2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1AIVA 3H03A 1MXZA 3PUWE 3OEMA 2Q2AA 3SEXA 3OXNA 3H4ZA 5A5XB 3LSXA 2X7QA 1DMBA 3S4UA 4KYDA 3UA8A 4R72A 3IO4A 3IAZA 1GR2A 5L9OA 4EF1A 1BLFA 2XXRA 3G3IA 4F3BA 2AL5A 2F5XA 2QS1A 4G8MA 2YLNA 4GRKA 2PVUA 5CRYA 5J1DA 2HZKA 1FQEA 5ITPA 1HSJA 3EPEA 1KWHA 4G8NA 4IO6A 5H8QB 2H98A 1SYIA 4KCCA 2DXYA 2RCAA 3BKIB 4G2ZA 4GWOA 1NMUA 2X7PA 4GXAA 3VV5A 3KEIA 4H8IA 1IITA 4R75A 1D9VA 3V8XB 1B7HA 3B6WA 4POXA 3HHFA 5CC2A 2RC7A 3H06B 2HQ0A 1A8EA 5H8HB 1O7TA 1LB8A 3CVGA 3TPAA 3MP1A 2HCAA 2XXQA 2UYFA 3SESA 5CBSA 1MDP1 3MUQA 4G4PA 4EQ7A 3K6VA 4JWYA 4ND9A 4ZS9A 4F3GA 2ZNSA 2Y84A 2D21A 4RA1A 3VE1B 4AQ4A 2DWAA 1Q35A 1PBQA 4P0GA 4YKJA 4DZ1A 3S9EA 4RNSA 1B58A 1FQBA 1LGBC 2REGA 5L9MA 4LATA 1I6QA 4IO3A 4XKNA 3TMGA 4Q8RA 2V25A 3MW0A 3QK6A 4QHQA 2V3QA 2ANJA 4ZECA 1QJMA 4NF5A 5KZTA 3DM0A 2RINA 2YJPA 4NF6A 4Z0IA 2OWTA 1Y3PA 2RKMA 4U22A 4RXLA 4DIGA 2Z22A 3TUSA 1YTVA 1UIUA 3USDA 1M5EA 4BLAA 2XX9A 2ONKE 1SBPA 5DEXB 2Y7KA 3RQTA 2H4IA 1MY3A 4DCYA 3FJMA 4MFIA 1B7ZA 1TFAA 1B3LA 1AMFA 2Z8DA 3T93B 1FTOA 1QUIA 3TCFA 3C4MA 4RK2A 3T22A 2R9JA 5DVIA 2RC8A 3U93A 1QKBA 4ELOA 2DVCA 2QMWA 1AH5A 3PD8A 4OWDA 1B7UA 4RPNA 5AA1A 3FJ7A 5H8FB 1NNPA 1CE2A 4LP2B 4F31B 3N26A 3O29A 4GOTA 4KHZE 4IO2A 4O3CA 4BDRA 1LBCA 2DSFA 2NUVA 3K02A 4I1DA 1B3GA 5LOMA 3CFZA 4LQ5A 2F35A 1EZOA 1JVXA 2VHAA 3GZGA 1SD3A 3H6WA 3SERA 4H5GA 3DELB 3FV1A 4AB6A 1FQDA 1B6HA 2QRYA 2UVHA 4OENA 5CMBA 3VLUA 4XXUA 3ZKKA 4PQJA 3AXFA 4AB5A 4DXUA 3H6TA 5FHOA 5AA2B 1AOVA 2O68A 2XXPA 4GLIA 1F9BA 1LAXA 4YICA 2NVUB 4PE5B 2HFBA 1R9QA 3EHUA 1IXHA 1FTJA 3TQWA 1LAFE 5AE4A 5EYFA 5ICTA 3KOSA 4LUBA 5I59B 3LC8A 1P1WA 4ESXA 2Z23A 4FORA 2O1MA 3VVEA 5I56B 2OJTA 3O6IA 4G68B 4OMBA 3L6HA 3PV0E 1FTKA 4MF3A 4RPOA 2HAVA 4X9TA 1SQYA 3FVKA 2F7AA 3FUZA 3EHSA 1MH3A 1RKMA 3BBRA 3MZ1A 5K2YA 4ZE9A 4IGTA 2BJJX 1P1OA 1US5A 