2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
2OA1A 3KD9A 1PBFA 2VVMA 3GSIA 1PXAA 4OPGA 4U2TA 3KA7A 3ATRA 2AQJA 4EM3A 4O5QA 3CIRA 2B7RA 2QAEA 1D5TA 1LPFA 4IVMB 1NHSA 1ZOYA 1JEHA 4CCRA 4J57A 4YTPA 1PJ5A 3ALMA 2XLTA 1H86A 2VRLA 3M12A 3UKQA 2YAUA 1AOGA 1GALA 3ALJA 3AYIA 4N9XA 3CN8A 5HYMA 2YVJA 1VG0A 4JN9A 1L9DA 3AEFA 3DK4A 2BS4A 3QSSA 2BXSA 3D1CA 3CNDA 4H2NA 2GR2A 5IQ1A 3UTEA 2YVFA 2YR5A 4EIPA 4UDQA 1S2QA 1L9CA 3K30A 4JNQA 4ZCDA 4TLZA 2FJDA 1ZY8A 3T37A 2Z5XA 1ZK7A 2X99A 4Z25A 1GOSA 3KLJA 4EM4A 2B9WA 4H7UA 5LV9A 4YKFA 2WESA 2BACA 4C3YA 2QA2A 1E1LA 4KX6A 3V3OA 4OPTA 4NTDA 3UKHA 4EQSA 3AE2A 1DODA 3DGZA 3SQPA 1ELIA 4JNAA 2BS2A 1LQTA 3AE4A 5JCMA 3G5QA 2WHDA 3V76A 3BHFA 5FS6A 3WE0A 2JBVA 1CL0A 1XANA 3CGDA 4DGKA 4JY3A 2Q0LA 1IJHA 3F8RA 1VQWA 2BC0A 5EBKA 4LIIA 2C65A 3BNUA 3K7TA 2B9YA 2CDUA 1QJDA 4IV9A 1BF3A 3PO7A 4OVIA 3S61A 3RNMA 4Z2UA 4EMIA 4X4JA 2VOUA 4TM0A 3URHA 1GPEA 2FBWA 2WETA 2WPEA 2BYBA 3II4A 4Z2RA 2JB1A 4BJYA 4Y4NA 2WEUA 5JCNA 3Q6JA 3OZ2A 1OJ9A 3PVCA 4H4TA 2YLTA 4C3XA 1K0JA 4TM4A 1B5QA 3BI4A 4J34A 3NIXA 4U8JA 1NEKA 4YXDA 1MOKA 2XLPA 1CC4A 3AE7A 4B1BA 2EQ8A 1TDEA 4BV6A 3AYLA 2BABA 4H4YA 4CNKA 1RYIA 4A99A 1FECA 2YQUA 3GD3A 4J36A 2WU2A 3PS9A 3Q9TA 2WOVA 2Y6QA 1D7YA 1LJ1A 4JY2A 2A89A 1GESA 2J3NA 1MXTA 5EB4A 1NG3A 3ICSA 4K5RA 3ITJA 2FJEA 2C73A 3ICTA 4B65A 5KXJA 4H2PA 3H8LA 2OLOA 2WPCA 3NK0X 1L0VA 3R9UA 4APNA 4ADWA 1F8RA 4DNAA 1GERA 1H83A 4J2WA 3NGCX 4AOSA 3AE1A 3ADAB 4YSYA 1GXFA 2R4JA 3NHOX 1S2YA 4ZN0A 1PBCA 1HYUA 2XVHA 2YR4A 5J60A 4U2LA 4X9NA 1ONFA 4J31A 2IVEA 2ACZA 2TMDA 1TRBA 4U8OA 4Z26A 3KPFA 4A6NA 4REKA 2GH5A 1W4XA 3H8IA 1TDKA 1FEAA 3JSKA 4YT0A 3GRTA 1JNRA 4U8MA 1B4VA 2A87A 2VVLA 3FMWA 1GRAA 4I59A 2IVDA 1BGNA 4HB9A 2WPFA 5JCKA 2IIDA 3CPHG 3RP6A 4K7ZA 2FJBA 4RG4A 2X50A 3CGEA 