2ZYMA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with alpha-cyclodextrin
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule tags Sugar binding protein
total genus 116
structure length 381
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA02
4JWXA 2HEUA 3V8XB 1A99A 2B3FA 1L5TA 3RT8A 2ZNSA 4KHZE 4AQ4A 2DE3A 2ONRA 4MLVA 3E13X 2O68A 3PPNA 4R9FA 1LAFE 3PUWE 3TEPA 1LLSA 4MBPA 3RUMA 1B3LA 4DZ1A 5DYHA 2H9BA 1JETA 2HAVA 5H8SA 5LOMA 2REJA 2ZYNA 4MF3A 3EHSA 3OXNA 3IX1A 3OD7A 3RNNA 3FVNA 4YB6A 3K4UA 1GR2A 4WXJA 3FXRA 4LUBA 3IR1A 2OLBA 1HSEA 4NF8A 2ONKE 2GRVA 1B1XA 3M8UA 1XS5A 2G93A 1CE2A 3FIRA 1P99A 3OENA 2FNCA 1N76A 1WVJA 3MWBA 4ZECA 1URGA 1SI0A 4PE5B 4F3PA 4N07A 2HZLA 3U8QA 4EF2A 1S7YA 4JDFA 2O84X 3H6TA 4F19A 2GHAA 4ELPA 2AL4A 3QUJA 2Y7KA 4YB5A 3PV0E 4F2OA 5H8FA 1LB8A 1MQDA 2I3VA 2UVJA 4BLAA 2XX9A 1P1WA 3FZVA 2OJTA 4Q30B 4OESA 4NF6B 1QUIA 4DXBA 2UVGA 3QK6A 2GHBA 1FQBA 5B70A 2Q89A 3KEIA 2RKMA 4NTLA 4BDLA 1NKXA 2ZYOA 2RINA 5DVFA 1SW4A 2F8DA 1LCFA 3FV2A 1UIUA 3SEWA 3RTFB 2ABHA 5I57A 5TP9A 3IOTA 1BTJA 4QF9A 1POY1 3H6WA 1VFDA 4R2FA 2HCAA 5ISUA 3R6UA 4NF4A 5FTHA 3UK4A 2QMWA 3FASA 1T0KA 3PD8A 3IOUA 3W9WA 1AIVA 1VSOA 3E4RA 1B0HA 4G77A 1ZU0A 2DWAA 3V89B 3TCFA 3MJNA 3WAEA 1LGBC 3TPAA 4R74A 1FTOA 4GRKA 4BDQA 3MQ9A 2QS4A 3MVXA 4KYDA 1SDXA 2F36A 5IAIA 4DDDA 3JV9A 1B4HA 2Y7RA 4YKKA 3AXFA 3HSTA 3QIMA 4OERA 4HS7A 3OO7A 2FYIA 3IOWA 5I59A 2VOZA 1URDA 1B1HA 5AE4A 3GBBA 1XHYA 3G3GA 2I48A 5JTYA 4QSCA 4U1OA 1YCJA 3SEUA 5CMKA 3K6XA 3DLNA 3BFUA 4QHQA 3T22A 5I2KB 2B65A 3M3FA 5FHMA 2OBGA 1PDAA 3K01A 4DCYA 1LFHA 1LFIA 3PU5A 3A3UA 3G3JA 1QULA 1B3FA 1XOCA 4PFUA 2DP8A 4EQ9A 1VE4A 3O2AA 3FXUA 3OEKA 3RN8A 3KSJA 2I3WA 4EQ7A 3ZS6A 4ELRA 3UIFA 2DVCA 4P0IA 2D3IA 1IXHA 2H5YA 1UIVA 2Y7PA 3B6TA 1FQEA 4ZDMA 3D4CA 3S9LC 5KDTB 3RT6B 1B9JA 2PT2A 2UVIA 1FTLA 3O6IA 1XVXA 4F3BA 1B2HA 1SW2A 3CFZA 1MY1A 3DELB 5CMCA 4F18A 1B52A 