2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
1NG4A 2GQWA 1D4CA 1VQWA 2BK3A 3KVEA 3CNTA 3QSSA 4U8IA 4YSXA 5J7XA 5BULA 3NRNA 1B5QA 2BS2A 3V3OA 4EMWA 2XVJA 2BC0A 4KPRA 2C73A 2WESA 3ICRA 1F8RA 3NH3X 4U8OA 4OPGA 1YKJA 2X8HA 3CPIG 3QFBA 4DNAA 1L9CA 1ZDLA 1DNCA 1H6VA 2EQ7A 4Y4NA 4DSHA 2JB1A 3SM8A 4NEWA 3QVPA 3PS9A 3GMBA 4XXGA 3T37A 1MOKA 4BK3A 3DJJA 4ECHA 4IV9A 1M64A 2WDRA 2HQMA 1YQZA 4EIPA 1D5TA 2CVJA 4YTMA 2GH5A 3QSEA 4AP3A 5C3JA 1KF6A 3GWFA 2BXSA 4A65A 1PDHA 2EQ9A 4N9XA 3P4SA 4NEVA 3L1RA 3D1CA 4ICYA 1OJDA 3DH9A 4UDQA 4JY2A 4EMIA 2FJDA 3DJGX 4Z26A 1GPEA 2RGHA 5TR3A 1YQ4A 5IPYA 1CC6A 3BHKA 1B37A 1BF3A 1Q9IA 1Y0PA 3GMCA 1GRAA 3CNJA 3JSKA 4GUVA 3NKSA 2OALA 2X3NA 3QFAA 4ZN0A 2WU5A 3CGBA 3GDPA 4H4PA 5GSNA 1CF3A 1DOEA 3LADA 3KKJA 3PO7A 3NYCA 2GEWA 4H4SA 1Y56A 2GVCA 4YSHA 4CRTA 3VRAA 2TPRA 4CNKA 3C96A 4MJWA 3UOZA 3P1WA 4H2PA 3AB1A 3WE0A 2V6OA 2GRTA 3V76A 1GERA 4B64A 2FJBA 3NTAA 5ER0A 3ALLA 1COYA 3VR9A 5KWFA 5EOWA 1ZX9A 1QJDA 3AEGA 3Q9TA 3VQRA 1GETA 1XPQA 2YG7A 4GDPA 3UP4A 2JB3A 3AE3A 4FDCB 1L9EA 2B7SA 3D8XA 3AXBA 2WP6A 3AD8B 4KX6A 4LIIA 3GRTA 1NPXA 4X9NA 3UP5A 4RG3A 2TMDA 3AEFA 3AD9B 4J36A 4U8KA 1D4EA 2YVGA 4AOXA 4FX9A 1GSNA 4WCTA 3AYIA 1GEUA 3F8DA 4O5QA 1H81A 1KSSA 3CTYA 3UTEA 2RGJA 2VRLA 4J34A 1IUTA 2R0CA 5HHFA 4H2NA 2C67A 1JRYA 3GSIA 4J33A 4A9WA 3AE5A 5HY5A 4BURA 2EQ8A 4JQ9A 3UOVA 3UKHA 4H4TA 4TLZA 2ACZA 2I0ZA 1FEAA 2RGOA 2V60A 1F8WA 1OJ9A 4H4UA 1KNRA 1K0JA 1PJ7A 4B69A 2GR3A 1EBDA 1GESA 3NYFA 2B7RA 1P2EA 3NN0X 4REKA 1FEBA 3DMEA 1QLBA 3NG7X 3IF9A 4UDPA 3ICTA 1LTXR 3UTFA 1VG0A 2QAEA 3L8KA 2BYBA 2GR1A 2YLRA 4E0VA 1E1KA 4K2XA 4OPUA 3AEBA 3RNMA 3RP8A 2C3DA 3AEAA 4H4VA 1KFYA 4U8MA 1ZOVA 2XVIA 2YG5A 4Z2RA 5BVAA 2XDOA 3IHMA 1JEHA 3BI2A 4J2WA 3KD9A 1GALA 2GMJA 2BC1A 4ZCDA 2UZZA 4GF7A 3B6DA 2B76A 4FK1C 1GRFA 1GOSA 2XVFA 3P9UA 5CQFA 4Z24A 4C74A 2PHHA 2YQUA 2XLSA 2JB2A 5GRTA 3CNSA 2Q6UA 3NTDA 4FK1A 3DGZA 5LV9A 4H4XA 4K5SA 1DJQA 3BNMA 1PJ6A 3COXA 3ITJA 3NGCX 4GCMA 4H4RA 4H4ZA 1CC4A 2APGA 1PBFA 2A89A 1E1LA 3HZLA 2WPFA 2YR6A 2QA2A 3AE1A 2AR8A 3UTGA 