2AJQB

Structure of replicative dna polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase,transcription/dna
molecule keywords DNA Primer
publication title Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing
rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 26
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence I
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2ajqB00
5D93A 2IN3A 4XS4A 3ZL5A 5CREA 4PXOA 3TJGA 5CRGA 2H66A 4WETA 1WP0A 1AUCA 5KEJA 1Y25A 5FT3A 1WIKA 3W8JA 2K9FA 3IOSA 2GSSA 3ZMKA 1XBSA 2H8LA 5JCWA 1Z6NA 3GKMA 3J7Yk 3RAZA 1Z9HA 4HI7A 2ON7A 2PN8A 2B1KA 2IPAA 4TR1A 3TKSC 3P90A 4KDYA 4GQCA 1RW1A 1U88A 1S3CA 3I6AA 5G2ZA 2PPTA 4WR4A 1TKDB 1C72A 4HEA2 4MLYA 1ACVA 4EDZA 1EGOA 1UN2A 3ERFA 1V57A 5AIXA 1ZCPA 1JZOA 2OKAA 2H72A 1X5CA 4IJ3A 2ZCTA 3VPQA 5DAKB 1M2BA 4F82A 1Z7PA 5J9BA 3IK9A 3IR4A 5HR2A 2KLXA 3LORA 1FOVA 2R4VA 1DSBA 1XFLA 2J9HA 3FY7A 2WRTA 3TKPA 2QSIA 3F3RA 3BD2A 3ZREA 1ERUA 4WXTA 5DVBA 1YKCA 3PH9A 1K0NA 2A4VA 4JBBA 2H71A 5B8AA 5JCGA 1TW9A 3PR8A 2DMLA 1BYEA 5GSSA 1K0AA 1YF1A 5DALA 1ABAA 4EUYA 1R7HA 6GSUA 2LRCA 3F9UA 1FG4A 4V2MA 4EDYA 1R5PA 2MMZA 3GHAA 4PX1A 2O7KA 2GZYA 5DQYA 5IMZA 4POMA 2LS5A 2FY6A 4MCUA 4O7HA 4ID0A 1K3LA 4BVYA 2IMIA 1HNBA 2DJ0A 3L9UA 4GF0A 2LNTA 4FYCA 1ERTA 3LGCA 2ZUPA 3EMPA 3A5WA 1N2AA 1NHYA 2H6XA 3QOUA 2BJXA 5GAND 3IE3A 2C3NA 3UL3A 5HFGA 2NDOA 1YF0A 1PSQA 2A2RA 2CVDA 4HU7A 5C04A 3GTUB 2GTUA 1YKAA 4K8MA 2RIIA 4LLRA 4IS0A 4JE1A 3HHVA 5G31A 1QK8A 3JCML 3TOTA 6GSWA 2YV9A 5ECMB 1URMA 4OO5A 2OE0A 2PMTA 5KN0A 3CXGA 4PQIA 2PGTA 3H4KA 3KIJA 2FA8A 1TP9A 1I9DA 1Z6MA 5KN2A 4OD7A 1VRSD 2LJRA 1TXXA 3TJKA 1XW6A 2FWEA 1JZRA 4ACSA 1PMTA 3F0IA 4TVEA 4D73A 5IQYA 3MWHA 2C3QA 2GZPA 2GZZA 4FYUA 9GSSA 1EV9A 2YZUA 2VM1A 4TKYA 2H19A 4X0XA 3ERGA 1TI1A 4K2DA 3C71A 2JZSA 3EINA 1R4WA 2DJJA 4MH2A 2CZ3A 3IDVA 1TOFA 4IN0A 2J23A 1TRUA 4G2EA 4MK3A 3KD0A 3EU3A 2LJAA 2N5AA 4BL7A 1M0UA 2JADA 4QL7A 4FYBA 2CT6A 2EIRA 4IQAA 4JEDA 2V2GA 3WYWA 