2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
b'KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule tags Sugar binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1B4HA 5AA4B 4QSCA 1US5A 1ANFA 3C31A 3QUJA 3K1NA 3K2DA 3OSQA 5DVJA 1EU8A 3RTFB 4YMBA 4F31B 4EXLA 5TP9A 4RPOA 1POY1 5CI5A 2DOJA 4MLQA 1OIBA 1OMPA 3HO7A 2VOZA 2DWHA 3FZVA 1LFGA 3IX1A 2R71A 4P11A 3IOUA 2H9BA 5H8QB 5BUUA 3CVGA 2W7YA 2RF1A 4NMYA 2XX7A 5TU0A 1IITA 2HCAA 1MS7A 1B32A 2ZYNA 3MC2A 3MPKA 4PE5B 3E4RA 3K00A 3G3FA 4TOZA 2XXYA 4YZZA 3UN6A 4F2QA 5KCJB 5EHSA 1UTBA 1UIVA 3QYTA 4ND9A 5TPAA 3IB0A 3CIJA 3UIFA 2Q88A 2RKMA 5AA4A 5M2VA 1M5EA 5CC2A 2HZLA 4JWOA 3T9XB 4H5FA 3MAMA 4F22A 3VLWA 1B6HA 4EQBA 1Q1KA 3F11A 4QFKA 4YKJA 5FHMA 4PFWA 2F78A 5L8DA 3PUVE 3PPPA 3QUFA 4MFIA 3H6WA 1ELJA 5AE4A 1ZTYA 2Z22A 3FXQA 3SEXA 3VE1B 3PPOA 1B5JA 5B7DA 1B3HA 2O84X 1LBBA 1IIWA 3C34A 4LQ2A 2O51A 2ZNUA 4RXLA 3A3UA 1MM7A 3IORA 2XXTA 5JK4A 3HSTA 1B7HA 1SBPA 2RC9A 4FJPA 1YTVA 3LC8A 4NE4A 4AB5A 1I6AA 4F3BA 5KZTA 1NNTA 4IB2A 3TYHA 2QS2A 1PDAA 4K3FA 2DVCA 1PBPA 3U92A 1B1HA 2V84A 3HV1A 1OQHA 3S9NC 3U1OA 1VR5A 1GV8A 3LSWA 3SETA 3SDFA 1TWYA 3H3GA 2FYIA 2X7QA 2ONKE 4KCDA 5I2KB 1Y9UA 2Q2CA 1USYH 3CI8A 4ZS9A 3M3FA 3OO7A 4ZDMA 2REJA 1B3FA 2E0SA 4IGTA 4NF5B 2ZNSA 3G3HA 2FNCA 2VGQA 3TTMA 3EHSA 2V3QA 4OHNA 2GHBA 4OTEA 1B7UA 3V5AA 1P99A 3SEUA 4YB7A 3TMGA 3L6GA 4LONB 3TTNA 5DYHA 5I58A 3B6QA 3JV9A 2UVIA 5I84A 4KQPA 4I8CA 1Y3QA 3UGWA 2I49A 1JW4A 1YCJA 5CRYA 3H7MA 4KPTA 3ZS6A 1JQFA 2P1SA 3FATA 3FV2A 5I57B 2XXRA 4KD5A 2REGA 1B5HA 2NXOA 5JTYB 4NEDA 2QS4A 1YAEA 4IO6A 3FJMA 1MH3A 3W9WA 1N7WA 4G8MA 2XXHA 5DT6A 3Q27A 4C1TA 4EXKA 3KN7A 3V83A 4FORA 3TQLA 1MRPA 3KFMA 5FTIA 2NWJA 1A7LA 3IO4A 5I2KA 3ILUB 4MLVA 4LZ7A 5H8FA 2F7CA 1I69A 2ZXTA 4RA1A 1B3GA 1N76A 5I2NA 4NF5A 4NF4A 4Q8RA 4E0WA 1FQDA 3BKIB 1VFDA 4F39A 1Y4TA 2F5XA 3OO8A 3MQ9A 4QRZA 4IY6A 5ITOA 