1ZP0A 2BA9A 1NPXA 2V3AA 3NRNA 2Z5YA 1RSGA 3FG2P 2X3NA 3L8KA 2V3BA 4O5UA 2ZZCA 1IUWA 1P2EA 4AOXA 4B64A 1PDHA 1JRYA 1CC6A 2WDRA 4BK1A 2XDOA 1PBDA 4USQA 1NENA 2GMHA 4CCQA 5FMHA 3KVEA 4A6NB 3B6DA 3FIMB 4JQ9A 4GCMA 3UTFA 1EL7A 4GF7A 3CPIG 1IUXA 4ICYA 4C74A 4IA6A 4FK1C 3UOXA 2YG5A 3REDA 3QFAA 2VZ2A 2YLRA 4PABA 3UOZA 3GWFA 2PYXA 2Q7VA 4XWZA 5CQFA 4UDRA 3UKPA 1GTEA 1M64A 1Q1WA 3NT6A 4YSHA 2WP6A 1Y56B 3CGBA 4H50A 3RP8A 3DMEA 4XWRA 1M6IA 3AWIA 3NLCA 1CJCA 3G5SA 1REOA 5HXIA 3AYJA 4KPRA 1GRHA 1D7LA 1EL5A 4NEVA 1LTXR 1BGJA 1FEBA 1GSNA 1RP0A 1E1KA 3CTYA 3P4SA 4UDPA 5TR3A 1KF6A 1F8WA 2FJAA 2JB3A 3ALLA 3DJEA 3DGHA 3NK2X 4Y4LA 1NDAA 2GR3A 2W0HA 4BURA 3GMCA 4EIQA 1GRBA 1EL9A 4H4WA 2R0PA 4AP3A 3P1WA 2R4EA 5U63A 4IA5A 1NHQA 4MJWA 1TYPA 2VQBA 4A65A 1N4VA 3UKKA 2GAHB 3AD9B 3AE5A 4FK1A 1GRTA 2WBAA 5HY5A 3DJDA 1BKWA 2C66A 1E7PA 1JRXA 1CF3A 3QVPA 2OLNA 1YKJA 4U2SA 4YWOA 2GVCA 5KVIA 3RHAA 1BWCA 2V61A 2WP9A 3C4AA 3ZYXA 4BJZA 1GNDA 3NN6X 3H4KA 5EB5A 2NPXA 4H4UA 3UKAA 1IUVA 3VR9A 4Z2TA 3NNEA 4B66A 1GTHA 1LV0A 1PJ7A 2A8XA 4C77A 2BK3A 3VRAA 1DJNA 2NVKX 2YVGA 2WOWA 1GREA 3UP5A 1L9EA 4EQWA 1E39A 1CJ4A 3GD4A 3QJ4A 5BVAA 4B68A 2OALA 5JCLA 1BZLA 1ZDLA 3BI5A 5HHFA 4B63A 4USRA 4AP1A 3IWAA 3AE9A 1F3PA 2GMJA 3UTGA 2XVEA 2RGOA 3DJJA 4OCGA 4E0VA 1JRZA 2EQ7A 3HZLA 3S5WA 5U25A 1KSUA 2XFUA 3OC4A 4NEWA 3K7QX 4A79A 2UZZA 1DOEA 3AEGA 2GEWA 3AEAA 2C67A 4UP3A 1N4UA 3AE6A 3GYJA 4OPLA 1CJ3A 1PBBA 2F5ZA 3DA1A 5ER0A 2YLZA 1KDGA 3CNTA 5KWFA 4PAAA 4K22A 5EOWA 1H82A 5KOWA 4YSZA 4EMJA 3FPZA 2JB2A 3AB1A 4YTMA 4H4SA 3CNPA 3SGLA 2EQ6A 5JCIA 1H6VA 4A9WA 2E5VA 3NH3X 4M52A 2E1MA 2GQWA 1TDNA 4X9MA 3NYEA 1E6EA 2WDQA 3UP4A 5CKUA 3P4PA 1JOAA 1H7XA 2ARDA 2BC1A 2E4GA 3D8XA 5GSNA 1GETA 3AECA 1PXBA 4CY8A 4CY6A 5J7XA 2WQYA 1B8SA 2EQ9A 1TYTA 1IUUA 4K5SA 