1HYUA 1EOHA 3D4MA 1HQOA 1AXDA 4DEJA 2D2ZA 2YWMA 3UJ1A 2XBIA 1GRXA 3D22A 2L5LA 2IMEA 4XHMA 5F05A 1HNCA 2LV3A 4WEYA 5HR1A 2L57A 3QAWA 4F2IA 1A2JA 4DVCA 2JU5A 3VURA 2K18A 2PU9C 4KDUA 2HSYA 4TXOA 1ZMAA 2HZFA 2YCDA 4K7IA 4RUVA 5ELAA 3FYGA 1W4VA 3EVIA 1T4ZA 2TRXA 3I69A 2R2JA 1EZKA 3N9JA 3KMNA 3CSIA 2KHPA 1O6JA 1A23A 3HVSA 1GSFA 2C8UA 3F4SA 4TR4A 1JZWA 4LMVA 4WBJA 5G30A 2RM5A 3C1SA 2H73A 3ME8A 3GTUA 3VI5A 4KNDA 4POBA 1MD3A 4N0VA 2X8HA 3FR6A 5AGYA 2H1GA 4EVMA 5EL8A 4E8HA 4TOPA 2RUFA 2VCTA 3BJ5A 3KXOA 1PKWA 2BMXA 3S9FA 1QXHA 1FO5A 2LRTA 2B1LA 4GQFA 3ZMLA 5GSTA 2HLSA 2PERA 2IFQA 2Z9SA 1GUHA 6GSVA 3IBHA 1THXA 4OWYA 3GRXA 1O81A 3F63A 3N5OA 1T1VA 3IC4A 5IIZA 1J9BA 3G7JA 2L4CA 2NVLA 2JZRA 4ZIJA 1MEKA 1TU7A 3CRTA 1GNWA 4PGTA 4N0ZA 2PVQA 2NBSA 1YEXA 20GSA 1JLWA 4LL1B 3GSTA 1A2LA 2C1YA 1FVKA 1F3AA 2DLXA 3HDCA 4BWSA 4POKA 12GSA 2VCWA 2AYTA 3TKQA 5IMDA 5ELGA 5D9TA 2HNLA 2R6KA 1XVWA 2I1UA 3KEBA 3FR9A 2F51A 2I4AA 3QFAC 2LRNA 3CBUA 2ALBA 2DBCA 2GT6A 2VM2A 1WWJA 4XCSA 1OKDA 3KTBA 1X9MB 3D0ZA 2FWHA 4H86A 3HCZA 5ID2B 4ZB9A 4KW6A 2VAFA 2H6ZA 4TR0A 4I5QA 3GKXA 4HS1A 2H75A 2C80A 5EY6A 5C00A 5CRDA 3EC3A 3GUSA 1NM3A 1SU9A 3KMOA 5H5QA 4KSMA 2B7JA 2GQKA 2H0GA 3CTFA 3F6DA 3I43A 1XOAA 4MF7A 3MSZA 1YQ1A 3APQA 1GSDA 1PN9A 1O73A 5F8BA 3UBLA 1Z3EA 4AJ8A 5G1LA 1V98A 4GRFA 2H01A 3KP9A 3V1WA 3ZVJA 4N30A 1TRWA 1T4YA 1F9MA 4DSRA 2DMMA 1SKRB 1M99A 4ZB6A 19GSA 2PWJA 3RHCA 4MA9A 2YJHA 1A0FA 2JSZA 4I2TA 4CW9A 3ZTLA 1EOGA 5J41A 1BX9A 3UMAA 3LSZA 4Q5RA 3TRPA 3IHQA 2OE3A 3TOUA 1J0FA 2WFCA 1GP1A 4FIWA 3G7YA 1WRYA 4GWRA 3VWWA 1AQWA 1SD8A 3HVXA 2DJ2A 1XVQA 3DVXA 6GSSA 1GTUA 3FZ5A 1DBYA 1K3YA 3GN3A 2YN1A 2LQOA 1SJ6A 1GL8A 1K3OA 1B9XC 3H1NA 4QQ7A 4ECCA 4EXJA 1XPVA 3R2QA 4OCFA 3A2VA 3FHKA 4KSOA 1PKZA 2VD1A 4FH8A 1YZXA 3UAPA 2AB6A 3HJOA 2XHFA 2VO4A 1JFUA 3M8NA 1I5GA 2MBTA 1EEJA 1CQGA 1FB0A 5DQSA 4F9ZA 3IAS2 3IPZA 4MP4A 3VWXA 1PA3A 1OC9A 3GFKA 3P7XA 4AF2A 2QC7A 2HZEA 4MZCA 4XIHA 1TRSA 1IYIA 4JU5A 8GSSA 4NAXA 1MDIA 3M9JA 