3N6TA 4PFUA 1FQFA 1SW5A 2A5SA 4DCXA 1R1NA 4TQUQ 2VD2A 2W7YA 4F29A 3HHGA 3GBAA 3K6XA 1URGA 4P11A 4LZ8A 4ONYA 2XXVA 3TZAA 4ZE8A 1QW0A 1JETA 3KJTA 4ZEDA 4GQOA 4ZEIA 4MH5A 3PPQA 1UTHA 5TP9A 1DTGA 2O51A 4FATA 2PT2A 1Y3NA 4HCYA 4OETA 1BKAA 1H3DA 2E1SA 4PP0A 1BIYA 1MXUA 4ZEBA 5KDTA 1LBBA 4R6HA 4Q30B 1XHYA 4R2BA 2PMSA 2PBWA 4Q5TA 1B5JA 2DP8A 1FQAA 1MQDA 1B51A 1N04A 1UTBA 3H7MA 1A55A 3IL1B 3IR1A 3IX1A 3K6WA 2XXYA 3K1PA 4PFWA 1GV8A 3Q29A 4KYEA 4EQ9A 1B32A 1YCJA 1MY4A 1OQGA 3MPLA 2YPNA 3QIMA 3R6UA 5I2KA 1P1QA 4OQOA 3PMWA 1A99A 1SDXA 4M4GA 1PB7A 3O28A 2D5WA 5H8NA 3U8QA 1MY2A 4R6YA 4U1ZA 1RYXA 3IJOB 1N84A 2DWIA 4FEBA 1QUKA 4H5FA 4R6KA 3VVDA 1XT8A 2DWHA 1MM7A 4BDNA 4POWA 5K2XA 2FNCA 3MQ9A 5FHMA 1LCTA 4NF4B 5I2NA 1WODA 1D3KA 1OLCA 2QS4A 4KR5A 1NNTA 1Z7NE 2O84X 5JTYB 3A3UA 1QUJA 3PPNA 2XXTA 3GBBA 4XKRA 2FYIA 3OD7A 2H9BA 5I58B 1VFDA 4GVOA 3M3LA 2QS3A 3DP8A 3KSJA 4X1DA 5EHSA 3MPKA 2Q89A 3FGSA 1LSTA 5H8SA 2DE4A 3TDJA 2QSXA 2P2AA 3SDFA 3QXMA 1TWYA 2I48A 4MBPA 2HAUA 3PU5A 3RLFE 4TOZA 3OEKA 1Z7ME 4C1TA 1B3EA 1D9YA 4JSOA 1SW4A 2XXXA 4QFPA 2M8CA 3IB0A 4ELRA 1PBPA 3OENA 1B4HA 3B6TA 4YB6A 3MVZA 4F1YA 3VLVA 1Y4CA 4XIGQ 3C9HA 4LQ2A 1B3FA 1DTZA 2XXWA 2DYXA 4OXVA 3VXBA 4C0RA 5JK4A 1LAHE 1B4ZA 2I3WA 4OERA 1DPEA 3FZVA 2PYYA 4IB2A 2F8DA 1SI1A 2B65A 2REJA 2ONRA 2UVJA 3DLNA 3O6HA 4K3FA 2ALUA 4I62A 4YB5A 2F78A 2THIA 3VVFA 2NWJA 3MP6A 1DOTA 4LZ7A 3K6UA 3PGFA 4M1VA 2QL3A 3D4CA 3OELA 3RTWB 4LA9A 1OIBA 3MVYA 2RC9A 4TLLB 1DPPA 3PUVE 5BWJA 2ZNUA 2ZYMA 2I0CA 3MVWA 4F3SA 1MQHA 2FA7A 3IK6B 5BUUA 2R71A 1IXCA 1R9LA 3LSWA 3HV1A 4HS7A 4LZ5A 4NMYA 4QSEA 1AL3A 4H6DA 1ZKBA 4YZZA 2F34A 3KSXA 1URSA 3CSBA 2GFEA 4EXKA 2I0BA 3TEPA 1JEVA 1N7XA 3C31A 4F19A 2CMOA 2O69A 3GXAA 4F39A 2GRVA 5H8FA 1A40A 2XXHA 5I57A 4GL8A 1VSOA 1Y1ZA 2XXIA 2GH9A 3C34A 1NNKA 4GL0A 4U1OA 1B5HA 3T96B 2LAOA 2B3BA 2V3TA 1ANFA 4OZ9A 4RJZA 