2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
3P4RA 4XXGA 2B9YA 1GTEA 2WP5A 3LZXA 2XVHA 1E1MA 4FK1A 1SEZA 1CF3A 2BS2A 2C75A 2BABA 5U1OA 4K2XA 1H7WA 5JCKA 2XLUA 1VRQB 3NYEA 1S2YA 1QJDA 4K7ZA 4B65A 4BV6A 3URHA 2V5ZA 1ZDLA 5KOWA 2XFQA 3GMCA 1JNRA 4C74A 1D4CA 3AD8B 2B7RA 1PN0A 1Y56B 3G5QA 3Q6JA 4U8MA 1Q1WA 4EM3A 4Z43A 2EQ9A 1K4QA 3GRTA 4CRTA 4REKA 4FX9A 1E1NA 4E0VA 1NG3A 1L9DA 2VRMA 2XCGA 4RG3A 2R45A 2GAGB 2WETA 1H84A 3EAOA 3NHOX 3RP6A 2C72A 4CNJA 4JQ9A 2GMHA 2WU2A 2UZZA 3UTGA 3GD4A 5HHFA 4I59A 2BC0A 3AYIA 3AB1A 4IVMB 3V3NA 4JNQA 4U8NA 4UDPA 4DGKA 3JSKA 4J34A 1DJNA 3NTDA 3ATRA 4EIQA 3RP8A 4OPDA 2VVLG 4Z44A 1LPFA 2BYBA 1E6EA 2GR3A 2XVJA 4KX6A 1H82A 4ZN0A 1GOSA 1GETA 4Z26A 1PBCA 4ICYA 1VDCA 1LVLA 3CIRA 3G5SA 3GDPA 4XWZA 3UKPA 5KRQA 3AEGA 2GB0A 4K8DA 1OJDA 2IVEA 4X9NA 3E1TA 1DXLA 2C70A 2FJDA 1PJ7A 2B9XA 1BWCA 2C7GA 1PHHA 2WOIA 4DSGA 2VVMA 5KOXA 1PBEA 4RG4A 3IF9A 4A7AA 4AT0A 2YWLA 3NIXA 2FJBA 1GT8A 3DJJA 4K5RA 5DBJA 4UDRA 4CCRA 2VRLA 1F3PA 1M6IA 4ZCDA 4BJYA 1JRZA 1OJTA 5HYMA 1O95A 1H83A 3K7QX 3P4SA 4GR1A 4H4SA 5BULA 3M0OA 4GRTA 4EQRA 5JCLA 2QAEA 3DMEA 4Z25A 3LXDA 4RSLA 4C3XA 1CHUA 1EL7A 1NG4A 2YG7A 3UOYA 1PXAA 1TDFA 1OJ9A 4Y4LA 3CPJG 4H4XA 1BGNA 2WBAA 4N9XA 4U8JA 4LU6A 1GRGA 1B5QA 2WPEA 4O5UA 4XWRA 5FS6A 4P9SA 1E1LA 4JN9A 4H4ZA 4J2WA 4JY2A 3NG7X 1CJ3A 4AT2A 2OA1A 3AE1A 5KVHA 2BK3A 2TPRA 2WDVA 3UOXA 3KVEA 1BZLA 1ELIA 1GNDA 2J3NA 3WE0A 1B8SA 1JOAA 3KU9A 2V3BA 1BKWA 2XFUA 4OPIA 1ZOVA 2YVGA 1CL0A 3CGDA 3GWFA 2E4GA 4BK2A 3NLCA 4YKGA 1GERA 3R9UA 2XVEA 1TRBA 2I0ZA 3B6DA 2OLOA 4A6NA 3AWIA 4A99A 4U2SA 4WX1A 2A87A 4Y4MA 3UP5A 2Q7VA 4CBQA 1GSNA 2ACZA 5TR3A 2WPCA 2XLSA 3KA7A 4D04A 5FS9A 2ZZ0A 3CGBA 2ARDA 1NPXA 2HQMA 4NEWA 4TM4A 3NK1X 3VQRA 4IV9A 3OC4A 4BJZA 3F8DA 3H4KA 1FECA 3VRBA 1LJ1A 2Y6RA 3DGZA 1GRTA 3ATQA 1D4EA 1NHPA 3NH3X 3NRNA 1IUVA 4TM0A 1GRHA 3AYLA 3KPFA 2X50A 2JB3A 3NKSA 2GMJA 5KVIA 2WP6A 3UTEA 1PS9A 1TDOA 1DOEA 2WOWA 2YLWA 2EQ6A 3BHKA 4FDCB 4I58A 1BGJA 5HXIA 2YLXA 3KKJA 5FS7A 4B1BA 1L9EA 2EQ8A 3PO7A 1O5WA 4USQA 3BNUA 2GEWA 3RHAA 4BURA 5ER0A 