2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
5I58A 2Q88A 3FVGA 3V83A 4NE4A 4X1DA 2ALUA 2XXQA 4GQOA 1ZKBA 2XD3A 3IO6A 5ISUA 3Q25A 2P2AA 1IXGA 3FJGA 4MLVA 2B3FA 1H45A 1UTHA 1O63A 3QXMA 3OSQA 3OELA 1N7WA 2E0SA 4DE8A 4TLLB 1Y3NA 3TELA 1B0LA 4KI0E 4DIGA 3RGYA 4LQ2A 1US4A 1MXYA 2ZNTA 4FECA 4H8IA 1QVSA 1M5CA 2XXYA 2QS1A 3FATA 5TU0A 3G3HA 3HN0A 2D21A 3C4MA 1PB8A 4YKJA 4GXAA 3OD7A 3U72A 1PB7A 3O66A 2I4CA 3KZGA 2IA4A 3USDA 2H5YA 4LUBA 1AL3A 4R6HA 3Q28A 3B6WA 4P0IA 2VOZA 4F18A 1PEBA 1TT1A 3ODBA 2DE4A 1LFIA 4OERA 4DXCA 3H4ZA 3TCGA 4BDLA 4AB5A 3TEPA 4F1VA 4LVQA 3V89B 3TTLA 3S2VA 4H0WA 3V5AA 2VD2A 3SETA 1PC3A 3ONMA 5AA4B 1BKAA 3W15C 3T9XB 1H76A 3SEVA 4GL8A 4GXSB 3ILUB 2PMSA 5FHMA 2ZYNA 2V3TA 3FXQA 4FATA 2HFBA 2QS4A 1POTA 4BDMA 4H8JA 2ZYOA 2F5XA 3G7WA 3Q29A 3GLBA 5B70A 1H43A 5HM4B 2OLBA 2E1SA 1EZPA 1NNFA 3PUWE 1RYOA 2RCBA 1VFDA 3PV0E 5I56A 2F7BA 1LFHA 1VR5A 1Y9UA 2OK2A 4FE8A 5KDTA 4YU0A 4WEDA 3FGSA 1N3WA 2REJA 1OLCA 4TOZA 2AIXA 3KOTA 3ZKLA 3K0VA 3DM0A 1JW5A 1ZIUA 2RINA 5FHOA 3T9HB 2V3UA 5DEXB 4EUOA 1B7HA 4G68B 4Z0IA 4G68C 4R2BA 5L9SA 3OEMA 4YICA 3T93B 2F6PA 1B4HA 4RJZA 1O64A 1Y1ZA 3S9LC 5JTYB 4G4PA 3QSLA 4R75A 2Z22A 3A3UA 3PPRA 3E3KA 2R9JA 2DXYA 3EHUA 3S9EA 4AQ4A 2NVUB 2REGA 2I49A 4OWDA 3KBRA 1CB6A 3VLVA 3KSXA 1MXUA 3W9VA 1R6ZA 4F29A 4QSEA 1R1NA 1URGA 3B7DA 2VGQA 4XKPA 3VFJA 3U92A 5AA1A 4KR5A 5H8NA 4LA9A 2OBGA 1GV8A 4LZ7A 3AXFA 5AA3A 5AA2A 3IR1A 2D3IA 5A5XB 4QSDA 3PPQA 3KG2A 3N5LA 4XXUA 3I3VA 5F7VA 4RYAA 2RCAA 4R6KA 4ZDMA 2F6GA 3KJTA 1LGBC 4U1ZA 1MY2A 4YB7A 1WODA 1MQIA 2RC8A 1MPCA 5TPAB 1SDXA 4YAHX 1B1HA 5JEIA 4NEDA 4E0XA 1B6HA 1P1UA 3CI8A 2DVZA 3K6VA 2V84A 4O3BA 3HHFA 1XVXA 4N6PA 1LBCA 3K00A 4ZE8A 1MPBA 3LSXA 1TFDA 4N07A 2DYXA 1XOCA 2A5TA 2THIA 4ZEKA 2O69A 3O6IA 1YCJA 3CFLA 3V8XB 1J1NA 2X26A 3TTKA 1LAGE 5TP9B 1N3XA 5AA2D 1MY1A 3IL1B 3BFUA 2I0CA 1MM6A 