2ZWBA

Neutron crystal structure of wild type human lysozyme in d2o
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Site-specific softening of peptide bonds by localized deuterium observed by neutron crystallography of human lysozyme
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 51
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zwbA00
3B6LA 3B0KA 1KIQC 5KXLA 3WVXA 4AXTA 1WQRA 3D9AC 4II8A 4YEMA 4CFOA 1EQ4A 5KXNA 3WXUA 3CT0A 4OWHA 3G3AB 4PRQA 1LMAA 2FYDA 3P4ZA 4IATA 4U3XB 4WOAA 1GFJA 2BPUA 5F81A 2HEDA 1LZ6A 1WVUA 2DQGY 4DYGA 1GB5A 1UACY 5LVIA 1YANA 4XJHA 1OUAA 2LZTA 3WXTA 3WMKA 3CSRA 3FI7A 3A95A 1FN5A 1JSFA 1GFKA 4XN6A 1A4VA 1LZAA 3RW8A 1IWWA 1LKSA 2G4QA 5IELA 154LA 1CKCA 1GF0A 2BQLA 1JEFA 2Z38A 4RLMA 1B7OA 4W96A 1B5XA 1BWHA 1QUTA 3M3UA 4H9HA 3A67Y 3AJNA 5LYMA 3WL2A 1WQMA 1MLCE 5I4YA 1HFZA 3W6BA 5APCA 3AGHA 4YOPA 1LSPA 4NHQA 1D0MA 4BADA 5LYZA 5HLLA 1IY4A 3WW6A 1HEQA 1GB6A 4H9FA 4WLDA 1YROA 2LYOA 1FKVA 1UIAA 3QNGA 1OUJA 2ZNXY 1GPQC 3W6FA 4NIJA 1LYSA 4CHXA 4UWNA 4NWHA 1JKDA 1LZNA 5KKJA 2GV0A 1GF4A 4WO9A 3AW6A 4OWBA 2BAAA 1IWYA 1BQLY 1GE4A 4Z3MA 1UICA 1LMOA 2YBJA 3A92A 1UIHA 4RW1A 1IP5A 1AZFA 1LMQA 3A8ZA 1QTEA 3M18B 1RFPA 4NSGA 5B06A 2VB1A 4DD1A 1EQ5A 2C8PA 1HSXA 4DDBA 4DD0A 4NWEA 2ZWBA 2YBMA 1BVKC 4TUNA 1IP7A 1BHZA 2D4JA 3AYQA 1VDTA 1GAZA 2DQIY 1NWGA 4ANRA 4ET8A 3ZEKA 1B7PA 4XJFA 1JTOL 5B59A 4R0FA 5LAFA 1LYOA 2I6ZA 5KKIA 4ETBA 2G4NA 1GXXA 4HSFA 1QSWA 5D5CA 2F30A 1IC7Y 1OUDA 2DQCY 1REZA 2I25L 2BQBA 4GCBA 3IJUA 4R6CA 1GFAA 1HFXA 2HEEA 3LZ2A 1IO5A 2BQFA 1HFYA 3N9CA 4H9CA 2DQJY 4WLXA 5I4XA 1VAUA 1JIYA 1F6RA 2EPEA 2ZQ3A 3AW7A 4YF2A 1IWXA 2I26L 1GDXA 1MELL 4PJ2C 1JTPL 3AGIA 5KXMA 5AMYA 3AB6A 5ILCA 1B9OA 2EKSC 4NHTA 5F14A 3KAMA 4QDNA 3RZ4A 1WQQA 2W1MA 2ZNWY 5JENB 4NGWA 4H8XA 4EOFA 1GB3A 1J1XY 1LPIA 1QUSA 1GHLA 5ILFA 1JJ0A 1G7IC 