2ZYEA

Structure of hiv-1 protease in complex with potent inhibitor kni-272 determined by neutron crystallography
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Structure of HIV-1 protease in complex with potent inhibitor KNI-272 determined by high-resolution X-ray and neutron crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zyeA00
3NU4A 1EAGA 5P8LA 1YM4A 4BELA 2Q15A 2CENA 1HSIA 2V16C 5P3SA 3INHA 5OZOA 2AZBA 3GI6A 5F00A 5OYXA 5P3RA 3VYEA 5OZMA 3SKFA 3T7QA 1QRPE 4JOOA 1HTEA 5P1AA 5OZ6A 4Y3QA 3EKYA 4R91A 5P8AA 4ACUA 4GJCA 3D91A 3UDQA 4Y37A 5P3NA 1GVUA 4I11A 5P8JA 5P4VA 5OYRA 2BB9A 3LIYA 4DJWA 2RENA 5DQ5A 1D4KA 1FMXA 3NU3A 3PGIA 1TCWA 5OZEA 5P28A 4QJ9A 3UTLA 1YG9A 4BFBA 3QIHA 1ZTZA 3MXEA 1BWBA 6UPJA 3MWSA 5P2CA 4HA5A 1W5YA 3KFRA 1B6PA 1DP5A 3VLAA 1A30A 4DQBA 2AVMA 3OADB 3DM6A 4X2LA 1FMUA 3NXEA 4EPJA 3NDUA 5P7XA 4Y6MA 5P2IA 3ER5E 1E5OE 5P1ZA 2FXEA 4LBTA 3UQXA 5P70A 3SKGA 2H6TA 4Y4XA 1EBWA 3OUDB 1FMBA 3CYWA 3OHHA 1SH9A 5P2JA 4PZWA 2V0ZC 3NSHA 4MC6A 1HIIA 5KR2A 2Z4OA 3Q70A 5P58A 5P11A 3K4VA 1SDTA 4DH6A 4D83A 5OZXA 3OU1B 3QBHA 2P3AA 2I4WA 3NR6A 2QI3A 4N00A 5P0XA 1B5FA 3OXVA 2WF0A 3PJ6A 3S56A 1NH0A 3ZKXA 5BRYA 4ZPGA 4YD7A 2VA5A 5F01A 2O4PA 1NPWA 4GYEA 2RMPA 5P8QA 5P2DA 3D3TA 2ZHUA 5P54A 4TRWA 4H3GA 5P82A 2O4KA 3LPKA 1FQXA 5P23A 5P0TA 2G94A 2F80A 3VSWA 5P5XA 3PBZA 3I6OA 1FQ8A 2FNTA 5DR0A 5P8KA 4ZLSA 5IS4A 3CKPA 3UQPA 4OBHA 2OHUA 4I0IA 3LZYA 3ZL7A 5OZYA 3PLLA 3IVHA 5BWYA 5ER1E 4YOBA 5P6UA 3CMSA 5BS4A 1EPNE 1SDVA 5P6KA 1GVVA 5P13A 4H3JA 3IXJA 5P72A 1AXAA 5P81A 2OHTA 4L1AA 1AM5A 3KDBA 3BXSA 2HB4A 5DR4A 4D85A 1MSMA 3K5GA 3TNEA 3VCMA 1C6ZA 1YM2A 2G20A 5P6OA 4ER1E 1YTGA 2IRZA 2QCIA 4EJKA 3OUBA 5P77A 3UDYA 4GIDA 3ECGA 4DQCA 8HVPA 1LV1A 1D4SA 4ZPFA 4Y5AA 5P06A 5P49A 1HHPA 5UPJA 4RGHA 2I1AA 5P8PA 2BPYA 3SAAA 4OBKA 5P65A 4R5NA 4OBFA 3PSYA 5I3VA 4ACXA 4KUPA 2RSPA 1E80E 1PFZA 3L5BA 3LIZA 4XKXA 4A6CA 2ZHRA 3OQ7A 5P2VA 3OUCA 3OGQA 5P66A 5OZVA 5P0FA 2QHYA 3VEUA 5P57A 2B42A 3HAUA 