3PPPA 3TQWA 1QUJA 3F11A 4JSOA 3IAZA 4AB6A 4MFIA 4U21A 3DM0A 2V25A 4PFWA 3U94A 4G8MA 5FHOA 5H8NA 4ZZEA 2VP1A 1JW5A 5AA2B 1FQAA 3H6UA 1SI1A 2O51A 3USDA 1M5EA 1CB6A 2YLNA 3TAJA 1PBPA 2XD3A 2ANJA 4PETA 4F29A 3C34A 5KCJA 1B40A 4Q8RA 5L9SA 3U92A 1M5BA 1MY3A 1YPNA 3RQTA 1UTHB 2A5TB 2DXYA 2YJPA 4UA8A 4N6PA 1P1UA 2X7QA 1N3WA 4TOZA 1Y3QA 4C0RA 4IO3A 3VLUA 1MY0A 2XXXA 2F35A 1SVXB 5BWJA 1LAGE 4MLQA 4PQJA 1I6BA 4R73A 1USYH 2PMSA 1MY2A 2Q8JA 3TFLA 4H5FA 3O29A 3THIA 3RTWB 3SEXA 4ESWA 4EDPA 4FATA 1MH4A 3PUZE 1UTBA 2WKYA 2DOJA 2FA7A 3IO6A 2P1SA 3H7MA 2V3QA 5FHNA 3EHUA 3G3IA 2RC9A 3KSXA 2H4IA 1QW0A 4LZ5A 3T9UA 4LATA 4UACA 5DEXA 3KN8A 2P0SA 1USYE 2ALUA 1SBPA 1J1NA 4NWCA 1B5IA 4ND9A 4F1UA 2HAUA 1I69A 1RKMA 1Q35A 3KOSA 1I6AA 2QS2A 4C1UA 1B3EA 4NWDA 5I2NA 3Q25A 1QUKA 5DVIA 1MG1A 1MQIA 4K3FA 4NF8B 3N5LA 1DOTA 1HSLA 4DXUA 1XVYA 1MDP1 3CRBA 2NWJA 2PYYA 1GTKA 5A5XB 2XXWA 2F5XA 4RY1A 3MUQA 3HN0A 4U2RA 3KJTA 4YKJA 1B3GA 4YKPA 2QMXA 5DT6A 4HTGA 4ZEIA 3OMBA 2UVHA 2RCAA 4WEPA 1URSA 2GH9A 4PP0A 3WAFA 3QUFA 4LVQA 2Y7IA 4OFJA 5H8FB 3RPWA 2ONSA 4KR5A 5F7VA 4OXVA 1A8EA 4JXIA 3A09A 1ZMGA 5KZTA 3N6TA 5K2XA 4TLLB 3IL1B 2F7AA 4N13A 1ANFA 1PB7A 4OMBA 3FXQA 4U23A 4RNSA 2DSFA 1A8FA 1IEJA 3L6HA 1SD3A 1NH7A 3IJXB 3IB1A 3FJ7A 3PMXA 3UN6A 2DVZA 3VVDA 4FECA 4G2ZA 3SERA 5I57B 3EQ1A 4IO5A 5H8HA 5L9MA 5TP9B 2A5SA 1N04A 2F78A 2XX7A 2XXUA 2ZXTA 4EQBA 2F6GA 5I56A 3MBPA 3BBRA 2NUVA 1JW4A 4RJZA 3UORA 3TTNA 3KJ7A 4NF5B 1IXIA 3TTLA 4IO4A 3I5OA 1NFTA 4JWOA 3P7IA 4FAJA 3TQLA 1SW1A 2HFBA 4G68C 3FV1A 5CI5A 1O63A 3LSWA 2XD2A 4JSDA 2ZNUA 1B6HA 1EZ9A 1JNFA 3H03A 3KBRA 3OSRA 2QJEA 3O6HA 3TCHA 2I4CA 3LBSA 5DVJA 2O6AA 5TPAA 3S2VA 5IKBA 2QS1A 3MP6A 3OEMA 3A3CA 1D9VA 3S4UA 2THIA 4R6HA 4F1YA 1PB8A 1FQDA 3EHTA 1SYHA 4QFNA 3N26A 4Z0IA 4IO6A 1B51A 1JW1A 3OO9A 5I59B 2RC8A 4ELOA 1H45A 2BJJX 4HCWA 4FEDA 1MXWA 1PBQA 4LQ5A 5CRYA 1H3DA 3RLFE 2O7UA 3O97A 4IO2A 3KFMA 