3WYHA 1IY3A 1CJ8A 3EBAB 1HNLA 1LHIA 5APFA 1IORA 1LHKA 1CKFA 1ZMYL 4MCKA 2ZYPA 4ETDA 1G7JC 1DZBX 1OUEA 3A93A 1WQOA 3TMVA 1T3PA 1BB6A 4LFPA 4HJVA 1PZYA 4N1EI 4P2EA 4LYMA 1BVXA 4XYYA 1LJHA 1IOTA 4RLNA 1CJ7A 1KXYA 1BGIA 2LHMA 153LA 1GF6A 3ZVQA 1ALCA 3WU9A 1EQEA 4EMNA 1KXXA 1LSDA 1UUZC 2FYCA 2LYZA 2Z19A 1GF8A 3A94A 4KXIA 4RW2A 3W3EA 5M1YA 1GE0A 1LZCA 1RE2A 1XEIA 5HNLA 3TXFA 3A6BY 1CNSA 1DPWA 4NHPA 4OWAA 1YL1X 133LA 1LZ4A 1JKCA 3ATNA 5A3EA 1DKJA 3WPLA 1D0KA 1GWDA 1B7SA 1GB9A 3E3DA 4ETEA 3WPKA 4YM8A 4J7VA 4GN4A 4OOOA 1LZ5A 1FLQA 1VEDA 2Z12A 1YAMA 4HJZA 2AUBA 1IP6A 1GF3A 1LKRA 3A90A 4H90A 1BB4A 1JHLA 8LYZA 4Z46A 4WM5A 1AKIA 1D6PA 1F10A 1HHLA 1LSBA 5FCPA 4GCEA 1CKGA 5I53A 2Y8PA 1JKBA 1B5UA 1LSAA 3EXDA 4PHIA 4CFPA 5L9JA 1GE2A 4WM6A 1GFVA 4N5RA 1BWJA 2BQCA 3AZ6A 5T3FA 2YVBA 3TXGA 5I4WA 5C6IA 4G49A 2W1LA 1GDWA 1I56A 1IP2A 5IDDA 3A6CY 5E4PA 4HTNA 2CDSA 4DC4A 2D91A 5LVHA 1FKQA 1LHJA 1GBZA 1PS5A 2Q0MX 3A3RX 3LYOA 4WL6A 4M6DA 4ZIXA 1LHMA 4IJ4A 1LZEA 2Z37A 4Z98A 5B1FA 5KXXA 2RSCA 4HPEA 1O23A 1HERA 1B7LA 1IWZA 4J1AA 4N0JA 4OW1A 5I54A 1LMTA 4X3BA 1XGQC 4BAFA 2MECA 2CWIA 2W1XA 5LVGA 2YBNA 3WU7A 1LZ8A 3IWRA 3QE8A 1WQPA 3GXKA 2HECA 4E3UA 4DD3A 2N5ZA 1YQVY 132LA 1GBSA 4LYZA 3VWOA 1B2KA 1G7MC 1D6QA 3HBDA 4DD9A 2MEGA 4DWXA 1UA6Y 4MR1A 1YIKA 4H92A 1OUGA 194LA 1GFRA 1LJJA 208LA 5B07A 1FLYA 1LMCA 2HU1A 4B0DA 4NG1A 1YKXX 2Z39A 1UIBA 3LZTA 5A3ZA 1IC4Y 2F4GA 5LA5A 1YAPA 1N4FA 1RI8B 3WUNA 3RT5X 5C6JA 4H93A 3CB7A 2MEHA 1GB0A 4LFXA 1GBXA 1LJGA 3EMSA 3TXIA 3LYMA 4NGVA 5FHWA 2YSSC 1C7PA 1LJNA 1WVVA 1OUHA 3LN2A 4DD7A 4TSBA 1GFGA 4XJBA 1JTTL 5KXPA 5C6LA 5HQ1A 1AM7A 2ZQ4A 4WLYA 1GEZA 3FE0A 1JUGA 2W1YA 3N9EA 3AZ7A 4GLAA 4G9SA 4XADA 1LSEA 1IWVA 1IEEA 1GD6A 1LHHA 5I5QA 1BB5A 3J4GA 1F0WA 1GB7A 1UIDA 5KXOA 3TXKA 2BQEA 1LZDA 4H94A 7LYZA 4XJDA 1C10A 1FDLY 1HEWA 4LYCA 3AZ5A 4H9BA 