2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
4BK2A 3H8IA 2OLNA 3CPIG 5U25A 4MJWA 1JOAA 4U8KA 3LZXA 2C70A 2QCUA 4ZCCA 3ZDNA 3CGCA 2XCGA 2AAQA 5FS6A 5KRQA 2W0HA 1H86A 4N9XA 1F3PA 2C3CA 1L9DA 2JKCA 5EB4A 2YR5A 4J34A 1NEKA 3AYLA 3HZLA 1S3EA 1Q1WA 2YM1A 3NHOX 2FJBA 2VZ2A 1MO9A 3SQPA 3AE2A 1B4VA 1BWCA 5KOWA 3FG2P 2GH5A 1XPQA 3G5RA 2Z5XA 3RP8A 2JAEA 3COXA 4OPGA 5HYMA 1ELIA 4H4XA 1H83A 1O5WA 4PAAA 3URHA 5HY5A 4X9NA 3AE7A 4B65A 3P4RA 3GD3A 5HXIA 1YKJA 3GYJA 2FBWA 2GB0A 4B63A 1QJDA 1KSSA 3CPHG 4GDEA 4NTDA 1UKVG 3AEDA 3VRBA 3AWIA 3DJDA 1ZOVA 1NHSA 1NHPA 2EQ6A 4WCTA 2YVJA 3UKLA 1H7XA 5IPYA 2GR1A 3IWAA 3RP6A 3OC4A 4AT2A 3SM8A 1QO8A 1E1LA 1TDOA 2VRLA 2WP9A 2F5ZA 4LA1A 2XVEA 5JCMA 2PHHA 3QFBA 3DJGX 3QSEA 2B7RA 2X99A 2RABA 1GOSA 1CJ4A 5CQFA 2BS3A 5FMHA 4D04A 1EL5A 1O95A 3IC9A 3KPFA 1RYIA 1L0VA 2WDRA 5C2TA 2C3DA 2YLXA 1NAAA 1DXLA 1PBDA 4BJZA 2O9ZA 2XVFA 3DK9A 3CNDA 3KA7A 1N4UA 4K2XA 1MOKA 2XVJA 2FJDA 1NHRA 4RG3A 1GRTA 1YQ4A 1FEAA 3CNTA 5C3JA 1E1KA 2J3NA 4NTCA 1E7PA 1CC2A 2B7SA 2YVGA 3ICTA 4USRA 4ZN0A 3NLCA 4JY3A 1DJNA 2WBAA 4J33A 4LU6A 1TRBA 4U8MA 1DJQA 3ALJA 5KVHA 3AXBA 2Q6UA 1BGJA 1ZK7A 2GMHA 3P4SA 4Z43A 3CTYA 3QSSA 1IUUA 2IVDA 2TMDA 3IHGA 2B9WA 3UKFA 3BI4A 4H4SA 3DK4A 1VRQB 1EBDA 3VRAA 2IIDA 5M10A 4Z2UA 3P1WA 5GRTA 3CGEA 3FBSA 2R0GA 3UP5A 4Z2RA 1TDFA 2C75A 1Q1RA 1GRBA 1IUSA 1FOHA 4YT0A 5KXJA 3C4NA 1LPFA 1D7LA 2XFOA 3M13A 1XHCA 2AQJA 2RGHA 3NTAA 2Y6QA 5J7XA 4J36A 3CNSA 4B64A 5BUKA 3AYIA 2JB3A 2CVJA 2C65A 4U2SA 1OJCA 2WQYA 2ZZCA 4NZHA 3S5WA 4B68A 1GALA 1PS9A 2YLTA 1O94A 2ZBWA 2V3AA 2BK3A 1LJ1A 4H2PA 4H4PA 4NEVA 4H2RA 4UDPA 3RNMA 3V76A 2GR3A 4C74A 1OJ9A 2YAUA 2YLRA 4GDPA 1NPXA 1JRYA 4K8DA 1JNZA 1B5QA 2DKIA 4H4RA 4EM3A 1P2HA 4OCGA 3QJ4A 4TLXA 2GAGB 1LQUA 4PABA 3S61A 3WE0A 4KPRA 2JBVA 2BC1A 