2GS3A 4WF4A 4CDOA 1ZL9A 5D9XA 3ISOA 2JZTA 1KBNA 5CNWA 3DWVA 2K6VA 1QGVA 2CVBA 2OADA 2VIMA 3HYPA 3DEXA 3EU4A 1F37A 2AJQB 4PQHA 4V1Ag 2B5XA 2I9HA 1GUMA 5IMAA 5ID2A 1ERVA 3FKFA 4J56E 3HD5A 3FZ4A 4J2FA 1AIUA 1F2EA 3LG6A 3PINA 4MH3A 1GSUA 3D5JA 1OAZA 5DJMA 1NSWA 2C4JA 3DGQA 2ZNMA 4TN8A 3ZFBA 2X8GA 3TRQA 5ECNB 4F03A 4XTSA 5D96A 2P31A 2HRFA 3ERWA 1XZOA 4O92A 2F8FA 2M46A 2MMOA 1R5AA 3CMIA 1PD21 3L4NA 5CP1A 5IMCA 2WB9A 5ECLB 4QL9A 4Q5QA 2MZCA 2H0HA 4KGIA 5CRHA 3KGKA 2H1AA 1PGTA 14GSA 3O76A 3KM6A 2WS2A 3QPMA 4KAEA 1GSEA 3GL3A 2H74A 4IBPA 5EPFA 2H0IA 2M80A 2YANA 3MNGA 1X9WB 3TKRA 2VLVA 1B9YC 3GA4A 3GH6A 4NV2A 4ZB8A 4MJEA 1V2AA 4HU9A 2GT5A 2FLSA 5A5KA 3CSHA 1GULA 2AAWA 1OC3A 1ML6A 4YQUA 4G10A 3CYNA 1EWXA 3DKSA 4YH2A 4MABA 1B4QA 2GQLA 1PQNA 3EE2A 4K6XA 3A2XA 2P0GA 1OKTA 4POLA 5IMVA 4MMMA 3FEUA 5FWGA 2HI7A 3K8NA 3O3TA 2F3MA 1A2MA 2YWIA 13GSA 1ST9A 4YAPA 3M9KA 2DJ3A 4PNFA 1SL0B 1YDKA 2IWTA 3QAVA 1M9BA 5EVOA 2O87A 1XXUA 2C0FA 3CTGA 2KP1A 3VK9A 1A24A 2O89A 1K0BA 1YEPA 3TRXA 2IMDA 2B7KA 4GXZA 1GLPA 1N8JA 4F0BA 1AC1A 3TUEA 3DIEA 5L71A 2DJ1A 5DAKA 1GNEA 3DD3A 4J57E 3WD6A 2IMFA 2V41A 2RUEA 5CAXA 3FZAA 1JZDA 5DBQA 4EE0A 4TW5A 4G19A 1ON4A 4EO3A 4MPGA 1GTAA 4L5LA 1QQ2A 2LJKA 5H5SA 1EP8A 3GKNA 6GSXA 3LQ7A 5G5EA 2FUG2 3QD9A 5IPHA 3L9SA 5IOXA 5J5NA 2XPDA 4HJMA 2YWOA 1TK5B 2MMNA 4NPBA 3A3TA 1ZYQB 5ECPB 5F0GA 5IPGA 1MDKA 3HKRA 4GSNA 1M7TA 4Z7XA 4GSTA 1AQXA 1ZGNA 5IM9A 5CYYA 1T3BA 2KOKA 1FAAA 4MZBA 4HZ4A 2OJLA 2R3XA 1TU8A 4IHUA 2I81A 3H93A 2YNXA 4LL4B 1A8LA 2VL9A 4XS1A 2ES7A 2X99A 4ZL7A 5A4UA 2K8VA 18GSA 3IRAA 2X64A 4L0UA 2C0EA 1DUGA 2IJYA 1E2YA 4HOJA 2YJ7A 1SKWB 1QUWA 1ZZYA 3M1GA 3QAGA 1K0CA 5AISA 2AV4A 2FHEA 2VUPA 2YV7A 4LMWA 4GTUA 4DSSB 2BTOT 5ECRB 4L8EA 3OR5A 5CRWA 1UA5A 1SK0A 4L5OA 2AUVA 4RI6A 4PNGA 2DSAA 4TRXA 4HDEA 4K7NA 4AJ6A 1QMVA 5ECQB 3GSSA 4MF5A 3UBKA 4N10A 2KP2A 3WT2A 1Q98A 3CRUA 2B5EA 1BEDA 1TJDA 1GTBA 3QFBC 2NPBA 2XBQA 4ZXGA 4IW9A 2LNSA 5IO0A 5DCGA 4K0GA 1K0OA 3HJPA 2MYGA 