3W6CA 4DD2A 2HU3A 4I8SA 4WM2A 3WPJA 3W6AA 1LCNA 1JKAA 1QDTA 1JJ1A 2A7FA 1LZTA 1NHEA 3LHMA 4J1BA 3J6KA 5DN5A 1J1OY 3ATOA 4LYOA 1BWIA 3TMXA 1IR7A 2LZ2A 4HTKA 2FBBA 1C43A 2Z2EA 4NGOA 1V7SA 5FSTA 5J7CA 3EO5A 3WUAA 1C45A 1W08A 1WQNA 3TMWA 3F6ZA 2XBRA 2DQAA 4YEOA 1HEMA 4N1CC 3RNXA 3T6UA 1DI3A 1TEWA 1UIFA 2NWDX 3RU5A 1OUFA 1C46A 1LJFA 1UIEA 1W6ZA 3B0IA 3D3DA 4NSIA 3TXHA 4HJYA 1VDSA 3TXJA 4QGZA 4KPMA 1JISA 1GE1A 2BQJA 1HEPA 3MGWA 2DBTA 3OJPA 1ZVYB 3WVYA 4HP0A 1FLWA 3WUMA 1XEJA 5KXRA 4LYBA 1IP1A 1NDGC 4TX7A 1VDQA 1LJKA 1LAAA 3ULRA 2BQOA 1B7QA 1GFEA 2CJLA 2PC2A 2BQKA 1D9UA 1IWUA 3TMUA 4QY9A 4HPIA 5DN4A 1LMPA 1XEKA 4H8ZA 2A7DA 1LSFA 5B05A 1XSFA 5L3HA 1DKKA 1B7RA 4I0CA 1H87A 2DQEY 4H9IA 1IIZA 2H9KA 1YKYX 4HTQA 2WARA 3TXEA 1Z55A 3LYZA 9LYZA 1B5YA 1IOCA 1JSEA 2HTXA 3G3BB 5D5FA 1GF5A 4OOTA 1IWTA 2DKVA 5HMJA 2BQHA 3P64A 2HEBA 1G7HC 1GFUA 3W6EA 1KIPC 3QY4A 1LZYA 1TBYA 1XGPC 1B0DA 2BQNA 1OUBA 4ML7A 2EQLA 1NMMA 4W94A 2D4IA 2YBHA 2DQFC 4GCFA 1VFBC 4WG7A 2HEAA 4PPOA 2IFFY 4ETAA 4NHSA 4NGJA 4RDSA 2XJWA 4G4HA 3TXDA 1ZVHL 1TAYA 1P2CC 2FBDA 4B49A 5FEKA 1DXJA 1XFPL 1E8LA 2MEFA 1J1PY 4NSHA 1QSAA 2HEFA 1IP3A 1T6VL 1YILA 2XTHA 2BQMA 2MEAA 1LOZA 2IHLA 5KY1A 4YENA 2LYMA 4KL7A 3AGGG 3A3QA 1AT5A 2BQAA 4N8ZA 1BB3A 1EL1A 4B1AA 1SLYA 5B1GA 1UIGA 5L3IA 4WLTA 1DI4A 1NKHA 1GBYA 4QEQA 4TWSA 1LHLA 1B7MA 4XJGA 4GCCA 5LXWA 2BLYA 2X0AA 3SP3A 1NDMC 2EIZC 1LZRA 3WU8A 5FELA 1QQYA 3A96A 1TDYA 4LT3A 1CJ6A 1CJ9A 4WM4A 1GFHA 1LYZA 1F6SA 3B72A 4IASA 1GE3A 4B4IA 4WG1A 2HUBA 1GFTA 1I1ZA 4WM3A 2ZILA 1IR9A 1H6MA 1LSZA 3A91A 4LGKA 4OWCA 1LYYA 5IHGA 1LTMA 1YL0X 5EBHA 4OWEA 1IR8A 1CKDA 4NGIA 3WW5A 1B5WA 1IOQA 2BQGA 4Z41A 1JJ3A 1OQMA 4NG8A 1GBOA 2BLXA 1B5VA 4GN5C 5LIOA 1V7TA 4J0LA 5F9XA 4ZEEA 1D0LA 1BB7A 2MEBA 4LYTA 4NGZA 4CJ2A 1LJ3A 4O34A 3WH1A 1INUA 1UCOA 1LSCA 5K7OA 1IP4A 1QTKA 1REXA 4TSCA 