3K7QX 1GRBA 4OVIA 2QA1A 4B68A 4TM1A 4OCGA 3UCLA 4A7AA 2V61A 2F5ZA 3S61A 1KSUA 2YLXA 1REOA 3G5SA 1Q1WA 2R4EA 1LVLA 2GQFA 3Q6JA 4JNQA 3BHFA 1DOCA 4NTEA 3ADAB 3ABVA 1GV4A 3GWDA 4YTNA 4TM4A 1H83A 2VQ7A 4O5UA 3KLJA 4CNJA 1TYPA 3V3NA 1K4QA 1RYIA 3FBSA 4GRTA 3AE7A 5U1OA 2XYOA 1H86A 2WP5A 1JRXA 3AE2A 5HYMA 1FOHA 4CY8A 1IUVA 3NNEA 1CJ2A 1EL7A 1PBDA 1GRHA 1OJCA 4U2SA 2C76A 1IJHA 1QO8A 1BZLA 1XDIA 2OLOA 3K30A 3DA1A 3NHOX 5U63A 3UOXA 1B4VA 1L0VA 3UKFA 1BWCA 1LQUA 2XLPA 1TRBA 3B3RA 2C72A 3P4QA 4OPLA 4U8NA 4YKGA 2WQYA 1CBOA 1GNDA 2OLNA 2C64A 2AAQA 2C3CA 1TYTA 1EL9A 3ISHA 3BI4A 1N4VA 4C5OA 3ICSA 4YKFA 1S3EA 5KVIA 5JCKA 3AE6A 4JNAA 1F3PA 1E1NA 3OZ2A 4NZHA 3PVCA 4ADWA 3DJEA 3AD7B 3RP6A 3GDNA 1D7YA 3C4NA 1PXAA 3KPFA 1VDCA 2XLUA 2IVDA 1NDAA 5JCMA 1NHRA 2PYXA 3FMWA 2XVHA 2YVFA 1DXLA 1IUWA 1VG9A 4H2RA 2Z5XA 1IUSA 2R45A 1NAAA 4YSYA 2V3BA 3UTHA 3NK1X 4BJYA 4H7UA 2WBAA 3P4RA 2Q0LA 2R0PA 1IUXA 1LQTA 1ZMCA 3NLCA 1Z6LA 4I58A 2WDQA 3SQPA 3H8LA 1HYUA 1JNRA 4RG4A 4A6NB 4AT0A 1IUUA 2XFOA 3LZXA 4Z43A 2R0GA 1ZP0A 2YR4A 1S3BA 4Y4LA 2Z5YA 4J56A 1PHHA 4ZCCA 3BI5A 3CGEA 1OJTA 2YM1A 2WOWA 1ZMDA 5U25A 1X31B 1E7PA 1E1MA 2GF3A 2Y6QA 1MXTA 3K7TA 3GRSA 4EQRA 3AE8A 4EIQA 5M0ZA 3IC9A 2Q7VA 3H8IA 3LZWA 4K5RA 3UKAA 4H2QA 2WS3A 2VZ2A 1D7LA 3F8PA 4I59A 4DSGA 1K0IA 3URHA 4A99A 4CY6A 3KA7A 1NEKA 4IVOB 2A87A 4U2TA 4DGKA 4H50A 4UP3A 5JCNA 4U8PA 3SFDA 4K7ZA 4H4WA 5DBJA 1H84A 4USRA 3NYEA 4XWRA 4NTCA 4TM3A 1FECA 2ZBWA 2BXRA 3ATQA 4X4JA 3QVRA 2WDVA 2GAGB 1K0LA 2Y6RA 2V5ZA 2RABA 4JDRA 1PN0A 4YSZA 1TDFA 1V59A 3VR8A 1D4DA 4TLXA 2BS4A 2NVKX 2YM2A 2WEUA 2BA9A 3G5RA 1GRTA 2YLZA 4GR1A 4YTPA 4APNA 3IWAA 2X50A 3LJPA 4B63A 1CL0A 2AQJA 2FBWA 3DJDA 2WP9A 2XFUA 1H7XA 5EB5A 1NG3A 4Z2TA 2CDUA 1TDEA 1DODA 1GRGA 1EL5A 4XWZA 1PXBA 4EMJA 2X99A 1ZKQA 1Q1RA 4U8LA 4WX1A 3CPJG 3AECA 3CPHG 1XANA 2JKCA 4IA5A 3F8RA 3ZDNA 4C77A 3LB8A 3AYLA 4YXDA 1E6EA 3CNPA 2ZZBA 1N1PA 5C2TA 1M6IA 2VRMA 5EB4A 3SGLA 2ZZCA 2B9WA 3AE9A 2JAEA 2YAUA 4A5LA 4PABA 4TM0A 3EAOA 4CCRA 4LA1A 1AOGA 5KRQA 4BV6A 4BK1A 2NPXA 3LXDA 4EQXA 3ZYXA 4EM4A 1P2HA 