4LL3A 5P5TA 1B6KA 2QMDA 2Q54A 3G70A 2JJJA 5P7GA 5DR1A 2J9JB 1TSUA 2PH8A 1W5VA 4YD3A 4A4QA 2WF4A 4RCFA 1ZPAA 3PWWA 4Y3WA 4J1HA 3PMUA 1GVXA 2HS1A 3JVYA 1HBVA 3QRSA 5P5FA 2G1OA 5OZIA 2I4QA 1META 4YDFA 4Y56A 4RLDA 1KJFA 3UCBA 4YE3A 5P0NA 4XXSA 4HDBA 3OU4A 3GW5A 4QJ7A 1AJVA 5P6BA 4FAEA 1G6LA 3VF5A 5P5EA 4Y4WA 4K4RA 4EQJA 3ZPUA 2R38A 2NNKA 3MSLA 3FIVA 5P19A 3L59A 2FXDA 2QMGA 3PHVA 1GVTA 2QU2A 5P73A 2AOFA 3H0BA 1TW7A 5P2XA 1GNNA 4YBFA 1AZ5A 2PWRA 3DCKA 5P1MA 1APVE 3EKXA 5P63A 4Y4DA 3HVPA 4ZE6A 3S85A 3HBOA 5I3YA 5P5ZA 5P1WA 4Y35A 5OZ1A 2PC0A 2ZGAA 1D4IA 5P42A 3CYXA 3TKGA 1EEDP 1FIVA 3FV3A 4YHQA 4B78A 1FB7A 3QN8A 5P5YA 5P8TA 1WBMA 1MERA 2ZDZA 3BUGA 1NPAA 3WZ7A 1N49A 1RNEA 1K6TA 5P8GA 4TRYA 5P0SA 2QHCA 5P78A 1Z1RA 1XN3A 4LAPA 4CPTA 5P6HA 3QAAA 5OZBA 2BKSA 3U7SA 3OAGA 5OZTA 5P2MA 3SABA 5P76A 4L7JA 3SQFA 4Y3XA 1LYAB 5P1VA 4EWOA 3QRVA 4NJUA 4XX3A 1TCXA 1NPVA 4D89A 3FNUA 2AVQA 4DJPA 3EL5A 5IE1A 2ZJJA 4DJXA 2FS4A 4RROA 5P7CA 4H1EA 2A1EA 5P0EA 5P1JA 3UF3A 4RRNA 3K5DA 1FG6C 5P2YA 1HPSA 3Q6YA 4GJ5A 3ZKNA 2OHMA 1T7KA 5P8SA 5DPZA 3TTPA 5P62A 4I8ZA 1MESA 4F76A 5P25A 1HOSA 4Y4ZA 5OYUA 3ZMGA 2NTRA 5OZQA 3VF3A 4I12A 4L6BA 4TVGA 1IDBA 1HTFA 4I0DA 3UDJA 2R9BA 1T6EX 2QK5A 2RKGA 1FKNA 2H6SA 5P3HA 2JE4A 3TPJA 3ZOVA 1LS5A 5P20A 3QS1A 4B77A 5JFPA 3OGPA 4DV9A 3VYFA 2WHHA 4ZSRA 3EKPA 2Q3KA 1SMEA 3QVIA 5JG1A 4I0EA 4HEGA 2JYSA 5P00A 3NU9A 4OBZB 3BGCA 3UDRA 1RL8A 3KMXA 5P4FA 3O9BA 1HVJA 4B0QA 1K2CA 1U8GA 3OUAA 5P1FA 4B72A 4HVPA 2V13A 1M0BA 5P75A 2QI1A 5KR0A 3UQRA 4GJ6A 5P44A 4GJ8A 4KB9A 1TSQA 3EL1A 4I0JA 2P8HA 1MTRA 1AJXA 5P29A 4TVHA 5P5RA 5I3WA 3SA6A 2AOIA 5OZKA 2IDWA 4EXHA 5HU1A 3HZCA 3L3AA 3OXCA 5P7YA 2NXMA 1BIMA 4APEA 3T6IA 1KJGA 3D1XA 3PWMA 2P83A 7HVPA 3PCWA 7UPJA 3L38A 1RPIA 3PI5A 1PROA 5P5LA 2IGYA 5P1NA 5OZ8A 1EC2A 1B6MA 1MVPA 5CLMA 5OYSA 2B60A 3TKWA 2BKTA 2WEBA 3RTNA 4F74A 4Y3HA 2Z54A 3OHFA 1SMRA 1CZIE 2VIJA 5P4PA 1C6XA 3O9DA 1SGUA 3R2FA 2OHPA 3T3CA 3O9HA 2NXDA 3BXRA 5P61A 1KZKA 4GB2A 1HVIA 