5II3A 1IC5Y 2F4AA 1XGRC 4GLVA 1QIOA 1LSYA 4BS7A 5KXKA 1NQIA 1QDRA 1B5ZA 2DQHY 3HBHA 5KXSA 5HMVA 5KJ9A 1LZGA 4NGYA 4TTDA 1NF5A 2YDGA 2YBLA 3GXRA 1HENA 3N9AA 4WM1A 4H9AA 4NFVA 3IJVA 3WULA 1HMKA 4NGKA 1LJIA 1LMNA 1UC0A 4G4BA 4DT3A 5E9RA 5LA8A 5LVKA 1GB8A 1WTMA 2ZIJA 2D4KA 3BKHA 1JITA 3P65A 3B0OA 1DQJC 1FBIX 4NSJA 4BAPA 4XENA 3P68A 1DI5A 3T36A 4M4OA 193LA 2ZYCA 4H8YA 3HFMY 5APDA 4D9ZA 4A7DA 2BQIA 4H9EA 4WMGA 5APEA 2Z18A 5FDJA 1NBZC 1HELA 4B4JA 3LYTA 4B4EA 1SQ2L 1TCYA 1LSMA 2H5ZA 4L41A 1JWRA 3OK0A 135LA 1OUIA 1WTNA 4G4CA 4DDCA 6LYZA 1YAOA 2BQDA 4CGEA 1I20A 1ZV5L 5LYTA 1GEVA 1GXV2 3BKVA 5LAGA 2B5ZA 4LZTA 6LYTA 1G7LC 2MEIA 1YAQA 3CSQA 1UBZA 1FLUA 1A2YC 4N9RA 1VDPA 1HEOA 1IOSA 1JPOA 2C8OA 1VATA 3P66A 1LZ9A 3AZ4A 4LT2A 4WO6A 4HV1A 1LSNA 5F16A 3W6DA 5LINA 1REMA 1KIRC 1HMLA 3A34A 1GB2A 4GN3A 4PGJB 2G4PA 4XJIA 3K3TA 1C08C 3TXBA 5DM9A 207LA 4UWVA 4ZFPA 1HC0A 4FJRA 4LT1A 2YBIA 1AT6A 1XGUC 2MEDA 1IX0A 4NEBA 3CT1A 1HF4A 4GCDA 4UWUA 1GAYA 1LZ1A 1RJCB 2CGIA 4H1PA 5DLAA 4ETCA 5KXYA 1CKHA 4H91A 1LJ4A 1IVMA 3CT5A 2F2NA 1LZSA 3CSZA 1LZBA 4LT0A 4ET9A 2ZIKA 3CQLA 5HNCA 2DQDY 1GF7A 2XBSA 5KXZA 1OUCA 5DL9A 5F9UA 4HV2A 1YKZX 2Z2FA 1GBWA 1OP9B 4AGAA 1B7NA 2MEEA 4WL7A 1KXWA 3HBEX 4NHIA 1LSGA 4FDYA 4NGLA 2H9JA 4NY5A 1HSWA 1DPXA 4C5FA 4C3WA 4PRUA 3ZVQB 1GF9A 134LA 1NBYC 2D6BA 4DDAA 5KXWA 5KXTA 1REYA 5LVJA 1LJEA 4MSTA 1XGTC 4KT3A 1RCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
129LA 3WVXA 1C6JA 1L67A 1L13A 3HTFA 3WXUA 4OWHA 4PRQA 2FYDA 4WOAA 1C68A 4DYGA 1L60A 1L31A 1WVUA 5LVIA 4XJHA 1OUAA 2LZTA 3WMKA 1L17A 1FN5A 4EKQA 1LZAA 3RW8A 1IWWA 5IELA 1L18A 168LA 1B5XA 1QUTA 257LA 2B70A 3AJNA 5LYMA 5APCA 1L55A 218LA 4BADA 3WW6A 1HEQA 4H9FA 1L95A 4WLDA 1YROA 3DMXA 4W56A 3QNGA 144LA 3W6FA 2OTZX 183LA 4OO9A 1P5CA 4WO9A 2BAAA 4RW1A 1LMQA 3A8ZA 1QTEA 1RFPA 3HU8A 5B06A 3HH5A 