2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Solute-binding protein
publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule tags Sugar binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1IUDA 3DLNA 4PFWA 3PMVA 1Y3PA 4C1UA 1PB9A 3PMWA 3T22A 3K6WA 3RNNA 1YPNA 3ONMA 1A99A 4LP2B 4THIA 3RUMA 3PUYE 2A5SA 2DE4A 5H8NB 1M5FA 4R72A 1PB8A 3THIA 5BUUA 2QSXA 3H6TA 3K1NA 4GRKA 4FAJA 3QAXA 3U93A 3L6HA 1NH8A 3IL1B 1Y3NA 5AA1A 2PYYA 3O66A 1JVXA 3PGFA 1A8FA 4GIZA 1B52A 1O63A 1TFAA 3O9PA 3FIRA 1SW5A 5ICQA 2O6AA 4FORA 1AH5A 2F7BA 4ZDMA 1QKAA 3W9WA 5KDTB 1JEVA 4KR5A 4U1OA 4OQOA 4GFRA 3FVGA 3IO6A 3SEVA 3T9VA 3ILTB 3MPLA 3KFMA 3TQWA 1QULA 3DM0A 2RINA 1B7UA 1B3EA 3TTKA 2Q2AA 3TODA 3EHSA 2H98A 4FIMA 4UA8A 1LFIA 1B1XA 1BKAA 3K4UA 1LAXA 1MQJA 1SYHA 3H3GA 5H8QB 5HPQA 1Q1KA 4NF6A 4DIGA 4RPOA 4GOTA 5ELVA 4IY6A 2Q89A 4EQ9A 4OYVA 2KLFA 3MQ9A 1F9BA 1B46A 1FTJA 3ECRA 4U22A 1UIUA 4LQ5A 3K2DA 2I3VA 4YKPA 3U72A 2NUVA 5I56B 1MXWA 1A55A 2PMSA 1ZU0A 1JQFA 4R9FA 1UQWA 1N04A 1EU8A 2QS4A 3FV2A 4YB6A 4OESA 3C9HA 2Z8EA 4OEVA 5DTBA 2Q9TA 3OSRA 4R73A 1US5A 2X7PA 3PPQA 1IIWA 2OCUA 4YKJA 1L5TA 3WAFA 2F6GA 2REGA 2ZNSA 1Y1ZA 2F7AA 1M5CA 3CIJA 2GHBA 3T66A 4ZE9A 5L9SA 2G93A 2ZNTA 3E9XA 1O7TA 3DP4A 1MY0A 3KG2A 2F97A 4G4PA 3OD7A 1B4HA 2B65A 1MM6A 5H8FA 2QMWA 3O29A 5I2NB 3PPOA 2O68A 1QUIA 2XXPA 3HPIA 4DLDA 3VDFA 4NMYA 1US4A 4OXVA 3A09A 2DS9A 1IITA 1QUKA 3HHFA 3FVOA 2HAUA 3G3IA 1B0HA 4H5FA 4U1ZA 3K6UA 3IORA 3KBRA 4LATA 4MLVA 4F3SA 5K2YA 1AIVA 5H8HA 2OZZA 1RKMA 1SYIA 1N7XA 4DCYA 3B7DA 1IXIA 4KCCA 4MF3A 3N26A 2XX7A 3TZAA 2XXRA 2F6PA 4GL0A 1H3DA 4ZZAA 3IB1A 5A5XA 4OERA 2DWAA 5LOMA 1B5IA 1PEBA 1CB6A 4H5GA 5I57A 3G3JA 4GXAA 4WEPA 4ZECA 4H6DA 1B5HA 1LSTA 3B6WA 1LFGA 2HZLA 3SEXA 4KFQA 3SKPA 1NNPA 2XX8A 3C4MA 5ITPA 3CR9A 4I8CA 2I0CA 3PU5A 1DPEA 4DZ1A 3A3UA 3G3HA 3S9EA 1IQ7A 3CSGA 1NMUA 4ZS9A 2XD3A 4ZEFA 3BKIB 3FGSA 2W7YA 