The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
88
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sequence length |
369
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structure length |
356
|
Chain Sequence |
MTYEQLARELLLVGPAPTNEDLKLRYLDVLIDNGLNPPGPPKRILIVGAGIAGLVAGDLLTRAGHDVTILEANANRVGGRIKTFHAKKGEPSPFADPAQYAEAGAMRLPSFHPLTLALIDKLGLKRRLFFNVDIDPQTGNQDAPVPPVFYKSFKDGKTWTNGAPSPEFKEPDKRNHTWIRTNREQVRRAQYATDPSSINEGFHLTGCETRLTVSDMVNQALEPVRDYYSVKQDDGTRVNKPFKEWLAGWADVVRDFDGYSMGRFLREYAEFSDEAVEAIGTIENMTSRLHLAFFHSFLGRSDIDPRATYWEIEGGSRMLPETLAKDLRDQIVMGQRMVRLEYYDPGPAVAIQTVPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural characterization of l-glutamate oxidase from Streptomyces sp. X-119-6
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
|
source organism |
Streptomyces sp.
|
molecule keywords |
L-glutamate oxidase
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total genus |
88
|
structure length |
356
|
sequence length |
369
|
ec nomenclature |
ec
1.4.3.11: L-glutamate oxidase. |
pdb deposition date | 2006-10-26 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 | Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | FAD/NAD(P)-binding domain | FAD/NAD(P)-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F5Z A; 4U8P A; 1BWC A; 2APG A; 1F8S A; 3EAO A; 4H2R A; 4A6N A; 1B8S A; 1M64 A; 1DOB A; 4AT2 A; 1RP0 A; 2BC1 A; 1KDG A; 2RGJ A; 2ARD A; 2YG7 A; 1W4X A; 3DJG X; 3RP8 A; 3K7M X; 3GRS A; 4JNA A; 3S5W A; 3FG2 P; 3BNM A; 1RYI A; 2PYX A; 3UKQ A; 2V3B A; 2GAH B; 4BK3 A; 3SM8 A; 3AEB A; 4U8J A; 3KPF A; 2ZZC A; 1GAL A; 2YR5 A; 1RSG A; 4B67 A; 1IUT A; 4YSZ A; 4OPT A; 4PAB A; 4Y4N A; 2C66 A; 2YLS A; 1CL0 A; 3ALL A; 1NHP A; 3SGL A; 5IQ4 A; 1ZP0 A; 1FL2 A; 1VG9 A; 4WX1 A; 4H4X A; 5HXI A; 1XHC A; 3DJE A; 5BVA A; 2YR6 A; 4OPD A; 3AEF A; 1UKV G; 2WQY A; 1O5W A; 3ICR A; 4TM4 A; 1Y0P A; 3FIM B; 4YKG A; 3IWA A; 1EBD A; 3AEE A; 3NN6 X; 2YG6 A; 3BI4 A; 3RED A; 3UOY A; 1TDK A; 2C73 A; 1GOS A; 1LQT A; 3LJP A; 3VRA A; 4CNJ A; 1PBD A; 4X9N A; 5U25 A; 4BUR A; 5GRT A; 3ISH A; 3F8R A; 2I0Z A; 4XWR A; 3GWD A; 3FBS A; 4NEV A; 