4F18A 5JEIA 5TU0A 3SETA 3G3HA 4P0IA 2I4CA 4XTCQ 3OO7A 4QSCA 3RNNA 1US4A 3ECRA 3T9XB 1MQGA 3G7WA 3TTLA 4KPTA 4EF2A 1MXYA 3I6VA 1H76A 1MPDA 3K0VA 3KZGA 4OESA 1S7YA 5FTHA 3FASA 4IY5A 1MS7A 2G93A 2ZYOA 4FECA 3JYRA 1MRPA 1JW4A 4YAHX 1GVCA 4EDPA 1LCFA 5AA2D 1B0LA 1LFHA 2XX8A 2H5YA 4X48A 3RT6B 3OOAA 3IB1A 3K1MA 5I84A 4JBZA 4X1BA 2WKYA 3V89B 5H8HA 3FXQA 2XXUA 3PUYE 4GF8A 1XVXA 2D3IA 3RGYA 1NH7A 2PT1A 2ZXTA 1MH4A 2OBGA 5H8QA 2A5TA 3MVXA 5CI5A 2F7BA 4KQPA 4U21A 2B3FA 3LUYA 4F22A 3PMXA 1ELJA 2KLFA 1IEJA 1MPBA 3HPIA 3FXRA 2ESNA 1YAEA 1JW5A 4R9FA 1GTKA 3V5AA 4IO4A 4YMBA 3CFXA 2I49A 5FHNA 5KCJA 2DXRA 2V93A 2R6GE 4U23A 2XD3A 1FW0A 5IAIA 3S9LC 3OSRA 4OHNA 4RK9A 3UGWA 4FIMA 4YKIA 2P0SA 4U4SA 2VOZA 2IEEA 2O1LA 3LSLA 1ZJLA 4NF5B 5B7DA 3O9PA 1S9TA 1A7LA 4E0XA 1QKAA 2OZZA 4QRZA 3UN6A 3K00A 1EH3A 4YU0A 4KD5A 3A3CA 2DVZA 3B7DA 4F3PA 4YMAA 1B40A 3CIJA 1FCKA 3WAFA 1ZBMA 3OO9A 2UXAA 5B70A 4RY1A 3G3GA 5DEXA 2RCBA 4OFOA 3VFJA 4Z7EA 2H99A 2O7UA 4EXLA 3CRBA 4KFQA 3KN8A 4NF6B 2DOJA 2Q2CA 4R73A 1OVBA 4GFRA 1JW1A 1MY0A 3RPWA 1S50A 3M3FA 2I6EA 4F1VA 5HM4B 4NF8A 5ITOA 1VE4A 1A54A 3IORA 5TPAB 3QSLA 3QYTA 3KGCA 3T9UA 5AA3A 5ISUA 4FAJA 1B5IA 2RF1A 3PD9A 1TXFA 2OCUA 4N6PA 3TCGA 3MWBA 3E3KA 1QVSA 2GHAA 3I5OA 4YB7A 2OK2A 4DE8A 3G3KA 3IOUA 2XD2A 3KBRA 1OLAA 2F6PA 2Q8JA 1LB9A 3TAJA 2ZNTA 3C35A 1EU8A 5ICQA 3O97A 4UA8A 1Y4TA 4PFYA 3RT8A 1M5CA 3G3JA 1A8FA 2H25A 2HXWA 4JWXA 3W15C 4KI0E 1ATGA 3ZS6A 3ZSFA 4EUOA 3MJNA 3GLBA 3S9NC 3O2AA 3QUFA 3FATA 4ZEFA 1M5BA 3H6UA 1B9JA 4HCWA 4ECFA 1T0KA 1EZPA 5I59A 2DS9A 4C1UA 3M8UA 3K2DA 2F6GA 4BDQA 5DVJA 4YKKA 4WXJA 5DT6A 2QS2A 3FVGA 3EHTA 1I6BA 1UIVA 1B46A 2F36A 4WEPA 4F1UA 4ELPA 3TTNA 4KCDA 3KN7A 4OFLA 1N7WA 1QULA 3CFLA 1WVJA 1LFGA 1JEUA 2I4BA 3KG2A 3LSFB 3OMBA 3Q26A 4MLVA 5DVFA 3S2VA 3TQLA 4FE8A 2V3UA 4ESWA 4QFNA 3VDFA 1NNFA 4TLMB 1JVYA 2DE2A 1XVYA 1TFDA 