1QW0A 2CZLA 4YZZA 1USYE 2G29A 4PP0A 5AE4A 2Q8JA 3O2AA 2P0SA 2ZNSA 3E4RA 4U4SA 3JV9A 4JWYA 3LC8A 3SESA 3U93A 3M3LA 1HSLA 2XXTA 4XKNA 3HCQA 4NF4B 4OHNA 3T22A 3CVGA 1EU8A 2OWSA 4GF8A 3RN8A 4LZ5A 3EPEA 3Q26A 2AL5A 2DE2A 3TTRA 3K1NA 5DVFA 4R72A 4P0GA 2XHDA 2QSXA 3TMGA 4FORA 2XXXA 2Z8FA 1N7XA 3IAZA 3CSBA 1M5DA 3MWBA 3TODA 5H8QA 2DVCA 1OVTA 1QJMA 2DXRA 4OTEA 5I2NB 1LAHE 4F39A 3PUYE 2QMWA 3TCHA 4QSCA 4FJPA 1M5EA 3CFXA 1M5BA 1FCKA 1QKBA 5ELVA 3HSTA 5KCJA 4PE5B 4U23A 3GXAA 4U22A 4ESXA 1TFAA 1GTKA 3GZGA 3QYTA 1B0HA 1MH3A 4RPOA 4NF6A 2XXVA 2Y7IA 2A5SA 2YLNA 3CIJA 2HQ0A 1EZ9A 1NFTA 3SKPA 3T9VA 4F31B 2UYEA 2O1LA 4H1XA 5I57B 1B5HA 1H3DA 2H4IA 1B3EA 4KQPA 3C36A 4QFNA 3D4CA 1Q1KA 5H8FB 4HCYA 4OFOA 2O6AA 4F2QA 3B6QA 4NF5A 2YPNA 3MVXA 4ZEFA 2ZYKA 2I4BA 4FIMA 3TKDA 4F3GA 2ZXTA 3KFMA 1UIUA 3S9MC 1SYIA 1FQAA 3KGCA 2Y7KA 5IAIA 5DVIA 2OZZA 5B7DA 2F8DA 3FVOA 1FQCA 1S7YA 3MJNA 4FEBA 3C34A 1UQWA 2GHBA 3G3GA 2H99A 4P11A 4QFLA 2ZMBA 3O28A 4RK2A 2I48A 1YPNA 4Q5TA 5F1QA 1II5A 2YJPA 2DWJA 4KCDA 1LAXA 1RKMA 3N6UA 5DT6A 4R73A 3JZJA 2HZLA 4HTGA 3SEUA 1MH4A 1DPEA 4I62A 4TQUQ 3K2DA 4M1VA 4MH5A 4U2RA 5CC2A 3QAXA 3IB1A 2Y7PA 5L8DA 5I58B 4UA8A 3T9UA 1PDAA 1HSJA 3U94A 4GIZA 2F36A 4RK9A 4ECFA 1URSA 1Y4TA 3KSJA 3MP6A 2W7YA 1SW2A 1YTVA 3DLNA 2R71A 3N26A 3SDFA 4XKRA 4QRZA 3FV2A 1A40A 3KN8A 2OWTA 4IO6A 1UTHB 3JYRA 5KZTA 1JVYA 5DYHA 2ZNUA 3I5OA 4E0WA 4H5FA 4F3SA 3SEXA 4ESWA 4KFQA 3CFZA 3DELB 5EHMA 4M4GA 1B46A 3MC2A 1FW0A 3O6GA 1SQYA 2F35A 3RUMA 3IOVA 1B7UA 1A99A 2NXOA 1NNPA 2UYFA 2XXUA 4JSOA 1A55A 4JWOA 4IB2A 5CMCA 1LFGA 2QPQA 1FQDA 4QHQA 4ZECA 2HAVA 3MP1A 2NUVA 4LZ8A 1I6AA 2Y84A 3MZBA 1R9LA 3TZAA 1RYXA 3RT6B 2ESNA 3BFTA 4X9TA 3M8UA 4YKPA 2V93A 3G3KA 1NNTA 2FA7A 1MQJA 3MUQA 3IK6B 3M3FA 1P1QA 3MVYA 3VDFA 4ZEDA 2M8CA 2UVHA 2ABHA 3LUYA 1OVBA 1IQ7A 3RLFE 2QL3A 4NWDA 5CMBA 2RC9A 4LP2B 5JK4A 3KEIA 3UORA 