2DGAA

Crystal structure of hexameric beta-glucosidase in wheat
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
491
structure length
491
Chain Sequence
GPVFTKLKPWQIPKRDWFDKDFLFGASTSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHTYPERISDMTNGDVAANSYHLYEEDVKALKDMGMKVYRFSISWSRILPDGTGKVNQAGIDYYNKLINSLIDNDIVPYVTIWHWDTPQALEDKYGGFLNRQIVDDYKQFAEVCFKNFGDRVKNWFTFNEPHTYCCFSYGEGIHAPGRCSPGMDCAVPEGDSLREPYTAGHHILLAHAEAVQLFKARYNMHGDSKIGMAFDVMGYEPYQDSFLDDQARERSIDYNMGWFLEPVVRGDYPFSMRSLIGDRLPMFTKEEQEKLASSCDIMGLNYYTSRFSKHVDMSPDFTPTLNTDDAYASSETTGSDGNDIGPITGTYWIYMYPKGLTDLLLIMKEKYGNPPVFITENGIADVEGDESMPDPLDDWKRLDYLQRHISAVKDAIDQGADVRGHFTWGLIDNFEWSLGYSSRFGLVYIDKNDGNKRKLKKSAKWFSKFNSVPKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular and Structural Characterization of Hexameric beta-D-Glucosidases in Wheat and Rye.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Triticum aestivum
molecule keywords Beta-glucosidase
total genus 182
structure length 491
sequence length 491
ec nomenclature ec 3.2.1.182: 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside
pdb deposition date 2006-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dgaA00
1K9DA 3JUGA 4FLOA 2C7FA 4PTMA 2CEQA 3PZQA 5E0CA 4BCEA 2A3HA 2BHZA 4W7UA 2DPEA 4B9ZA 4LYQA 4GKLA 7CGTA 4W5ZA 1UR0A 2ZX8A 4IUGA 2VT0A 1IT0A 1EQCA 1Q6DA 2YA2A 4OJYA 4TX8A 3VX1A 3CZLA 3DECA 4U3AA 1NWSA 5HXMA 2BXZA 1VRXA 4A4AA 4HA4A 1G0CA 1UKQA 1XV8A 5E0FA 1XC6A 1EIBA 1VBUA 2YLAA 4LYRA 4NRRA 2ZXQA 1UG6A 1ZBWA 1SMAA 3WD3A 2W4XA 3GBDA 4YPJA 1UUQA 1JL8A 3VM7A 2J7FA 3CZJA 2WXDM 2D3NA 1JZ4A 1GQLA 4AIEA 3MV11 1XYZA 1IZKA 5HPOA 3W82A 5LYRA 3GH4A 2WMJA 5E6ZA 4KH2A 2FHBA 4XX6A 4WKAA 5TD4A 3UG5A 2YJQA 2NT0A 1UWSA 4WSJA 2CKRA 3CLWA 2J7BA 1JNEA 1Y7VA 4KRTA 1W9VA 1XSJA 1E4MM 3SCPA 4P7OA 2DIEA 3W37A 1LL6A 1VEPA 3AZSA 1W3JA 1E1EA 2W91A 1R85A 4J28A 2YIHA 4UQ9A 2O9RA 1H2JA 4JFTA 1XD0A 1E6SM 4UOZA 2FHCA 4P7LA 1LL4A 