4ZEKA 4DZ1A 4G68C 4G2ZA 1NL5A 1VFEA 5ITPA 3MVWA 3H6VA 4C0RA 2PVUA 1MQJA 4X48A 1QW0A 2H4IA 3OOAA 1M5CA 2I3WA 2Q8JA 4KHZE 2VD2A 4BDOA 3C35A 2I3VA 5I57A 1QUJA 2ABHA 1ZIUA 3C36A 4BDLA 4I62A 2WKYA 1B0HA 4RY1A 2P0SA 1DTGA 1MQHA 3TUSA 3H06B 4WKMA 2I4BA 5CMBA 5JTYA 2XD3A 1VSOA 2ZYKA 2YJPA 1SW5A 4U23A 2ZNTA 1LAHE 1BLFA 3CFZA 1MY0A 3PPRA 4GXAA 1URGA 4X1DA 4F18A 3IB1A 4ESWA 2LAOA 2F8DA 1SI1A 3IL1B 1URDA 4HW8A 4F19A 4GFRA 1PEBA 3MPLA 4P0GA 1NMUA 3CSGA 3CG3A 4NF6B 3RN8A 2A5SA 3CFXA 4OEVA 1YPNA 1TT1A 1LBCA 1NKXA 2HXWA 1ZMGA 3G3JA 5AA1A 2NUVA 2YPNA 5K2XA 2OWTA 4EF2A 2AL5A 3SERA 4AQ4A 3KBRA 3C33A 2DE2A 2O7IA 1MXWA 3RT6B 2HAVA 1O7TA 4MH5A 2RCBA 3KGCA 1JETA 3LSXA 1IXIA 1BKAA 2HZKA 1D9VA 3TODA 4GQOA 4G4PA 1DOTA 1Z7NE 3ZSFA 5JEIA 3LSLA 4LQ5A 1A54A 1MQGA 3I6VA 1VE4A 2NOOA 3MVYA 2PT2A 3K6UA 4I9DA 2XXXA 1UTBB 4OQOA 3ILTB 2O6AA 1UTHB 2Y7WA 5TPAB 1I6BA 2VD3A 5AA3A 3GLBA 3DLNA 1FCKA 3RUMA 2OCUA 4GF8A 3TCHA 1P1QA 3VV5A 2O1LA 2GRVA 4YB5A 2G93A 3K6VA 4THIA 4ZECA 1DMBA 1Q35A 2ONSA 4FEBA 2F97A 4N13A 1F9BA 4QFNA 5DVIA 3RTWB 1Y4CA 2H98A 3H4ZA 3E9XA 4GL8A 2A5TA 4IGRA 5K2YA 3AXFA 3DP6A 1B9JA 4NF6A 4DXUA 1CB6A 1PBQA 1SW4A 4GOTA 3O28A 3CSBA 4WXJA 1XC1A 4HCWA 2THIA 1NH7A 3TELA 3OEMA 1MQIA 1JW1A 5AA2A 4H67A 3EF7A 4QFOA 3N94A 4H1XA 3K1MA 2O69A 4OEUA 3T96B 4OENA 3HN0A 4LUBA 5L9MA 1LFIA 4O3AA 2DWIA 1NNKA 4QF9A 2QS1A 3PMXA 3N6UA 2UVGA 4YKPA 3T22A 1IXGA 1IXHA 4ZZAA 4OXVA 4PETA 1BP5A 4LZ8A 3IB2A 1FQEA 3H6UA 4F3GA 1MY4A 3OSRA 3G3KA 4OFLA 2HFBA 3D4GA 2XHDA 2D21A 3TQWA 1UTHA 3ECRA 2V25A 3IOWA 1KWHA 5EYFA 3QIMA 1AH5A 1II5A 3K02A 4BDRA 4GWOA 4BDNA 4F1UA 4NWDA 3E13X 4XKNA 3OO6A 2OWSA 1JW5A 2RCAA 3VXCA 3V8XB 1WVJA 1LAGE 4XKRA 2F6GA 3KZGA 1M5BA 5ICQA 4F29A 1H43A 3PUYE 2AYSA 4NTLA 2NVUB 4YKKA 1XT8A 4H65A 2CMOA 4H5GA 4AB6A 2X26A 1FTLA 4JSDA 3BBRA 3CR9A 2UYEA 3RY3A 1DPPA 1I6QA 2DWJA 4RPNA 3M8UA 1FTOA 1MPCA 1ZBMA 1LCFA 4BDMA 5CBRA 