2NOOA 4DE8A 5CBRA 3TYHA 3ZKKA 4X9TA 1EU8A 1B46A 4GIZA 3TDJA 3O6GA 2E0SA 3K0VA 2ESNA 2RC7A 4GQOA 2DE2A 2F7CA 4QFKA 3MP8A 3HO7A 3CSBA 4GLIA 3T9VA 2I0CA 4HCYA 4KCCA 3N94A 1UQWA 1MS7A 3HHFA 3TKDA 1B3HA 1QKBA 3IK6B 1FQFA 3C32A 2X7PA 1OLCA 3OELA 2DWHA 2Z22A 3EPEA 5JK4A 3H6VA 3Q28A 4Q5TA 2AYSA 1O64A 1Y1ZA 2IEEA 1JVXA 1XC1A 1MXYA 4RYAA 3KZGA 4GOTA 4EF1A 4IO7A 3SEYA 2VGQA 1US5A 3W9VA 3T66A 1H43A 1R1NA 4XKNA 4NF6A 1D4NA 5H8NB 2H98A 1RYXA 1NNFA 2NVUB 3LUYA 4FIMA 3Q29A 1MQJA 4IGTA 3MAMA 4M1VA 2W7YA 4H6DA 4KI0E 1H44A 3T9HB 3ODBA 4GXSB 5KCJB 3UA8A 3MZBA 5L8DA 1EZOA 5CBSA 1Y3NA 2V84A 4IGRA 5TU0A 4XKQA 3GLBA 5J1DA 3D4GA 3TCGA 3RY3A 3IO4A 1PC3A 1Y4TA 3CSGA 2ZNTA 4U1ZA 3S9MC 4QRZA 3LSXA 4NEDA 4MH5A 1OIBA 2Q9TA 2V3TA 1D3KA 2XX8A 1VR5A 3B6QA 4KCDA 3E3KA 4G68B 3U1OA 4OFLA 3VE1B 1UTBB 2OZZA 2R9JA 4IY6A 3U72A 5BUUA 5AA4B 4YZZA 3FGSA 4POXA 4IY5A 1QVSA 4NMYA 1DPEA 2G29A 2I49A 3QYTA 2I58A 4OEUA 4ZZAA 4TQUQ 1R9LA 2XXVA 1FW0A 3RGYA 2D5WA 5B7DA 5DEXB 5L9OA 4KYSA 5I58B 3TUSA 1VFEA 3FJGA 2AL5A 3O9PA 3VV5A 3UP9A 2XXTA 1A7LA 1NNTA 4LZ7A 3ZSFA 4OEVA 3KG2A 4YAHX 1Q1KA 1Y1MA 2CZLA 1NNPA 2Z23A 3L6GA 2DYXA 4U4SA 3ECRA 2QPQA 4YU0A 2DE4A 2GFEA 1QKAA 4LZ8A 4PFYA 5I2KA 2NXOA 3PUYE 3VFJA 1MQHA 4E0XA 1MPDA 3Q26A 4KQPA 3CI8A 3SESA 1MDQA 1FTMA 2RCBA 4ZEKA 5CC2A 1Y4CA 4OYVA 2ZYKA 3OO6A 3O66A 3H3GA 4U22A 4GF8A 1ZBMA 3CVGA 1OQGA 4GVOA 4F22A 1A40A 2Y7WA 3G3KA 4GL0A 4RXLA 4WKMA 3GXAA 3ZKLA 3KOTA 1SQYA 2I4BA 3IJOB 4XKRA 3PD9A 4BDMA 1WODA 4BDRA 1AMFA 3LSLA 1GGGA 3GZGA 4OWDA 3IB0A 2O1MA 1N7WA 4AB5A 1ZLQA 4JWYA 1OLAA 4ZEDA 3PMVA 3SKPA 3MC2A 4X1DA 1H76A 2PX1A 2Y84A 3DP4A 1RYOA 2PVUA 1M5FA 3LSFB 5AA1A 5FTIA 3R26A 3EN3A 5EHSA 1NH8A 3K1PA 1B7HA 5H8QA 1Z7NE 1ZIUA 2B3BA 3PGFA 1MPCA 4OZ9A 4GFRA 2HXWA 4R6YA 2VD3A 4EXLA 3CG3A 2XXYA 1IUDA 1ATGA 1UTHA 4R2BA 1WDNA 2CMOA 1TFDA 2QL3A 4RA1A 4R6KA 2QRYA 3CR9A 1B7UA 1MXXA 4QSDA 3H4ZA 1N7XA 1IQ7A 4H0WA 3TODA 4G8HA 