1N84A 3IB0A 3GBAA 5KCJB 4KI0E 3FVKA 1MPCA 5K2XA 3MC2A 3K1MA 5F7VA 1S9TA 1FQDA 4OZ9A 5CMBA 4X1DA 1SI1A 1D4NA 3I3VA 2Y84A 3E13X 4ND9A 4LQ2A 3MJNA 3Q25A 4LUBA 4G77A 3H6WA 4MBPA 1A54A 2V25A 3TKDA 3HN0A 1URDA 5TPAB 3D4GA 1TWYA 3KN8A 1USYH 2ABHA 3GLBA 4P11A 5B70A 3MWBA 1ZTYA 4OETA 2XXIA 4JWXA 1AMFA 1MPDA 2V84A 5ISUA 5AA4A 3ZS6A 1DPPA 3VV5A 4YKIA 4RXLA 3TUSA 3KZGA 4GLIA 2CZLA 1TT1A 1LBBA 1WODA 4E0WA 1IXCA 1B58A 1MDQA 3IAZA 3Q26A 4MFIA 4F1UA 4G8MA 2I6EA 5CMMA 4IO6A 3TMGA 1FTLA 4FECA 4QSCA 1PBPA 2E0SA 1I69A 3VVFA 1LBCA 3OO9A 4XKQA 1KWHA 3HV1A 4R74A 3B6QA 2YPNA 2NOOA 3K02A 1OIBA 3O28A 4JSOA 3U92A 1NFTA 2FYIA 4XKPA 3C34A 3BFTA 4IO7A 2LAOA 5B7DA 4ECFA 1FTOA 1FQBA 4U4XA 3V83A 2QS2A 3L6GA 1WVJA 4O3BA 1D3KA 2I58A 3U8QA 4EQBA 3FXUA 2QRYA 2V3QA 2ONKE 2OJTA 5I59B 3H4ZA 4ESXA 4OFLA 1FTMA 5DVJA 5DEXB 4G68A 1N7WA 4HCWA 4F3BA 3LSFB 1Y20A 3DP8A 4XIGQ 2Z8DA 1NNTA 4OWDA 1MH4A 4ISUA 3N5LA 2AYSA 4YAHX 1GV8A 2D3IA 3SEWA 4I62A 4LZ8A 1B51A 1OLAA 1FQCA 1M5BA 1B3HA 4R9GA 4O3CA 2YJPA 1OLCA 4KD5A 1HSLA 2DE2A 5EHMA 5H8NA 2DQVA 2H25A 2Q88A 3TQLA 5I58B 2P2AA 2ZNUA 2E1SA 2RC7A 5AA2A 1EZPA 2DWIA 1EZ9A 1MRPA 1QJMA 2F78A 1B2HA 4R75A 3GXAA 4X9TA 4DDDA 1TFDA 1M5DA 4U23A 3T9UA 4JWOA 2VHAA 1FCKA 2PVUA 3PMXA 2DXRA 4P0IA 3LSLA 2H5YA 4BDOA 2Y7PA 1SDXA 3PUXE 4NEDA 3LSWA 3PV0E 5KDTA 3ZKLA 2P0SA 5AE4A 2HAVA 1XT8A 4RYAA 4HS7A 1Y4TA 1JETA 3LUYA 1ZKBA 3OO7A 1MXUA 2XXYA 3TPAA 4G2ZA 4I9DA 2DVZA 3OMBA 3IR1A 1B3GA 4X1BA 4NE4A 3PUVE 1II5A 4QFKA 5EHSA 4FEDA 2QMXA 1HSJA 3IOWA 1R6ZA 3TCGA 2F34A 2Y7KA 4OENA 2PT1A 4LA9A 2GFEA 5H8QA 4IGTA 1B40A 3HHGA 4OFJA 4F18A 4QFLA 3S9LC 1SW4A 3CSBA 5TU0A 2D21A 1P1NA 2QJEA 5FTIA 2O1LA 1YAEA 4JDFA 5I56A 2I0BA 4DXCA 1MY3A 5M2VA 4LZ7A 1Y3QA 4NWDA 3TCFA 4YU0A 4YICA 3O2AA 4AQ4A 1XVYA 2Y7WA 2PX1A 3PUZE 4RNSA 2ZYNA 5TP9B 3C36A 3JZJA 4H65A 1IXHA 1MY1A 3Q29A 2NXOA 5CM6A 3O6GA 3SETA 3RGYA 4YMAA 1VSOA 1DOTA 3IOTA 4GXSB 