3LXDA 2X50A 4JY2A 2JB1A 3AEGA 5EBKA 4XWRA 1NDAA 4J2WA 4DNAA 1GRAA 2WPFA 3GWFA 2I0ZA 1KNRA 2E1MA 4U2TA 4U8NA 1JU2A 5U1OA 3UTGA 4YKFA 2QA1A 4JN9A 4C3YA 2WS3A 4Z2TA 1H81A 1GXFA 2WHDA 4IV9A 5KOXA 2R9ZA 2CULA 4A79A 3AYJA 1JEHA 3NGCX 4Z24A 4X9MA 3GRTA 1PXAA 1Q9IA 1DOBA 4Z44A 3UKHA 4YSYA 4YTPA 2GQFA 4FDCB 3UTHA 3C4AA 2VQBA 3CNPA 2GR2A 4A99A 3GWDA 4REKA 4YXDA 1X31B 3F8PA 3CN8A 2GQWA 4RG4A 2H89A 1CJ3A 1GT8A 3AE1A 3PVCA 4GCMA 4JNQA 1CJCA 2WEUA 1ZKQA 4GRTA 1NENA 2BS2A 1GPEA 1RSGA 2YQUA 4U8PA 2X3NA 4CY6A 3DK8A 2GVCA 1DOEA 3K7QX 1M6IA 3ICSA 3PS9A 1EL9A 3JSKA 4P9SA 1K0JA 4H4YA 1LV0A 3GD4A 2BXRA 2ZZ0A 3O0HA 2VVLG 1LQTA 2V3BA 1XDIA 3GSIA 5BVAA 5L46A 2C72A 1PBBA 2XFQA 3F8RA 3AD9B 2WU2A 1NG3A 3AE6A 3GDNA 3UOZA 2Y6RA 1IUVA 5J60A 1HYUA 2YG5A 1N4WA 4K7ZA 1CHUA 1Y0PA 1CC4A 3NNEA 3VR9A 3LB8A 3Q6JA 3NYFA 1E1MA 1DOCA 3UKKA 4ZCDA 1CBOA 4H2QA 1GTHA 3AEEA 1N1PA 2BYBA 1TDKA 2XLSA 2YG4A 3NRNA 3C96A 2WP5A 2XVHA 3IHMA 2VVMA 4Y4NA 4A65A 2XFUA 1IUWA 1RP0A 1ZOYA 5FS8A 4YSZA 2UZZA 3AEBA 2BCGG 4CRTA 4CNJA 3NYEA 4E0VA 1S2QA 3UOXA 1GRFA 3OZ2A 3ALMA 1V59A 1ZP0A 2V5ZA 3ADAB 2B9XA 4U8IA 1IUTA 2ACZA 2R46A 3AD8B 1TDNA 5DBJA 4BV6A 2XLTA 1YQZA 4OPUA 3AE9A 1D4DA 1KDGA 1ONFA 2V60A 3NT6A 4FK1A 4LIIA 3UKPA 4EMJA 3B3RA 4U8JA 1FEBA 1DNCA 2HQMA 2XFPA 2YWLA 1MXTA 4FK1C 2X8GA 5KWFA 2A8XA 2YLWA 2E4GA 2XDOA 2Z5YA 1GSNA 1KSUA 1EL8A 4USQA 3NKSA 3EAOA 2BK4A 3L8KA 2OAMA 2C67A 3NG7X 1GERA 4OVIA 3FIMB 4IVMB 4H2NA 3DH9A 3EPTA 2DKHA 3CPJG 3SFDA 1IUXA 1KFYA 2GF3A 2VRMA 4IVOB 2OA1A 1ZMCA 3ICRA 4EMWA 1NG4A 3G5QA 1OJTA 3II4A 4H4UA 5EOWA 2WP6A 3UP4A 1ZDLA 1VG0A 3DJJA 1PJ5A 3K7TA 1D7YA 2YR4A 1KF6A 3KD9A 4H4TA 2EQ7A 2Q0KA 4A7AA 1FL2A 2YM2A 4M52A 3BHKA 3GRSA 1BF3A 4AOSA 1M64A 2APGA 3REDA 2GR0A 1K0IA 1H7WA 3I3LA 4XXGA 2YG6A 4K5RA 1K0LA 2C73A 2OLOA 1S3BA 