2CET | Genus

Total Genus 176

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	176
sequence length	443
structure length	435
Chain Sequence	VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASERAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structural, Kinetic, and Thermodynamic Analysis of Glucoimidazole-Derived Glycosidase Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga maritima
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
total genus	176
structure length	435
sequence length	443
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2006-02-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2cetA00

6CGTA 2GK1B 2UY3A 4XX6A 3WD1A 3QOMA 2F8QA 4AIUA 1OGSA 4QCEA 3ZT6A 1OSEA 1OIFA 3NDZA 3N18A 2PI6A 4OUEA 1IV8A 4PMOA 1J10A 1HP5A 1B3WA 3SCQA 3GDBA 2WHMA 3N12A 1CXHA 1MXDA 4Y7EA 3OBAA 5M3WA 3ZIZA 3K8MA 3SCPA 1C8XA 1FFQA 2EO7A 1OD8A 1YHTA 3CUGA 3F5LA 5A69A 4U33A 2HVMA 4W5ZA 1J18A 4WK9A 2DPEA 4CN1A 4DM1A 2C0HA 5ABEA 3RILA 1QHPA 5A8OA 1V6VA 2XSAA 2PWFA 3WF4A 3POCA 5E0CA 1UUQA 1HF6A 1JAEA 3L4YA 2BHYA 4MNKA 4ML4A 1ZU8A 1ESWA 4AZ5A 3WNLA 4D6IA 3F5KA 5HPOA 1HXJA 2JF7A 1KGWA 3SCTA 3W26A 4B9ZA 3MO4A 4QCFA 1W1YA 3AMLA 2WSPA 4AW7A 3CHCA 5ABFA 1OBAA 3VKKA 1QPKA 3L4VA 2XFYA 4U5KA 5A6LA 3ARYA 4LX4A 4H04A 2BXYA 4TXEA 1W91A 3WD2A 2AOSA 1ZBCA 4J3VA 1ECEA 1MW0A 4MNMA 4S3JA 2EBNA 2DSZA 2VCAA 1E4MM 1UH2A 4JKLA 4NRRA 4V2XA 3WD4A 1MFVA 1HKKA 4TVDA 2W63A 1V6WA 3GNRA 2ZX6A 4M8UA 4Z2JA 4JKMA 1E4IA 4D6HA 5A2CA 1AQ0A 1E40A 1U33A 4UFKA 3LPOA 3QGVA 3L4WA 1WNOA 3CZLA 3GXIA 2FH8A 5HBFA 1RPKA 5BCAA 2XJ7A 3VD4A 3ARSA 2G3MA 3WDJA 2Q8XA 3SURA 4UR9A 5ABFB 2CERA 3FAWA 1GHSA 1BG4A 4MTVA 4HOZA 3AJ7A 1JZ2A 1MQQA 3VIFA 1K9TA 2XWEA 5E70A 3VM7A 3D5HA 4J27A 5DEZA 3VNZA 1C8QA 3N9KA 1VJSA 5C8BB 2TAAA 1JXKA 2D23A 4XZBA 3IANA 4UFJA 5A6JA 4FMVA 4UCFA 5BXPA 1FHDA 1CXEA 1RH9A 2Y24A 1NOFA 2D0FA 2DSWA 1TCMA 5CGMA 4H8UA 3OGVA 3AIWA 1M7XA 3W82A 3OLEA 3AXHA 4AD1A 4CD7A 2ZUNA 1FH9A 1UD3A 3BGAA 