5P0HA 4J0VA 2VKMA 4EJDA 5PEPA 5P68A 5OZ2A 5P1XA 1E82E 4Y50A 3BHEA 5P36A 1MT9A 5P6MA 5P2UA 4F75A 4EXGA 3O9CA 4DUSA 2VA6A 5P2HA 2WEDA 4E43A 3INFA 5P5DA 3TPRA 5KR1A 3VFAA 4AA9A 3FKTA 3IN3A 4GJBA 3O9LA 5P3OA 5P12A 1HVLA 5P46A 3UFLA 5P8UA 3DV5A 4RYCA 1LYBA 2HC0A 4FRSA 5P5CA 3INDA 4WY1A 5P5QA 4KE1A 2XYFA 3UDKA 1EPRE 1D4LA 4NPTA 5P2SA 2ZHSA 1XL5A 3KFSA 4MC2A 5P5GA 1J71A 3PM4A 2SAMA 4Q1YA 3T11A 2JJIA 3TOFA 2IL2A 3PVKA 1YTIA 4Y3ZA 5HCTA 5IVQA 3NWXA 3OWNA 5DQ4A 5P45A 1SGZA 3B7VA 6FIVA 2HS2A 3GGAA 2WF2A 3VV7A 2QZXA 1QBUA 5P33A 5P7SA 4B1CA 4J1KA 1IZHA 5E5JA 3NLSA 5P15A 5P5WA 3KDDA 3UPJA 2B7ZA 3BRAA 3UDMA 1T7JA 5P05A 5P88A 2QZLA 4Y3DA 3DK1A 5P3BA 5P8IA 4CPRA 2OHSA 2AOHA 4Z50A 2AOCA 5DR3A 5P4BA 3TLHA 5P5NA 2FNSA 2QI4A 3KT2A 3OQFA 2NXLA 2QP8A 4J1FA 4L1AB 4EJLA 2NPHA 4FSLA 2V10C 5P8MA 3S7MA 4HLAA 5IVSA 4FLGA 5P3MA 4OD9A 1EBYA 1XL2A 2ZJNA 4Y45A 1IIQA 5DQCA 3NXNA 4LHHA 2I4UA 1W51A 1IZIA 2WEAA 3TPLA 4Y3LA 2QMFA 4QLHA 2ZYEA 4LC7A 3PB5A 4GZFA 4Y5MA 3F9QA 2OHRA 2QZWA 5P8HA 4PPHA 2G1NA 6APRE 5HD0A 5P1BA 5P0RA 5P2NA 4NJVA 3OXWA 4EHCA 3UDNA 5P4XA 4ER4E 3SA5A 2OHKA 1ER8E 1HWRA 3SA4A 2ZJKA 2HB3A 2OHQA 5P1UA 3KF0A 1DPJA 4CPWA 5OZAA 4DPFA 1D4HA 2CEMA 5ENKA 5P0DA 5P3YA 2VJ6A 1WKRA 2OHNA 5P0IA 3NU6A 1ZLFA 3CKRA 5P47A 4COEA 4DJOA 4FAFA 3SA3A 3UHLA 5P41A 4Y3SA 3HDKA 2Q63A 3O99A 5P4GA 3RVIA 5EZXA 5P51A 4B1DA 4Y5PA 2O40A 4MC1A 1IVPA 4M8XA 5OYYA 4JPEA 5P8DA 5OZ0A 5P7EA 2AOEA 1PSNA 4Y41A 5P5VA 1MIQA 5P6ZA 1FQ6A 3SM1A 3OK9A 3OU4B 3PSGA 4RCDA 4CPSA 4LP9A 2BJUA 1HXWA 1UPJA 2FLEA 2NR6A 5OZ9A 5P79A 1BXOA 4ZSPA 1LF4A 4Y9WA 4ZEAA 5P8RA 3Q5HA 2OAHA 1EPME 3OXXA 2F3EA 5P4SA 5KQXA 4JP9A 1ZPKA 4Y4AA 4DQEA 1OHRA 5P6PA 2AODA 2HIZA 2B7FA 4APRE 1ZBGA 4FS4A 5P6YA 5DR8A 2G21A 4Y43A 1QS8A 1ZJ7A 4EP2A 3EKWA 5P2WA 1B11A 3KDCA 5P6DA 4ZIPA 5P5JA 1HVHA 3Q3TA 5P52A 3KFPA 4Y58A 2G22A 5ISKA 5P4RA 4FRJA 5P2KA 4Y57A 4Q5MA 2P4JA 3CKTA 4FM8A 4F73A 4Y3NA 4OC6B 5P4LA 2VNNA 4R92A 1PSAA 3S54A 5P1HA 1FFIC 5OYZA 1FQ7A 1K1TA 3OAGB 1C6YA 