3AHVA 2XIIA 2VQTA 1QI2A 4W89A 2DT0A 3AXHA 2FGZA 2WMKA 3O2LA 2WVVB 3VD3A 1DWHM 3WL1A 3L2LA 3MANA 3WBAA 4DUXA 2EEXA 2Y4SA 1JXKA 4D1JA 4WKFA 2YKKA 1V0NA 2BVTA 3T2PA 1HP4A 5LA0A 2BY1A 3HN3A 1V0LA 1V08A 3A6OA 1W9PA 3NCOA 5M5DA 1CGTA 1BGGA 3VGBA 1UYQA 4MB1A 3FAXA 3ZT5A 1UHVA 3RM8A 4CVWA 4M24A 1ZB5A 3VO0A 4PN2A 4WIWA 1W2PA 3ZM8A 2G3IA 3A3HA 2EJ1A 1UKPA 4IISA 4M80A 2V3DA 3GYCA 5AYBA 1BQCA 1K9TA 2D0GA 3U57A 2ZOXA 3M7SA 1B3YA 5E9AA 1J0HA 3VINA 2WCAA 1MQRA 3BLKA 4FF5A 4W8LA 2VZOA 2QPUA 3VM5A 5I0DA 1J18A 4FLSA 3WF2A 5EFDA 3AMDA 2PWFA 1US2A 3TOPA 3B9AA 4ACZA 3VVGA 1QNSA 1ZBCA 3UG3A 1H4PA 1E5JA 4P7NA 4BQ2A 2W92A 4LGXA 1N82A 5A1AA 2OYKA 2DGAA 1XHGA 1CXLA 2WBKA 1CIUA 1JAKA 4AD0A 1E6XM 4HOZA 3W27A 2BS9A 4NRSA 2YL6A 5I23A 3BCDA 3ZQ9A 3BAKA 2FH8A 4U33A 4UZSA 1V6XA 2GJXA 2D0FA 2CKSA 4HA1A 1KXQA 1TMQA 2X05A 2VNCA 3WD0A 3MS8A 2WLYA 1E6QM 1UA7A 1E43A 4LX4A 3RM4A 4P7QA 1J11A 4QLLA 3PZMA 5I6SA 4HZ6A 1V6WA 1P6WA 3VMNA 3LPFA 3AIBA 1I75A 1EHAA 2WB5A 1EDGA 1OIFA 2WW5A 2W5FA 1WZLA 3WDPP 2O92A 2GK1A 3VD7A 5M17A 3WKZA 5A6AA 3SUSA 1DTUA 3GTNA 3VGGA 2W67A 4JCMA 3KWXA 3L4TA 1U2YA 3I3DA 5CLTA 3NIYA 4B16A 3AS0A 4A3HA 2OSWA 1JD9A 1KCKA 1C92A 5LA2A 5DT7A 1QBBA 1QHPA 4ACZB 4J3VA 1AQ0A 3ARTA 3N1AA 4H04A 4PTVA 3BH4A 4JKKA 1W3HA 1ECEA 1HKJA 2HISA 4WLCA 3ARUA 2WMIA 2ZXAA 3CHEA 3VIHA 1B30A 1WP6A 4AZ6A 3ARYA 4UNIA 2V3GA 3W0KA 4CN4A 1JF5A 5A6LA 3WMBA 1C8QA 2DIJA 4NF7A 1ISZA 3AROA 5EFFA 1E6NA 4CVUA 1X6NA 2Y24A 3ZSSA 1JAEA 3IJ7A 3THCA 4IPLA 2NW0A 3WENA 3OLEA 5A2BA 1S46A 3EDKA 4UFIA 1HF6A 2JEQA 3EDFA 1AQMA 2J74A 2EPLX 2CIPA 3NSNA 5A6KA 3ZJ8A 1H5VA 1ODZA 3WQVA 5M3WA 5CGMA 1UD8A 4PSRA 3U5UA 3II1A 3K8KA 3PZVA 1VFFA 5D9MA 9CGTA 1R87A 2V3EA 1E56A 4DM2A 4GI9A 2WMGA 1NM9A 5DEZA 1TFVA 2ZWZA 2WK2A 1E0WA 1HVQA 3ARVA 2X0HA 4GZIA 5D8WA 3BMWA 2JF7A 2A3AA 2O9PA 5BCAA 2CYGA 1NH6A 3W6MA 4JFVA 4CKQA 3AISA 5D8ZA 5I3DA 1CENA 1JYXA 2GUYA 1CXEA 3TTSA 2YL9A 2UY3A 3IANA 3RMEA 1QHZA 2A3EA 5A3HA 1Z32X 