2B7S A; 2AAQ A; 3AWI A; 3P4P A; 3GDN A; 2YR4 A; 2XVH A; 4J33 A; 3LZX A; 3CPI G; 1H7X A; 3GDP A; 4H4Q A; 1E1N A; 4NEW A; 2R0C A; 4Z43 A; 4GRT A; 1CC6 A; 4Z2T A; 3ZYX A; 2X50 A; 2B9W A; 3AYL A; 3QJ4 A; 4H4T A; 4IA6 A; 3CNT A; 4OPC A; 3IF9 A; 3P4S A; 1JRX A; 1D5T A; 5EBK A; 4GCM A; 4X4J A; 2WU5 A; 1DOC A; 1LPF A; 2WEU A; 5J60 A; 1L9E A; 3CNJ A; 5HYM A; 2BYB A; 3IC9 A; 2WS3 A; 3B6D A; 1B4V A; 3K7Q X; 3OC4 A; 4D04 A; 2GMH A; 1VG0 A; 4K7Z A; 1KNP A; 4A65 A; 2Q6U A; 4EIP A; 1CJC A; 3IHM A; 1S3E A; 5KVI A; 4TLX A; 3EPT A; 4J31 A; 2BAB A; 1D4D A; 1IUU A; 4AOX A; 3H8I A; 4YTP A; 1OJC A; 4EQX A; 3EAN A; 1NHR A; 4NZH A; 1BGN A; 3ATR A; 3AE7 A; 3AEG A; 4OPI A; 1BF3 A; 1K4Q A; 1GRG A; 5C2T A; 1TYP A; 3CN8 A; 2EQ7 A; 3CPH G; 1BZL A; 3AB1 A; 4YXD A; 3NNE A; 1ZKQ A; 4BJY A; 4FX9 A; 1PJ6 A; 2OAM A; 1E1L A; 4Z44 A; 4J57 A; 1Z6L A; 3K7T A; 5HHF A; 1TRB A; 2GR3 A; 5EOW A; 1NAA A; 2Q7V A; 3ITJ A; 3BHK A; 3KLJ A; 4GF7 A; 1GES A; 4OVI A; 3BNU A; 3NIX A; 1TYT A; 2ZZB A; 4ADW A; 1IUX A; 1JOA A; 4A6N B; 1CHU A; 2B9Y A; 4IVO B; 4IA5 A; 5JCL A; 3DK9 A; 3UCL A; 4YSY A; 2WP6 A; 1JRY A; 1NHS A; 3AE8 A; 2YLZ A; 2BCG G; 2XVI A; 2BK4 A; 4EMJ A; 1TDE A; 2WPF A; 2XLU A; 2OA1 A; 1S2Q A; 3M12 A; 1GND A; 4U8O A; 3UP5 A; 4C5O A; 1GXF A; 2WPE A; 1N4U A; 4H4S A; 4JN9 A; 1NDA A; 2XLS A; 2C72 A; 1K0I A; 3CND A; 4O5U A; 3UKA A; 2JBV A; 3GD3 A; 3AEA A; 4EM4 A; 1IUV A; 1MXT A; 4EQR A; 3AXB A; 2EQ8 A; 4LA1 A; 5LV9 A; 2IID A; 2CDU A; 4NTD A; 2AQJ A; 1OJ9 A; 3UKH A; 4O5Q A; 3AEC A; 3AYI A; 3NTA A; 1F3P A; 2VRM A; 4J2W A; 4C77 A; 5BRT A; 2XFP A; 3QVP A; 2VVL G; 4M52 A; 4CCQ A; 1H81 A; 3LB8 A; 3P4R A; 3UKF A; 3UTG A; 1DOD A; 4OPU A; 3RP7 A; 3G5Q A; 2GQW A; 1P2H A; 4TM1 A; 3PS9 A; 1ZMD A; 4H4V A; 2VOU A; 1S2Y A; 1GRA A; 3M13 A; 2WP5 A; 1PBB A; 2BA9 A; 1FEC A; 3AD7 B; 1GET A; 3QSS A; 4U8N A; 2X3N A; 1YQ3 A; 1LQU A; 2RGO A; 1CJ3 A; 4IV9 A; 3NLC A; 3BI5 A; 4XWZ A; 2BC0 A; 2Y6Q A; 2X99 A; 4H4Y A; 3ZDN A; 1OJT A; 1CF3 A; 1KF6 A; 5IPY A; 3P4Q A; 2PHH A; 4YT0 A; 1GPE A; 1LV0 A; 2ACZ A; 2GF3 A; 2Z5X A; 1GT8 A; 4K5R A; 3D1C A; 5FMH A; 4EQS A; 4EMI A; 3CPJ G; 2YLR A; 1ELI A; 2E1M A; 2C64 A; 