1FHLA 1GCYA 1US2A 3W6LA 3ZO9A 5JIPA 2O9TA 1C7SA 3S6TA 1NOUA 3ZSSA 1HVXA 1ZBVA 2YL8A 4ZEPA 5IXEA 2OYLA 9CGTA 4TX6A 1E3XA 1V0NA 2WKLA 4NSBA 1W1TA 1UR8A 3WSUA 4GO9A 2O9OA 1HJQA 3LPFA 4IUGA 3BAKA 3MU7A 1IZJA 4CUCA 4QLJA 3ALFA 1M03A 3BC9A 5D8ZA 3MMUA 2X0YA 1WP6A 3W4RA 4UQCA 2XIIA 2XM2A 3WQ8A 1CXLA 4X0NA 3AHZA 2EPKX 3GZAA 4PRWA 4MPKA 5A6KA 5I3DA 1JDCA 1OM0A 2VUYA 4BQ4A 3NIYA 3U5UA 1HKMA 4AWEA 3NUKA 2VMFA 1DWFM 3OLGA 3CHFA 4PTMA 3NYDA 2NSXA 4BQ3A 2V3FA 1ISYA 4GPNA 1CGUA 4LYQA 5KZ6A 1TMQA 4MNLA 1J0ZA 4PSRA 1E6QM 2EPMX 4CCCA 2XFFA 1W1VA 1GOQA 2D2OA 2J62A 2VNCA 1E43A 1LL6A 5FL1A 2OSYA 1WB0A 3VD7A 1QI0A 4P8VA 3WEZA 1W3KA 2BY3A 2WLZA 2D22A 3M7SA 1NOWA 3AIUA 1UD2A 2WMFA 3TA9A 3MV11 4BQ5A 3N17A 3TONA 1UR2A 5FKYA 1X1NA 4H8VA 1GUVA 5CPQA 1KR0A 3SCSA 1WCGA 2X09A 1JDDA 1L0PA 2EPLX 5CG0A 2ZX7A 4TX8A 4MB4A 1H41A 2OWCA 1UYQA 5D9NA 1R8LA 4YPJA 3SUTA 3VOCA 3UG4A 3CH9A 5JBEA 4AD2A 2XGIA 1UZ1A 2PBGA 5FIPA 2VZSA 4PMNA 2IXVA 1OIMA 1W9BM 2VQUA 1CBGA 4JFWA 4P8XA 5IFPA 3I3BA 4DWSD 3HJEA 4QAWA 4N0RA 1VIWA 1IT0A 2C7FA 1I1WA 3KZSA 1LLOA 4CCDA 3OLDA 3RJXA 3WDHA 1FH7A 1KXVA 1JFHA 1UQYA 4W89A 3B9DA 3UG3A 3MMDA 4M80A 2YLAA 1CXIA 4CN6A 2QPSA 2DSVA 1JZ7A 1QBBA 3PBGA 1G9HA 4HMDA 4L4PA 3WNMA 3SUVA 4OBRA 2JF6A 4W8BA 2YA2A 2A3HA 2JE8A 2J79A 4ACYA 4J3TA 3FAXA 3BSGA 3K8LA 2GDUA 1WE5A 5D8WA 3RO8A 3DC0A 3U5YA 3T2QA 3L2MA 1V0KA 1SYTA 3TTYA 5C70A 4Q22A 4GXPA 1JYVA 3IJ7A 2BY0A 3CZEA 2E3ZA 4DWSC 4RE4A 1FOBA 4FF5A 1K9EA 1XGZA 3VMOA 2EQDA 3APGA 1JF6A 1SMDA 2VZTA 1JFXA 4TOQA 1E6XM 3AIQA 3I3DA 2W67A 5LA2A 3CUJA 2QLYA 2QMJA 2A3BA 4PSPA 5I77A 2ZX9A 1LL7A 3WQWA 4GI8A 2WK2A 1EOMA 1OGBA 4CVWA 4QLLA 4LGXA 2DH3A 1EH9A 3SUWA 4RL3A 1E56A 1TG7A 4JKKA 1B90A 2YBTA 3GTNA 2GJXB 5AY7A 4DWSA 3QOKA 3WBEA 3CHDA 1H09A 3T0DA 1G01A 1NWTA 3WIJA 3M07A 2J4GA 3RCNA 3DYMA 2BXZA 3L4XA 2CNCA 2ZWYA 3KL3A 1E15A 2EPOA 2PF0A 1CENA 1TVNA 1M53A 3VDBA 1C93A 1ZJAA 1J9YA 1OB0A 3WQ4A 2WZHA 3PTQA 1ISXA 2WMKA 2VT0A 5CXPA 2DT3A 4D72A 4AMCA 3L4TA 1MYRA 3AHXA 1WDRA 