2ZYMA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with alpha-cyclodextrin
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
total genus 116
structure length 381
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA02
2HFBA 2VHAA 2BJJX 3IOUA 5I58A 1EU8A 1TT1A 1IITA 1O64A 3FIRA 1UTHA 2XX8A 4R9FA 3S9NC 1FQDA 1B3HA 4FIMA 4O3AA 5L9SA 5H8FA 2XXTA 4FAJA 3WAFA 2PBWA 3IB2A 5CC2A 4RPNA 3H4ZA 2ZXTA 3ZKKA 3SETA 4LONB 1MY1A 3C35A 2X7QA 1R9LA 4OZ9A 1B3EA 1JVYA 2Y7PA 4GFRA 3Q25A 2Q8JA 4G2ZA 2ANJA 1LFGA 3THIA 1M5DA 4ND9A 2I6EA 5ITOA 1BP5A 3HO7A 1Y3QA 2DP8A 1SVXB 5JTYB 1FTMA 5ISUA 4XXUA 4ZDMA 4FATA 2NVUB 3RNNA 2UVHA 1MQJA 3HSTA 5HM4B 4U22A 3DP4A 1OLAA 3QUFA 2B3BA 2VD2A 5CMKA 4NWCA 1Y1ZA 1XC1A 2CZLA 3KZGA 5F1QA 1NH8A 3DELB 4IO4A 4OVJA 2NUVA 3C4MA 1ZU0A 2Y84A 1R6ZA 3KOSA 2H5YA 3MVWA 4YKPA 2GHAA 3TAJA 4KD5A 3E9XA 3L6GA 4IY5A 2V84A 4QSDA 4PE5B 2O1LA 2H99A 2HQ0A 2F7AA 2H25A 3CFLA 3VE1B 3MBPA 3IJOB 1OIBA 4F3PA 4HW8A 1WVJA 1LBBA 3PUWE 5I59B 3PPPA 4F39A 3KJTA 3GLBA 4XIGQ 1N3XA 5IAIA 2QL3A 2O1MA 1P99A 1SQYA 4F2OA 2XXHA 5JTYA 2I0CA 1DTGA 4P0IA 1UIVA 4U4SA 3RTWB 1AIVA 4GOTA 1M5BA 4KYDA 2YLNA 2KLFA 2ONRA 2F35A 4OFOA 4NMYA 3U92A 4I8CA 4YMAA 4FE8A 1LSTA 3V5AA 5AE4A 3MPLA 3PUZE 1MQHA 1S9TA 2UXAA 5I2NB 1O63A 2NOOA 4ESWA 3LR1A 3TQWA 1B4HA 1FTOA 3GXAA 1B3FA 1SBPA 2G29A 2UVGA 3KBRA 2DQVA 4JXIA 1ZJLA 3HV1A 1YCJA 1VFDA 3EHSA 3KSJA 4H8JA 4ISUA 3CG3A 2R71A 1ATGA 4OWDA 4QRZA 3C31A 2RF1A 4OMBA 3LUYA 1NNFA 1M5FA 3KN8A 4NF4B 1KWHA 3VLVA 2OZZA 1EZPA 1Y20A 2HZKA 4OXVA 3T9UA 3OD7A 5DEXB 3QK6A 1MPDA 5J1DA 2QS4A 4MBPA 4RYAA 2Q2CA 1F9BA 1I6QA 2HZLA 2E0SA 3K02A 1QUKA 4F1UA 5I2NA 4QFPA 1N7XA 4F19A 3QIMA 4XKQA 1B52A 4QF9A 4EQ7A 1IZ1A 4GQOA 3T9XB 1B1XA 1OVTA 5AA2B 3W15C 4X48A 3IO4A 4QHQA 2P2AA 5JEIA 3C34A 1OLCA 3PD8A 3U8QA 3CSGA 3F11A 1QW0A 4F22A 3R7XA 3UK4A 2IEEA 1NNPA 3D4GA 3LBSA 2ZNUA 4BDMA 3KN7A 3SEXA 4NWDA 3GBAA 1OMPA 