2ZYMA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with alpha-cyclodextrin
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 116
structure length 381
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA02
3HV1A 2O84X 1Y20A 4F19A 3BKIB 3KSXA 1Y1MA 2XD2A 3Q26A 4NTLA 4H5GA 3H6UA 1FTJA 3W9WA 3QAXA 5DTBA 4AQ4A 4C1TA 4F18A 3VVFA 3TTKA 4M1VA 2YPNA 1H76A 4ZECA 3OELA 2DYXA 5DVJA 4U2RA 1VFDA 5KDTA 2Y7PA 1PDAA 2XXIA 3FJGA 3VVEA 3LC8A 3FV1A 1UQWA 1NKXA 1NH7A 4HS7A 3H6TA 3G3HA 4RNSA 2OCUA 4K3FA 2AIXA 1SYIA 2H25A 1H44A 1QKAA 3E9XA 4TQUQ 5FHNA 1MPDA 4PP0A 2FA7A 3IO4A 2AYSA 2QS3A 1FQBA 3UA8A 5AA4B 1UTHB 3QIMA 1GTKA 1P1OA 5JK4A 2GRVA 1XC1A 3PUWE 5I59B 1AMFA 2F35A 2I4BA 3QXMA 1BIYA 2IEEA 3KJ7A 1ZLQA 3MBPA 3CI8A 4ZEKA 4ESWA 1B5JA 5K2YA 1FTKA 4KQPA 3HHGA 4X48A 4FECA 4OHNA 3QK6A 3O28A 3HCQA 2XXYA 3ILUB 3O2AA 3G3KA 1Y3NA 5I57B 1AIVA 1D4NA 4OENA 4PFYA 1FQFA 3TMGA 1IZ1A 4ZEFA 4MLQA 4R73A 2Q88A 3VFJA 2GHBA 2I49A 1POTA 1M5DA 3FJMA 2Z22A 3EHSA 2I58A 3S9EA 1N04A 3TTLA 4Q30B 2D3IA 1N84A 2XXWA 3R26A 5TPAA 1Y9UA 1B3HA 3FVOA 1AOVA 1TXFA 3ECRA 4G2ZA 3GLBA 1MXWA 1P1WA 1QW0A 4F2QA 5AA3A 2QMXA 1PB7A 1B3LA 3PMVA 1FQDA 1H43A 4G68C 1H45A 4IO2A 3T66A 1P1NA 1M5FA 3PUXE 5JEIA 2OLBA 1TFAA 4POXA 3HPIA 4GQOA 3W15C 1N3WA 3OMBA 1B32A 2DXRA 3K2DA 2ZNSA 3PMWA 4TOZA 3ZSFA 1XOCA 1SDXA 3MZ1A 1EU8A 4YICA 3FXQA 3FJ7A 1FW0A 4ZE9A 4LATA 3VVDA 1OLCA 4EXKA 1Y3QA 1JQFA 4TLLB 3B6QA 3ILTB 3O9PA 4JXIA 4F3GA 3KEIA 1OVBA 3T96B 5CMKA 4F1VA 1MRPA 1SW1A 4X9TA 4HCWA 2RC8A 3G7WA 4KFQA 3O6GA 4LZ7A 1LFGA 5EYFA 1UTBB 4GL0A 4JDFA 5I56A 1DSNA 4G8HA 2XHDA 4EF1A 4LUBA 1B3FA 4RA1A 4I9DA 2HZKA 2QSXA 3PPOA 1I6QA 3RY3A 4QFLA 2HAUA 3R7XA 1POY1 1LCTA 2I48A 2XXUA 3OOAA 4YMAA 3KGCA 1LAFE 3OEKA 4ZZAA 4Z0IA 5I2NA 1FQAA 2DQVA 3DELB 4R2BA 1LBBA 5TP9B 1DOTA 4H5FA 3IO6A 3UIFA 2H98A 5AE4A 4F29A 2RINA 1L5TA 3MQ9A 4WXJA 3IL1B 3SERA 3A3UA 1Z7ME 1Q1KA 3U72A 3JZJA 