1Y4CA 2XXQA 5CMCA 3CRBA 5IKBA 1DTGA 2UVHA 1S7YA 4F3GA 3DELB 4F2OA 3UN6A 1PBQA 1B4ZA 4Z0IA 3MW0A 5FHNA 4AB5A 1P99A 4Q8RA 3H6UA 3UA8A 4POWA 3Q28A 4XKRA 5I2NA 3R26A 3VE1B 1EH3A 1UTHB 4MLQA 2HZKA 1DSNA 1Q35A 3KJTA 1EZOA 1B9JA 5CBSA 3ODBA 1XVXA 4TQUQ 1LGBC 3UORA 1A40A 1YTVA 2RC9A 2XD2A 1R1NA 3C31A 3FATA 1RYOA 4QFOA 1MXXA 3FXQA 3TTRA 3G3KA 4YB7A 4H8JA 5FTHA 3FJMA 3CFZA 2GRVA 4QF9A 3K6XA 2QPQA 1MXZA 4NF5B 3QSLA 4FJPA 4R2BA 3MZBA 1MM7A 3QIMA 3S9NC 2NVUB 4G68C 3Q27A 1BLFA 3PPPA 2DVCA 2Y7RA 3LBSA 3EF7A 2DYXA 4GD5A 1LAHE 3SERA 1Y1MA 2ESNA 1H44A 4F31B 5DYHA 3DP6A 3VVDA 2F8DA 2XXUA 1DMBA 5I2KB 3IO4A 1VR5A 2RF1A 3CI8A 5ITOA 1I6QA 4YZZA 2HEUA 3KSJA 2ZYMA 3MPKA 2WKYA 3N6UA 3QXMA 2G29A 2V93A 3KJ7A 1JW1A 3IK6B 3KOTA 5KCJA 1TXFA 1GGGA 3K1PA 3MVYA 4HCYA 3T9XB 1J1NA 3ZKKA 4OMBA 2HXWA 3UIFA 4RK9A 5KZTA 3MAMA 2VP1A 3K01A 2RCAA 3UP9A 3H6VA 2VD3A 5J1DA 4U21A 3T9HB 5H8SA 3USDA 1POTA 3O6HA 3EHTA 4KYDA 3OENA 4JWYA 5JTYB 1FW0A 4N13A 4NF4B 4N6PA 3MBPA 1BP5A 5L8DA 1LAGE 3V89B 1B05A 2OWSA 3PD9A 5CRYA 1B5JA 3FJGA 1UIVA 1QW0A 4OVJA 2P1SA 2ZMBA 4U2RA 4PQJA 4LVQA 4QHQA 2UXAA 4QSEA 2PBWA 2A5TB 2IEEA 3OO6A 4H1XA 3AXFA 3QUFA 4NF8B 1N3WA 2M8CA 2PT2A 2OLBA 1ZBMA 1XOCA 1PB7A 4UACA 1IZ1A 4IGRA 3KN3A 1MQHA 4E0XA 2VOZA 2XXTA 3TYHA 4WXJA 3RLFE 4IY5A 4U4SA 2ZYKA 1MQDA 2FNCA 4ZEDA 1NNKA 1I6AA 4I1DA 3V8XB 2UVGA 1BTJA 4BDMA 1SI0A 3BBRA 1SVXB 1RYXA 1SQYA 1N3XA 4TOZA 1ZJLA 1H76A 1HSEA 2Y7IA 2O69A 4ELQA 2ALUA 1BIYA 5L9MA 2ZYOA 4FEBA 4ZEIA 1H45A 1M5EA 1XC1A 5I59A 3GZGA 2Q2CA 4JSDA 5DEXA 1SW2A 3SEUA 3ILUB 2BJJX 3TTLA 1ZMGA 3M3LA 2H4IA 4LZ5A 1MY2A 1LCFA 1B3LA 4HTGA 4R2FA 1UTBB 2IA4A 3VFJA 1O64A 4Q5TA 4ONYA 4XTCQ 2F36A 3IOVA 4RK2A 1USYE 2GHAA 1XS5A 3HO7A 3HSTA 1WDNA 3FXRA 4F1VA 3HCQA 2XXXA 4XKNA 2V3TA 3N94A 4F1YA 4KQPA 4DXUA 5I58A 3OOAA 1POY1 3IJXB 1A8EA 4POXA 3EN3A 3MP6A 2Q8JA 4R6KA 2ANJA 1LCTA 3TFLA 3VLVA 1NKXA 4EUOA 5AA2D 3VLWA 4RJZA 