3IHGA 1KFYA 3GYJA 4NEVA 1COYA 3AXBA 2PHHA 1GRAA 1F8RA 1Q1RA 1XPQA 2IVDA 4YTPA 1PJ5A 2GAHB 1P2HA 3AEEA 2ZZCA 2XVIA 3B3RA 3KD9A 2FBWA 2WS3A 2YLRA 4HA6A 4TLZA 2H88A 3SFEA 5EOWA 2JKCA 3CNPA 3NTAA 4UDQA 1XDIA 3DA1A 2X8GA 4H7UA 4U8LA 3UCLA 2Z5XA 1H86A 1VG9A 3AD7B 3GMBA 4EQXA 2XVFA 1JRXA 1S2QA 3EF6A 3P4QA 1JU2A 2B7SA 4OPUA 3ITJA 3CGEA 2NVKX 1XANA 3AE6A 4YKFA 4DSHA 4A9WA 2R46A 5JCNA 4A5LA 3F8PA 1DJQA 2R0GA 1S3EA 3ZYXA 1NAAA 1D7LA 3UTHA 3DK4A 4UP3A 4CCQA 1IUXA 1NEKA 3H8LA 2C3DA 3VR8A 4Z2UA 2BK4A 2GR0A 3P9UA 3II4A 4AP3A 5BRTA 4HB9A 3S61A 3AE9A 2GF3A 2YR6A 5U63A 2C67A 3GWDA 1EBDA 2GH5A 2QA2A 5JCIA 1ZKQA 2BS4A 2GR2A 1H81A 2YG5A 2RGHA 2YQUA 4U2LA 1QLBA 3ISHA 1YQ3A 4K5SA 2ZBWA 1Y56A 2Q0LA 2XFNA 4U8PA 3CPHG 1CJ2A 1NDAA 2BACA 1GV4A 1YY5A 1Z6LA 2CDUA 4GUVA 4FK1C 1NHSA 1N4VA 2GQWA 2WPFA 2YR4A 4AOSA 5C2TA 2DKIA 3LADA 4TM1A 5BVAA 1LV0A 1IUTA 2AQJA 1GALA 4J57A 1YQ4A 2DKHA 2WDQA 1ZX9A 4GF7A 1MO9A 1FEBA 2C64A 2X99A 3GRSA 1NHQA 2B76A 1RSGA 1H7XA 3AE3A 4TLXA 2GV8A 1NHRA 5KXJA 2IIDA 2BA9A 2B9WA 3AE8A 1CBOA 1YKJA 4AP1A 3UOZA 4PABA 5BUKA 2X3NA 2VVLA 1NENA 1HYUA 4H2PA 1ZMDA 2WDRA 2XDOA 2EQ7A 3AEAA 3NT6A 1KSUA 4YSYA 1CJCA 3GYIA 1FEAA 2V3AA 3CPIG 3PVCA 3OZ2A 3EPTA 1E1KA 2NPXA 3I3LA 3QVPA 4OPLA 3O0HA 1AOGA 2BXRA 2W0HA 1K0JA 4GCMA 2JAEA 5L46A 1CJ4A 3AD9B 1PBDA 3FMWA 2R9ZA 3AE7A 2BS3A 2YAUA 3H8IA 4B69A 2TMDA 2X8HA 3QFAA 5J60A 2FJAA 2JK6A 3DJEA 1TDKA 1KSSA 2XLRA 3DJDA 4YSZA 1FOHA 5CQFA 3C96A 1GEUA 1K0LA 2R4JA 4A65A 4YT0A 3VR9A 5IQ1A 1F8WA 1PXBA 4NTDA 2GQFA 3NNEA 3UP4A 3ICRA 3DGHA 4H2RA 1YQZA 2O9ZA 5GRTA 1REOA 4J33A 4C77A 2Y6QA 3DH9A 1CC4A 2VZ2A 2CVJA 2RABA 1N4UA 3S5WA 3ALLA 3AYJA 4EM4A 1UKVG 1N1PA 3KLJA 2AR8A 1GRBA 2YM2A 2RGOA 3CGCA 4GDPA 1L0VA 2BXSA 2C3CA 2YG3A 3K7MX 4H4RA 4B67A 2JBVA 2OLNA 3LOVA 4Z2TA 1EL5A 1OJCA 3CNTA 4NZHA 4O5QA 4Y4NA 3UKAA 2WEUA 4EIPA 3UOVA 2Q6UA 4H4VA 1IJHA 2YVJA 2JB2A 4C5OA 4PAAA 4IA5A 5GSNA 4IA6A 2BCGG 3NGCX 3QFBA 4OVIA 4U2TA 1S3BA 2V6OA 3FBSA 2YLTA 1B4VA 3ADAB 4U8IA 3V3OA 1ONFA 3C4AA 3P4PA 4OCGA 4H4TA 1W4XA 1V59A 3GSIA 3K7TA 4NTEA 1DOCA 3HZLA 