3LSFB 3MP8A 1SQYA 4JSDA 3D4CA 2XXQA 3QUJA 3DLNA 3EHTA 3V83A 5AA4A 2DE4A 2R9JA 1UTHA 1UIUA 2ZYNA 2CMOA 3VLWA 5I59A 4NMYA 3FV2A 2QS1A 4ELQA 1LFIA 3OXNA 3G3FA 1I6BA 2V3UA 4LQ2A 1D9YA 3I6VA 4THIA 3USDA 1IEJA 3KBRA 4XKRA 4H8JA 4PFWA 5I57A 1RYOA 4OERA 4EQ9A 3Q27A 1AH5A 2V3TA 1D9VA 3IOWA 1SBPA 3OD7A 1J1NA 4WEDA 1MQDA 4GFRA 2NUVA 1I69A 4ELPA 3PD9A 3ONMA 3WAFA 4JWYA 1DPPA 3K1PA 1A55A 1QVSA 4YZZA 5IKBA 2ZNTA 3RLFE 4FEDA 3TCGA 2OBGA 1JETA 1P1QA 2W7YA 2A5SA 2ALUA 2UVGA 1BLFA 2O1LA 2ZYKA 5L9SA 3KN3A 1LLSA 4NEDA 3M3KA 4JWOA 3TTNA 4L17A 3OENA 2Y7RA 4G8MA 4IY6A 4QSCA 1PBPA 1DTZA 4IGTA 2NXOA 4C1UA 3U8QA 4H65A 3MUQA 1O7TA 1I6AA 3SDFA 3IJOB 5HPQA 1B4ZA 3K00A 1N76A 3RTWB 4MFIA 4U4SA 1LFHA 1JW1A 4NWCA 1MPCA 3CSGA 2LAOA 5FHMA 3MVXA 4Z7EA 3FVNA 3FASA 1SYHA 3PGFA 4F3SA 4XKPA 4YU0A 5AA2B 1FCKA 2QL3A 4N13A 1IIWA 1MQHA 3C31A 1N7XA 3RNNA 4ESXA 1EZPA 1ZMGA 4F22A 1MDQA 1YPNA 4KI0E 3PPRA 4U4XA 4NE4A 1UTBA 3GBBA 4E0WA 4JBZA 4BLAA 4EQ7A 4OZ9A 3RN8A 2DE2A 3TDJA 3KSJA 1MXZA 2A5TB 1B7HA 3ZS6A 5I2NB 1WDNA 2F7BA 1PBQA 2IA4A 3SETA 1MXVA 1WVJA 4LVQA 4OEUA 3S9MC 4IO3A 3KN8A 2RCBA 5BWJA 1YCJA 4FIMA 5TP9A 5JTYB 5ITPA 5F1QA 3H3GA 3UGWA 5L9OA 1B05A 2HXWA 5EHSA 3FUZA 3U93A 1QUJA 4ZE8A 3U1OA 1LB9A 3O6HA 4NF6B 1HSJA 1FTLA 3O29A 2V3QA 4OETA 3GXAA 4GVOA 1B1HA 2ONKE 1LGBC 1EZOA 1GVCA 2I3VA 3PPPA 1LAXA 4H6DA 3ZKKA 1QJMA 3MP6A 3M3LA 3I5OA 4GOTA 1IITA 2XX9A 3LSXA 4OWDA 3UP9A 2PYYA 1N7WA 3CFLA 1CE2A 2I4CA 3FD3A 2REGA 1OVTA 4G4PA 2VP1A 3MVWA 5DYHA 2DVZA 1AL3A 2FNCA 4RY1A 1EH3A 3MZ9A 3G3JA 2O6AA 4F1UA 2FYIA 4GXAA 2ANJA 3ZKLA 4F31B 1R9LA 5CMBA 1JW5A 3KFMA 1A54A 4FEBA 3OO7A 4OVJA 3OEMA 1BTJA 3I3VA 3H7MA 2ONRA 3O6IA 3T9XB 3CR9A 1A7LA 3O66A 1YTVA 1R6ZA 2H4IA 3H6VA 1IQ7A 4R75A 4OFOA 1A8EA 1ZIUA 2G29A 1A8FA 3FZVA 1ELJA 3CFXA 4FE8A 2HCAA 2Q9TA 1XS5A 1TT1A 4QF9A 2B65A 4U1ZA 5L8DA 3VXBA 1B7ZA 3T9VA 3TKDA 4P0GA 3DP6A 2ZYOA 4YKIA 4WKMA 3PUZE 4IB2A 