4XKPA 1ZU0A 1JEVA 2F7BA 1LFHA 1T0KA 4YMAA 5I58B 3IJOB 1PB9A 2XXIA 4OYVA 4ZEBA 4R9FA 4OZ9A 2XX8A 3A09A 3KSJA 1SI0A 2Y7KA 4Q30B 3R6UA 1MG1A 1A8EA 3Q28A 3K1PA 1TFDA 4N07A 3KG2A 2I6EA 2OJTA 2FA7A 2QSXA 2IA4A 2QMWA 3JYRA 3SEVA 1PB8A 4EQ9A 3QK6A 3C9HA 2AIXA 1ATGA 4FE8A 2PYYA 4QHQA 4JWXA 1JEUA 3R7XA 3PMVA 4M4GA 4JXIA 2ANJA 4MBPA 1HSLA 3H03A 4QFPA 1ZKBA 4Z0IA 3S9LC 3Q29A 5H8FB 1USYE 1NFTA 3LUYA 2Y7IA 1A40A 1B05A 3MVXA 2DSFA 4ZZEA 2I0CA 1XOCA 5I2NB 3VLUA 1Y3NA 4BDQA 3PUZE 4UACA 1OLAA 4NF4B 3B6TA 3MVZA 4OFOA 3DP4A 1QUIA 3BFTA 4LP2B 1D3KA 4ONYA 3OXNA 1AL3A 1H45A 4X9TA 4EUOA 1MDP1 4M1VA 4EDPA 1GGGA 4ZEFA 2Z23A 4GLIA 2Z8DA 1HSEA 3CFLA 2ZYMA 3IOVA 4TQUQ 1S7YA 5H8NB 3Q25A 4E0XA 3SKPA 3B7DA 3FJ7A 4R75A 1NNPA 2Z8FA 4H8JA 2DS9A 5KDTB 2B3FA 1JNFA 4DXCA 5CM6A 1DPEA 4G77A 4ELOA 5CBSA 3VVEA 1N84A 5CMCA 4U21A 3GBAA 3L6HA 4IO3A 4RJZA 4TLLB 1S9TA 4ELRA 1SYIA 1B58A 4DXBA 4YKIA 3MZBA 1MY1A 3IK6B 1RKMA 3EHTA 2DE4A 2V3TA 4KR5A 4DCYA 3S2VA 1B3EA 5H8HB 3IAZA 3ONMA 3FGSA 2D5WA 3KN3A 3RNNA 1FTMA 4F3PA 3VLVA 1D9YA 4NWCA 3TTRA 4FECA 1FTJA 4OFJA 3RPWA 3U72A 3ZKKA 3I3VA 3HCQA 4LZ5A 4DIGA 3S9MC 2O68A 2OBGA 4GL0A 2DQVA 3T66A 3Q26A 5H8NA 1P1UA 3HHFA 1MXZA 2F35A 3B6WA 1Y3PA 3FV1A 5A5XA 3M3LA 3LSFB 1LAFE 5KDTA 1R1NA 3JZJA 4O3BA 4YU0A 3EPEA 3QSLA 3MW0A 5ICTA 1B40A 2UVJA 1BIYA 4ZEDA 3FVKA 1R6ZA 2RINA 2A5TB 2HEUA 4I1DA 2P2AA 1LB8A 4ECFA 4YB6A 1US4A 4G8HA 3K4UA 2DWAA 2F7AA 4Q5TA 4XXUA 4DLDA 5LOMA 3FVNA 1GVCA 1HSJA 5H8HA 3O9PA 3PMWA 5AA2B 3THIA 3LR1A 3DP8A 1MPBA 2Y7RA 4Z7EA 1A99A 3KJ7A 3VXBA 5IKBA 3U8QA 1A8FA 3N5LA 1SVXB 4R72A 3FD3A 3PU5A 1QJMA 1P1OA 4JB7A 5J1DA 2GFEA 3GBBA 1IZ1A 3QAXA 1XS5A 3SESA 2YLNA 1LCTA 4IO2A 1N3WA 3OEKA 5HM4B 4GD5A 3MWBA 3VDFA 5B70A 3UA8A 4O3CA 1B3LA 1FTKA 2UYFA 2IEEA 3GZGA 4GIZA 3I5OA 1O63A 1ZLQA 4PFTA 3MZ9A 4H0WA 1EZ9A 3TCGA 3MUQA 2XXQA 2UVHA 5BWJA 4G68B 5DEXB 4FEDA 1M5FA 3VFJA 1B0LA 2AL4A 2VP1A 