2XLUA 1JRXA 1PBEA 3BHFA 4AOXA 3UCLA 1L9CA 3BNMA 1Y56B 1KNPA 1GESA 4CBQA 2WOWA 3AE4A 4Z26A 2PYXA 3M12A 2VOUA 3DMEA 4U8LA 5U63A 3UKAA 4A6NB 5IQ4A 1REOA 1BKWA 1E1NA 2R4EA 3RP7A 1N4VA 4O5QA 1VG9A 5CKUA 2CFYA 4A9WA 1ZMDA 3AD7B 3NK0X 2BXSA 2WPEA 1H84A 1TYPA 3H4KA 2WOIA 3M0OA 4HB9A 4YWOA 2WOVA 4EQRA 4JDRA 1F8SA 3K30A 4H4ZA 3AE8A 2GMJA 1F8RA 4TM0A 2QA2A 2R4JA 4B1BA 4AT0A 4H4VA 1OJDA 1E6EA 1F8WA 2V6OA 2VVLA 2BA9A 4XWZA 2ARDA 4Y4MA 4DSHA 4AP1A 1PBCA 4RSLA 5TR3A 2X8CA 3QFAA 3CNJA 1VDCA 4TLZA 3NIXA 2TPRA 3VR8A 1YY5A 4BK1A 1LTXR 5BULA 5JCLA 4IA6A 5LV9A 3KKJA 5EB5A 3BI2A 1GNDA 3EF6A 4OPCA 2GRTA 3QSMA 1PHHA 2WPCA 4EQWA 1W4XA 2V61A 2X8HA 4CCQA 1CJ2A 2CDUA 2YR6A 3B6DA 3SGLA 1OJAA 4Z25A 2EQ9A 5JCNA 4B67A 2C64A 4APNA 1H82A 2BACA 4EIPA 4TM3A 3Q9TA 2QAEA 4C3XA 4YSXA 4EQXA 3LADA 1Y56A 1PN0A 2NPXA 4OPIA 4AP3A 4BURA 2R0CA 3UKQA 3EANA 1JNRA 4O5UA 3SFEA 4ECHA 1PBFA 3DGHA 1GRHA 1L9EA 4A6NA 2XYOA 4FX9A 4TM4A 3DGZA 5GSNA 3ABVA 3AE3A 1GETA 3NH3X 4WX1A 3V3OA 4H7UA 2AR8A 4OPTA 3K7MX 5JCKA 3D8XA 3F8DA 3P9UA 1GREA 2E5VA 2BCPA 1TYTA 3DJEA 4C77A 5BRTA 4I58A 3UTEA 3CIRA 3E1TA 3AB1A 2YLSA 4J57A 4HA6A 2WU5A 3UTFA 4CCRA 2XVIA 2XLPA 4ICYA 3BNUA 3P4QA 4YKGA 1NHQA 5IQ1A 3NK2X 3L1RA 3PO7A 4UDQA 1B8SA 3ATQA 1VQWA 1Z6LA 3KU9A 4BK3A 1SEZA 1BGNA 4TM1A 4JQ9A 2WESA 2XFNA 2OALA 3ATRA 1CC6A 4GUVA 4H4QA 4JNAA 4YSHA 3UOVA 3GYIA 2H88A 2VQ7A 3FPZA 5FS9A 1YQ3A 4DGKA 4Y4LA 4ADWA 2C66A 3AE5A 4I59A 2ZZBA 3G5SA 2BS4A 1BZLA 2RGOA 2WDVA 4K22A 1K4QA 1QLBA 2FJEA 1E39A 3AEAA 4IA5A 4EQSA 3P4PA 2B76A 4CY8A 1AOGA 2C76A 4K5SA 4OPDA 4C5OA 1DODA 3ISHA 1PXBA 1F6MA 3QVPA 1EL7A 2GEWA 2YG3A 4J31A 4B69A 3CGDA 5JCIA 5M0ZA 2WDQA 4KX6A 2NVKX 2R45A 3GMCA 1GRGA 1ZX9A 3AEFA 4B66A 4UDRA 2GV8A 2EQ8A 4H4WA 1D4CA 1TDEA 2YVFA 4H50A 1P2EA 4A5LA 1GTEA 1FCDA 3CGBA 1CL0A 