2WBA A; 2E5V A; 2QCU A; 2FJD A; 1O94 A; 3ABV A; 5GSN A; 1CBO A; 3JSK A; 2X8H A; 1B37 A; 3CNS A; 3NT6 A; 3EF6 A; 3T37 A; 4A7A A; 2WDQ A; 1JNZ A; 3AE1 A; 3ALJ A; 3AYJ A; 3E1T A; 3K30 A; 2YM2 A; 4EM3 A; 1E6E A; 3KU9 A; 4ZCC A; 3IHG A; 1ZOV A; 1EL9 A; 4KX6 A; 3ATQ A; 4USR A; 2Y6R A; 1Q1W A; 3GRT A; 3VRB A; 2NVK X; 2J3N A; 3AE6 A; 4BJZ A; 2OAL A; 1PJ7 A; 2WET A; 2AR8 A; 2XFU A; 3D8X A; 3B3R A; 3NG7 X; 4YKF A; 3UKL A; 4EIQ A; 1IJH A; 4JQ9 A; 1D4E A; 1TDO A; 1PXA A; 3COX A; 2UZZ A; 1ONF A; 5U63 A; 5ER0 A; 1XPQ A; 1Y56 B; 2JKC A; 2BS4 A; 2WES A; 2R9Z A; 3I3L A; 3LAD A; 3UKK A; 4OPG A; 2RAB A; 1JEH A; 4H50 A; 1F6M A; 4LU6 A; 1NG4 A; 2JAE A; 2FBW A; 2V3A A; 2A89 A; 4RSL A; 2V6O A; 5JCN A; 2EQ9 A; 1EL5 A; 1OJA A; 1ZOY A; 1EL8 A; 1GRH A; 3L1R A; 1FOH A; 4HB9 A; 4BK1 A; 2WHD A; 1BKW A; 2BXR A; 2R4J A; 4TLZ A; 1FCD A; 2CFY A; 5CKU A; 4BV6 A; 2VRL A; 3NN0 X; 3WE0 A; 4CY8 A; 4Y4L A; 3VQR A; 1LVL A; 1P2E A; 4CBQ A; 1TDN A; 1D4C A; 3AE4 A; 1E1M A; 1ZDL A; 2C3C A; 2GQF A; 2JK6 A; 2YLX A; 3UP4 A; 2FJB A; 2V61 A; 1H82 A; 2BCP A; 4FDC B; 1PBF A; 3UTE A; 3NK1 X; 2O9Z A; 4U8K A; 1Y56 A; 1GTH A; 1ZX9 A; 4H4U A; 1LTX R; 3LOV A; 4EMW A; 1B5Q A; 5BUK A; 3DGZ A; 3VRD B; 4XXG A; 1F8R A; 1N1P A; 1IUW A; 1ZK7 A; 2A87 A; 2QA2 A; 2YLT A; 1ZMC A; 3QSE A; 4H4P A; 1NG3 A; 4U8I A; 4A5L A; 3UKP A; 5U1O A; 3P1W A; 4UDR A; 4J36 A; 2C76 A; 4EQW A; 3GWF A; 1DJQ A; 1Q1R A; 3Q6J A; 1PJ5 A; 3VR9 A; 1GSN A; 2GEW A; 2XVF A; 3ADA B; 3DK4 A; 2FJE A; 4A79 A; 1S3B A; 1E7P A; 3OZ2 A; 1Q9I A; 1GRT A; 4OPL A; 3GYI A; 4TM0 A; 5KVH A; 3PO7 A; 3DME A; 4AOS A; 2OLO A; 2FJA A; 1JRZ A; 1OJD A; 1ZY8 A; 4A9W A; 3P9U A; 2XYO A; 3KKJ A; 3C4A A; 3G5R A; 4AP3 A; 1H86 A; 1L0V A; 1KFY A; 1NEN A; 3KD9 A; 3AE2 A; 4D03 A; 3AD9 B; 2C3D A; 3F8D A; 1GRF A; 1QJD A; 3GD4 A; 2R46 A; 1F8W A; 4I58 A; 2IVD A; 1KSS A; 2GVC A; 1IUS A; 2WU2 A; 3GYJ A; 3H4K A; 3KVE A; 4PAA A; 4UDQ A; 1E39 A; 1GEU A; 3QFA A; 2YVG A; 3BHF A; 5KOX A; 4NTE A; 1H7W A; 1MOK A; 4H2N A; 4REK A; 2QA1 A; 1YY5 A; 4B68 A; 3V3N A; 2XLT A; 4YTN A; 1D7L A; 2YG4 A; 3AE3 A; 2C70 A; 3ICS A; 1NPX A; 1H6V A; 4J56 A; 3S61 A; 3AD8 B; 2GRT A; 4U8M