3F5LA 1JDDA 4YHEA 2XVLA 1LL7A 5A6SA 3AZRA 2YDRA 5ABFA 1HJWA 2VX5A 3WDQA 4MJ4A 1UD5A 3A4WA 1QOXA 2OSYA 2J62A 1GVYA 3KL5A 1PPIA 4ATWA 2WLZA 1Q6FA 2WMFA 4PTWA 1TE1A 3WNKA 2VR5A 3ZSTA 4F9JA 3AQUA 1FP9A 4D6JA 4AZBA 1FOBA 1JYVA 2VZSA 3FNDA 3RJXA 2YL8A 4PTXA 1W91A 3AIQA 2BHYA 4FLRA 3VDHA 1MW1A 1MW0A 3HU7A 4L4PA 4S3KA 4MADA 4EK7A 2IXUA 3W26A 4HPHA 5A6BD 2AMGA 1K9EA 4HP5A 2DT2A 2GJPA 3AIUA 4Z2IA 3WUEA 4F8XA 1MVYA 2J77A 2Z1SA 1E55A 1QNOA 4AEFA 2F61A 2WMHA 3VILA 4GPNA 1CNVA 5A8QA 2D1ZA 5I77A 1WDSA 1XSIA 1BLIA 2PWGA 2RGLA 3W81A 2J8GA 1ZBVA 4NSBA 1E4IA 4W8AA 1ZL1A 1E4LA 1UR9A 4CD7A 4UOQA 1W9BM 1GUVA 3OA5A 2ZX7A 1QVBA 2JIEA 3CUHA 1FFQA 2VX4A 3VIIA 1H11A 1W1YA 2VZUA 3IJ8A 3CUGA 1NOWA 2JEPA 3AHYA 4D6IA 4OOUA 4E4PA 1OSEA 1CGWA 1W1VA 3WH7A 3ALGA 1JZ6A 4PUDA 2WANA 1OGGA 1UR4A 2E40A 3MO4A 1VF8A 2VJXA 1EXPA 4P8XA 1E15A 4TXEA 5DF0A 3SUUA 4C7FA 4MAVA 1NARA 1QHOA 5I79A 1OGBA 2DQXA 4BF7A 4Q22A 1UQZA 3NSXA 4ZENA 2D0HA 1OIMA 2VZTA 5A69A 3CMJA 2VVSA 3GNRA 5BXPA 2JE8A 3UESA 3CPUA 3AI0A 4PMVA 1UD4A 5ABEA 3DYMA 1RP8A 3EMCA 4CCCA 3OBAA 1EDTA 3FN9A 1HP5A 3OG2A 1PX8A 1CBGA 4X0NA 2VR4A 1LF1A 2XUCA 5M03A 1JFXA 4J7RA 3POCA 3CZGA 4KWUA 4AD4A 1JDCA 4AZGA 2YBUA 3N04A 1PX3A 3ARXA 4CD6A 2MANA 1E6PA 4ZEPA 3RM9A 2V3FA 1E6RA 1NOFA 3SEPA 1KXTA 1EOMA 1OD0A 3PZOA 1E3ZA 1WB0A 1TVPA 3MMWA 1UH2A 2YDQA 1E70M 2WHKA 1ZU8A 2CBJA 1IV8A 2WVVA 2X1IA 1TVNA 3QHMA 4PMZA 1OINA 4RE3A 4DM1A 4CD5A 1B2YA 5D9OA 1UR1A 3ALFA 1C8XA 1W1PA 2VURA 4JKLA 1UOKA 4F9DA 5AY7A 2BVDA 2XSAA 4P7RA 1TR1A 2XTKA 2YBTA 2ZUMA 3PZUA 1EHNA 2VQUA 4W84A 3WMSA 1H49A 3M6DA 4N0RA 4RE4A 3VGHA 4V28A 3VTRA 4QCEA 4Z2HA 2EPMX 2ZE0A 2YA1A 5GNYA 4D1IA 1KCLA 2PWEA 1ITXA 2XG9A 1CPUA 5CJ5A 3MUZ1 1GORA 2VUYA 5BXRA 4GQQA 1FFRA 4GI8A 2UY4A 2XSBA 3WUFA 3OLIA 4RE2A 5JBFA 1Q6EA 3TTYA 4JL2A 4BQ5A 1JG9A 4UFHA 8A3HA 5I5RA 3AIWA 1OD8A 4IPNB 4YHGA 3WELA 2WCGA 1H1NA 5IXEA 3KZSA 1J0KA 4MB4A 4W93A 4MNJA 1VFMA 1J0JA 1VJZA 3WQ6A 1GQKA 2ZWYA 