4RY1A 2HCAA 3TQWA 1A54A 5DTBA 3MVWA 3L6GA 3CRBA 4NTLA 4I9DA 4OESA 2BJJX 4YMBA 3R26A 3SEWA 4OEVA 3RT8A 2GRVA 3VVDA 2GHAA 3PU5A 2XXWA 3O29A 2QMXA 4POWA 2DWAA 1USYH 4JBZA 5J1DA 3KOSA 1GR2A 5CBSA 3C32A 2RKMA 1MPDA 1B3HA 1WVJA 3O6HA 3KN7A 3P7IA 3MBPA 2F34A 3PUZE 4WKMA 2UVGA 4NWCA 1IZ1A 3UIFA 4DDDA 4F3BA 3HHGA 1EZOA 5I56B 1NKXA 2PT2A 1Y4CA 4PFWA 4POXA 4BDRA 1SI1A 1B52A 4H67A 4OQOA 4JDFA 3IO4A 1WDNA 2VD3A 3R7XA 1XHYA 4F19A 4IO4A 2FYIA 4KCCA 5H8HA 4U4XA 4U1OA 3DP4A 5TPAA 3G3FA 3ZS6A 3WAEA 3TUSA 2XX7A 2PT1A 3BBRA 4KYEA 3MW0A 2F7AA 4KHZE 1BP5A 3FUZA 4BLAA 4Z7EA 2DP8A 3C31A 4ZZAA 3BKIB 1XVYA 2Q2CA 1D9YA 4Q8RA 1H44A 4YKKA 1Y3QA 1MDQA 4ELOA 5BUUA 3N6TA 5H8NB 2PVUA 1N84A 2XD2A 4PFTA 3ZKKA 1DMBA 4Q0CA 2Y7RA 3TQLA 4AB6A 2H9BA 5AA2B 3L6HA 1M5FA 3FV1A 3ZSFA 1QUKA 5HPQA 4H5GA 1MY4A 4BDQA 4JSDA 2AL4A 4PFYA 1D3KA 5K2YA 5L9MA 1ANFA 4OENA 3LR1A 4NMYA 3THIA 4GVOA 3RNNA 3QK6A 3OO7A 1JEVA 2Z8DA 2QS3A 2HEUA 1VFEA 3CR9A 3K1MA 4R9GA 2O68A 4F22A 3UGWA 2HAUA 4HCWA 3OXNA 4IO2A 2NWJA 2A5TB 3Q27A 3GBBA 1MM7A 1JW4A 5CM6A 4DZ1A 1F9BA 1N76A 3SERA 2CMOA 4QFPA 1MDP1 2DE3A 4ISUA 3FD3A 2HXWA 3MPLA 4GOTA 1UTBA 3OEKA 2I3WA 2DS9A 1B4ZA 3UN6A 4IO3A 2XXIA 2G93A 3PUXE 1FQFA 5FHNA 3RTWB 4XTCQ 5FTHA 4EQ7A 1LCTA 4JXIA 4C1TA 3PMXA 4F1UA 1XT8A 3FVNA 5I59A 2F7CA 1B32A 4DCYA 5I2KA 1ZJLA 4PFUA 3F11A 1MY0A 4YMAA 4FAJA 1DTZA 1MQDA 3IOTA 1A7LA 1B3LA 1DTGA 2GFEA 3C33A 4F3PA 1P1WA 4ND9A 4G8HA 4YB5A 4DXUA 3MPKA 4IGTA 4WEPA 3IORA 1QKAA 3DP6A 3G3IA 1ZMGA 1DOTA 3PPNA 4PQJA 3C9HA 3PMWA 2PBWA 4Q30B 4DCXA 5KCJB 3K4UA 3CG3A 2B65A 3M3KA 1FQBA 1O7TA 3MVZA 5ICTA 4EXLA 1JEUA 1I6BA 4NF6B 3I6VA 3CG1A 1TWYA 3VVEA 4NF8B 1MY3A 2RC7A 3KJ7A 3PMVA 1IXHA 2I3VA 1LCFA 1LAFE 4G2ZA 4UACA 3IJOB 3OMBA 1ZLQA 3OO9A 4I1DA 4O3CA 4IGRA 4NF5B 1GVCA 1MQGA 1VE4A 1QULA 5CRYA 1LLSA 3GBAA 4OETA 1L5TA 2X7PA 1JQFA 1B40A 2AYSA 3U1OA 4OFLA 4THIA 3H6VA 