2ZYPA

X-ray structure of hen egg-white lysozyme with poly(allyl amine)
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of hen egg-white lysozyme with poly(allyl amine)
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2zypA00
1GFVA 4OWEA 3A6CY 4NHPA 4WLDA 134LA 194LA 2H5ZA 5C6IA 5E4PA 5KXPA 4WL6A 1E8LA 4O34A 1FLWA 5APDA 3B0IA 1LJHA 208LA 5LA8A 1GB0A 1LZ8A 135LA 3J6KA 1AZFA 1IWVA 3CT1A 4NSIA 1QTKA 3CB7A 1B5YA 3BKVA 3WYHA 4BS7A 4YM8A 3TXFA 4NHQA 4UWUA 2BAAA 4NHIA 3RW8A 4BAFA 4CGEA 3D3DA 2FYDA 3WVYA 2F2NA 2Z2EA 2BLYA 2D4IA 1NBZC 3AZ4A 1GF0A 1BWIA 4TTDA 1EQ5A 3A67Y 3A94A 4ML7A 2D4KA 4D9ZA 5HLLA 2BQGA 3AGHA 1JKAA 1HNLA 4OWAA 3ZVQA 4R6CA 1UA6Y 1GFKA 1ZVYB 2Y8PA 1LYOA 3AGGG 1WQNA 1B5VA 1QQYA 5C6JA 3QY4A 4NGVA 4P2EA 1HHLA 1BB5A 4L41A 4GCCA 5IDDA 4C5FA 2G4PA 3A90A 4H9IA 1GF7A 4N1EI 2BQEA 4AXTA 5E9RA 1GD6A 1GFUA 2IHLA 1C45A 1GB7A 1OUDA 4WOAA 4I0CA 1CKDA 2ZIJA 4XN6A 4H1PA 4DD9A 4FJRA 1FDLY 4LYBA 1LTMA 1IR9A 2W1XA 2YDGA 3IWRA 4NGLA 1GE1A 3D9AC 1H87A 4NSHA 4H90A 1N4FA 4ETEA 1GPQC 3AZ7A 3B72A 3G3BB 2MEEA 3AZ5A 4NWEA 5FSTA 1IP1A 5KXTA 3WVXA 1GB5A 1ZVHL 3LZ2A 4J7VA 4XJIA 5L3HA 3WPLA 5LXWA 5L3IA 4B4IA 1GB3A 5LAFA 1LHIA 2I25L 2HUBA 1GEZA 6LYTA 1LZCA 1GBSA 1B5WA 1LHKA 1WQMA 3ATNA 4WLTA 1LKRA 2A7DA 5KXOA 5KXSA 3W6BA 4XJBA 1JITA 1LJJA 1LMPA 3A92A 3AB6A 1LJ4A 4NG8A 5B1FA 1OUFA 4G4CA 1QIOA 5FCPA 1GFAA 4FDYA 1JSEA 4XJGA 2ZYCA 2BQNA 1ALCA 1WTNA 2BQFA 1LZTA 2BQAA 1LOZA 3LHMA 2HEBA 2DQDY 4NGZA 2HTXA 4GN5C 1NHEA 1HEQA 3N9AA 1C7PA 2D91A 4ANRA 1DPXA 2ZNWY 4YEMA 1GB2A 1HFZA 3TMUA 1GFGA 1LSFA 5FDJA 2PC2A 3B6LA 6LYZA 5A3ZA 2Z38A 1B5ZA 1CJ8A 1GDXA 1LSZA 2YSSC 7LYZA 1LZ4A 2X0AA 2CGIA 3IJVA 1CNSA 1FLUA 1PS5A 1JJ0A 1HF4A 1TCYA 4NHTA 2MEDA 1RCMA 4TSBA 1DI3A 1LJNA 1G7IC 3A3QA 5KXXA 3W6CA 3AZ6A 3E3DA 4GCBA 1GWDA 1FKVA 4ETCA 2XJWA 1C46A 2NWDX 