The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
119
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structure length |
115
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Chain Sequence |
KKAYFYHSSFQILNVEYTEALNSPATHEYRTLSERIEAMITDEFRGSSLKSEFIRTHVVKLRKEGTGVVADVVMKFRSNRKVMKTRIQSVLRRLSSSGNLEIAPSNEITSLTDQD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SEA domain of transmembrane protease from Mus musculus
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule keywords |
Transmembrane protease
|
| total genus |
37
|
| structure length |
115
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2007-01-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01390 | SEA | SEA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | SEA domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IVZ A; 2E7V A; 2ACM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NYZ A; 5KFM A; 2HQD A; 4CM2 A; 2CRL A; 1IQZ A; 3PJX A; 3FZB A; 4MKA A; 4OZ5 A; 1NK8 A; 2XWX A; 1S99 A; 4KKO B; 3NL0 A; 1S6P B; 4CO2 A; 4TU7 A; 1OY9 A; 2CJX B; 1H98 A; 5EWG A; 2JC1 A; 4F0M A; 1A0O B; 1WG1 A; 2K8G A; 3DLB A; 1FDA A; 4OI2 A; 1S1X B; 2HZV A; 1A6L A; 5B08 A; 5D0R A; 3EZ5 A; 2QSW A; 4WXW A; 2EFP A; 1TTH B; 2GS8 A; 2V4R A; 3FEX B; 3CDB A; 1UJ4 A; 3EGZ A; 1KON A; 3GP9 A; 4DL2 A; 5CYM A; 2JZ5 A; 1WC6 A; 4IFV A; 3L7U A; 1AYE A; 5K14 A; 1EQ0 A; 5JMN A; 3DRP A; 3CDU A; 4LF2 A; 4QWD A; 1LXJ A; 1G7C B; 4MT1 A; 4DV7 F; 2OPS B; 3MMJ A; 4ID8 A; 4LRB A; 2J0Q D; 2L08 A; 1WD6 A; 5F8G A; 2CIM A; 3D68 A; 1N5T A; 1GXU A; 3C6T A; 3VAF A; 2XWY A; 2MKH A; 1RT4 B; 2IRX A; 4DX6 A; 1RT6 B; 3QIP B; 2OJ3 A; 1LWF A; 1LW2 A; 4ZDN A; 2X1A A; 2KM8 C; 3W3S A; 2KT5 A; 3J81 j; 6AT1 B; 2O67 A; 4F36 A; 2ZIT A; 2BMB A; 1MWQ A; 2NCK L; 5C7P A; 1K47 A; 3O6Q A; 1HHS A; 1HWL A; 2ACM A; 4IFY A; 4ZPV R; 2UXC J; 1UPM B; 1O51 A; 3SCK E; 3W7B A; 4YHH F; 1C0U A; 4RW6 A; 4Z7Y A; 1S0N A; 3W63 A; 4O23 A; 1UCN A; 1GK8 A; 1NK6 A; 3Q8Q B; 1N6Q A; 2IFX A; 4BC9 A; 4AT1 B; 2HQI A; 3S6E A; 4AND A; 1YKW A; 1UWB B; 