4NF4A 3SERA 1LB8A 1BTJA 5DEXA 1A54A 3MWBA 3IX1A 2UYEA 3O6GA 3CG1A 4TLMB 4RK9A 1LAGE 2DWJA 4H0WA 1SI0A 1M5EA 4I9DA 3PMXA 3LSWA 4C1TA 2O68A 3H03A 5AA2A 3TUSA 4R73A 4EF2A 4ZECA 1B0HA 3O6HA 3FD3A 3VFJA 1DMBA 1NKXA 4YMBA 3SESA 4BDOA 3ODBA 3PU5A 1GTKA 4ELPA 3R26A 3TQLA 3PPNA 3LSFB 4WEDA 4HTGA 3OO7A 4GLIA 4YB7A 4LZ5A 1MDQA 2REJA 3IAZA 5CRYA 3RGYA 2WKYA 2I49A 1SDXA 4PP0A 5DYHA 1GGGA 1XHYA 4JWXA 4F1YA 1HSLA 1AH5A 2Z8FA 4U21A 4KPTA 3TELA 1MRPA 3MVZA 1MM6A 4EXLA 1LAFE 4BDNA 3CI8A 1MPBA 3M3KA 1EZOA 4GIZA 1UTBA 2B65A 4JB7A 2D21A 3KSXA 1D3KA 1SW2A 4PFYA 4F18A 1XT8A 3VVEA 4PFUA 4F31B 4EF1A 4FEBA 4OQOA 1IUDA 3EPEA 4G68B 4QFOA 3DP6A 1YPNA 1LGBC 1LFIA 2QS3A 2HXWA 4ZE9A 1TFDA 1ZIUA 4DXBA 3VDFA 5H8FB 1Y3NA 1MG1A 1A40A 4IB2A 5BWJA 2I48A 3H6UA 4NEDA 1B2HA 1UIUA 2F36A 3TDJA 4OETA 1NH7A 1FCKA 4TQUQ 2E1SA 4QFNA 1B4ZA 1PBQA 4U1ZA 3VVDA 3MZ1A 3A3UA 3C36A 1FQFA 1Q35A 4OENA 4DE8A 4HCWA 2UVIA 2AYSA 2ZYOA 5DVFA 4LQ2A 4MFIA 2GFEA 4G68A 4RNSA 4HS7A 5HBCA 4H1XA 4R6HA 3KGCA 3N5LA 1TXFA 3RN8A 4THIA 3S4UA 2G93A 1POTA 1PB9A 1B5HA 4U2RA 4FEDA 4DIGA 3SEWA 5AA3A 1B32A 3KOTA 3O6IA 2NWJA 2A5TB 4JWYA 4F1VA 1LCFA 3IOVA 1LBCA 3K0VA 1URSA 1I6AA 5I57B 3EHTA 4AB6A 1FQEA 4ZEDA 5EHMA 4DDDA 3H6TA 4F3BA 4H8IA 5KDTB 3EQ1A 4LZ7A 4ZEFA 1R9QA 3S2VA 2H4IA 5CBSA 4IY6A 3ZS6A 1IXHA 2PT2A 1DSNA 3M3FA 5DTBA 3A3CA 3I3VA 4H65A 5FHNA 1SW4A 3S9EA 4YICA 3T96B 3E13X 1OQGA 3FXRA 4F2QA 4PFTA 1MY0A 4E0WA 4ESXA 5B7DA 4N6PA 4FJPA 3TPAA 3KN3A 3K2DA 2A5TA 3TCFA 3FJ7A 1N0TA 3K00A 3T66A 4YZZA 4ECFA 1N7WA 5ITPA 1NFTA 4M4GA 5I57A 3USDA 5KZTA 1YAEA 2F97A 3TTMA 1P1UA 1QUJA 2O69A 1MS7A 3IR1A 3LC8A 3UA8A 4H67A 5TP9B 5KDTA 4OYVA 2ONKE 1ZMGA 1FQCA 4WKMA 3WAEA 3K1NA 1MXVA 3GBBA 1YTVA 3V89B 1H43A 1Y4TA 1ZLQA 5JK4A 1FW0A 3FUZA 4YKIA 4IGTA 2D5WA 3K6XA 3T93B 3O66A 2ZYNA 2F8DA 3Q27A 2ZMBA 4OFLA 4OTEA 3OOAA 4R72A 4AB5A 4KQPA 3A09A 3T9HB 3CIJA 1MQGA 4Z0IA 1LLSA 1N84A 1LFHA 