3LXDA 3AE8A 1Y0PA 2ZZBA 4B67A 1PXCA 1PHHA 1IUTA 5BRTA 1DOBA 3EPTA 3ICRA 1F8SA 1GRFA 3M0OA 2XVIA 1LVLA 4H4QA 4B69A 1VG9A 3QVRA 5KRQA 1D4CA 4OPDA 1K4QA 3KKJA 3V3NA 3BHKA 2H88A 3ATQA 2YR6A 3UTHA 1PS9A 1MO9A 1YQZA 4I58A 2JAEA 1K0LA 1Y56A 4AT2A 1N4WA 1V59A 2GRTA 4ECHA 1CJ2A 2BK4A 3QFBA 4H4PA 3IHGA 3UOYA 2VVLG 3VQRA 2R46A 4DSGA 2XFQA 2X8HA 5FS8A 3UKLA 2GQFA 4H2QA 1H84A 1O5WA 4U8IA 1H81A 1GT8A 1NHPA 2VQ7A 5BULA 3LJPA 4AT0A 4EMWA 1GRGA 4EQXA 1XDIA 4NTEA 4JDRA 4U8LA 4J56A 4U8NA 1P2HA 4GUVA 5FS7A 3LB8A 3DK8A 4DSHA 5M0ZA 3ABVA 4YTNA 4K2XA 2WOIA 2Y6RA 4TM3A 1CBOA 1S3BA 1VRQB 4CRTA 4D03A 2QA1A 5C3JA 3COXA 4OPCA 2C3DA 3IHMA 4U8KA 3UCLA 1OJCA 1B37A 2XLSA 2BXRA 2C3CA 4YKGA 2X8CA 1CC2A 3AXBA 5IPYA 4EQRA 2WP5A 4HA6A 4CNJA 3L1RA 1KFYA 3NTDA 4Z24A 2B7SA 2XYOA 1IUSA 2YLSA 1E1MA 1GV4A 3F8PA 3CNSA 2XVJA 2C72A 4TM1A 1O94A 2I0ZA 1K0IA 5FS9A 4Z44A 2XVFA 2YG6A 2O9ZA 2OAMA 1FOHA 2XFPA 3IF9A 4NZHA 2V5ZA 2AAQA 2CULA 2RABA 3NN0X 2BCPA 1DXLA 1TDOA 3NYFA 4GR1A 1ZMDA 2XCGA 5U1OA 4YSXA 1JU2A 3C96A 3CNJA 2CFYA 2PHHA 2YLWA 2GB0A 2RGHA 4OPUA 2XLRA 2WDVA 3AD8B 3GDNA 4IVOB 1PBEA 3EAOA 3O0HA 5GRTA 4XXGA 1S3EA 2R0GA 3SFEA 3NTAA 3KU9A 4P9SA 2CVJA 3UOVA 3VRDB 5M10A 1E1NA 1DOCA 2VRMA 4NTCA 1H7WA 1X31B 1XHCA 1YY5A 1TDFA 1ZX9A 4GDPA 2WS3A 2C76A 4H4RA 5KVHA 2V6OA 2R45A 2XFNA 3FBSA 4OPIA 1COYA 1VDCA 1CHUA 2YG3A 1QO8A 2V60A 2DKIA 1JNZA 1OJDA 1SEZA 2R9ZA 2XFOA 4GDEA 2HQMA 3VRBA 3EANA 3DK9A 4RG3A 1ZKQA 3DH9A 4FDCB 1XPQA 1EBDA 3F8DA 3NKSA 3ISHA 3P4QA 3E1TA 4LA1A 2YLXA 3AE3A 3G5RA 4TLXA 4A5LA 4H4XA 1YQ3A 2C64A 1KNRA 2YM1A 1OJAA 3B3RA 3AEEA 4BK2A 3GYIA 1PN0A 5IQ4A 2Q6UA 2RGJA 1OJTA 3DJGX 3VR8A 3NK1X 2GAGB 1F6MA 1YQ4A 2DKHA 1KNPA 3AD7B 2H89A 1N1PA 1DNCA 1NAAA 1ZMCA 2WU5A 2GR1A 2JKCA 4U8PA 5DBJA 5L46A 3I6DA 1UKVG 2C75A 1EL8A 2AR8A 1NG4A 