2YG4A 3REDA 3UKFA 1JEHA 4H50A 5JCMA 2APGA 4ECHA 4JNAA 2F5ZA 4ZCCA 5LV9A 2X8CA 1D5TA 2GR1A 4YSHA 4APNA 1GESA 1KDGA 3VRDB 5IPYA 3AEBA 1D4DA 1JRYA 1XHCA 3BNMA 2V61A 1P2EA 3COXA 3CN8A 3EANA 4B68A 1GRFA 1X31B 1B37A 2C73A 4USRA 2GRTA 1LQTA 3AE5A 3QSEA 3ICSA 1D7YA 3NYCA 1DOBA 2V60A 3IC9A 4YTNA 2YR5A 2XLTA 1Y0PA 2RGJA 1IUWA 4J31A 1PDHA 3F8RA 3AECA 1EL9A 4J56A 2XLPA 4CNKA 4MJWA 3SFDA 3Q9TA 3ZDNA 2E5VA 2WOVA 3NN6X 4YXDA 4YWOA 1N4WA 1TDEA 4LIIA 4A79A 1GREA 1KNRA 2OAMA 1L9CA 1F6MA 1O94A 1KNPA 2XFPA 4LA1A 2R4EA 3NK2X 1BF3A 3NK0X 4GDEA 4KPRA 2BC1A 2FJEA 3QSSA 3DK8A 3D1CA 3ALJA 2YG6A 3QVRA 1LTXR 4OPCA 1Q9IA 3UKQA 2VQ7A 3VRAA 1CC6A 1MXTA 3L8KA 2C66A 3BI5A 2YVFA 3BHFA 2AAQA 1TYPA 3CTYA 3UTFA 4M52A 2QCUA 3UKLA 1FCDA 1ZK7A 3V76A 3UKKA 4EMJA 1PJ6A 3GD3A 1PXCA 3AEFA 1MOKA 1K0IA 3DK9A 3DJGX 1OJAA 2H89A 3FPZA 1TDNA 4YSXA 1H6VA 1E39A 4DNAA 4C3YA 1LQUA 3LJPA 3M13A 5CKUA 1DODA 1IUUA 3ALMA 4BK3A 4TM3A 4A6NB 4IVOB 3I6DA 2BCPA 3AEDA 4H4QA 2YLSA 3FG2P 2WHDA 4JDRA 4B63A 2JB1A 5EBKA 3CNDA 2VQBA 3LZWA 4EQSA 3RNMA 3SM8A 4OPGA 2Z5YA 1RP0A 3M12A 4Z24A 3QJ4A 3CNJA 4H2QA 3FIMB 2A8XA 4EMWA 1QO8A 2WP9A 3G5RA 5U25A 1GTHA 1PBBA 3NN0X 4J36A 3SQPA 3PS9A 3ICTA 2VOUA 1VG0A 3P1WA 2GVCA 2WQYA 3RP7A 5M10A 4BK1A 3CNSA 1F8SA 1RYIA 3ABVA 5M0ZA 2E1MA 3D8XA 1DNCA 2A89A 3BI4A 1ZOYA 1KF6A 3IHMA 1GPEA 1CC2A 4WCTA 5EB5A 5FMHA 4EQWA 4Z2RA 4CY6A 4OPTA 3IWAA 1IUSA 4H4YA 2XFOA 4X9MA 2YM1A 1M64A 1PBFA 2C76A 1E7PA 2Q0KA 2WESA 4U8OA 5C3JA 4K22A 3NYFA 5HY5A 4ADWA 2R0CA 3C4NA 4EMIA 3K30A 1GXFA 3AE4A 1EL8A 4H4WA 3SGLA 3L1RA 3T37A 3GDNA 1ZP0A 2C65A 2OALA 1TYTA 1VQWA 2QA1A 5EB4A 2WU5A 4NTCA 5FS8A 2ZZBA 1JNZA 3QSMA 5J7XA 4YTMA 2BK5A 2XYOA 4H4PA 4JY3A 1FL2A 4X4JA 4H4UA 1ZY8A 4H2NA 3UKHA 2YLZA 2CFYA 2R0PA 3AE2A 4AOXA 5IQ4A 2PYXA 2CULA 3LB8A 4D03A 4B64A 4CY8A 3BI2A 5KWFA 1ZMCA 4B66A 4U8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XXGA 2B9YA 2C0DA 2WP5A 5IQYA 2XVHA 2KOKA 4GLTA 2REMA 2BABA 5JCKA 1H7WA 2XLUA 2L57A 1XW9A 1I9DA 1XPVA 1QJDA 2LS5A 2V5ZA 3F4RA 3GMCA 5F05A 1GLPA 3QFAC 3VWUA 1JHBA 3Q6JA 1Y56B 4Q5RA 