A; 1GTE A; 4YSX A; 2NPX A; 2XFO A; 2DKI A; 1N4V A; 3O0H A; 1L9D A; 1YQZ A; 1XDI A; 5JCM A; 5L46 A; 1V59 A; 3URH A; 4H4Z A; 2R0G A; 2XLP A; 4AP1 A; 1FEB A; 2B76 A; 3ICT A; 3PVC A; 3QFB A; 5IQ1 A; 3SFD A; 1PXC A; 2BXS A; 3NH3 X; 4WCT A; 5CQF A; 3SFE A; 4N9X A; 1D7Y A; 3RHA A; 1PBC A; 4JDR A; 2E4G A; 1HYU A; 1DNC A; 2OLN A; 4CCR A; 3KA7 A; 4K8D A; 2WP9 A; 2V60 A; 2RGH A; 3F8P A; 4NTC A; 1CC2 A; 3DH9 A; 4B64 A; 4A99 A; 4DGK A; 1E1K A; 4CRT A; 3NYE A; 1PHH A; 3CNP A; 2JB2 A; 4UP3 A; 2XFN A; 2XVE A; 4JY2 A; 4LII A; 4UDP A; 3NYF A; 4H7U A; 4RG4 A; 2QAE A; 3CGE A; 4CNK A; 1GER A; 2H89 A; 1COY A; 2XLR A; 2Q0K A; 3NK2 X; 3V3O A; 2ZZ0 A; 1VRQ B; 2GH5 A; 2BAC A; 2BS3 A; 2A8X A; 3DK8 A; 3NHO X; 2YM1 A; 4FK1 A; 2ZBW A; 3NTD A; 4U2L A; 2C67 A; 3LXD A; 5M10 A; 1KSU A; 2YVJ A; 1GRE A; 2VQB A; 4Z25 A; 2B7R A; 4YWO A; 2TMD A; 2XVJ A; 1K0L A; 1PBE A; 4YSH A; 4APN A; 5HY5 A; 5FS6 A; 3BI2 A; 3GMC A; 4ICY A; 2JB1 A; 2VVM A; 4B66 A; 4K5S A; 3NGC X; 1PDH A; 3QSM A; 1YQ4 A; 4JNQ A; 1KNR A; 4Z26 A; 3UOZ A; 1JU2 A; 2YWL A; 2YG3 A; 3V76 A; 5KXJ A; 2WDR A; 3II4 A; 4B1B A; 1AOG A; 3ALM A; 4Y4M A; 3H8L A; 2WOI A; 2R4E A; 2XDO A; 2YAU A; 2GR2 A; 3AE9 A; 5DBJ A; 5M0Z A; 4YTM A; 3UOV A; 1M6I A; 2WOW A; 4ZN0 A; 5KWF A; 2XFQ A; 2DKH A; 2V5Z A; 4C74 A; 2R0P A; 3G5S A; 4B69 A; 2TPR A; 4B63 A; 4U2T A; 4CY6 A; 2H88 A; 2YVF A; 3R9U A; 3LZW A; 5BUL A; 2GAG B; 1SEZ A; 1VDC A; 3RP6 A; 4AT0 A; 1H84 A; 3CGD A; 1QLB A; 1LJ1 A; 3CIR A; 1MO9 A; 2X8C A; 4ECH A; 4K2X A; 2GMJ A; 3UTH A; 1H83 A; 2VVL A; 4Z2U A; 3SQP A; 3GSI A; 4HA6 A; 1DJN A; 3DA1 A; 5EB4 A; 4KPR A; 1JNR A; 1YKJ A; 3CGB A; 5EB5 A; 4DSG A; 2WPC A; 1DOE A; 2C7G A; 4Z2R A; 3Q9T A; 4GDP A; 5FS9 A; 3DJD A; 2YQU A; 4P9S A; 4H2Q A; 2YLW A; 2Z5Y A; 2B9X A; 3NK0 X; 4JY3 A; 5J7X A; 4U8L A; 4ZCD A; 1CC4 A; 2R45 A; 1L9C A; 4B65 A; 5KOW A; 1FEA A; 1TDF A; 4C3X A; 2BS2 A; 2GB0 A; 2GV8 A; 2W0H A; 2C75 A; 2VZ2 A; 3UOX A; 1QO8 A; 5KRQ A; 4MJW A; 4Z24 A; 1N4W A; 1DXL A; 3HZL A; 3DGH A; 3NRN A; 3VR8 A; 4OCG A; 1PN0 A; 4U2S A; 4C3Y A; 1NHQ A; 4DSH A; 2CUL A; 3CTY A; 1GRB A; 3NKS A; 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