5GAH I; 4DX5 A; 4CIO A; 4AE5 A; 2RKI A; 4G65 A; 2E66 A; 1VYA A; 3BQ1 A; 5DLF A; 1Q1K A; 1MML A; 2YWW A; 2AJF E; 3VAG A; 1BMQ B; 3R97 A; 1K1Q A; 2RRA A; 3GE9 A; 3FEZ A; 5F0U A; 2HVH A; 3KFW X; 4CNZ A; 1DJ0 A; 2VDH A; 2XC9 A; 5L9X A; 1NZA A; 1CBK A; 1OWX A; 1IJE B; 5D8H B; 4NRU A; 1ACM B; 2XSF A; 2IVY A; 1DLO B; 4EK2 A; 4U7U K; 3D0G E; 4ED1 A; 3J7Y U; 5K8N A; 2VFS A; 3OW2 R; 1JLG B; 2LKZ A; 1Y9O A; 1FKP B; 1IBC B; 1V6H A; 3MEK A; 2VIC A; 1RE1 B; 3MR6 A; 1UZH A; 1OYE A; 1AW0 A; 2VON A; 4MH8 A; 2XO7 A; 4FBU A; 1IKX B; 2LU1 A; 2V50 A; 2BOP A; 2KKH A; 1SV5 B; 2I9S A; 3SIP B; 3KJN B; 4GC6 A; 5HMX A; 3LOU A; 1FXR A; 1KDN A; 3FEY B; 2MKC A; 4NXN F; 1RXO B; 4JYA F; 3AHP A; 2PMZ D; 1FCA A; 3D3C J; 1WDT A; 3UNY A; 4RUC A; 3G82 B; 2HK3 A; 1FWL A; 3H4B A; 1KR4 A; 2XY6 A; 1Q7Y T; 3IA0 A; 2VHG A; 3W8P A; 4TU8 A; 3NGK A; 4NLG A; 2W9B B; 2VJU A; 2UUA J; 4DQI A; 1PIE A; 1WG5 A; 2RF2 A; 2HMI B; 2YWK A; 1BC6 A; 1VLY A; 5CCL A; 4ZVH A; 2HVZ A; 3ZTP A; 2Z56 B; 3BO4 A; 2VB6 A; 2AHO B; 1RBA A; 2B9X A; 4PXB A; 3NNA A; 2N82 B; 3Q23 A; 2GIQ A; 2R42 A; 3SBM A; 4RBV A; 3OFG A; 5HVF A; 5KFT A; 1B70 B; 1O8B A; 3NS7 B; 3N6L A; 1WDD A; 4JI5 J; 3MEC B; 2M3D A; 5C2C A; 4EWT A; 4E0D A; 1P9Y A; 4F26 A; 4DFP A; 3N5B A; 1EP4 A; 5M2R A; 3VGS A; 4JI1 F; 4FP9 A; 2CAD A; 1NJI T; 1JLF B; 1PAU B; 5CYJ A; 1HI0 P; 2DR9 A; 1C1B B; 1U1P A; 4NLD A; 2CJA A; 4O44 B; 1S6U A; 2QE5 A; 2HHH J; 4WBF A; 4LUB A; 2AJQ A; 4ATN A; 2XNR A; 4EFA C; 2UV8 A; 1KTV A; 3DU6 A; 1CUL A; 1AUD A; 1DBD A; 3I0R A; 1LFP A; 4ZLL A; 5IT9 Y; 2ZH4 A; 2QYC A; 4OX9 J; 5F3T A; 3T41 A; 4KC5 A; 4YB1 P; 5E3C A; 2KJV A; 3HKZ D; 1N8R T; 4CLY A; 2J9D A; 1Y10 A; 1FF2 A; 3M2V A; 2HZA A; 4CLP A; 5HJY A; 2R9L A; 1HW8 A; 1LV5 A; 3DOM A; 4WTO B; 3SYZ A; 3BGF A; 1H72 C; 1FI4 A; 1P6T A; 2FJD B; 1VQN S; 2D9P A; 3N01 A; 4ZLP A; 3LAM A; 2Y1L B; 1T9U A; 1X4D A; 1D0E A; 2F8M A; 2ERR A; 5B0E A; 2NPI A; 3RGI A; 2H3E B; 4DPU A; 1R8C A; 5KFS A; 1TL3 B; 3DRR A; 1M90 T; 2U2F A; 1RCX B; 4NMX A; 1S9G A; 3MTK A; 1TKT B; 1NM2 A; 5ETT A; 1RWP B; 4YQW