1LAXA 4EXKA 1TXFA 5TPAB 1DMBA 1DSNA 4DXCA 4I1DA 4O3CA 1IITA 4XXUA 1EZPA 2IA4A 4YMBA 1IXGA 1S50A 2OCUA 2F97A 4ISUA 3BFTA 1BP5A 3HCQA 3E9XA 5ITPA 3UGWA 2X26A 1MQGA 2F34A 2DQVA 3K6VA 4F39A 4H5GA 3VVEA 2O1LA 3MP1A 1TFAA 1B5HA 4OETA 4FE8A 3T9XB 4ONYA 3C36A 2I6EA 4NF4B 3K1NA 3OOAA 5HPQA 4I62A 3K00A 1II5A 1YAEA 1Y9UA 3V5AA 3C9HA 3TTKA 1SW5A 4OVJA 4DIGA 3G3FA 4OHNA 1B05A 1I6QA 1D9YA 1A55A 5A5XA 4F1VA 1PEBA 1LFGA 1B5JA 2UXAA 1LCTA 3ILUB 3HPIA 1BLFA 3FUZA 2XHDA 4G8NA 3EF7A 1QJMA 1N3XA 3LR1A 3CFXA 4LONB 3I6VA 3OO8A 2O7IA 4KD5A 1KWHA 4H67A 4R9GA 3SEVA 5JTYB 1IXCA 3FVKA 1ZJLA 4H8JA 4R72A 2HZKA 1B4ZA 2I0BA 4TLMB 4M4GA 4LA9A 4YB7A 1SYIA 3N6UA 1FTJA 2OK2A 1OVBA 3K1MA 3FD3A 4QFOA 4GXAA 4F2QA 4E0WA 3K6WA 3K2DA 1MXVA 1R9QA 4L17A 1DTZA 3MPKA 3OSQA 1Y20A 1BKAA 2XXPA 4YMAA 5JEIA 3TTMA 1A54A 1P1OA 3ILTB 3HV1A 5DTBA 3U93A 4DCXA 2F7BA 4G4PA 2ZYMA 2DWIA 3PUXE 2XXHA 2REGA 4QFPA 4ELQA 4OENA 4NF5A 2Z8FA 3GBAA 1JEUA 3MVYA 2H25A 3I3VA 1B32A 3R7XA 1MXZA 1NNKA 3M3LA 5ELVA 2P2AA 5EHMA 1MXUA 1ZKBA 5CM6A 3KN3A 3FATA 1N0TA 4PFTA 1MRPA 3TMGA 3T96B 1P1QA 1NL5A 4FJPA 1B7ZA 2R6GE 3JYRA 3QSLA 2HQ0A 3MPLA 3VLWA 1OVTA 2QS3A 5ITOA 2Q88A 4H65A 1MM7A 1O7TA 3IOVA 1Z7ME 4O3AA 1JQFA 1US4A 1P1NA 3VXCA 2KLFA 3Q27A 3G3HA 3VVFA 4EUOA 3G7WA 2DS9A 1TT1A 1ZTYA 1GV8A 1POTA 3LC8A 3S9EA 1NMUA 3DP8A 4LQ2A 2Q2AA 1LAHE 5K2YA 3MW0A 3HHGA 2XXRA 4QSEA 1FTKA 1B0LA 4LP2B 3M3KA 3O28A 4OTEA 3QXMA 3VLVA 2VD2A 3PPQA 1MM6A 4QFLA 1Y3PA 2M8CA 2PBWA 5I84A 4Q0CA 4C1TA 4I8CA 4RPNA 1MY4A 1R6ZA 4KFQA 3V83A 3SDFA 4OFOA 2OWTA 4ZEBA 2LAOA 1AL3A 1JEVA 4R75A 3CFLA 1IIWA 4I9DA 4X1BA 4ZS9A 4IB2A 1MPBA 3C35A 5ICQA 3PPOA 4FORA 3CIJA 4F3SA 4GWOA 4JBZA 2PT1A 2R71A 3VXBA 1N84A 2H99A 3SETA 4P11A 3MVZA 3W15C 2OWSA 4FEBA 1GVCA 4OQOA 3CG1A 4U4XA 4F3GA 3MVWA 1DPPA 5I2NB 3B7DA 3TZAA 4BDOA 3ONMA 5EYFA 2UYFA 1OMPA 5H8QB 2QSXA 3PMWA 5HBCA 1M5DA 1TWYA 1LBCA 1LB9A 4H8IA 4KYEA 1BIYA 3MZ9A 