4LT2A 1RI8B 1YAOA 1XGUC 3TXGA 3LYOA 4X3BA 1GB6A 4NGOA 2W1YA 2MEGA 4LZTA 1F10A 3OJPA 1FN5A 2DQHY 2MEFA 4LT1A 4PGJB 4BADA 5LYMA 5FEKA 1XSFA 1QSAA 1OUJA 4PPOA 4QY9A 1G7HC 1GE0A 3W6FA 5I53A 2XTHA 2YBLA 1RE2A 1OUBA 4UWVA 3A34A 1IWZA 2W1LA 2MEAA 1YAQA 5F9XA 1AT6A 1LSDA 1G7LC 1BWHA 1G7JC 3A93A 5LVGA 1QUTA 2ZQ4A 5L9JA 1V7SA 3GXRA 1Z55A 2MECA 1LZ5A 4NHSA 5F81A 3WXTA 1LJGA 1LZ6A 5KJ9A 1PZYA 1LKSA 3MGWA 1O23A 1LJKA 1IX0A 4NGWA 1JKCA 2VB1A 3AGIA 4DDBA 1D0KA 5EBHA 2G4NA 4H91A 4WO6A 1LHHA 3HBEX 4HJYA 2BPUA 3TMXA 1CKHA 1GFEA 4MCKA 4HJVA 1REZA 1VATA 5KXMA 2B5ZA 4H9CA 1J1OY 4LYMA 3HFMY 4H9FA 1H6MA 1XEIA 1D9UA 3HBHA 4MR1A 2ZWBA 1D0LA 2RSCA 4WG7A 4ETBA 4DYGA 5F16A 4DWXA 3EO5A 1C43A 1W6ZA 2A7FA 1TAYA 4B4JA 4WM2A 2F30A 1NWGA 133LA 2BLXA 1FKQA 1UCOA 2BQCA 1UACY 4RW1A 5B06A 1GE2A 3TXKA 4DD1A 5IHGA 1YANA 1KXWA 3P64A 4EMNA 1NBYC 1XGPC 3LYTA 4OWCA 5APEA 1LSCA 5I5QA 2HEFA 1IC7Y 4B0DA 3WULA 3AJNA 1LYSA 1LZSA 4GCEA 1FLQA 1GFRA 4J0LA 207LA 3P68A 5DM9A 4B1AA 1VDSA 5LVJA 4WM1A 5LYZA 1B7OA 1HSXA 4DDAA 1GEVA 5LA5A 1GF8A 5F14A 4HP0A 4Z98A 1JTPL 2DKVA 4H92A 1GF6A 2D6BA 1GB8A 1GBWA 1LSMA 4MSTA 4Z46A 1YILA 2C8PA 1NDMC 1B7RA 2MEBA 3CSZA 1WQRA 1IWTA 1DKJA 4KXIA 1JISA 1JSFA 4WLXA 1B7LA 1BB4A 3A3RX 4CFPA 2IFFY 3CT0A 1CKFA 5DN5A 1OUHA 4EOFA 1GFJA 4N5RA 1J1PY 132LA 1HENA 1GF4A 4QEQA 1UBZA 4XJHA 3A96A 2LYOA 5D5CA 4G4BA 5LIOA 5KXKA 5ILCA 3W6EA 1I1ZA 1LSGA 2DQJY 5KKIA 4G4HA 1GAZA 4H93A 3GXKA 2WARA 1HEMA 2YVBA 4GLVA 1IP2A 4PRQA 1GF3A 2Z37A 4PHIA 1CKGA 1YL0X 1T3PA 2ZIKA 1REMA 4J1AA 5I4XA 1YAMA 1LHJA 1BB3A 1GXXA 4WL7A 1IC4Y 4GN4A 4IJ4A 5J7CA 1DQJC 3WMKA 4YEOA 1LSNA 1QSWA 2DQFC 4ZIXA 1RFPA 4N0JA 4HSFA 1LAAA 3RNXA 1AT5A 4H8ZA 3KAMA 4LFXA 3CT5A 4LFPA 1YQVY 3QE8A 5C6LA 4WM3A 1OUAA 5LINA 4XYYA 4QDNA 1GFHA 4RLNA 2DBTA 4LGKA 1UIAA 4TUNA 3TMVA 1JPOA 1B5UA 5HNCA 1CJ7A 