4YWOA 1TDOA 1ELIA 2GB0A 2IIDA 1ZOYA 2EQ6A 1XHCA 4GDEA 2XFPA 1VRQB 1DJNA 5IQ1A 3E1TA 1LV0A 5JCLA 2OAMA 3VRDB 1GXFA 1MO9A 3QJ4A 2C7GA 1E39A 3NT6A 2GMHA 3DK4A 4M52A 4Z44A 1KDGA 2GR0A 3C4AA 2YLSA 1N4UA 5FMHA 1O94A 1PBCA 3H4KA 4AT2A 1UKVG 2H89A 2QCUA 2B9XA 3FIMB 3M13A 2E5VA 2FJEA 2XLRA 4HB9A 2CULA 1JRZA 3S5WA 1ONFA 4Z2UA 1B8SA 4IVMB 1OJAA 2WOVA 4JN9A 4A79A 5KOWA 3NIXA 3M12A 3EF6A 5FS6A 4BK2A 4H4QA 3VRBA 1Y56B 3AE4A 2XVEA 3I6DA 4D04A 5L46A 3II4A 2XFNA 5BUKA 5KXJA 1NENA 1EL8A 2VVLG 2JK6A 3CGCA 1RSGA 3G5QA 3LOVA 3REDA 4LU6A 4C3YA 1RP0A 3CGDA 1JU2A 2VQBA 3QSMA 4U8JA 4B1BA 4YT0A 2WOIA 2BACA 4K8DA 3M0OA 2JBVA 2ARDA 1PXCA 4CCQA 2GR2A 3K7MX 3UKPA 1GTEA 3RP7A 1L9DA 4AP1A 4EM3A 3IHGA 5J60A 1TDNA 3NN6X 1NHSA 3OC4A 2YLTA 2R46A 2BS3A 4X9MA 3UOYA 1W4XA 1ZY8A 2B9YA 2FJAA 1BKWA 2R9ZA 3SFEA 1N4WA 2E1MA 2YR5A 1JNZA 1PJ5A 1NHPA 3AWIA 2DKIA 2YG4A 2BK4A 2WPEA 4RSLA 1FL2A 1YY5A 5M10A 1ZK7A 4B65A 1SEZA 5FS8A 4U2LA 4D03A 2H88A 1PBBA 1CC2A 5KVHA 1GREA 4A6NA 2YVJA 1BGNA 3DK9A 4J57A 3ATRA 3GYJA 3NK0X 3P4PA 2BCGG 3CNDA 3GD3A 2X8GA 1H82A 1F6MA 1O95A 4B67A 3UKLA 4IA6A 4PAAA 4NTDA 2OA1A 4EQWA 3ALMA 2WETA 1KNPA 2BK5A 1S2YA 5FS9A 4B66A 3AEEA 5CKUA 4CBQA 5IQ4A 1CJ4A 3DGHA 3EANA 4K22A 1BGJA 1YQ3A 2DKHA 4JY3A 1TDKA 3FPZA 3O0HA 2XFQA 1CJCA 1FCDA 2YLWA 3CN8A 1GTHA 2X8CA 4OPTA 4AOSA 4H4YA 3GYIA 2YG6A 2ZZ0A 2YG3A 4Z25A 1H7WA 2BABA 2C70A 3UKQA 4USQA 1S2QA 2VVLA 3DK8A 2E4GA 2BCPA 5KOXA 4UDRA 4EQSA 4Y4MA 2CFYA 2XCGA 1PBEA 3AEDA 4BJZA 1PS9A 2WU2A 3UKKA 5BRTA 3GD4A 3KU9A 4OPIA 1JOAA 2GV8A 3FG2P 4J31A 1LPFA 2XLTA 2O9ZA 3R9UA 1F8SA 3EPTA 1LJ1A 2A8XA 2C65A 2WPCA 2YWLA 1O5WA 2J3NA 1DOBA 2WHDA 3RHAA 1CHUA 2C75A 2R4JA 2V3AA 5EBKA 1GT8A 3AYJA 3BNUA 4P9SA 4OPDA 3CIRA 2C66A 3ALJA 3NK2X 2VOUA 4OPCA 1CJ3A 5HXIA 5FS7A 4C3XA 3I3LA 2IVEA 4HA6A 2Q0KA 5JCIA 2GAHB 1NHQA 2W0HA 2VVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JZOA 4G9KA 3KVEA 4YH2A 5J7XA 3MYDA 4PQIA 2XVJA 4KPRA 2C73A 2WESA 3ICRA 5HR3A 4U8OA 2X8HA 3CPIG 3KMOA 1L9CA 2E4AA 4DSHA 1PKWA 1U87A 3PS9A 1PL1A 2E7PA 1NM3A 2OJLA 3KTLA 4XS4A 2CVJA 