2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
4DENA 1S4PA 3VSFA 4USOA 3V91A 5FU0A 1ZJ3A 4H9WA 3NJ5A 3HALA 4YOLA 4A7YA 1FGAA 1JTCA 3POLA 3CA0A 1ZJPA 4M28A 3ZLKA 3BRDA 1HWOB 2VU9A 5DSSB 2ZU9A 2FYDB 3GUEA 1O7QA 4HOCA 3PMEA 3CKVA 3O4AA 2QKXA 4F83A 1FMMS 3HMYA 3WMVA 3PHZA 3Q7UA 3ZLLA 3AZWA 2D0JA 1WT3A 3E26A 3Q7WA 5G00A 1SZ6B 4L4HA 4QKSA 2R9KB 3ZX7A 1GX4A 2Y4KA 4KEIA 3JTJA 4QBVA 4LO1A 1ZJ0A 3FJIA 1MC9A 3N7KA 2BO4A 3I0EA 1ISYA 1W57A 2X60A 5C47A 1D0HA 3N7MA 4Y7VA 3TC2A 5CQNX 3R3IA 4Q9GA 3BRGC 4CJBA 3Q80A 4TLPA 2FFVA 5DZUA 4I3NA 3VWCA 2FFUA 2RITA 1TVYA 4NAIA 1EV2A 4DEPA 4J2YA 3V0LA 2Z87A 4EEEB 2BO7A 1GQ9A 4Y7FA 2RQ9A 3JUTA 4Q91A 5BQUC 4HA2A 2VS3A 1WBCA 2WBCA 2BEAA 1ISXA 4F34A 1LL2A 1A8DA 5BXRA 1NF5B 1TWMA 1N4KA 3H6SE 2I5EA 1VZXA 4QALA 2WVKA 5C3DA 3BB2A 3BAGA 3CKQA 2XWLA 3AKIA 3F1RA 3O4BA 3IOHA 3I0IX 4D11C 2AQZA 4LO2C 4ZOTA 2QN4A 3BA7A 2ZQOA 5BXPA 2NZ9A 5FZYA 1JYKA 3BAVA 4KNRA 4D48A 1DQOA 4JAWA 2QH5A 1HV9A 4ASJA 3FJ9A 1S0FA 3BRFA 1ISZA 4XFTA 2UUSA 3NBEA 4FGFA 2VSEA 2X2TA 4LO0C 4QBCA 1FWVA 3V0BA 2ZU7A 5AJNA 4EEAA 1MP3A 3TZTA 2O1FA 1NUNA 1DQGA 2V0HA 3FUOA 2V0LA 3OBRA 4FROA 2ET2A 3AJ6A 1ZJ2A 1R82A 1WD4A 1CE7B 3AKGA 1INIA 2YQCA 4Y63A 4Y9XA 4GOYA 5FUHA 6I1BA 1SR4A 1H5TA 1QQLA 3O4CA 3FJJA 4ZLBB 1IOBA 3FFZA 4FRBA 1R7TA 4I1BA 1JT5A 5AJPA 2AAIB 1IIMA 5C1LA 5E24E 4XWIA 5L6VA 1VGTA 2UX8A 1OQMB 3T7MA 4Y7UA 4ZFUB 2BO8A 3D8VA 1O7OA 1JV1A 4Y62A 4OWKA 3NBNA 4AYJA 3SX8A 5C8RA 1FXOA 2VSAA 1TP0A 1AVXB 2ERMA 1LL0A 1FGGA 1H7HA 1PZYB 4KC2A 1TZFA 2D43A 1RMLA 3FJKA 9ILBA 1PUUB 3O4OA 4KC3A 4X3AA 5D63A 1G2VA 1BFCA 1W55A 2JCLA 3HN1A 3OGZA 1H7GA 3SXBA 4LO8B 3RSBA 3F62B 4GP0A 1Z4SA 4HO3A 1I1BA 3N7JA 1G95A 2DREA 4USPA 2NXVA 4K6RA 4J2KA 5FZUA 1NWGB 1P63A 2AECA 2ICYA 4LO3C 2RIZA 4QC4A 4JD0A 3RMWA 4Y7GA 2P23A 5L6SA 3IIRA 1BFFA 4D0TA 5I1BA 1VZUA 3AH4A 1BLDA 4EE5A 2VS4A 3LLPA 2Y9XE 2DS0A 3N0KA 1NKHB 2NM1A 1S0LA 4Y64A 1V82A 4B4MA 3V0OA 