A; 2HYI B; 4BWJ A; 1FDB A; 3LP1 A; 3VAK A; 2CQ4 A; 5T41 A; 2RUG A; 1WC0 A; 2MKJ A; 4ZVQ B; 1G1X A; 4FF4 A; 4Y2A A; 4UW2 A; 3G6X A; 1SJ1 A; 3BO2 A; 1HAR A; 3N4W A; 2UVU A; 4N41 A; 2VC1 A; 2CAJ A; 4CO1 A; 3O5T B; 4C8K A; 2DCU B; 4FYX B; 3LAK A; 2RT3 A; 1NSP A; 3FRY A; 3C6U B; 1UTA A; 2BUN A; 4DLE A; 3TA0 A; 2UUT A; 3KLH A; 2EKN A; 4AXI A; 3KDN A; 4C11 B; 3RG6 A; 3M30 A; 4PUO B; 4LF9 F; 4DSJ A; 2K2P A; 3ILI A; 1VOM A; 3SSR A; 4K0K J; 2BRL A; 4NI2 A; 1N34 J; 2KVQ E; 3GIM A; 4GMK A; 3W2W A; 1DAX A; 3PYG A; 2YNG B; 3JXO A; 1U1K A; 4YB7 A; 4OJG A; 3GFZ A; 1LWE B; 3DDI A; 3M9N B; 5IM0 B; 5ETL A; 5AE2 A; 3MAQ A; 4YR2 A; 3TW0 A; 2YX1 A; 2E9T A; 1VS3 A; 3ENW A; 1RSC A; 1CS4 B; 2UXD F; 3GJT B; 1UFL A; 4KHP J; 1XER A; 5HMZ A; 3DFE A; 4JI3 F; 2PI5 A; 1WHY A; 5F0W A; 2LEA A; 1T9T A; 2BZ2 A; 2B51 A; 2BW2 A; 1RT7 A; 5KT4 A; 1D8Z A; 2VG6 A; 2GHW A; 3TUZ C; 2LQB A; 1Z1Z A; 3DOK B; 4P7T A; 2VKZ G; 1XNQ F; 1U24 A; 4LR9 A; 1TL7 B; 4YY3 F; 5GAH U; 1FK9 B; 4CLF A; 1IQT A; 3NGS A; 1MSW D; 2FQQ B; 4TY8 A; 5J2M B; 3RBX A; 3E01 B; 2RH3 A; 2YKQ A; 2AU0 A; 3QT6 A; 4H4M A; 1Y3J A; 1HKA A; 2GZO A; 3KLG B; 3VCD A; 5A6W A; 2C3Y A; 3PYD A; 4HI2 A; 3MED B; 2UV8 G; 1CEZ A; 3OR2 B; 1NDK A; 2H5I B; 2NXU A; 4IRC A; 4O3O A; 4B3S F; 4HAC A; 2DGT A; 4NLW A; 5CA5 A; 1YDL A; 3CE8 A; 3GMG A; 1HNZ J; 1TAQ A; 2AGO A; 5DDQ C; 3QGH A; 2ZH2 A; 1VQ4 S; 4CO4 A; 3HF5 A; 1RKJ A; 1BQM A; 2XSJ A; 3DNC A; 2HAI A; 3QGI A; 5SZT A; 1JKH B; 1FE4 A; 3R5D A; 2CPZ A; 2CQ1 A; 3TJ9 A; 4LRF A; 4EUV A; 3V2U C; 3NNC A; 4ZIT A; 2VFU A; 1KVJ A; 4O4G B; 3I87 A; 1OIA A; 1N32 F; 3KLI B; 3C66 A; 2PI4 A; 5E3Q A; 2BKP A; 4H4K A; 2H65 B; 2O1P A; 2ZBP A; 4ID5 A; 3ENQ A; 1YRX A; 4KH0 B; 1WKK A; 3MCN A; 1AB8 A; 3NGD A; 1CQM A; 2CJQ A; 2XS2 A; 3B4D A; 1RTH A; 2HNZ A; 4IH7 A; 1TV6 A; 4CWB A; 4J5O A; 4A8Y A; 2UXB J; 4MFB A; 3ZTR A; 4EI2 A; 1QSS A; 3GJQ B; 3R1H A; 3TOQ A; 4HDH A; 1X0F A; 4DV1 F; 3KTQ A; 3P3D A; 3ISN C; 1RUS A; 1EET B; 3JAM Y; 2DKO B; 2RNE A; 3OHB A; 2WCX A; 2DR6 A; 1NEE A; 2ZKT A; 2AGP A; 5KG0 A; 4DU8 A; 