4AZCB 4JHZA 2CXGA 3BSHA 3WMCA 2F8QA 5JIWA 1UD6A 2JIWA 4JHOA 4HMCA 4BA0A 5A8NA 3WNOA 1CLVA 3S2CA 3MUIA 3WF4A 2V5CA 3BCFA 6CGTA 1WPCA 5A8PA 1XRVA 3HJEA 2XM2A 1E1FA 1BGAA 4HA3A 1EO7A 4PYSA 1G94A 1WE5A 3UR8A 3W53A 3NJ3A 3VGDA 3AXIA 1B90A 1XH2A 3KL0A 3AHZA 2JALA 4CU8A 5FL0A 5JBDA 2F2HA 2IUZA 1JF6A 3GBEA 1HX0A 1V0KA 1E40A 3AS2A 5A6JA 1O7AA 4URIA 3RO8A 4WF7A 2VCBA 1NP2A 6TAAA 2Q8XA 3CUFA 3CHCA 1KWKA 2CBUA 1E6ZA 2J47A 2ZX6A 3WDJA 1V0MA 3N18A 2A3BA 4TTGA 5HDRA 2DH2A 3W24A 1MQPA 3AHXA 1FA2A 3VMPA 3TA9A 1FHLA 4CD4A 3VOCA 3WF3A 4WK9A 3T09A 2J8FA 2OYMA 1JI2A 3WDHA 1VB9A 1JIBA 2DSKA 1UD2A 1NWRA 3L2MA 4NI3A 2OWWA 2DH3A 4XZBA 3VIKA 2G3JA 4Z2JA 1WZKA 1M01A 3WUBA 7TAAA 1I1XA 1V3IA 1AVAA 4PMXA 2UY5A 3POHA 4GO9A 3PZIA 4QAWA 2WC3A 1NOUA 4PSPA 2ZUVA 1KFWA 3L4VA 3OGSA 1HVXA 1HT6A 1ESWA 2WKLA 1JZ8A 2ZX9A 4UQEA 1V6VA 1XYFA 2PC8A 3WD1A 4AC1X 1FH7A 2DSWA 4DUWA 3ZR6A 2J7DA 4TVCA 1PEZA 4MDPA 5CSUA 4AISA 2WC4A 4KGLA 2D3LA 1PX4A 4KMQA 5CXPA 3WF0A 3LPGA 2WSPA 2X8RA 2G4FA 3FHQA 1BYAA 1IZJA 2B31A 4TVDA 5LA1A 1PIGA 4HPGA 1GZJA 1B9ZA 1TUXA 1C93A 1VEMA 4GI6A 4F66A 4V27A 3I3BA 2VX7A 1CLXA 5HBFA 3QHOA 2WZIA 1LJYA 4DUVA 2TAAA 2W66A 4B9YA 3AYSA 1TA3B 4UQCA 3EMQA 4W85A 1VBRA 4AMCA 3WH9A 2Y8KA 4PMRA 2WZHA 3CTTA 3F5KA 3T0DA 1EGZA 1E0XA 4PMOA 4BQ4A 3UR7A 4UOJA 1WAWA 2UWFA 1US3A 2VRKA 1JXJA 4L4OA 1ZJBA 2BHUA 3GM8A 1QNQA 2VL4A 1BYCA 3SCUA 4B3KA 4KGJA 5EMYA 4S3JA 2WPGA 1UWRA 6A3HA 5IHRA 5CQ1A 2W63A 3THDA 3WFZA 3CMGA 3OZOA 3VX0A 5HNNA 5EBAA 3GXDA 4W7VA 4WSKA 1CGXA 2CETA 4FLQA 4H8VA 4D6HA 4UCFA 2OWXA 3ZO9A 3I3EA 1CXIA 4M82A 3BC9A 1VAHA 1WKYA 1QI0A 3MSGA 4HMDA 3PZNA 3BXWA 2CCRA 4P8WA 4Y7EA 5GQBA 4H2CA 3N12A 3OB8A 1LLOA 5A8MA 3WEOA 5CZKA 1V3HA 2Z1KA 1CEOA 4J3XA 3ARSA 1WDPA 1JNDA 2VOTA 2XFFA 3T08A 4UQAA 1OCQA 1BG4A 3WNMA 4ZE5A 1UD3A 2DSZA 4U5KA 4W87A 4B3LA 1U30A 2WCSA 4MNMA 1HKKA 4QP0A 4WKHA 4PCSA 1ISWA 2QPSA 3B9EA 1E9LA 1JZ5A 2HVMA 1D2KA 3BAXA 1KBKA 1G1YA 1V02E 3CGTA 4DWSD 2G3MA 