4ZEBA 3Q29A 1B5IA 2H99A 3S2VA 4O3CA 2ABHA 1SVXB 2KLFA 1IXHA 1LB8A 4KCCA 4ONYA 2B3FA 1XVYA 3RQTA 1FTMA 3TTMA 4WEPA 5DEXB 1N3XA 4ZEIA 3KOTA 3WAEA 2DOJA 4NWDA 3KOSA 2Z8EA 3R6UA 1H3DA 2UYFA 3PPNA 1EZ9A 3C32A 3FVKA 4OESA 1B40A 3M8UA 4LONB 1IXGA 1MXXA 2V25A 2I3WA 5CRYA 4N07A 2P1SA 2BJJX 5AA2A 3VV5A 2P0SA 4MBPA 5H8QB 1N0TA 1NNFA 1KWHA 4H67A 1Y4TA 2ZMBA 1B58A 3Q28A 3QUFA 4MF3A 2DWJA 3BFUA 4XTCQ 1MM7A 4QSEA 3C36A 3HHFA 2DP8A 3K01A 2VD2A 2QRYA 4ELOA 4F3BA 3RT6B 3MPLA 3S4UA 2XXRA 4JB7A 4IO4A 4GWOA 4DCYA 2A5TA 3G3GA 2H9BA 4R6HA 3N94A 4GIZA 1M5CA 4PQJA 4RK2A 3IAZA 4U23A 2Q8JA 3H03A 1CB6A 1MY4A 3K0VA 5I84A 4G8NA 2RC9A 3DP8A 1MY3A 2VD3A 3VXCA 4U21A 1SD3A 4OXVA 2XXVA 3JYRA 5JTYA 4QFNA 4XXUA 5I2KA 2F97A 4O3AA 5H8HA 2XX7A 3SEVA 4EDPA 3TYHA 4OMBA 5TU0A 2UXAA 3N6TA 4U1OA 3QSLA 4HW8A 4I8CA 2Z8DA 4NF6A 4F39A 4DCXA 3MP1A 5M2VA 1USYH 5FHOA 1A40A 4ELRA 1II5A 3CRBA 4YKPA 4C0RA 4QFOA 1MPBA 2HZLA 1QKBA 3FIRA 2Y7KA 3VDFA 2F5XA 4OFJA 5A5XB 2F34A 4IO5A 2VGQA 2YLNA 5B7DA 4HCYA 2YJPA 2HQ0A 3IJXB 1URGA 2X26A 3U92A 1VR5A 3IORA 3A09A 2PT1A 4YKKA 2I0BA 5J1DA 2OJTA 1NMUA 1NNTA 1JVYA 1RYXA 3SEUA 3B6WA 3KG2A 4QRZA 4R9GA 5H8NA 2F6PA 1FQEA 2UVHA 1ZBMA 2VHAA 1P99A 3C35A 1YAEA 1MY1A 3SESA 2I0CA 3C4MA 5DVFA 4M4GA 3LSLA 3H06B 1HSEA 1B0HA 3FATA 1B51A 3OO8A 4DIGA 2D5WA 4DXBA 4FATA 2O7UA 4BDQA 4UACA 4XIGQ 2RCAA 1Y3PA 3K6XA 2Q2CA 4I62A 2CZLA 3H6WA 3THIA 2D21A 3E4RA 4XKQA 1M5BA 2X7QA 2X7PA 3H4ZA 4YB7A 1HSLA 5CMCA 1WODA 4OQOA 4EXLA 2DXYA 3CVGA 4MH5A 2ZXTA 2DE3A 5DEXA 4EF2A 1B9JA 2VOZA 2XXPA 4YB6A 1QUIA 3T93B 1B0LA 1FQCA 2RKMA 1SI0A 4O3BA 3CSBA 2AL5A 3RT8A 4R6KA 4FAJA 3UN6A 3G3IA 4R9FA 3MW0A 2NOOA 2HEUA 4IY5A 5H8QA 2PT2A 1MG1A 2H5YA 1Y1ZA 3TCHA 1F9BA 3MAMA 4X1BA 3L6GA 4AB6A 2O68A 3HSTA 4GXSB 4G68B 1IUDA 1Z7NE 3TFLA 3K4UA 3RTFB 1B52A 4DE8A 3SEXA 1SW4A 2PVUA 3PU5A 4QHQA 4E0XA 3TODA 3F11A 1BKAA 3TTRA 2R6GE 3KJTA 4POWA 4KYEA 5I58B 1JNFA 