3U94A 3C32A 2O1MA 3TCHA 3TDJA 4GL8A 4EXKA 2F35A 4R6HA 4OFOA 3CFLA 2DOJA 4G8HA 4IO4A 4X48A 1LLSA 3JV9A 3BFUA 2DWJA 5AA2B 2XXVA 3O97A 4F3PA 5EYFA 2ONRA 3RT8A 5IAIA 3FASA 3T93B 5HM4B 4NWCA 1IXGA 4F19A 2QS3A 2XX9A 1JW5A 2QS1A 2XXWA 4EF1A 3H06B 1LAFE 3TELA 1N76A 3PPNA 3SESA 2H99A 3QUJA 4DCXA 2HQ0A 1NL5A 4M1VA 2DP8A 3VXBA 4IO2A 3CG3A 4DXBA 4EQ7A 2OK2A 3KGCA 1CE2A 3E4RA 4ZZEA 1LB8A 1I6BA 3W9VA 4TLMB 3RPWA 3SEYA 4ELRA 4G8NA 3S4UA 4IO5A 4QRZA 3MUQA 1AOVA 2I3WA 3MVWA 1MXVA 1B1HA 2I48A 4IO3A 4EXLA 1Z7ME 1R9QA 4R6YA 3LC8A 3FV1A 2X26A 4KYSA 3V5AA 5TP9A 1ATGA 4NF6B 3R7XA 2X7QA 4PFYA 4BDQA 5DVFA 4BLAA 1B0LA 1Z7NE 4DE8A 2R6GE 4BDNA 2H9BA 2VGQA 2THIA 1JEUA 4JB7A 3PUWE 4ZE8A 2Z22A 3GBBA 3PD8A 1MH3A 3N6TA 1SD3A 2Z23A 1UTHA 3S9MC 2B3FA 1GR2A 3P7IA 5AA3A 3EPEA 4PP0A 3K6VA 4FATA 1QUJA 5DT6A 1MY4A 1B7ZA 3FJ7A 4H67A 2UVJA 3OEKA 1IEJA 3MVXA 3IB2A 3FD3A 4Q30B 4WKMA 3UK4A 4ZEBA 3E3KA 4PFUA 5H8FB 1MDP1 3VXCA 4IB2A 2ONSA 1SBPA 1OVBA 4K3FA 3A3CA 2AL4A 5CI5A 2RC8A 3PPRA 1MQGA 4NF5A 1OVTA 4H8IA 4ELPA 1D9VA 2GH9A 4PE5B 3OXNA 3RTWB 4GF8A 4Z7EA 2XXHA 4TLLB 5L9OA 4P0GA 2OBGA 3WAEA 4ZEKA 4NTLA 3O6IA 5I2KA 1A7LA 3QYTA 4MH5A 1N0TA 4EF2A 2YLNA 2O84X 1P1WA 5H8HB 3IX1A 4RY1A 3VLUA 1XHYA 4QFPA 2Z8FA 4KHZE 4BDRA 2UYEA 5A5XB 1OMPA 5JK4A 5F1QA 5I57B 1FQAA 1JVYA 3RN8A 3RT6B 4H0WA 4ESWA 2DE3A 1H43A 3I5OA 4EDPA 2FA7A 4JXIA 2HFBA 2CMOA 4YMBA 1OQHA 3C35A 4O3AA 1GVCA 4PFTA 2HCAA 1FTKA 1JNFA 3H03A 4HW8A 3CG1A 4GQOA 4GVOA 2ZXTA 3CVGA 3TEPA 3U1OA 1JW4A 5FHOA 1P1QA 1VFEA 1ZIUA 4F39A 5JTYA 2QL3A 2UYFA 4C0RA 4NF4A 1AL3A 2VD2A 3B6TA 4F22A 1MQIA 1MS7A 2I49A 4KYEA 3C33A 1URSA 2UVIA 4C1TA 5TPAA 3MP8A 1URGA 3CFXA 4OEUA 3OELA 3OO8A 3OSQA 3F11A 1B32A 5HBCA 3IJOB 5FHMA 3M8UA 1Y9UA 4KPTA 1ANFA 1GTKA 4FE8A 1OQGA 2A5TA 3EHUA 2O7UA 1LB9A 4RPNA 4PETA 5I84A 3KSXA 3RQTA 5DVIA 3FUZA 4NF8A 4Q0CA 1SW1A 3G3FA 3G3GA 3W15C 4KCDA 1MPBA 2DWHA 3UGWA 1D9YA 