3QGVA 2Y2WA 1X1NA 3BLPX 2WVUA 3KE0A 1R7OA 1UH3A 4HTYA 3MU7A 1ZJAA 2E9BA 4BQ3A 1OB0A 3ARQA 1GVIA 1DWJM 1XCXA 1EDQA 4OZOA 4M81A 3QHNA 3UERA 1VJSA 1Q6GA 4HU0A 1V3MA 3SCVA 1BVZA 5BRQA 1CDGA 4MJ2A 1OT2A 1UWQA 4QCFA 1HKIA 4FK9A 3G6MA 5HPCA 3TONA 2FDMA 1HJSA 3WIJA 4AEEA 1W9DM 4MTVA 5A6MA 4JKMA 3U7VA 1LWJA 3L4UA 1ITCA 5CPQA 3T0BA 1GQJA 1JZ3A 5BWFA 1DWGM 3N17A 3OIHA 8CGTA 2CNCA 3CHFA 2BFGA 4W86A 3SUVA 1TCMA 1HJXA 3L4ZA 5GPRA 2C0HA 1BHGA 2WSKA 4PRWA 1CGVA 2PWDA 1JZ7A 1A3HA 3K8MA 1GHRA 3CHDA 3F5JA 1B3WA 5A94A 5EB8A 1QW9A 3APGA 4JCLA 1UWIA 1W32A 2QMJA 2BY2A 3GXMA 2CHOA 2D24A 3CUJA 5DT5A 3MMUA 1OM0A 4PBGA 3IJ9A 3VIPA 4HZ8A 4HOWA 1H0IA 1LG1A 2YA0A 1X6LA 3QOMA 4U31A 2QHAA 2CPUA 4JIEA 4Z2KA 4P8UA 3WNNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K9D A;  3JUG A;  4FLO A;  2C7F A;  4PTM A;  2CEQ A;  3PZQ A;  5E0C A;  4BCE A;  2A3H A;  2BHZ A;  4W7U A;  2DPE A;  4B9Z A;  4LYQ A;  4GKL A;  7CGT A;  4W5Z A;  1UR0 A;  2ZX8 A;  4IUG A;  2VT0 A;  1IT0 A;  1EQC A;  1Q6D A;  2YA2 A;  4OJY A;  4TX8 A;  3VX1 A;  3CZL A;  3DEC A;  4U3A A;  1NWS A;  5HXM A;  2BXZ A;  1VRX A;  4A4A A;  4HA4 A;  1G0C A;  1UKQ A;  1XV8 A;  5E0F A;  1XC6 A;  1EIB A;  1VBU A;  2YLA A;  4LYR A;  4NRR A;  2ZXQ A;  1UG6 A;  1ZBW A;  1SMA A;  3WD3 A;  2W4X A;  3GBD A;  4YPJ A;  1UUQ A;  1JL8 A;  3VM7 A;  2J7F A;  3CZJ A;  2WXD M;  2D3N A;  1JZ4 A;  1GQL A;  4AIE A;  3MV1 1;  1XYZ A;  1IZK A;  5HPO A;  3W82 A;  5LYR A;  3GH4 A;  2WMJ A;  5E6Z A;  4KH2 A;  2FHB A;  4XX6 A;  4WKA A;  5TD4 A;  3UG5 A;  2YJQ A;  2NT0 A;  1UWS A;  4WSJ A;  2CKR A;  3CLW A;  2J7B A;  1JNE A;  1Y7V A;  4KRT A;  1W9V A;  1XSJ A;  1E4M M;  3SCP A;  4P7O A;  2DIE A;  3W37 A;  1LL6 A;  1VEP A;  3AZS A;  1W3J A;  1E1E A;  2W91 A;  1R85 A;  4J28 A;  2YIH A;  4UQ9 A;  2O9R A;  1H2J A;  4JFT A;  1XD0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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