3HZ4A 5JWQB 4IVFA 5COHA 4ZL9A 2G2QA 11GSA 3TDGA 5ECKB 4O32A 1A0RP 3LFLA 1XWAA 1FW1A 4NHZA 1XWCA 1OE8A 1S3DA 4RQRA 4MJCA 5F07A 4XS4B 5ECHB 1XW9A 3GX8A 1SKSB 10GSA 1UVZA 1LU4A 2V1MA 2WZ9A 1WE0A 3I9V2 1V40A 1PRXA 2E2GA 3MDKA 2GLRA 4I97A 2PBJA 1TRVA 3Q19A 4PUAA 2MMAA 3F6FA 5G1KA 2P5RA 3FW2A 3GL5A 3F8UA 3L9VA 4IELA 4OFMA 4RI7A 2YP6A 4TR1B 3RPNA 4MDCA 1RQMA 3HVVA 4Q5FA 5HFKA 1SJIA 4V2NA 4PUFC 3LWAA 3VWVA 1KTEA 1WOUA 2DJKA 2HYXA 1ZYEA 2EIOA 2E0QA 2IIYA 2LEGA 3Q74A 4NMUA 4OMVA 2IL3A 3GMFA 3AY8A 22GSA 3GX0A 5D8IA 4ECBA 2VL2A 1EP7A 4BWQA 3U6VA 4PURA 4ZL8A 3RBTA 3GKKA 1K0DA 3LEFA 1U3IA 1WMJA 1AW9A 4KUNA 2L6CA 3HY2A 3TJJA 4NXIA 4GLTA 2ON5A 2GSTA 3UOMA 1OYJA 3NZNA 4IP6A 4IKHA 3QR6A 5LCZA 2I3YA 2CX4A 2FD3A 6GSTA 2XC2A 4MZWA 1Z7RA 1BG5A 4ULXA 5DJLA 2V6KA 2GVPA 5D9WA 5KN1A 3BOAA 2GQMA 3DXBA 2GSQA 1Q4JA 1SD9A 3WGXA 3DMLA 5E4WA 1TTZA 1PL2A 4OFNA 4Q5NA 3TKSE 2OA7A 4MPFA 4RQXA 4K1FA 1YJ6A 3TGZA 3A2WA 16GSA 2RLIA 4CHSA 3UARA 2M72A 2C3TA 3FK8A 5GZZB 4XS6A 4AJ7A 2RM6A 2L5OA 3GIXA 3RPPA 2TRCP 1BQ7A 1GSQA 4K7OA 1SYXA 1LJRA 4NHWA 1B48A 4MF6A 2XPEA 4IP1A 5IOWA 3KCMA 1X0RA 4MJAA 1VGLA 5J3RA 1GUKA 2V32A 4K9ZA 1NW2A 1SJZA 2YOIA 3ZFLA 1WJKA 2WULA 1HNAA 3GH9A 4YAVA 3HA9A 2FWFA 3ZYWA 4ECIA 3J7Yb 3TJBA 4JR6A 4JR4A 5DCHA 1PX6A 1X5DA 1ZOFA 4O5RA 3DVWA 5HR3A 5ECOB 1OC8A 5E59A 1V58A 3VPTA 4D73B 2DC5A 2L6DA 1KNGA 1Y6EA 4G9HA 5G5FA 1A8YA 3Q18A 2O85A 1XIYA 3KTLA 3ZLPA 4HUAA 5J4UA 2OBIA 4EF0A 1SENA 2K8SA 3KZQA 3TCOA 2PUKC 3NIVA 2H1DA 3VLNA 2LTKA 1AQVA 3FZ9A 3WGEA 2EIQA 4OFTA 3D6IA 2GSRA 3F3QA 3LXTA 1F3BA 1VF1A 4KE3A 5HFIA 5INYA 3FRCA 4KDXA 2VCZA 2N5FA 2HXKA 4HJ2A 2L4QA 4JRRA 5D73A 3DRNA 2FNOA 4TXOB 1T7PB 1XW5A 1T00A 5B7CA 5ABRA 2FWGA 1TI3A 1SL2B 1HD2A 2DIYA 2X8CA 2JL4A 2VCVA 4ZBAA 3IAM2 3UVHA 3VI7A 1M2DA 1OE7A 5AN1A 4KB3A 4XRDA 5A4WA 4P3YB 5F06A 2A2SA 2WCIA 1G6YA 1V9WA 3QMXA 3M0FA 3D21A 3KJYA 1YY7A 3ZZXA 2E2MA 2VLTA 4X43A 1NHOA 4KX4A 3US3A 1EGRA 4EKZA 3LXZA 1KEBA 3BCIA 1LBKA 2R5GA 4NV5A 3C7MA 2LQQA 3TKSA 