1XD0A 3MUZ1 1HT6A 4H7VA 1QOXA 2W91A 3N04A 4J7RA 1R85A 2XFRA 3FN9A 4PEEA 1H2JA 1BF2A 3OGRA 3VDAA 1CGXA 1KWGA 4DWSB 3AMKA 2J7GA 3FHQA 4F9JA 1CECA 2WNWA 1JDAA 3MS8A 4ZXOA 5CLWA 1CLVA 1E9LA 5I24A 5A6SA 1JD9A 2JEQA 4WF7A 3CZKA 4AZ6A 4OKDA 5M17A 3NSMA 3GM8A 4TTGA 3CZJA 3WNOA 1LF1A 3THDA 4OOUA 1K9DA 3CBWA 2VCCA 2E4TA 5FD0A 3ALGA 1BAGA 2J7FA 4D6FA 2UWFA 4OJYA 1V6YA 4GZJA 3BH4A 1EO7A 2J78A 5JIWA 4MB1A 4UFIA 3MUIA 2G3NA 4AD5A 1TA3A 1KCKA 2XWDA 4PMUA 1UHVA 3EMQA 3AICA 1UWRA 3SEPA 1UR0A 5ABHA 2XVGA 1BGGA 1G5AA 3L4UA 1RP8A 1C7TA 1VENA 1KFWA 4BCEA 1DEDA 3EDFA 2WMIA 2WANA 2WMHA 3AXIA 3VIPA 3VDHA 1UH4A 3VD3A 3W29A 3EDJA 1E73M 1EXPA 3GNOA 5JBFA 1BFNA 3AIBA 1XSIA 2W62A 2G3IA 1CTNA 1GQKA 1RD6A 4W5UA 4TTUA 1EHNA 3QR3A 3WELA 4M1RA 5IDIA 3AIVA 2YL6A 4W8AA 4TVCA 4GO8A 3BXWA 5E6YA 1DTUA 4B3LA 1TA3B 3ARXA 5CSUA 1JI1A 4QLKA 3WY1A 4M82A 1V3LA 4P7RA 2XIBA 1GQLA 1BSIA 2WMJA 4WKFA 1GONA 4JCLA 4CU7A 1MVYA 2WMIB 1W2VA 1NARA 3VO0A 1X6LA 1US3A 2A3AA 2O92A 4F79A 1WZAA 3CUIA 3WQ6A 2OLHA 1CNVA 4WSKA 3BAYA 1V02E 1B3YA 3W81A 4HU0A 4BA0A 2AAAA 3ARUA 1B30A 2XVPA 3VGBA 5LA0A 1DP0A 3GXFA 4HPHA 1EA9C 4U31A 3VU2A 3PZVA 4HZ7A 1ODZA 2OYKA 1VB9A 4YN5A 2ZICA 1E3ZA 4UQBA 2WHLA 3CUHA 4GZIA 4D6EA 3RIKA 4TUFA 1OCQA 2ZUTA 4H2CA 5DT7A 3K1DA 1S46A 4DUXA 1R7OA 5DO8A 4J28A 1UOKA 4ACZA 5AC5A 2CBJA 4A4AA 4BF7A 1V3HA 3EDEA 2VO5A 5IFTA 3WQVA 4FLSA 3AXXA 1QI4A 4CU6A 3VTRA 1HIZA 3VIMA 1Q6DA 5JBDA 2CXGA 2J25A 3ZR6A 2NT0A 1UKOA 2XVNA 1MXGA 5GPRA 2QF8A 2W66A 1E4NA 3TTOA 2WWDA 3OG2A 6A3HA 3T0BA 3PTKA 1EGZA 3EDKA 1C8YA 3WEOA 1GHRA 1Q6FA 5D9PA 4AZGA 2XM1A 5CZKA 2CKRA 2YKKA 4CD5A 4QDMA 2VR4A 3W24A 5DF0A 4DUWA 2YDSA 4AXNA 7TAAA 4EANA 4FK9A 1J0IA 4MAVA 1I1XA 4GI6A 2GFTA 3VIOA 4U2YA 2ZXAA 5EMYA 1E1EA 3ARQA 1ZL1A 2D20A 3K4AA 2D3NA 3PZNA 1LJYA 3AROA 4HMEA 1U30A 4KGLA 4YHEA 1NWUA 3NJ3A 1XSKA 3L2LA 4MB3A 5GNZA 2X05A 3CHEA 3EBVA 3W6MA 1LWJA 2PB1A 1XH1A 1UWUA 4PCTA 1BYBA 1IZKA 5ECUA 4CKQA 5D9MA 1Q6EA 1KXTA 4CU8A 1J12A 1QNPA 5CPTA 2VURA 1QNQA 