2ALY B; 5HO4 A; 2WAQ D; 1YJN S; 2AEF A; 4G1Q A; 2FLP A; 4LFC F; 4IG0 B; 1MRO B; 4C97 A; 4NA2 A; 4G1I A; 1H2V Z; 3R5B A; 2HIY A; 3CD6 S; 1X0P A; 2RD5 C; 1RAB B; 3OL7 A; 1TAU A; 1U02 A; 3H8Y A; 4OZ0 A; 4KJI A; 1RA6 A; 5IXU A; 2A6O A; 2HFS A; 1S79 A; 3VVU A; 4OQJ A; 3EX7 B; 5ETR A; 3ISZ A; 3EJM A; 2ZZT A; 4YB6 A; 3KYL A; 3QWP A; 2YQ3 A; 2E7W A; 3RW6 A; 4ED2 A; 1N5V A; 2AGQ A; 4CNY A; 4HT5 A; 3T3F A; 1MN7 A; 4OYX A; 1WC5 A; 4Y2I A; 2VPY B; 4GVB B; 2XCP A; 1JLC A; 1LEO A; 2R2U A; 2BXJ A; 1PG5 B; 4QBU A; 1U6B A; 5C25 A; 3AA8 A; 4PAB A; 3OXG A; 4ZVF A; 2V69 A; 2IA6 A; 2KU7 A; 3W64 A; 4CZC A; 3QJP A; 3DLK A; 5KT5 A; 4C4W A; 1RLC L; 3OFH A; 3BSC A; 3QAE A; 1WF0 A; 3WIU A; 1NJX A; 2FY1 A; 4M95 A; 4WKR A; 2DNK A; 5EHH A; 3MM8 A; 2KRR A; 3SV4 A; 4ENO A; 1Q8B A; 2MLY A; 3NGR A; 1NDC A; 3DN9 A; 4ZHR A; 4U7U D; 4QIG A; 2Q6B A; 4F04 B; 2CPY A; 3ILJ A; 2YNI A; 1SUQ A; 2BRK A; 1JLB A; 2CVI A; 3FQL A; 3D1Q A; 4JI0 F; 4YR3 A; 4C3M A; 1C4A A; 2AV5 A; 4ZCL A; 1F5A A; 2AYG A; 3A3O B; 1GEH A; 5HMW A; 4NXM F; 3HK2 A; 2LEP A; 3KK3 A; 3AT1 B; 2OML A; 1U2C A; 1EQM A; 3RBD A; 3PW5 A; 3I4P A; 2J7K A; 2PMH A; 4RLE A; 2YNH B; 3UD3 P; 5JJB A; 3Q8Y A; 3OTO F; 3BN4 A; 5HBM A; 4LF8 J; 2RRB A; 2FVP A; 1HBO A; 5BXI A; 2R2S A; 4M94 A; 1GX5 A; 4Y00 A; 2RQM A; 2ZFH A; 3VAM A; 1QE1 B; 3HX9 A; 2FZC B; 3AJ2 A; 3CJ2 A; 2MQN A; 2AQ4 A; 1UA1 A; 3MMA B; 3GJS B; 1WAC A; 1RAH B; 1HBU A; 3DLG B; 5K8O A; 3MCM A; 2HHS A; 2A2D A; 4KR0 B; 3TQE A; 3SDE A; 5A8K B; 2MKK A; 1FVS A; 1XK8 A; 5ETO A; 5DZ6 A; 2UVV A; 1BLU A; 1CG2 A; 3CXC R; 1TKZ B; 1IBK F; 2DGS A; 2KZM A; 1HWJ A; 3BR9 A; 2MQ8 A; 3DXB A; 2BE9 B; 4NOH A; 4CO5 A; 3HJV A; 2R8H A; 1Y00 A; 3HCX A; 2BAN B; 2QTW A; 4X66 J; 4RNF A; 4Y3C A; 2XLJ A; 1RWU A; 2BEF A; 4OX6 A; 4CO0 A; 2FLO A; 5EN1 A; 1RTD A; 4ZKA A; 2IYI A; 2BE7 D; 1XJW B; 3NWG A; 3A8K A; 3C3L A; 5CZV A; 4M63 A; 1S9F A; 1CJV B; 4B3T F; 1ZAV A; 4DQR A; 1I1G A; 3LPE A; 2GGP B; 5G0R A; 1HWK A; 2M4M A; 4L3K A; 1DTQ B; 4X64 F; 2EFO A; 4OYP A; 2BJ3 A; 3OUY A; 3Q89 A; 4B3R F; 3NCQ A; 2ILY