3V3NA 1S2YA 4X4JA 3VQRA 4EMIA 2JB2A 1PDHA 2Q0LA 2R0PA 2YLZA 3LOVA 3IF9A 1CF3A 4YTMA 4DSGA 3H8LA 2BC0A 2Q7VA 3NTDA 3AECA 3QVRA 1D4EA 4NEWA 5FS7A 1B37A 3GDPA 4BJYA 3GMBA 1COYA 3D1CA 4OPLA 1GV4A 2FJAA 1D5TA 4U8OA 3RHAA 3DA1A 3VRDB 4GF7A 4D03A 1H6VA 3ALLA 3R9UA 2BK5A 2RGJA 3I6DA 2IVEA 3LZWA 2XLRA 1IJHA 5KVIA 3NYCA 2YG7A 1PXCA 2C7GA 3LJPA 4NTEA 4EM4A 3ZYXA 2A87A 3NN6X 4U2LA 3NK1X 2A89A 5ER0A 5HHFA 3T37A 2WETA 2JK6A 1ZY8A 4UP3A 3NN0X 1XANA 3KLJA 1PJ6A 4J56A 4CNKA 1FECA 4GR1A 3KVEA 2BABA 3ITJA 4EIQA 2GAHB 1PJ7A 4YTNA 1JRZA 3FMWA 3UOYA 1GEUA 1LVLA 2B9YA 3BI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H8IA 5U25A 2K9FA 4MJWA 5ECSA 4U8KA 3T2ZA 2WULA 3L9UA 3TKPA 4ZCCA 3KP9A 5LCZA 2AAQA 5FS6A 5KRQA 2W0HA 3DWVA 2V6KA 5ECNB 4N9XA 1FOVA 2C3CA 2C8UA 2H76A 3GX8A 1GUKA 5ID2A 5IO2A 3MNGA 3P7XA 3NHOX 4N0ZA 5G5EA 3AE2A 4BWSA 3RP8A 2OE0A 2TRXA 5ECIB 4OPGA 1ELIA 2QKEA 4H86A 4B65A 3MIXA 3P4RA 4WR5A 3GD3A 5HXIA 3GYJA 2DJ2A 2A2PA 1QJDA 3CPHG 4GDEA 3VRBA 3GIXA 2EQ6A 5KEJA 3UKLA 3IWAA 3RP6A 3OC4A 1EVIA 2VRLA 2RIIA 1W89A 2JACA 3F6FA 1SKRB 2F5ZA 3QFBA 4RQRA 3DJGX 3QSEA 2B7RA 1AUCA 3EINA 2PWJA 1GOSA 5CQFA 2BS3A 3QFBC 2R4VA 1RYIA 2WDRA 1DXLA 2O9ZA 3CNDA 4K2XA 3QR6A 4RQXA 2E2MA 1MOKA 2XVJA 2GGTA 2B7KA 4II2A 5A4VA 2GQMA 2J3NA 2L4CA 1GSSA 4NTCA 3LORA 2NPBA 5ELGA 5EVOA 4LU6A 3AXBA 2VL9A 1BGJA 2GMHA 1NHYA 3I6AA 1O7UA 2IVDA 2TMDA 2B9WA 3GH9A 3UKFA 5D9TA 5JCUA 3DK4A 1VRQB 2KOKA 4IQAA 4MPFA 5IQYA 4Z2UA 2DBCA 2IIDA 5GRTA 4POMA 2I4AA 1M7TA 2LEGA 2G2QA 3UP5A 2EIQA 4TVEA 5IOWA 2E82A 1TU7A 3KH9A 1Q1RA 1VF1A 1XOAA 1FOHA 2O7KA 3LXTA 4YT0A 5KXJA 1EP8A 3FR6A 2AQJA 2RGHA 2Y6QA 5J7XA 1GNWA 3HD5A 3ZITA 1SL1B 4ULXA 4K1FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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