5FL0A 2V3EA 2J7CA 1XD1A 4PMRA 3MMWA 1HL8A 4JAWA 3AMGA 4PBGA 2WKGA 2G41A 3B9EA 2CHOA 5A6BD 3WEMA 1WZMA 5CGTA 3TP4A 4D1JA 2NT1A 4U3AA 3DECA 1C91A 2QV4A 5CLTA 1WZKA 4XB3A 3WMCA 1Q4NX 2G8ZA 1J0YA 2XVLA 1GOWA 1JD7A 4Z2HA 1L8NA 1UA7A 5EBAA 1M04A 1ODUA 4CCEA 2DIEA 3ARTA 3WF1A 4ZFMA 3AHYA 2YJQA 5HXMA 4ZXLA 1CIUA 1OT2A 1Q6CA 1W3LA 2WMGA 1W3JA 3OLIA 1HKJA 2VZVA 2ZUVA 4P8WA 2Y2WA 3QHMA 1I75A 1LL4A 4OZOA 5IHSA 1ZBWA 4BQ2A 3MUAA 3CGTA 2JIWA 4MAZA 3HMCA 4WLCA 4AZ7A 1DWAM 1MW3A 2WC7A 3O2LA 3WDQA 2DSKA 5E9AA 4LYPA 1B0IA 1HJSA 2O9PA 4UQAA 1AQMA 4KRUA 1QNOA 2BVTA 4GZEA 3NCOA 1GVYA 2J8FA 3OA5A 1HJUA 1V6UA 3WF3A 5A2BA 4KGJA 1UWTA 2E9BA 2QPUA 1KB3A 1BHGA 3IAPA 1MWOA 1XYFA 2X1IA 1GZJA 5A2AA 2PC8A 4PN2A 1EHAA 4GKLA 2GUYA 3MKKA 1NQ6A 3RMEA 3CUFA 3B9AA 4AZHA 4X0VA 4AEFA 2XYLA 1EQCA 1GOMA 1W9UA 1XC6A 2D1ZA 1E70M 1CEOA 4GIAA 3GH7A 1ZBKA 1CGVA 5A6BA 2CBIA 2E9LA 1SMAA 1UWQA 3GYCA 1XSJA 2PWGA 3AHVA 1WAWA 3A47A 2DQXA 5F7UA 2VCBA 4RE3A 3NSXA 1UH3A 1H0IA 2Y8VA 1E4LA 5I23A 4P8UA 5KEZA 1JI2A 1VFMA 1A47A 1GJWA 3WH7A 1BTCA 2VQTA 1HP4A 3EMCA 2J8GA 1CDGA 2EPNA 3CIVA 4H41A 1K6AA 4B15A 4P7OA 3OGSA 4MJ4A 4HA4A 2G3JA 4EE9A 3RM9A 1B9ZA 1J11A 3BSHA 1B3ZA 1R87A 1UKPA 3VMNA 2E8YA 1GQIA 4MJ2A 5EB8A 2NW0A 3VX1A 2ZOXA 3PZMA 1VRXA 2JALA 3VDCA 1EIBA 1Z32X 1QHZA 4A3YA 3ZSTA 2WZIA 4HA3A 3WF0A 2DGAA 3QHNA 3VINA 3VVGA 1GJUA 4W7WA 1E5JA 5E09A 3KL5A 5E0FA 4IPLA 4LYRA 3VIKA 1K9FA 3AZTA 4W88A 3N13A 2XGBA 1BGAA 5BXTA 2WLYA 2WC4A 1NWRA 4IPNB 3QHOA 2WHKA 2WVVA 1GW1A 3RM8A 2VX7A 3MUY1 4U5IA 1B3VA 1EDTA 2BHZA 1GOIA 4JL2A 1JZ5A 4PMYA 4AIOA 2VX5A 1UZ4A 3VM5A 2WBKA 1UD4A 1ISVA 3POHA 1CGYA 4IM4A 3ARWA 3RPMA 1OWQA 3AFBA 2XTKA 1O7AA 2C8NA 2WPGA 3WN6A 1H0GA 1H3GA 4HOWA 4MDPA 3PZGA 2OWXA 1VF8A 5A1AA 3U7BA 1E72M 3BAWA 1XV8A 1LG2A 4Q7NA 3JUGA 2UY5A 2FHFA 5BRQA 3VGGA 4ATLA 2VI0A 3PZ9A 2WW5A 1F4HA 3GBDA 4CGTA 4V28A 3ZT7A 2G4FA 4MDOA 1JYXA 3AS1A 1UD5A 2WVVB 1VEOA 4OBSA 4CD8A 3WNPA 3AIEA 3GH5A 2WAGA 5A94A 3VIGA 4KWUA 2XG9A 1V0LA 2DDXA 4DM2A 