1O7UA 4I2UA 2HRNA 2CA8A 1PX7A 5ECSA 2IFQB 5JCUA 3VFIA 2OBKA 1XWKA 1AAZA 3E3EA 3M3MA 4HQSA 2VOCA 1O8XA 1QFNA 1FVJA 1O85A 4N11A 1M9AA 1DE1A 1U87A 5DDLA 2G0FA 4TXVA 2HT9A 2VL3A 1G7OA 1J08A 4F0CA 4V1Ap 4EC0A 4ML6A 3C73A 2B6MA 3F4TA 3KH7A 2B3SA 2HFDA 2LSTA 5JWRB 2JSYA 2CX3A 1GLQA 2CAQA 3CSJA 4ZBDA 2WJUA 1X9SB 4I8BA 2CVKA 4HZ2A 3TJFA 2IMKA 4HQZA 4BA7A 3UIWA 1U6TA 17GSA 2H1BA 2JACA 3QDNA 4DSQA 3WGDA 5J9CA 3KH9A 2F8AA 6GSYA 1JHBA 4JZQA 4GSSA 5FHIA 3BBYA 2H6YA 3IK7A 3VWUA 3GNJA 3EWLA 4WKWA 4PQ1A 5IMFA 1U3AA 3GV1A 3H79A 3MAKA 2VL2C 1RK4A 3G7IA 4FO5A 2FGXA 3ED3A 4NWYA 2B5YA 3GYKA 2H70A 5AIVA 1TDIA 3HJMA 1BJXA 3L0HA 5CO3A 1MDJA 2EC4A 1E6BA 2TIRA 3P2AA 2MBSA 1ERWA 2YPMA 1XWGA 2CZ2A 2VD0A 1TK8B 2L59A 3TB2A 2CAIA 4YQMA 3W8SA 1USBA 2R37A 5JWOB 1GH2A 1FB6A 3LYPA 4ZBBA 4KCEA 3IA1A 3KP8A 5IO2A 3HXSA 3O6TA 3E0UA 3ZRDA 3F4RA 1B8XA 5H5RA 1SK1A 1H4OA 3D4TA 3LYKA 3U5RE 3HZ8A 1MD4A 7GSSA 3SBCA 5ECIB 3IV4A 3Q6OA 3RHBA 1UC7A 4AGSA 1G7EA 2OE1A 4EL1A 2F9SA 4KA0A 2GDRA 3WT1A 3GURA 3RDWA 1X5EA 1JLVA 3BCKA 4BVXA 1PL1A 2HSHA 4K0NA 1SL1B 4WF5A 1SK2A 2WGRA 4ISDA 4MJBA 3APSA 5ENUA 3G9BA 4ILFA 3C8EA 5HQPA 2AHEA 2N5BA 1FHEA 1TK0B 1CQHA 3PGTA 2H76A 3UEMA 4OCEA 2HE3A 2NTOA 1MTCA 2QKEA 1OC9B 2HZEB 4IGJA 3FR3A 3ZIJA 2OACA 2O8VB 5D9VA 3P8WA 2C0GA 1GSSA 3UVTA 2FA4A 1VF3A 4WBRD 4LA1A 4E8EA 5A4VA 3EURA 3ZIVA 3QCPA 3E9JB 1DE2A 4YQVA 2FCHA 4X1UA 3ZVJD 2CV4A 3EMXA 5HR0A 1ILOA 1BAYA 4GCIA 2WDUA 4ML1A 2DIZA 1OVNA 3ME7A 1XCCA 1EEMA 1G6WA 2VCQA 1SYRA 2GGTA 5B8BA 1O8WA 5B6MA 1R26A 1XOBA 4XRAA 1GTIA 1XWBA 4KH7A 5KN3A 4ECJA 4WR5A 4ZILA 3IXRA 2LUSA 1GSYA 4KCAA 3ZITA 2P5QA 2YWNA 4DSSA 2VCXA 5DALB 2CQ9A 4IJIA 5LNKe 4V2LA 2YZHA 4BPYA 3C1RA 1W89A 5LD0A 4I6XA 3EYTA 2C0DA 4L0WA 2V6OA 4OO4A 3DYRA 4IQ1A 1F6MC 1H75A 1T8EB 3SWLA 1K0MA 3LJRA 1B4PA 2PVOC 1Z5YE 4TR3A 1GWCA 2LKUA 2REMA 3W6GA 3APOA 1VF2A 1THOA 1IYHA 1EV4A 1WPIA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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