1P1NA 4DE8A 1B7ZA 1B2HA 4UA8A 1SYHA 2X7PA 4FATA 3K0VA 1UIUA 3PD8A 4F1VA 2GHAA 3KOSA 1H76A 4HCYA 3FASA 3TPAA 3TCFA 1B4ZA 2V3UA 5DTBA 3USDA 3KSXA 3W9VA 1ZJLA 3C32A 1JVYA 2DXRA 1DTZA 3EQ1A 3V89B 2QS3A 3S9EA 5I56B 4KFQA 2PT1A 1XHYA 1OVBA 4NF8B 1MH4A 1RYXA 4ELQA 2PMSA 4IY5A 2F36A 4R9GA 3N6TA 4KYDA 1Z7ME 3WAEA 3IJXB 4R2FA 1JVXA 4DCXA 3IR1A 3IO6A 4L17A 4G68A 1OLCA 5DEXA 2ZYOA 2XD2A 1CE2A 1MM6A 1PB7A 3HHGA 2RC7A 4KYSA 3PD9A 4GRKA 4ZEIA 3U93A 3FXUA 4OVJA 1BTJA 4G8NA 3T93B 1LAXA 2PX1A 4N6PA 3K01A 3G7WA 3PUXE 4R6YA 3DM0A 1MXUA 3MZ1A 1QUKA 4IO5A 2B65A 3O2AA 3SEYA 4U4SA 2R9JA 5H8QA 3ZKLA 2I58A 4KCCA 1N7XA 5I56A 3MP8A 2XXPA 4XIGQ 1WODA 1O64A 5I59B 2H25A 4NF8A 3IOTA 3MP1A 3MP6A 3UORA 2UXAA 2B3BA 1XVYA 4PFYA 1D4NA 1H44A 4U1ZA 4RNSA 2OK2A 1N04A 3RQTA 1EH3A 1SW2A 5FTHA 1AOVA 4U22A 3PPQA 4DDDA 4R73A 3QXMA 5KCJA 1Y1ZA 3KJTA 2Q2AA 4ELPA 2H99A 3TTKA 4LVQA 1GTKA 3PPNA 2PBWA 1LLSA 4GXSB 5HBCA 1SQYA 4IO4A 2I48A 1FQFA 1URSA 3TFLA 2OLBA 2V93A 1LSTA 4ZE8A 1FQAA 4TLMB 4OWDA 3PV0E 4KI0E 1LB9A 2M8CA 3TAJA 1SW1A 3TDJA 2DYXA 1WDNA 2O1MA 4RYAA 3VVFA 1MQDA 4C1UA 3UP9A 1FQCA 3ODBA 1AMFA 3GXAA 2XXVA 2Y7PA 3CG1A 5DVFA 4IO7A 2Z8EA 1J1NA 1M5DA 1B1XA 3P7IA 4KYEA 2Q9TA 4LA9A 3U94A 3M3KA 5I59A 2Y84A 4F2OA 4LATA 4R6KA 1QKAA 1TXFA 3OO9A 1EZPA 2HQ0A 4RK9A 5ELVA 1XVXA 1RYOA 2KLFA 3T9UA 1N3XA 2VHAA 4ESXA 2QRYA 2ONRA 1P1WA 1MY2A 4U4XA 5A5XB 3EHUA 3G3GA 3O66A 3N26A 4OMBA 3OENA 3OELA 5IAIA 2H5YA 2QJEA 3H6TA 2QMXA 3BFUA 4EF1A 5F1QA 2OZZA 2QL3A 4HTGA 4YAHX 4JBZA 2CZLA 5FHOA 1EZOA 3SEWA 1DSNA 4MF3A 3MJNA 5L9OA 1AIVA 3S4UA 3WAFA 4GVOA 3DELB 1IUDA 2I4CA 3FVGA 4XKQA 3MBPA 5ISUA 3FVOA 1A55A 3FJGA 4F3SA 2ALUA 1B51A 3D4CA 5CMKA 4Q0CA 1MY3A 1FW0A 4U1OA 3KOTA 1B52A 3CRBA 3TTLA 3KN8A 5H8SA 1H3DA 4OESA 4U2RA 2XX9A 3PUWE 4H6DA 3E3KA 1GR2A 3O6GA 2BJJX 4PFUA 3T9HB 4WEPA 1OVTA 1MXVA 1LGBC 2XXUA 3VVDA 4EQ7A 1R9LA 4R74A 3RGYA 1UQWA 3TEPA 5L9SA 