3LZTA 1DI4A 3P65A 3WW5A 1LMCA 4DD0A 4CJ2A 2HEEA 3N9EA 4H8XA 1HFXA 5LYTA 3T6UA 2G4QA 2DQCY 1IY4A 1NDGC 1OUEA 1UIGA 3FE0A 2DQEY 4GCFA 1UIEA 4G9SA 1IOCA 1DXJA 2Z39A 4LYZA 4NWHA 5AMYA 3IJUA 1VDTA 4WO9A 4TWSA 1GB9A 4NIJA 1JTOL 5KXYA 1IIZA 5APCA 1B7QA 1B9OA 5D5FA 1JWRA 1I56A 1TDYA 1VAUA 1GAYA 1EL1A 1HEPA 1LSAA 1YKZX 1KXYA 2HEAA 1UUZC 4H9EA 4YOPA 1LJFA 1DPWA 3A6BY 4WG1A 4OWHA 3RU5A 2I6ZA 3P4ZA 2H9KA 1LYZA 1J1XY 1CKCA 1REXA 2YBHA 4W94A 3VWOA 1WQPA 3HBDA 3LYZA 2H9JA 5I54A 2EIZC 4R0FA 3W6DA 3B0OA 1WQQA 1BVKC 2Z2FA 4W96A 4XJDA 5KKJA 5KY1A 1IR7A 4NG1A 4WM4A 1I20A 3W3EA 1KIQC 3EXDA 4DDCA 1UC0A 5IELA 3A95A 1LZDA 1YL1X 4RDSA 2LYMA 3K3TA 4XADA 1NMMA 2ZYPA 1D0MA 2DQIY 5KXLA 1KIRC 1GHLA 2EKSC 2HU1A 4A7DA 5LVIA 1QDTA 4HV2A 1KIPC 4NFVA 4PJ2C 1LZYA 1B0DA 5LVKA 4NGYA 4E3UA 1OQMA 4CFOA 4NEBA 1JIYA 1ZV5L 2XBRA 1LMQA 3TXDA 154LA 1RJCB 3WW6A 3ZEKA 1IWYA 1WVVA 3CQLA 3N9CA 3TXIA 5M1YA 5ILFA 2BQBA 2I26L 2CDSA 1OUGA 1IR8A 2BQLA 1DKKA 1IP4A 1XGQC 5T3FA 1YAPA 1YIKA 3A8ZA 3BKHA 4J1BA 1VFBC 4ZFPA 5DLAA 2GV0A 3AYQA 2Z12A 2N5ZA 4N1CC 4WMGA 5FHWA 1OP9B 3TXEA 1JKDA 193LA 4U3XB 4KL7A 3WU8A 1IVMA 1CJ9A 4KPMA 2C8OA 3ATOA 1W08A 5I4YA 2FBBA 5I4WA 1F6SA 4XJFA 5LVHA 1VEDA 4GLAA 3RZ4A 1LSBA 4BAPA 5B1GA 3AW7A 1T6VL 1UIBA 1IC5Y 1GF9A 4HPIA 1ZMYL 5KXNA 2CWIA 1LSYA 4HTQA 2MEIA 1HEWA 1B7NA 3ULRA 1GBZA 4DD7A 1NKHA 4LT0A 1V7TA 4LYOA 4DT3A 5K7OA 3WH1A 1XFPL 1GF5A 3ZVQB 1B7MA 1GFTA 1LMTA 3M3UA 1IO5A 2FBDA 1IP7A 153LA 1A2YC 1HFYA 1EQ4A 4G49A 1BQLY 4LYTA 3WPJA 4HPEA 4RW2A 4M6DA 4OOTA 4YF2A 1YKYX 2F4AA 1LZRA 1LPIA 1LZ9A 3WU7A 4H8YA 1HC0A 4HTNA 1B2KA 3A91A 1GDWA 1GE4A 4OW1A 1IP3A 2YBJA 2F4GA 1LCNA 3WL2A 2ZQ3A 1LZAA 1NF5A 1LMOA 4IASA 3F6ZA 3J4GA 1LSEA 1UIDA 2DQGY 2YBIA 1UIHA 4H9HA 2CJLA 9LYZA 1B7SA 1JJ1A 1FLYA 1XGTC 4LYCA 1HELA 2BQMA 4B49A 3TXHA 1LJEA 4ETDA 1CJ6A 1A4VA 