2I4BA 2V3UA 3TTNA 5AA4B 1NH7A 5CMKA 4WEDA 4F2QA 1FQEA 3FVNA 4OTEA 2I4CA 2R71A 3QK6A 4L17A 4XXUA 3T96B 1T0KA 2DXYA 2REJA 1DTZA 2F5XA 2O51A 2B3BA 3D4CA 3OEMA 2DSFA 4QSDA 3K00A 3RTFB 3M3FA 3LSXA 3MZ1A 5JEIA 1P1UA 3MZ9A 1LFHA 5ICTA 5CBRA 1B7HA 1QKBA 3R6UA 3RY3A 3KOSA 2R9JA 3K0VA 4N07A 1NNFA 3M3KA 4AB6A 3JYRA 4F29A 4ELOA 3TTMA 1B3FA 1PC3A 1QVSA 3SDFA 4OHNA 3IOUA 3VVEA 1P1OA 1PDAA 3EQ1A 2F7CA 2RCBA 3TAJA 4LONB 2D5WA 3FZVA 4YB5A 4YKKA 3ZSFA 4M4GA 3MP1A 4JBZA 3G7WA 5BWJA 4BDLA 1UTBA 1S50A 2AL5A 4GWOA 3H7MA 1ZLQA 2XHDA 3MVZA 3LR1A 1YCJA 2NWJA 1ELJA 1FQFA 1MXYA 4G68B 1R9LA 1MG1A 1VFDA 1VE4A 3KN7A 2O7IA 2RKMA 5CC2A 4RA1A 3I6VA 4QFNA 2OWTA 3KEIA 3S2VA 1B6HA 2AIXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IUDA 3DLNA 4PFWA 3PMVA 1Y3PA 4C1UA 1PB9A 3PMWA 3T22A 3K6WA 4P47A 3RNNA 1YPNA 3ONMA 1A99A 4LP2B 4THIA 3RUMA 2KR0A 3PUYE 2A5SA 2DE4A 5H8NB 1M5FA 4R72A 1PB8A 4HE0A 3THIA 5BUUA 2QSXA 3H6TA 3K1NA 4GRKA 4FAJA 3QAXA 3U93A 3L6HA 1NH8A 3IL1B 2CEYA 1Y3NA 5AA1A 2PYYA 3O66A 2P3NA 1JVXA 3PGFA 1A8FA 4GIZA 1B52A 1FRPA 1O63A 1TFAA 1RDZA 3O9PA 3FIRA 1SW5A 5ICQA 2O6AA 4FORA 1AH5A 2F7BA 4ZDMA 4GBVA 1QKAA 2ZZVA 4OVQA 3W9WA 5IZ3B 5KDTB 1JEVA 4KR5A 4U1OA 4OQOA 4GFRA 1FPDA 4PF8A 1DBZA 3FVGA 3IO6A 3SEVA 3T9VA 3ILTB 3MPLA 4FBPA 3KFMA 3TQWA 1QULA 3DM0A 2L5VA 2RINA 1FPLA 1B7UA 1B3EA 3TTKA 2Q2AA 3TODA 3EHSA 2H98A 4FIMA 5IM2A 4UA8A 1LFIA 1B1XA 1BKAA 3K4UA 1LAXA 1MQJA 3EKIA 3D1RA 1SYHA 3H3GA 5H8QB 3B50A 1IMDA 5HPQA 1Q1KA 4NF6A 4DIGA 1IMEA 2XWIA 4RPOA 4GOTA 5ELVA 1NV7A 4IY6A 2Q89A 4EQ9A 4OYVA 2KLFA 3MQ9A 1F9BA 1B46A 1FTJA 3ECRA 4PC9A 4U22A 1UIUA 4LQ5A 3K2DA 2I3VA 4YKPA 3U72A 1G0IA 2NUVA 4MEVA 5I56B 1MXWA 1A55A 5FBPA 2PMSA 4XFEA 1ZU0A 1JQFA 4R9FA 1UQWA 1N04A 1EU8A 2QS4A 3FV2A 4YB6A 4OESA 3C9HA 2Z8EA 4OEVA 4NX1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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