2RGMA 1SFSA 3PZTA 1O6IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5TD4 A;  1BG9 A;  2EJ1 A;  2X0H A;  2JEP A;  4OIF A;  2DIJ A;  4NI3 A;  5GQB A;  3KWX A;  3S2C A;  1PEZ A;  4B16 A;  3RJY A;  2F2H A;  3IAQ A;  3VGE A;  2V3D A;  1WKY A;  1JND A;  5A8P A;  1E6S M;  3M6D A;  3VD5 A;  1E5N A;  2YL5 A;  1TE1 A;  4AIS A;  5E6Z A;  3WH5 A;  1R86 A;  2WVT A;  4HZ8 A;  3VGF A;  1CYG A;  2FGL A;  1GOK A;  4M81 A;  1NH6 A;  1DHK A;  3DYO A;  1DWG M;  2W5F A;  2V5D A;  2J7H A;  2B31 A;  1VBU A;  2VRK A;  3SCN A;  2PWD A;  1E6R A;  4AD3 A;  3EYP A;  5I6S A;  3MAN A;  5EFD A;  1ITC A;  2CBU A;  3BMV A;  1FP8 A;  4JCM A;  4UZU A;  4S3K A;  4AD0 A;  1QNS A;  2DSU A;  4J3S A;  1TUX A;  1WPC A;  2YA1 A;  4Z2K A;  2GSJ A;  4ZE4 A;  1P6W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4INF A;  2EG8 A;  1YDN A;  3L4W A;  1VFS A;  2FH8 A;  3CV1 A;  1M6J A;  1XX1 A;  5HBF A;  3CYJ A;  3M0Y A;  1RPK A;  2QJJ A;  2IS7 A;  3UA4 A;  2ZA1 A;  3ARS A;  2I14 A;  3SUR A;  4UR9 A;  2CER A;  1GHS A;  4HOZ A;  4IGH A;  1AJ0 A;  2QZR A;  5AYZ A;  1FWE C;  3VM7 A;  4J27 A;  3N9K A;  3TZN A;  2REQ A;  3HA1 A;  2DW6 A;  5C8B B;  2GVE A;  2TAA A;  1K7E A;  3IAN A;  5A6J A;  2WSR A;  1EF2 A;  1R46 A;  2PP1 A;  2KZH A;  1NOF A;  3RLH A;  3JZE A;  3TZF A;  3RFA A;  1XIJ A;  3AIW A;  1W5N A;  3TW7 A;  1XPY A;  4AD1 A;  4CD7 A;  2ZUN A;  1FH9 A;  2XN0 A;  3BGA A;  4A21 A;  3HO8 A;  2HNH A;  1GCY A;  2BMB A;  3KTX A;  1ZJH A;  1ADO A;  2YL8 A;  5IXE A;  9CGT A;  3O8A A;  1E3X A;  3INP A;  1V0N A;  3B4U A;  3WSU A;  3D3F A;  2O9O A;  3TYA A;  1UC4 A;  3I6T A;  3LPF A;  1I45 A;  3SGU A;  5DCB A;  3LCW A;  1EL3 A;  3W1A A;  3R10 A;  3E2S A;  4PTD A;  1M03 A;  1T41 A;  3BC9 A;  5AEC A;  1TTQ A;  5IOB A;  3GHT A;  3NM1 A;  3LXA A;  1Y65 A;  4UQC A;  1DYS A;  1HFB A;  3AHZ A;  4M6U A;  2Y89 A;  5I3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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