  1B2K A;  1ZV5 L;  1LSG A;  134L A;  1IP7 A;  1GF9 A;  1DXJ A;  2HEB A;  1VAU A;  4H90 A;  1KIP C;  2N5Z A;  3AYQ A;  1FN5 A;  4NSH A;  1GXX A;  2ZNW Y;  5APD A;  1GAY A;  2IHL A;  2ZWB A;  1ZMY L;  4NGL A;  1GB7 A;  1GDX A;  1OQM A;  5F9U A;  5I4W A;  4HPI A;  1JIT A;  1GHL A;  4PRQ A;  1J1P Y;  1INU A;  5L3I A;  1FKQ A;  1IWX A;  1GE3 A;  4XN6 A;  5LIN A;  3AZ6 A;  3T6U A;  4ET9 A;  3CT0 A;  2W1L A;  4NY5 A;  3WPL A;  5F81 A;  5HQ1 A;  3B6L A;  1BWJ A;  5L9J A;  1SQ2 L;  1YAO A;  1VAT A;  5FDJ A;  5FEK A;  1A2Y C;  1B5V A;  2Z18 A;  3N9E A;  2B5Z A;  4DDC A;  3P64 A;  4XJD A;  4FJR A;  2YSS C;  153L A;  1J1X Y;  2HTX A;  1LZ8 A;  5LAG A;  1LZ1 A;  5L3H A;  1GE1 A;  1CKC A;  5II3 A;  1ZVY B;  1IC7 Y;  4WLX A;  2BQO A;  1KXW A;  1TDY A;  1GE4 A;  2MEB A;  4WM6 A;  1EQE A;  1G7I C;  1LPI A;  1VFB C;  4BAP A;  3GXR A;  4LFP A;  1JUG A;  4XYY A;  5FST A;  154L A;  3WMK A;  8LYZ A;  1HFX A;  2CWI A;  4G4B A;  4H91 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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