4IO5A 3MP8A 4MLVA 4RJZA 3ECRA 1ZKBA 4H5FA 3R6UA 3HCQA 1NNKA 3ZSFA 3TTRA 4EUOA 1D9YA 4IGRA 2VP1A 1QUIA 5TP9A 4FECA 3OSRA 1MM7A 4I1DA 1H45A 3KEIA 2D3IA 2ALUA 3MZBA 3VXCA 5TPAB 1JW5A 4GWOA 2DWAA 3K01A 4XKPA 1QJMA 4FORA 4RK2A 3PPOA 4JBZA 2V3UA 2VOZA 1B51A 1MXXA 4F3GA 3AXFA 3C32A 5L9OA 1MQDA 3G3FA 4X9TA 1RKMA 2OWSA 3MAMA 2QRYA 2Y7RA 3PGFA 3N6TA 2F6GA 1LAXA 2XX7A 3SDFA 1EH3A 3E4RA 1NMUA 3OEKA 3Q26A 1H76A 2QSXA 3G3HA 1N3WA 2Y7WA 4EXKA 3BFTA 1S7YA 3ONMA 4KFQA 3I5OA 3VXBA 4POWA 4MLQA 1DPEA 2I3VA 3CFXA 5CMCA 2HAVA 4R9GA 2OLBA 4Q30B 2THIA 3LSLA 5L8DA 4ELQA 4RY1A 2B3FA 1A7LA 2XXUA 2ZNSA 3SEVA 4ZZAA 3FVKA 5TPAA 4LUBA 3QUJA 1MH3A 5LOMA 5CMBA 1JETA 3FASA 2QPQA 3K1PA 3OO6A 4LATA 1B5JA 4Z7EA 2M8CA 3FVNA 1UTBB 4IO7A 4C0RA 1AMFA 1CE2A 2RC9A 4KCDA 3TYHA 1MPCA 5BUUA 5CI5A 2UYFA 2QMWA 3TCGA 1IQ7A 3OENA 1CB6A 4RPOA 3TTLA 2NXOA 2YPNA 2O84X 1WDNA 1XOCA 1USYH 4KR5A 4ZS9A 4GXSB 4KHZE 3RY3A 4F29A 1ANFA 1QKBA 2OK2A 3MC2A 2PYYA 3PUXE 1FTLA 3QAXA 1JW1A 2DXRA 3T9VA 1ZTYA 3TTNA 3M3LA 2HAUA 3JZJA 2REGA 3MZ9A 4O3CA 3RUMA 1MXZA 4BDRA 1LB9A 3DLNA 2Q88A 4HCYA 4XTCQ 4ZZEA 3FV1A 1SW1A 4BDLA 3FJMA 4DCYA 3IL1B 2I58A 3O97A 3FVGA 5CM6A 4NF6B 3KJ7A 4BDQA 1MDP1 2RCBA 2F78A 1B7HA 1I69A 3IOWA 4R74A 2H98A 1J1NA 4ELRA 1US5A 5H8SA 2XD2A 1GV8A 1B58A 2RC7A 2V25A 3E3KA 2V3QA 2FNCA 1SYHA 3H3GA 3N26A 3RQTA 5ICTA 3BKIB 1URDA 3O2AA 4OHNA 4JSDA 4R2FA 3MP6A 4POXA 4R6KA 1MXUA 3K6VA 3HHFA 5F7VA 3ZKLA 3B6TA 1P1OA 4DLDA 3EN3A 3MVYA 2FYIA 5KCJA 5DVIA 3TZAA 5I56B 2DSFA 2PT1A 3UORA 3H6VA 3CRBA 1GVCA 4IO6A 3OEMA 3G3JA 4NF6A 4LZ8A 5B70A 1VR5A 3PMWA 4GF8A 4DZ1A 4JDFA 3ILUB 5A5XB 2Y7IA 1JEUA 2RKMA 3UP9A 3IORA 1USYE 3QXMA 3TMGA 1MXYA 4UACA 1H44A 4DCXA 3I6VA 3TFLA 3G7WA 1NNTA 2Z8EA 4AQ4A 5FTHA 3SEUA 3V8XB 1Z7ME 4ZEKA 2PMSA 2Y7KA 4NF8B 5DVJA 4DXCA 3DP8A 3KFMA 3FV2A 4G77A 2O51A 4ONYA 3K4UA 4QFLA 5I56A 3B6WA 3HHGA 4GRKA 1LCTA 2XHDA 5AA1A 1TFAA 1II5A 5EHSA 4DXUA 