5P1KA 5P0ZA 2CEJA 3U71A 1KJ7A 5P2LA 4I8WA 5OZ7A 4RVJA 4RRSA 3SA8A 5ENMA 1IVQA 3IXOA 3K5CA 2FDEA 2AZ9A 2Q11A 4NKKA 2ANLA 5T4SA 4Y3RA 5KQYA 3IVIA 5P24A 2I4DA 3EM3A 5P0KA 3U6AA 3EC0A 5P0CA 1RQ9A 5OZWA 3JW2A 4EQ0A 2QZKA 1W5XA 2EWYA 5IVTA 5P31A 5P6AA 5P85A 1HTGA 1A8GA 5AHAA 4KE0A 1OEWA 5P02A 1G35A 5P4ZA 3LHGA 3O9EA 1SBGA 5DR7A 4BEKA 2FGVA 4U8WA 3H5BA 1GNMA 4CPQA 3OOTA 2VNMA 2PSUA 4Y3EA 4JECA 1EPOE 3UQUA 1XE6A 1XN2A 4FM7A 1HVCA 4EYRA 5P53A 3TOHA 3APPA 4PZXA 5E5KA 2QI7A 5P0JA 1SIPA 4IVTA 5I3XA 5P3JA 1QDMA 3IXKA 4Y3AA 4J54A 2J9JA 5P6CA 5P5UA 1IZEA 3SO9A 5P3LA 4ER2E 2P3BB 3D1ZA 3R4BA 4A6BA 5P67A 5P59A 2UXZA 1HVRA 2WECA 5P0LA 5P37A 5P7NA 3A2OA 5P5IA 4QJ2A 3ZPSA 3LPIA 5P8VA 3AUPA 3VV6A 5P2EA 3RSVA 4QGIA 5P2ZA 3NUJA 5P4IA 5OYVA 5HTZA 2QNQA 4LXMA 3SACA 5P4TA 4Y38A 5P7BA 3TL9A 1FGCC 4X7IA 1EPPE 5P1YA 5OZSA 2IENA 1EBKC 1OD1A 4CKUA 2OF0A 2PWCA 4DQGA 3O9AA 1EC0A 3URLA 1UH7A 3QPJA 1CMSA 5P16A 1BDLA 4HDFA 2JXRA 4Y5KA 4I1CA 1EC1A 2VS2A 3APRE 3RU1A 5P4WA 3KT5A 3NDXA 4Y5GA 4B1EA 5P84A 5P60A 3ZKGA 1GKTA 5P7RA 1A8KA 2QAKA 5OZRA 4YD6A 1LYWA 3WB5A 3CIBA 5COPA 1B6LA 4M8YA 2BPXA 1YTHA 1QBSA 3G6ZA 5P7AA 5OZUA 1FG8C 5P8BA 5P3VA 5P8NA 3SA9A 1FF0C 1HPVA 4DQFA 2QD7A 2ASIA 4NPUA 1LF3A 3N3IA 1QBRA 5KR8A 2F3FA 5C9DA 2F8GA 5J25A 3DOXA 4LXKA 5APRE 4Z4XA 4RVIA 5AHCA 5KQZA 5P4QA 3PWRA 2FDDA 1XDHA 4Q1XA 1CPIA 2AVOA 4I0ZA 4OBJA 4S1GA 3S43A 1A9MA 1T3RA 2XFKA 2AIDA 4GJDA 5P7DA 5P1LA 2PSGA 5P0BA 5P0QA 3O9LB 1M43A 4PYVA 3OQDA 4Y4TA 2IS0A 5P1QA 5P2TA 5C9FA 5HDZA 5C9BA 1LYBB 5P3TA 5P5BA 5P4DA 5P6EA 5HU0A 4AA8A 2VA7A 5P7WA 3GI5A 4Z2ZA 4RVXA 5P4JA 4J0TA 3I2LA 4Y5CA 2ZJIA 1AIDA 1ODWA 5P0MA 4YD5A 2I4XA 5KOSA 3S7LA 5JFUA 5P43A 3EMYA 3FNTA 2VIYA 5P22A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU4 A;  1EAG A;  5P8L A;  1YM4 A;  4BEL A;  2Q15 A;  2CEN A;  1HSI A;  2V16 C;  5P3S A;  3INH A;  5OZO A;  2AZB A;  3GI6 A;  5F00 A;  5OYX A;  5P3R A;  3VYE A;  5OZM A;  3SKF A;  3T7Q A;  1QRP E;  4JOO A;  1HTE A;  5P1A