3CSRA 5II3A 1BWJA 4H9AA 4M4OA 2BQDA 2D4JA 5HMJA 4NGIA 1UICA 1IORA 4ETAA 5B59A 3WUAA 1XEJA 1UIFA 4B4EA 1BGIA 1C08C 1HSWA 1MLCE 2AUBA 4WLYA 1LZEA 4RLMA 1LZGA 4CHXA 1HMKA 4Z3MA 1VDPA 2LYZA 4NSGA 5F9UA 1LSPA 1D6QA 4I8SA 1LZNA 4NGKA 2EPEA 5APFA 2HEDA 1QTEA 2MEHA 1LMNA 1IP6A 2Z18A 5FELA 1G7MC 1LHMA 3RT5X 1INUA 1B5XA 1VDQA 5DN4A 1DZBX 1HEOA 1TBYA 4TSCA 4Z41A 1D6PA 1LJ3A 1XGRC 3EMSA 3T36A 1OUIA 1JJ3A 4N9RA 1XEKA 1FBIX 1BHZA 2W1MA 3W6AA 3WXUA 1KXXA 1LZ1A 5KXZA 2BQJA 1GXV2 1B7PA 1IWXA 1BVXA 1IWUA 1JEFA 1OUCA 2HECA 1IY3A 2YBMA 2EQLA 4TX7A 1LYYA 1LZBA 4GCDA 5KXRA 4H94A 1JUGA 1IP5A 1JTTL 4WM5A 1LJIA 1EQEA 1QDRA 3CSQA 3WU9A 4N8ZA 5KXWA 2XBSA 1YROA 4DD3A 1WQOA 4ZEEA 2DQAA 1WTMA 1DI5A 1AKIA 4LT3A 1SQ2L 3G3AB 1YKXX 2YBNA 1GBXA 1LMAA 1WVUA 4WM6A 2BQKA 1F0WA 2LZTA 3LYMA 3SP3A 1P2CC 1HERA 1HMLA 3QNGA 4ET8A 5B05A 1F6RA 3OK0A 2BQHA 4NSJA 1LHLA 5A3EA 5HQ1A 1BB7A 1NQIA 2BQIA 2HU3A 8LYZA 4NGJA 1AM7A 4PRUA 2FYCA 4GN3A 1SLYA 3AW6A 4HTKA 2Z19A 1IWWA 4HV1A 4KT3A 3B0KA 3WUNA 4ET9A 1GBOA 1IOTA 4XENA 5LAGA 3FI7A 4HJZA 1IOSA 2Q0MX 1BB6A 1C10A 4II8A 3EBAB 2LHMA 4UWNA 4NY5A 4OOOA 3WUMA 1TEWA 4DC4A 5HMVA 1QUSA 4OWBA 4QGZA 2ZILA 2LZ2A 1MELL 3TXJA 4AGAA 4C3WA 3M18B 1GE3A 4IATA 1IOQA 5B07A 3LN2A 1IEEA 2BQOA 3TMWA 3TXBA 1REYA 4YENA 5DL9A 5HNLA 1JKBA 4H9BA 1GBYA 2ZNXY 3P66A 5JENB 3WPKA 1JHLA 4DD2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFVA 134LA 194LA 5KXPA 1FLWA 110LA 1K28A 1LZ8A 1IWVA 4NSIA 4I7QA 3NY9A 1L09A 3RW8A 2FYDA 1KY1A 2B6WA 4TTDA 3A94A 5HLLA 1L99A 1HNLA 1L42A 1C6AA 1QUHA 2RH1A 1LYOA 1CX6A 1QQYA 1L85A 1HHLA 1L03A 4L41A 4C5FA 1GF7A 4N1EI 1C45A 1GB7A 1OUDA 1L35A 2ZIJA 3G3XA 4XN6A 4DD9A 1FDLY 1LTMA 1IR9A 4I7PA 1H87A 4NSHA 4H90A 1DYFA 3B72A 3C81A 1IP1A 3ODUA 1L28A 1ZVHL 3LZ2A 4XJIA 3WPLA 1XEPA 4B4IA 2OU0X 2I25L 1DYCA 1LZCA 3HU8A 1GBSA 