3Q29A 1T0KA 2GHBA 3UIFA 5IKBA 4RA1A 5H8HB 3C33A 4P0GA 2F7BA 5A5XA 1A55A 1P1QA 4LP2B 3T22A 2Z8DA 4OEVA 2W7YA 3OSQA 3PMVA 4EQBA 4WEPA 1POY1 4IO3A 2DVZA 3MVXA 3RTFB 5I2KB 1Y4CA 2XXYA 1B3LA 3S9MC 3HN0A 4MF3A 3IK6B 3B7DA 2AL5A 4GD5A 5ICQA 3PUVE 3MPKA 2X7PA 5L9MA 3W9WA 1BKAA 4NF8A 3SKPA 1A99A 3N94A 3PD9A 4KYEA 4JSOA 3LSXA 2F6PA 5FHOA 5H8NB 4L17A 4JWOA 1DTZA 2I0BA 4Q8RA 3TODA 2DXYA 2QS1A 2OJTA 5H8HA 5AA2D 3CVGA 2LAOA 1MQIA 3U93A 2O7IA 4QFKA 4X1DA 4R6YA 1QULA 3K6UA 1MH4A 2XXPA 4F3SA 4LVQA 4MH5A 3PUYE 5I2KA 5DT6A 3OO8A 1IEJA 4QSEA 3MW0A 4LQ5A 1PEBA 3RT8A 2QJEA 2Q2AA 4YB5A 5CMMA 3TTKA 1S50A 1IIWA 4O3BA 4YKJA 4BLAA 2ZYKA 4OESA 3C9HA 4G68C 3HPIA 4H5GA 2X26A 3FGSA 5TU0A 1PDAA 5HPQA 1XVYA 3FXUA 3OXNA 4I62A 5H8NA 1B5IA 4TLLB 4E0XA 2OBGA 1I6BA 5FHMA 3VLWA 1MXWA 1BIYA 2AIXA 1B46A 1MY2A 3RLFE 4G8HA 3K1MA 4GVOA 4H6DA 3N6UA 1JVXA 3B6QA 1URGA 1Z7NE 1OQHA 3QYTA 3L6HA 4U1OA 2DYXA 1A8FA 1EZ9A 1XS5A 4G8NA 2I3WA 1VE4A 1IXCA 2UVJA 3M8UA 1B6HA 1D4NA 2RCAA 1ZBMA 4GXAA 3QSLA 3O28A 5I59A 4OFJA 1DPPA 4RXLA 2DWHA 3U1OA 2R6GE 4Q0CA 1BLFA 1ELJA 2F7CA 4NF5B 4C1UA 3FATA 2HCAA 4G8MA 1AOVA 2H9BA 4P11A 2PX1A 3U94A 2ONSA 4IO2A 5H8QB 4M1VA 4R75A 4KCCA 3TCHA 3K6WA 3CR9A 3BFUA 1JEVA 2XXWA 3MP1A 2I4CA 1FQBA 3VLUA 4KI0E 4ELOA 3CFZA 4PFWA 3MUQA 3BBRA 2DE4A 1H3DA 4XKRA 4YB6A 3D4CA 1N76A 3JV9A 4U23A 1B0LA 3JYRA 1MY4A 2AL4A 2Q9TA 1Y9UA 5I84A 3SEYA 2ZYMA 1WODA 4X1BA 2VGQA 1JW4A 3O9PA 4KYSA 4LA9A 5AA4B 3OMBA 2HEUA 2ABHA 4TOZA 5K2YA 2XXIA 1US4A 4G4PA 3FXQA 1SYIA 3FVOA 3KG2A 2DE2A 4GL8A 4NF5A 3Q28A 1IXGA 1VSOA 2GRVA 4YU0A 3PPQA 1RYXA 4NE4A 3H06B 3V83A 1HSJA 3OELA 4ZEIA 5ELVA 1B05A 2V3TA 5K2XA 3OO9A 5H8QA 1N04A 1FTJA 1P1NA 5FTIA 3FJGA 2GH9A 5EYFA 4EQ9A 4N07A 2XD3A 3G3GA 3PPRA 1IXIA 1R1NA 3TEPA 4U4XA 2IA4A 1GR2A 3P7IA 1SI1A 2PVUA 2OWTA 1Q1KA 4YKKA 1RYOA 1PB8A 2Z23A 2RC8A 1SW5A 1SD3A 3DM0A 3EF7A 5KCJB 2Q89A 1PB7A 1Y3PA 1MY3A 3S9LC 5AA4A 