1PQDA 4NWEA 2ZWBA 3AYQA 1NWGA 3FADA 4XJFA 1DYGA 4EXMA 3HT9A 1KY0A 4ETBA 2G4NA 4HSFA 2F30A 2I25L 2BQBA 3IJUA 4R6CA 1GFAA 1HFXA 2HEEA 1IO5A 2EPEA 3AW7A 1IWXA 4PJ2C 180LA 1JTPL 1L30A 4QDNA 3RZ4A 1C6NA 1WQQA 1J1XY 3HH4A 3WYHA 4LDOA 1LHIA 1P6YA 1L51A 4MCKA 1CKFA 1ZMYL 2F47A 2ZYPA 2RB0X 4LFPA 1L99A 1PZYA 4P2EA 120LA 1GF6A 1QUDA 3WU9A 4EMNA 1L76A 1L91A 1LSDA 2FYCA 2Z19A 1GF8A 3A94A 1LZCA 1RE2A 4OWAA 1L65A 1YL1X 131LA 133LA 3ATNA 1JKCA 5A3EA 1DKJA 3WPLA 1ZWNA 3HT6A 1GB9A 1L52A 4J7VA 1C65A 1FLQA 2Z12A 1YAMA 1IP6A 1GF3A 1LKRA 1L07A 221LA 2RB2X 4Z46A 1L21A 4PJZA 1LSBA 5FCPA 1C6GA 4PHIA 4CFPA 1DYBA 2YVBA 5I4WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B6L A;  3B0K A;  1KIQ C;  5KXL A;  3WVX A;  4AXT A;  1WQR A;  3D9A C;  4II8 A;  4YEM A;  4CFO A;  1EQ4 A;  5KXN A;  3WXU A;  3CT0 A;  4OWH A;  3G3A B;  4PRQ A;  1LMA A;  2FYD A;  3P4Z A;  4IAT A;  4U3X B;  4WOA A;  1GFJ A;  2BPU A;  5F81 A;  2HED A;  1LZ6 A;  1WVU A;  2DQG Y;  4DYG A;  1GB5 A;  1UAC Y;  5LVI A;  1YAN A;  4XJH A;  1OUA A;  2LZT A;  3WXT A;  3WMK A;  3CSR A;  3FI7 A;  3A95 A;  1FN5 A;  1JSF A;  1GFK A;  4XN6 A;  1A4V A;  1LZA A;  3RW8 A;  1IWW A;  1LKS A;  2G4Q A;  5IEL A;  154L A;  1CKC A;  1GF0 A;  2BQL A;  1JEF A;  2Z38 A;  4RLM A;  1B7O A;  4W96 A;  1B5X A;  1BWH A;  1QUT A;  3M3U A;  4H9H A;  3A67 Y;  3AJN A;  5LYM A;  3WL2 A;  1WQM A;  1MLC E;  5I4Y A;  1HFZ A;  3W6B A;  5APC A;  3AGH A;  4YOP A;  1LSP A;  4NHQ A;  1D0M A;  4BAD A;  5LYZ A;  5HLL A;  1IY4 A;  3WW6 A;  1HEQ A;  1GB6 A;  4H9F A;  4WLD A;  1YRO A;  2LYO A;  1FKV A;  1UIA A;  3QNG A;  1OUJ A;  2ZNX Y;  1GPQ C;  3W6F A;  4NIJ A;  1LYS A;  4CHX A;  4UWN A;  4NWH A;  1JKD A;  1LZN A;  5KKJ A;  2GV0 A;  1GF4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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