4CJCA 2K4AB 4P0JA 3OGGA 1WBAA 2P72A 3P6JA 1H3MA 4Z8SB 4I8MA 1H5SC 3O3PA 3PKPA 1FO8A 3I0HA 4KT7A 4JP0A 3RMXA 1G93A 4CJ8A 4IHZA 1G23A 2RJ8A 1S0GA 1MD6A 1R80A 1ITBA 3CRIA 1G3LA 1H7QA 1S4NA 2YQJA 3U2TA 2RJ4A 4I4PA 1IHKA 2FYAA 3SX3A 1ON6A 1HJJA 3PG0A 3VEQA 2GO2A 4KPZA 1DJSB 1W3FA 3FGMA 4J2SA 4D11A 4LO2A 2RJ5A 4DDZA 1II4A 4L41C 4HO0A 2OI6A 1JLYA 1IRPA 4B5BA 4I4RA 3BAUA 4FRPA 1V83A 1JQZA 2MZBA 5C1HA 4IYBA 3ZXDA 2QYIB 2Q4JA 4FVVA 4NANA 5EJ1A 1H7TA 2XWMA 2XMEA 2JCJA 3FJBA 4JKXB 1FGXA 4GBPA 2VS5A 5C3AA 4D0ZA 2WVMA 1HCEA 5BXSA 3R2WA 4P0LA 2KKIA 2J3PA 3AJ5A 3CA1A 3V8YA 2VUAA 1PZZA 4B2XA 1AFCA 2XOAA 2RJ7A 4HJJA 2MC2A 3D7WB 3BTAA 4IQPA 3N9WA 4AC3A 5IDTA 1AVAC 1VGZA 2K8RA 1LVWA 2PX7A 1GGPB 4EB2B 2FO1A 2X65A 4FRAA 2AH9A 5F90A 4JISA 5CMFX 1V6XA 2V0JA 4KBBA 2VLCA 2DRYA 1G0RA 3I0GA 1ZCYA 4R6UB 3UD9A 3V0AB 2A8WA 1ZCTA 1R7YA 1W3AA 1GX0A 1AVWB 3IM7A 3W9TA 3WINA 5C49A 1FWUA 1K4VA 1HWPB 1JT7A 2DRZA 4X39A 3S8KA 1G9CA 3FJFA 4AAWA 3T8SA 1R81A 1Z0HA 4B3UA 4GOVA 3Q7YA 2E4MA 4X38A 5IDSA 3SX7A 2LIEA 4FRQA 2Y4LA 3V79C 3E25A 1YP2A 1HJLA 3OC9A 1EYLA 3Q7XA 5BP5C 1I1EA 1ZDGA 2RJ0A 2XWNA 1H4CA 4EE4A 2O1HA 4LO3A 4HO9A 1BFGA 2VD4A 2VXLA 4IY9A 4QO3A 2VSHA 1S0EA 2MIBA 1BASA 5JMCA 2D1ZA 4EFQA 2CU2A 2I7BA 1W3GA 4KEKA 4CVHA 1TOOA 2P39A 5BXTA 5C4FA 4LO7C 3RMYA 3ZXGA 2AE7A 5CMGX 5C48A 1ZCVA 3OH0A 5HS2A 2Q9XA 21BIA 3WO3A 1O0RA 2Y7AA 2PA4A 4AN7B 1ZIZA 2YCMA 4UEGA 5CMIA 1MP5A 2F8XC 1FN0A 3V0MA 1H5SA 2Y4JA 1HWMB 1XYFA 1LZ7A 1WVCA 5JLVA 5DVHA 4I4VA 3CKOA 1YF8B 4I96A 4I4UA 3A21A 5D62A 3CKJA 4XKIA 1H4DA 3FJHA 4CJMA 2JCOA 2BFHA 3ZGFA 1F31A 3I0FA 4IRQA 7I1BA 3CU1B 2P73A 2YC5A 3OH4A 3OGFA 4G6JA 1HCDA 1GWWA 3D5NA 4M2BA 2WVLA 4KQLA 1H5RA 1E0OA 2F2FC 1HM8A 1OMXA 2AESA 2FYCB 1BLAA 1DFQA 2WGZA 1XHBA 2I1BA 2KH2A 4G9MA 4JQ0A 4L4IA 1IINA 1WSZA 5BOWA 1WT0A 3QVBA 3V0NA 2P6WA 4XFUA 2IWTB 3FWWA 2APCA 4I6IA 4DE7A 5C36A 3UD7A 1TW5A 3F1CA 3H6RA 4IZXA 3QR5A 5IFYA 3AZVA 