4O3BA 2VHAA 4ZE9A 3IORA 1AOVA 3JZJA 2UYEA 3FVOA 3FJMA 3TTRA 3DP6A 2XXIA 3IB2A 4GL8A 1YTVA 3K02A 5AA3A 2AIXA 4RPOA 4ZE8A 3T93B 3C4MA 2YPNA 5KDTA 2Q2CA 2RF1A 1ELJA 4G68A 3BKIB 3S9NC 2Z8DA 2O69A 3KGCA 3KN7A 4H1XA 3VDFA 2XXQA 5AA4A 5M2VA 1PB9A 1LBBA 1XT8A 5ICTA 3C33A 1DTGA 1B58A 1IZ1A 2ZMBA 1FQCA 4P0GA 5CMBA 4F31B 5F1QA 4X48A 5HM4B 2F6PA 4BDNA 5AA2A 3QAXA 3C31A 4RK2A 5H8HB 1OQHA 5I58A 4JB7A 3H06B 4KPTA 4ECFA 5I56B 3PPRA 3FVGA 2DWJA 1LSTA 4POWA 2V3UA 3MZ1A 4XIGQ 4WEDA 2D21A 4NE4A 1FCKA 2Z8EA 1F9BA 4GD5A 4YICA 4HW8A 1AH5A 2A5TA 2V93A 4RK9A 5AA2D 1MH3A 4ESXA 3PUVE 3TELA 4THIA 3B6WA 4XTCQ 3K6UA 1HSJA 1JVYA 5CMMA 1M5CA 2DXRA 1EH3A 1S9TA 4ZEFA 4YKIA 4XKPA 4DLDA 2E1SA 4Z7EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JWXA 4P47A 2HEUA 3V8XB 1A99A 2B3FA 1L5TA 3RT8A 2ZNSA 4KHZE 4N8YA 4AQ4A 2DE3A 2ONRA 4N81A 2PFZA 4MLVA 3E13X 2O68A 3PPNA 4R9FA 1LAFE 3PUWE 3TEPA 1LLSA 1NUXA 4MBPA 3RUMA 1LBZA 1B3LA 4DZ1A 2Y5KA 5DYHA 2H9BA 1NI9A 2ZZVA 1JETA 2HAVA 5H8SA 5LOMA 2REJA 4OANA 2ZYNA 4GBWA 4MF3A 3EHSA 3OXNA 3IX1A 3OD7A 3RNNA 4JVIA 3FVNA 2WEFA 4YB6A 1K9YA 3K4UA 1GR2A 4WXJA 3FXRA 4LUBA 3IR1A 2OLBA 1HSEA 4P1LA 1RDYA 4NF8A 2ONKE 5EYHA 2GRVA 1B1XA 3M8UA 1XS5A 2G93A 1CE2A 3FIRA 1P99A 3OENA 2FNCA 1N76A 1WVJA 3MWBA 4ZECA 1URGA 1SI0A 3D1RA 4PE5B 4F3PA 4N07A 1G0IA 2HZLA 4H46A 3U8QA 4EF2A 1S7YA 4JDFA 2O84X 3H6TA 4F19A 2GHAA 4GWWA 1IMCA 4ELPA 2AL4A 3QUJA 2Y7KA 4YB5A 3PV0E 4F2OA 5H8FA 1LB8A 1MQDA 2I3VA 2UVJA 4BLAA 2XX9A 1IMAA 5ET6A 1P1WA 5IM2A 3FZVA 2OJTA 4Q30B 4OESA 4NF6B 1QUIA 4DXBA 2UVGA 4MMPA 3QK6A 1FTAA 2GHBA 4GWZA 1FQBA 5B70A 2Q89A 5IZZA 3KEIA 2WX9A 2RKMA 4NTLA 4BDLA 1NKXA 2ZYOA 2RINA 5DVFA 1SW4A 2F8DA 1LCFA 1LBXA 3FV2A 1UIUA 3SEWA 3RTFB 2ABHA 5I57A 5TP9A 2P3VA 3IOTA 4AS5A 1BTJA 4QF9A 4DI4B 1POY1 3H6WA 1VFDA 1KA0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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