3K6XA 4POWA 4PQJA 4QSDA 2I0BA 3KEIA 4FIMA 3R26A 2R6GE 4JWYA 1MDQA 2G29A 1IQ7A 4XTCQ 2DXYA 2ESNA 2D3IA 3K6WA 1NNFA 1QVSA 3UK4A 2HAUA 3W15C 1FQBA 3RT8A 4RK2A 2Q89A 4OETA 3C4MA 4WEDA 4OERA 3O29A 3G3IA 1B5IA 3OMBA 1L5TA 4QSEA 1Y1MA 4ZE9A 1B46A 1MPDA 2ZMBA 2F6PA 4R2BA 3T9VA 2DE3A 4F1YA 2XXWA 1IXCA 5TP9B 4JDFA 1SD3A 1N0TA 4HS7A 4BLAA 4P0IA 4X1BA 2DP8A 2F34A 3PGFA 1PC3A 3O97A 2DVZA 3HPIA 1NH8A 3TKDA 5F7VA 3RLFE 1MXXA 3O6HA 5HPQA 2O7UA 4R6HA 4H8IA 3FIRA 3OD7A 5FHNA 4ISUA 5EHMA 2GH9A 3A3CA 1OQGA 4QFLA 4POXA 4YICA 1MXYA 3O6IA 5AA2D 3FXRA 1S50A 3TZAA 2E1SA 4FAJA 1R9QA 5CMMA 3EN3A 1TFAA 1SDXA 4JSOA 1IEJA 4PP0A 1QKBA 1Y20A 3FUZA 1POTA 1QULA 2QPQA 3LBSA 2RC8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B4HA 5AA4B 3A29A 4QSCA 1US5A 1ANFA 3C31A 3QUJA 3K1NA 3K2DA 3OSQA 5I3SA 3ROJA 5DVJA 1EU8A 3RTFB 2PFYA 4YMBA 3B50A 3B8BA 4F31B 4EXLA 1NV1A 3IFAA 5TP9A 4RPOA 1POY1 1VDWA 5CI5A 2DOJA 4MLQA 4NG7A 1OIBA 1OMPA 3HO7A 2VOZA 2DWHA 3FZVA 1LFGA 3IX1A 2R71A 1K9ZA 2L5VA 1EYJA 4P11A 1G0HA 3IOUA 4OVSA 2H9BA 5H8QB 5BUUA 3CVGA 2W7YA 2QVVA 2RF1A 4NMYA 2XX7A 5TU0A 1IITA 2HCAA 4PAIA 1MS7A 1B32A 2ZYNA 3MC2A 3MPKA 4PE5B 3E4RA 3K00A 3G3FA 1IMEA 4TOZA 2XXYA 4YZZA 3UN6A 4F2QA 5KCJB 5EHSA 1UTBA 1UIVA 3QYTA 4UABA 4ND9A 5TPAA 3IB0A 3CIJA 2VPNA 3UIFA 2Q88A 2RKMA 5AA4A 5M2VA 3RPLA 1M5EA 5CC2A 2HZLA 4JWOA 3T9XB 4H5FA 3MAMA 4F22A 3VLWA 4GBWA 1B6HA 4EQBA 1Q1KA 3F11A 4QFKA 4YKJA 5FHMA 4PFWA 2F78A 4PDDA 5L8DA 4N17A 3PUVE 3PPPA 3QUFA 4MFIA 4XEQA 3H6WA 1ELJA 3FXBA 5AE4A 1ZTYA 2Z22A 4QBAA 3FXQA 3SEXA 3VE1B 3PPOA 4HE2A 1B5JA 3KC0A 4X04A 5B7DA 1B3HA 2O84X 1FPGA 1LBBA 1IIWA 3C34A 4LQ2A 2R8TA 2O51A 2ZNUA 4RXLA 3A3UA 1MM7A 3IORA 1NUXA 2XXTA 5JK4A 3HSTA 1SBPA 1B7HA 2RC9A 4FJPA 1YTVA 4NAPA 3LC8A 4NE4A 4AB5A 1I6AA 4F3BA 5KZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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