2ONSA 2I3VA 1MXXA 2AYSA 5M2VA 5I56A 3TELA 3C36A 1ZIUA 4F2OA 4IY6A 3CI8A 3U1OA 2XX7A 1Y3QA 5TP9B 3ODBA 2QPQA 3THIA 1ZMGA 1Y9UA 3DP4A 1B3HA 1USYH 4GIZA 5L9SA 3K1NA 1B1XA 2VD3A 5KDTB 2IA4A 4BDLA 1B52A 1PB9A 2PX1A 1B05A 3CR9A 2V84A 3IOTA 3M3KA 3MC2A 4H0WA 3T9HB 3VXCA 4JB7A 5AA2A 1OQHA 5A5XA 2Q9TA 4XKQA 1IQ7A 1VR5A 4QF9A 1N0TA 1OVTA 5EHMA 3U92A 3PPRA 1B1HA 1RYOA 1UTHB 3B6QA 2UVGA 4QFLA 4R2FA 1L5TA 3FVNA 3KN3A 3N5LA 4H8JA 1NH8A 3UIFA 3PUXE 4O3BA 4ISUA 5FTIA 5CMMA 3R7XA 1MXWA 4PETA 3K01A 3V83A 1Q1KA 3FD3A 1P1UA 4UACA 3SKPA 1D4NA 3TYHA 3CSGA 1FQCA 4BDOA 1N3XA 3KFMA 4NTLA 1O63A 1H44A 4DXCA 4BDMA 3CG1A 3ZKLA 3R26A 3FVOA 3PUZE 5AA4B 3S9MC 1Y1MA 2DQVA 4EQBA 5CM6A 4OFJA 3O6GA 4FEDA 2Y7IA 4N07A 5I58A 1J1NA 4ZEKA 1B0HA 3MAMA 1XOCA 3LBSA 3MZBA 3PPPA 4H67A 2G29A 3UK4A 1OMPA 2NOOA 3Q25A 4H1XA 2HZLA 3WAEA 4G68C 5CBRA 1P99A 5CMCA 1ZLQA 1PEBA 3JZJA 3MP8A 4R9GA 2DWJA 5I2NB 3MZ9A 2ZMBA 4IO5A 4LVQA 3U72A 1CB6A 1LFIA 3RN8A 3HSTA 3OO8A 1II5A 3N94A 1XS5A 1P1NA 4ELQA 1M5FA 1R6ZA 3N6UA 3Q28A 3EN3A 2Y7PA 1BP5A 1JNFA 4IGRA 4MLQA 3TTMA 4E0WA 2O6AA 3PPOA 3G3FA 4XKPA 3RY3A 5KCJB 3RUMA 4GXSB 1IUDA 4R74A 1HSEA 1IZ1A 3BFTA 2OWSA 1NL5A 3VLWA 2F7CA 1N3WA 1DSNA 5ELVA 5DYHA 5HPQA 3TODA 4OVJA 4NE4A 1NFTA 4G8HA 5F1QA 1M5DA 3FIRA 2OLBA 2VGQA 3EF7A 3IB2A 4I8CA 3U94A 4DLDA 1UTBB 1ZU0A 1IXIA 2ABHA 3MBPA 1SVXB 3UORA 2NXOA 1IIWA 3E9XA 4NF4A 4JXIA 3BFUA 1POY1 3EQ1A 3IJXB 2Z8FA 4G77A 3HO7A 1SI0A 3UP9A 5F7VA 3KOTA 3LR1A 4FJPA 5I2KB 1Y20A 3L6GA 5HBCA 1B2HA 1BTJA 2E0SA 4ZZAA 1I69A 3TKDA 1PB8A 4QSDA 3FXUA 4HW8A 1URDA 4GD5A 1POTA 5CMKA 4WKMA 1SW1A 4OYVA 1SYHA 1I6AA 4NWCA 1O64A 3IOVA 1SW2A 2O7IA 2F97A 5JTYA 2P1SA 1ZTYA 3W9WA 3ILUB 4F2QA 3TTRA 4ZZEA 1HSLA 3FV2A 3H6VA 4H65A 1MQIA 3IO6A 2GHBA 4JDFA 4WEDA 1H43A 5I57B 3CG3A 4YKPA 2QJEA 3OSQA 4QFOA 1MM6A 2ZYKA 2AL4A 1MG1A 3E4RA 3O66A 1FTMA 3ONMA 1USYE 3QUJA 4IO7A 