A; 3WBZ A; 1YJ7 A; 2A3J A; 3UN2 A; 4F02 A; 2EK1 A; 2DH9 A; 3H2L A; 4MYT A; 5KFE A; 4IRK A; 5KFU A; 4F2S A; 4ZVS B; 2V0N A; 3BH6 B; 2Q1L A; 3R8Y A; 4KGM A; 1YHQ S; 3GFH A; 4QR0 A; 1YRU A; 2V4Q A; 4DSF A; 2KZZ A; 4Z7C A; 1DFD A; 1J27 A; 2W01 A; 4C8N A; 4OV6 A; 4WWS A; 3SXL A; 3G9C A; 4DUT A; 2IJN A; 5L38 A; 3D66 A; 1VRU B; 4LSN B; 3A13 A; 4AQY J; 1F3V A; 5E3A A; 4RZR A; 1YJT A; 4PWD B; 4WIQ A; 2E1P A; 5D15 A; 4RU9 A; 5KFH A; 2MGZ B; 1R0A B; 5A8W B; 5CCM A; 3Q8S B; 1RHM B; 3DLL Q; 1FX4 A; 3JSB A; 3IAM 9; 5IOL A; 1FRM A; 1IVZ A; 1S1T A; 4HTI A; 1N5Q A; 4DV4 J; 3QRR A; 1GMU A; 1W7W A; 2CQC A; 5CD4 A; 4K8R A; 4CRJ A; 1EIY B; 1FA0 A; 4UQT A; 1K44 A; 2OKQ A; 2E5L J; 2YWG A; 3CJS A; 1A9N B; 1C1C B; 4H54 A; 3HSG A; 1VQ7 S; 1QTM A; 3L7P A; 2WK4 A; 4DUY F; 1TU0 B; 2VUG A; 4D3H A; 2R8K A; 3PW0 A; 3D5M A; 3E8O A; 4M5M A; 1N36 J; 2DRB A; 4QCL A; 2IDL A; 3IAS 9; 2G13 A; 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4ELU A; 3QPI A; 2J0W A; 3MCS A; 3PM9 A; 1U1M A; 1P9Q C; 4A8Q A; 1R8B A; 1N52 B; 3GR1 A; 1MMD A; 2YXL A; 2WW8 A; 3B54 A; 2GC8 A; 2EC0 A; 3ZZO A; 3L3C A; 3QJL A; 3LGM A; 2B4V A; 2DNL A; 2BJ9 A; 3AB4 B; 4I2Q A; 2DIS A; 5C2G A; 3PZP A; 2VPW B; 3CUN A; 4K4U A; 1JLQ B; 1FDD A; 2HND A; 3HFK A; 2ZVS A; 2R7S A; 5IT4 A; 4I6W A; 1REV A; 1HMV A; 4RUB A; 1N5S A; 3BKF A; 4LBH A; 5L9N A; 4RPF A; 4ZVU B; 4LSZ B; 4JI5 F; 1BWV A; 2E5J A; 2C22 A; 3R5G A; 1LFW A; 2YQ0 A; 4NAS A; 4B9N A; 2ZHB A; 5LSR A; 3M9O B; 3SFU A; 1QVG R; 2VA2 A; 1Q95 G; 3G86 A; 3R2C J; 1J5O A; 2C2N A; 1KQG B; 4UF4 A; 3HVT A; 4F7V A; 4W90 B; 2OEJ A; 2VAS A; 4X4S A; 1XQI A; 3HVA A; 4TQR A; 2HHH F; 2LXF A; 4ZIV A; 2B7C B; 4DCJ B; 3ZNU A; 5CYM B; 2AYM A; 4DV6 J; 4IFV B; 2D7S A; 5K14 B; 2F7V A; 1HW9 A; 3UDC A; 3DRP B; 5KFP A; 1LKZ A; 3UFC X; 5HL7 Q; 3SV3 A; 1FTC A; 1KTQ A; 5F3Z A; 1OPZ A; 2GQQ A; 4OHX A; 2CG8 A; 4EU0 A; 4FPI A; 3TZY A; 2XB2 D; 4NYP A; 2NYI A; 4CM0 A; 1VQ5 S; 3C6T B; 4PXE A; 4UOH A; 1JJC B; 2HVE A; 1NSK L; 2R2R A; 2KXF A; 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