A;  5OZ6 A;  4Y3Q A;  3EKY A;  4R91 A;  5P8A A;  4ACU A;  4GJC A;  3D91 A;  3UDQ A;  4Y37 A;  5P3N A;  1GVU A;  4I11 A;  5P8J A;  5P4V A;  5OYR A;  2BB9 A;  3LIY A;  4DJW A;  2REN A;  5DQ5 A;  1D4K A;  1FMX A;  3NU3 A;  3PGI A;  1TCW A;  5OZE A;  5P28 A;  4QJ9 A;  3UTL A;  1YG9 A;  4BFB A;  3QIH A;  1ZTZ A;  3MXE A;  1BWB A;  6UPJ A;  3MWS A;  5P2C A;  4HA5 A;  1W5Y A;  3KFR A;  1B6P A;  1DP5 A;  3VLA A;  1A30 A;  4DQB A;  2AVM A;  3OAD B;  3DM6 A;  4X2L A;  1FMU A;  3NXE A;  4EPJ A;  3NDU A;  5P7X A;  4Y6M A;  5P2I A;  3ER5 E;  1E5O E;  5P1Z A;  2FXE A;  4LBT A;  3UQX A;  5P70 A;  3SKG A;  2H6T A;  4Y4X A;  1EBW A;  3OUD B;  1FMB A;  3CYW A;  3OHH A;  1SH9 A;  5P2J A;  4PZW A;  2V0Z C;  3NSH A;  4MC6 A;  1HII A;  5KR2 A;  2Z4O A;  3Q70 A;  5P58 A;  5P11 A;  3K4V A;  1SDT A;  4DH6 A;  4D83 A;  5OZX A;  3OU1 B;  3QBH A;  2P3A A;  2I4W A;  3NR6 A;  2QI3 A;  4N00 A;  5P0X A;  1B5F A;  3OXV A;  2WF0 A;  3PJ6 A;  3S56 A;  1NH0 A;  3ZKX A;  5BRY A;  4ZPG A;  4YD7 A;  2VA5 A;  5F01 A;  2O4P A;  1NPW A;  4GYE A;  2RMP A;  5P8Q A;  5P2D A;  3D3T A;  2ZHU A;  5P54 A;  4TRW A;  4H3G A;  5P82 A;  2O4K A;  3LPK A;  1FQX A;  5P23 A;  5P0T A;  2G94 A;  2F80 A;  3VSW A;  5P5X A;  3PBZ A;  3I6O A;  1FQ8 A;  2FNT A;  5DR0 A;  5P8K A;  4ZLS A;  5IS4 A;  3CKP A;  3UQP A;  4OBH A;  2OHU A;  4I0I A;  3LZY A;  3ZL7 A;  5OZY A;  3PLL A;  3IVH A;  5BWY A;  5ER1 E;  4YOB A;  5P6U A;  3CMS A;  5BS4 A;  1EPN E;  1SDV A;  5P6K A;  1GVV A;  5P13 A;  4H3J A;  3IXJ A;  5P72 A;  1AXA A;  5P81 A;  2OHT A;  4L1A A;  1AM5 A;  3KDB A;  3BXS A;  2HB4 A;  5DR4 A;  4D85 A;  1MSM A;  3K5G A;  3TNE A;  3VCM A;  1C6Z A;  1YM2 A;  2G20 A;  5P6O A;  4ER1 E;  1YTG A;  2IRZ A;  2QCI A;  4EJK A;  3OUB A;  5P77 A;  3UDY A;  4GID A;  3ECG A;  4DQC A;  8HVP A;  1LV1 A;  1D4S A;  4ZPF A;  4Y5A A;  5P06 A;  5P49 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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