4XIGQ 1SBPA 4GLIA 3EF7A 3TTMA 1B3FA 4R6YA 4KYDA 2ONKE 2GH9A 4RA1A 3SEYA 1AOVA 1P1NA 2DSFA 3OO6A 1SYHA 4F1YA 1IXCA 1FTMA 4BDNA 3FJ7A 3H6WA 2Q89A 3H3GA 3ECRA 2NOOA 2WKYA 1T0KA 5AA4A 4RNSA 3RY3A 2RF1A 3IOUA 1POY1 1ZU0A 3FASA 5CMKA 2FNCA 3S9NC 2R6GE 5CMMA 1SW5A 2XXHA 4U21A 3IX1A 2I58A 3ILTB 4ELQA 3N94A 4TLMB 1OIBA 1MXWA 2QS2A 4GL0A 3LSWA 3E9XA 1IEJA 4ZEBA 2V3QA 4N13A 1MS7A 4WXJA 1JETA 1BLFA 3DP8A 2F78A 1LB8A 3U8QA 1QUIA 2HZKA 1MXZA 3FZVA 2P1SA 3PGFA 2ZYMA 3K02A 3UP9A 3MAMA 1US5A 1SW4A 3IOWA 3R6UA 1XC1A 3FXUA 4FEDA 2DOJA 2O84X 1D9VA 3FJMA 3H6TA 3TPAA 1P1OA 1TXFA 3EHTA 4H65A 2QJEA 1B5JA 1MXXA 4HS7A 2Q9TA 5DEXA 3A09A 4MFIA 2ANJA 4O3AA 4G68A 1JNFA 4OZ9A 4G77A 2XXRA 4KYSA 4R9FA 3RQTA 5JTYA 3T96B 3TCFA 1AIVA 1MG1A 2UXAA 3E13X 4OYVA 1Y20A 3OENA 1NNKA 3C35A 2OCUA 5EYFA 5EHSA 3TYHA 2LAOA 4H6DA 2O51A 1QUJA 1Y1MA 2I6EA 3D4GA 3PUVE 3PD8A 4IO5A 3FVKA 3K6WA 3HO7A 3MQ9A 3O9PA 4R2FA 4HW8A 1OQGA 3K6XA 4ELPA 3MP8A 2XX9A 4GD5A 2ONSA 3VXCA 4OEUA 1UIVA 4LQ5A 1Z7ME 3LBSA 1A8FA 4R74A 1B2HA 4DLDA 1N0TA 1LB9A 2O7IA 5A5XA 1ATGA 3MZ9A 3IB0A 5KDTB 2IEEA 3K01A 2X7QA 3EHSA 2O1MA 3VXBA 4EF1A 3H03A 2XXPA 4X1BA 4ZZEA 4X48A 2F97A 1NL5A 4QFOA 4G8NA 3EQ1A 4QF9A 5IKBA 3RPWA 1PB9A 4G8MA 1FTJA 3QIMA 1URDA 3UK4A 2UVIA 4EDPA 1OQHA 3G3JA 5HBCA 1B1XA 1LSTA 1MRPA 3KN3A 4OFJA 4IO7A 3IB2A 1LBBA 5H8SA 1IXIA 1ZTYA 4OXVA 1SD3A 1GGGA 5I84A 2KLFA 1I69A 3H7MA 3WAFA 1JVXA 3UA8A 2O7UA 1SI0A 3FIRA 1AH5A 4OMBA 2DWIA 5TP9A 2OJTA 4EF2A 1BIYA 1P99A 4MLQA 4JWXA 5ITPA 2H25A 5H8HB 1B51A 3PD9A 3LSFB 3T66A 1DPPA 1Z7NE 4F2OA 2PYYA 4K3FA 5FTIA 4NF4A 2B3BA 4L17A 1KWHA 1MXVA 3VE1B 5LOMA 1SVXB 3W9WA 5DVJA 3OSRA 2PX1A 5CI5A 4JB7A 4ZEIA 4KD5A 3PPPA 1IUDA 4YKIA 3VV5A 4ZS9A 3H6UA 3PPOA 4C1UA 4GFRA 4YB6A 3VVFA 1XS5A 5K2XA 5CBRA 5I2NA 2ONRA 4I8CA 5BWJA 1ELJA 2QRYA 2UVJA 3FXRA 1R9QA 4LONB 4IY5A 1S9TA 4EXKA 4XKQA 3TTNA 1VSOA 