4ZPUA 3ATNA 1C62A 5KXSA 1LJJA 1L12A 4XJGA 2ZYCA 168LA 1WTNA 1L94A 1LZTA 1L52A 2HEBA 2HTXA 4GN5C 1SWYA 1HFZA 1L83A 3B6LA 7LYZA 2YSSC 1PS5A 206LA 1LJNA 1G7IC 1D3MA 1FKVA 1L01A 1C6GA 1XGUC 4NGOA 2MEGA 3OJPA 1FN5A 2DQHY 4LT1A 5FEKA 4PPOA 1CV4A 5I53A 2XTHA 2YBLA 1RE2A 4UWVA 1IWZA 2MEAA 1YAQA 1QUTA 3C8SA 3GXRA 5F81A 3WXTA 1PZYA 1QUGA 4NGWA 195LA 5EBHA 192LA 1DYEA 2B74A 1L70A 1LHHA 2O4WA 4H9CA 255LA 1D9UA 2ZWBA 4DKLA 149LA 4ETBA 1C43A 1LW9A 2A7FA 1KW5A 1NWGA 2BQCA 4DD1A 1UACY 4RW1A 1GE2A 1QTHA 5IHGA 1P36A 1LYEA 3FADA 3LYTA 1L04A 5I5QA 1L24A 1LZSA 1FLQA 5LVJA 1VDSA 1CU5A 1B7OA 4IAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GFV A;  4OWE A;  3A6C Y;  4NHP A;  4WLD A;  134L A;  194L A;  2H5Z A;  5C6I A;  5E4P A;  5KXP A;  4WL6 A;  1E8L A;  4O34 A;  1FLW A;  5APD A;  3B0I A;  1LJH A;  208L A;  5LA8 A;  1GB0 A;  1LZ8 A;  135L A;  3J6K A;  1AZF A;  1IWV A;  3CT1 A;  4NSI A;  1QTK A;  3CB7 A;  1B5Y A;  3BKV A;  3WYH A;  4BS7 A;  4YM8 A;  3TXF A;  4NHQ A;  4UWU A;  2BAA A;  4NHI A;  3RW8 A;  4BAF A;  4CGE A;  3D3D A;  2FYD A;  3WVY A;  2F2N A;  2Z2E A;  2BLY A;  2D4I A;  1NBZ C;  3AZ4 A;  1GF0 A;  1BWI A;  4TTD A;  1EQ5 A;  3A67 Y;  3A94 A;  4ML7 A;  2D4K A;  4D9Z A;  5HLL A;  2BQG A;  3AGH A;  1JKA A;  1HNL A;  4OWA A;  3ZVQ A;  4R6C A;  1UA6 Y;  1GFK A;  1ZVY B;  2Y8P A;  1LYO A;  3AGG G;  1WQN A;  1B5V A;  1QQY A;  5C6J A;  3QY4 A;  4NGV A;  4P2E A;  1HHL A;  1BB5 A;  4L41 A;  4GCC A;  5IDD A;  4C5F A;  2G4P A;  3A90 A;  4H9I A;  1GF7 A;  4N1E I;  2BQE A;  4AXT A;  5E9R A;  1GD6 A;  1GFU A;  2IHL A;  1C45 A;  1GB7 A;  1OUD A;  4WOA A;  4I0C A;  1CKD A;  2ZIJ A;  4XN6 A;  4H1P A;  4DD9 A;  4FJR A;  1FDL Y;  4LYB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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