3FJ8A 1DZCA 5C1GA 1FV2A 3NGWA 2D7IA 5DDVA 3CA3A 2ZQNA 3WINC 2OEFA 4EEGA 1FZWA 3LW6A 2D23A 3KIAA 3VSZA 2Z49A 5GAQA 5C4DA 4ZGRB 5C4BA 2GZBA 4P0KA 2E4MC 3T7OA 3I2AA 1R7XA 3USRA 4D8HA 1ONKB 1J0SA 1PWAA 4G3SA 1EPWA 2YQHA 4H04A 1RZOB 4C2SA 3JUJA 1IT0A 1YXWA 2NTDA 2FY7A 2KLLA 3NBCA 2OEGA 8I1BA 4EKXB 1JYLA 2NYYA 2NVHA 4DCKC 1G9AA 3V0BB 4HO2A 4WBCA 5EG6C 4EFRA 4IONA 3BRKX 3CKNA 3T7NA 3FJDA 3O3QA 3OJ2A 1IRAX 3PNNA 4P6AA 4ENDA 1NQIB 4JRAA 4JKQA 2WRYA 1TIEA 3O49A 1ZHJA 4E1KA 1V6WA 1UPSA 3PKQA 4J23B 2FGFA 3OH1A 1NZKA 1ISWA 1G82A 4I7IA 3USQA 4AN6A 2W0VA 3A22A 1G1LA 1H5TB 2VXMA 4A7ZA 4M4KA 1JLXA 1G97A 3SXGA 3HSMA 4QD2C 5C4EA 1HM0A 1EZIA 5CMJA 1Z2VA 2BEBA 1H5RB 5BP5A 4OEFA 3SPTA 31BIA 4JPZA 5CMHA 1JT4A 1R7VA 3CRGA 3AKHA 2D24A 3RTJB 4ISRA 2YC3A 4I4XA 5AJOA 1FR9A 3V0QA 1ZCUA 1H7LA 1FMZA 2HWAA 3WO2A 5HPZA 3AKFA 3N7LA 4BMAA 4Y6NA 1G8OA 1TTUA 3A07A 3I29B 1JVDA 2Y4MA 3R4SA 4G9NA 4OEEA 3UD8A 3UJ0A 4Z9WB 4OEGA 2D44A 1ZI4A 1VM8A 5FNWA 3OBTA 3EE5A 1QQKA 2IHOA 3ILAA 3QYDA 4I4YA 4I0YA 4J2XA 2V0KA 3K8EA 1WD3A 3O5WB 2RIYA 4MYBA 4OW4A 2YUGA 3VT1A 2GGOA 3V8ZA 4AYLA 5EJZA 1YTOA 1TFMB 4MNDA 4X37A 1FWYA 1QWJA 3DUVA 4FRDA 5DUYA 3IOJA 3BA5A 4EEMA 1ILR1 5I1FA 3FJAA 3JRRA 1JVGA 2RJ1A 4BQHA 2RJ9A 3BADA 3UJ4A 1HM9A 2E8BA 3DK5A 4ECMA 1AF9A 1G9DA 2VFZA 1PUMB 1VCLA 4HO5A 1ZI5A 2F2FA 2X5ZA 2BO6A 3NBDA 3SXCA 3U2UA 4G3PA 4EVWA 2PGVA 2ZU8A 3K1XA 3MPPG 1FO9A 3SXEA 1INJA 1AXMA 2DPWA 5FTVA 5C38A 4Y7TA 4IZEA 3C9ZA 4I1EA 1PZTA 3I0CA 4M2AA 4FRMA 1YP4A 2D7RA 4I4QA 1Z90A 4II0A 5J49A 1ZJOA 1PC8B 4I2SA 5F8YA 2AFGA 2ESUA 3CA6A 1V84A 1FOAA 2WAWA 1XZ6A 4P00A 3SX5A 3SXDA 5FYEA 1LZJA 1YROB 2RJ6A 3BCVA 5C3BA 1AVUA 3CRHA 4LO7B 3PUBA 3SNVA 1KNMA 3IOIA 4KXOA 2LIQA 2VXTI 1BA7A 3E8LC 4I37A 3B9UA 4NAKA 3SXAA 3U2VA 4ASYA 4KEJA 5BXCA 1T9FA 3UDAA 3V90A 1V6VA 1SS9A 4OWLA 3VT0A 4HG6A 1I52A 3Q4SA 3V0PA 1RG8A 1S0BA 4FCUA 1ABRB 5C4CA 2PGYA 3CGXA 1T4QA 1BARA 2GGQA 4HO8A 1MP4A 