5J9BA 4HU9A 3EWLA 4U8MA 4EM3A 4CRTA 3FZAA 4D73A 3ZVJD 2VRMA 4RG3A 1AXDA 1Z6MA 2OBKA 1YF1A 2CX4A 4CNJA 1PFOA 1K0CA 2GSSA 5HHFA 1HD2A 4I59A 4YJDA 4WETA 2DJJA 4IVMB 3V3NA 1FW1A 2DJKA 2CAIA 4IGJA 3JSKA 4J34A 3ATRA 4J2FA 4OPDA 9GSSA 2LEGA 3L9UA 1GETA 3FY7A 2WDUA 1PBCA 2LNSA 3ZTLA 2L4QA 3APSA 2GB0A 4K8DA 1OJDA 4HZ2A 1X5DA 2VL2A 1Z3EA 2A2PA 5J4UA 1X5EA 3W8SA 2C70A 2FJDA 2GTUA 5CREA 5DALA 1PHHA 4KB3A 3ZRDA 4IP6A 3IC8A 3IF9A 3Q74A 3WD6A 1GT8A 2C3TA 3DJJA 2KP2A 3LW9A 4IELA 4NHZA 4Q5QA 1OJTA 2GQLA 4MZWA 4H4SA 4GR1A 3M0OA 2EIQA 4F82A 2I9HA 5JCLA 2VUPA 4OFNA 4PQ1A 3LXDA 5B7CA 2PN8A 4RSLA 3FKFA 2I3YA 4C3XA 1EL7A 2GVPA 3PH9A 3WGEA 2HZEA 1TDFA 3CPJG 4N9XA 3TB2A 1AW9A 2PBJA 4XS1A 4LU6A 1GRGA 2WPEA 5KN2A 2WS2A 4J2WA 4I5QA 5HFIA 4H86A 3UVTA 5KN1A 3AE1A 4KW6A 2BK3A 2TPRA 1K3LA 5H5QA 5HR2A 1ELIA 1GNDA 3TKPA 2J3NA 4N30A 2IJYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XXG A;  2B9Y A;  2C0D A;  2WP5 A;  5IQY A;  2XVH A;  2KOK A;  4GLT A;  2REM A;  2BAB A;  5JCK A;  1H7W A;  2XLU A;  2L57 A;  1XW9 A;  1I9D A;  1XPV A;  1QJD A;  2LS5 A;  2V5Z A;  3F4R A;  3GMC A;  5F05 A;  1GLP A;  3QFA C;  3VWU A;  1JHB A;  3Q6J A;  1Y56 B;  4Q5R A;  5J9B A;  4HU9 A;  3EWL A;  4U8M A;  4EM3 A;  4CRT A;  3FZA A;  4D73 A;  3ZVJ D;  2VRM A;  4RG3 A;  1AXD A;  1Z6M A;  2OBK A;  1YF1 A;  2CX4 A;  4CNJ A;  1PFO A;  1K0C A;  2GSS A;  5HHF A;  1HD2 A;  4I59 A;  4YJD A;  4WET A;  2DJJ A;  4IVM B;  3V3N A;  1FW1 A;  2DJK A;  2CAI A;  4IGJ A;  3JSK A;  4J34 A;  3ATR A;  4J2F A;  4OPD A;  9GSS A;  2LEG A;  3L9U A;  1GET A;  3FY7 A;  2WDU A;  1PBC A;  2LNS A;  3ZTL A;  2L4Q A;  3APS A;  2GB0 A;  4K8D A;  1OJD A;  4HZ2 A;  1X5D A;  2VL2 A;  1Z3E A;  2A2P A;  5J4U A;  1X5E A;  3W8S A;  2C70 A;  2FJD A;  2GTU A;  5CRE A;  5DAL A;  1PHH A;  4KB3 A;  3ZRD A;  4IP6 A;  3IC8 A;  3IF9 A;  3Q74 A;  3WD6 A;  1GT8 A;  2C3T A;  3DJJ A;  2KP2 A;  3LW9 A;  4IEL A;  4NHZ A;  4Q5Q A;  1OJT A;  2GQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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