4LZ5A 3IOVA 1OQGA 2UVIA 2QMWA 4RPNA 4BDOA 1ZKBA 3IOUA 3FVGA 1MM6A 1PC3A 4TLMB 5I2KB 3TELA 2QJEA 3AXFA 5H8HB 1PEBA 3MC2A 1B4HA 2DWIA 4H0WA 3S9LC 4RYAA 1LSTA 5KCJB 1MDP1 2Z23A 4P11A 3TPAA 3V89B 1GV8A 3OO9A 5CBSA 3UORA 3GBAA 1JW4A 3HN0A 3C33A 3IOTA 2UYEA 3VLVA 2M8CA 2DWHA 1MQIA 5AA2D 4R6YA 5B70A 4Q5TA 3Q25A 2R71A 4GD5A 4YB5A 3T22A 4AB5A 1SI1A 4NF4B 4BDNA 1PB9A 2V93A 4ISUA 4R2FA 3MZBA 1QUKA 5A5XA 2XXHA 3EHUA 3L6HA 2OWTA 3RGYA 1IXCA 4OEVA 4ZS9A 2Q2AA 3U94A 2ESNA 1LAHE 1S7YA 3FGSA 1ZTYA 5ISUA 4ZZEA 2GH9A 1MY0A 4KYSA 4JWXA 3EN3A 1XVXA 5H8NB 3T9HB 2Y7WA 3PUVE 4ECFA 4DLDA 2E1SA 4FJPA 5H8FB 4NF5B 1BP5A 1S50A 4GF8A 1US5A 1B6HA 4H8IA 2PMSA 2P2AA 3N6UA 5L9MA 1OLAA 3JV9A 1ANFA 2XXXA 1US4A 1B3GA 5AA1A 4NF8A 4BDMA 1OQHA 3OSRA 2OK2A 3FXUA 4MLVA 4R72A 1ATGA 1JEUA 1MQGA 3TQLA 2RC7A 4Q0CA 1XHYA 1VFEA 3IX1A 1ZJLA 2ZNUA 2V84A 2F6GA 3KN7A 4LQ5A 4LA9A 1LBCA 4PE5B 1VE4A 3PUYE 3RPWA 4DXUA 3E3KA 2QS4A 5HM4B 1M5EA 5IAIA 4KD5A 1A99A 3LBSA 3TAJA 1MXUA 2O69A 3MPKA 3OSQA 3OO6A 4FORA 1UIVA 5K2XA 3KZGA 2NWJA 3TUSA 5ELVA 1TWYA 2RF1A 4DXCA 1ZU0A 2QPQA 1URDA 2G93A 5DVIA 1NL5A 4F3PA 3MWBA 3SEWA 3PMXA 1FTOA 4BDLA 1QULA 4PETA 2HAVA 4LZ8A 1PB8A 3A3CA 2O1MA 4RK9A 5CBRA 4G68A 2OZZA 1P1UA 3RUMA 1USYE 4YAHX 2Z8FA 5H8SA 2GFEA 2OWSA 1NNKA 3W9VA 5CM6A 2F36A 4IO7A 1JVXA 5CC2A 1B2HA 4R74A 5I58A 1SW5A 5KZTA 5KDTB 3TEPA 4GLIA 3TCFA 4G77A 4QFKA 3P7IA 4GRKA 1URSA 2XX8A 5EHMA 3K02A 4N6PA 1XT8A 3QYTA 3MVZA 1JEVA 1OMPA 3N5LA 4KPTA 4KHZE 5KCJA 5FTIA 3GZGA 3K6UA 5ICQA 3K1MA 2DS9A 2E0SA 2PBWA 2XD3A 3UK4A 3C9HA 4OYVA 4RJZA 3EF7A 1NNPA 3IK6B 3V8XB 4BDRA 4ZDMA 2AL4A 4LP2B 4KYDA 4ZEDA 3CFZA 1RKMA 1NFTA 4KCDA 4DZ1A 4RXLA 3TQWA 2O51A 3V5AA 4NF4A 1S9TA 1O63A 5BUUA 4HTGA 2DVCA 5ICTA 3CG3A 3VLUA 1MS7A 1MXYA 4PFUA 1B46A 4PFTA 2QS2A 3MJNA 3EPEA 3BBRA 2B3BA 2NVUB 3E13X 1D3KA 1Y4CA 5F7VA 3B7DA 1MY2A 3CIJA 2UVJA 2HFBA 4QFPA 3T9UA 2THIA 5FTHA 2F78A 5H8FA 