2I58A 4JSDA 3OO6A 4LONB 4QFKA 3PMVA 1LAGE 3SEUA 3W9VA 5AA4A 3F11A 2Z8EA 3QAXA 4DXBA 4NWDA 3T9VA 3RTFB 1PC3A 3HCQA 3Q27A 1VFEA 4Q0CA 4G68A 5H8NB 1PDAA 3FJGA 3SEVA 5DTBA 1WDNA 3HN0A 4OTEA 2Q88A 2DE3A 2QMXA 3E13X 3SEYA 2CZLA 3ILTB 1MXVA 1FTLA 2UYEA 3T66A 4OEUA 5L8DA 3A09A 4NEDA 1N76A 4L17A 2Y7RA 2HEUA 3KJ7A 3TFLA 1MPCA 4I9DA 3SEWA 2UVIA 4O3AA 1IXGA 2ZYNA 3JV9A 4NF8B 5TPAA 3H3GA 1MDQA 4U4XA 4ZDMA 5IKBA 4U2RA 1MY1A 2X26A 3TTKA 1YPNA 3C32A 4N13A 2VP1A 3K4UA 4RYAA 1GGGA 1UQWA 3P7IA 2A5TB 2AIXA 4KYSA 1XC1A 3I3VA 4JWOA 1NKXA 4OEVA 1TT1A 2XHDA 3TCHA 1H45A 1JQFA 1MQJA 3C33A 3IOWA 4HTGA 1LLSA 4THIA 3D4GA 4DDDA 1EZ9A 3DP6A 2Y7WA 4PFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OEMA 3S4UA 4KYDA 2F5XA 4G8MA 2YLNA 1IMAA 5CRYA 1BK4A 1SYIA 4KCCA 3BKIB 4G2ZA 3GYYA 3VV5A 3KEIA 4H8IA 1D9VA 3MP1A 2XXQA 2UYFA 5EYHA 4EQ7A 4ZS9A 1RDXA 4AQ4A 4RA1A 5EQ7A 4PGPA 2HHMA 4RNSA 2Y5LA 5L9MA 4Q8RA 1FJ9A 4N8GA 2ANJA 4PFIA 5KZTA 2ZZVA 3DM0A 1FPJA 2RKMA 4U22A 3TUSA 4BLAA 2XX9A 2XWVA 2H4IA 3T93B 1FTOA 4ELOA 2QVVA 1B7UA 3FJ7A 5H8FB 1NNPA 4F31B 3N26A 4KHZE 1NV2A 3CFZA 4LQ5A 1SD3A 3DELB 5CC2A 3FXBA 1FQDA 2QRYA 1LBVA 5AA2B 3EKIA 4GLIA 4X04A 3B8BA 4YICA 2NVUB 4PE5B 2XWIA 1LAFE 5EYFA 4LUBA 1P1WA 4G61A 2VT5A 1FTKA 4RPOA 4GX4A 2F7AA 4IGTA 2BJJX 1US5A 3N6TA 1FQFA 1LEVA 3K6XA 4LZ8A 4DI3D 4ZE8A 1QW0A 1JETA 5EQAA 4MH5A 1BKAA 2PMSA 3H7MA 1UTBA 2VPNA 4PFWA 3IFAA 3K1PA 3Q29A 3MPLA 1MY4A 4R6YA 1N84A 1QUKA 2DWHA 4MX6A 1D3KA 1NNTA 2O84X 3A3UA 3PPNA 2XXTA 4GVOA 2QS3A 3KSJA 4X1DA 5H8SA 3A29A 3TDJA 3SDFA 2I48A 3RLFE 3PU5A 4TOZA 3OEKA 1FBGA 2VPOA 1SW4A 2XXXA 2M8CA 3MVZA 3VLVA 1Y4CA 3C9HA 1B3FA 1YXIA 4PF8A 3O6HA 4JVCA 4LZ7A 2QL3A 2CEYA 3MVYA 2RC9A 3MVWA 1NV3A 1MQHA 2FA7A 3IK6B 4NMYA 4P3LA 1AL3A 4H6DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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