3QSEA 5C3JA 3UOMA 1O6JA 1B9XC 1K0AA 3IBHA 5F05A 1PDHA 3VI5A 4L5OA 3P4SA 2AAWA 2K9FA 2GVPA 2O87A 3GTUB 4ICYA 4NEVA 3DH9A 3A3TA 5G5EA 2FJDA 2RGHA 1YQ4A 3QFAC 1C0KA 2HT9A 1B37A 1Q9IA 3LQ7A 2OALA 2F8AA 2X3NA 2B5YA 4YJFB 5GSNA 4H4PA 1CF3A 1LJRA 3LORA 3PO7A 2OADA 2HZFA 4YSHA 1Y56A 5E59A 4HZ2A 2TPRA 3W4IA 1THXA 4V1Ag 1W4VA 3WE0A 2GRTA 2MMNA 1GERA 5EL8A 4OWYA 5G5FA 4JBBA 3NTAA 5ER0A 1COYA 5KWFA 1TK5B 1GETA 1F3AA 3FHKA 4YAVA 1L9EA 3AD8B 1MDJA 4YAPA 3UP5A 1QFNA 2AYTA 3KZQA 3M0FA 4MH3A 1D4EA 1GTIA 1GSNA 3SZFA 4WCTA 1M0UA 5G1LA 1XWCA 2M72A 1Z6MA 3UTEA 1IUTA 2R0CA 1WOUA 2AJQB 4IBPA 1JRYA 4BURA 4YQUA 2ZCTA 4H4TA 3IAM2 1E2YA 2V60A 1TRSA 3GFKA 3JCML 3KH9A 2HE3A 1PJ7A 2GR3A 1EBDA 1GESA 2B7RA 3NN0X 4REKA 1U3IA 4GXZA 3NG7X 3PR8A 2YZUA 2FCHA 4N0ZA 1VG0A 4NV2A 2GR1A 4HU9A 4JE1A 3I43A 4K2XA 5COHA 2H1BA 1XIYA 4H4VA 2XVIA 2YG5A 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2WOWA 1DAOA 1KNGA 2WJUA 3RPNA 1E7PA 3K7TA 3GRSA 4EIQA 4K5RA 5IM9A 4H2QA 4G9HA 1ABAA 3L9VA 4DSGA 1K0IA 4PX1A 4CY6A 4PQ1A 5JCGA 2PU9C 4IVOB 3C1RA 2GSSA 2A87A 1OKDA 3TCOA 1YKAA 4U8PA 1YKCA 3IK7A 1MD3A 1PN9A 5DBJA 3NYEA 1VF1A 4TM3A 1EVIA 4ZL8A 1FECA 17GSA 1EEJA 3RDWA 2H72A 4DSSA 3IHQA 3G9BA 1FO5A 4NHWA 4JDRA 1GLPA 1O73A 4JRRA 1V59A 1GH2A 1JLVA 1VE9A 2I1UA 2YM2A 2BA9A 1GRTA 4YTPA 4B63A 5DALB 5J4UA 2AQJA 4TN8A 5D96A 1H7XA 3LG6A 5AISA 4Z2TA 2CDUA 4XWZA 1PXBA 4TR1A 2B3SA 2X99A 4WX1A 4IA5A 1GSFA 3QAGA 1ERTA 1NHOA 1ZOFA 1SJ6A 4II3A 3F6FA 5JWRB 4XS1A 1A0FA 4PABA 2FNOA 4LA1A 4BK1A 2NPXA 2LNTA 3LXDA 2DC5A 2KLXA 4EQXA 2O8VB 4YWOA 1X5CA 1YEXA 1TDOA 2GB0A 4G2EA 4MJBA 2IIDA 1ZOYA 5HFGA 1XHCA 4GDEA 4AF2A 1GXFA 5KN3A 2NPBA 4EKZA 2GR0A 5FMHA 4K7OA 1PBCA 1UVZA 2HRFA 1UKVG 1EEMA 3M13A 2FJEA 4NMUA 1K0CA 3PPUA 1JRZA 3HHVA 4Z2UA 4HQSA 5CP1A 5FS6A 3UJ1A 2ES7A 1YF0A 1R26A 5J5NA 4MF5A 3C7MA 2H0HA 3HCZA 5BUKA 1JZRA 1EL8A 1V2AA 3CGCA 1MDKA 1SKSB 3F8UA 5DJLA 4FH8A 4POKA 4HEA2 2WOIA 4PTSA 2JBVA 2ARDA 5F8BA 3K7MX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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