4NF5A 1MH3A 1NH8A 4IO6A 1O64A 4ND9A 3SKPA 5TPAB 2PX1A 3D4GA 1B7UA 4JSOA 4NF8B 1IXIA 3IB0A 4XKNA 5CMMA 3FXRA 3LUYA 3S9NC 2XXTA 3K1NA 3BFTA 3CG1A 1Q35A 3C34A 1GR2A 3PPQA 1B1XA 5HBCA 5DT6A 1DTGA 4I1DA 1OIBA 2ZYMA 4OTEA 2Y7IA 3MVYA 1VSOA 1B3EA 2F7AA 3K6VA 1GGGA 3LR1A 1B5HA 1DPEA 4UA8A 4F1YA 4OFLA 1R9QA 3SEYA 3DM0A 4F2OA 5ITOA 4KR5A 1R1NA 4EQBA 4U22A 4YMBA 3M3FA 3ODBA 2Q89A 2I6EA 3TZAA 1DMBA 1T0KA 3IB2A 4Q8RA 4P0IA 3K6WA 2GHAA 4RPOA 3B6TA 1SW2A 2ONSA 2F8DA 1MH4A 3HO7A 1LAGE 4YKJA 3IB1A 1TFDA 3PV0E 3DP4A 2DWAA 5LOMA 5CI5A 4IGRA 3N26A 2WKYA 2DSFA 3IR1A 2O7IA 3LSWA 3VE1B 1MQJA 4EUOA 3PD8A 2F7CA 4X1DA 4GL8A 5I56B 2Y84A 4QSDA 1LCFA 4H1XA 4DDDA 3EQ1A 2REJA 3O97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HV1A 2O84X 1Y20A 4F19A 3BKIB 3KSXA 5EYGA 1Y1MA 2XD2A 3Q26A 4NTLA 4H5GA 3H6UA 4MEVA 1FTJA 3W9WA 3QAXA 5DTBA 4AQ4A 4C1TA 3B50A 4F18A 3VVFA 3TTKA 4M1VA 2YPNA 1H76A 4ZECA 3OELA 4P1LA 2DYXA 5DVJA 4U2RA 1VFDA 5KDTA 5I7IA 2Y7PA 1PDAA 2XXIA 3FJGA 3VVEA 4HXVA 3LC8A 1LBVA 3FV1A 3KBZA 1UQWA 4GWXA 1NKXA 1NH7A 3BIGA 1IMAA 4HS7A 4MHFA 3H6TA 3G3HA 4RNSA 2OCUA 4K3FA 2DDKA 2AIXA 3B8BA 1SYIA 2H25A 2VPNA 1H44A 1QKAA 3E9XA 4TQUQ 5J16A 5FHNA 1MPDA 4PP0A 2FA7A 4HE0A 3IO4A 2AYSA 2QS3A 1FQBA 3UA8A 5AA4B 1UTHB 3QIMA 1GTKA 1P1OA 5JK4A 2GRVA 1XC1A 3PUWE 5I59B 1AMFA 2F35A 2I4BA 3QXMA 1BIYA 2IEEA 3KJ7A 1ZLQA 3MBPA 3CI8A 4ZEKA 4ESWA 1B5JA 5K2YA 1FTKA 1JP4A 1LBXA 4KQPA 3HHGA 4X48A 4FECA 4OHNA 2XXKA 3QK6A 3O28A 1NV3A 3HCQA 2XXYA 3ILUB 3O2AA 3G3KA 1Y3NA 5I57B 2ZZVA 5ET6A 1AIVA 1D4NA 4PFRA 4OENA 4PFYA 1FQFA 3TMGA 4PC9A 1IZ1A 4ZEFA 4MLQA 4R73A 2Q88A 3VFJA 2GHBA 2I49A 1POTA 1M5DA 3FJMA 2Z22A 3EHSA 2I58A 3RYDA 3S9EA 1N04A 3TTLA 4Q30B 2D3IA 1N84A 2XXWA 3R26A 5TPAA 1Y9UA 1B3HA 1NUZA 3FVOA 1AOVA 1TXFA 3ECRA 4PAIA 4PFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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