1VZTA 2RIXA 5FZZA 2YESA 2Z86A 3I0JA 1G9BA 2K43A 4P02A 1S0CA 4ZBVB 2Y9FA 2AXMA 4Q9PA 1G9RA 1VH1A 3OH2A 1OQLB 1H7EA 1LL3A 1VGUA 1Q04A 1LZIA 4HCQA 4B42A 2X5SA 1YP3A 3H6QA 4NALA 3U2XA 1DZDA 3O44A 2HZ9A 1NMMB 1ZI3A 4IY8A 5CQOA 3ZF8A 2D20A 1FR8A 3O4DA 5BVPI 2D22A 4KPXA 1EVTA 1FRWA 1H5SD 1VGWA 1M16A 4ARWA 1FV3A 2M49A 3BAOA 3OJVA 1XG6A 2JCKA 2O1GA 2AM4A 3OJMA 1JY0A 4Y6UA 3IM6A 4DECA 4EE3A 3BAHA 1E5KA 3OKRA 3OH3A 1XZZA 1QG8A 5CQMX 4XFSA 3TQDA 2Y9WC 2ZR1B 1WT1A 5FU8A 3IM5A 1HWNB 1ZI1A 4FQWA 4G3QA 5JQQA 4KC4A 3CA5A 5F8SA 1FQ9A 1S0DA 3AH1A 3JUKA 2Z48A 3A23A 3R4UA 3D98A 5D61A 1JV3A 3S8JA 1GA8A 2X2SA 1H7FA 5EHAA 1NHEB 1HKNA 2Y6PA 2Q3NB 2XMHA 3BA4A 3BX1C 1CVSA 2FDBM 2KI4A 5FV9A 2RG9B 3K8DA 4ISQA 2V0IA 5EC5A 3FOQA 4G87A 4B4GA 3AH2A 3LTQA 3WMUA 4FCEA 3WA1A 4LW6A 2ICXA 3RTIB 1IJTA 4LO1C 4HR6C 3HOMA 4QKRA 1H5SB 4ZFYB 1TW1A 3I0KA 5FTSA 4R7PA 3ST8A 4B4BA 5CQLX 2RSTA 3POKA 3VT2A 3BAQA 1R8NA 4GAIA 4QD2B 1IILA 1ISVA 1QXMA 2QGIA 3CU0A 4J18A 3RSJA 5DDTA 3HL3A 3VUOA 2AM5A 3U2WA 1M2TB 1K5UA 2A8UA 4B2WA 3P6IA 3KMVA 1RY7A 1QGQA 5FNXA 1EYRA 2L5XA 3ZC8A 4ZFWB 2AGDA 2FYBA 4HO4A 1TWEA 3CQAA 2WEEA 4G6MA 4I4OA 1ZDFA 1R8OA 1HIBA 1S4OA 2I5KA 3I0LA 3FJEA 1FXJA 1H4EA 1MC3A 4FRLA 1L2HA 4LW3A 1JT3A 3FJCA 3CAHA 3IAGC 4FREA 3CA4A 3MALA 4GAFA 2E3DA 5F8WA 1Q1UA 2VXRA 3HBWA 3F1YA 3I0DA 4KNXA 3H6RB 3ZGGA 1KWSA 1DIWA 3I2XA 3FUQA 3U0YA 1VICA 4IRPA 4YS8A 3EF2A 5EIYA 2W0WA 1QGSA 4ZDQA 3DJ4A 4EEOA 2MLLB 4A7KA 3V0AA 4EFPA 2HWMA 41BIA 1FG5N 1VH3A 1W77A 2Y9GA 1VPAA 1ZJ1A 4KRVA 4OUJA 2OI5A 2VSIA 1ON8A 1K5VA 1DFCA 5BQUA 4KC1A 4HO6A 4G1RA 1YBIA 1V6UA 1GQCA 4FRHA 4ZA3B 1DLLA 4OWJA 4GP3A 3ZC9A 2AM3A 4ZKTB 2YQSA 1SR4C 1Q03A 1GWVA 1LZ0A 1R7UA 1WT2A 2NP0A 2HW9A 5B2HA 1OMZA 4I4SA 2WE9A 5CQPA 3P53A 2KI6B 3U0XA 3WO4A 3RMVA 1YYNA 2OI7A 4PC4A 4LO0A 1BFBA 3OAMA 1O23B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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