1SW1A 4ONYA 3TAJA 3TDJA 2Y7WA 1NH7A 3QUJA 1FTOA 4RXLA 3OOAA 2VHAA 1ZBMA 3VLUA 4IY6A 3B6TA 4QFKA 3O97A 3IJXB 1CE2A 1DSNA 4MBPA 5I57A 4C0RA 1FQEA 1D4NA 4MF3A 3HV1A 2DQVA 3K6UA 3A3CA 5H8FA 5ITOA 5M2VA 5L9OA 1IITA 3VLWA 3K1PA 1Y3PA 2V25A 1HSEA 1Q35A 1JW1A 2D5WA 1FTKA 4GRKA 3EN3A 3CSGA 4EQBA 1B7ZA 1A8EA 1AMFA 1EH3A 2Q2AA 4LATA 3OO8A 1B58A 1B9JA 4RPNA 5H8QB 1IIWA 4DXBA 1OLAA 4ELRA 1UTBB 4OVJA 3HPIA 2H98A 2Z23A 1B3GA 4KPTA 4NF8A 3TFLA 1B5IA 1FTLA 3QUFA 3H06B 1I6QA 1OMPA 2I0BA 1NMUA 1B05A 1YAEA 1MQHA 4GWOA 3LSLA 5ICQA 1NH8A 1N04A 4ZE9A 5I59B 2VP1A 3MZ1A 4EQ9A 4PETA 2DWHA 3RTFB 5I2KB 4BDOA 1S50A 2XX8A 3S4UA 1PBPA 1PBQA 1BTJA 2Z8EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I58A 1IMAA 2Q88A 3FVGA 3V83A 4NE4A 4X1DA 2ALUA 2XA5A 2XXQA 4NX1A 4GQOA 1ZKBA 2XD3A 3SZPA 3IO6A 5ISUA 3Q25A 2P2AA 1KA0A 1IXGA 1FPEA 4HE1A 3FJGA 4MLVA 2B3FA 1H45A 1UTHA 1O63A 3QXMA 3OSQA 3OELA 4GWUA 1N7WA 2XWIA 2E0SA 4DE8A 4TLLB 1Y3NA 2WX9A 3TELA 1B0LA 4MMPA 4KI0E 4DIGA 3RGYA 4LQ2A 2WYKA 4HE0A 1US4A 2FHYA 1MXYA 2ZNTA 4FECA 4H8IA 1QVSA 1M5CA 2XXYA 2QS1A 3FATA 5TU0A 3G3HA 3HN0A 2D21A 4UABA 1FPFA 3C4MA 1PB8A 4YKJA 2OX3A 4GXAA 4I3YA 3OD7A 3LUZA 1FBPA 3U72A 1PB7A 3O66A 2I4CA 3KZGA 2IA4A 1AWBA 3USDA 2H5YA 4LUBA 1AL3A 1YXIA 4R6HA 3Q28A 3B6WA 4P0IA 2VOZA 4F18A 1PEBA 5IZ3A 1TT1A 3ODBA 2DE4A 1LFIA 3MYUA 4OERA 4DXCA 3H4ZA 3TCGA 4BDLA 2XWOA 4AB5A 3TEPA 4I3EA 4F1VA 4LVQA 2ZZWA 3KBZA 3V89B 3TTLA 3S2VA 4H0WA 3V5AA 2VD2A 3SETA 1NUWA 1PC3A 3ONMA 5AA4B 1BKAA 3W15C 3T9XB 1H76A 3SEVA 4GL8A 4GXSB 3ILUB 2PMSA 5FHMA 2ZYNA 2V3TA 1FPIA 3FXQA 4FATA 2HFBA 2QS4A 1POTA 4BDMA 4H8JA 2ZYOA 2F5XA 3G7WA 3Q29A 3GLBA 2PCRA 5B70A 1H43A 2DDKA 5HM4B 2OLBA 2E1SA 2VT5A 1EZPA 2CZKA 5ET5A 1NNFA 3PUWE 1RYOA 2RCBA 1NV3A 1VFDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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