4GRTA 1QLBA 4Z43A 4FX9A 3P4RA 4WX1A 1FCDA 3BNMA 4WCTA 4RSLA 1Q1RA 3LOVA 2GF3A 2GV8A 1LQUA 3K7MX 3LZXA 3QSMA 3CPJG 1O95A 2C70A 3CGCA 4K8DA 2YG7A 2QCUA 4H4VA 4D04A 1DJQA 4H4ZA 4CBQA 2JK6A 2Q0KA 3QSEA 3RP7A 3AEBA 5C2TA 1D4EA 1PJ6A 3I3LA 3NG7X 1GEUA 1Z6LA 1Q9IA 3UKFA 2R0CA 3NYCA 3LZWA 2B9XA 3P9UA 3GRSA 2GR0A 4LU6A 1ZOVA 3GMBA 1FL2A 3EF6A 4ZCCA 2BCGG 3BI2A 4H2RA 4BK3A 2ZZ0A 2C7GA 2X8GA 1NHRA 3GWDA 4J33A 1D4DA 2YWLA 4Y4MA 2BK5A 2ZBWA 2BS3A 5KOXA 3SFDA 3C4NA 1KSSA 4A7AA 2XLUA 2YG4A 3GDPA 3IC9A 2YM2A 3AEDA 5BUKA 2B76A 3M13A 3SM8A 2TPRA 4C5OA 2APGA 3ZDNA 3LADA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1X5EA 2VCWA 4OPGA 5DALB 1T8EB 4MDCA 1D5TA 1LPFA 2FD3A 3CTFA 4IJIA 3ZVJD 3GURA 3TUEA 3ALMA 3M12A 2YAUA 4NHWA 2GS3A 2BRAA 5G5FA 4N9XA 1S3CA 1A8LA 1J9BA 3GUSA 3WT1A 4POBA 2FGXA 3C1SA 3QSSA 2VD0A 3D1CA 4H2NA 5C00A 3UTEA 4EIPA 4UDQA 2H1DA 2YV7A 6GSYA 4TLZA 4N30A 1O8XA 1PKZA 2FJDA 2Z5XA 5LV9A 4I2TA 4EM4A 4MJAA 3KJYA 3G7JA 2KUCA 4OPTA 2LJKA 4JNAA 2LNTA 1JZWA 2VL2C 2BS2A 3AE4A 2YN1A 3IPZA 3V76A 3BHFA 3WE0A 5DCHA 5AGYA 1Q98A 4MP4A 3M0FA 1XANA 3CGDA 4KAEA 5IMAA 3EURA 3W4KA 5KMRA 1N8JA 1IJHA 5HR2A 3TRXA 1PFOA 2E2MA 2N5BA 2Z9SA 2IN3A 4IKHA 2DJ3A 2VL9A 4F2IA 3DIEA 3IE3A 5ECSA 4GSSA 1GULA 4EMIA 4PGTA 4TM0A 2DMLA 3T2YA 3F4TA 5JCWA 2JB1A 2M46A 1VF4A 1XVQA 4BJYA 4HU9A 3CRUA 1THXA 1OE7A 2WEUA 4KCEA 3Q6JA 4H4TA 3F8UA 1T7PB 2DJJA 1B5QA 4RI7A 3VWXA 1B9YC 3C8EA 1CC4A 4B1BA 2LEGA 4GAPA 3KP9A 4F82A 1EWXA 2BABA 2JADA 4CNKA 1RYIA 5DJMA 2AB6A 2WU2A 4K7IA 3GMFA 3LXTA 2CVKA 1EEJA 3WGEA 1GESA 4N0VA 5IO2A 4HI7A 3ICTA 4F9ZA 4II2A 1NSWA 3FR3A 1X5DA 1Y25A 4RQXA 3R9UA 2WPCA 3HVSA 1L0VA 4ADWA 5IMDA 4DNAA 3EC3A 1AC1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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