2YJPA 2RINA 1D9VA 1UQWA 4UA8A 4GL0A 1PBPA 3RT6B 3CSBA 2Z22A 1JQFA 2FA7A 1DOTA 3G3IA 2OCUA 4Q5TA 4YAHX 2P0SA 1TWYA 4ZEBA 1B40A 3GZGA 4QSCA 3IB0A 3ILTB 3RPWA 2ZNTA 2I4BA 1VFEA 2VD3A 2O7UA 1Y1MA 3H7MA 3MQ9A 2XX9A 1M5CA 2DE3A 2DVCA 2DWIA 3MJNA 2F34A 3H6WA 1JNFA 1HSEA 3TKDA 3VV5A 3IO6A 1NL5A 1LAHE 2CMOA 2QS2A 2QMXA 1FQAA 1PC3A 1B7UA 4OEUA 5CBRA 3PV0E 5I58B 1QVSA 2F5XA 3W9VA 5M2VA 4WXJA 2XXVA 1L5TA 2XXXA 1UTHB 3G3KA 1B3GA 2ESNA 4K3FA 3UN6A 4PETA 4N13A 2P1SA 3FZVA 1OVBA 2O6AA 1FTKA 3IOTA 4R2BA 3U72A 4OERA 1B7ZA 2XXQA 1B9JA 4PQJA 2A5SA 3UGWA 3IJXB 1XVXA 4XKNA 1QKAA 3IB1A 3VVFA 2R9JA 1P1WA 3EHUA 1A8EA 2XXRA 4NTLA 3O29A 1O7TA 2DS9A 1B1HA 2V93A 4EDPA 1AL3A 4ZE8A 2DOJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IMAA 2HFBA 2VHAA 2BJJX 3IOUA 5I58A 1EU8A 1TT1A 1IITA 1O64A 3FIRA 1UTHA 1RDXA 2XX8A 4R9FA 3S9NC 1FQDA 1B3HA 4FIMA 4GWUA 4LN5A 4O3AA 5L9SA 5H8FA 3IFAA 2XXTA 4FAJA 1K9YA 3WAFA 2PBWA 3IB2A 5CC2A 4RPNA 3H4ZA 2ZXTA 4N8GA 3ZKKA 3SETA 4LONB 1MY1A 3C35A 2X7QA 1R9LA 4OZ9A 1B3EA 3RPLA 1JVYA 2Y7PA 4GFRA 2Q74A 3Q25A 2Q8JA 4G2ZA 2ANJA 1LFGA 3THIA 1M5DA 4GWSA 4ND9A 2I6EA 5ITOA 1BP5A 2FBPA 3HO7A 1Y3QA 2DP8A 1SVXB 4HE1A 5JTYB 1FTMA 5ISUA 3NOHA 4XXUA 4PGPA 4ZDMA 4FATA 2NVUB 3RNNA 2UVHA 1MQJA 3HSTA 5HM4B 4U22A 3DP4A 1OLAA 3QUFA 4PF6A 2B3BA 2VD2A 5CMKA 4NWCA 1Y1ZA 1XC1A 2CZLA 3KZGA 5F1QA 5DW8A 1NH8A 3DELB 4IO4A 4OVJA 4PBQA 2NUVA 3C4MA 1ZU0A 2Y84A 1R6ZA 3KOSA 1K9ZA 2H5YA 3MVWA 4YKPA 1FPKA 2GHAA 3TAJA 4KD5A 3E9XA 3L6GA 4IY5A 2V84A 4QSDA 4PE5B 2O1LA 2H99A 2HQ0A 2F7AA 2H25A 3CFLA 3VE1B 3MBPA 3IJOB 3KC0A 3LUZA 1OIBA 4F3PA 4HW8A 1WVJA 1LBBA 3PUWE 5I59B 3PPPA 4F39A 3KJTA 3GLBA 4XIGQ 1N3XA 5IAIA 2QL3A 2O1MA 1P99A 1SQYA 2CEYA 1RDYA 1IMBA 4F2OA 2XXHA 5JTYA 2I0CA 1DTGA 4XEQA 4P0IA 1UIVA 4U4SA 3RTWB 1AIVA 2XA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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